二階堂愛 Nikaido Itoshi

研究者番号	00383290
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 東京科学大学, 総合研究院, 教授 2025年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 最先端研究プラットフォーム連携(TRIP)事業本部, チームディレクター
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2019年度 – 2024年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー 2017年度 – 2018年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, ユニットリーダー 2016年度: 独立行政法人理化学研究所, 情報基盤センター, ユニットリーダー 2015年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 情報基盤センター, ユニットリーダー 2013年度 – 2014年度: 独立行政法人理化学研究所, 情報基盤センター, ユニットリーダー 2004年度: 埼玉医科大学, 医学部, 研究員
審査区分/研究分野	研究代表者システムゲノム科学研究代表者以外中区分45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野 / 学術変革領域研究区分(Ⅲ) / 生体医工学・生体材料学 / 中区分53:器官システム内科学およびその関連分野 / ゲノム生物学 / 生物系
キーワード	研究代表者バイオインフォマティクス研究代表者以外オミックス解析 / ゲノム / 細胞性粘菌 / アメーボゾア / 細胞極性 / 細胞間接着 / 形態形成 / 神経細胞 / 遺伝子発現 … もっと見る / オミックス / 神経回路 / 細胞型 / バイオインフォマティクス / オミクス解析 / シングルセル / hiPSダブルノックイン / β細胞 / single cell / hiPS / single cell analysis / beta cell / がんゲノム / 多層オミックス / ゲノム解析 / プロテオーム / ＲＮＡ / 免疫 / 腫瘍免疫 / 分子標的治療 / 分子分類 / 肝胆膵がん / ヒストン修飾 / セントロメア / 次世代シーケンサー / CYP19 / プロモーター / 転写 / SEVENS法 / ヌクレオソーム / クロマチン / マイクロアレイ / 遺伝子 / 遺伝学 / 脂質隠す

アメーボゾアから探る形態形成運動の祖先型分子機構と多細胞体制の進化
- 研究代表者
  
  澤井哲
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2026
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野
- 研究機関
  東京大学
適応回路を担う網羅的細胞種センサス技術の開発
- 研究代表者
  
  郷康広
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2025
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅲ)
- 研究機関
  兵庫県立大学
   大学共同利用機関法人自然科学研究機構(新分野創成センター、アストロバイオロジーセンター、生命創成探究
肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明
- 研究代表者
  
  中川英刀
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分53:器官システム内科学およびその関連分野
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
単一細胞解析によるhiPSCからβ細胞への分化メカニズムの解明と分化効率向上化
- 研究代表者
  
  菅原泉
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2017
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生体医工学・生体材料学
- 研究機関
  国立研究開発法人国立国際医療研究センター
   埼玉医科大学
転写量を決めるプロモーター領域のクロマチン構造の解明
- 研究代表者
  
  石原悟
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2016
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  ゲノム生物学
- 研究機関
  藤田保健衛生大学
転写因子結合量から転写量を予測する物理化学的モデルの構築研究代表者
- 研究代表者
  
  二階堂愛
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2015
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  システムゲノム科学
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
遺伝学とトランスクリプトームの統合による高脂血症の遺伝子ネットワークの解明
- 研究代表者
  
  岡崎康司
- 研究期間 (年度)
  2004
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  埼玉医科大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2016 2014 2013 2004 その他

