Ono Junichi 小野純一

Researcher Number	30777991
Other IDs
Affiliation (Current)	2025: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 主任研究員
Affiliation (based on the past Project Information) *help	2024: 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), その他(招聘研究員) 2022 – 2023: 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 次席研究員 2020 – 2022: 京都大学, 実験と理論計算科学のインタープレイによる触媒・電池の元素戦略研究拠点ユニット, 特定研究員
Review Section/Research Field	Principal Investigator Basic Section 32010:Fundamental physical chemistry-related / Complex systems Except Principal Investigator Broad Section E
Keywords	Principal Investigator 自由エネルギー解析 / インシリコ創薬 / 量子分子動力学法 / バクテリオロドプシン / 微生物型ロドプシン / 光受容膜タンパク質 / 生体内プロトン輸送 / 大規模量子分子動力学法 / 高速分子動画 / 仮想スクリーニング … More / アロステリック共有結合阻害 / RASタンパク質 / 光生命化学 / 励起状態分子動力学 / 大規模量子分子動力学 / アニオンポンプ / NM-R3 / 異性化反応 / 酵素反応分子動力学法 / 共有結合阻害剤 / メインプロテアーゼ / SARS-CoV-2 / COVID-19 / 新型コロナウイルス / プロトン化状態 … More Except Principal Investigator GPUアクセラレータ / 励起状態ダイナミクス / 分割統治型密度汎関数強束縛法 / 励起状態 / 光活性イエロータンパク質（PYP） / バクテリオロドプシン（BR） / 量子的分子動力学（QMD）法 / 非断熱遷移 / 励起状態 / 光活性イエロータンパク質 / FoF1-ATP合成酵素 / バクテリオロドプシン / 遍在プロトン / 量子的分子動力学法 / 光受容タンパク質 Less

Next-generation in silico drug discovery toward allosteric covalent inhibition against RAS oncogenesPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  小野純一
- Project Period (FY)
  2024 – 2026
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Review Section
  
  Basic Section 32010:Fundamental physical chemistry-related
- Research Institution
  Waseda University
Elucidation of photo-biochemistry phenomena by combining molecular movies with large-scale excited-state molecular dynamicsPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  小野純一
- Project Period (FY)
  2022 – 2023
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
- Review Section
  
  Complex systems
- Research Institution
  Waseda University
Enzymatic reaction molecular dynamics simulations for covalent inhibitors of SARS-CoV-2 main proteasePrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  Ono Junichi
- Project Period (FY)
  2021 – 2023
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Review Section
  
  Basic Section 32010:Fundamental physical chemistry-related
- Research Institution
  Waseda University
  Kyoto University
Elucidation of the proton translocation mechanism in biological systems using the large-scale quantum molecular dynamics method based on molecular moviesPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  小野純一
- Project Period (FY)
  2020 – 2021
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
- Review Section
  
  Complex systems
- Research Institution
  Kyoto University
Clarification of Ubiquitous Proton Function in Photoreceptive Proteins by Quantum Molecular Dynamics Simulations
- Principal Investigator
  
  Nakai Hiromi
- Project Period (FY)
  2018 – 2022
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (S)
- Review Section
  
  Broad Section E
- Research Institution
  Waseda University

All 2024 2023 2022 2021 2020 2019 2018

All Journal Article Presentation

[Journal Article] Exploring multiple reaction pathways in the proteolysis of SARS-CoV-2 main protease through large-scale quantum molecular dynamics2024
- Author(s)
  J. Ono, U. Koshimizu, Y. Fukunishi, H. Nakai
- Journal Title
  
  Research Square
  
  Volume: -
- DOI
  10.21203/rs.3.rs-4036418/v1
- Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993, KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Journal Article] Conformational Dynamics in Proteins: Entangled Slow Fluctuations and Nonequilibrium Reaction Events2023
- Author(s)
  Ono Junichi、Matsumura Yoshihiro、Mori Toshifumi、Saito Shinji
- Journal Title
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  Volume: 128 Issue: 1 Pages: 20-32
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.3c05307
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K17361, KAKENHI-PUBLICLY-22H04749, KAKENHI-PROJECT-21H04676, KAKENHI-PROJECT-23K23303
[Journal Article] Updating view of membrane transport proteins by simulation studies2023
- Author(s)
  T. Sumikama, B. Corry, J. Ono, C. Kobayashi, K. Okazaki
- Journal Title
  
