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J-GLOBAL ID:200901040510243820
Update date: Feb. 03, 2024
Nagata Koji
ナガタ コウジ | Nagata Koji
Affiliation and department:
Job title:
Professor
Homepage URL (1):
https://park-ssl.itc.u-tokyo.ac.jp/fbsb/
Research field (3):
Food sciences
, Structural biochemistry
, Molecular biochemistry
Research keywords (3):
膜タンパク質の立体構造・機能解析
, タンパク質の試験管内巻き戻し(特に複数のジスルフィド結合の形成)
, タンパク質の立体構造・機能解析
Research theme for competitive and other funds (26):
- 2019 - 2024 生命金属動態を利用したバイオレメディエーション技術の開発
- 2019 - 2023 真珠の質を決定する真珠層の炭酸カルシウム結晶の厚みの調整機構の解明
- 2018 - 2023 Development of basic technology of chemistry and biology for reducing damage by root parasitic weeds
- 2018 - 2022 Structural basis for antiviral and antibacterial activities of milk protein lactoferrin and its activity enhancement
- 2013 - 2016 Crystal structure analysis of quorumon-receptor membrane protein complex that controls the expression of virulence factor in the pathogen
- 2012 - 2015 Development of antipathogenic agents targeting quorum sensing of Gram-positive bacteria
- 2009 - 2011 Study on molecular co-evolution of enzyme and substrate
- 2009 - 2011 Development of antipathogenic agents targeting biosynthetic enzyme and receptor of cyclic peptide quormone
- 2004 - 2009 Three-dimensional structure analysis of bacterial pheromone receptor and transporter membrane protein and its application to the design of novel bacteriostatic agents
- 2004 - 2009 Functional Mechanism and Structural Organization of Biological Macromolecular Assemblies
- 2006 - 2007 Development and application of novel inhibitor targeting quorum sensing of gram-positive bacteria
- 2005 - 2006 膜タンパク質の高効率立体構造解析をめざした発現系作成から結晶化までのシステム構築
- 2005 - 2006 Development of novel anti-microbial drugs targeting quorum sensing in Gram-positive bacteria
- 2003 - 2006 甲殻類におけるペプチドホルモン-受容体系の共進化と構造機能相関
- 2003 - 2004 Development of antimicrobial drugs targeting quorum sensing
- 1999 - 2002 発光細菌の発光反応関連酵素群のX線結晶構造解析
- 1999 - 1999 カイコ前胸腺刺激ホルモンの立体構造解析と機能相関
- 1998 - 1998 カイコ前胸腺刺激ホルモンの立体構造解析と機能相関
- 1997 - 1998 長期記憶に関わる転写因子CREBのリン酸化による活性制御の分子機構の解明
- 1997 - 1997 カイコ前胸腺刺激ホルモンの立体構造解析と機能相関
- 1996 - 1996 長期記憶に関わる転写因子CREBのリン酸化による活性制御の分子機構の解明
- 1996 - 1996 カイコ前胸腺刺激ホルモンのNMRによる立体構造解析と機能相関
- 1994 - 1996 Information Exchange on Cancer Research with North American
- 細胞間情報伝達に関わる受容体膜タンパク質の大量生産系の確立と結晶化・X線結晶構造解析
- 発生・分化に関わるタンパク質の構造・機能解析
- 複数のジスルフィド結合を含む組換タンパク質の高効率巻き戻し系の確立と立体構造解析
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Papers (183):
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Yusuke Anan, Masanori Itakura, Tatsuya Shimoda, Kosuke Yamaguchi, Peng Lu, Koji Nagata, Jinhua Dong, Hiroshi Ueda, Koji Uchida. Molecular and structural basis of anti-DNA antibody specificity for pyrrolated proteins. Communications Biology. 2024
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Peng Lu, Jinyan Jiang, Chang Liu, Suguru Okuda, Hideaki Itoh, Ken Okamoto, Michio Suzuki, Koji Nagata. Molecular Mechanism of Fe3+ Binding Inhibition to Vibrio metschnikovii Ferric Ion-Binding Protein, FbpA, by Rosmarinic Acid and its Hydrolysate, Danshensu. Protein Science. 2023
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Kei Futagawa, Donglin Tang, Yugo Kato, Koji Nagata, Muchio Suzuki. Structural Analyses of DP-1, a Protein with the Ability To Bind Gold Nanoparticles, by Using Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy. ChemBioChem. 2023
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Mai Sekine, Ken Okamoto, Emil F. Pai, Koji Nagata, Kimiyoshi Ichida, Russ Hille, Takeshi Nishino. Allopurinol and oxypurinol differ in their strength and mechanisms of inhibition of xanthine oxidoreductase. Journal of Biological Chemistry. 2023
