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Ishii Kotaro  石井 公太郎

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ISHII KOTARO  石井 公太郎

ISHII Kotaro  石井 公太郎

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Researcher Number 50632965
Affiliation (Current) 2025: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 放射線医学研究所 計測・線量評価部, 主任研究員
Affiliation (based on the past Project Information) *help 2022 – 2023: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 放射線医学研究所 計測・線量評価部, 主任研究員
2021: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命・医学部門 放射線医学研究所 計測・線量評価部, 主任研究員
2019 – 2020: 国立研究開発法人理化学研究所, 仁科加速器科学研究センター, 協力研究員
2015: 国立研究開発法人理化学研究所, 仁科加速器研究センター, 特別研究員
2012: 独立行政法人理化学研究所, 生物照射チーム, 特別研究員
Review Section/Research Field
Principal Investigator
Basic Section 43050:Genome biology-related
Except Principal Investigator
Science in genetics and breeding / Morphology/Structure
Keywords
Principal Investigator
変異創成 / 植物 / 線エネルギー付与 / DNA修復 / 重イオンビーム
Except Principal Investigator
植物 / 重イオンビーム / 欠失マッピング / 生殖システム / 組換え抑制領域 … More / 育種学 / 性決定遺伝子 / 性染色体 / 加速器 / 突然変異 / ヒロハノマンテマ / 雌雄異株植物 Less
  • Research Projects

    (3 results)
  • Research Products

    (41 results)
  • Co-Researchers

    (8 People)
  •  Clarification of molecular basis for high mutation frequency induced by heavy ion beamsPrincipal Investigator

    • Principal Investigator
      Ishii Kotaro
    • Project Period (FY)
      2019 – 2023
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • Review Section
      Basic Section 43050:Genome biology-related
    • Research Institution
      National Institutes for Quantum Science and Technology
      Institute of Physical and Chemical Research
  •  Identification of beneficial genes on non-recombining regions by using heavy-ion deletion mapping

    • Principal Investigator
      Kazama Yusuke
    • Project Period (FY)
      2013 – 2015
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • Research Field
      Science in genetics and breeding
    • Research Institution
      Institute of Physical and Chemical Research
  •  Elucidation of the plant sex-determining gene using minute processing of the Y chromosome and expression profiling.

    • Principal Investigator
      KAZAMA Yusuke
    • Project Period (FY)
      2011 – 2012
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
    • Research Field
      Morphology/Structure
    • Research Institution
      The Institute of Physical and Chemical Research

All 2024 2023 2022 2021 2020 2016 2015 2014 2013 2012 2011 Other

All Journal Article Presentation

  • [Journal Article] Genomic view of heavy-ion-induced deletions associated with distribution of essential genes in Arabidopsis thaliana2024

    • Author(s)
      Ishii Kotaro、Kazama Yusuke、Hirano Tomonari、Fawcett Jeffrey A.、Sato Muneo、Hirai Masami Yokota、Sakai Fujiko、Shirakawa Yuki、Ohbu Sumie、Abe Tomoko
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 15

    • DOI

      10.3389/fpls.2024.1352564

    • Peer Reviewed / Open Access
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-19K06622
  • [Journal Article] An Argon-Ion-Induced Pale Green Mutant of Arabidopsis Exhibiting Rapid Disassembly of Mesophyll Chloroplast Grana2021

    • Author(s)
      Sanjaya Alvin、Kazama Yusuke、Ishii Kotaro、Muramatsu Ryohsuke、Kanamaru Kengo、Ohbu Sumie、Abe Tomoko、Fujiwara Makoto T.
    • Journal Title

      Plants

      Volume: 10 Issue: 5 Pages: 848-848

    • DOI

      10.3390/plants10050848

    • Peer Reviewed / Open Access
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-19K06622, KAKENHI-PROJECT-20K21449, KAKENHI-PROJECT-20H03297, KAKENHI-PROJECT-19K05831
  • [Journal Article] Double Mutant Analysis with the Large Flower Mutant, ohbana1, to Explore the Regulatory Network Controlling the Flower and Seed Sizes in Arabidopsis thaliana2021