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] 新世代フローサイトメトリー活用スタンダード2021
- 著者名/発表者名
  芳村美佳，林哲太郎，二階堂愛（分担執筆），清田純、山本拓也（共同編集）
- 総ページ数
  320
- 出版者
  羊土社
- ISBN
  9784758122542
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245
[図書] 次世代シークエンス解析スタンダード〜NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY2014
- 著者名/発表者名
  二階堂愛
- 総ページ数
  404
- 出版者
  羊土社
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25830148
[図書] 次世代シーケンサーのその先に -シーケンス技術の現在と未来を考える- 細胞工学2013
- 著者名/発表者名
  二階堂愛
- 総ページ数
  2
- 出版者
  学研メディカル秀潤社
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25830148
[図書] NGSによる転写制御ネットワークのモデリング. 実験医学2013
- 著者名/発表者名
  二階堂愛
- 総ページ数
  4
- 出版者
  羊土社
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25830148
[雑誌論文] Transcriptomic Signatures of WNT-Driven Pathways and Granulosa Cell-Oocyte Interactions during Primordial Follicle Activation.2024
- 著者名/発表者名
  Hinako M. Takase, Tappei Mishina, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura, Mariko Kuse, Itoshi Nikaido, Tomoya S. Kitajima.
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: -
- DOI
  10.1101/2024.02.08.579446
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22KJ3149, KAKENHI-PLANNED-21H05245
[雑誌論文] Sctensor detects many-to-many cell-cell interactions from single cell RNA-sequencing data2023
- 著者名/発表者名
  Tsuyuzaki Koki、Ishii Manabu、Nikaido Itoshi
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 24 号: 1 ページ: 420-420
- DOI
  10.1186/s12859-023-05490-y
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K11312, KAKENHI-PLANNED-21H05245
[雑誌論文] Single-cell transcriptomics uncovers EGFR signaling-mediated gastric progenitor cell differentiation in stomach homeostasis2023
- 著者名/発表者名
  Takada Hitomi、Sasagawa Yohei、Yoshimura Mika、Tanaka Kaori、Iwayama Yoshimi、Hayashi Tetsutaro、Isomura-Matoba Ayako、Nikaido Itoshi、Kurisaki Akira
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 14 号: 1 ページ: 3750-3750
- DOI
  10.1038/s41467-023-39113-0
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245
[雑誌論文] Distinctiveness and continuity in transcriptome and connectivity in the anterior-posterior axis of the paraventricular nucleus of the thalamus2023
- 著者名/発表者名
  Shima Yasuyuki、Skibbe Henrik、Sasagawa Yohei、Fujimori Noriko、Iwayama Yoshimi、Isomura-Matoba Ayako、Yano Minoru、Ichikawa Takumi、Nikaido Itoshi、Hattori Nobutaka、Kato Tadafumi
- 雑誌名
  
  Cell Reports
  
  巻: 42 号: 10 ページ: 113309-113309
- DOI
  10.1016/j.celrep.2023.113309
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245
[雑誌論文] nnTensor: An R package for non-negative matrix/tensordecomposition2023
- 著者名/発表者名
  Tsuyuzaki Koki、Nikaido Itoshi
- 雑誌名
  
  Journal of Open Source Software
  
  巻: 8 号: 84 ページ: 5015-5015
- DOI
  10.21105/joss.05015
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K11312, KAKENHI-PLANNED-21H05245
[雑誌論文] Maternal epigenetic factors in embryonic and postnatal development2023
- 著者名/発表者名
  Nishimura Hiromi、Ikawa Yayoi、Kajikawa Eriko、Shimizu‐Mizuno Natsumi、Hiver Sylvain、Tabata‐Okamoto Namine、Mori Masashi、Kitajima Tomoya、Hayashi Tetsutaro、Yoshimura Mika、Umeda Mana、Nikaido Itoshi、Kurokawa Mineo、Watanabe Toshio、Hamada Hiroshi
- 雑誌名
  
  Genes to Cells
  
  巻: 28 号: 6 ページ: 422-432
- DOI
  10.1111/gtc.13024
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245, KAKENHI-PROJECT-21H02407, KAKENHI-PLANNED-18H05549, KAKENHI-PLANNED-23H04948
[雑誌論文] Author Correction: Single-cell transcriptomics uncovers EGFR signaling-mediated gastric progenitor cell differentiation in stomach homeostasis2023
- 著者名/発表者名
  Takada Hitomi、Sasagawa Yohei、Yoshimura Mika、Tanaka Kaori、Iwayama Yoshimi、Hayashi Tetsutaro、Isomura-Matoba Ayako、Nikaido Itoshi、Kurisaki Akira
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 14 号: 1 ページ: 6540-6540
- DOI
  10.1038/s41467-023-41823-4
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245
[雑誌論文] A centrifugation-based method for high-throughput biomaterial separation using magnetic microbeads2023
- 著者名/発表者名
  Sugishita Hiroki、Hojo Kazunori、Hayashi Tetsutaro、Nikaido Itoshi、Gotoh Yukiko
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: -
- DOI
  10.1101/2023.04.26.538353
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15118, KAKENHI-PLANNED-21H05245
[雑誌論文] WormTensor: a clustering method for time-series whole-brain activity data from C. elegans2023
- 著者名/発表者名
  Tsuyuzaki, K., Yamamoto, K., Toyoshima, Y., Sato, H., Kanamori, M., Teramoto, T., Ishihara, T., Iino, Y., and Nikaido, I.
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 24 号: 1 ページ: 254-254
- DOI
  10.1186/s12859-023-05230-2
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18149, KAKENHI-PROJECT-21K15182, KAKENHI-PROJECT-23K05958, KAKENHI-PROJECT-23K11312, KAKENHI-PROJECT-20K21805, KAKENHI-PUBLICLY-22H04838, KAKENHI-PLANNED-21H05245
[雑誌論文] WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX 13 suppresses de novo shoot regeneration via cell fate control of pluripotent callus2023
- 著者名/発表者名
  Ogura Nao、Sasagawa Yohei、Ito Tasuku、Tameshige Toshiaki、Kawai Satomi、Sano Masaki、Doll Yuki、Iwase Akira、Kawamura Ayako、Suzuki Takamasa、Nikaido Itoshi、Sugimoto Keiko、Ikeuchi Momoko
- 雑誌名
  
