ＳｔａｎｄｌｅｙＤａｒｏｎ Standley Daron

… 別表記

Standley Daron スタンドレーダーロン

スタンドレーダーロン STANDLEY Daron

STANDLEY Daron スタンドレイダーロン

DARON Standley ダーロンスタンドレイ

研究者番号	00448028
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 大阪大学, 微生物病研究所, 教授 2025年度: 大阪大学, 免疫学フロンティア研究センター, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2023年度 – 2025年度: 大阪大学, 微生物病研究所, 教授 2018年度 – 2020年度: 大阪大学, 微生物病研究所, 教授 2009年度 – 2011年度: 大阪大学, 免疫学フロンティア研究センター, 特任准教授 2010年度: 大阪大学, 免疫学フロティア研究センター, 特任准教授
審査区分/研究分野	研究代表者中区分49:病理病態学、感染・免疫学およびその関連分野 / 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 小区分43060:システムゲノム科学関連 / 生物物理学 / 複合領域
キーワード	研究代表者 machine learning / adaptive immune receptor / diagnosis / repertoire / immunology / Machine learning / Biomolecular structure / T cell receptor epitope / immunity / T cell; … もっと見る / docking / COVID-19 / single cell sequencing / machine-learning / adaptive immunity / structural modeling / machine learning; / epitope / T cell / Adaptive immunity / CAR T cell / SARS-CoV-2 / Single cell sequencing / Machine Learning / Disease / Protein Function / Protein Structure / Immunology / STAT3 / 二重特異性キナーゼ / RNase / 免疫反応 / タンパク質構造モデリング / アルゴリズム / アライメント / ウェブサーバ / タンパク質の機能予測 / タンパク質の構造予測 / ホモロジー / 位置特異的スコアリングマトリクス / ウェブサーバー / タンパク質の機能予想 / タンパク質の構造予想 / 構造モデリング / スレッディング / 多重配列アライメント / alignment / threading / protein function / Protein structure / 酵素反応速度論 / 双極子フィールド / 溶媒和 / タンパク工学 / タンパク質-ヌクレオチド相互作用 / 分子ドッキング / 分子動力学 / 加水分解 / サクシニルCoAシンテターゼ / GTP / 双極子モーメント / 基質特異性 / ATP 隠す

免疫レパトア解析に基づく機械学習を用いたHTLV-1関連疾患の発症予測法の確立研究代表者
- 研究代表者
  
  Standley Daron
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2027
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 審査区分
  
  中区分49:病理病態学、感染・免疫学およびその関連分野
- 研究機関
  大阪大学
Machine Learning of Disease Biomarkers from B and T cell Receptor Repertoires研究代表者
- 研究代表者
  
  Standley Daron
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  大阪大学
Identification of epitopes targeted by TCR-MHC pairs研究代表者
- 研究代表者
  
  Standley Daron
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分43060:システムゲノム科学関連
- 研究機関
  大阪大学
水の媒介するATPゲートキーパーのシュミレーション研究代表者
- 研究代表者
  
  STANDLEY Daron
- 研究期間 (年度)
  2009 – 2010
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  複合領域
- 研究機関
  大阪大学
自然免疫蛋白質の機能アノテーション研究代表者
- 研究代表者
  
  スタンドレーダーロン (STANDLEY Daron / DARON Standley)
- 研究期間 (年度)
  2009 – 2011
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  大阪大学

すべて 2021 2020 2019 2018 2012 2011 2010 2009

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] In Vitro Differentiation of T-Cells2019
- 著者名/発表者名
  DARON M. STANDLEY 加藤　和貴 LI　SONGLING VAN　EERDEN　FLORIS　JAN ROZEWICKI　JOHN　JAMES WILAMOWSKI JAN DAVILA ANA XU ZICHANG
- 出版者
  Humana Press
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02430
[雑誌論文] Antigen-independent activation enhances the efficacy of 4-1BB-costimulated CD22 CAR T cells2021
- 著者名/発表者名
  Nathan Singh + 26+ Daron M Standley +6 + Marco Ruella
- 雑誌名
  
  Nat Med. in press
  
  巻: 1 ページ: 1-1
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02430
[雑誌論文] An infectivity-enhancing site on the SARS-CoV-2 spike protein is targeted by COVID-19 patient antibodies2021
- 著者名/発表者名
  Liu Yafei +21 +Standley Daron M.、Shioda Tatsuo、Arase Hisashi
- 雑誌名
  
