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Yamada Yusuke  山田 悠介

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YAMADA Yusuke  山田 悠介

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Researcher Number 20391708
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Affiliation (Current) 2025: 東北大学, 国際放射光イノベーション・スマート研究センター, 准教授
Affiliation (based on the past Project Information) *help 2016 – 2018: 大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 助教
2017: 高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 助教
2009 – 2011: High Energy Accelerator Research Organization, 物質構造科学研究所, 助教
2010: 高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 助教
2008: 高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 助教
2007: High Energy Accelerator Research Organization, 物質構造科学研究所, 助教
2006: 大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 助手
Review Section/Research Field
Principal Investigator
Structural biochemistry
Except Principal Investigator
Structural biochemistry / Intelligent mechanics/Mechanical systems
Keywords
Principal Investigator
X線結晶構造解析 / 低エネルギーSAD法 / 構造生物学 / 放射光 / 蛋白質 / 量子ビーム / 放射光ビームライン / 自動化 / タンパク質X線結晶構造解析 / タンパク質結晶構造解析 … More / X線結晶解析 / SAD法 / 低エネルギーX線 / 位相決定 / X線結晶学 / 放射線損傷 … More
Except Principal Investigator
X線結晶構造解析 / POMT2 / POMT1 / 結晶構造解析 / 膜タンパク質 / ジストログリカン / 筋ジストロフィー / 測定の自動化技術 / 可視化 / 蛋白質 / 校正 / 知能機械 / ロボティクス / タンパク質 / X線結晶析 / 分子認識 / DNA修復 / 転写制御 / ユビキチン / X線結晶解析 Less
  • Research Projects

    (7 results)
  • Research Products

    (38 results)
  • Co-Researchers

    (11 People)
  •  Evaluation of a crystallization drop by a diffraction imaging method, and automated optimization of crystallization conditionsPrincipal Investigator

    • Principal Investigator
      Yamada Yusuke
    • Project Period (FY)
      2016 – 2018
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
    • Research Field
      Structural biochemistry
    • Research Institution
      High Energy Accelerator Research Organization
  •  Crystallography of membrane protein complex by S-SAD method

    • Principal Investigator
      KATO Ryuichi
    • Project Period (FY)
      2015 – 2017
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
    • Research Field
      Structural biochemistry
    • Research Institution
      High Energy Accelerator Research Organization
  •  Development of automated visualization system for very fine protein crystals

    • Principal Investigator
      IGARASHI Noriyuki
    • Project Period (FY)
      2009 – 2011
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • Research Field
      Structural biochemistry
    • Research Institution
      High Energy Accelerator Research Organization
  •  Technical developments for high S/N ratio of diffraction data in low energy SAD phasingPrincipal Investigator

    • Principal Investigator
      YAMADA Yusuke
    • Project Period (FY)
      2009 – 2011
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
    • Research Field
      Structural biochemistry
    • Research Institution
      High Energy Accelerator Research Organization
  •  Upgrade of sample exchanger to accelerate protein X-ray crystal structure analysis

    • Principal Investigator
      HIRAKI Masahiko
    • Project Period (FY)
      2008 – 2010
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • Research Field
      Intelligent mechanics/Mechanical systems
    • Research Institution
      High Energy Accelerator Research Organization
  •  Recognition mechanism of Lys63-linked ubiquitin chain involved in transcription regulation and DNA repair

    • Principal Investigator
      KAWASAKI Masato
    • Project Period (FY)
      2007 – 2008
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • Research Field
      Structural biochemistry
    • Research Institution
      High Energy Accelerator Research Organization
  •  放射光低エネルギーX線を用いた蛋白質結晶構造解析手法の開発Principal Investigator

    • Principal Investigator
      山田 悠介
    • Project Period (FY)
      2006 – 2007
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
    • Research Field
      Structural biochemistry
    • Research Institution
      High Energy Accelerator Research Organization

All 2018 2017 2016 2012 2011 2010 2009 2008 2007

All Journal Article Presentation

  • [Journal Article] In-situ data collection at the photon factory macromolecular crystallography beamlines.2016

    • Author(s)
      Yamada, Y., Hiraki, M., Matsugaki, N., Kato, R., Senda, T.
    • Journal Title

      AIP Conf. Proc.

