Kawabata Takeshi 川端猛

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KAWABATA TAKESHI 川端猛

KAWABATA Takeshi 川端猛

川端猛カワバタタケシ

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Researcher Number	60343274
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Affiliation (Current)	2025: 東北大学, 情報科学研究科, 特任准教授
Affiliation (based on the past Project Information) *help	2024: 東北大学, 情報科学研究科, 特任准教授 2018 – 2020: 大阪大学, 蛋白質研究所, 特任准教授(常勤) 2016 – 2017: 大阪大学, たんぱく質研究所, 寄附研究部門准教授 2014 – 2015: 大阪大学, たんぱく質研究所, 招へい研究員 2012: 大阪大学, たんぱく質研究所, 招へい研究員 … More 2011 – 2012: 大阪大学, 蛋白質研究所, 招へい研究員 2010: 奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 准教授 2007 – 2008: Nara Institute of Science and Technology, 情報科学研究科, 准教授 2002 – 2004: 奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 研究員(科学技術振興)(常勤形態) Less
Review Section/Research Field	Principal Investigator Biological Sciences / Biophysics / Bioinformatics/Life informatics / Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
Keywords	Principal Investigator タンパク質 / EMアルゴリズム / 混合正規分布モデル / 単粒子解析 / 電子顕微鏡 / モルフォロジー / 構造バイオインフォマティクス / バイオインフォマティクス / 生体生命情報学 / 分子認識 … More / 蛋白質 / WEBサーバ / 構造比較 / データベース / 立体構造 / 分子モデリング / ニューラルネットワーク / 分子間相互作用 / 立体構造比較 / 学習機械 / 生物物理 / 画像 / 最尤法 / 原子モデル / 空洞 / ポケット / 原子モデリング / フィッティング / 形状比較 / 密度マップ / 構造・機能予測 / 分子形状 / 生体分子 / プロテオーム / タンパク質間相互作用 / 構造ゲノム科学 Less

Prediction of Interacting Molecules and Their 3D Structures using Structure Search and Graph Neural NetworksPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  川端猛
- Project Period (FY)
  2024 – 2026
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Review Section
  
  Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
- Research Institution
  Tohoku University
Multiscale atomic modeling based on electron microscopy 3D map using Gaussian mixture modelPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  Kawabata Takeshi
- Project Period (FY)
  2017 – 2020
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Research Field
  
  Biophysics
- Research Institution
  Osaka University
Comparison and superposition of low-resolution density maps and atomic models using Gaussian mixture modelPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  KAWABATA TAKESHI
- Project Period (FY)
  2014 – 2016
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Research Field
  
  Biophysics
- Research Institution
  Osaka University
A searching method for interacting chemical compounds for target proteins using 3D structures of compound-protein complexesPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  KAWABATA Takeshi
- Project Period (FY)
  2010 – 2012
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Research Field
  
  Bioinformatics/Life informatics
- Research Institution
  Osaka University
  Nara Institute of Science and Technology
Analysis of geometric shapes of binding sites on protein-ligand complex for prediction of molecular interactionsPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  KAWABATA Takeshi
- Project Period (FY)
  2007 – 2008
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Research Field
  
  Bioinformatics/Life informatics
- Research Institution
  Nara Institute of Science and Technology
タンパク質立体構造データベースに基づく分子間相互作用の解析Principal Investigator
- Principal Investigator
  
  川端猛
- Project Period (FY)
  2004
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- Review Section
  
  Biological Sciences
- Research Institution
  Nara Institute of Science and Technology
立体構造比較によるタンパク質機能解析用データベースの開発Principal Investigator
- Principal Investigator
  
  川端猛
- Project Period (FY)
  2003
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- Review Section
  
  Biological Sciences
- Research Institution
  Nara Institute of Science and Technology
立体構造を中心とした統合タンパク質データベースの開発Principal Investigator
- Principal Investigator
  
  川端猛
- Project Period (FY)
  2002
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- Review Section
  
