Fuchigami Sotaro 渕上壮太郎

… Alternative Names

FUCHIGAMI Sotaro 渕上壮太郎

渕上壮太郎フチガミソウタロウ

Less

Researcher Number	00381468
Other IDs
Affiliation (Current)	2025: 静岡県立大学, 薬学部, 助教
Affiliation (based on the past Project Information) *help	2019 – 2021: 京都大学, 理学研究科, 特定准教授 2013 – 2015: 横浜市立大学, 生命医科学研究科, 助教 2011 – 2012: 横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 助教 2008: 横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 助教 2007: 横浜市立大学, 大学院・国際総合科学研究科, 助教 … More 2006: 横浜市立大学, 大学院・国際総合科学研究科, 助手 2005: 横浜市立大学, 大学院国際総合科学研究科, 助手 2004: 横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 助手 Less
Review Section/Research Field	Principal Investigator Basic Section 43040:Biophysics-related / Science and Engineering / Biophysics Except Principal Investigator Biological Sciences / Science and Engineering
Keywords	Principal Investigator イオンモビリティ質量分析 / シミュレーション / 生物物理 / マルコフ状態モデル / X 線小角散乱 / X線小角散乱 / 分子シミュレーション / 粗視化分子モデル / データ同化 / 分子動力学シミュレーション … More / ヒストン / 柔らかな分子系 / 揺らぎ / 蛋白質 … More Except Principal Investigator 蛋白質 / 分子シミュレーション / 計算物理学 / 生物物理 / 膜蛋白質 / 膜タンパク質 / アクアポリン / IP_3受容体 / Transducer / Sensory Rhodosin II / IP3受容体 / HAMPドメイン / HtrII複合体 / SRII / 分子動力学シミュレーション / 変異型 / 水透過係数 / 分子シュミレーション / 複合体 / トランスデューサ / フォボロドプシン / 遷移状態 / 剛体分子動力学 / 並列計算 / 線形応答理論 / 構造変化 / バイオインフォマティクス / Trp Cage / アンフォールディング / 水チャネル / PhoB / 分子認識 / DNA結合タンパク質 / αラクトアルブミン / フォールディング / タンパク質 / 分子動力学 Less

Protein structure analysis using data assimilation of simulation and experimental dataPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  Fuchigami Sotaro
- Project Period (FY)
  2019 – 2021
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Review Section
  
  Basic Section 43040:Biophysics-related
- Research Institution
  Kyoto University
ヒストンテールのしなやかさに由来する動的挙動の解明Principal Investigator
- Principal Investigator
  
  渕上壮太郎
- Project Period (FY)
  2014 – 2015
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
- Review Section
  
  Science and Engineering
- Research Institution
  Yokohama City University
Fluctuation dynamics of proteins revealed by long-time all-atom molecular dynamics simulationsPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  FUCHIGAMI Sotaro
- Project Period (FY)
  2011 – 2013
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
- Research Field
  
  Biophysics
- Research Institution
  Yokohama City University
分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究
- Principal Investigator
  
  木寺詔紀
- Project Period (FY)
  2007 – 2008
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- Review Section
  
  Biological Sciences
- Research Institution
  Yokohama City University
分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究
- Principal Investigator
  
  木寺詔紀
- Project Period (FY)
  2005 – 2006
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- Review Section
  
  Biological Sciences
- Research Institution
  Yokohama City University
分子シミュレーションによる蛋白質フォールディング・分子認識機構の解明
- Principal Investigator
  
  池口満徳
- Project Period (FY)
  2003 – 2007
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- Review Section
  
  Science and Engineering
- Research Institution
  Yokohama City University

All 2022 2021 2020 2019 2016 2015 2014 2013 2012 2011 2008 2007 Other

All Journal Article Presentation

[Journal Article] ベイズ的アプローチによる高速原子間力顕微鏡データと分子シミュレーションの融合2022
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Journal Title
  
  生物物理
  
  Volume: －
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Journal Article] Inferring Conformational State of Myosin Motor in an Atomic Force Microscopy Image via Flexible Fitting Molecular Simulations2022
- Author(s)
  Fuchigami Sotaro, Takada Shoji
- Journal Title
  