  Cell in press
  
  巻: 1 ページ: 1-1
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02430
[雑誌論文] Noncanonical STAT1 phosphorylation expands its transcriptional activity into promoting LPS-induced IL-6 and IL-12p40 production2020
- 著者名/発表者名
  Metwally Hozaifa、Tanaka Toshio、Li Songling、Parajuli Gyanu、Kang Sujin、Hanieh Hamza、Hashimoto Shigeru、Chalise Jaya P.、Gemechu Yohannes、Standley Daron M.、Kishimoto Tadamitsu
- 雑誌名
  
  Science Signaling
  
  巻: 13 号: 624 ページ: 624-624
- DOI
  10.1126/scisignal.aay0574
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02430, KAKENHI-PROJECT-17K07151, KAKENHI-PROJECT-19K23864
[雑誌論文] Analysis of Protein Intermolecular Interactions with MAFFT-DASH2020
- 著者名/発表者名
  Rozewicki John、Li Songling、Katoh Kazutaka、Standley Daron M.
- 雑誌名
  
  Multiple Sequence Alignment (Methods in Molecular Biology)
  
  巻: 2232 ページ: 163-177
- DOI
  10.1007/978-1-0716-1036-7_11
- ISBN
  9781071610350, 9781071610367
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06767, KAKENHI-PROJECT-18H02430, KAKENHI-PROJECT-16K07464
[雑誌論文] Dysregulated Expression of the Nuclear Exosome Targeting Complex Component Rbm7 in Nonhematopoietic Cells Licenses the Development of Fibrosis2020
- 著者名/発表者名
  Fukushima Kiyoharu、Satoh Takashi、Sugihara Fuminori、Sato Yuki、Okamoto Toru、Mitsui Yuichi、Yoshio Sachiyo、Li Songling、Nojima Satoshi、Motooka Daisuke、Nakamura Shota、Kida Hiroshi、Standley Daron M.、Morii Eiichi、Kanto Tatsuya、Yanagita Motoko、Matsuura Yoshiharu、Nagasawa Takashi、Kumanogoh Atsushi、Akira Shizuo
- 雑誌名
  
  Immunity
  
  巻: 52 号: 3 ページ: 542-556
- DOI
  10.1016/j.immuni.2020.02.007
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K16557, KAKENHI-INTERNATIONAL-16K21723, KAKENHI-ORGANIZER-16H06429, KAKENHI-PUBLICLY-18H05032, KAKENHI-PROJECT-18H03998, KAKENHI-PROJECT-18H02430, KAKENHI-PROJECT-16K09537, KAKENHI-PROJECT-17K19557, KAKENHI-PROJECT-17K16081, KAKENHI-PROJECT-15H05704, KAKENHI-PROJECT-20H03495, KAKENHI-PROJECT-20H03697, KAKENHI-PROJECT-19K22620
[雑誌論文] Methods for sequence and structural analysis of B and T cell receptor repertoires2020
- 著者名/発表者名
  Teraguchi Shunsuke、Saputri Dianita S.、Llamas-Covarrubias Mara Anais、Davila Ana、Diez Diego、Nazlica Sedat Aybars、Rozewicki John、Ismanto Hendra S.、Wilamowski Jan、Xie Jiaqi、Xu Zichang、Loza-Lopez Martin de Jesus、van Eerden Floris J.、Li Songling、Standley Daron M.
- 雑誌名
  
  Computational and Structural Biotechnology Journal
  
  巻: 18 ページ: 2000-2011
- DOI
  10.1016/j.csbj.2020.07.008
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06610, KAKENHI-PROJECT-20K16286, KAKENHI-PROJECT-18H02430
[雑誌論文] MAFFT-DASH: integrated protein sequence and structural alignment2019
- 著者名/発表者名
  Rozewicki John、Li Songling、Amada Karlou Mar、Standley Daron M、Katoh Kazutaka
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 47
- DOI
  10.1093/nar/gkz342
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07464, KAKENHI-PROJECT-18H02430
[雑誌論文] Repertoire Builder: High-throughput structural modeling of B and T cell receptors Mol.2019
- 著者名/発表者名
  D. Schritt, S. Li, J. Rozewicki, K. Katoh, K. Yamashita, W. Volkmuth, G. Cavet and D. Standley,
- 雑誌名
  
