渕上壮太郎 Fuchigami Sotaro

研究者番号	00381468
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 静岡県立大学, 薬学部, 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2019年度 – 2021年度: 京都大学, 理学研究科, 特定准教授 2013年度 – 2015年度: 横浜市立大学, 生命医科学研究科, 助教 2011年度 – 2012年度: 横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 助教 2008年度: 横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 助教 2007年度: 横浜市立大学, 大学院・国際総合科学研究科, 助教 … もっと見る 2006年度: 横浜市立大学, 大学院・国際総合科学研究科, 助手 2005年度: 横浜市立大学, 大学院国際総合科学研究科, 助手 2004年度: 横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 助手隠す
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43040:生物物理学関連 / 理工系 / 生物物理学研究代表者以外生物系 / 理工系
キーワード	研究代表者イオンモビリティ質量分析 / シミュレーション / 生物物理 / マルコフ状態モデル / X 線小角散乱 / X線小角散乱 / 分子シミュレーション / 粗視化分子モデル / データ同化 / 分子動力学シミュレーション … もっと見る / ヒストン / 柔らかな分子系 / 揺らぎ / 蛋白質 … もっと見る研究代表者以外蛋白質 / 分子シミュレーション / 計算物理学 / 生物物理 / 膜蛋白質 / 膜タンパク質 / アクアポリン / IP_3受容体 / Transducer / Sensory Rhodosin II / IP3受容体 / HAMPドメイン / HtrII複合体 / SRII / 分子動力学シミュレーション / 変異型 / 水透過係数 / 分子シュミレーション / 複合体 / トランスデューサ / フォボロドプシン / 遷移状態 / 剛体分子動力学 / 並列計算 / 線形応答理論 / 構造変化 / バイオインフォマティクス / Trp Cage / アンフォールディング / 水チャネル / PhoB / 分子認識 / DNA結合タンパク質 / αラクトアルブミン / フォールディング / タンパク質 / 分子動力学隠す

シミュレーションと実験データのデータ同化によるタンパク質の立体構造解析研究代表者
- 研究代表者
  
  渕上壮太郎
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  京都大学
ヒストンテールのしなやかさに由来する動的挙動の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  渕上壮太郎
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2015
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  横浜市立大学
長時間全原子シミュレーションによるタンパク質揺らぎの解明研究代表者
- 研究代表者
  
  渕上壮太郎
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2013
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  横浜市立大学
分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究
- 研究代表者
  
  木寺詔紀
- 研究期間 (年度)
  2007 – 2008
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  横浜市立大学
分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究
- 研究代表者
  
  木寺詔紀
- 研究期間 (年度)
  2005 – 2006
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  横浜市立大学
分子シミュレーションによる蛋白質フォールディング・分子認識機構の解明
- 研究代表者
  
  池口満徳
- 研究期間 (年度)
  2003 – 2007
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  横浜市立大学

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すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] ベイズ的アプローチによる高速原子間力顕微鏡データと分子シミュレーションの融合2022
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 雑誌名
  
  生物物理
  
  巻: －
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[雑誌論文] Inferring Conformational State of Myosin Motor in an Atomic Force Microscopy Image via Flexible Fitting Molecular Simulations2022
- 著者名/発表者名
  Fuchigami Sotaro, Takada Shoji
- 雑誌名
  
  Frontiers in Molecular Biosciences
  
  巻: 9 ページ: 8829891-8
- DOI
  10.3389/fmolb.2022.882989
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[雑誌論文] Case Report: Bayesian Statistical Inference of Experimental Parameters via Biomolecular Simulations: Atomic Force Microscopy2021
- 著者名/発表者名
  Fuchigami Sotaro、Niina Toru、Takada Shoji
- 雑誌名
  
