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田村 武幸  Tamura Takeyuki

研究者番号 00437261
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0003-1596-901X
所属 (現在) 2025年度: 京都大学, 化学研究所, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2017年度 – 2024年度: 京都大学, 化学研究所, 准教授
2011年度 – 2016年度: 京都大学, 化学研究所, 助教
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分61030:知能情報学関連 / 生命・健康・医療情報学 / 情報学基礎理論 / 情報学基礎
研究代表者以外
システムゲノム科学
キーワード
研究代表者
代謝ネットワーク / アルゴリズム / 整数計画法 / 定常状態 / ブーリアンモデル / 遺伝子制御ネットワーク / 生育結合 / 流束均衡解析 / 有用物質生産 / NP完全 … もっと見る / 整数線形計画法 / 数理モデル / 増殖連動型生産 / 線形計画問題 / 遺伝子削除問題 / 反応削除問題 / 制約モデル / ゲノムスケールモデル / 遺伝子削除 / 微生物 / GPRルール / 遺伝子削除戦略 / 代謝ネットワーク設計 / ゲノムスケール代謝モデル / 混合整数線形計画法 / 増殖連動生産 / 制御方法 / 細胞の制御 / GPRネットワーク / 遺伝子ネットワーク / unification問題 / ブーリアンネットワーク / 線形計画 / 反応削除戦略 / NP完全問題 / 流束均衡解析モデル / 木幅 / 固定パラメータ / 制御 / 動的計画法 / バイオインフォマティクス / 充足可能性問題 / 計算量理論 … もっと見る
研究代表者以外
分子バーコード / 大腸菌 / 長期定常期 / バーコード解析 / deep sequencing / chemical genomics / population dynamics / 相互作用解析 / 細胞のモデル化 / システム生物学 / lag / 細胞死 / 相互作用ネットワーク / population / 分子バーコード欠失株 / ネットワーク / 網羅的 / シミュレーション / モデル化 / 細胞生育 / 混合培養 / 網羅解析 / 必須遺伝子 / CRISPRi / 遺伝的相互作用 / 混合培養液 / 細胞内ネットワーク / 遺伝的ネットワーク / 二重欠失株 / Chemical Genomics / Multiplex解析 / population変動 / 貞コピー可動型発現プラスミド / deep sequence / 一遺伝子欠失株 / ケミカルバイオロジー / 大腸菌population変動解析 / stationary phase / deletion collection / bar-code / E. coli 隠す
  • 研究課題

    (6件)
  • 研究成果

    (71件)
  • 共同研究者

    (13人)
  •  有用物質を効率的に生産する代謝ネットワークの設計アルゴリズム研究代表者

    • 研究代表者
      田村 武幸
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分61030:知能情報学関連
    • 研究機関
      京都大学
  •  細胞の生存 - 自然界における大腸菌の場合

    • 研究代表者
      森 浩禎
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 研究分野
      システムゲノム科学
    • 研究機関
      奈良先端科学技術大学院大学
  •  数理モデルによる生体ネットワーク制御手法の開発研究代表者

    • 研究代表者
      田村 武幸
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2019
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      京都大学
  •  長期定常期から分裂再開までの細胞の生存戦略

    • 研究代表者
      森 浩禎
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2015
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 研究分野
      システムゲノム科学
    • 研究機関
      奈良先端科学技術大学院大学
  •  ブーリアンモデルによる生体ネットワークの統合的な数理モデル化と解析研究代表者

    • 研究代表者
      田村 武幸
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2015
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      情報学基礎理論
    • 研究機関
      京都大学
  •  ブーリアンモデルによる遺伝子制御ネットワークの解析研究代表者

    • 研究代表者
      田村 武幸
    • 研究期間 (年度)
      2011 – 2012
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      情報学基礎
    • 研究機関
      京都大学

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すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] 微生物を活用した有用物質の製造技術 (分担執筆: 担当範囲:有用物質を効率的に生産する代謝ネットワークの設計アルゴリズム)2023

