藤原伸一 Fujiwara Shin-ichi

研究者番号	00362880
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 鳥取大学, 医学部, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2023年度: 鳥取大学, 医学部, 准教授 2015年度 – 2017年度: 鳥取大学, 医学部, 准教授 2011年度 – 2012年度: 鳥取大学, 医学部, 講師 2010年度: 鳥取大学, 医学部, 助教 2007年度 – 2008年度: 鳥取大学, 医学部, 助教 2005年度 – 2006年度: 鳥取大学, 医学部, 助手 2004年度: 国立大学法人鳥取大学, 医学部, 助手
審査区分/研究分野	研究代表者小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生命・健康・医療情報学 / 創薬化学研究代表者以外生体生命情報学 / 生命・健康・医療情報学 / 理工系
キーワード	研究代表者分子動力学 / MM/GBSA / プロトン化状態 / タンパク質 / 結合自由エネルギー / 分子シミュレーション / アミノ酸 / pH依存性 / pH / リガンド / ドッキングシミュレーション / 構造活性相関 / ヒト血清アルブミン … もっと見る研究代表者以外 … もっと見る分子動力学計算 / 高速多重極法 / 周期境界条件 / 頑健性 / 欠損値・欠測値 / 重ね合わせ / 立体構造 / 作業用共分散 / 占有率 / 共分散 / 構造重ね合わせ / fast multipole method / periodic boundary conditions / membrane proteins / molecular dynamics calculation / 薬物動態学 / 擬二次元周期性 / 膜タンパク質 / 生体生命情報学 / 蛋白質 / 生体分子 / 統計数学 / 反作用場法 / 生体超分子系 / 分子動力学 / コンピュータシミュレーション / 並列分散計算 / 薬物動態 / 並列分散処理 / クラスタ計算 / 専用計算機 / 計算グリッド隠す

分子シミュレーションによる結合自由エネルギーのpH依存性解析に関する研究研究代表者
- 研究代表者
  
  藤原伸一
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  鳥取大学
様々なプロトン化状態を取り入れた新規結合自由エネルギー計算に関する研究研究代表者
- 研究代表者
  
  藤原伸一
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2017
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  鳥取大学
タンパク質ダイナミクス解明のためのロバストなトラジェクトリ解析法の開発
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2017
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  鳥取大学
分子種間変動を扱う階層モデルとその正則化による蛋白質立体構造の比較解析
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2012
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  鳥取大学
生体超分子系の精密シミュレーションに向けての高速多重極・反作用場計算の開発と評価
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2008
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  鳥取大学
タンパク質の構造と機能の予測のための計算資源提供型広域計算
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2004 – 2005
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  鳥取大学
分子情報科学的手法によるヒト血清アルブミン-薬物結合解析に関する研究研究代表者
- 研究代表者
  
  藤原伸一
- 研究期間 (年度)
  2004 – 2005
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  創薬化学
- 研究機関
  鳥取大学
膜タンパク質の精密分子動力学計算のための高速計算法の開発と評価
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2004 – 2005
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  鳥取大学

すべて 2017 2013 2011 2008 2007 2006 2005

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Fatty acid binding to serum albumin: Molecular simulation approaches.2013
- 著者名/発表者名
  Fujiwara S
- 雑誌名
  
  Biochim Biophys Acta
  
  巻: 1830 号: 12 ページ: 5427-5434
- DOI
  10.1016/j.bbagen.2013.03.032
- NAID
  120006724720
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500275
[雑誌論文] Fatty acid binding to serum albumin: Molecular simulation approaches2013
- 著者名/発表者名
  S. Fujiwara and T. Amisaki
- 雑誌名
  
  Biochim. Biophys. Acta
- NAID
  120006724720
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500275
[雑誌論文] Steric and allosteric effects of fatty acids on the binding of warfarin to human serum albumin revealed by molecular dynamics and free energy calculations2011
- 著者名/発表者名
  S. Fujiwara and T. Amisaki
- 雑誌名
  
  Chem. Pharm. Bull.
  
  巻: 59 ページ: 860-867
- NAID
  130000748020
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500275
[雑誌論文] Steric and Allosteric Effects of Fatty Acids on the Binding of Warfarin to Human Serum Albumin Revealed by Molecular Dynamics and Free Energy Calculations2011
- 著者名/発表者名
  Fujiwara, S.
- 雑誌名
  
  ＣＨＥＭＩＣＡＬ　＆　ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬ　ＢＵＬＬＥＴＩＮ
  
  巻: 59 号: 7 ページ: 860-867
- DOI
  10.1248/cpb.59.860
- NAID
  130000748020
- ISSN
  0009-2363, 1347-5223
- 言語
  英語
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500275
[雑誌論文] Identification of High Affinity Fatty Acid Bindng Sites on Human Serum Albumin by MM-PBSA Method2008
- 著者名/発表者名
  Fujiwara, S
- 雑誌名
  
  Biophysical Journal 94
  
  ページ: 95-103
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[雑誌論文] Identification of high affinity fatty acid binding sites on human serum albumin by MM-PBSA method2008
- 著者名/発表者名
  S. Fujiwara and T. Amisaki
- 雑誌名
  
  Biophys. J. 94
  
  ページ: 95-103
- NAID
  120006724722
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[雑誌論文] Molecular dynamics study of conformational changes in human serum albumin by binding of fatty acids2006
- 著者名/発表者名
  Fujiwara, S.
- 雑誌名
  