      Volume: 1741 Pages: 050023-050023

    • DOI

      10.1063/1.4952943

    • Peer Reviewed / Open Access
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-24112009, KAKENHI-PROJECT-16H02282, KAKENHI-PROJECT-15K14468
  • [Journal Article] Fully Automated Data Collection Using PAM and the Development of PAM/SPACE Reversible Cassettes2010

    • Author(s)
      Masahiko Hiraki, Shokei Watanabe, Leonard M.G.Chavas, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki, Masahiro Fujihashi, Kunio Miki, Seiki Baba, Go Ueno, Masaki Yamamoto, Mamoru Suzuki, Atsushi Nakagawa, Nobuhisa Watanabe, Isao Tanaka
    • Journal Title

      American Institute of Physics Vol.1234

      Pages: 673-676

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20560251
  • [Presentation] Integrated database for structural biology experiments at the Photon Factory2018

    • Author(s)
      Yusuke Yamada
    • Organizer
      SRI2018
    • Invited / Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K14686
  • [Presentation] Photon Factoryにおける膜タンパク質結晶構造解析パイプライン2018

    • Author(s)
      山田悠介・田辺幹雄・尾関雅弘・菅原隆広・千田俊哉・加藤龍一
    • Organizer
      日本結晶学会 2018年度年会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K14686
  • [Presentation] Fully automated data collection system at the Photon Factory macromolecular crystallography beamlines2018

    • Author(s)
      Yusuke Yamada, Akira Shinoda, Masahiko Hiraki, Masahide Hikita, Naohiro Matsugaki, Toshiya Senda
    • Organizer
      AsCA2018
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K14686
  • [Presentation] PFタンパク質X線結晶構造解析ビームラインにおける自動化の現状と将来2018

    • Author(s)
      山田悠介
    • Organizer
      PF研究会「X線とクライオ電子顕微鏡で挑む生命の機能とかたち」
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K14686
  • [Presentation] PFタンパク質結晶構造解析ビームラインによる構造生物学研究支援2018

    • Author(s)
      山田悠介、松垣直宏、引田理英、平木雅彦、田辺幹雄、加藤龍一、千田俊哉
    • Organizer
      第91回生化学会大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K14686
  • [Presentation] BINDSにおけるPFタンパク質結晶構造解析ビームラインの支援と高度化2017

    • Author(s)
      山田悠介、引田理英、松垣直宏、平木雅彦、田辺幹雄、湯本史明、加藤龍一、千田俊哉
    • Organizer
      日本結晶学会平成29年度年会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K14468
  • [Presentation] PFタンパク質結晶構造解析ビームラインによる構造生物学研究支援2017

    • Author(s)
      山田 悠介、松垣 直宏、引田 理英、平木 雅彦、加藤 龍一、千田 俊哉
    • Organizer
      ConBio2017
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K14468
  • [Presentation] ヒトタンパク質の哺乳動物を用いた細胞内結晶化2017

    • Author(s)
      小祝孝太郎、月本準、東哲也、真板宣夫、山田悠介、平木雅彦、加藤龍一、Leonard M. G. Chavas、千田俊哉、伊藤孝司、湯本史明
    • Organizer
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K14468
  • [Presentation] ヒトタンパク質の哺乳動物細胞を用いた細胞内結晶化2017

    • Author(s)
      小祝 孝太郎、月本 準、東 哲也、真板 宣夫、山田 悠介、平木 雅彦、加藤 龍一、千田 俊哉、Chavas Leonard、伊藤 孝司、湯本 史明
    • Organizer
      ConBio2017
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K14468
  • [Presentation] 146.Upgrade of a macromolecular crystallography beamline, BL-17A, at the Photon Factory2016

    • Author(s)
      Yusuke Yamada
    • Organizer
      12th International Conference on Biology and Synchrotron Radiation
    • Place of Presentation
      サンフランシスコ(アメリカ合衆国)
    • Year and Date
      2016-08-23
    • Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-16K14686
  • [Presentation] PF構造生物ビームラインにおける全自動回折実験システムの高度化と汎用化2012

    • Author(s)
      山田悠介
    • Organizer
      第25回日本放射光学会年会放射光科学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      鳥栖(佐賀)
    • Year and Date
      2012-01-09
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21687010
  • [Presentation] PF構造生物ビームラインにおける全自動回折実験システムの高度化と汎用化2012

    • Author(s)
      山田悠介、松垣直宏、平木雅彦、Leonard M. G. Chavas、五十嵐教之、若槻壮市
    • Organizer
      第25回日本放射光学会年会放射光科学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      鳥栖市
    • Year and Date
      2012-01-08
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21570124
  • [Presentation] PF構造生物ビームラインにおけるデータ管理2012

    • Author(s)
      山田悠介
    • Organizer
      第29回PFシンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      2012-03-15
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21687010
  • [Presentation] PF構造生物ビームラインにおけるデータ管理2012