    • Author(s)
      Nhat Vuong Quoc、Kazama Yusuke、Ishii Kotaro、Ohbu Sumie、Kunitake Hisato、Abe Tomoko、Hirano Tomonari
    • Journal Title

      Plants

      Volume: 10 Issue: 9 Pages: 1881-1881

    • DOI

      10.3390/plants10091881

    • Peer Reviewed / Open Access
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20H03297, KAKENHI-PROJECT-19K06622, KAKENHI-PROJECT-20K21449
  • [Journal Article] AMAP: A pipeline for whole-genome mutation detection in Arabidopsis thaliana2016

    • Author(s)
      Ishii K, Kazama Y, Hirano T, Hamada M, Ono Y, Abe T
    • Journal Title

      Genes Genet Syst

      Volume: 印刷中

    • NAID

      130005450121

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Journal Article] A new physical mapping approach refines the sex-determining gene positions on the Silene latifolia Y-chromosome2016

    • Author(s)
      Kazama Y, Ishii K, Aonuma W, Ikeda T, Kawamoto H, Koizumi A, Filatov DA, Chibalina M, Bergero R, Charlesworth D, Abe T, Kawano S
    • Journal Title

      Sci Rep

      Volume: 6 Issue: 1 Pages: 18917-18917

    • DOI

      10.1038/srep18917

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant / Open Access / Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Journal Article] Comprehensive identification of mutations induced by heavy-ion beam irradiation in Arabidopsis thaliana.2015

    • Author(s)
      Tomonari Hirano, Yusuke Kazama, Kotaro Ishii, Sumie Ohbu, Yuki Shirakawa, Tomoko Abe
    • Journal Title

      The Plant Journal

      Volume: 82 Issue: 1 Pages: 93-104

    • DOI

      10.1111/tpj.12793

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Journal Article] Rapid degeneration of noncoding DNA regions surrounding SlAP3X/Y after recombination suppression in a dioecious plant, Silene latifolia.2013

    • Author(s)
      Ishii, K., Nishiyama, R., Shibata, F., Kazama, Y., Abe, T., and Kawano, S.
    • Journal Title

      G3

      Volume: 3 Issue: 12 Pages: 2121-2130

    • DOI

      10.1534/g3.113.008599

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24657046, KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Journal Article] Narrowing Down the Mapping of Plant Sex-Determination Regions Using New Y Chromosome-Specific Markers and Heavy-Ion-Beam Irradiation-Induced Y Deletion Mutants in Silene latifolia2011

    • Author(s)
      Fujita, N., Torii, C., Ishii, K., Aonuma, W., Shimizu, Y., Kazama, Y., Abe, T., Kawano, S.
    • Journal Title

      G3

      Volume: 2 Issue: 2 Pages: 271-278

    • DOI

      10.1534/g3.111.001420

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PUBLICLY-22112506, KAKENHI-PROJECT-22370024, KAKENHI-PROJECT-23770070, KAKENHI-PROJECT-24657046
  • [Journal Article] Production of bisexual flofwer-producing mutants of the dioecious plant, Silene latifolia, by using γ-ray and the heavy-ion.2011

    • Author(s)
      Aonuma W, Ishii K, Torii C, Fujita N, Shimizu Y, Nishihara K, Kazama Y, Abe T, Kawano S
    • Journal Title

      RIKEN Prog Rep

      Volume: 44 Pages: 271-271

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-23770070
  • [Presentation] 全ゲノム変異解析による重イオンビーム誘発変異のLET・線量依存性2023

    • Author(s)
      石井公太郎, 風間裕介, 平野智也, Jeffrey A. Fawcett, 白川侑希, 大部澄江, 阿部知子
    • Organizer
      理研シンポジウム「重イオンビーム育種による持続可能な社会や特産品生産の実現」
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-19K06622
  • [Presentation] 重イオンビームで誘発される欠失変異と必須遺伝子のシロイヌナズナゲノム上での 分布に関する俯瞰的解析2023

