Miyashita Naoyuki 宮下尚之

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NAOYUKI Miyashita 宮下尚之

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Researcher Number	20452162
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Affiliation (Current)	2025: 近畿大学, 生物理工学部, 准教授
Affiliation (based on the past Project Information) *help	2015 – 2023: 近畿大学, 生物理工学部, 准教授 2013 – 2014: 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, 研究員 2012: 独立行政法人理化学研究所, 分子機能シミュレーション研究チーム, 研究員
Review Section/Research Field	Principal Investigator Life / Health / Medical informatics / Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related / Bioinformatics/Life informatics Except Principal Investigator Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related / Basic Section 54030:Infectious disease medicine-related
Keywords	Principal Investigator APP / アルツハイマー病 / 膜タンパク質 / 分子動力学シミュレーション / レプリカ交換分子動力学法 / アミロイド前駆体タンパク質 / 構造予測 / α切断酵素 / β切断酵素 / REMD … More / コレステロール / 粗視化モデル / ラフト / タンパク質構造モデリング / 立体構造予測 / アルツハイマー病メカニズム / 切断酵素 / 相互作用計算 / 分子シミュレーション / ベータ切断酵素 / 膜貫通部位 / 粗視化モデルシミュレーション / 相互作用 / 生体膜 / PSH / 結合配置予測 / レプリカ交換法 / 結合 / γ切断酵素 / replica-exchange / 混合膜 / シミュレーション / 脂質分子 / MDシミュレーション … More Except Principal Investigator G-quadruplex / TBA / 非天然型DNAアプタマー / DNA・コバレント・アプタマーTBDcA / TBA/thrombin / DNA aptamer / Combinatorial Screening / TBDcA / DNA Covalent Aptamer / DNA Aptamer / 中和活性 / モノクローナル抗体 / ＭＤシミュレーション / Ｘ線結晶構造解析 / 中和抗体 / フラビウイルス Less

Research and development of monoclonal antibodies that can strictly distinguish Flavi viruses
- Principal Investigator
  
  KATO Ryuichi
- Project Period (FY)
  2021 – 2023
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- Review Section
  
  Basic Section 54030:Infectious disease medicine-related
- Research Institution
  High Energy Accelerator Research Organization
Molecular Dynamics Study on the Mechanism of Amyloid Beta Production in the Early Stages of Alzheimer's Disease.Principal Investigator
- Principal Investigator
  
  Miyashita Naoyuki
- Project Period (FY)
  2021 – 2023
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Review Section
  
  Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
- Research Institution
  Kindai University
Structure and nuclease resistance mechanism of non-natural DNA aptamer drugs that inhibit blood coagulation function
- Principal Investigator
  
  Watanabe Shinichi
- Project Period (FY)
  2021 – 2023
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Review Section
  
  Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
- Research Institution
  The University of Electro-Communications
Molecular Simulation Study of the Bio-membrane of the neuron in the early stage of Alzheimer's diseasePrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  Miyashita Naoyuki
- Project Period (FY)
  2017 – 2020
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Research Field
  
  Life / Health / Medical informatics
- Research Institution
  Kindai University
Development of the program module for the docking between gamma-secretase and APPPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  MIYASHITA Naoyuki
- Project Period (FY)
  2014 – 2016
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Research Field
  
  Life / Health / Medical informatics
- Research Institution
  Kindai University
  The Institute of Physical and Chemical Research
Interaction between membrane protein and lipids in the raftPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  NAOYUKI Miyashita
- Project Period (FY)
  2012 – 2013
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
- Research Field
  
  Bioinformatics/Life informatics
- Research Institution
  Institute of Physical and Chemical Research

All 2024 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017 2016 2015 2014 2013 2012 Other

All Journal Article Presentation

[Journal Article] Mutual information analysis of the dynamic correlation between side chains in proteins2021
- Author(s)
  Miyashita Naoyuki、Yonezawa Yasushige
- Journal Title
  