  Frontiers in Molecular Biosciences
  
  Volume: 9 Pages: 8829891-8
- DOI
  10.3389/fmolb.2022.882989
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Journal Article] Case Report: Bayesian Statistical Inference of Experimental Parameters via Biomolecular Simulations: Atomic Force Microscopy2021
- Author(s)
  Fuchigami Sotaro、Niina Toru、Takada Shoji
- Journal Title
  
  Frontiers in Molecular Biosciences
  
  Volume: 8 Pages: 6369401-6
- DOI
  10.3389/fmolb.2021.636940
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Journal Article] Particle Filter Method to Integrate High-Speed Atomic Force Microscopy Measurements with Biomolecular Simulations2020
- Author(s)
  Fuchigami Sotaro、Niina Toru、Takada Shoji
- Journal Title
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  Volume: 16 Issue: 10 Pages: 6609-6619
- DOI
  10.1021/acs.jctc.0c00234
- NAID
  120007006210
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Journal Article] The Particle Filter Method to Integrate High-Speed Atomic Force Microscopy Measurement with Biomolecular Simulations2020
- Author(s)
  Fuchigami Sotaro、Niina Toru、Takada Shoji
- Journal Title
  
  bioRxiv
  
  Volume: －
- DOI
  10.1101/2020.03.12.988485
- NAID
  120007006210
- Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Journal Article] Flexible Fitting of Biomolecular Structures to Atomic Force Microscopy Images via Biased Molecular Simulations2020
- Author(s)
  Niina Toru、Fuchigami Sotaro、Takada Shoji
- Journal Title
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  Volume: 16 Issue: 2 Pages: 1349-1358
- DOI
  10.1021/acs.jctc.9b00991
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Journal Article] Computational Study on Flexible Dynamics of Histone Tails2016
- Author(s)
  Sotaro Fuchigami
- Journal Title
  
  Biophys. J.
  
  Volume: 110 Issue: 3 Pages: 325a-326a
- DOI
  10.1016/j.bpj.2015.11.1749
- Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[Journal Article] CLASP2 Has Two Distinct TOG Domains That Contribute Differently to Microtubule Dynamics.2015
- Author(s)
  Maki T., Grimaldi A. D., Fuchigami S., Kaverina I., Hayashi I.
- Journal Title
  
  J Mol Biol
  
  Volume: 427 Issue: 14 Pages: 2379-2379
- DOI
  10.1016/j.jmb.2015.05.012
- Peer Reviewed / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01326, KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[Journal Article] Mass spectrometric approach for characterizing the disordered tail regions of the histone H2A/H2B dimer.2015
- Author(s)
  Saikusa, K., Nagadoi, A., Hara, K., Fuchigami, S., Kurumizaka, H., Nishimura, Y., and Akashi, S.
- Journal Title
  
  Anal. Chem.
  
  Volume: 87 Issue: 4 Pages: 2220-2227
- DOI
  10.1021/ac503689w
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PLANNED-25116002, KAKENHI-PUBLICLY-26104531, KAKENHI-PROJECT-26505009
[Journal Article] 独立成分分析tICAでタンパク質の複雑な運動を解きほぐす2014
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Journal Title
  
  統計数理
  
  Volume: 第62巻,第2号(印刷中)
- NAID
  120006020807
- URL
  http://www.ism.ac.jp/editsec/toukei/index.html
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Journal Article] 独立成分分析tICA でタンパク質の複雑な運動を解きほぐす2014
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Journal Title
  
  統計数理
  
  Volume: 62 Pages: 243-255
- NAID
  120006020807
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[Journal Article] Slow dynamics of a protein backbone in molecular dynamics simulation revealed by time-structure based independent component analysis2013
- Author(s)
  Yusuke Naritomi and Sotaro Fuchigami
- Journal Title
  
  J. Chem. Phys.
  
  Volume: 139(21) Issue: 21 Pages: 215102-215102
- DOI
  10.1063/1.4834695
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Journal Article] Protein Functional Motion: Basic Concepts and Computational Methodologies2011
- Author(s)
  S. Fuchigami, H. Fujisaki, Y.Matsunaga, and A. Kidera
- Journal Title
  
  Adv. Chem. Phys.
  