  Biophysics and Physicobiology
  
  Volume: 20 Issue: 4 Pages: n/a
- DOI
  10.2142/biophysico.bppb-v20.0041
- ISSN
  2189-4779
- Language
  English
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Journal Article] 分子動力学シミュレーションによる生体分子中での化学反応機構と構造変化ダイナミクスの解明2023
- Author(s)
  小野純一
- Journal Title
  
  理論化学会誌「フロンティア」
  
  Volume: 5 Pages: 62-72
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Journal Article] Hybrid <i>in Silico</i> Drug Discovery Study toward the Development of Oral Antivirals for COVID-192022
- Author(s)
  U. Koshimizu, J. Ono, Y. Fukunishi, H. Nakai
- Journal Title
  
  J. Comput. Chem. Jpn.
  
  Volume: 21 Issue: 2 Pages: 48-51
- DOI
  10.2477/jccj.2022-0029
- ISSN
  1347-1767, 1347-3824
- Language
  Japanese
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993, KAKENHI-PROJECT-18H05264, KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Journal Article] Hydroxide Ion Mechanism for Long‐Range Proton Pumping in the Third Proton Transfer of Bacteriorhodopsin2022
- Author(s)
  Ono Junichi、Okada Chika、Nakai Hiromi
- Journal Title
  
  ChemPhysChem
  
  Volume: 23 Issue: 22
- DOI
  10.1002/cphc.202200109
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264, KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Journal Article] Multiple protonation states in ligand-free SARS-CoV-2 main protease revealed by large-scale quantum molecular dynamics simulations2022
- Author(s)
  Ono Junichi、Koshimizu Uika、Fukunishi Yoshifumi、Nakai Hiromi
- Journal Title
  
  Chemical Physics Letters
  
  Volume: 794 Pages: 139489-139489
- DOI
  10.1016/j.cplett.2022.139489
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-20H05447, KAKENHI-PROJECT-18H05264, KAKENHI-PROJECT-21K04993
[Journal Article] Analysis of the behavior of Zn atoms with a Pb additive on the surface during Zn electrodeposition2022
- Author(s)
  Onabuta Yusuke、Kunimoto Masahiro、Ono Fumimasa、Fukunaka Yasuhiro、Nakai Hiromi、Zangari Giovanni、Homma Takayuki
- Journal Title
  
  Electrochemistry Communications
  
  Volume: 138 Pages: 107291-107291
- DOI
  10.1016/j.elecom.2022.107291
- Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264, KAKENHI-PROJECT-23K21041, KAKENHI-PROJECT-20J23239
[Journal Article] Quantum-Mechanical Molecular Dynamics Simulations on Secondary Proton Transfer in Bacteriorhodopsin Using Realistic Models2021
- Author(s)
  Nakai Hiromi、Takemura Toshiaki、Ono Junichi、Nishimura Yoshifumi
- Journal Title
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  Volume: 125 Issue: 39 Pages: 10947-10963
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.1c06231
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-20H05447, KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Journal Article] バクテリオロドプシンの分子動画に基づく大規模量子分子動力学法によるプロトン移動反応の解析2021
- Author(s)
  小野純一，今井みの莉，西村好史，中井浩巳
- Journal Title
  
  分子シミュレーション学会誌アンサンブル
  
  Volume: 23 Pages: 171-175
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-20H05447
[Journal Article] Weighted histogram analysis method for multiple short-time metadynamics simulations2020
- Author(s)
  Ono Junichi、Nakai Hiromi
- Journal Title
  
  Chemical Physics Letters
  
  Volume: 751 Pages: 137384-137384
- DOI
  10.1016/j.cplett.2020.137384
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Journal Article] Hydroxide Ion Carrier for Proton Pumps in Bacteriorhodopsin: Primary Proton Transfer2020
- Author(s)
  Ono Junichi、Imai Minori、Nishimura Yoshifumi、Nakai Hiromi
- Journal Title
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  Volume: 124 Issue: 39 Pages: 8524-8539
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.0c05507
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-20H05447, KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Journal Article] Catalytic Dehydrogenation of Ethane over Doped Perovskite via the Mars?van Krevelen Mechanism2020
- Author(s)
  Toko Kenta、Ito Kazuharu、Saito Hikaru、Hosono Yukiko、Murakami Kota、Misaki Satoshi、Higo Takuma、Ogo Shuhei、Tsuneki Hideaki、Maeda Shun、Hashimoto Kunihide、Nakai Hiromi、Sekine Yasushi
- Journal Title
  