  The Journal of Chemical Physics
  
  Volume: 155 Issue: 4 Pages: 044107-044107
- DOI
  10.1063/5.0055662
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K05620, KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Journal Article] On-the-fly analysis of molecular dynamics simulation trajectories of proteins using the Bayesian inference method2017
- Author(s)
  Miyashita Naoyuki、Yonezawa Yasushige
- Journal Title
  
  The Journal of Chemical Physics
  
  Volume: 147 Issue: 12 Pages: 124108-124108
- DOI
  10.1063/1.4997099
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421, KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21719, KAKENHI-PLANNED-26105012
[Journal Article] Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms2016
- Author(s)
  Takaharu Mori, Naoyuki Miyashita, Wonpil Im, Michael Feig, Yuji Sugita
- Journal Title
  
  Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes
  
  Volume: in Press Issue: 7 Pages: 1635-1651
- DOI
  10.1016/j.bbamem.2015.12.032
- Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26330341, KAKENHI-PROJECT-15H05594, KAKENHI-PLANNED-26119006
[Journal Article] REIN: Replica-Exchange INterface for Simulating Protein Dynamics and Function2015
- Author(s)
  Naoyuki Miyashita, Suyong Re, Yuji Sugita
- Journal Title
  
  International Journal of Quantum Chemistry
  
  Volume: 115 Issue: 5 Pages: 325-332
- DOI
  10.1002/qua.24785
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-25330358, KAKENHI-PROJECT-26330341
[Journal Article] Multidimensional Umbrella Sampling and Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations for Structure Prediction of Transmembrane Helix Dimers2013
- Author(s)
  Pai-Chi Li, Naoyuki Miyashita, Wonpil Im, Satoshi Ishido, Yuji Sugita
- Journal Title
  