  Biological Sciences
- Research Institution
  Nara Institute of Science and Technology

[Book] Chapter 14 "Rigid-Body Fitting of Atomic Models on 3D Density Maps of Electron Microscopy" in the book "Integrative Structural Biology with Hybrid Methods"2018
- Author(s)
  Takeshi Kawabata
- Total Pages
  17
- Publisher
  Springer
- ISBN
  9789811321993
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K07364
[Book] 見てわかる構造生命科学　-生命科学研究へのタンパク質構造の利用-2014
- Author(s)
  中村春木、大島勘二、緒方一博、笠原浩太、神谷成敏、川端　猛、寒川剛、椎名政昭、鈴木博文、鷹野　優
- Total Pages
  320
- Publisher
  化学同人
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26440078
[Journal Article] Rigid Body Fitting of Atomic Models on Electron Density Map Using Gaussian Mixture Model2019
- Author(s)
  川端猛.
- Journal Title
  
  Seibutsu Butsuri
  
  Volume: 59 Issue: 6 Pages: 320-323
- DOI
  10.2142/biophys.59.320
- NAID
  130007750983
- ISSN
  0582-4052, 1347-4219
- Language
  Japanese
- Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K07364
[Journal Article] Detection of cave pockets in large molecules: Spaces into which internal probes can enter, but external probes from outside cannot2019
- Author(s)
  Takeshi Kawabata
- Journal Title
  
  Biophysics and Physicobiology
  
  Volume: 16 Issue: 0 Pages: 391-406
- DOI
  10.2142/biophysico.16.0_391
- NAID
  130007752755
- ISSN
  2189-4779
- Language
  English
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K07364
[Journal Article] Gaussian-input Gaussian mixture model for representing density maps and atomic models2018
- Author(s)
  Kawabata Takeshi
- Journal Title
  
  Journal of Structural Biology
  
  Volume: 印刷中 Issue: 1 Pages: 1-16
- DOI
  10.1016/j.jsb.2018.03.002
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K07364
[Journal Article] Protein Data Bank Japan (PDBj): updated user interfaces, resource description framework, analysis tools for large structures2017
- Author(s)
  Akira R. Kinjo, Gert-Jan Bekker,Hirofumi Suzuki,Yuko Tsuchiya,Takeshi Kawabata,Yasuyo Ikegawa, Haruki Nakamura
- Journal Title
  
  Nucleic Acids Research
  
  Volume: 45(D1) Issue: D1 Pages: D282-D288
- DOI
  10.1093/nar/gkw962
- Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26440078
[Journal Article] Omokage search: shape similarity search service for biomolecular structures in both the PDB and EMDB.2016
- Author(s)
  Hirofumi Suzuki, Takeshi Kawabata, Haruki Nakamura
- Journal Title
  
  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ
  
  Volume: 32 Issue: 4 Pages: 619-620
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btv614
- Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26440078, KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008
[Journal Article] Build-up algorithmfor atomiccorrespondence betweenchemical structures2011
- Author(s)
  Takeshi Kawabata
- Journal Title
  
  J.Chem.Info.Model.
  
  Volume: Vol.51 Pages: 1775-1787
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500274
[Journal Article] Build-up algorithm for atomic correspondence between chemical structures2011
- Author(s)
  Takeshi Kawabata
- Journal Title
  
  J.Chem.Info.Model.
  
  Volume: 51 Pages: 1775-1787
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500274
[Journal Article] 立体構造比較サーバMATRASの使い方2005
- Author(s)
  川端猛
- Journal Title
  
  生物物理 45
  
  Pages: 41-44
- NAID
  10015442089
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16014215
[Journal Article] Filtering remote homologues using predicted structural information2004
- Author(s)
  Uehara K, Kawabata T, Go N.
- Journal Title
  