  The Journal of Physical Chemistry C
  
  Volume: 124 Issue: 19 Pages: 10462-10469
- DOI
  10.1021/acs.jpcc.0c00138
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17H01344, KAKENHI-PROJECT-19J10015, KAKENHI-PROJECT-18K04839, KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Journal Article] Development of Large-Scale Excited-State Calculations Based on the Divide-and-Conquer Time-Dependent Density Functional Tight-Binding Method2019
- Author(s)
  Komoto Nana、Yoshikawa Takeshi、Ono Junichi、Nishimura Yoshifumi、Nakai Hiromi
- Journal Title
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  Volume: 15 Issue: 3 Pages: 1719-1727
- DOI
  10.1021/acs.jctc.8b01214
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Journal Article] Development of the Divide-and-Conquer Time-Dependent Density Functional Tight-Binding Method for Photoreceptor Protein2018
- Author(s)
  KOMOTO Nana、YOSHIKAWA Takeshi、ONO Junichi、NAKAI Hiromi
- Journal Title
  
  J. Comput. Chem. Jpn.
  
  Volume: 17 Issue: 3 Pages: 127-129
- DOI
  10.2477/jccj.2018-0032
- NAID
  130007498426
- ISSN
  1347-1767, 1347-3824
- Language
  Japanese
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] 量子分子動力学法による生体化学反応機構の解明2024
- Author(s)
  小野純一
- Organizer
  スーパーコンピュータワークショップ2023「シミュレーション、インフォマティクス、AIによる生体分子科学の最前線」
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993
[Presentation] 発がん性KRAS(G12D)を標的とした共有結合阻害剤のインシリコ創薬研究2024
- Author(s)
  小野純一
- Organizer
  第36回新学術領域「高速分子動画」オンラインセミナー
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Presentation] 量子分子動力学法による生体化学反応機構の解明2024
- Author(s)
  小野純一
- Organizer
  スーパーコンピュータワークショップ2023「シミュレーション、インフォマティクス、AIによる生体分子科学の最前線」
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Presentation] Discovery of potent covalent inhibitors against SARS-CoV-2 main protease by hybrid in silico drug study2023
- Author(s)
  Uika Koshimizu, Junichi Ono, Yoshifumi Fukunishi, Hiromi Nakai
- Organizer
  The 61st Annual Meeting of Biophysical Society of Japan
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993
[Presentation] がん遺伝子産物RASのアロステリック共有結合阻害剤の開発に向けたハイブリッド型in silico創薬2023
- Author(s)
  橋本拓也，小野純一，小清水初花，中井浩巳
- Organizer
  第37回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993
[Presentation] Unification of molecular movies and quantum molecular dynamics2023
- Author(s)
  Junichi Ono
- Organizer
  “Molecular Movies” International Symposium 2023
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Presentation] Proton transfer reactions in proteins revealed by quantum molecular dynamics2023
- Author(s)
  Junichi Ono
- Organizer
  The 6th China-Japan-Korea tripartite Workshop on Theoretical and Computational Chemistry (CJK-WTCC-VI)
- Invited / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993
[Presentation] Discovery and evaluation of potent covalent inhibitors targeting SARS-CoV-2 main protease by hybrid in silico drug study2023
- Author(s)
  Uika Koshimizu, Junichi Ono, Yoshifumi Fukunishi, Hiromi Nakai
- Organizer
  Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2023
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993
[Presentation] 量子分子動力学計算による塩化物イオンポンプロドプシンNM-R3の異性化反応の解明2023
- Author(s)
  小野純一
- Organizer
  令和5年度新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Presentation] Discovery of potent covalent inhibitors against SARS-CoV-2 main protease by hybrid in silico drug study2023
- Author(s)
  Uika Koshimizu, Junichi Ono, Yoshifumi Fukunishi, Hiromi Nakai
- Organizer
  The 61st Annual Meeting of Biophysical Society of Japan
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Presentation] がん遺伝子産物RASのアロステリック共有結合阻害剤の開発に向けたハイブリッド型in silico創薬2023
- Author(s)
  橋本拓也，小野純一，小清水初花，中井浩巳
- Organizer
  第37回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Presentation] Proton transfer reactions in proteins revealed by quantum molecular dynamics2023
- Author(s)
  Junichi Ono
- Organizer
  The 6th China-Japan-Korea tripartite Workshop on Theoretical and Computational Chemistry (CJK-WTCC-VI)
- Invited / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Presentation] Discovery and evaluation of potent covalent inhibitors targeting SARS-CoV-2 main protease by hybrid in silico drug study2023
- Author(s)
  Uika Koshimizu, Junichi Ono, Yoshifumi Fukunishi, Hiromi Nakai
- Organizer
  Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2023
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Presentation] Hybrid in silico drug study based on quantum molecular dynamics with virtual screening and docking2023
- Author(s)
  Junichi Ono
- Organizer
  “Molecular Movies” International Symposium 2023
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Presentation] SARS-CoV-2メインプロテアーゼを対象としたハイブリッド型in-silico創薬研究2022
- Author(s)
  小清水初花，小野純一，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  日本コンピュータ化学会2022年春季年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] 量子分子動力学法によるSARS-CoV-2メインプロテアーゼ阻害薬の反応機構の解明2022
- Author(s)
  小野純一，小清水初花，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  第36回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993
[Presentation] Unification of molecular movies and large-scale quantum molecular dynamics2022
- Author(s)
  Junichi Ono
- Organizer
  International symposium “The molecular movies and beyond”
- Invited / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Presentation] 非在来型反応場のシミュレーションに基づく理論設計～相互理解のための過去研究の紹介～2022
- Author(s)
  中井浩巳，小野純一，藤波美起登，藤澤遼
- Organizer
  環境省PJ 第1回A2-BC1合同研究会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] SARS-CoV-2メインプロテアーゼに対する量子分子動力学法に基づくin silico創薬研究2022
- Author(s)
  小野純一，小清水初花，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  第16回分子科学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993
[Presentation] 汎用原子レベルシミュレータMatlantisを用いた動力学計算による溶液系における動的物性の検証2022
- Author(s)
  森直輝，小野純一，小島隆嗣，中井浩巳
- Organizer
  日本コンピュータ化学会2022年秋季年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] Unification of molecular movies and large-scale quantum molecular dynamics2022
- Author(s)
  Junichi Ono
- Organizer
  International symposium “The molecular movies and beyond”
- Invited / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993
[Presentation] SARS-CoV-2メインプロテアーゼの共有結合阻害剤開発に向けたハイブリッド型in-silico創薬研究2022
- Author(s)
  小清水初花，小野純一，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  第24回理論化学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] Fo回転分子モーターにおけるプロトン伝導機構解明に向けた量子的分子動力学計算の適用2022
- Author(s)
  広本拓麻，パーキン暖，神山幸成，大貫隼，小野純一，西村好史，中井浩巳，高野光則
- Organizer
  日本物理学会第77回年次大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] SARS-CoV-2メインプロテアーゼの新規共有結合阻害剤の開発に向けたハイブリッド型in silico創薬2022
- Author(s)
  小清水初花，小野純一，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  第36回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] SARS-CoV-2メインプロテアーゼの新規共有結合阻害剤の開発に向けたハイブリッド型in silico創薬2022
- Author(s)
  小清水初花，小野純一，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  第36回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993
[Presentation] 汎用原子レベルシミュレータMatlantisを用いた動力学計算による溶液系における動的物性の検証2022
- Author(s)
  森直輝, 小野純一, 小島隆嗣, 中井浩巳
- Organizer
  日本コンピュータ化学会2022年秋季年会
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Presentation] SARS-CoV-2メインプロテアーゼの共有結合阻害剤開発に向けたハイブリッド型in-silico創薬研究2022
- Author(s)
  小清水初花，小野純一，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  第24回理論化学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993
[Presentation] SARS-CoV-2メインプロテアーゼを対象としたハイブリッド型in-silico創薬研究2022
- Author(s)
  小清水初花，小野純一，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  日本コンピュータ化学会2022年春季年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993
[Presentation] Bacteriorhodopsin utilizes hydronium and hydroxide ions for proton pumping2022
- Author(s)
  Junichi Ono, Minori Imai, Toshiaki Takemura, Chika Okada, Hiromi Nakai
- Organizer
  19th International Conference on Retinal Proteins
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Presentation] SARS-CoV-2メインプロテアーゼに対する量子分子動力学法に基づくin silico創薬研究2022
- Author(s)
  小野純一，小清水初花，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  第16回分子科学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] 大規模量子分子動力学法による塩化物イオンポンプロドプシンのイオン輸送機構の解明2022
- Author(s)
  小野純一
- Organizer
  令和4年度新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04749
[Presentation] Bacteriorhodopsin utilizes hydronium and hydroxide ions for proton pumping2022
- Author(s)
  Junichi Ono, Minori Imai, Toshiaki Takemura, Chika Okada, Hiromi Nakai
- Organizer
  19th International Conference on Retinal Proteins (ICRP19)
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] 量子分子動力学法によるSARS-CoV-2メインプロテアーゼ阻害薬の反応機構の解明2022
- Author(s)