    • Author(s)
      石井公太郎, 風間裕介, 平野智也, Jeffrey A. Fawcett, 酒井富士子, 白川侑希, 大部澄江, 阿部知子
    • Organizer
      日本遺伝学会第95回大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-19K06622
  • [Presentation] 重イオンビームで誘発される欠失変異と必須遺伝子のシロイヌナズナゲノム上での分布に関する俯瞰的解析2022

    • Author(s)
      石井 公太郎, 風間 裕介, 平野 智也, Jeffrey A. Fawcett, 酒井 富士子, 白川 侑希, 大部 澄江, 阿部 知子
    • Organizer
      日本育種学会第141回講演会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-19K06622
  • [Presentation] クロレラゲノム配列の更新と重イオンビーム誘導変異体の染色体再編成の解析2022

    • Author(s)
      石井公太郎, 浅野円花, 阿部知子, 河野重行
    • Organizer
      日本植物学会第86回大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-19K06622
  • [Presentation] クロレラの内部倍数性とAr・Feイオンビーム照 射による染色体の分断化と再構成2021

    • Author(s)
      石井公太郎、風間裕介、浅野円花、竹下毅、阿部知子、河野重行.
    • Organizer
      日本藻類学会第45回大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-19K06622
  • [Presentation] Ar・Feイオンビーム照射によって生じるクロレラ染色体の断片化と染色体再編成2020

    • Author(s)
      石井公太郎、風間裕介、浅野円花、阿部知子、河野重行.
    • Organizer
      日本育種学会第138回講演会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-19K06622
  • [Presentation] 重イオンビーム照射による巨大欠失を利用して組換え抑制領域をマッピングする2015

    • Author(s)
      石井公太郎, 風間裕介, 池田時浩, 川元寛章, 河野重行, 阿部知子
    • Organizer
      SIP新しい育種技術2系/3系突然変異グループ合同ワークショップ
    • Place of Presentation
      富士屋(新潟)
    • Year and Date
      2015-09-10
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] シロイヌナズナで明らかにした重イオンビームのLET効果~変異率と変異スペクトラムについて2015

    • Author(s)
      風間裕介, 平野智也, 石井公太郎, 大部澄江, 白川侑希, 阿部知子
    • Organizer
      SIP新しい育種技術2系/3系突然変異グループ合同ワークショップ
    • Place of Presentation
      富士屋(新潟)
    • Year and Date
      2015-09-09
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] 巡回セールスマン問題を用いた植物型巨大Y染色体のマッピング2015

    • Author(s)
      風間裕介, 石井公太郎, 阿部知子, 河野重行
    • Organizer
      日本遺伝学会第87回大会
    • Place of Presentation
      東北大学河内北キャンパス(仙台)
    • Year and Date
      2015-09-25
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] ヒロハノマンテマY染色体の構造解析と組換え抑制領域の欠失マッピングプログラムDelMapperの開発2015

    • Author(s)
      風間裕介, 石井公太郎, 池田時浩, Dmitry Filatov, Margarita Chibalina, Roberta Bergero, Deborah Charlesworth, 河野重行, 阿部知子
    • Organizer
      日本植物学会第79回大会
    • Place of Presentation
      朱鷺メッセ(新潟)
    • Year and Date
      2015-09-08
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] 重イオンビーム誘発欠失変異体集団を用いたシロイヌナズナ必須染色体領域のマッピング2015

    • Author(s)
      石井公太郎, 風間裕介, 平野智也, 白川侑希, 大部澄江, 山田美恵子, 若菜妙子, 阿部知子
    • Organizer
      日本育種学会第128回講演会
    • Place of Presentation
      新潟大学五十嵐キャンパス(新潟)
    • Year and Date
      2015-09-12
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] Pipeline for whole-genome analysis of heavy-ion-induced mutants in Arabidopsis thaliana2015

