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Kumagai Masahiko  熊谷 真彦

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Researcher Number 80738716
Other IDs
Affiliation (Current) 2022: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度分析研究センター, 主任研究員
Affiliation (based on the past Project Information) *help 2020 – 2022: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度分析研究センター, 主任研究員
2019 – 2020: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度解析センター, 主任研究員
2016 – 2019: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度解析センター, 研究員
2017: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度解析センター, 任期付研究員
2014 – 2015: 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教
Review Section/Research Field
Principal Investigator
Genome biology / Basic Section 03060:Cultural assets study-related
Except Principal Investigator
Physical anthropology / Humanities and Social Sciences / Evolutionary biology / Transformative Research Areas, Section (I) / Medium-sized Section 45:Biology at organismal to population levels and anthropology, and related fields
Keywords
Principal Investigator
イネ / 古代ゲノミクス / 次世代シーケンサー / 分子進化 / 栽培イネ / 古ゲノミクス / 葉緑体ゲノム / 栽培植物 / 進化 / 次世代シーケンサ … More / DNAバーコーディング / 歯石 / 古代DNA / AmpliconSeq / 雑穀 / 古代ゲノム / 栽培史 … More
Except Principal Investigator
農耕 / 栽培化 / 弥生時代 / 縄文時代 / 古人骨 / 糞石 / ゲノム / 摂食物 / 縄文人 / 古環境 / 海進 / 水田 / 動物利用 / 植物利用 / 水田稲作 / 昆虫圧痕 / 衛星リモートセンシング / 動物資源 / 魚類資源 / 植物資源 / 植物遺体 / 動物遺体 / 環境 / 新石器時代 / 沖積平野 / 家畜 / 農耕経済 / 採集経済 / 花粉分析 / 珪藻分析 / 環境変遷 / 動植物遺体 / 栽培植物 / 都市化 / 長江下流域 / 稲作 / ダム遺構 / 良渚文化 / 自然環境 / 自然植生 / 海水準変動 / 家畜化 / 古環境変遷 / 農耕化 / 稲作文明 / 日本人の起源 / 古人骨DNA / ミトコンドリアゲノム / 核ゲノム / SNP解析 / ゲノム分析 / 旧石器時代 / 人類学 / 渡来系弥生人 / 歯石 / DNAメタバーコーディング法 / 摂食物同定 / 狩猟採集 / 農耕牧畜 / 先史時代 / ゲノム解析 / 植物性植物 / 狩猟採取 / 古代ゲノム / 腸内細菌 / 植物性食物 / メタゲノム / 先史日本列島人 / 食性 / メタゲノム解析 / DNAバーコーディング / 弥生人 / 古ゲノム解析 / 分岐時間 / 集団の大きさ / 大規模ゲノム解析 / 塩基置換推定 / 負の二項分布 / ポワソン分布 / ガンマ分布 / 分子進化 / 分岐年代推定 / 作物栽培化 / 植物考古学 / プロトシルクロード / マルチオミクス / 残存脂質分析 / 中央アジア / 考古学 / 考古生化学 / ゲノミクス / メタボロミクス / 古DNA / プロテオミクス / 土器圧痕 / ムギ / アワ・キビ / 脂質 / 次世代シークエンサー Less
  • Research Projects

    (8 results)
  • Research Products

    (21 results)
  • Co-Researchers

    (27 People)
  •  Ancient genomics study on histories of crop species utilization in Jananese ArchiperagoPrincipal Investigator

    • Principal Investigator
      熊谷 真彦
    • Project Period (FY)
      2021 – 2023
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • Review Section
      Basic Section 03060:Cultural assets study-related
    • Research Institution
      National Agriculture and Food Research Organization
  •  Multi-profiling of Jomon people's nutrition, hygiene, and health status by coprolite genome analysis