  小野純一，小清水初花，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  第36回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] 大規模量子メタダイナミクス法によるSARS-CoV-2メインプロテアーゼの酵素反応機構の解明2021
- Author(s)
  小清水初花，小野純一，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  第35回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993
[Presentation] バクテリオロドプシンのプロトン輸送ダイナミクスに関する理論的研究 (3)2021
- Author(s)
  竹村俊晃，小野純一，西村好史，中井浩巳
- Organizer
  第8回HPCIシステム利用研究課題成果報告会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] SARS-CoV-2メインプロテアーゼのプロトン化状態に関する量子分子動力学シミュレーション2021
- Author(s)
  小野純一，中井浩巳
- Organizer
  第23回理論化学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-20H05447
[Presentation] CeO2表面におけるNO-CO反応に対する遷移金属置換効果の理論的解析2021
- Author(s)
  藤代天佑, 小野純一, 中井浩巳
- Organizer
  日本化学会第101春季年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] SARS-CoV-2メインプロテアーゼのプロトン化状態に関する量子分子動力学シミュレーション2021
- Author(s)
  小野純一，中井浩巳
- Organizer
  第23回理論化学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993
[Presentation] 分割統治型密度汎関数強束縛メタダイナミクスによるSARS-CoV-2メインプロテアーゼの切断反応機構の解明2021
- Author(s)
  小清水初花，小野純一，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  日本コンピュータ化学会2021年秋季年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] 大規模量子メタダイナミクス法によるSARS-CoV-2メインプロテアーゼの酵素反応機構の解明2021
- Author(s)
  小清水初花，小野純一，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  第35回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] SARS-CoV-2メインプロテアーゼのプロトン化状態に関する量子分子動力学シミュレーション2021
- Author(s)
  小野純一，中井浩巳
- Organizer
  第23回理論化学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] Quantum molecular dynamics simulations for diffusion processes in concentrated electrolyte solutions for sodium-ion batteries2021
- Author(s)
  Junichi Ono, Yuta Tsuchiya, Hiromi Nakai
- Organizer
  Materials Research Meeting 2021 (MRM2021)
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] 分割統治型密度汎関数強束縛メタダイナミクスによるSARS-CoV-2メインプロテアーゼの切断反応機構の解明2021
- Author(s)
  小清水初花，小野純一，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  日本コンピュータ化学会2021年秋季年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K04993
[Presentation] 大規模量子メタダイナミクス法によるSARS-CoV-2メインプロテアーゼの酵素反応機構の解明2021
- Author(s)
  小清水初花，小野純一，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  第35回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-20H05447
[Presentation] 分割統治型密度汎関数強束縛メタダイナミクスによるSARS-CoV-2メインプロテアーゼの切断反応機構の解明2021
- Author(s)
  小清水初花，小野純一，福西快文，中井浩巳
- Organizer
  日本コンピュータ化学会2021年秋季年会
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-20H05447
[Presentation] Microscopic mechanisms of proton transfers in bacteriorhodopsin revealed by quantum molecular dynamics method based on molecular movies2020
- Author(s)
  Junichi Ono
- Organizer
  The 58th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-20H05447
[Presentation] バクテリオロドプシンの分子動画に基づく全量子分子動力学シミュレーションを用いたプロトン放出機構の解明2020
- Author(s)
  竹村俊晃，小野純一，西村好史，中井浩巳
- Organizer
  第10回CSJ化学フェスタ2020
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-20H05447
[Presentation] 分割統治型密度汎関数強束縛メタダイナミクス計算の高効率化とバクテリオロドプシンのプロトン輸送への応用2020
- Author(s)
  小野純一，竹村俊晃，西村好史，中井浩巳
- Organizer
  第34回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-20H05447
[Presentation] 分割統治型密度汎関数強束縛メタダイナミクス計算の高効率化とバクテリオロドプシンのプロトン輸送への応用2020
- Author(s)
  小野純一, 竹村俊晃, 西村好史, 中井浩巳
- Organizer
  第34回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] 分子動画に基づく全量子分子動力学法によるバクテリオロドプシンのプロトン貯蔵、放出および拡散過程に関する理論的研究2020
- Author(s)
  竹村俊晃, 小野純一, 西村好史, 中井浩巳
- Organizer
  分子科学会オンライン討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] バクテリオロドプシンの分子動画に基づく全量子分子動力学シミュレーションを用いたプロトン放出機構の解明2020
- Author(s)
  竹村俊晃, 小野純一, 西村好史, 中井浩巳
- Organizer
  第10回CSJ化学フェスタ2020
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] 分子動画に基づく全量子分子動力学法によるバクテリオロドプシンのプロトン貯蔵，放出および拡散過程に関する理論的研究2020
- Author(s)
  竹村俊晃，小野純一，西村好史，中井浩巳
- Organizer
  分子科学会オンライン討論会
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-20H05447
[Presentation] 難燃性濃厚電解液におけるNaイオン拡散の理論的解析2020
- Author(s)
  土屋佑太, 小野純一, 中井浩巳
- Organizer
  第34回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] バクテリオロドプシンのプロトン貯蔵・放出過程に関する大規模量子的分子動力学シミュレーション2019
- Author(s)
  竹村俊晃、小野純一、西村好史、中井浩巳
- Organizer
  第9回CSJ化学フェスタ2019
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] Practical excited-state simulation of thousands of atoms2019
- Author(s)