    • Author(s)
      Ishii K, Kazama Y, Hirano T, Hamada M, Ono Y, Abe T
    • Organizer
      The 26th International Conference on Arabidopsis Research
    • Place of Presentation
      Paris
    • Year and Date
      2015-07-07
    • Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] Comprehensive characterization of genomic rearrangement in heavy-ion induced Arabidopsis mutants by whole genome resequencing2015

    • Author(s)
      Kazama Y, Hirano T, Ishii K, Ohbu S, Shirakawa Y, Abe T
    • Organizer
      The 26th International Conference on Arabidopsis Research
    • Place of Presentation
      Paris
    • Year and Date
      2015-07-07
    • Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] ヒロハノマンテマへの黒穂菌を感染によって生じる葯にY染色体の関与はあるか2014

    • Author(s)
      川元寬章, 石井公太郎, 風間裕介, 阿部知子, 河野重行,
    • Organizer
      日本植物形態学会第26回総会
    • Place of Presentation
      明治大学(川崎市)
    • Year and Date
      2014-09-11
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] 巡回セールスマン問題を応用した重イオンビーム欠失マッピング2014

    • Author(s)
      風間裕介, 石井公太郎, 池田時浩, 川元寛章, 河野重行, 阿部知子
    • Organizer
      第10回イオンビーム育種研究会
    • Place of Presentation
      三の丸ホテル (水戸市)
    • Year and Date
      2014-07-17
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] 重イオンビーム誘発巨大欠失を用いた植物ゲノム研究ルネサンス2014

    • Author(s)
      風間裕介, 平野智也, 石井公太郎, 青沼航, 川元寛章, 池田時浩, 河野重行, 阿部知子
    • Organizer
      理研シンポジウムーゲノム新時代の重イオンビーム育種―MutagenesisからMutagenomicsへ
    • Place of Presentation
      理化学研究所(和光)
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] 巡回セールスマン問題を応用したヒロハノマンテマY染色体欠失マッピング2013

    • Author(s)
      風間裕介, 石井公太郎, 青沼航, 川元寛章, 池田時浩, 松永杏樹, 河野重行, 阿部知子
    • Organizer
      日本育種学会第124回講演会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学(鹿児島県)
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] ヒロハノマンテマXY性染色体にあるBクラス遺伝子S1AP3X/Yの欠失変異2013

    • Author(s)
      青沼航, 川元寛章, 石井公太郎, 風間裕介, 阿部知子, 河野重行
    • Organizer
      日本植物学会第77回大会
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] 川本法を利用したヒロハノマンテマ蕾のレーザーマイクロダイセクション2013

    • Author(s)
      石井公太郎, 風間裕介, 阿部知子
    • Organizer
      日本植物形態学会第25回大会
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] 雌雄異株植物ヒロハノマンテマの両性花突然変異体における開花同調性と雌雄離熟の出現2013

    • Author(s)
      青沼航, 川元寛章, 石井公太郎, 風間裕介, 阿部知子, 河野重行
    • Organizer
      日本植物形態学会第25回大会
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] シロイヌナズナにおける重イオンビーム誘発突然変異の全ゲノム解析2013

    • Author(s)
      平野智也, 風間裕介, 石井公太郎, 大部澄江, 白川侑希, 阿部知子
    • Organizer
      第31回日本植物細胞分子生物学会
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] 高LET重イオンビームの変異誘発作用とそれを利用したタンデム重複遺伝子の破壊2013

    • Author(s)
      風間裕介, 平野智也, 石井公太郎, 大部澄江, 白川侑希, 阿部知子
    • Organizer
      日本植物学会第77回大会
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] 高LET精密制御照射によるシロイヌナズナのタンデム重複遺伝子破壊技術の確立2013

    • Author(s)
      風間裕介, 平野智也, 石井公太郎, 大部澄江, 白川侑希, 林祐子, 阿部知子
    • Organizer
      第52回ガンマーフィールドシンポジウム
    • Place of Presentation
      水戸三の丸ホテル(茨城県)
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] 雌雄異株植物ヒロハノマンテマの効率的な染色体標本の作製2012