    • Author(s)
      山田悠介
    • Organizer
      第29回PFシンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば(茨城県)
    • Year and Date
      2012-03-15
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21687010
  • [Presentation] PF構造生物ビームラインにおける全自動回折実験システムの高度化と汎用化2012

    • Author(s)
      山田悠介
    • Organizer
      第25回日本放射光学会年会放射光科学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      鳥栖
    • Year and Date
      2012-01-09
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21687010
  • [Presentation] PF構造生物学ビームラインにおける回折データセットの収集と解析の自動化2011

    • Author(s)
      山田悠介
    • Organizer
      第28回PFシンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      2011-07-12
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21687010
  • [Presentation] タンパク質結晶自動交換ロボットPAM2011

    • Author(s)
      平木雅彦、Leonard M.G.Chavas、山田悠介、松垣直宏、五十嵐教之、若槻壮市
    • Organizer
      日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      大阪大学コンベンションセンター、大阪
    • Year and Date
      2011-12-03
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20560251
  • [Presentation] PF構造生物ビームラインにおける高度化への取り組み2011

    • Author(s)
      山田悠介
    • Organizer
      平成23年度日本結晶学会年会及び総会
    • Place of Presentation
      北海道大学
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21687010
  • [Presentation] Automation of data collection and processing at the Photon Factory macromolecular crystallography beamlines2011

    • Author(s)
      Yusuke Yamada, Masahiko Hiraki, Naohiro Matsugaki, Leonard M. G. Chavas, Noriyuki Igarashi and Soichi Wakatsuki
    • Organizer
      A Special Symposium Celebrating the 40th Anniversary of the Protein Data Bank(PDB40)、Cold Spring Harbor
    • Place of Presentation
      NY(US)
    • Year and Date
      2011-10-29
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21570124
  • [Presentation] PF構造生物学ビームラインにおける回折データセットの収集と解析の自動化2011

    • Author(s)
      山田悠介
    • Organizer
      第28回PFシンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば(茨城県)
    • Year and Date
      2011-07-12
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21687010
  • [Presentation] タンパク質結晶自動交換ロボットPAM2011

    • Author(s)
      平木雅彦、Leonard M.G.Chavas、山田悠介、松垣直宏、五十嵐教之、若槻壮市
    • Organizer
      第24回日本放射光学会年会放射光科学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場、茨城
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20560251
  • [Presentation] PF構造生物ビームラインにおける高度化への取り組み2011

    • Author(s)
      山田悠介
    • Organizer
      平成23年度日本結晶学会年会及び総会
    • Place of Presentation
      札幌(北海道)
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21687010
  • [Presentation] タンパク質結晶交換ロボットPAM2010

    • Author(s)
      平木雅彦、Chavas Leonard M.G.、山田悠介、松垣直宏、五十嵐教之、若槻壮市
    • Organizer
      PF研究会「放射光利用による構造生物の将来像」
    • Place of Presentation
      KEK小林ホール、茨城
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20560251
  • [Presentation] Upgrade of High-throughput Sample Exchange Robots PAM and Development of PAM/SPACE Reversible Cassettes2010

    • Author(s)
      Masahiko Hiraki, Shokei Watanabe, Leonard M.G.Chavas, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki, Masahiro Fujihashi, Kunio Miki, Seiki Baba, Go Ueno, Masaki Yamamoto, Mamoru Suzuki, Atsushi Nakagawa, Nobuhisa Watanabe, Isao Tanaka
    • Organizer
      回折構造生物学に関する国際シンポジウムISDSB2010
    • Place of Presentation
      パリSUD大学、フランス
    • Year and Date
      2010-05-28
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20560251
  • [Presentation] PF構造生物ビームラインの高度化と自動化2010

    • Author(s)
      山田悠介
    • Organizer
      平成22年度日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      大阪大学コンベンションセンター
    • Year and Date
      2010-12-03
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21687010
  • [Presentation] 高エネ研フォトンファクトリーにおける生体高分子X線結晶構造解析ビームラインの高度化2010

    • Author(s)
      山田悠介
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      2010-12-08
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21687010
  • [Presentation] より高度なタンパク質X線結晶構造解析のための回折データ処理の自動化2010

    • Author(s)
      山田悠介
    • Organizer
      第24回日本放射光学会年会放射光科学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      2010-01-09
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21687010
  • [Presentation] 結晶交換システムPAMの高度化2010

