Mori Yoshiharu 森義治

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森義治モリヨシハル

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Researcher Number	90646928
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Affiliation (Current)	2025: 九州大学, システム情報科学研究院, 准教授 2025: 慶應義塾大学, 理工学研究科(矢上), 特任准教授
Affiliation (based on the past Project Information) *help	2023: 慶應義塾大学, 理工学研究科(矢上), 特任准教授 2021 – 2022: 神戸大学, システム情報学研究科, 講師 2017 – 2018: 北里大学, 薬学部, 助教 2016: 分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 特任助教
Review Section/Research Field	Principal Investigator Basic Section 43040:Biophysics-related / Biophysics
Keywords	Principal Investigator 分子動力学 / 分子シミュレーション / タンパク質合成 / マルチスケール / 動力学的校正 / 翻訳過程 / ブラウン運動 / 翻訳因子 / 自由エネルギー解析 / tRNA … More / 翻訳開始因子 / リボソームタンパク質 / メタダイナミクス / 粗視化シミュレーション / マルチスケールシミュレーション / RNA / EF-Tu / リボソーム / 化学物理 / 酵素反応 / 生体分子 / 蛋白質 / 生物物理 / アミノ酸 / 構造サンプリング / スレオニン / 共変異 / アミノアシルtRNA合成酵素 / リガンド選択性 / 結合自由エネルギー / 結合親和性 / 共変異解析 / 配列解析 / 分子動力学シミュレーション / スレオニルtRNA合成酵素 Less

Molecular mechanism of the accurate protein synthesis of the ribosome in translationPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  森義治
- Project Period (FY)
  2021 – 2024
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Review Section
  
  Basic Section 43040:Biophysics-related
- Research Institution
  Keio University
  Kobe University
Molecular mechanism of amino-acid selection in protein synthesisPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  Mori Yoshiharu
- Project Period (FY)
  2016 – 2018
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
- Research Field
  
  Biophysics
- Research Institution
  Kitasato University
  Institute for Molecular Science

All 2023 2022 2021 2019 2018 2017 2016

All Journal Article Presentation

[Journal Article] End-to-end protein-ligand complex structure generation with diffusion-based generative models2023
- Author(s)
  Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, and Shigenori Tanaka
- Journal Title
  
  BMC Bioinformatics
  
  Volume: 24 Issue: 1 Pages: 233-233
- DOI
  10.1186/s12859-023-05354-5
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K06113, KAKENHI-PROJECT-21K06098
[Journal Article] Anesthetic Binding Induced Motion of GABAA Receptors Revealed by Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations2023
- Author(s)
  Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, and Shigenori Tanaka
- Journal Title
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  Volume: 127 Issue: 28 Pages: 6306-6315
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.3c01684
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K06113, KAKENHI-PROJECT-21K06098
[Journal Article] Anesthetic-Binding Induced Motion of GABAA Receptors Revealed by Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations2023
- Author(s)
  Nakata Shuya、Mori Yoshiharu、Tanaka Shigenori
- Journal Title
  
  bioRxiv
  
  Volume: －
- DOI
  10.1101/2023.03.10.530555
- Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[Journal Article] Thermal Conductivity and Conductance of Protein in Aqueous Solution: Effects of Geometrical Shape2023
- Author(s)
  I. Kurisaki, S. Tanaka, I. Mori, T. Umegaki, Y. Mori, and S. Tanaka
- Journal Title
  
  J. Comput. Chem.
  
  Volume: 44 Issue: 7 Pages: 857-868
- DOI
  10.1002/jcc.27048
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K06098, KAKENHI-PROJECT-21K06113
[Journal Article] End-to-end protein-ligand complex structure generation with diffusion-based generative models2022
- Author(s)
  Nakata Shuya、Mori Yoshiharu、Tanaka Shigenori
- Journal Title
  
  bioRxiv
  
  Volume: －
- DOI
  10.1101/2022.12.20.521309
- Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[Journal Article] Antigen-dependent fluorescence response of anti-c-Myc Quenchbody studied by molecular dynamics simulations2018
- Author(s)
  Yoshiharu Mori, Hisashi Okumura, Takayoshi Watanabe, Takahiro Hohsaka
- Journal Title
  
  Chem. Phys. Lett.
  