  Volume: 145 Pages: 35-82
- DOI
  10.1002/9781118087817.ch2
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22540421, KAKENHI-PROJECT-23770180
[Journal Article] 独立成分分析tICA によるタンパク質ダイナミクスの解析2011
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Journal Title
  
  Ensemble
  
  Volume: 13 Issue: 4 Pages: 161-166
- DOI
  10.11436/mssj.13.161
- NAID
  130004566714
- ISSN
  1884-5088, 1884-6750
- Language
  Japanese
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Journal Article] Classification and annotation of the relationship between protein structural change2011
- Author(s)
  T. Amemiya, R. Koike, S. Fuchigami, M. Ikeguchi, A. Kidera
- Journal Title
  
  J. Mol. Biol.
  
  Volume: 408 Issue: 3 Pages: 568-584
- DOI
  10.1016/j.jmb.2011.02.058
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Journal Article] Slow dynamics in protein fluctuations revealed by time-structure based independent component analysis: The case of domain motions2011
- Author(s)
  Yusuke Naritomi and Sotaro Fuchigami
- Journal Title
  
  J. Chem. Phys.
  
  Volume: 134(6) Issue: 6 Pages: 65101-65101
- DOI
  10.1063/1.3554380
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Journal Article] Nickel binding to NikA : an additional binding site reconciles spectroscopy, calorimetry and crystallography.2007
- Author(s)
  C.Addy, C.Ohara, M.Kawai, F.Kidera, A.Ikeguchi, M.Fuchigami, S.Osawa, M.Shimada, I.Park, S.-Y.Tame, J.R.H., Heddle, J.G.
- Journal Title
  