    • Principal Investigator
      太田 博樹
    • Project Period (FY)
      2021 – 2022
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
    • Review Section
      Medium-sized Section 45:Biology at organismal to population levels and anthropology, and related fields
    • Research Institution
      The University of Tokyo
  •  Archaeobotanical investigation to the exchange and transformation of rice, millet and wheat/barley food cultures

    • Principal Investigator
      庄田 慎矢
    • Project Period (FY)
      2020 – 2024
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)
    • Review Section
      Transformative Research Areas, Section (I)
    • Research Institution
      Nara National Research Institute for Cultural Properties
  •  Genome analysis of Yayoi people; its relevance for the origin of modern Japanese

    • Principal Investigator
      MIZUNO Fuzuki
    • Project Period (FY)
      2017 – 2019
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • Research Field
      Physical anthropology
    • Research Institution
      Toho University
  •  Metagenome analyses of coprolite and dental calculus for prehistoric specimens from the Japanese Archipelago

    • Principal Investigator
      Hiroki Oota
    • Project Period (FY)
      2017 – 2019
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • Research Field
      Physical anthropology
    • Research Institution
      The University of Tokyo
      Kitasato University
  •  Changes of paleoenvironment and Several stages of animal and plant utilization

    • Principal Investigator
      KANEHARA Masaaki
    • Project Period (FY)
      2015 – 2019
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
    • Review Section
      Humanities and Social Sciences
    • Research Institution
      Nara University of Education
  •  Crop Cultivation Process Deciphered by Large-Scale Genome Sequence Analysis

    • Principal Investigator
      Itoh Takeshi
    • Project Period (FY)
      2015 – 2017
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • Research Field
      Evolutionary biology
    • Research Institution
      National Agriculture and Food Research Organization
      国立研究開発法人農業生物資源研究所
  •  Genomic analysis of ancient rice remainsPrincipal Investigator

    • Principal Investigator
      Kumagai Masahiko
    • Project Period (FY)
      2014 – 2015
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
    • Research Field
      Genome biology
    • Research Institution
      The University of Tokyo

All 2022 2021 2020 2019 2018 2016 2015 2014

All Journal Article Presentation Book

  • [Book] 炭化米DNA分析から明らかになった古代東北アジアにおける栽培イネの遺伝的多様性2019

    • Author(s)
      熊谷真彦、庄田慎矢、水野文月、王瀝
    • Total Pages
      262
    • Publisher
      クバプロ
    • ISBN
      9784878051616
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17K07588
  • [Book] アフロ・ユーラシアの考古植物学2019

    • Author(s)
      熊谷 真彦、庄田 慎矢、水野 文月、王 瀝
    • Total Pages
      262
    • Publisher
      クバプロ
    • ISBN
      9784878051616
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17H03738
  • [Book] 細胞工学 古代ゲノムでたどる人類史(監修 植田信太郎)「遺伝情報から見た家畜化と栽培化」2016

    • Author(s)
      熊谷真彦
    • Total Pages
      4
    • Publisher
      秀潤社
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26890010
  • [Journal Article] Whole-Genome Sequencing of the NARO World Rice Core Collection (WRC) as the Basis for Diversity and Association Studies2020

    • Author(s)
      Tanaka N, Shenton M, Kawahara Y, Kumagai M, Sakai H, Kanamori H, Yonemaru J, Fukuoka S, Sugimoto K, Ishimoto M, Wu J, Ebana K
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: Epub ahead of print Pages: 922-932

    • DOI

      10.1093/pcp/pcaa019

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17H00939, KAKENHI-PROJECT-17K07588, KAKENHI-PROJECT-18K14364, KAKENHI-PROJECT-20H02892
  • [Journal Article] TASUKE+: a web-based platform for exploring GWAS results and large-scale resequencing data2019

    • Author(s)
      Kumagai M, Nishikawa D, Kawahara Y, Wakimoto H, Itoh R, Tabei N, Tanaka T, Itoh T
    • Journal Title