  Protein Engineering, Design, and Selection 17
  
  Pages: 565-570
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16014215
[Presentation] 電顕フィッティング計算のための高速な原子モデルのGMMへの変換:PCAボックスダウンサンプル法2020
- Author(s)
  川端　猛、中村春木、栗栖源嗣
- Organizer
  第58回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K07364
[Presentation] Fast calculation of Gaussian mixture models by down sampled voxels and atoms for fitting atomic models on EM maps2020
- Author(s)
  Takeshi Kawabata、Haruki Nakamura、Genji Kurisu
- Organizer
  第20回日本蛋白質科学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K07364
[Presentation] EM informatics: archiving raw 2D images and fitting atomic models into a map2019
- Author(s)
  川端　猛、栗栖源嗣
- Organizer
  第57回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K07364
[Presentation] 大きな分子の「空洞ポケット」：小さな球は入れるが、大きな球は外からは入れない空間2019
- Author(s)
  川端　猛
- Organizer
  第19回日本蛋白質科学会年会第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K07364
[Presentation] マスク付きセグメンテーション・フィット法による複数サブユニットの電顕マップへの局所重ね合わせ2019
- Author(s)
  川端　猛、中村春木、栗栖源嗣
- Organizer
  第57回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K07364
[Presentation] サブユニット原子モデル群を電顕密度マップの一部に重ね合わせる算法の開発2018
- Author(s)
  川端　猛、中村春木、栗栖源嗣
- Organizer
  第18回日本蛋白質科学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K07364
[Presentation] マスク付きガウス関数による電顕３次元密度マップ内のαへリックスを認識する手法の開発2018
- Author(s)
  川端　猛、中村春木、栗栖源嗣
- Organizer
  第56回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K07364
[Presentation] Databases and Web services from PDBj for Electron Microscopy2018
- Author(s)
  Kawabata T, Suzuki H, Kurisu G
- Organizer
  Asian Crystallographic Association Conference (AsCA 2018)
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K07364
[Presentation] ガウス関数入力型混合正規分布モデルによる３次元密度マップの近似表現2017
- Author(s)
  川端　猛、中村春木
- Organizer
  第55回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K07364
[Presentation] gmfit : an approximated 3D shape for atomic model and density map using Gaussian Mixture model2017
- Author(s)
  Kawabata T, Suzuki H, Nakamura H
- Organizer
  IUPAB & EBSA 2017
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K07364
[Presentation] Helix detection and subunit fitting using Gaussian mixture model.2017
- Author(s)
  Kawabata T, Nakamura H.
- Organizer
  CryoEM Structure Challenges Workshop
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17K07364
[Presentation] Omokage検索:PDB原子モデル・クライオ電子顕微鏡マップデータ・SAXSダミー原子モデルなどを対象とした形状類似検索2016
- Author(s)
  鈴木博文、川端　猛、中村春木
- Organizer
  第１６回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  福岡国際会議場(福岡県、福岡市）
- Year and Date
  2016-06-07
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26440078
[Presentation] 電顕３次元密度マップからαへリックスを認識する混合正規分布モデルの開発2016
- Author(s)
  川端　猛、中村春木
- Organizer
  第５４回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  つくば国際会議場(茨城県、つくば市）
- Year and Date
  2016-11-25
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26440078
[Presentation] Omokage search and gmfit : shape similarity search and superposition among models and maps2016
- Author(s)
  Takeshi Kawabata, Hirofumi Suzuki, Haruki Nakamura
- Organizer
  60-th annual meeting of Biophysical Society
- Place of Presentation
  ロサンゼルス(アメリカ合衆国)
- Year and Date
  2016-02-27
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26440078
[Presentation] EMDB, PDB, SASBDB中の多階層構造データを対象としたウェブサービス2016
- Author(s)
  鈴木博文、Gert-Jan Bekker, 川端　猛、中村春木
- Organizer
  第５４回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  つくば国際会議場（茨城県、つくば市）
- Year and Date
  2016-11-25
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26440078
[Presentation] Omokage search and gmfit : global shape similarity search and 3D-superposition among atomic models and density maps2015
- Author(s)
  川端　猛, 鈴木博文, 中村春木
- Organizer
  生命医薬情報学連合大会２０１５年大会
- Place of Presentation
  京都大学　宇治キャンパス　黄檗プラザ（京都府、宇治市）
- Year and Date
  2015-10-29
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26440078
[Presentation] 低解像度密度マップへの複数のサブユニットのあてはめ計算 -実験情報による拘束の利用-2015
- Author(s)
  川端　猛, 鈴木博文, 中村春木
- Organizer
  第５３回日本生物物理学会
- Place of Presentation
  金沢大学　角間キャンパス（石川県、金沢市）
- Year and Date
  2015-09-13
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26440078
[Presentation] Shape similarity searh of EMDB and PDB: Omokage search2015
- Author(s)
  鈴木博文,川端　猛, 中村春木
- Organizer
  第１５回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  あわぎんホール（徳島県、徳島市）