  Acta Crystallographica Section D : Biological Crystallography D63
  
  Pages: 221-229
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[Presentation] 粗視化モデルによる気相構造解析：H2A-H2B二量体への適用2022
- Author(s)
  七種和美、明石知子、渕上壮太郎
- Organizer
  第22回日本蛋白質科学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Presentation] 粗視化分子シミュレーションによる気相中のH2A-H2B二量体の構造解析2021
- Author(s)
  七種和美、明石知子、渕上壮太郎
- Organizer
  第69回質量分析総合討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Presentation] イオンモビリティ質量分析と分子シミュレーションのデータ同化による構造解析：H2A-H2B二量体への適用2021
- Author(s)
  七種和美、明石知子、渕上壮太郎
- Organizer
  第21回日本蛋白質科学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Presentation] Dynamic structure analysis by data assimilation combining high-speed atomic force microscopy data and molecular simulations2021
- Author(s)
  渕上壮太郎、松永康佑、高田彰二
- Organizer
  第59回日本生物物理学会年会
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Presentation] Biomolecular data assimilation to integrate high-speed atomic force microscopy measurement and molecular simulation2020
- Author(s)
  Sotaro Fuchigami, Toru Niina, Shoji Takada
- Organizer
  64th Annual Meeting of Biophysical Society
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Presentation] Dynamic structure analysis of myosin V by data assimilation combining HS-AFM data and molecular simulations2020
- Author(s)
  渕上壮太郎、古賀理恵、高田彰二
- Organizer
  第58回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Presentation] イオンモビリティ質量分析と分子シミュレーションのデータ同化によるH2A-H2B二量体の構造解析2020
- Author(s)
  七種和美、明石知子、渕上壮太郎
- Organizer
  第68回質量分析総合討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Presentation] Dynamic structure analysis of nucleosome with linker DNAs by particle filter method using single molecule measurement data by HS-AFM2019
- Author(s)
  渕上壮太郎、新稲亮、高田彰二
- Organizer
  第57回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Presentation] Four-dimensional biomolecular structure analysis with data assimilation of HS-AFM single molecule measurement and molecular simulation2019
- Author(s)
  渕上壮太郎、新稲亮、高田彰二
- Organizer
  第57回日本生物物理学会年会
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Presentation] 高速原子間力顕微鏡１分子計測データの粒子フィルタを用いたデータ同化：リンカーDNA付きヌクレオソームへの適用2019
- Author(s)
  渕上壮太郎、新稲亮、高田彰二
- Organizer
  第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Presentation] 高速原子間力顕微鏡１分子計測と分子シミュレーションの融合による生体分子4次元構造の解明2019
- Author(s)
  渕上壮太郎、新稲亮、高田彰二
- Organizer
  第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Presentation] Bayesian approach to integrate high-speed AFM measurement with biomolecular dynamics simulations2019
- Author(s)
  Sotaro Fuchigami, Toru Niina, Shoji Takada
- Organizer
  The 5th International Conference on Molecular Simulation (ICMS 2019)
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Presentation] シミュレーションとX 線小角散乱曲線のデータ同化によるタンパク質の立体構造解析2019
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  第13回分子科学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[Presentation] Structural Characterization of the Histone Multimers by the Concerted Use of Mass Spectrometry and Simulation2016
- Author(s)
  Sotaro Fuchigami
- Organizer
  日本化学会第96春季年会
- Place of Presentation
  同志社大学京田辺キャンパス（京都府京田辺市）
- Year and Date
  2016-03-26
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[Presentation] Computational study on slow dynamics of proteins2016
- Author(s)
  Sotaro Fuchigami
- Organizer
  The 12th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering
- Place of Presentation
  Metropolitan Hotel (Athens, Greece)
- Year and Date
  2016-03-18
- Invited / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[Presentation] Computational Study on Flexible Dynamics of Histone Tails2016
- Author(s)
  Sotaro Fuchigami
- Organizer
  The Biophysical Society 60th Annual Meeting
- Place of Presentation
  Los Angeles Convention Center (Los Angeles, California, USA)
- Year and Date
  2016-02-29
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[Presentation] 分子動力学シミュレーションによるヒストンH2AのN末端テールの動的構造解析2015
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  第15回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  あわぎんホール（徳島県徳島市）
- Year and Date
  2015-06-26
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[Presentation] Computational study on flexible dynamics of histone tails2015
- Author(s)
  Sotaro Fuchigami
- Organizer
  The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2015
- Place of Presentation
  Hawaii Convention Center (Honolulu, Hawaii, USA)
- Year and Date
  2015-12-16
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[Presentation] 独立成分分析tICAによるヒストンテール主鎖二面角の遅い運動の解析2015
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  第9回分子科学討論会
- Place of Presentation
  東京工業大学大岡山キャンパス（東京都目黒区）
- Year and Date
  2015-09-19
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[Presentation] Computational Study on Flexible Dynamics of Histone H2A N-terminal Tail2015
- Author(s)
  Sotaro Fuchigami
- Organizer
  Biophysical Society 59th Annual Meeting
- Place of Presentation
  Baltimore Convention Center (Baltimore, Maryland, USA)
- Year and Date
  2015-02-09
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[Presentation] Slow dynamics of histone tails in molecular dynamics simulation revealed by time-structure based independent component analysis2015