  Journal of Computational Chemistry
  
  Volume: Vol. 35, Issue 4
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] Molecular Dynamics simulation of the complex of the multiple distinctive structurral regions in the WNV envelope and humanmonoclonal antibody2024
- Author(s)
  Masahito Yoshikawa, Hideyuki Masaki, Ryuuichi Kato, Tatsuhiko Ozawa, Naoyuki Miyashita
- Organizer
  21st IUPAB Congress 2024 (IUPAB2024)
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21H02971
[Presentation] AUTOMATED METHOD FOR PROPOSING MUTANT SEQUENCES IN A SMALL DOMAIN USING A PROTEIN STRUCTURE-BASED DEEP NEURAL NETWORK2024
- Author(s)
  Naoyuki Miyashita*, and Kazuya Iwano
- Organizer
  68th Annual Meeting of the Biophysical Society
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[Presentation] Deep Neural NetworkとAlphaFold2及びMDシミュレーションを用いたタンパク質の部分配列デザインプロトコルの開発2023
- Author(s)
  岩野和哉, 中条貴裕, 塩田優真, 宮下尚之*
- Organizer
  第37回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[Presentation] Deep Neural Networkを用いたレプリカ温度調整法の開発2023
- Author(s)
  中条貴裕,斎藤聖奈,松倉里紗,宮下尚之
- Organizer
  日本物理学会2023年春季大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] PDBデータとDeep Neural Networkを用いたタンパク質の一部分の形状からアミノ酸配列を設計する手法の提案2023
- Author(s)
  岩野和哉, 塩田優真, 宮下尚之*
- Organizer
  日本物理学会第78回年次大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[Presentation] MDシミュレーションを用いたWNVエンベロープ蛋白質部分モデルと中和ヒトモノクロナール抗体との相互作用に関する研究2023
- Author(s)
  吉川誠仁, 加藤龍一, 小澤龍彦, 正木秀幸, 宮下尚之
- Organizer
  第29回トガ・フラビ・ペスチウイルス研究会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21H02971
[Presentation] α切断酵素とβ切断酵素の全長構造の構造モデリングとそのダイナミクス2023
- Author(s)
  藤本凌, 齊藤聖奈,中条貴裕, 宮下尚之
- Organizer
  日本物理学会第78回年次大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] MOLECULAR DYNAMICS STUDY OF THE MECHANISM OF THE CLIENT UNFOLDED PROTEIN DELIVERY FROM HSP40 TO HSP702023
- Author(s)
  Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita
- Organizer
  Biophysical Society Annual Meeting BPS2023, San Diego (USA), 2/18-22, 2023
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[Presentation] The structure modeling of the whole sequence of α-secretase in the membrane and the dynamics.2023
- Author(s)
  藤本凌, 齊藤聖奈, 中条貴裕, 柳野賀緒梨, 宮下尚之
- Organizer
  第２３回日本蛋白質科学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] Simulation Study of the Interaction Between the Transmembrane Domain of Amyloid Precursor Protein and the Transmembrane Domains of alpha-, beta- and gamma- Secretases in the Membrane During the Early Stages of Alzheimer’s Disease.2023
- Author(s)
  N. Miyashita, K. Yanagino, C. Minami, R. Fujimoto, S. Shimogochi, R. Kiyooka
- Organizer
  MRM2023 IUMRS-ICA2023, Advanced Material Research Grand Meeting
- Invited / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] AUTOMATED METHOD FOR PROPOSING MUTANT SEQUENCES IN A SMALL DOMAIN USING A PROTEIN STRUCTURE-BASED DEEP NEURAL NETWORK2023
- Author(s)
  Naoyuki Miyashita*, and Kazuya Iwano
- Organizer
  68th Annual Meeting of the Biophysical Society
- Invited / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] HPCを用いたアルツハイマー病関連タンパク質γ切断酵素とコレステロールとの相互作用2023
- Author(s)
  南知香, 宮下尚之
- Organizer
  超異分野学会東京大会2023
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] 共有結合型ペプチド薬剤とGST二量体との相互作用機構2023
- Author(s)
  松倉里紗, 瀧真清, 宮下尚之, 渡辺信一, Jay Yang
- Organizer
  日本物理学会2023年春季大会, オンライン開催, 3/22-25, 2023
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[Presentation] The role of gamma-secretase and cholesterols in the molecular mechanism of A beta peptide production of the early stage of Alzheimer’s disease2023
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  第２３回日本蛋白質科学会年会
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] Morphing Method Using the Trajectories of Molecular Dynamics Simulations and Deep Neural Network and the Applications2023
- Author(s)
  Naoyuki Miyashita
- Organizer
  The 6th International Conference on Molecular Simulation (ICMS2023)
- Invited / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] HSP40 binding affects the stability of HSP702022
- Author(s)
  Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita
- Organizer
  第60回日本生物物理学会, 函館アリーナ・函館市民会館, 9/28-30, 2022
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[Presentation] Coarse-grained model Simulation study of the docking process of γ-secretase and APP/ Notch2022
- Author(s)