  Nana Komoto, Takeshi Yoshikawa, Junichi Ono, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
- Organizer
  The Ninth Conference of the Asia-Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists(APATCC2019)
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] Long-time quantum molecular dynamics simulations based on divide-and-conquer density-functional tight-binding method for sodium-ion transport in electrolyte solutions2019
- Author(s)
  Junichi Ono, Chien-Pin Chou, Hiromi　Nakai
- Organizer
  CECAM-Workshop ”Thinking outside the box-beyond machine learning for quantum chemistry”
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] バクテリオロドプシンのプロトン貯蔵・放出過程に関するDC-DFTB-MDシミュレーション2019
- Author(s)
  竹村俊晃、小野純一、西村好史、中井浩巳
- Organizer
  第33回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] Clarification of proton transfer reactions in photoreceptive proteins using large-scale quantum molecular dynamics simulations2019
- Author(s)
  Junichi Ono, Chika Okada, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
- Organizer
  第57回日本生物物理学会年会
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] DC-DFTB-MD法によるバクテリオロドプシンの長距離プロトン移動反応の理論的解析2019
- Author(s)
  小野純一、岡田千果、西村好史、中井浩巳
- Organizer
  第22回理論化学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] 光受容タンパク質の光励起プロトンダイナミクスの研究2019
- Author(s)
  吉川武司、河本奈々、小野純一、今井みの莉、中井浩巳
- Organizer
  第6回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会ースーパーコンピュータ「富岳」の胎動、計算科学、ＡＩの融合に向けてー
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] バクテリオロドプシンの高速分子動画に基づく全量子MDシミュレーション2019
- Author(s)
  小野純一、今井みの莉、岡田千果、西村好史、中井浩巳
- Organizer
  新学術領域研究「高速分子動画」キックオフミーティング・膜タンパク質研究会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] Large-scale quantum-mechanical molecular dynamics simulations for the long-distance proton transfer in bacteriorhodopsin2019
- Author(s)
  Junichi Ono, Chika Okada, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
- Organizer
  The Ninth Conference of the Asia-Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists(APATCC2019)
- Invited / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] 密度汎関数強束縛法によるPhナノクラスター上のNO解離過程の理論的解析2019
- Author(s)
  中村崇玖、周健斌、吉川武司、大越昌樹、小野純一、Aditya　Wibawa　Sakti、中井浩巳
- Organizer
  第13回分子科学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] Development of large-scale excited-state calculation method and applied research on photoactive yellow protein2018
- Author(s)
  Nana Komoto, Takeshi Yoshikawa, Junichi Ono, Hiromi Nakai
- Organizer
  第５６回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] バクテリオロドプシンの長距離プロトン移動過程に対するDC-DFTB-MDシミュレーション2018
- Author(s)
  岡田千果，小野純一，西村好史，中井浩巳
- Organizer
  第32回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] メタダイナミクスに基づく重み付きヒストグラム解析法の開発とシクロファン異性化反応への応用2018
- Author(s)
  小野純一，西村好史，黄毅聰，鹿又宣弘，中井浩巳
- Organizer
  日本コンピュータ化学会２０１８春季年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] バクテリオロドプシンのプロトン輸送ダイナミクスに関する理論的研究2018
- Author(s)
  小野純一，今井みの莉，西村好史，中井浩巳
- Organizer
  第5回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] Large-scale quantum-mechanical molecular dynamics simulations for the primary proton transfer in bacteriorhodopsin2018
- Author(s)
  Junichi Ono, Minori Imai, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
- Organizer
  第５６回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] 分割統治型時間依存密度汎関数強束縛法に基づく大規模励起状態ダイナミクス2018
- Author(s)
  河本奈々，吉川武司，小野純一，中井浩巳
- Organizer
  第２１回理論化学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] 重み付きヒストグラム解析法のメタダイナミクスへの拡張とシクロファン異性化反応への応用2018
- Author(s)
  小野純一，西村好史，黄毅聰，鹿又宣弘，中井浩巳
- Organizer
  第２１回理論化学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] 光受容タンパク質の機構解明に向けた分割統治型時間依存密度汎関数強束縛法の開発2018
- Author(s)
  河本奈々，吉川武司，小野純一，中井浩巳
- Organizer
  日本コンピュータ化学会２０１８春季年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] バクテリオロドプシンの1段階目のプロトン移動過程に対するDC-DFTB-MDシミュレーション2018
- Author(s)
  小野純一，今井みの莉，西村好史，中井浩巳
- Organizer
  第32回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264
[Presentation] Divide-and-Conquer density-functional tight-binding molecular dynamics simulations for the primary proton transfer in bacteriorhodopsin2018
- Author(s)
  Junichi Ono
- Organizer
  Telluride workshop on "Multi-scale quantum mechanical analysis of condensed phase systems: methods and applications"
- Invited / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18H05264