- Author(s)
  Sotaro Fuchigami
- Organizer
  第53回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  金沢大学角間キャンパス（石川県金沢市）
- Year and Date
  2015-09-14
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[Presentation] 独立成分分析tICAを用いたヒストンテールのダイナミクス解析2015
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  日本物理学会第70回年次大会
- Place of Presentation
  早稲田大学早稲田キャンパス（東京都新宿区）
- Year and Date
  2015-03-21
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[Presentation] 独立成分分析tICAを用いたタンパク質主鎖二面角のダイナミクス解析II2014
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  日本物理学会第69回年次大会
- Place of Presentation
  平塚市・東海大学湘南キャンパス
- Year and Date
  2014-03-30
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] ヒストンH2A/H2B二量体の気相中における構造多様性の要因2014
- Author(s)
  七種和美、長土居有隆、原佳那、渕上壮太郎、胡桃坂仁志、西村善文、明石知子
- Organizer
  第62回質量分析総合討論会
- Place of Presentation
  ホテル阪急エキスポパーク（大阪府吹田市）
- Year and Date
  2014-05-14
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[Presentation] 独立成分分析tICAによるタンパク質主鎖二面角の遅い運動の解析2013
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  第7回分子科学討論会
- Place of Presentation
  京都市・京都テルサ
- Year and Date
  2013-09-26
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] Slow dynamics of protein backbone in molecular dynamics simulation revealed by time-structure based independent component analysi2013
- Author(s)
  Sotaro Fuchigami
- Organizer
  第51回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  京都市・国立京都国際会館
- Year and Date
  2013-10-28
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] 独立成分分析tICAを用いたタンパク質主鎖二面角のダイナミクス解析2013
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  日本物理学会2013年秋季大会
- Place of Presentation
  徳島市・徳島大学常三島キャンパス
- Year and Date
  2013-09-27
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] Rare events in protein simulation revealed by using time-structure based independent component analysis2013
- Author(s)
  Sotaro Fuchigami
- Organizer
  Biophysical Society 57th Annual Meeting
- Place of Presentation
  Pennsylvania Convention Center, Philadelphia, Pennsylvania
- Year and Date
  2013-02-03
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] リジン,アルギニン,オルニチン結合タンパク質の立体構造変化の鍵となる相互作用:変異体シミュレーションによる検証2013
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  第13回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  鳥取市・とりぎん文化会館
- Year and Date
  2013-06-14
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] タンパク質シミュレーションのレアイベント解析と複数比較2013
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  日本物理学会第68回年次大会
- Place of Presentation
  東広島市・広島大学東広島キャンパス
- Year and Date
  2013-03-27
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] Slow dynamics in protein fluctuations revealed by time-structure based independent component analysis2012
- Author(s)
  Y. Naritomi, S. Fuchigami
- Organizer
  Biophysical Society 56th Annual Meeting
- Place of Presentation
  San Diego Convention Center (California, USA)
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] Slow dynamics in protein fluctuations revealed by time-structure based independent component analysis2012
- Author(s)
  Yusuke Naritomi, Sotaro Fuchigami
- Organizer
  Biophysical Society 56th Annual Meeting
- Place of Presentation
  San Diego Convention Center, San Diego, California
- Year and Date
  2012-02-29
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] タンパク質の長時間シミュレーション中に含まれるレアイベントの解析2012
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  第6回分子科学討論会
- Place of Presentation
  文京区・東京大学本郷キャンパス
- Year and Date
  2012-09-18
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] 独立成分分析tICAによるタンパク質ダイナミクスの解析2012
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  日本物理学会第67回年次大会
- Place of Presentation
  西宮市・関西学院大学西宮上ヶ原キャンパス
- Year and Date
  2012-03-24
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] 独立成分分析tICAによるタンパク質シミュレーションのレアイベント解析2012
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  日本物理学会2012年秋季大会
- Place of Presentation
  横浜市・横浜国立大学常盤台キャンパス
- Year and Date
  2012-09-20
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] 独立成分分析tICAによるタンパク質ダイナミクスの解析2012
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  日本物理学会第67回年次大会
- Place of Presentation
  関西学院大学西宮上ヶ原キャンパス（兵庫県）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] 分子動力学シミュレーションによるタンパク質の遅い運動の解析2011
- Author(s)
  成富佑輔、渕上壮太郎
- Organizer
  第5回分子科学討論会
- Place of Presentation
  札幌コンベンションセンター（北海道）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] 分子動力学シミュレーションによるタンパク質の遅い運動の解析2011
- Author(s)
  成富佑輔、渕上壮太郎
- Organizer
  第5回分子科学討論会
- Place of Presentation
  札幌市・札幌コンベンションセンター
- Year and Date
  2011-09-20
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] IP3レセプター・リガンド結合コアとその変異体のIP3非結合時分子動力学計算2008
- Author(s)
  井田洋一、渕上壮太郎、池口満徳、木寺詔紀
- Organizer
  第46回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  福岡国際会議場、福岡
- Year and Date
  2008-12-03
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19036028
[Presentation] センサリーロドプシンII/トランスデューサー複合体の分子動力学研究2008
- Author(s)
  西方公郎, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- Organizer
  第8回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  タワーホール船堀、東京
- Year and Date
  2008-06-10