    • Author(s)
      石井公太郎
    • Organizer
      日本植物形態学会第24回総会・大会
    • Place of Presentation
      姫路
    • Year and Date
      2012-09-14
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-23770070
  • [Presentation] ヒロハノマンテマ性染色体の組換え抑制によって生じたSlAP3X/Y周辺の構造変化2012

    • Author(s)
      石井 公太郎
    • Organizer
      日本植物学会第76回大会
    • Place of Presentation
      姫路
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-23770070
  • [Presentation] ヒロハノマンテマ性染色体の組換え抑制によって生じたSlAP3X/Y 周辺の構造変化2012

    • Author(s)
      石井公太郎
    • Organizer
      日本植物学会第76回大会
    • Place of Presentation
      姫路
    • Year and Date
      2012-09-15
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-23770070
  • [Presentation] Y染色体遺伝子アレイを用いたヒロハノマンテマ性分化ステージの発現プロファイリング

    • Author(s)
      石井公太郎, 風間裕介, 川元寛章, 河野重行, 阿部知子
    • Organizer
      日本植物学会第78回大会
    • Place of Presentation
      明治大学(川崎市)
    • Year and Date
      2014-09-12 – 2014-09-14
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] 全ゲノ ム変異解析のためのパイプラインの構築

    • Author(s)
      石井公太郎、平野智也、風間裕介、浜田道昭、小野幸輝、阿部知子
    • Organizer
      日本育種学会第127回講演会
    • Place of Presentation
      玉川大学 (町田市)
    • Year and Date
      2015-03-21 – 2015-03-22
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] 雌蕊も雄蕊もないヒロハノマンテマの無性花変異体に黒穂菌を感染させると起きる変化

    • Author(s)
      川元寛章, 石井公太郎, 風間裕介, 阿部知子, 河野重行
    • Organizer
      日本植物学会第78回大会
    • Place of Presentation
      明治大学(川崎市)
    • Year and Date
      2014-09-12 – 2014-09-14
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] 巡回セールスマン問題を応用したヒロハノマンテマ雄性決定領域の欠失マッピング

    • Author(s)
      風間裕介, 石井公太郎, 池田時浩, 川元寛章, 河野重行, 阿部知子
    • Organizer
      日本植物学会第78回大会
    • Place of Presentation
      明治大学(川崎市)
    • Year and Date
      2014-09-12 – 2014-09-14
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] 巨大Y染色体との格闘~ヒロハノマンテマの性決定遺伝子の探索

    • Author(s)
      風間裕介, 石井公太郎, 池田時浩, 川元寛章, 河野重行, 阿部知子
    • Organizer
      日本育種学会第126回講演会
    • Place of Presentation
      南九州大学(都城市)
    • Year and Date
      2014-09-26 – 2014-09-27
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • [Presentation] Pipeline for whole-genome analysis of heavy-ion-induced mutants

    • Author(s)
      Kotaro Ishii, Tomonari Hirano, Yusuke Kazama, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Tomoko Abe
    • Organizer
      International Symposium on Genome Science 2015
    • Place of Presentation
      一ツ橋ホール (千代田区)
    • Year and Date
      2015-01-20 – 2015-01-21
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-25292009
  • 1.  KAZAMA Yusuke (80442945)
    # of Collaborated Projects: 3 results
    # of Collaborated Products: 39 results
  • 2.  KAWANO Shigeyuki (70161338)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 3 results
  • 3.  YASUI YASUO (70293917)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 4.  TAKAHARA MANABU (90355123)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 5.  ABE TOMOKO (70201895)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 26 results
  • 6.  CHARLESWORTH Deborah
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 7.  FILATOV Dimitry
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 8.  HIRANO Tomonarai
    # of Collaborated Projects: 0 results
    # of Collaborated Products: 1 results

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