  Syst. Des. Eng
  
  巻: in press
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02430
[雑誌論文] Structural Determinants of the APOBEC3G N-Terminal Domain for HIV-1 RNA Association2019
- 著者名/発表者名
  Fukuda Hirofumi、Li Songling、Sardo Luca、Smith Jessica L.、Yamashita Kazuo、Sarca Anamaria D.、Shirakawa Kotaro、Standley Daron M.、Takaori-Kondo Akifumi、Izumi Taisuke
- 雑誌名
  
  Frontiers in Cellular and Infection Microbiology
  
  巻: 9 ページ: 1-13
- DOI
  10.3389/fcimb.2019.00129
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02430
[雑誌論文] Initial phospholipid-dependent Irgb6 targeting to Toxoplasma gondii vacuoles mediates host defense.2019
- 著者名/発表者名
  Lee, Y., Yamada, H., Pradipta, A., Ma, J.S., Okamoto, M., Nagaoka, H., Takashima, E., Standley, D.M., Sasai, M., Takei, K., Yamamoto, M.
- 雑誌名
  
  Life Science Alliance
  
  巻: 3 号: 1 ページ: 000-000
- DOI
  10.26508/lsa.201900549
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K07084, KAKENHI-PROJECT-18KK0226, KAKENHI-PROJECT-19H00970, KAKENHI-PROJECT-18H02430, KAKENHI-PROJECT-18H02642, KAKENHI-PROJECT-19H03225, KAKENHI-PROJECT-17K08808, KAKENHI-PROJECT-18K05970, KAKENHI-PROJECT-18K15135, KAKENHI-PUBLICLY-19H04809
[雑誌論文] Reversible control of enantioselectivity by the length of ketone substituent in biocatalytic reduction.2019
- 著者名/発表者名
  Koesoema AA, Sugiyama Y, Sriwong KT, Xu Z, Verina S, Standley DM, Senda M, Senda T, Matsuda T.
- 雑誌名
  
  Applied Microbiology and Biotechnology
  
  巻: 103 ページ: 9529-9541
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02430
[雑誌論文] MAFFT-DASH: integrated protein sequence and structural alignment.2019
- 著者名/発表者名
  Rozewicki, J., Li, S., K., A., Standley, D. M. & Kazutaka, K.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res.
  
  巻: in press
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02430
[雑誌論文] N4BP1 restricts HIV-1 and its inactivation by MALT1 promotes viral reactivation.2019
- 著者名/発表者名
  Yamasoba D, Sato K, Ichinose T, Imamura T, Koepke L, Joas S, Reith E, Hotter D, Misawa N, Akaki K, Uehata T, Mino T, Miyamoto S, Noda T, Yamashita A, Standley DM, Kirchhoff F, Sauter D, Koyanagi Y, Takeuchi O.
- 雑誌名
  
  Nat Microbiol
  
  巻: 4 号: 9 ページ: 1532-1544
- DOI
  10.1038/s41564-019-0460-3
- NAID
  120006731123
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K22529, KAKENHI-PROJECT-19K22601, KAKENHI-PROJECT-18KK0447, KAKENHI-INTERNATIONAL-16K21723, KAKENHI-ORGANIZER-16H06429, KAKENHI-PROJECT-18H05278, KAKENHI-PROJECT-17H04082, KAKENHI-PROJECT-18H02430, KAKENHI-PROJECT-18H02662, KAKENHI-PROJECT-19H03488, KAKENHI-PROJECT-17J10132, KAKENHI-PROJECT-18K15185
[雑誌論文] Translation-dependent unwinding of stem?loops by UPF1 licenses Regnase-1 to degrade inflammatory mRNAs2019
- 著者名/発表者名
  Mino Takashi、Iwai Noriki、Endo Masayuki、Inoue Kentaro、Akaki Kotaro、Hia Fabian、Uehata Takuya、Emura Tomoko、Hidaka Kumi、Suzuki Yutaka、Standley Daron M、Okada-Hatakeyama Mariko、Ohno Shigeo、Sugiyama Hiroshi、Yamashita Akio、Takeuchi Osamu
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 47 ページ: 8838-8859
- DOI
  10.1093/nar/gkz628
- NAID
  120006708220
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K22601, KAKENHI-PROJECT-18KK0139, KAKENHI-PROJECT-18H05278, KAKENHI-PROJECT-18H02430, KAKENHI-PROJECT-19H03488, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-16H06356, KAKENHI-PROJECT-18K15185
[雑誌論文] Repertoire Builder: high-throughput structural modeling of B and T cell receptors2019
- 著者名/発表者名
  Schritt Dimitri、Li Songling、Rozewicki John、Katoh Kazutaka、Yamashita Kazuo、Volkmuth Wayne、Cavet Guy、Standley Daron M.
- 雑誌名
  