    • 著者名/発表者名
      田村武幸
    • 総ページ数
      290
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [図書] 食品と開発 (分担執筆: 担当範囲: 微生物の代謝ネットワーク設計)2023

    • 著者名/発表者名
      田村武幸
    • 総ページ数
      112
    • 出版者
      インフォーママーケッツジャパン
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [図書] バイオプロセスを用いた有用性物質生産技術 (11.5節を担当)2022

    • 著者名/発表者名
      田村武幸
    • 総ページ数
      553
    • 出版者
      技術情報協会
    • ISBN
      9784861049040
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [図書] Theory and method of completion for a Boolean regulatory network using observed data, Biological Data Mining and Its Applications in Healthcare2014

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura and Tatsuya Akutsu
    • 出版者
      World Scientific
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [雑誌論文] MetNetComp: Database for Minimal and Maximal Gene-Deletion Strategies for Growth-Coupled Production of Genome-Scale Metabolic Networks2023

    • 著者名/発表者名
      Tamura Takeyuki
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: 20 号: 6 ページ: 3748-3758

    • DOI

      10.1109/tcbb.2023.3317837

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [雑誌論文] Gene Deletion Algorithms for Minimum Reaction Network Design by Mixed-Integer Linear Programming for Metabolite Production in Constraint-Based Models: gDel_minRN2023

    • 著者名/発表者名
      Tamura Takeyuki、Muto-fujita Ai、Tohsato Yukako、Kosaka Tomoyuki
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology

      巻: 30 号: 5 ページ: 553-568

    • DOI

      10.1089/cmb.2022.0352

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [雑誌論文] Trimming gene deletion strategies for growth-coupled production in constraint-based metabolic networks: TrimGdel2022

    • 著者名/発表者名
      Tamura Takeyuki
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: 20 号: 2 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1109/tcbb.2022.3185221

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [雑誌論文] Dynamic Solution Space Division-Based Methods for Calculating Reaction Deletion Strategies for Constraint-Based Metabolic Networks for Substance Production: DynCubeProd2021

    • 著者名/発表者名
      Ma Yier、Tamura Takeyuki
    • 雑誌名

      Frontiers in Bioinformatics

      巻: 1

    • DOI

      10.3389/fbinf.2021.716112

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [雑誌論文] 有用物質生産のための代謝ネットワーク設計2021

    • 著者名/発表者名
      田村 武幸
    • 雑誌名

      JSBi Bioinformatics Review

      巻: 1 号: 2 ページ: 37-46

    • DOI

      10.11234/jsbibr.2021.3

    • NAID

      130008029154

    • ISSN
      2435-7022
    • 言語
      日本語
    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [雑誌論文] L1 norm minimal mode-based methods for listing reaction network designs for metabolite production2021

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura
    • 雑誌名

      IEICE Transactions

      巻: Vol.E104-D,No.05

    • NAID

      130008032860

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [雑誌論文] Efficient Reaction Deletion Algorithms for Redesign of Constraint-based Metabolic Networks for Metabolite Production with Weak Coupling2021

    • 著者名/発表者名
      Tamura Takeyuki
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics

      巻: 14 号: 0 ページ: 12-21

    • DOI

      10.2197/ipsjtbio.14.12

    • NAID

      130007986021

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [雑誌論文] Improved Hardness of Maximum Common Subgraph Problems on Labeled Graphs of Bounded Treewidth and Bounded Degree2020

    • 著者名/発表者名
      Akutsu Tatsuya、Melkman Avraham A.、Tamura Takeyuki
    • 雑誌名

      International Journal of Foundations of Computer Science

      巻: 31 号: 02 ページ: 253-273

    • DOI

      10.1142/s0129054120500069

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [雑誌論文] Grid-based computational methods for the design of constraint-based parsimonious chemical reaction networks to simulate metabolite production: GridProd2018

    • 著者名/発表者名
      Tamura Takeyuki
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 19 号: 1 ページ: 325-325

    • DOI

      10.1186/s12859-018-2352-6

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391, KAKENHI-PROJECT-16H02485
  • [雑誌論文] On the parameterized complexity of associative and commutative unification2017