  Chika Minami, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita
- Organizer
  第60回日本生物物理学会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] ペプチド型共有結合薬剤とGSTタンパク質との結合構造に関する分子動力学シミュレーション2022
- Author(s)
  松倉里紗, 瀧真清，宮下尚之，渡辺信一
- Organizer
  日本物理学会2022年秋季大会，東京工業大学，9/12-15, 2022
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[Presentation] アミロイド前駆体タンパク質と Notch 受容体の膜貫通部位とγ-切断酵素との相互作用とコレステロールとの関わり2022
- Author(s)
  南知香, 松倉里紗, 宮下尚之
- Organizer
  日本物理学会2022年秋季大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] Application of the Protein Morphing Method and the Semi-automatic Simplified Path Exploration to the Membrane Protein Dimers Dynamics2022
- Author(s)
  Ryota Kiyooka, Masaki Ottawa, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita
- Organizer
  第60回日本生物物理学会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] γ切断酵素と APP の結合過程におけるコレステロールの役割2022
- Author(s)
  南知香, 松倉里紗, 宮下尚之
- Organizer
  第36回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] Deep Neural Networkを用いたタンパク質の構造データからアミノ酸配列を提案するプログラムの開発2022
- Author(s)
  岩野和哉，清岡亮太，宮下尚之
- Organizer
  日本物理学会2022年秋季大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] Molecular dynamics study of the interaction between a GST dimer and a novel peptidic covalent aptamer2022
- Author(s)
  Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita, Masumi Taki, Shinichi Watanabe, Jay Yang
- Organizer
  CBI学会2022年大会, タワーホール船堀, 10/25-27, 2022
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[Presentation] Deep Neural Network を用いた形からアミノ酸配列提案するプログラムの並列学習器モデルの考察2022
- Author(s)
  岩野和哉，清岡亮太，宮下尚之
- Organizer
  第36回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] 生体膜中におけるAPPとα-/β-切断酵素との相互作用機構2021
- Author(s)
  柳野賀緒梨，大多和克紀，松倉里紗，○宮下尚之
- Organizer
  日本物理学会第76回年次大会(2021年),
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] Interaction Between Cholesterol and Substrate Binding Sites of gamma-secretase2021
- Author(s)
  Chika Minami, Naoyuki Miyashita,
- Organizer
  第59回日本生物物理学会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] 粗視化モデル分子動力学シミュレーションを用いたNotchとγ切断酵素の相互作用とその結合機構2021
- Author(s)
  南知香, 宮下尚之
- Organizer
  分子生物学会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] ラフト環境下におけるγ切断酵素とそれによって切断される膜タンパク質の膜貫通部位と脂質分子の相互作用2021
- Author(s)
  南知香, 宮下尚之
- Organizer
  第35回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] 分子シミュレーションで見るアルツハイマー病初期過程で働く膜タンパク質と脂質分子との相互作用2021
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  蛋白質研究所セミナー『生体膜上の生物化学ー解析法の進展から細胞内オルガネラのバイオロジーまでー』
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] Interaction between Amyloid precursor protein and the transmembrane region of beta-secretase and the dynamics2021
- Author(s)
  Naoyuki Miyashita, Kaori Yanagino, Lisa Matsukura, Masaki Ottawa
- Organizer
  Pacifichem 2021
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] 粗視化モデルシミュレーションを用いた脂質分子とγ切断酵素との相互作用研究2021
- Author(s)
  Chika Minami, Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita
- Organizer
  第23回理論化学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[Presentation] STRUCTURE PREDICTION OF THE TRANSMEMBRANE REGION OF ALPHA- AND BETA- SECRETASES USING REPLICA-EXCHANGE MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS, AND THE INTERACTION BETWEEN AMYLOID PRECURSOR PROTEIN AND THEM2021
- Author(s)
  Kaori Yanagino，Naoyuki Miyashita
- Organizer
  65th Biophysical Society Annual Meeting BPS2021
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] β切断酵素とAPPの膜貫通部位の相互作用インターフェース2020
- Author(s)
  柳野賀緒梨，宮下尚之
- Organizer
  日本物理学会2020年秋季大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] α切断酵素の膜貫通部位の構造予測とAPPの膜貫通部位との相互作用2020
- Author(s)
  柳野賀緒梨，宮下尚之
- Organizer
  第43回日本分子生物学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] Structure Prediction of the transmembrane domain of alpha- and beta-secretases and the structural differences2020
- Author(s)
  Kaori Yanagino，Naoyuki Miyashita
- Organizer
  第20回日本蛋白質科学会年会，SORA札幌コンベンションセンター
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] α切断酵素とβ切断酵素の膜貫通部位の構造予測とそのダイナミクス2020
- Author(s)
  柳野賀緒梨，宮下尚之
- Organizer
  第34回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] コンピュータシミュレーションを用いたアルツハイマー病の初期分子機構にかかわるβ切断酵素のダイナミクス2020
- Author(s)
  柳野賀緒梨，宮下尚之
- Organizer
  第9回超異分野本大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] Interaction Between beta-Secretase and APP in The Biological Membrane, and The Structure Prediction of The TM domain of alpha-Secretase.2020