  Volume: 698 Pages: 223-226
- DOI
  10.1016/j.cplett.2018.03.011
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00790, KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102006, KAKENHI-PROJECT-15K13739, KAKENHI-PROJECT-16K18532
[Journal Article] Conformational changes of ubiquitin under high pressure conditions: A pressure simulated tempering molecular dynamics study2017
- Author(s)
  Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto
- Journal Title
  
  Journal of Computational Chemistry
  
  Volume: 38 Issue: 15 Pages: 1167-1173
- DOI
  10.1002/jcc.24767
- Peer Reviewed / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K18532, KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[Journal Article] 高圧力状態でのサンプリング効率を高める拡張アンサンブル法と生体分子系への応用2017
- Author(s)
  森義治
- Journal Title
  
  アンサンブル
  
  Volume: 19 Pages: 189-194
- NAID
  130007426972
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[Presentation] 翻訳開始過程における開始tRNA認識の分子機構：tRNAとリボソームタンパク質の進化を探る2023
- Author(s)
  森義治
- Organizer
  CBI学会2023年大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[Presentation] Concentration dependence of protein diffusion coefficients in crowded systems studied by Brownian dynamics simulations2023
- Author(s)
  Yoshiharu Mori and Shigenori Tanaka
- Organizer
  34th IUPAP Conference on Computational Physics (CCP2023)
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[Presentation] 生体分子粗視化モデルとアンブレラサンプリングシミュレーションを用いたタンパク質・RNA複合体における自由エネルギー計算2022
- Author(s)
  森義治, 田中成典
- Organizer
  第36回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[Presentation] Theoretical investigation of the interactions between a tRNA and ribosomal proteins in bacterial translation pre-initiation complex2022
- Author(s)
  森義治, 田中成典
- Organizer
  第60回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[Presentation] リボソーム翻訳開始前複合体とtRNAとの相互作用におけるリボソームタンパク質の役割2022
- Author(s)
  森義治, 田中成典
- Organizer
  第22回蛋白質科学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[Presentation] Free energy profile of tRNA dissociation from ribosome studied by coarse-grained molecular dynamics simulations2021
- Author(s)
  森義治, 田中成典
- Organizer
  CBI学会2021年大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[Presentation] 粗視化モデルとアンブレラサンプリングによるリボソームからのtRNA解離過程における自由エネルギー解析2021
- Author(s)
  森義治, 田中成典
- Organizer
  日本物理学会第77回年次大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[Presentation] 粗視化分子シミュレーションによるリボソームにおけるtRNA解離自由エネルギー計算2021
- Author(s)
  森義治, 田中成典
- Organizer
  第15回分子科学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[Presentation] 自由エネルギー計算による翻訳開始段階におけるリボソームとtRNAの相互作用解析2021
- Author(s)
  森義治, 田中成典
- Organizer
  スーパーコンピュータワークショップ2021
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[Presentation] アミノ酸をリガンドとする酵素における選択的リガンド結合機構2019
- Author(s)
  森義治，竹田－志鷹真由子，奥村久士
- Organizer
  日本物理学会第74回年次大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[Presentation] 分子動力学法と配列解析を用いたタンパク質―リガンド相互作用の研究2019
- Author(s)
  森義治，竹田－志鷹真由子，奥村久士
- Organizer
  第8回日本生物物理学会関東支部会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[Presentation] ThrRSに対するスレオニンの結合親和性に関する研究：分子シミュレーションと配列保存性による解析2018
- Author(s)
  森義治，竹田－志鷹真由子，奥村久士
- Organizer
  第41回日本分子生物学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[Presentation] Amino-acid selection in aminoacyl-tRNA synthetase studied by molecular dynamics simulations2017
- Author(s)
  Yoshiharu Mori and Hisashi Okumura
- Organizer
  The 5th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
- Place of Presentation
  University of Tokyo, Meguro, Tokyo
- Year and Date
  2017-01-21
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[Presentation] スレオニルtRNA合成酵素において高度に保存されたアミノ酸とその機能の物理化学的考察2017
- Author(s)
  森義治，竹田－志鷹真由子，奥村久士
- Organizer
  第11回分子科学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[Presentation] スレオニルtRNA合成酵素における天然リガンドと類似化合物との相互作用解析2017
- Author(s)
  森義治，竹田－志鷹真由子，奥村久士
- Organizer
  第45回構造活性相関シンポジウム
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[Presentation] 分子動力学法と配列解析による thrRS とスレオニンの結合親和性に関する研究2017
- Author(s)
  森義治，竹田－志鷹真由子，奥村久士
- Organizer
  日本薬学会第138年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[Presentation] Theoretical study on the molecular mechanism of amino-acid selection in threonyl-tRNA synthetase2016
- Author(s)
  森義治、奥村久士
- Organizer
  第54回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- Year and Date
  2016-11-25
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[Presentation] スレオニルtRNA合成酵素のアミノ酸選択機構に関する理論的研究2016
- Author(s)
  森義治、奥村久士
- Organizer
  第10回分子科学討論会
- Place of Presentation
  神戸ファッションマート（兵庫県神戸市）
- Year and Date
  2016-09-13
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[Presentation] 分子動力学法によるスレオニルtRNA合成酵素におけるアミノ酸結合機構の研究2016
- Author(s)
  森義治、奥村久士
- Organizer
  第43回生体分子科学討論会
- Place of Presentation
  名古屋大学（愛知県名古屋市）
- Year and Date
  2016-06-24
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[Presentation] アミノアシルtRNA合成酵素での基質結合における自由エネルギー計算と分子構造からの考察2016
- Author(s)
  森義治、奥村久士
- Organizer
  第30回分子シミュレーション討論会
- Place of Presentation
  大阪大学（大阪府豊中市）
- Year and Date
  2016-11-30
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[Presentation] スレオニルtRNA合成酵素におけるスレオニン結合機構：分子動力学シミュレーションによる研究2016
- Author(s)
  森義治、奥村久士
- Organizer
  第16回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  福岡国際会議場（福岡県福岡市）
- Year and Date
  2016-06-07
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K18532