  Science Advances
  
  巻: 9 号: 27
- DOI
  10.1126/sciadv.adg6983
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23KJ1579, KAKENHI-PROJECT-22K05586, KAKENHI-PUBLICLY-22H04713, KAKENHI-PLANNED-20H05911, KAKENHI-PLANNED-21H05245
[雑誌論文] Best practices for reporting throughput in biomedical research2022
- 著者名/発表者名
  Herbig Maik、Isozaki Akihiro、Di Carlo Dino、Guck Jochen、Nitta Nao、Damoiseaux Robert、Kamikawaji Shogo、Suyama Eigo、Shintaku Hirofumi、Wu Angela Ruohao、Nikaido Itoshi、Goda Keisuke
- 雑誌名
  
  Nature Methods
  
  巻: 19 号: 6 ページ: 633-634
- DOI
  10.1038/s41592-022-01483-6
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245, KAKENHI-PROJECT-19H05633, KAKENHI-PROJECT-20H00317
[雑誌論文] A common pathologic mechanism across cellular origins underlies systemic immune dysregulation in an idiopathic autism mouse model.2022
- 著者名/発表者名
  Lin C-W, Septyaningtrias DE, Chao H-W, Konda M, Atarashi K, Takeshita K, Tamada K, Nomura J, Sassagawa Y, Tanaka K, Nikaido I, Honda K, McHugh TL, Takumi T
- 雑誌名
  
  Mol Psychiatr
  
  巻: in press 号: 8 ページ: 3343-3354
- DOI
  10.1038/s41380-022-01566-y
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06316, KAKENHI-PUBLICLY-21H00202, KAKENHI-PROJECT-21H04813, KAKENHI-PROJECT-21K19351, KAKENHI-PROJECT-21K07820, KAKENHI-PLANNED-21H05245, KAKENHI-PROJECT-19K16529
[雑誌論文] Enhanced transcriptional heterogeneity mediated by NF-κB super-enhancers2022
- 著者名/発表者名
  Wibisana Johannes N.、Inaba Takehiko、Shinohara Hisaaki、Yumoto Noriko、Hayashi Tetsutaro、Umeda Mana、Ebisawa Masashi、Nikaido Itoshi、Sako Yasushi、Okada Mariko
- 雑誌名
  
  PLOS Genetics
  
  巻: 18 号: 6 ページ: 1010235-1010235
- DOI
  10.1371/journal.pgen.1010235
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245, KAKENHI-PROJECT-19H05647, KAKENHI-ORGANIZER-17H06299
[雑誌論文] Improved MeSH analysis software tools for farm animals2021
- 著者名/発表者名
  Amorim Sabrina T.、Tsuyuzaki Koki、Nikaido Itoshi、Morota Gota
- 雑誌名
  
  Animal Genetics
  
  巻: 53 号: 1 ページ: 171-172
- DOI
  10.1111/age.13159
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245, KAKENHI-PROJECT-19K20406
[雑誌論文] Context-dependent wiring of Sox2 regulatory networks for self-renewal of embryonic and trophoblast stem cells2013
- 著者名/発表者名
  Adachi K, Nikaido I, Ohta H, Ohtsuka S, Ura H, Kadota M, Wakayama T, Ueda HR, Niwa H.
- 雑誌名
  
  Molecular Cell
  
  巻: 52 号: 3 ページ: 380-392
- DOI
  10.1016/j.molcel.2013.09.002
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12J09944, KAKENHI-PLANNED-21116005, KAKENHI-PLANNED-23115006, KAKENHI-PROJECT-23248048, KAKENHI-PROJECT-25830148
[雑誌論文] EICO (Expression-based Imprint Candidate Organizer) : finding disease-related imprinted genes2004
- 著者名/発表者名
  Nikaido I.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research 32
  