  Proteins : Structure, Function, and Bioinformatics 64・3
  
  ページ: 730-739
- NAID
  120006724724
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[雑誌論文] Molecular dynamics study of conformational changes in human serum albumin by binding of fatty acids2006
- 著者名/発表者名
  S. Fujiwara and T. Amisaki
- 雑誌名
  
  Proteins 64
  
  ページ: 730-739
- NAID
  120006724724
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[雑誌論文] Molecular dynamics study of conformational changes in human serum albumin by binding of fatty acids2006
- 著者名/発表者名
  S.Fujiwara
- 雑誌名
  
  PROTEINS : Structure, Function, and Bioinformatics (掲載決定)
- NAID
  120006724724
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16016265
[雑誌論文] Implementation and Evaluation of Multiple GridRPC Services for Molecular Dynamics Simulations of Proteins2006
- 著者名/発表者名
  T. Amisaki and S. Fujiwara
- 雑誌名
  
  IPSJ Transactions on Advanced Computing Systems 47
  
  ページ: 182-192
- NAID
  130000058309
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[雑誌論文] Molecular dynamics study of conformational changes in human serum albumin by bindins of fatty acids2005
- 著者名/発表者名
  Fujiwara S et al.
- 雑誌名
  
  Proceeding of the Australian Physiological Society 36
  
  ページ: 54-54
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16790082
[学会発表] pH一定の分子動力学シミュレーションによって発生させたアミノ酸の様々なプロトン化状態に基づく結合自由エネルギー計算2017
- 著者名/発表者名
  藤原　伸一、網崎　孝志
- 学会等名
  第55回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K16084
[学会発表] Regression method for comparison of multiple protein conformations2017
- 著者名/発表者名
  網崎孝志、藤原伸一
- 学会等名
  日本生物物理学会第55回年会（熊本大学）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K00404
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによるhMTH1-8-oxo-dGMP間相互作用の解析2008
- 著者名/発表者名
  藤原伸一
- 学会等名
  日本薬学会第128年会
- 発表場所
  横浜市
- 年月日
  2008-03-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによるhMTH1-8-oxo-dGMP 間相互作用の解析2008
- 著者名/発表者名
  藤原伸一、石飛文規、片倉和哉、網崎孝志、山縣ゆり子
- 学会等名
  日本薬学会第128年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜会議センター
- 年月日
  2008-03-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[学会発表] MM-PBSA 法によるヒト血清アルブミンの脂肪酸強結合部位の同定2007
- 著者名/発表者名
  藤原伸一、網崎孝志
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜会議センター
- 年月日
  2007-12-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[学会発表] MM-PBSA 法によるヒト血清アルブミンの脂肪酸強結合部位の同定2007
- 著者名/発表者名
  藤原伸一、網崎孝志
- 学会等名
  日本薬学会第127 年会
- 発表場所
  富山
- 年月日
  2007-03-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[学会発表] MM-PBSA法によるヒト血清アルブミンの脂肪酸強結合部位の同定2007
- 著者名/発表者名
  藤原伸一
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  横浜市
- 年月日
  2007-12-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[学会発表] 酸化ヌクレオチド分解酵素ヒトMTH1の分子動力学シミュレーションによるダイナミクス解析2006
- 著者名/発表者名
  石飛文規、片倉和哉、藤原伸一、網崎孝志、山縣ゆり子
- 学会等名
  第20回分子シミュレーション討論
- 発表場所
  仙台国際センター
- 年月日
  2006-11-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226

1. 網崎孝志 (20231996)

共同の研究課題数: 6件

共同の研究成果数: 11件

藤原 伸一 Fujiwara Shin-ichi

研究課題

研究成果

共同研究者

分子シミュレーションによる結合自由エネルギーのpH依存性解析に関する研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

様々なプロトン化状態を取り入れた新規結合自由エネルギー計算に関する研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タンパク質ダイナミクス解明のためのロバストなトラジェクトリ解析法の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

分子種間変動を扱う階層モデルとその正則化による蛋白質立体構造の比較解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

生体超分子系の精密シミュレーションに向けての高速多重極・反作用場計算の開発と評価

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タンパク質の構造と機能の予測のための計算資源提供型広域計算

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

分子情報科学的手法によるヒト血清アルブミン-薬物結合解析に関する研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

膜タンパク質の精密分子動力学計算のための高速計算法の開発と評価

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Fatty acid binding to serum albumin: Molecular simulation approaches.2013

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Fatty acid binding to serum albumin: Molecular simulation approaches2013

著者名/発表者名

雑誌名

NAID

データソース

[雑誌論文] Steric and allosteric effects of fatty acids on the binding of warfarin to human serum albumin revealed by molecular dynamics and free energy calculations2011

著者名/発表者名

雑誌名

NAID

データソース

[雑誌論文] Steric and Allosteric Effects of Fatty Acids on the Binding of Warfarin to Human Serum Albumin Revealed by Molecular Dynamics and Free Energy Calculations2011

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

ISSN

言語

データソース

[雑誌論文] Identification of High Affinity Fatty Acid Bindng Sites on Human Serum Albumin by MM-PBSA Method2008

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

藤原伸一 Fujiwara Shin-ichi