- Author(s)
  Kaori Yanagino，Naoyuki Miyashita
- Organizer
  第58回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] アルツハイマー病初期過程におけるβ切断酵素とAPPの相互作用機構2020
- Author(s)
  柳野賀緒梨，南知香，宮下尚之*
- Organizer
  第75回日本物理学会（２０２０年）年次大会, 名古屋大学（名古屋）WEB開催
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] アルツハイマー病初期分子機構に関係するβ切断酵素の膜貫通部位の構造予測トラフトとの相互作用2019
- Author(s)
  柳野賀緒梨, 古江祐也, 宮下尚之*
- Organizer
  第33回分子シミュレーション討論会, 名古屋市公会堂
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] α切断酵素とβ切断酵素の膜貫通部位の構造予測とラフト環境との相互作用2019
- Author(s)
  Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita*
- Organizer
  第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] アルツハイマー病関連タンパク質であるβ切断酵素の構造予測と生体膜での相互作用2019
- Author(s)
  柳野賀緒梨, 宮下尚之*
- Organizer
  近畿大学大学院サイエンスネットワーク2019第9回院生サミット, 近畿大学東大阪キャンパス
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] β切断酵素の膜貫通部位の構造予測と生体膜中でのダイナミクス2019
- Author(s)
  柳野賀緒梨, 高橋良太, 古江祐也, 宮下尚之
- Organizer
  日本物理学会第７４回年次大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] Structure Prediction of Transmembrane domain of beta-secretase2019
- Author(s)
  Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita*
- Organizer
  第19回日本蛋白質科学会年会, 神戸国際会議場
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] 近畿大学生物理工学部電算機センターHPCとアルツハイマー病初期過程の分子機構2019
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  第４回近畿大学認知症 Core 研究(DoIK)シンポジウムー認知症克服に向けた工学的アプローチー
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] アルツハイマー病関連タンパク質であるβ切断酵素の膜貫通部位とラフトとの相互作用2019
- Author(s)
  柳野賀緒梨, 宮下尚之*
- Organizer
  日本物理学会2019年秋季物理学会, 岐阜大学
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] Interaction between amyloid precursor protein and beta-secretase in the bio-membrane2019
- Author(s)
  Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita*
- Organizer
  第57回日本生物物理学会年会, シーガイアコンベンションセンター
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] イオンの結合によるリボスイッチSPINACHの分子ダイナミクスへの影響2018
- Author(s)
  大西庸嵩、古江祐也、宮下尚之*、白木琢磨、米澤康滋
- Organizer
  日本物理学会第７３回年次大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] 機械学習を用いたテンプレートベースのタンパク質構造モデリング2018
- Author(s)
  古江祐也、宮下尚之*
- Organizer
  日本物理学会第７３回年次大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] アルツハイマー病の初期機構に関わる生体分子の形と動きを分子シミュレーションで見る2018
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  FS-06フォーカストセッション「計算科学と構造生物学による神経変性疾患克服への挑戦」, CBI学会2018年大会
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] 薬剤の有無によるリボスイッチの構造変化2017
- Author(s)
  大西庸嵩、古江祐也、白木琢磨、米澤康滋、宮下尚之*
- Organizer
  第31回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[Presentation] 20aK-PS-52「ペプチドのリンカーによる構造揺らぎの抑制」2017
- Author(s)
  松井直人, 古江祐也, 宮下尚之, 瀧真清, 渡辺信一
- Organizer
  日本物理学会第72回年次大会(2017年)
- Place of Presentation
  大阪大学（大阪府豊中市）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[Presentation] アルツハイマー病の初期分子聞こうと分子シミュレーション～治療薬創薬に向けて～2017
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  第2回認知症高齢者の生活の質向上のための学際的シンポジウム
- Place of Presentation
  近畿大学東大阪キャンパス（大阪府東大阪市）
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[Presentation] アルツハイマー病の初期分子機構　～コレステロールとアミロイド前駆体タンパク質の二量体化～2016
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  蛋白研セミナー　構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
- Place of Presentation
  東京大学　先端科学技術研究センター 3号館南棟　ENEOSホール（東京都目黒区）
- Year and Date
  2016-03-01
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[Presentation] 生体分子シミュレーションと疾患機構～アルツハイマー病とコレステロール～2016
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  バイオメクフォーラム２１研究会第８１回研究会
- Place of Presentation
  大阪大学基礎工学部シグマホール（大阪府豊中市）
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[Presentation] コレステロールとアミロイド前駆体タンパク質APPの相互作用(ポスター)2016
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  蛋白研セミナー　構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
- Place of Presentation
  東京大学　先端科学技術研究センター 3号館南棟　ENEOSホール（東京都目黒区）
- Year and Date
  2016-03-01
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[Presentation] アルツハイマー病初期機構における脂質と鍵となる膜タンパク質の相互作用2016
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  蛋白研セミナー「膜タンパク質の構造ダイナミクス」
- Place of Presentation
  大阪大学蛋白質研究所(大阪府吹田市)
- Year and Date
  2016-05-12
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[Presentation] コレステロールのアミロイド前駆体タンパク質（APP）二量体形成機構への影響2016
- Author(s)
  宮下尚之, 小串典子, 杉田有治
- Organizer
  日本物理学会　第71回年次大会（2016年）