  Molecular Systems Design & Engineering
  
  巻: 4 号: 4 ページ: 761-768
- DOI
  10.1039/c9me00020h
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07464, KAKENHI-PROJECT-18H02430
[雑誌論文] Structural modeling of lymphocyte receptors and their antigens.2019
- 著者名/発表者名
  Li S, Wilamowski J, Teraguchi S, Van Eerden F, Rozewiki J, Davila A, Xu Z, Katoh K, Standley DM,
- 雑誌名
  
  Meth Mol Biol
  
  巻: in press
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02430
[雑誌論文] Allergic conversion of protective mucosal immunity against nasal bacteria in patients with chronic rhinosinusitis with nasal polyposis.2019
- 著者名/発表者名
  Takeda K, Sakakibara S, Yamashita K, Motooka D, Nakamura S, El Hussien MA, Katayama J, Maeda Y, Nakata M, Hamada S, Standley DM, Hayama M, Shikina T, Inohara H, Kikutani H.
- 雑誌名
  
  J Allergy Clin Immunol
  
  巻: 143 号: 3 ページ: 1163-1175
- DOI
  10.1016/j.jaci.2018.07.006
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K11610, KAKENHI-PROJECT-17K11958, KAKENHI-PROJECT-18K19643, KAKENHI-PROJECT-15KK0306, KAKENHI-PROJECT-16H05847, KAKENHI-PROJECT-17H04369, KAKENHI-PROJECT-18H02430, KAKENHI-PROJECT-16K08837, KAKENHI-PROJECT-17K19751, KAKENHI-PROJECT-19H03825
[雑誌論文] Structural basis for a highly (S)-enantioselective reductase towards aliphatic ketones with only one carbon difference between side chain.2019
- 著者名/発表者名
  Koesoema AA, Sugiyama Y, Xu Z, Standley DM, Senda M, Senda T, Matsuda T
- 雑誌名
  
  Applied microbiology and biotechnology
  
  巻: 103 ページ: 9543-9553
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02430
[雑誌論文] Functional clustering of B cell receptors using sequence and structural features2019
- 著者名/発表者名
  Xu Zichang、Li Songling、Rozewicki John、Yamashita Kazuo、Teraguchi Shunsuke、Inoue Takeshi、Shinnakasu Ryo、Leach Sarah、Kurosaki Tomohiro、Standley Daron M.
- 雑誌名
  
  Molecular Systems Design & Engineering
  
  巻: 4 号: 4 ページ: 769-778
- DOI
  10.1039/c9me00021f
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02430, KAKENHI-PROJECT-17K08856
[雑誌論文] Arid5a stabilizes OX40 mRNA in murine CD4+ T cells by recognizing a stem-loop structure in its 3′UTR2018
- 著者名/発表者名
  Hanieh Hamza、Masuda Kazuya、Metwally Hozaifa、Chalise Jaya P.、Mohamed Maged、Nyati Kishan K.、Standley Daron M.、Li Songling、Higa Mitsuru、Zaman Mohammad M.、Kishimoto Tadamitsu
- 雑誌名
  
  European Journal of Immunology
  
  巻: 48 号: 4 ページ: 593-604
- DOI
  10.1002/eji.201747109
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02430
[雑誌論文] Modeling the alternative oxidase from the human pathogen Blastocystis using automated hybrid structural template assembly2012
- 著者名/発表者名
  Standley DM, van der Giezen M
- 雑誌名
  
  Research and Reports in Biochemistry
  
  巻: 2 ページ: 1-8
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Protein loop modeling with optimized backbone potential functions2012
- 著者名/発表者名
  Liang S, Zhang C, Sarmiento J, Standley DM
- 雑誌名
  