  Frontiers in Molecular Biosciences
  
  巻: 8 ページ: 6369401-6
- DOI
  10.3389/fmolb.2021.636940
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[雑誌論文] Particle Filter Method to Integrate High-Speed Atomic Force Microscopy Measurements with Biomolecular Simulations2020
- 著者名/発表者名
  Fuchigami Sotaro、Niina Toru、Takada Shoji
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 16 号: 10 ページ: 6609-6619
- DOI
  10.1021/acs.jctc.0c00234
- NAID
  120007006210
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[雑誌論文] The Particle Filter Method to Integrate High-Speed Atomic Force Microscopy Measurement with Biomolecular Simulations2020
- 著者名/発表者名
  Fuchigami Sotaro、Niina Toru、Takada Shoji
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: －
- DOI
  10.1101/2020.03.12.988485
- NAID
  120007006210
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[雑誌論文] Flexible Fitting of Biomolecular Structures to Atomic Force Microscopy Images via Biased Molecular Simulations2020
- 著者名/発表者名
  Niina Toru、Fuchigami Sotaro、Takada Shoji
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 16 号: 2 ページ: 1349-1358
- DOI
  10.1021/acs.jctc.9b00991
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[雑誌論文] Computational Study on Flexible Dynamics of Histone Tails2016
- 著者名/発表者名
  Sotaro Fuchigami
- 雑誌名
  
  Biophys. J.
  
  巻: 110 号: 3 ページ: 325a-326a
- DOI
  10.1016/j.bpj.2015.11.1749
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[雑誌論文] CLASP2 Has Two Distinct TOG Domains That Contribute Differently to Microtubule Dynamics.2015
- 著者名/発表者名
  Maki T., Grimaldi A. D., Fuchigami S., Kaverina I., Hayashi I.
- 雑誌名
  
  J Mol Biol
  
  巻: 427 号: 14 ページ: 2379-2379
- DOI
  10.1016/j.jmb.2015.05.012
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01326, KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[雑誌論文] Mass spectrometric approach for characterizing the disordered tail regions of the histone H2A/H2B dimer.2015
- 著者名/発表者名
  Saikusa, K., Nagadoi, A., Hara, K., Fuchigami, S., Kurumizaka, H., Nishimura, Y., and Akashi, S.
- 雑誌名
  
  Anal. Chem.
  
  巻: 87 号: 4 ページ: 2220-2227
- DOI
  10.1021/ac503689w
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25116002, KAKENHI-PUBLICLY-26104531, KAKENHI-PROJECT-26505009
[雑誌論文] 独立成分分析tICAでタンパク質の複雑な運動を解きほぐす2014
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 雑誌名
  
  統計数理
  
  巻: 第62巻,第2号(印刷中)
- NAID
  120006020807
- URL
  http://www.ism.ac.jp/editsec/toukei/index.html
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[雑誌論文] 独立成分分析tICA でタンパク質の複雑な運動を解きほぐす2014
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 雑誌名
  
  統計数理
  
  巻: 62 ページ: 243-255
- NAID
  120006020807
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[雑誌論文] Slow dynamics of a protein backbone in molecular dynamics simulation revealed by time-structure based independent component analysis2013
- 著者名/発表者名
  Yusuke Naritomi and Sotaro Fuchigami
- 雑誌名
  
  J. Chem. Phys.
  
  巻: 139(21) 号: 21 ページ: 215102-215102
- DOI
  10.1063/1.4834695
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[雑誌論文] Protein Functional Motion: Basic Concepts and Computational Methodologies2011
- 著者名/発表者名
  S. Fuchigami, H. Fujisaki, Y.Matsunaga, and A. Kidera
- 雑誌名
  
  Adv. Chem. Phys.
  
  巻: 145 ページ: 35-82
- DOI
  10.1002/9781118087817.ch2
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22540421, KAKENHI-PROJECT-23770180
[雑誌論文] 独立成分分析tICA によるタンパク質ダイナミクスの解析2011
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 雑誌名
  
  アンサンブル
  
  巻: 13 号: 4 ページ: 161-166
- DOI
  10.11436/mssj.13.161
- NAID
  130004566714
- ISSN
  1884-5088, 1884-6750
- 言語
  日本語
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[雑誌論文] Classification and annotation of the relationship between protein structural change2011
- 著者名/発表者名
  T. Amemiya, R. Koike, S. Fuchigami, M. Ikeguchi, A. Kidera
- 雑誌名
  
  J. Mol. Biol.
  
  巻: 408 号: 3 ページ: 568-584
- DOI
  10.1016/j.jmb.2011.02.058
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[雑誌論文] Slow dynamics in protein fluctuations revealed by time-structure based independent component analysis: The case of domain motions2011
- 著者名/発表者名
  Yusuke Naritomi and Sotaro Fuchigami
- 雑誌名
  