- Place of Presentation
  東北学院大学(宮城県仙台市)
- Year and Date
  2016-03-19
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[Presentation] 生体分子シミュレーションによるアルツハイマー病の分子機構へのアプローチ --アルツハイマー病初期過程--2015
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  電気通信大学　第三回生体機能システムコース　化学＆生物学セミナー
- Place of Presentation
  電気通信大学（東京都調布市）/東4号館802
- Year and Date
  2015-05-11
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[Presentation] アルツハイマー病の初期分子機構と分子シミュレーション2015
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  第6 回計算統計物理学研究会（年会）
- Place of Presentation
  名古屋大学（愛知県名古屋市）
- Year and Date
  2015-11-21
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[Presentation] 脂質分子とアミロイド前駆体タンパク質（APP）との相互作用とダイナミクス2015
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  神戸大学先端融合科学シンポジウム『生体分子のダイナミクスを眺める』
- Place of Presentation
  神戸大学（兵庫県神戸市）/理学研究科Z201・202
- Year and Date
  2015-01-19
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[Presentation] ガンやアルツハイマー病に関係する膜タンパク質の二量体構造予測とラフト環境における構造揺らぎ2015
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  ～スパコン「京」がひらく科学と社会～第2回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会
- Place of Presentation
  日本未来館（東京都江東区）
- Year and Date
  2015-10-26
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[Presentation] 疾患プロセスの詳細を生体分子シミュレーションで理解する～アルツハイマー病の初期過程～2015
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  『地域・産学連携のためのライフイノベーション拠点形成』第一回成果評価会
- Place of Presentation
  近畿大学生物理工学部（和歌山県紀の川市）/2号館2階会議室
- Year and Date
  2015-02-27
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[Presentation] SIMULATION STUDY OF THE INTERACTION BETWEEN THE TRANSMEMBRANE REGION OF AMYLOID PRECURSOR PROTEIN AND LIPIDS2014
- Author(s)
  宮下尚之、小串典子、杉田有治
- Organizer
  新学術領域研究「動的秩序と機能」第2回国際シンポジウム（国際シンポジウム）
- Place of Presentation
  京都　キャンパスプラザ京都
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] Simulation study of the interaction between between the transmembrane region of Amyloid precursor protein and Lipids2014
- Author(s)
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- Organizer
  新学術領域研究「動的秩序と機能」第2回国際シンポジウム
- Place of Presentation
  京都キャンパスプラザ京都
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] The Simulation Study of the Interaction between Transmembrane Region of Amyloid Precursor Proteinj and Cholesterols2013
- Author(s)
  宮下尚之、小串典子、杉田有治
- Organizer
  第4回AICS国際シンポジウ (国際シンポジウム)
- Place of Presentation
  神戸　計算科学研究機構
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] レプリカ交換分子動力学インターフェースプログラム2013
- Author(s)
  宮下尚之,李秀栄,杉田有治
- Organizer
  「グランドチャレンジ・アプリケーションの研究開発」公開シンポジウム
- Place of Presentation
  東京大学山上会館
- Year and Date
  2013-03-11
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] 混合脂質(ラフト)の膜タンパク質の構造・ダイナミクスへの影響2013
- Author(s)
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- Organizer
  平成25年度「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題中間報告会
- Place of Presentation
  東京タイム24ビル
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] 混合脂質膜(ラフト)の膜タンパク質の構造・ダイナミクスへの影響2013
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  平成24年度「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題中間報告会
- Place of Presentation
  東京イイノカンファレンスセンター
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] The Structure of Amyloid Precursor Protein in The Membrane and The Development of Replica-exchange Interface Program (REIN)2013
- Author(s)
  宮下尚之、小串典子、杉田有治
- Organizer
  Membrane Protein Folding (Biophysical Society)
- Place of Presentation
  Seoul, South Korea
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] 混合脂質膜（ラフト）の膜タンパク質の構造・ダイナミクスへの影響2013
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  平成２４年度「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題中間報告会
- Place of Presentation
  東京　イイノカンフアレンスセンター
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] The Interaction Between Transmembrane Region of Amyloid Precursor Protein (APP) and Cholesterols2013
- Author(s)
  宮下尚之、小串典子、杉田有治
- Organizer
  ICMS2013 (3rd International Conference on Molecular Simulation)　（国際会議）
- Place of Presentation
  神戸国際会議場
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] アミロイド前駆体タンパク質(APP)の膜貫通領域とコレステロールとの相互作用2013
- Author(s)
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- Organizer
  日本物理学会2013年秋季大会
- Place of Presentation
  徳島大学
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] Replica-exchange interface program: REIN2013