  J Chem Theory Comput
  
  巻: (in press)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Ab initio simulation of a 57-residue protein in explicit solvent reproduces the native conformation in the lowest free-energy cluster2011
- 著者名/発表者名
  Ikebe J, Standley DM
- 雑誌名
  
  Protein Science
  
  巻: 20 ページ: 187-196
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21118513
[雑誌論文] Community-wide assessment of protein-interface modeling suggests improvements to design methodology2011
- 著者名/発表者名
  Fleishman SJ, Standley DM, et al
- 雑誌名
  
  J Mol Biol
  
  巻: 414(2) ページ: 289-302
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Protein Side Chain Modeling with Orientation Dependent Atomic Force Fields Derived by Series Expansions2011
- 著者名/発表者名
  Liang S, Standley DM
- 雑誌名
  
  J COMPUT CHEM
  
  巻: (印刷中)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21118513
[雑誌論文] Prediction of dinucleotide-specific RNA-binding sites in proteins2011
- 著者名/発表者名
  Fernandez M, Kumagai Y, Standley DM, Sarai A, Mizuguchi K, Ahmad S
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 12 Suppl 13:S5
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Binding Energetics of Ferredoxin-NADP(+) Reductase with Ferredoxin and Its Relation to Function2011
- 著者名/発表者名
  Lee YH, Ikegami T, Standley DM, Sakurai K, Hase T, Goto Y
- 雑誌名
  
  ChemBioChem
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Degree of Pyramidality Governs the Height and Peak position of the Free-Energy-Barrier for the cis-trans Isomerization of N-Methylacetamide2011
- 著者名/発表者名
  Yonezawa Y, Standley DM
- 雑誌名
  
  Chem Phys Lett
  
  巻: (印刷中)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21118513
[雑誌論文] Protein side chain modeling with orientation-dependent atomic force fields derived by series expansions2011
- 著者名/発表者名
  Liang S, Zhou Y, Grishin N, Standley DM
- 雑誌名
  
  J COMPUT CHEM
  
  巻: 32 ページ: 1680-1686
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Bridging the gap between single-template and fragment based protein structure modeling using Spanner2011
- 著者名/発表者名
  Lis M, Kim T, Sarmiento J, Kuroda D, Dinh H, Kinjo AR, Devadas S, Nakamura H, Standley DM
- 雑誌名
  
  Immunome Research
  
  巻: 7
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Protein Data Bank Japan (PDBj) : maintaining a structural data archive and resource description framework format2011
- 著者名/発表者名
  Kinjo AR, Suzuki H, Yamashita R, Ikegawa Y, Kudou T, Igarashi R, Kengaku Y, Cho H, Standley DM, Nakagawa A, Nakamura H
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res
  
  巻: 40(Database issue)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Protein Data Bank Japan(PDBj): maintaining a structural data archive and resource description framework format2011
- 著者名/発表者名
  Kinjo AR, Suzuki H, Yamashita R, Ikegawa Y, Kudou T, Igarashi R, Kengaku Y, Cho H, Standley DM, Nakagawa A, Nakamura H
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res
  
  巻: 40 ページ: 453-460
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Protein loop selection using orientation-dependent force fields derived by parameter optimization2011
- 著者名/発表者名
  Liang S, Zhang C, Standley DM
- 雑誌名
  
  Proteins
  
  巻: 79 ページ: 2260-2267
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] FUNCTIONAL ANNOTATION OF INTRINSICALLY DISORDERED DOMAINS BY THEIR AMINO ACID CONTENT USING IDD NAVIGATOR2011
- 著者名/発表者名
  Patil A, Teraguchi S, Dinh H, Nakai K, Standley DM
- 雑誌名
  
  Pac Symp Biocomput
  
  巻: 17 ページ: 164-175
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Binding energetics of ferredoxin-NADP+ reductase with ferredoxin and its relation to function2011
- 著者名/発表者名
  Lee YH, Ikegami T, Standley DM, Sakurai K, Hase T, Goto Y
- 雑誌名
  
  Chembiochem
  
  巻: 12(13) 号: 13 ページ: 2062-70
- DOI
  10.1002/cbic.201100189
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Stochastic binary modeling of cells in continuous time as an alternative to biochemical reaction equations2011
- 著者名/発表者名
  Teraguchi S, Kumagai Y, Vandenbon A, Akira S, Standley DM
- 雑誌名
  
  Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys
  
  巻: 84(6-1):062903
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Functional Annotation of Intrinsically Disordered Domains by Their Amino Acid Content Using Idd Navigator2011
- 著者名/発表者名
  Patil A, Teraguchi S, Dinh H, Nakai K, Standley DM
- 雑誌名
  
  Pac Symp Biocomput
  
  巻: 17 ページ: 164-175
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Fast and accurate prediction of protein side-chain conformations2011
- 著者名/発表者名
  Liang S, Zheng D, Zhang C, Standley DM
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 27 ページ: 2913-2914
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Functional characterization of protein domains common to animal viruses and mouse2011
- 著者名/発表者名
  Kinjo AR, Kumagai Y, Dinh H, Takeuchi O, Standley DM
- 雑誌名
  
  BMC Genomics
  
  巻: 12 Suppl 3:S21
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] A mutation in the immunoproteasome subunit PSMB8 causes autoinflammation and lipodystrophy in humans2011
- 著者名/発表者名
  Kitamura A, Maekawa Y, Uehara H, Izumi K, Kawachi I, Nishizawa M, Toyoshima Y, Takahashi H, Standley DM, Tanaka K, Hamazaki J, Murata S, Obara K, Toyoshima I, Yasutomo K.
- 雑誌名
  
  J Clin Invest
  
  巻: 121 号: 10 ページ: 4150-4160
- DOI
  10.1172/jci58414
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20679005, KAKENHI-PROJECT-21000012, KAKENHI-PROJECT-21570169, KAKENHI-PROJECT-21590536, KAKENHI-PROJECT-23591236, KAKENHI-PROJECT-23657083, KAKENHI-PROJECT-23791179
[雑誌論文] Bridging the gap between single-template and fragment based protein structure modeling using Spanner2011
- 著者名/発表者名
  Lis M, Kim T, Sarmiento JJ, Kuroda D, Dinh HV, Kinjo AR, Amada K, Devadas S, Nakamura H, Standley DM
- 雑誌名
  
  Immunome Res
  
  巻: 7(1) ページ: 1-8
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Protein side chain modeling with orientation-dependent atomic force fields derived by series expansions2011
- 著者名/発表者名
  Liang S, Zhou Y, Grishin N, Standley DM
- 雑誌名
  
  J Comput Chem
  
  巻: 32(8) 号: 8 ページ: 1680-6
- DOI
  10.1002/jcc.21747
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] The IκB kinase complex regulates the stability of cytokine-encoding mRNA induced by TLR-IL-1R by controlling degradation of regnase-1.2011
- 著者名/発表者名
  Iwasaki H, Takeuchi O, Teraguchi S, Matsushita K, Uehata T, Kuniyoshi K, Satoh T, Saitoh T, Matsushita M, Standley DM, Akira S.
- 雑誌名
  
  Nat Immunol.
  
  巻: 12 号: 12 ページ: 1167-1175
- DOI
  10.1038/ni.2137
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20002008, KAKENHI-PROJECT-21570169, KAKENHI-PROJECT-22689016, KAKENHI-PROJECT-22890224
[雑誌論文] A mutation in the immunoproteasome subunit PSMB8 causes autoinflammation and lipodystrophy in humans2011
- 著者名/発表者名
  Kitamura A, Maekawa Y, Uehara H, Izumi K, Kawachi I, Nishizawa M, Toyoshima Y, Takahashi H, Standley DM, Tanaka K, et al
- 雑誌名
  
  J Clin Invest
  
  巻: 121 ページ: 4150-4160
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Ab initio simulation of a 57-residue protein in explicit solvent reproduces the native conformation in the lowest free-energy cluster2010
- 著者名/発表者名
  Ikebe J, Standley DM, Nakamura H, Higo J
- 雑誌名
  
  Protein Science
  
  巻: 20 ページ: 187-196
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] The DBCLS BioHackathon : standardization and interoperability for bioinformatics web services and workflows2010
- 著者名/発表者名
  Katayama T, Arakawa K, Nakao M, Ono K, K. F A-K, Yamamoto Y, Aerts J, Aranda B, Barboza LH, Bonnal R, (+ 36 authors), Standley DM, (+ 10 authors)
- 雑誌名
  
  Journal of Biomedical Semantics
  
  巻: 1
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] The DBCLS BioHackathon : standardization and interoperability for bioinformatics web services and workflows2010
- 著者名/発表者名
  Katayama T, Standley D
- 雑誌名
  