  J. Chem. Phys.
  
  巻: 134(6) 号: 6 ページ: 65101-65101
- DOI
  10.1063/1.3554380
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[雑誌論文] Nickel binding to NikA : an additional binding site reconciles spectroscopy, calorimetry and crystallography.2007
- 著者名/発表者名
  C.Addy, C.Ohara, M.Kawai, F.Kidera, A.Ikeguchi, M.Fuchigami, S.Osawa, M.Shimada, I.Park, S.-Y.Tame, J.R.H., Heddle, J.G.
- 雑誌名
  
  Acta Crystallographica Section D : Biological Crystallography D63
  
  ページ: 221-229
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[学会発表] 粗視化モデルによる気相構造解析：H2A-H2B二量体への適用2022
- 著者名/発表者名
  七種和美、明石知子、渕上壮太郎
- 学会等名
  第22回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[学会発表] 粗視化分子シミュレーションによる気相中のH2A-H2B二量体の構造解析2021
- 著者名/発表者名
  七種和美、明石知子、渕上壮太郎
- 学会等名
  第69回質量分析総合討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[学会発表] イオンモビリティ質量分析と分子シミュレーションのデータ同化による構造解析：H2A-H2B二量体への適用2021
- 著者名/発表者名
  七種和美、明石知子、渕上壮太郎
- 学会等名
  第21回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[学会発表] Dynamic structure analysis by data assimilation combining high-speed atomic force microscopy data and molecular simulations2021
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎、松永康佑、高田彰二
- 学会等名
  第59回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[学会発表] Biomolecular data assimilation to integrate high-speed atomic force microscopy measurement and molecular simulation2020
- 著者名/発表者名
  Sotaro Fuchigami, Toru Niina, Shoji Takada
- 学会等名
  64th Annual Meeting of Biophysical Society
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[学会発表] Dynamic structure analysis of myosin V by data assimilation combining HS-AFM data and molecular simulations2020
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎、古賀理恵、高田彰二
- 学会等名
  第58回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[学会発表] イオンモビリティ質量分析と分子シミュレーションのデータ同化によるH2A-H2B二量体の構造解析2020
- 著者名/発表者名
  七種和美、明石知子、渕上壮太郎
- 学会等名
  第68回質量分析総合討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[学会発表] Dynamic structure analysis of nucleosome with linker DNAs by particle filter method using single molecule measurement data by HS-AFM2019
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎、新稲亮、高田彰二
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[学会発表] Four-dimensional biomolecular structure analysis with data assimilation of HS-AFM single molecule measurement and molecular simulation2019
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎、新稲亮、高田彰二
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[学会発表] 高速原子間力顕微鏡１分子計測データの粒子フィルタを用いたデータ同化：リンカーDNA付きヌクレオソームへの適用2019
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎、新稲亮、高田彰二
- 学会等名
  第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[学会発表] 高速原子間力顕微鏡１分子計測と分子シミュレーションの融合による生体分子4次元構造の解明2019
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎、新稲亮、高田彰二
- 学会等名
  第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[学会発表] Bayesian approach to integrate high-speed AFM measurement with biomolecular dynamics simulations2019
- 著者名/発表者名
  Sotaro Fuchigami, Toru Niina, Shoji Takada
- 学会等名
  The 5th International Conference on Molecular Simulation (ICMS 2019)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[学会発表] シミュレーションとX 線小角散乱曲線のデータ同化によるタンパク質の立体構造解析2019
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  第13回分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06598
[学会発表] Structural Characterization of the Histone Multimers by the Concerted Use of Mass Spectrometry and Simulation2016
- 著者名/発表者名
  Sotaro Fuchigami
- 学会等名
  日本化学会第96春季年会
- 発表場所
  同志社大学京田辺キャンパス（京都府京田辺市）
- 年月日
  2016-03-26
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[学会発表] Computational study on slow dynamics of proteins2016
- 著者名/発表者名
  Sotaro Fuchigami
- 学会等名
  The 12th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering
- 発表場所
  Metropolitan Hotel (Athens, Greece)
- 年月日
  2016-03-18
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[学会発表] Computational Study on Flexible Dynamics of Histone Tails2016
- 著者名/発表者名
  Sotaro Fuchigami
- 学会等名
  The Biophysical Society 60th Annual Meeting
- 発表場所
  Los Angeles Convention Center (Los Angeles, California, USA)
- 年月日
  2016-02-29
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによるヒストンH2AのN末端テールの動的構造解析2015
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  第15回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  あわぎんホール（徳島県徳島市）
- 年月日
  2015-06-26
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[学会発表] Computational study on flexible dynamics of histone tails2015
- 著者名/発表者名
  Sotaro Fuchigami
- 学会等名
  The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2015
- 発表場所
  Hawaii Convention Center (Honolulu, Hawaii, USA)
- 年月日
  2015-12-16
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[学会発表] 独立成分分析tICAによるヒストンテール主鎖二面角の遅い運動の解析2015
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  第9回分子科学討論会
- 発表場所
  東京工業大学大岡山キャンパス（東京都目黒区）