1. Nakai Hiromi (00243056)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 42 results
2. 吉川武司 (10754799)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 7 results
3. 高野光則 (40313168)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 1 results
4. 関根泰

# of Collaborated Projects: 0 results

# of Collaborated Products: 1 results
5. 齊藤真司

# of Collaborated Projects: 0 results

# of Collaborated Products: 1 results

Ono Junichi 小野 純一

Research Projects

Research Products

Co-Researchers

Next-generation in silico drug discovery toward allosteric covalent inhibition against RAS oncogenesPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

Elucidation of photo-biochemistry phenomena by combining molecular movies with large-scale excited-state molecular dynamicsPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

Enzymatic reaction molecular dynamics simulations for covalent inhibitors of SARS-CoV-2 main proteasePrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

Elucidation of the proton translocation mechanism in biological systems using the large-scale quantum molecular dynamics method based on molecular moviesPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

Clarification of Ubiquitous Proton Function in Photoreceptive Proteins by Quantum Molecular Dynamics Simulations

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

[Journal Article] Exploring multiple reaction pathways in the proteolysis of SARS-CoV-2 main protease through large-scale quantum molecular dynamics2024

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Conformational Dynamics in Proteins: Entangled Slow Fluctuations and Nonequilibrium Reaction Events2023

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Updating view of membrane transport proteins by simulation studies2023

Author(s)

Journal Title

DOI

ISSN

Language

Data Source

[Journal Article] 分子動力学シミュレーションによる生体分子中での化学反応機構と構造変化ダイナミクスの解明2023

Author(s)

Journal Title

Data Source

[Journal Article] Hybrid <i>in Silico</i> Drug Discovery Study toward the Development of Oral Antivirals for COVID-192022

Author(s)

Journal Title

DOI

ISSN

Language

Data Source

[Journal Article] Hydroxide Ion Mechanism for Long‐Range Proton Pumping in the Third Proton Transfer of Bacteriorhodopsin2022

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Multiple protonation states in ligand-free SARS-CoV-2 main protease revealed by large-scale quantum molecular dynamics simulations2022

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Analysis of the behavior of Zn atoms with a Pb additive on the surface during Zn electrodeposition2022

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Quantum-Mechanical Molecular Dynamics Simulations on Secondary Proton Transfer in Bacteriorhodopsin Using Realistic Models2021

Author(s)

Journal Title

Ono Junichi 小野純一