    • Author(s)
      平木雅彦、山田悠介、松垣直宏、Leonard M.G.Chavas、五十嵐教之、若槻壮市
    • Organizer
      第23回日本放射光学会年会放射光科学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      イーグレ姫路、兵庫
    • Year and Date
      2010-01-08
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20560251
  • [Presentation] 蛋白質結晶自動交換ロボットの現状と今後の予定2010

    • Author(s)
      平木雅彦、Leonard M.G.Chavas、山田悠介、松垣直宏、五十嵐教之、若槻壮市
    • Organizer
      第27回PFシンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場、茨城
    • Year and Date
      2010-03-09
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20560251
  • [Presentation] PF構造生物ビームラインにおける全自動解説データ収集の実現への取り組み2009

    • Author(s)
      平木雅彦、山田悠介、松垣直宏、五十嵐教之、若槻壮市
    • Organizer
      第26回PFシンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場、茨城
    • Year and Date
      2009-03-25
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20560251
  • [Presentation] タンパク質結晶交換ロボットによる測定の自動化とサンプル用カセットの共通化2009

    • Author(s)
      平木雅彦、山田悠介、松垣直宏、五十嵐教之、若槻壮市、藤橋雅宏、上野剛、馬場清喜、鈴木守
    • Organizer
      第22回PF日本放射光学会年会放射光科学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京大学山上会館、東京
    • Year and Date
      2009-01-11
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20560251
  • [Presentation] Current status and developments of macromolecular crystallography beamlines at the Photon Factory2009

    • Author(s)
      Masahiko Hiraki, Leonard Chavas, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki
    • Organizer
      アジア結晶学会AsCA2009
    • Place of Presentation
      北京Jing Yi Hotel,中国
    • Year and Date
      2009-10-24
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20560251
  • [Presentation] Fully-automated data collection using PAM and development of PAM/SPACE reversible cassettes2009

    • Author(s)
      Masahiko Hiraki, Shokei Watanabe, Leonard M.G.Chavas, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki, Masahiro Fujihashi, Kunio Miki, Seiki Baba, Go Ueno, Masaki Yamamoto, 鈴木守, Atsushi Nakagawa, Nobuhisa Watanabe, Isao Tanaka
    • Organizer
      放射光装置に関する国際会議SRI2009
    • Place of Presentation
      メルボルン国際会議場,オーストラリア
    • Year and Date
      2009-10-01
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20560251
  • [Presentation] Approach for auto-mated data collection at the Photon Factory macromolecular crystal-lography beamlines2008

    • Author(s)
      Masahiko Hiraki, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Noriyuki Igarashi, Yurii Gaponov, Shokei Watanabe, Wataru Uda, Kumiko Sasajima, Nobuo pHonda, Soichi Wakatsuki
    • Organizer
      国際結晶学会IUCr2008
    • Place of Presentation
      グランキューブ大阪国際会議場、大阪
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20560251
  • [Presentation] フォトンファクトリーにおける低エネルギー利用実験の実践と今後の展開2008

    • Author(s)
      山田 悠介
    • Organizer
      第21回日本放射光学会年会 放射光科学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      立命館大学びわこ草津キャンパス
    • Year and Date
      2008-01-14
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-18770098
  • [Presentation] Recent developments for lower energy SAD phasing in the Photon Factory macromolecular crystallography beamline2007

    • Author(s)
      Y. Yamada, N. Igarashi, N. Matsugaki, M. Hiraki, M. Kawasaki, R. Kato and S. Wakatsuki
    • Organizer
      Second Asia-Oceania Forum for Synchrotron Radiation Research
    • Place of Presentation
      新竹(台湾)
    • Year and Date
      2007-11-02
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-18770098
  • 1.  MATSUGAKI Naohiro (50342598)
    # of Collaborated Projects: 4 results
    # of Collaborated Products: 16 results
  • 2.  WAKATSUKI Soichi (00332114)
    # of Collaborated Projects: 3 results
    # of Collaborated Products: 14 results
  • 3.  KATO Ryuichi (50240833)
    # of Collaborated Projects: 3 results
    # of Collaborated Products: 5 results
  • 4.  IGARASHI Noriyuki (80300672)
    # of Collaborated Projects: 3 results
    # of Collaborated Products: 14 results
  • 5.  HIRAKI Masahiko (20282676)
    # of Collaborated Projects: 3 results
    # of Collaborated Products: 14 results
  • 6.  KAWASAKI Masato (00342600)
    # of Collaborated Projects: 2 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 7.  MAKIYO Hisayoshi (00467474)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 8.  MANYA Hiroshi (20321870)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 9.  SUZUKI Nobuhiro
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 10.  RAHIGHI Simin
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  • 11.  ROHAIM Ahmed
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