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, J. Jansson, A. Takasu, T. Tamura
    • 雑誌名

      Theoretical Computer Science

      巻: 660 ページ: 57-74

    • DOI

      10.1016/j.tcs.2016.11.026

    • NAID

      120006537095

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [雑誌論文] Computing Minimum Reaction Modifications in a Boolean Metabolic Network2017

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura Wei Lu Jiangning Song Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: in press

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H02485
  • [雑誌論文] Discrimination of singleton and periodic attractors in Boolean networks2017

    • 著者名/発表者名
      Cheng Xiaoqing、Tamura Takeyuki、Ching Wai-Ki、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Automatica

      巻: 84 ページ: 205-213

    • DOI

      10.1016/j.automatica.2017.07.012

    • NAID

      120006542020

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391, KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Computing Minimum Reaction Modifications in a Boolean Metabolic Network2017

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura, Wei Lu, Jiangning Song, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: na 号: 6 ページ: 1-1

    • DOI

      10.1109/tcbb.2017.2777456

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391, KAKENHI-PROJECT-16H02485
  • [雑誌論文] Finding and analyzing the minimum set of driver nodes in control of Boolean networks2016

    • 著者名/発表者名
      W. Hou, T. Tamura, W.-K. Ching and T. Akutsu
    • 雑誌名

      Advances in Complex Systems

      巻: 19 ページ: 1-32

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H02485
  • [雑誌論文] Finding and analyzing the minimum set of driver nodes in control of Boolean networks2016

    • 著者名/発表者名
      Wenpin Hou, Takeyuki Tamura, Wai-Ki. Ching and Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      Advances in Complex Systems

      巻: 19 号: 03 ページ: 1650006-1650006

    • DOI

      10.1142/s0219525916500065

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Computing smallest intervention strategies for multiple metabolic networks in a boolean model.2015

    • 著者名/発表者名
      Lu, W., Tamura, T., Song, J. & Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Journal of computational biology

      巻: 22 号: 2 ページ: 85-110

    • DOI

      10.1089/cmb.2014.0274

    • NAID

      120005657917

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25250028, KAKENHI-PROJECT-25730005, KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Computational methods for modification of metabolic networks2015

    • 著者名/発表者名
      T. Tamura, W. Liu, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Computational and Structural Biotechnology Journal

      巻: 12 ページ: 376-381

    • DOI

      10.1016/j.csbj.2015.05.004

    • NAID

      120005712915

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125, KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-25730005, KAKENHI-PROJECT-25250028
  • [雑誌論文] A Fixed-Parameter Algorithm for Detecting a Singleton Attractor in an AND/OR Boolean Network with Bounded Treewidth2015

    • 著者名/発表者名
      Chia-Jung Chang, Takeyuki Tamura, Kun-Mao Chao and Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences

      巻: E98.A 号: 1 ページ: 384-390

    • DOI

      10.1587/transfun.E98.A.384

    • NAID

      130004770922

    • ISSN
      0916-8508, 1745-1337
    • 言語
      英語
    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25730005, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Similar subtree search using extended tree inclusion2015

    • 著者名/発表者名
      T. Mori, A. Takasu, J. Jansson, J. Hwang, T. Tamura, T. Akutsu
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering

      巻: 27 号: 12 ページ: 3360-3373

    • DOI

      10.1109/tkde.2015.2457922

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-25730005, KAKENHI-PROJECT-15H02789
  • [雑誌論文] Integer Programming-based Method for Designing Synthetic Metabolic Networks by Minimum Reaction Insertion in a Boolean Model2014

    • 著者名/発表者名
      Wei Lu*, Takeyuki Tamura*, Jiangning Song, Tatsuya Akutsu, (* joint first authors)
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: e92637 号: 3 ページ: e92637-e92637

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0092637

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25730005
  • [雑誌論文] Colony-live -a high-throughput method for measuring microbial colony growth kinetics- reveals diverse growth effects of gene knockouts in Escherichia coli2014