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19036028
[Presentation] センサリーロドプシンII/トランスデューサー複合体のHAMPドメインのモデル構造 : 分子動力学計算2008
- Author(s)
  西方公郎、渕上壮太郎、池口満徳、木寺詔紀
- Organizer
  第46回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  福岡国際会議場、福岡
- Year and Date
  2008-12-04
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19036028
[Presentation] タンパク質立体構造変化における経路の多様性とメカニズム:アデニル酸キナーゼの場合2007
- Author(s)
  渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- Organizer
  日本蛋白質科学会第7回年会
- Place of Presentation
  仙台
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[Presentation] センサリーロドプシンIIトランスデューサーHAMPドメイン分子動力学研究2007
- Author(s)
  西方公郎, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- Organizer
  日本蛋白質科学会第7回年会
- Place of Presentation
  仙台
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[Presentation] リガンド結合による蛋白質の構造変化の動的過程:時間依存の摂動による線形応答理論2007
- Author(s)
  成富佑輔, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- Organizer
  日本生物物理学会第45回年会
- Place of Presentation
  横浜
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[Presentation] 低分子リガンド結合に伴う構造変化のデータベース解析2007
- Author(s)
  雨宮崇之, 小池亮太郎, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- Organizer
  日本蛋白質科学会第7回年会
- Place of Presentation
  仙台
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[Presentation] IP3レセプター・リガンド結合コアのIP3非結合時分子動力学シミュレーション2007
- Author(s)
  井田洋一, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- Organizer
  日本生物物理学会第45回年会
- Place of Presentation
  横浜
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[Presentation] センサリーロドプシンIIトランスデューサーHAMPドメインの分子動力学研究2007
- Author(s)
  西方公郎, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- Organizer
  第7回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  仙台国際センター
- Year and Date
  2007-05-24
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19036028
[Presentation] センサリーロドプシンIIトランスデューサーHAMPドメインの分子動力学研究2007
- Author(s)
  西方公郎, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- Organizer
  第7回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  パシフイコ横浜
- Year and Date
  2007-12-23
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19036028
[Presentation] センソリーロドプシンIIトランスデューサーHAMPドメインの分子動力学研究2007
- Author(s)
  西方公郎, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- Organizer
  日本生物物理学会第45回年会
- Place of Presentation
  横浜
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[Presentation] F型ATP合成酵素cリングの空孔に存在するリン脂質は何分子か?:分子動力学シミュレーションによる推定2007
- Author(s)
  渕上壮太郎, 中島恭子, 池口満徳, 木寺詔紀
- Organizer
  日本生物物理学会第45回年会
- Place of Presentation
  横浜
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[Presentation] IP3レセプター・リガンド結合コアのIP3非結合時分子動力学シミュレーション2007
- Author(s)
  井田洋一, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- Organizer
  第7回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  パシフイコ横浜
- Year and Date
  2007-12-21
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19036028
[Presentation] 線形応答理論による蛋白質構造変化の記述:内部座標系2007
- Author(s)
  大森聡, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- Organizer
  日本蛋白質科学会第7回年会
- Place of Presentation
  仙台
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[Presentation] 独立成分分析tICAを用いたタンパク質主鎖二面角のダイナミクス解析
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  日本物理学会2013年秋季大会
- Place of Presentation
  徳島大学常三島キャンパス（徳島）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] Rare events in protein simulation revealed by using time-structure based independent component analysis
- Author(s)
  Sotaro Fuchigami
- Organizer
  Biophysical Society 57th Annual Meeting
- Place of Presentation
  Pennsylvania Convention Center, (Pennsylvania, USA)
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] タンパク質の長時間シミュレーション中に含まれるレアイベントの解析
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  第6回分子科学討論会
- Place of Presentation
  東京大学本郷キャンパス（東京都）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] Slow dynamics of protein backbone in molecular dynamics simulation revealed by time-structure based independent component analysis
- Author(s)
  Sotaro Fuchigami
- Organizer
  第51回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  国立京都国際会館（京都）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] 独立成分分析tICAによるタンパク質主鎖二面角の遅い運動の解析
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  第7回分子科学討論会
- Place of Presentation
  京都テルサ（京都）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] リジン，アルギニン，オルニチン結合タンパク質の立体構造変化の鍵となる相互作用：変異体シミュレーションによる検証
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  第13回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  とりぎん文化会館（鳥取）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] タンパク質シミュレーションのレアイベント解析と複数比較
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  日本物理学会第68回年次大会
- Place of Presentation
  広島大学東広島キャンパス（広島県）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] 独立成分分析tICAを用いたタンパク質主鎖二面角のダイナミクス解析II
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  日本物理学会第69回年次大会
- Place of Presentation
  東海大学湘南キャンパス（平塚）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[Presentation] 独立成分分析tICAによるタンパク質シミュレーションのレアイベント解析
- Author(s)
  渕上壮太郎
- Organizer
  日本物理学会2012年秋季大会
- Place of Presentation
  横浜国立大学常盤台キャンパス（神奈川県）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770180