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  文部科学省委託事業「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」
- Place of Presentation
  東京大学武田ホール
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] The Interaction Between Transmembrane Region of Amyloid Precursor Protein (APP) and Cholesterols2013
- Author(s)
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- Organizer
  ICMS2013 (3^<rd> International Confrence on Molecular Simulation)
- Place of Presentation
  神戸国際会議場
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] Replica-exchange interface program : REIN2013
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  文部科学省委託事業「次世代生命体統合シミュレーションソフトウエア研究開発」
- Place of Presentation
  東京大学武田ホール
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] Replica-exchange Interface program : REIN2013
- Author(s)
  宮下尚之,李秀栄,杉田有治
- Organizer
  3^<rd> AICS International Symposium-Computer and Computational Science for exascale
- Place of Presentation
  神戸AICS
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] Replica-exchange interface program: REIN2013
- Author(s)
  Naoyuki Miyashita, Suyong Re, Yuji Sugita
- Organizer
  3rd AICS International Symposium -Computer and Computational Sciences for Exascale
- Place of Presentation
  神戸 AICS
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] アミロイド前駆体タンパク質とコレステロールとの相互作用2013
- Author(s)
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- Organizer
  日本生物物理学会第51回年会
- Place of Presentation
  京都国際会館
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] The Simulation Study of the Interaction between Transmembrane Region of Amyloid Precursor Protein and Choleserols2013
- Author(s)
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- Organizer
  第4回AICS国際シンポジウム
- Place of Presentation
  神戸計算科学研究機構(AICS)
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] The Structure of Amyloid Precursor Protein In The Membrane and The Development of Replica-exchange Interface Program (REIN)2013
- Author(s)
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- Organizer
  Membrane Protein Folding (Biophysical Society)
- Place of Presentation
  Seoul, South Korea
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] コレステロールとAmyloid Precursor Protein (APP)の膜貫通部位との相互作用のシミュレーション研究2013
- Author(s)
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- Organizer
  第36回日本分子生物学会年会
- Place of Presentation
  神戸国際会議場
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] コレステロールとAmyloid Precursor Protein (APP) の膜貫通部位との相互作用のシミュレーション研究2013
- Author(s)
  宮下尚之、小串典子、杉田有治
- Organizer
  第36回日本分子生物学会年会
- Place of Presentation
  神戸国際会議場
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] 混合脂質膜（ラフト）の膜タンパク質の構造・ダイナミクスへの影響2013
- Author(s)
  宮下尚之、小串典子、杉田有治
- Organizer
  平成25年度「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題中間報告会
- Place of Presentation
  東京　タイム２４ビル
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] レプリカ交換インターフェース (REIN)2012
- Author(s)
  宮下尚之, 李秀栄, 杉田有治
- Organizer
  第26回分子シミュレーション討論会
- Place of Presentation
  九州大学
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] Replica-exchange INterface program2012
- Author(s)
  宮下尚之, 李秀栄, 杉田有治
- Organizer
  日本物理学会 2012年秋季大会
- Place of Presentation
  横浜国立大学
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] Replica-exchange Interface Program2012
- Author(s)
  宮下尚之,李秀栄,杉田有治
- Organizer
  日本物理学会2012年秋季大会
- Place of Presentation
  横浜国立大学
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] レプリカ交換インターフェース(REIN)2012
- Author(s)
  宮下尚之,李秀栄,杉田有治
- Organizer
  第26回分子シミュレーション討論会
- Place of Presentation
  九州大学
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] Replica-exchange interface program (REIN)2012
- Author(s)
  宮下尚之,李秀栄,杉田有治
- Organizer
  第50回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  名古屋大学
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] Replica-exchange interface program (REIN)2012
- Author(s)
  宮下尚之, 李秀栄, 杉田有治
- Organizer
  第50 回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  名古屋大学
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[Presentation] APPの二量化とコレステロール
- Author(s)
  宮下尚之
- Organizer
  バイオスーパーコンピューティング研究会冬の学校
- Place of Presentation
  休暇村伊良湖（愛知県田原市）/会議室
- Year and Date
  2015-01-30 – 2015-01-31
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26330341