    • 著者名/発表者名
      Takeuchi, R. Tamura, T. Nakayashiki, T. Tanaka, Y. Muto, A. Wanner, B. L. Mori, H.
    • 雑誌名

      BMC Microbiol

      巻: 14 号: 1 ページ: 171-182

    • DOI

      10.1186/1471-2180-14-171

    • NAID

      120005830845

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-25108716, KAKENHI-PROJECT-25250028
  • [雑誌論文] A polynomial-time algorithm for computing the maximum common connected edge subgraph of outerplanar graphs of bounded degree2013

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu, Takeyuki Tamura
    • 雑誌名

      Algorithms

      巻: 6 号: 1 ページ: 119-135

    • DOI

      10.3390/a6010119

    • NAID

      120005243648

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [雑誌論文] Finding optimal control policy in probabilistic Boolean networks with hard constraints by using integer programming and dynamic programming2013

    • 著者名/発表者名
      Xi Chen, Tatsuya Akutsu, Takeyuki Tamura and Wai-Ki Ching
    • 雑誌名

      International Journal of Data Mining and Bioinformatics

      巻: 7(3) 号: 3 ページ: 321-343

    • DOI

      10.1504/ijdmb.2013.053306

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [雑誌論文] A Clique-Based Method Using Dynamic Programming for Computing Edit Distance Between Unordered Trees2012

    • 著者名/発表者名
      Tomoya Mori, Takeyuki Tamura, Daiji Fukagawa, Atsuhiro Takasu, Etsuji Tomita, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology

      巻: 19(10) 号: 10 ページ: 1089-1104

    • DOI

      10.1089/cmb.2012.0133

    • NAID

      120004920413

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700178, KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [雑誌論文] Network completion using dynamic programming and least-squares fitting2012

    • 著者名/発表者名
      N. Nakajima, T. Tamura, Y. Yamanishi, K. Horimoto, T. Akutsu
    • 雑誌名

      The Scientific World Journal

      巻: 2012 ページ: 957620-957620

    • DOI

      10.1100/2012/957620

    • NAID

      120005054551

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045, KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [雑誌論文] Finding a periodic attractor of a Boolean network2012

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, S. Kosub, A. A. Melkman, T.Tamura
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: 9 号: 5 ページ: 1410-1421

    • DOI

      10.1109/tcbb.2012.87

    • NAID

      120004873985

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045, KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [雑誌論文] Singleton and 2-periodic attractors of sign-definite Boolean networks2012

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, A. A. Melkman, T. Tamura
    • 雑誌名

      Information Processing Letters

      巻: 112 号: 1-2 ページ: 35-38

    • DOI

      10.1016/j.ipl.2011.10.002

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045, KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [雑誌論文] Integer Programming-Based Approach to Attractor Detection and Control of Boolean Networks2012

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, Y. Zhao, M. Hayashida, T.Tamura
    • 雑誌名

      IEICE Transactions on Information and Systems

      巻: E95.D 号: 12 ページ: 2960-2970

    • DOI

      10.1587/transinf.E95.D.2960

    • NAID

      10031161464

    • ISSN
      0916-8532, 1745-1361
    • 言語
      英語
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045, KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [雑誌論文] An Efficient Method of Computing Impact Degrees for Multiple Reactions in Metabolic Networks with Cycles2011

    • 著者名/発表者名
      T. Tamura, Y. Cong, T. Akutsu, W-K. Ching
    • 雑誌名

      IEICE Transactions on Information and Systems

      巻: E94-D 号: 12 ページ: 2393-2399

    • DOI

      10.1587/transinf.E94.D.2393

    • NAID

      10030538036

    • ISSN
      0916-8532, 1745-1361
    • 言語
      英語
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045, KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [学会発表] MetNetComp: ゲノムスケール代謝ネットワークにおける増殖連動生産のための極小と極大の遺伝子削除戦略のデータベース2023

    • 著者名/発表者名
      田村武幸
    • 学会等名
      第12回生命医薬情報学連合大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [学会発表] 精密発酵のための数理代謝工学とデータベース開発2023