1. 池口満徳 (60261955)

# of Collaborated Projects: 3 results

# of Collaborated Products: 15 results
2. 木寺詔紀 (00186280)

# of Collaborated Projects: 3 results

# of Collaborated Products: 0 results
3. 末松和美 (60608769)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 0 results
4. FUJISAKI Hiroshi

# of Collaborated Projects: 0 results

# of Collaborated Products: 1 results
5. HAYASHI Ikuko

# of Collaborated Projects: 0 results

# of Collaborated Products: 1 results
6. 木寺詔記

# of Collaborated Projects: 0 results

# of Collaborated Products: 15 results
7. 胡桃坂仁志

# of Collaborated Projects: 0 results

# of Collaborated Products: 1 results

Fuchigami Sotaro 渕上 壮太郎

FUCHIGAMI Sotaro 渕上 壮太郎

渕上 壮太郎 フチガミ ソウタロウ

Research Projects

Research Products

Co-Researchers

Protein structure analysis using data assimilation of simulation and experimental dataPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

ヒストンテールのしなやかさに由来する動的挙動の解明Principal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

Fluctuation dynamics of proteins revealed by long-time all-atom molecular dynamics simulationsPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

分子シミュレーションによる蛋白質フォールディング・分子認識機構の解明

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

[Journal Article] ベイズ的アプローチによる高速原子間力顕微鏡データと分子シミュレーションの融合2022

Author(s)

Journal Title

Data Source

[Journal Article] Inferring Conformational State of Myosin Motor in an Atomic Force Microscopy Image via Flexible Fitting Molecular Simulations2022

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Case Report: Bayesian Statistical Inference of Experimental Parameters via Biomolecular Simulations: Atomic Force Microscopy2021

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Particle Filter Method to Integrate High-Speed Atomic Force Microscopy Measurements with Biomolecular Simulations2020

Author(s)

Journal Title

DOI

NAID

Data Source

[Journal Article] The Particle Filter Method to Integrate High-Speed Atomic Force Microscopy Measurement with Biomolecular Simulations2020

Author(s)

Journal Title

DOI

NAID

Data Source

[Journal Article] Flexible Fitting of Biomolecular Structures to Atomic Force Microscopy Images via Biased Molecular Simulations2020

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Computational Study on Flexible Dynamics of Histone Tails2016

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] CLASP2 Has Two Distinct TOG Domains That Contribute Differently to Microtubule Dynamics.2015

Author(s)

Fuchigami Sotaro 渕上壮太郎

FUCHIGAMI Sotaro 渕上壮太郎

渕上壮太郎フチガミソウタロウ