- Year and Date
  2015-06-24
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26440078
[Presentation] EMDBとPDBデータの形状類似検索：Omokage検索2015
- Author(s)
  鈴木博文,川端　猛, 中村春木
- Organizer
  第５３回日本生物物理学会
- Place of Presentation
  金沢大学　角間キャンパス（石川県、金沢市）
- Year and Date
  2015-09-13
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26440078
[Presentation] リガンド結合構造の比較モデリング-リガンド類似性・蛋白質相同性の予測精度への影響-2012
- Author(s)
  川端猛、中村春木
- Organizer
  第12回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  名古屋国際会議場
- Year and Date
  2012-06-21
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500274
[Presentation] リガンド結合構造の比較モデリング　－リガンド類似性・蛋白質相同性の予測精度への影響　－2012
- Author(s)
  川端　猛、中村春木
- Organizer
  第１２回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  名古屋国際会議場
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500274
[Presentation] 複合体立体構造群を用いたタンパク質キナーゼ阻害剤の構造特徴解析2011
- Author(s)
  宮田雄輔、川端猛
- Organizer
  第11回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  ホテル阪急エキスポパーク
- Year and Date
  2011-06-09
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500274
[Presentation] The build-up algorithm for matching chemical substructures2010
- Author(s)
  川端猛
- Organizer
  2010年日本バイオインフォマティクス学会年会
- Place of Presentation
  九州大学医学部百年講堂
- Year and Date
  2010-12-14
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500274
[Presentation] 結合部位予測とドッキング計算の組み合わせによるリガンド-蛋白質複合体予測2010
- Author(s)
  加藤文彦、川端猛
- Organizer
  第10回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  札幌コンベンションセンター
- Year and Date
  2010-06-16
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500274
[Presentation] 結合部位予測とドッキング計算の組み合わせによるリガンド・蛋白質複合体予測2010
- Author(s)
  加藤文彦、川端猛
- Organizer
  第10回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  札幌コンベンションセンター
- Year and Date
  2010-06-16
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500274
[Presentation] The build-up algorithm formatching chemicalsubstructures2010
- Author(s)
  川端猛
- Organizer
  2010年日本バイオインフォマティクス学会年会
- Place of Presentation
  九州大学医学部百年講堂
- Year and Date
  2010-12-14
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500274
[Presentation] a program for matching chemical structures using thebuild-up algorithm2010
- Author(s)
  川端猛
- Organizer
  KCOMBU
- Place of Presentation
  学術総合センター
- Year and Date
  2010-09-15
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500274
[Presentation] KCOMBU : a program for matching chemical structures using the build-up algorithm2010
- Author(s)
  川端猛
- Organizer
  CBI学会2010年大会
- Place of Presentation
  学術総合センター
- Year and Date
  2010-09-15
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500274
[Presentation] 回転可能な非球体プローブを用いた蛋白質ポケット発見アルゴリズムの開発2008
- Author(s)
  宮久保博幸、川端猛
- Organizer
  第8回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  タワーホール船堀
- Year and Date
  2008-06-10
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19500253
[Presentation] モルフォロジーを利用した蛋白質表面の様々な深さのポケットを同時に計算するアルゴリズムの開発2008
- Author(s)
  川端猛
- Organizer
  日本生物物理学会第46回年会
- Place of Presentation
  福岡国際会議場
- Year and Date
  2008-12-04
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19500253
[Presentation] モルフォロジーを利用した蛋白質表面の様々な深さのポケットを同時に計算するアルゴリズムの開発2008
- Author(s)
  川端猛
- Organizer
  日本生物物理学会第4 6回年会
- Place of Presentation
  福岡国際会議場
- Year and Date
  2008-12-04
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19500253
[Presentation] 非相同な蛋白質の同一リガンド結合部位における原子配置の類似性解析2007
- Author(s)
  渡邉潤也、川端猛
- Organizer
  第7回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  東北大学
- Year and Date
  2007-05-24
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19500253
[Presentation] 変異サイトの溶媒露出度、ポケット度、アミノ酸頻度等に基づいたnsSNPsの表現型に与える影響の予測2007
- Author(s)
  吉井悠喜、川端猛
- Organizer
  日本生物物理学会第45回年会
- Place of Presentation
  パシフィコ横浜
- Year and Date
  2007-12-21
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19500253
[Presentation] セグメンテーション＆フィッティング　‐低解像度密度マップへの複数のサブユニットのあてはめ計算法‐
- Author(s)
  川端　猛、鈴木博文、中村春木.
- Organizer
  日本生物物理学会第５２回年会
- Place of Presentation
  札幌コンベンションセンター
- Year and Date
  2014-09-25 – 2014-09-27
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26440078
[Presentation] 構造データベース中の３次元電子顕微鏡データの形状比較とフィッティング
- Author(s)
  鈴木博文、川端猛、中村春木
- Organizer
  日本生物物理学会第５２回年会
- Place of Presentation
  札幌コンベンションセンター
- Year and Date
  2014-09-25 – 2014-09-27
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26440078