- 年月日
  2015-09-19
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[学会発表] Computational Study on Flexible Dynamics of Histone H2A N-terminal Tail2015
- 著者名/発表者名
  Sotaro Fuchigami
- 学会等名
  Biophysical Society 59th Annual Meeting
- 発表場所
  Baltimore Convention Center (Baltimore, Maryland, USA)
- 年月日
  2015-02-09
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[学会発表] Slow dynamics of histone tails in molecular dynamics simulation revealed by time-structure based independent component analysis2015
- 著者名/発表者名
  Sotaro Fuchigami
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（石川県金沢市）
- 年月日
  2015-09-14
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[学会発表] 独立成分分析tICAを用いたヒストンテールのダイナミクス解析2015
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  日本物理学会第70回年次大会
- 発表場所
  早稲田大学早稲田キャンパス（東京都新宿区）
- 年月日
  2015-03-21
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[学会発表] 独立成分分析tICAを用いたタンパク質主鎖二面角のダイナミクス解析II2014
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  日本物理学会第69回年次大会
- 発表場所
  平塚市・東海大学湘南キャンパス
- 年月日
  2014-03-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] ヒストンH2A/H2B二量体の気相中における構造多様性の要因2014
- 著者名/発表者名
  七種和美、長土居有隆、原佳那、渕上壮太郎、胡桃坂仁志、西村善文、明石知子
- 学会等名
  第62回質量分析総合討論会
- 発表場所
  ホテル阪急エキスポパーク（大阪府吹田市）
- 年月日
  2014-05-14
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104531
[学会発表] 独立成分分析tICAによるタンパク質主鎖二面角の遅い運動の解析2013
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  第7回分子科学討論会
- 発表場所
  京都市・京都テルサ
- 年月日
  2013-09-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] Slow dynamics of protein backbone in molecular dynamics simulation revealed by time-structure based independent component analysi2013
- 著者名/発表者名
  Sotaro Fuchigami
- 学会等名
  第51回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  京都市・国立京都国際会館
- 年月日
  2013-10-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] 独立成分分析tICAを用いたタンパク質主鎖二面角のダイナミクス解析2013
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  日本物理学会2013年秋季大会
- 発表場所
  徳島市・徳島大学常三島キャンパス
- 年月日
  2013-09-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] Rare events in protein simulation revealed by using time-structure based independent component analysis2013
- 著者名/発表者名
  Sotaro Fuchigami
- 学会等名
  Biophysical Society 57th Annual Meeting
- 発表場所
  Pennsylvania Convention Center, Philadelphia, Pennsylvania
- 年月日
  2013-02-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] リジン,アルギニン,オルニチン結合タンパク質の立体構造変化の鍵となる相互作用:変異体シミュレーションによる検証2013
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  第13回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  鳥取市・とりぎん文化会館
- 年月日
  2013-06-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] タンパク質シミュレーションのレアイベント解析と複数比較2013
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  日本物理学会第68回年次大会
- 発表場所
  東広島市・広島大学東広島キャンパス
- 年月日
  2013-03-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] Slow dynamics in protein fluctuations revealed by time-structure based independent component analysis2012
- 著者名/発表者名
  Y. Naritomi, S. Fuchigami
- 学会等名
  Biophysical Society 56th Annual Meeting
- 発表場所
  San Diego Convention Center (California, USA)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] Slow dynamics in protein fluctuations revealed by time-structure based independent component analysis2012
- 著者名/発表者名
  Yusuke Naritomi, Sotaro Fuchigami
- 学会等名
  Biophysical Society 56th Annual Meeting
- 発表場所
  San Diego Convention Center, San Diego, California
- 年月日
  2012-02-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] タンパク質の長時間シミュレーション中に含まれるレアイベントの解析2012
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  第6回分子科学討論会
- 発表場所
  文京区・東京大学本郷キャンパス
- 年月日
  2012-09-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] 独立成分分析tICAによるタンパク質ダイナミクスの解析2012
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  日本物理学会第67回年次大会
- 発表場所
  西宮市・関西学院大学西宮上ヶ原キャンパス
- 年月日
  2012-03-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] 独立成分分析tICAによるタンパク質シミュレーションのレアイベント解析2012
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  日本物理学会2012年秋季大会
- 発表場所
  横浜市・横浜国立大学常盤台キャンパス
- 年月日
  2012-09-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] 独立成分分析tICAによるタンパク質ダイナミクスの解析2012
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  日本物理学会第67回年次大会
- 発表場所
  関西学院大学西宮上ヶ原キャンパス（兵庫県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによるタンパク質の遅い運動の解析2011
- 著者名/発表者名
  成富佑輔、渕上壮太郎
- 学会等名
  第5回分子科学討論会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター（北海道）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによるタンパク質の遅い運動の解析2011
- 著者名/発表者名
  成富佑輔、渕上壮太郎
- 学会等名
  第5回分子科学討論会
- 発表場所
  札幌市・札幌コンベンションセンター
- 年月日
  2011-09-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] IP3レセプター・リガンド結合コアとその変異体のIP3非結合時分子動力学計算2008
- 著者名/発表者名
  井田洋一、渕上壮太郎、池口満徳、木寺詔紀
- 学会等名
  第46回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場、福岡
- 年月日
  2008-12-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19036028