1. KATO Ryuichi (50240833)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 2 results
2. Watanabe Shinichi (60210902)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 3 results
3. 小澤龍彦 (10432105)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 2 results
4. 正木秀幸 (90247982)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 2 results
5. 瀧真清 (70362952)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 3 results
6. 山越智健 (30801245)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 0 results
7. TAKAJI Tatsuya

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 0 results
8. 米澤康滋

# of Collaborated Projects: 0 results

# of Collaborated Products: 1 results
9. 杉田有治

# of Collaborated Projects: 0 results

# of Collaborated Products: 1 results
10. 李秀栄

# of Collaborated Projects: 0 results

# of Collaborated Products: 1 results

Miyashita Naoyuki 宮下 尚之

NAOYUKI Miyashita 宮下 尚之

Research Projects

Research Products

Co-Researchers

Research and development of monoclonal antibodies that can strictly distinguish Flavi viruses

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

Molecular Dynamics Study on the Mechanism of Amyloid Beta Production in the Early Stages of Alzheimer's Disease.Principal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

Structure and nuclease resistance mechanism of non-natural DNA aptamer drugs that inhibit blood coagulation function

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

Molecular Simulation Study of the Bio-membrane of the neuron in the early stage of Alzheimer's diseasePrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

Development of the program module for the docking between gamma-secretase and APPPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

Interaction between membrane protein and lipids in the raftPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

[Journal Article] Mutual information analysis of the dynamic correlation between side chains in proteins2021

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] On-the-fly analysis of molecular dynamics simulation trajectories of proteins using the Bayesian inference method2017

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms2016

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] REIN: Replica-Exchange INterface for Simulating Protein Dynamics and Function2015

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Multidimensional Umbrella Sampling and Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations for Structure Prediction of Transmembrane Helix Dimers2013

Author(s)

Journal Title

Data Source

[Presentation] Molecular Dynamics simulation of the complex of the multiple distinctive structurral regions in the WNV envelope and humanmonoclonal antibody2024

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] AUTOMATED METHOD FOR PROPOSING MUTANT SEQUENCES IN A SMALL DOMAIN USING A PROTEIN STRUCTURE-BASED DEEP NEURAL NETWORK2024

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] Deep Neural NetworkとAlphaFold2及びMDシミュレーションを用いたタンパク質の部分配列デザインプロトコルの開発2023

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] Deep Neural Networkを用いたレプリカ温度調整法の開発2023

Author(s)

Organizer

Miyashita Naoyuki 宮下尚之

NAOYUKI Miyashita 宮下尚之