      DNA Research

      Volume: 26(6) Pages: 445-452

    • DOI

      10.1093/dnares/dsz022

    • Peer Reviewed / Open Access
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17H00939, KAKENHI-PROJECT-17K07588
  • [Journal Article] Rice varieties in archaic East Asia: reduction of its diversity from past to present times2016

    • Author(s)
      Kumagai M, Kanehara M, Shoda S, Fujita S, Onuki S, Ueda S and Wang L.
    • Journal Title

      Molecular Biology and Evolution

      Volume: 33(10) Pages: 2496-2505

    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-15H05966
  • [Journal Article] Whole genome analysis of herbicide tolerant mutant rice generated by Agrobacterium-mediated gene targeting2015

    • Author(s)
      Endo M, Kumagai M, Motoyama R, Sasaki-Yamagata H, Mori-Hosokawa S, Hamada M, Kanamori H, Nagamura Y, Katayose Y, Itoh T, Toki S
    • Journal Title

      Plant Cell Physiology

      Volume: 56 Pages: 116-125

    • DOI

      10.1093/pcp/pcu153

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant / Open Access
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24241028, KAKENHI-PROJECT-26890010
  • [Journal Article] Development of transcriptome shotgun assembly-derived markers in bunching onion (Allium fistulosum)2015

    • Author(s)
      Tsukazaki H, Yaguchi S, Sato S, Hirakawa H, Katayose Y, Kanamori H, Kurita K, Itoh T, Kumagai M, Mizuno S, Hamada M, Fukuoka H, Yamashita K, McCallum J, Shigyo M, and Wako T
    • Journal Title

      Molecular Breeding

      Volume: 35 Pages: 55-55

    • DOI

      10.1007/s11032-015-0265-x

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26890010
  • [Presentation] Genomics studies on Oryza species2022

    • Author(s)
      Masahiko Kumagai
    • Organizer
      The 4th meeting of Studies in Asian and African Geolinguistics
    • Invited / Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21K00996
  • [Presentation] 縄文人糞石を用いたマイクロバイオーム解析2021

    • Author(s)
      西村瑠佳、谷野彰勇、鯵本眞友美、稲田健一、勝村啓史、小川元之、小金渕佳江、和久大介、熊谷真彦、杉本竜太、太田博樹、井ノ上逸郎
    • Organizer
      日本進化学会第23回東京大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21K19289
  • [Presentation] TASUKE+: A Web-Based Platform for Large-Scale Resequencing Data and Exploring GWAS Results2020

    • Author(s)
      Kumagai M, Nishikawa D, Kawahara Y, Wakimoto H, Itoh R, Tabei N, Tanaka T, Itoh T
    • Organizer
      International Plant & Animal Genome XXVIII
    • Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17K07588
  • [Presentation] 沖縄島の旧石器時代人骨、港川1号の核ゲノム分析(第1報)2019

    • Author(s)
      水野文月、林美千子、石谷孔司、熊谷真彦、五條堀淳、王瀝、黒崎久仁彦、近藤修、馬場悠男、植田信太郎
    • Organizer
      第73回日本人類学会大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17K07588
  • [Presentation] メタゲノム解析の基礎2019

    • Author(s)
      熊谷真彦
    • Organizer
      第214 回農林交流センターワークショップ「NGSデータ解析シンポジウム」
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17H03738
  • [Presentation] メタゲノム解析の基礎2019

    • Author(s)
      熊谷真彦
    • Organizer
      第214 回農林交流センターワークショップ「NGSデータ解析シンポジウム」
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17K07588
  • [Presentation] 居家以岩陰遺跡(縄文早期)及び土井ヶ浜遺跡(弥生中期)出土人骨のエピゲノム解析の試み2019

    • Author(s)
      熊谷真彦、水野文月、石谷孔司、五條堀淳、林美千子、松下真実、松下孝幸、谷口康浩、近藤修、黒崎久仁彦、王瀝、植田信太郎
    • Organizer
      第73回日本人類学会大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17K07588
  • [Presentation] 居家以岩陰遺跡(縄文早期)及び土井ヶ浜遺跡(弥生中期)出土人骨の核ゲノム解析(予報)2019

