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KAWAGUCHI SHUJI  川口 修治

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Kawaguchi Shuji  川口 修治

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Researcher Number 00525404
Other IDs
Affiliation (Current) 2025: 京都大学, 医学研究科, 准教授
Affiliation (based on the past Project Information) *help 2019 – 2021: 京都大学, 医学研究科, 准教授
2017 – 2018: 京都大学, 医学研究科, 助教
2016: 京都大学, 医学研究科, 特定助教
Review Section/Research Field
Principal Investigator
Basic Section 48040:Medical biochemistry-related / Medical genome science
Keywords
Principal Investigator
バイオインフォマティクス / 遺伝統計学 / 次世代シークエンサー / HLA / データベース / 統計遺伝学 / 難病解明 / NGS / 深層学習 / 宿主・ウイルスゲノム統合解析 … More / KIR / 網膜色素変性 / HTLV-1 関連脊髄症 / 希少難治性疾患 / 機械学習 / 人工知能 / 免疫学 / ゲノム / HTLV-1 / 関連解析 / ソフトウェア / ジェノタイピング / マルチプレックスPCR / アルゴリズム / タイピング Less
  • Research Projects

    (2 results)
  • Research Products

    (19 results)
  •  Elucidation of novel causative genes for rare diseases via high quality genomic informationPrincipal Investigator

    • Principal Investigator
      Kawaguchi Shuji
    • Project Period (FY)
      2019 – 2021
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • Review Section
      Basic Section 48040:Medical biochemistry-related
    • Research Institution
      Kyoto University
  •  Development of association analysis method for rare diseases based on comprehensive HLA typing with multiple risk factorsPrincipal Investigator

    • Principal Investigator
      Kawaguchi Shuji
    • Project Period (FY)
      2016 – 2018
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
    • Research Field
      Medical genome science
    • Research Institution
      Kyoto University

All 2021 2020 2019 2018 2017 2016

All Journal Article Presentation Book Patent

  • [Book] 次世代シークエンスデータと国際データベースを用いたHLA遺伝子型の決定、最新醫學74巻2号、214-2192019

    • Author(s)
      川口 修治、日笠 幸一郎、山田 亮、松田 文彦
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      最新医学社
    • ISBN
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K18474
  • [Book] Comprehensive HLA Typing from a Current Allele Database Using Next-Generation Sequencing Data., Methods Mol. Biol., Vol. 1802, Sebastian Boegel (Eds): HLA Typing, doi:10.1007/978-1-4939-8546-3_162018

    • Author(s)
      Shuji Kawaguchi, Koichiro Higasa, Ryo Yamada, Fumihiko Matsuda
    • Publisher
      Springer-Verlag New York
    • ISBN
      9781493985456
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K18474
  • [Book] Comprehensive HLA Typing from a Current Allele Database Using Next-Generation Sequencing Data, in Methods Mol Biol., 1802, Sebastian Boegel (Eds): HLA Typing, 225-233.2018

    • Author(s)
      Kawaguchi Shuji、Higasa Koichiro、Yamada Ryo、Matsuda Fumihiko
    • Total Pages
      9
    • Publisher
      Humana Press, New York, NY
    • ISBN
      9781493985456
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K18474
  • [Journal Article] High-Definition Genomic Analysis of HLA Genes Via Comprehensive HLA Allele Genotyping2020

    • Author(s)
      Kawaguchi, S. and Matsuda, F.
    • Journal Title

      Methods Mol Biol.

      Volume: 2131 Pages: 31-38

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-0389-5_3

    • ISBN
      9781071603888, 9781071603895
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-19K07349
  • [Journal Article] HLA-HD: An accurate HLA typing algorithm for next-generation sequencing data2017

    • Author(s)
      Kawaguchi Shuji, Higasa Koichiro, Shimizu Masakazu, Yamada Ryo, Matsuda Fumihiko
    • Journal Title

      Human Mutation

      Volume: 38 Issue: 7 Pages: 788-797

    • DOI

      10.1002/humu.23230

    • Peer Reviewed / Open Access
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K18474, KAKENHI-PROJECT-17K07255
  • [Patent] 被験者のHLA遺伝子のアレルペアを判定する方法2021

    • Inventor(s)
      松田 文彦, 川口 修治, 日笠 幸一郎, 山田 亮
    • Industrial Property Rights Holder
      京都大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Acquisition Date
      2021
    • Overseas
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K18474
  • [Patent] HLA遺伝子のPCRプライマーセット及びそれを用いたシークエンス法2020