1. SUZUKI HIROFUMI (60418572)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 12 results

Kawabata Takeshi 川端 猛

KAWABATA TAKESHI 川端 猛

KAWABATA Takeshi 川端 猛

川端 猛 カワバタ タケシ

Research Projects

Research Products

Co-Researchers

Prediction of Interacting Molecules and Their 3D Structures using Structure Search and Graph Neural NetworksPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

Multiscale atomic modeling based on electron microscopy 3D map using Gaussian mixture modelPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

Comparison and superposition of low-resolution density maps and atomic models using Gaussian mixture modelPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

A searching method for interacting chemical compounds for target proteins using 3D structures of compound-protein complexesPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

Analysis of geometric shapes of binding sites on protein-ligand complex for prediction of molecular interactionsPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

タンパク質立体構造データベースに基づく分子間相互作用の解析Principal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

立体構造比較によるタンパク質機能解析用データベースの開発Principal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

立体構造を中心とした統合タンパク質データベースの開発Principal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

[Book] Chapter 14 "Rigid-Body Fitting of Atomic Models on 3D Density Maps of Electron Microscopy" in the book "Integrative Structural Biology with Hybrid Methods"2018

Author(s)

Total Pages

Publisher

ISBN

Data Source

[Book] 見てわかる構造生命科学 -生命科学研究へのタンパク質構造の利用-2014

Author(s)

Total Pages

Publisher

Data Source

[Journal Article] Rigid Body Fitting of Atomic Models on Electron Density Map Using Gaussian Mixture Model2019

Author(s)

Journal Title

DOI

NAID

ISSN

Language

Data Source

[Journal Article] Detection of cave pockets in large molecules: Spaces into which internal probes can enter, but external probes from outside cannot2019

Author(s)

Journal Title

DOI

NAID

ISSN

Kawabata Takeshi 川端猛

KAWABATA TAKESHI 川端猛

KAWABATA Takeshi 川端猛

川端猛カワバタタケシ

[Book] 見てわかる構造生命科学　-生命科学研究へのタンパク質構造の利用-2014