    • Author(s)
      石谷孔司、水野文月、熊谷真彦、五條堀淳、林美千子、松下真実、松下孝幸、谷口康浩、近藤修、黒崎久仁彦、王瀝、植田信太郎
    • Organizer
      第73回日本人類学会大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17K07588
  • [Presentation] 現代日本人におけるミトコンドリアゲノム系統の再構築2018

    • Author(s)
      ◎水野文月、五條堀淳、石谷孔司、熊谷真彦、植田信太郎、松田文彦、日笠幸一郎、林美千子、長谷川智華、山田孝、黒崎 久仁彦
    • Organizer
      第27回日本DNA多型学会学術集会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17K07588
  • [Presentation] NGSデータ解析2016

    • Author(s)
      熊谷真彦
    • Organizer
      第201回農林交流センターワークショップ
    • Place of Presentation
      農林水産技術会議事務局 筑波産学連携支援センター
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-15H05966
  • [Presentation] 栽培イネ古DNA解析のための現生イネ大規模ゲノムデータ解析2015

    • Author(s)
      熊谷真彦、王瀝、植田信太郎
    • Organizer
      第69回 日本人類学会大会
    • Place of Presentation
      産業技術総合研究所 臨海副都心センター(東京都・江東区)
    • Year and Date
      2015-09-10
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26890010
  • [Presentation] 初めて触れるデータ解析~NGSの現場から2014

    • Author(s)
      熊谷 真彦
    • Organizer
      第2回次世代シーケンサー研究推進のためのデータ解析ワークショップ
    • Place of Presentation
      茨城
    • Year and Date
      2014-12-12
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26890010
  • [Presentation] Domestication history of rice inferred by ancient DNA and modern genomics.2014

    • Author(s)
      Kumagai Masahiko
    • Organizer
      Chile-Japan Academic Forum in UTokyo, Workshop on Genes, Cells and Organisms.
    • Place of Presentation
      Tokyo, Japan
    • Year and Date
      2014-10-08
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26890010
  • 1.  MIZUNO Fuzuki (50735496)
    # of Collaborated Projects: 3 results
    # of Collaborated Products: 6 results
  • 2.  Hiroki Oota (40401228)
    # of Collaborated Projects: 2 results
    # of Collaborated Products: 1 results
  • 3.  植田 信太郎 (20143357)
    # of Collaborated Projects: 2 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 4.  KANEHARA Masaaki (10335466)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 1 results
  • 5.  Itoh Takeshi (80356469)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 6.  SAKAI Hiroaki (20455322)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 7.  丸山 真史 (00566961)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 8.  菊地 大樹 (00612433)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 9.  渡部 展也 (10365497)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 10.  鈴木 三男 (80111483)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 11.  黒住 耐二 (80250140)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 12.  小畑 弘己 (80274679)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 13.  大橋 順 (80301141)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 14.  勝村 啓史 (10649544)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 15.  須田 亙 (20590847)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 16.  庄田 慎矢 (50566940)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 17.  西内 巧 (20334790)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 18.  遠藤 英子 (60766947)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 19.  竹井 惠美子 (90197252)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 20.  村上 夏希 (90801267)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 21.  石谷 孔司 (40826062)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 22.  梅崎 昌裕 (30292725)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 23.  澤藤 りかい (50814612)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 24.  和久 大介 (60793578)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 1 results
  • 25.  ENDO Masaki
    # of Collaborated Projects: 0 results
    # of Collaborated Products: 1 results
  • 26.  土岐 精一
    # of Collaborated Projects: 0 results
    # of Collaborated Products: 1 results
  • 27.  田中 伸裕
    # of Collaborated Projects: 0 results
    # of Collaborated Products: 1 results

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