    • Inventor(s)
      松田 文彦, 川口 修治, 清水 正和, 日笠 幸一郎
    • Industrial Property Rights Holder
      京都大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Acquisition Date
      2020
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K18474
  • [Patent] HAM/TSP発症リスク判定方法2019

    • Inventor(s)
      松田文彦、川口修治
    • Industrial Property Rights Holder
      松田文彦、川口修治
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2019-205747
    • Filing Date
      2019
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-19K07349
  • [Patent] HLA遺伝子のPCRプライマーセット及びそれを用いたシークエンス法2018

    • Inventor(s)
      松田文彦、川口修治、清水正和、日笠幸一郎
    • Industrial Property Rights Holder
      松田文彦、川口修治、清水正和、日笠幸一郎
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2018
    • Overseas
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K18474
  • [Patent] HLA遺伝子のPCRプライマーセット及びそれを用いたシークエンス法2017

    • Inventor(s)
      松田 文彦, 川口 修治, 清水 正和, 日笠 幸一郎
    • Industrial Property Rights Holder
      松田 文彦, 川口 修治, 清水 正和, 日笠 幸一郎
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2017-024397
    • Filing Date
      2017-02-13
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K18474
  • [Patent] 被験者のHLA遺伝子のアレルペアを判定する方法2016

    • Inventor(s)
      松田 文彦, 川口 修治, 日笠 幸一郎, 山田 亮
    • Industrial Property Rights Holder
      松田 文彦, 川口 修治, 日笠 幸一郎, 山田 亮
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2016-257041
    • Filing Date
      2016-12-28
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K18474
  • [Presentation] Classification of causative genes for retinitis pigmentosa by an image clustering based on deep learning2021

    • Author(s)
      Shuji Kawaguchi, Hiroki Nakano, Shogo Numa, Yuichi Inadomi, Akio Oishi, Akitaka Tsujikawa, Atsushi Takano, Fumihiko Matsuda
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第66回大会 第28回日本遺伝子診療学会大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-19K07349
  • [Presentation] NGSショートリードによるHLA遺伝子全長配列の決定2021

    • Author(s)
      岩崎 毅, 川口 修治, 稲富 雄一, 清水 正和, 松田 文彦
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第66回大会 第28回日本遺伝子診療学会大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-19K07349
  • [Presentation] 1.HTLV-1 プロウイルスゲノム変異の大規模解析によるHAM/TSP発症リスク予測モデルの構築2021

    • Author(s)
      北田 せり, 川口 修治, 清水 正和, 安永 純一朗, 佐藤 知雄, 田 耕平, 原田 瑛介, 高橋 めい子, 山野 嘉久, 松岡 雅雄, 松田 文彦
    • Organizer
      第7回日本HTLV-1学会学術集会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-19K07349
  • [Presentation] 大規模検体における HLA・HTLV-1 プロウイルス量の統合解析による HAM/TSP 発症リスクの推定2019

    • Author(s)
      川口 修治, 清水 正和, 安永 純一朗, 高橋 めい子, 岡山 昭彦, 山野 嘉久, 内丸 薫, JSPFAD, 川上 純, 松岡 雅雄, 松田 文彦
    • Organizer
      第6回日本HTLV-1学会学術集会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-19K07349
  • [Presentation] Development of an AI-assisted algorithm for the prediction of novel causal genes and variants for mendelian disorders2018

    • Author(s)
      Shuji Kawaguchi, Reitaro Tokumasu, Koichiro Higasa, Fumihiko Matsuda
    • Organizer
      From Molecules and Cells to Human Health : Ideas and concepts
    • Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K18474
  • [Presentation] 次世代シークエンサーと国際データベースを用いた高効率・高精度なHLA遺伝子群の包括的タイピング技術の確立2018

    • Author(s)
      川口 修治、日笠 幸一郎、清水 正和、山田 亮、松田 文彦
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第63回大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K18474
  • [Presentation] HTLV-1 高浸淫地域における大規模HLA解析による感染およびHAM/TSP発症リスクの関連解析2018

    • Author(s)
      川口 修治、ペノヴァ マリナ、川口 喬久、清水 正和、高橋 めい子、日笠 幸一郎、松田 文彦
    • Organizer
      第五回日本HTLV-1学会学術集会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K18474
  • [Presentation] HLA-HD: a high performance HLA typing algorithm using next generation sequencing results to create a reliable catalog of HLA alleles2016

    • Author(s)
      Kawaguchi S, Higasa K, Yamada R, Matsuda F
    • Organizer
      ICHG 2016
    • Place of Presentation
      Kyoto
    • Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K18474

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