    • 著者名/発表者名
      田村武幸
    • 学会等名
      第五回細胞農業会議
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [学会発表] Trimming gene deletion strategies for growth-coupled production in constraint-based metabolic networks: TrimGdel2022

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      第11回生命医薬情報学連合大会 (口頭)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [学会発表] 数理代謝工学による細胞の最適化2022

    • 著者名/発表者名
      田村武幸
    • 学会等名
      第四回細胞農業会議 (口頭)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [学会発表] Dynamic solution space division-based methods for calculating reaction deletion strategies of constraint-based metabolic networks for substance production2022

    • 著者名/発表者名
      Yier Ma, Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      第11回生命医薬情報学連合大会 (ポスター)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [学会発表] Gene deletion algorithms for minimum reaction network design by mixed-integer linear programming for metabolite production in constraint-based models: gDel_minRN2021

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura, Ai Muto-Fujita, Yukako Tohsato and Tomoyuki Kosaka
    • 学会等名
      第10回生命医薬情報学連合大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [学会発表] Efficient reaction deletion algorithms for redesign of constraint-based metabolic networks for metabolite production with weak coupling2021

    • 著者名/発表者名
      田村武幸
    • 学会等名
      第65回情報処理学会バイオ情報学研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [学会発表] 有用物質を生産する代謝ネットワーク設計の高速アルゴリズム2020

    • 著者名/発表者名
      田村武幸
    • 学会等名
      第9回生命医薬情報学連合大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [学会発表] Growth-coupled overproduction is theoretically possible for most metabolites in Saccharomyces cerevisiae under anaerobic conditions2019

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      Intelligent Systems for Molecular Biology 2019
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] Algorithms for analyzing and controlling Boolean networks as biological networks2019

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      International workshop on Boolean networks
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] Growth-coupled overproduction is theoretically possible for most metabolites in Saccharomyces cerevisiae under anaerobic condition2019

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      The 20th international workshop in systems biology
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] 有用化合物を生産・増産する代謝ネットワークの設計2019

    • 著者名/発表者名
      田村 武幸
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会2019
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] Integer linear programming-based methods for controlling Boolean metabolic networks2019

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      Qualitative computational modeling for biological networks: A workshop in the 20th international workshop in systems biology
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] Growth-coupled overproduction is theoretically possible for most metabolites in Saccharomyces cerevisiae under anaerobic conditions2019

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      19th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] 嫌気条件での出芽酵母を用いた生育結合増産の可能性2019

    • 著者名/発表者名
      田村 武幸
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] Growth-coupled overproduction is theoretically possible for most metabolites in Saccharomyces cerevisiae under anaerobic condition2019

    • 著者名/発表者名
      田村 武幸
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会2019
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] Growth-coupled overproduction is theoretically possible for most metabolites in Saccharomyces cerevisiae under anaerobic conditions2019

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      Metabolic Pathway Analysis 2019
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] 有用物質を生産・増産する準最適な代謝流束均衡モデルのデザイン2018

    • 著者名/発表者名
      田村 武幸
    • 学会等名
      日本生物工学大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H02485
  • [学会発表] 有用物質を生産・増産する準最適な代謝流束均衡モデルのデザイン2018

    • 著者名/発表者名
      田村武幸
    • 学会等名
      日本生物工学大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] 有用化合物を生産・増産する代謝ネットワークを設計するアルゴリズム2018

    • 著者名/発表者名
      田村 武幸
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H02485
  • [学会発表] Grid-Based Computational Methods for the Design of Constraint-Based Parsimonious Chemical Reaction Networks to Simulate Metabolite Production: Gridprod2018

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      COBRA conference 2018
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] Computational methods for design of metabolic networks for production of valuable compounds2018

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会2018
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] 有用化合物を生産・増産する代謝ネットワークを設計するアルゴリズム2018

    • 著者名/発表者名
      田村武幸
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] 有用化合物を生産・増産する代謝ネットワークのデザインの計算2017