[学会発表] センサリーロドプシンII/トランスデューサー複合体の分子動力学研究2008
- 著者名/発表者名
  西方公郎, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- 学会等名
  第8回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  タワーホール船堀、東京
- 年月日
  2008-06-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19036028
[学会発表] センサリーロドプシンII/トランスデューサー複合体のHAMPドメインのモデル構造 : 分子動力学計算2008
- 著者名/発表者名
  西方公郎、渕上壮太郎、池口満徳、木寺詔紀
- 学会等名
  第46回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場、福岡
- 年月日
  2008-12-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19036028
[学会発表] タンパク質立体構造変化における経路の多様性とメカニズム:アデニル酸キナーゼの場合2007
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- 学会等名
  日本蛋白質科学会第7回年会
- 発表場所
  仙台
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[学会発表] センサリーロドプシンIIトランスデューサーHAMPドメイン分子動力学研究2007
- 著者名/発表者名
  西方公郎, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- 学会等名
  日本蛋白質科学会第7回年会
- 発表場所
  仙台
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[学会発表] リガンド結合による蛋白質の構造変化の動的過程:時間依存の摂動による線形応答理論2007
- 著者名/発表者名
  成富佑輔, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  横浜
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[学会発表] 低分子リガンド結合に伴う構造変化のデータベース解析2007
- 著者名/発表者名
  雨宮崇之, 小池亮太郎, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- 学会等名
  日本蛋白質科学会第7回年会
- 発表場所
  仙台
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[学会発表] IP3レセプター・リガンド結合コアのIP3非結合時分子動力学シミュレーション2007
- 著者名/発表者名
  井田洋一, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  横浜
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[学会発表] センサリーロドプシンIIトランスデューサーHAMPドメインの分子動力学研究2007
- 著者名/発表者名
  西方公郎, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- 学会等名
  第7回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  仙台国際センター
- 年月日
  2007-05-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19036028
[学会発表] センサリーロドプシンIIトランスデューサーHAMPドメインの分子動力学研究2007
- 著者名/発表者名
  西方公郎, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- 学会等名
  第7回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  パシフイコ横浜
- 年月日
  2007-12-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19036028
[学会発表] センソリーロドプシンIIトランスデューサーHAMPドメインの分子動力学研究2007
- 著者名/発表者名
  西方公郎, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  横浜
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[学会発表] F型ATP合成酵素cリングの空孔に存在するリン脂質は何分子か?:分子動力学シミュレーションによる推定2007
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎, 中島恭子, 池口満徳, 木寺詔紀
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  横浜
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[学会発表] IP3レセプター・リガンド結合コアのIP3非結合時分子動力学シミュレーション2007
- 著者名/発表者名
  井田洋一, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- 学会等名
  第7回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  パシフイコ横浜
- 年月日
  2007-12-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19036028
[学会発表] 線形応答理論による蛋白質構造変化の記述:内部座標系2007
- 著者名/発表者名
  大森聡, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
- 学会等名
  日本蛋白質科学会第7回年会
- 発表場所
  仙台
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076209
[学会発表] 独立成分分析tICAを用いたタンパク質主鎖二面角のダイナミクス解析
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  日本物理学会2013年秋季大会
- 発表場所
  徳島大学常三島キャンパス（徳島）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] Rare events in protein simulation revealed by using time-structure based independent component analysis
- 著者名/発表者名
  Sotaro Fuchigami
- 学会等名
  Biophysical Society 57th Annual Meeting
- 発表場所
  Pennsylvania Convention Center, (Pennsylvania, USA)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] タンパク質の長時間シミュレーション中に含まれるレアイベントの解析
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  第6回分子科学討論会
- 発表場所
  東京大学本郷キャンパス（東京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] Slow dynamics of protein backbone in molecular dynamics simulation revealed by time-structure based independent component analysis
- 著者名/発表者名
  Sotaro Fuchigami
- 学会等名
  第51回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  国立京都国際会館（京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] 独立成分分析tICAによるタンパク質主鎖二面角の遅い運動の解析
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  第7回分子科学討論会
- 発表場所
  京都テルサ（京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] リジン，アルギニン，オルニチン結合タンパク質の立体構造変化の鍵となる相互作用：変異体シミュレーションによる検証
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  第13回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  とりぎん文化会館（鳥取）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] タンパク質シミュレーションのレアイベント解析と複数比較
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  日本物理学会第68回年次大会
- 発表場所
  広島大学東広島キャンパス（広島県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] 独立成分分析tICAを用いたタンパク質主鎖二面角のダイナミクス解析II
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  日本物理学会第69回年次大会
- 発表場所
  東海大学湘南キャンパス（平塚）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180
[学会発表] 独立成分分析tICAによるタンパク質シミュレーションのレアイベント解析
- 著者名/発表者名
  渕上壮太郎
- 学会等名
  日本物理学会2012年秋季大会
- 発表場所
  横浜国立大学常盤台キャンパス（神奈川県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23770180