  ページ: 548-551
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16012256
[学会発表] 大規模生成AIとゲノム科学による創薬を目指して2024
- 著者名/発表者名
  二階堂愛
- 学会等名
  日本薬学会第144年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245
[学会発表] 基盤モデルに向けたオミクス計測の未来2023
- 著者名/発表者名
  二階堂愛
- 学会等名
  AIロボット駆動科学シンポジウム2023
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245
[学会発表] 規模トランスクリプトームとAI創薬2023
- 著者名/発表者名
  二階堂愛
- 学会等名
  第66回日本腎臓学会学術総会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245
[学会発表] バイオインフォマティクスとゲノム科学で挑む生命の理解2023
- 著者名/発表者名
  二階堂愛
- 学会等名
  理化学研究所生命機能科学研究センター発生・再生科学集中レクチャープログラム
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245
[学会発表] データ科学とシングルセルゲノム科学で加速する再生医療研究2022
- 著者名/発表者名
  二階堂愛
- 学会等名
  第21回日本再生医療学会総会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245
[学会発表] 健康のためにデータ科学でヒトのすべての細胞を調べ尽くす2022
- 著者名/発表者名
  二階堂愛
- 学会等名
  東京医科歯科大学難治疾患研究所市民公開講座 -最先端生命科学講座シリーズ第30回-
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245
[学会発表] ゲノムレジリエンス破綻の理解と未来予測2021
- 著者名/発表者名
  二階堂愛
- 学会等名
  バイオDXの最前線-JST戦略的創造研究推進事業CREST-「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新［バイオDX]」キックオフシンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245
[学会発表] 疾患機序に迫る 1細胞トランスクリプトーム技術2021
- 著者名/発表者名
  二階堂愛
- 学会等名
  第3回 Seeing What's Next〈次世代の可視化技術勉強会〉
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245
[学会発表] 生命科学研究を加速するためのAIを計測と計算の融合から考える2016
- 著者名/発表者名
  二階堂愛
- 学会等名
  第2回理研・産総研共同シンポジウム
- 発表場所
  産業技術研究所 (茨城県・つくば市)
- 年月日
  2016-02-02
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25830148
[学会発表] BioDevOpsによる再現性のあるDNAシーケンス解析環境の構築2016
- 著者名/発表者名
  二階堂愛
- 学会等名
  NPO並列生物情報処理イニシアティブシンポジウム
- 発表場所
  東京工業大学 (東京都)
- 年月日
  2016-03-11
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25830148
[学会発表] Estimation of transcriptional activity from ChIP-Seq and transcriptome
- 著者名/発表者名
  Itoshi Nikaido
- 学会等名
  Computational Science in Epigenetics
- 発表場所
  Kobe, Hyogo, Japan
- 年月日
  2015-02-13 – 2015-02-14
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25830148

1. 岡崎康司 (80280733)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
2. 石原悟 (00300723)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 笹川洋平 (10404344)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 中川英刀 (50361621)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 菅原泉 (10633000)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 松本征仁 (90321819)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 仲地豊 (10522097)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 渡邊亜美 (40611421)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 坊農秀雅 (20364789)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 八木研 (60323482)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 石原直恵 (50571791)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 原田信広 (00189705)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 井元清哉 (10345027)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
14. 山上裕機 (20191190)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
15. 相方浩 (30403512)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
16. 中村透 (70645796)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
17. 郷康広 (50377123)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
18. 澤井哲 (20500367)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
19. 鈴木誉保 (40442975)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
20. 露崎弘毅

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
21. 内匠透

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
22. 椙下紘貴

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
23. 飯野雄一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

二階堂 愛 Nikaido Itoshi

研究課題

研究成果

共同研究者

アメーボゾアから探る形態形成運動の祖先型分子機構と多細胞体制の進化

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

適応回路を担う網羅的細胞種センサス技術の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

単一細胞解析によるhiPSCからβ細胞への分化メカニズムの解明と分化効率向上化

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

転写量を決めるプロモーター領域のクロマチン構造の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

転写因子結合量から転写量を予測する物理化学的モデルの構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

遺伝学とトランスクリプトームの統合による高脂血症の遺伝子ネットワークの解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[図書] 新世代フローサイトメトリー活用スタンダード2021

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

ISBN

データソース

[図書] 次世代シークエンス解析スタンダード〜NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY2014

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[図書] 次世代シーケンサーのその先に -シーケンス技術の現在と未来を考える- 細胞工学2013

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[図書] NGSによる転写制御ネットワークのモデリング. 実験医学2013

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[雑誌論文] Transcriptomic Signatures of WNT-Driven Pathways and Granulosa Cell-Oocyte Interactions during Primordial Follicle Activation.2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Sctensor detects many-to-many cell-cell interactions from single cell RNA-sequencing data2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Single-cell transcriptomics uncovers EGFR signaling-mediated gastric progenitor cell differentiation in stomach homeostasis2023

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二階堂愛 Nikaido Itoshi