1. 奥村久士

# of Collaborated Projects: 0 results

# of Collaborated Products: 1 results
2. 田中成典

# of Collaborated Projects: 0 results

# of Collaborated Products: 1 results

Mori Yoshiharu 森 義治

森 義治 モリ ヨシハル

Research Projects

Research Products

Co-Researchers

Molecular mechanism of the accurate protein synthesis of the ribosome in translationPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

Molecular mechanism of amino-acid selection in protein synthesisPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

[Journal Article] End-to-end protein-ligand complex structure generation with diffusion-based generative models2023

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Anesthetic Binding Induced Motion of GABAA Receptors Revealed by Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations2023

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Anesthetic-Binding Induced Motion of GABAA Receptors Revealed by Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations2023

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Thermal Conductivity and Conductance of Protein in Aqueous Solution: Effects of Geometrical Shape2023

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] End-to-end protein-ligand complex structure generation with diffusion-based generative models2022

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Antigen-dependent fluorescence response of anti-c-Myc Quenchbody studied by molecular dynamics simulations2018

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Conformational changes of ubiquitin under high pressure conditions: A pressure simulated tempering molecular dynamics study2017

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] 高圧力状態でのサンプリング効率を高める拡張アンサンブル法と生体分子系への応用2017

Author(s)

Journal Title

NAID

Data Source

[Presentation] 翻訳開始過程における開始tRNA認識の分子機構：tRNAとリボソームタンパク質の進化を探る2023

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] Concentration dependence of protein diffusion coefficients in crowded systems studied by Brownian dynamics simulations2023

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] 生体分子粗視化モデルとアンブレラサンプリングシミュレーションを用いたタンパク質・RNA複合体における自由エネルギー計算2022

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] Theoretical investigation of the interactions between a tRNA and ribosomal proteins in bacterial translation pre-initiation complex2022

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] リボソーム翻訳開始前複合体とtRNAとの相互作用におけるリボソームタンパク質の役割2022

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] Free energy profile of tRNA dissociation from ribosome studied by coarse-grained molecular dynamics simulations2021

Author(s)

Organizer

Mori Yoshiharu 森義治

森義治モリヨシハル

[Presentation] 分子動力学法と配列解析による thrRS とスレオニンの結合親和性に関する研究2017