1. 池口満徳 (60261955)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 15件
2. 木寺詔紀 (00186280)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
3. 末松和美 (60608769)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 藤崎弘士

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
5. 林郁子

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
6. 木寺詔記

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 15件
7. 胡桃坂仁志

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

渕上 壮太郎 Fuchigami Sotaro

研究課題

研究成果

共同研究者

シミュレーションと実験データのデータ同化によるタンパク質の立体構造解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ヒストンテールのしなやかさに由来する動的挙動の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

長時間全原子シミュレーションによるタンパク質揺らぎの解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

分子シミュレーションによる蛋白質フォールディング・分子認識機構の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] ベイズ的アプローチによる高速原子間力顕微鏡データと分子シミュレーションの融合2022

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Inferring Conformational State of Myosin Motor in an Atomic Force Microscopy Image via Flexible Fitting Molecular Simulations2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Case Report: Bayesian Statistical Inference of Experimental Parameters via Biomolecular Simulations: Atomic Force Microscopy2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Particle Filter Method to Integrate High-Speed Atomic Force Microscopy Measurements with Biomolecular Simulations2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] The Particle Filter Method to Integrate High-Speed Atomic Force Microscopy Measurement with Biomolecular Simulations2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Flexible Fitting of Biomolecular Structures to Atomic Force Microscopy Images via Biased Molecular Simulations2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Computational Study on Flexible Dynamics of Histone Tails2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] CLASP2 Has Two Distinct TOG Domains That Contribute Differently to Microtubule Dynamics.2015

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

渕上壮太郎 Fuchigami Sotaro