    • 著者名/発表者名
      田村武幸
    • 学会等名
      2017年度大腸菌システム生物学研究会
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] 有用化合物を生産・増産する代謝ネットワークのデザインの計算2017

    • 著者名/発表者名
      田村武幸
    • 学会等名
      第117回京都大学化学研究所研究発表会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] Computing Minimum Reaction Modification in a Boolean Metabolic Network2016

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      2016 Biotech and Pharmaceutical Service Platform - Biological Network Analysis Conference
    • 発表場所
      新竹、台湾
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H02485
  • [学会発表] Finding influential genes using gene expression data and Boolean models of metabolic networks2016

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering
    • 発表場所
      Taichung, Taiwan
    • 年月日
      2016-10-31
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [学会発表] Computing Minimum Reaction Modifications in a Boolean Metabolic Network2015

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      GIW/InCoB2015
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2015-09-09
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25730005
  • [学会発表] Integer Programming-based Method for Designing Synthetic Metabolic Networks by Minimum Reaction Insertion in a Boolean Model2015

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2015-09-12
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25730005
  • [学会発表] On the complexity of the maximum common subgraph problem for partial k-trees of bounded degree2012

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu and Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      Proc. 23rd International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2012)
    • 発表場所
      Taipei, Taiwan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [学会発表] On the complexity of the maximum common subgraph problem for partial k-trees of bounded degree, Proc2012

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu and Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      23rd International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2012)
    • 発表場所
      台湾台北市(pp.146--155)
    • 年月日
      2012-12-19
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [学会発表] Efficient exponential time algorithms for edit distance between unordered trees, Proc2012

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu, Takeyuki Tamura, Daiji Fukagawa and Atsuhiro Takasu
    • 学会等名
      23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2012)
    • 発表場所
      フィンランド・ヘルシンキ市(pp.360--372)
    • 年月日
      2012-07-05
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [学会発表] Integer programming method for completing ortholog-based gene-protein-reaction network by gene essentiality2012

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura and Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      The 23rd International Conference on Genome Informatics (GIW2012)
    • 発表場所
      Tainan, Taiwan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [学会発表] A polynomial-time algorithm for computing the maximum common subgraph of outerplanar graphs of bounded degree2012

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu and Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      Proc. 37th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS 2012)
    • 発表場所
      Bratislava, Slovakia
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [学会発表] Efficient exponential time algorithms for edit distance between unordered trees2012

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu, Takeyuki Tamura, Daiji Fukagawa and Atsuhiro Takasu
    • 学会等名
      Proc. 23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2012)
    • 発表場所
      Helsinki, Finland
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [学会発表] A polynomial-time algorithm for computing the maximum common subgraph of outerplanar graphs of bounded degree, Proc2012

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu and Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      37th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS 2012)
    • 発表場所
      スロバキア・ブラティスラバ市(pp.76--87)
    • 年月日
      2012-08-30
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [学会発表] Predicting essential genes via impact degree on metabolic networks2011

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      First International Symposium on Symbolic Systems Biology (ISSSB'11)
    • 発表場所
      Shonan Village Centre, Japan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [学会発表] On the parameterized complexity of associative and commutative unification

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu, Jesper Jansson, Atsuhiro Takasu, Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      9th International Symposium on Parameterized and Exact Computation (IPEC 2014)
    • 発表場所
      ヴロツワフ(ポーランド)
    • 年月日
      2014-09-08 – 2014-09-12
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25730005
  • 1.  高坂 智之 (70500453)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 2件
  • 2.  遠里 由香理 (80346171)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 2件
  • 3.  斉藤 菜摘 (50287546)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  森 浩禎 (90182203)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 1件
  • 5.  山田 守 (30174741)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 6.  松野 浩嗣 (10181744)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 7.  牧 泰史 (60401733)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 8.  片岡 正和 (90332676)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 9.  中東 憲治 (70322740)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 10.  川野 光興 (00455338)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 11.  武藤 愛 (80730506)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 12.  深川 大路
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 13.  阿久津 達也
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 7件

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