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Kaori Sano, Saika Nakasato, Koji Nagata, Kenji Kobata. A single amino acid substitution alters the vanillylamine synthesis activity of Capsicum pAMT. Biochemical and Biophysical Research Communications. 2023
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MISC (122):
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ZHANG Mimin, 立崎仁, 永田宏次. 黒ウコンポリフェノールによる長寿遺伝子産物SIRT1の活性化機構. バイオサイエンスとインダストリー. 2021. 79. 5
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小澤友弥, ZHANG Mimin, LU Peng, 岡本研, 伊藤英晃, 鈴木道生, 花田耕介, 柘植尚志, 中曽根光, 米倉円佳, et al. Identification and mechanism analysis of a plant peptide that inhibits the growth of Porphyromonas gingivalis. 日本農芸化学会大会講演要旨集(Web). 2021. 2021
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鄭澤華, 川上和宏, 根岸瑠美, 朝倉富子, 永田宏次, 鈴木道生. カキ(Crassostrea gigas)軟体部におけるカドミウム結合タンパク質の同定と機能解析. マリンバイオテクノロジー学会大会講演要旨集. 2021. 21st
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小林夕希子, 國吉智子, 楊金緯, 立崎仁, 張迷敏, 永田宏次. 健康長寿社会の実現へ向けた黒ウコン抽出物SIRTMAXと黒ウコン由来成分PURESIRTMAXの可能性. 日本未病学会学術総会抄録集. 2020. 27th. 103-103
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岩橋晴香, 荒城綾香, 根岸瑠美, 降旗一夫, 永田宏次, 鈴木道生. Structural and functional analyses of ACC binding protein in the shell of Pinctada fucata. 日本農芸化学会大会講演要旨集(Web). 2020. 2020
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Patents (3):
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タンパク質結晶化方法.
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タンパク質結晶化方法及び装置並びにタンパク質結晶化処理装置
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平滑筋弛緩剤とその有効成分の抽出方法
Books (9):
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ミクロの世界を可視化する in 科学の技法 東京大学「初年次ゼミナール理科」テキスト (東京大学教養教育高度化機構初年次教育部門, 増田建, 坂口菊恵編)
東京大学出版会 (東京) 2017
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溶液構造解析法 in 21世紀のバイオサイエンス 実験農芸化学 (東京大学大学院農学生命科学研究科応用生命化学専攻・応用生命工学専攻編)
朝倉書店 (東京). 2013
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ゲル濾過クロマトグラフィー in 21世紀のバイオサイエンス 実験農芸化学 (東京大学大学院農学生命科学研究科応用生命化学専攻・応用生命工学専攻編),
朝倉書店 (東京). 2013
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タンパク質試料の定量, 純度検定, 一次構造確認 in タンパク質の結晶化-回折構造生物学のために (坂部知平監修,相原茂夫編著)
京都大学学術出版会 (京都) 2005
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クロマトグラフィーによる試料の分離精製 in タンパク質の結晶化-回折構造生物学のために (坂部知平監修,相原茂夫編著)
京都大学学術出版会 (京都). 2005
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Professional career (1):
- Ph.D. (Agriculture) (The University of Tokyo)
Work history (11):
- 2020/04 - 現在 The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences Applied Biological Chemistry
- 2007/04 - 2020/03 The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences Applied Biological Chemistry
- 2005/12 - 2007/03 The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences Applied Biological Chemistry
- 2002/10 - 2005/12 The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences Applied Biological Chemistry
- 1997/04 - 2002/09 The University of Tokyo Biotechnology Research Center
- 2000/10 - 2002/03 Imperial College London Research Associate
- 2000/04 - 2002/03 Japan Society for the Promotion of Science Overseas Research Fellow
- 2000/04 - 2000/09 Uppsala University Postdoctoral Fellow
- 1997/04 - 1998/03 東京都臨床医学総合研究所 非常勤研究員
- 1995/04 - 1997/03 東京都臨床医学総合研究所 研究員
- 1993 - 1995 日本学術振興会 特別研究員DC2
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Awards (4):
- 2021/07 - 日本生化学会 2021年(第29回)JB論文賞 Crystal structure of the complex of the interaction domains of Escherichia coli DnaB helicase and DnaC helicase loader: structural basis implying a distortion-accumulation mechanism for the DnaB ring opening caused by DnaC binding
- 2007/03 - 2007年農芸化学奨励賞 発生・分化に関わるペプチド・タンパク質の立体構造解析と構造・機能相関
- 1999 - 日本ペプチド学会 平成11年度奨励賞 カイコのインスリン族ペプチド、ボンビキシン-IIの立体構造と受容体認識部位
- 1998 - 井上科学振興財団 第14回(平成 9年度)井上研究奨励賞 カイコのインスリン族ペプチド、ボンビキシン-IIの立体構造と受容体認識部位
Association Membership(s) (3):
日本分子生物学会
, 日本ペプチド学会
, 日本農芸化学会
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