  Journal of Biomedical Semantics
  
  巻: 21 ページ: 8-27
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] SeSAW : balancing sequence and structural information in protein functional mapping2010
- 著者名/発表者名
  Standley DM, Yamashita R, Kinjo AR, Toh H, Nakamura H
- 雑誌名
  
  Bioinformatics (印刷中)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21118513
[雑誌論文] SeSAW balancing sequence and structural information in protein functional mapping2010
- 著者名/発表者名
  Standley DM, Yamashita R, Kinjo AR, Toh H, Nakamura H
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 26 ページ: 1258-1259
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] SeSAW : balancing sequence and structural information in protein functional mapping2010
- 著者名/発表者名
  Standley DM, Yamashita R, Kinjo AR, Toh H, Nakamura H
- 雑誌名
  
  Bioinformatics (印刷中)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] SeSAW : balancing sequence and structural information in protein functional mapping2010
- 著者名/発表者名
  Standley DM
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 26 ページ: 1258-1259
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Intrinsically disordered domains deviate significantly from random sequences in mammalian proteins2010
- 著者名/発表者名
  Teraguchi S, Patil A, Standley DM
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: S7 ページ: 11-11
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Intrinsically disordered domains deviate significantly from random sequences in mammalian proteins2010
- 著者名/発表者名
  Teraguchi S, Standley D
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 11 ページ: 2-12
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Outcome of a workshop on applications of protein models in biomedical research2009
- 著者名/発表者名
  Schwede T, et al. (23 authors), Standley DM, Stouch T, Vajda S, Vasquez M, Westbrook JD, Wilson IA
- 雑誌名
  
  Structure 17
  
  ページ: 151-159
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Zc3hl2a is an RNase essential for controlling immune responses by regulating mRNA decay2009
- 著者名/発表者名
  Matsushita K, Takeuchi O, Standley DM, Kumagai Y, Kawagoe T, Miyake T, Satoh T, Kato H, Tsujimura T, Nakamura H, Akira S
- 雑誌名
  
  Nature 458
  
  ページ: 1185-1190
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21118513
[雑誌論文] Outcome of a workshop on applications of protein models in biomedical research2009
- 著者名/発表者名
  Schwede T, et al. (23 authors), Standley DM, Stouch T, Vajda S, Vasquez M, Westbrook JD, Wilson IA
- 雑誌名
  
  Structure 17
  
  ページ: 151-159
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21118513
[雑誌論文] A single polymorphic amino acid on Toxoplasma gondii kinase ROP16 determines the direct and strain-specific activation of Stat32009
- 著者名/発表者名
  Yamamoto M, Standley DM, Takashima S, Saiga H, Okuyama M, Kayama H, Kubo E, Ito H, Takaura M, Matsuda T, Soldati-Favre D, Takeda K
- 雑誌名
  
  J Exp Med 206
  
  ページ: 2747-2760
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21118513
[雑誌論文] Outcome of a workshop on applications of protein models in biomedical research2009
- 著者名/発表者名
  Schwede T, Sali A, Honig B, Levitt M, Berman HM, Jones D, Brenner SE, Burley SK, Das R, Dokholyan NV(+ 16 authors), Standley DM, (+ 5 authors)
- 雑誌名
  
  Structure
  
  巻: 17 ページ: 151-159
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Membrane attachment facilitates ligand access to the active site in monoamine oxidase A2009
- 著者名/発表者名
  Apostolov R, Yonezawa Y, Standley DM, Kikugawa G, Takano Y, Nakamura H
- 雑誌名
  
  Biochemistry 48
  
  ページ: 5864-5873
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Zc3h12a is an RNase essential for controlling immune responses by regulating mRNA decay2009
- 著者名/発表者名
  Matsushita K, Takeuchi O, Standley DM, Kumagai Y, Kawagoe T, Miyake T, Satoh T, Kato H, Tsujimura T, Nakamura H, Akira S
- 雑誌名
  
  Nature
  
  巻: 458 ページ: 1185-1190
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] A single polymorphic amino acid on Toxoplasma gondii kinase ROP16 determines the direct and strain-specific activation of Stat32009
- 著者名/発表者名
  Yamamoto M, Standley DM, Takashima S, Saiga H, Okuyama M, Kayama H, Kubo E, Ito H, Takaura M, Matsuda T, et al
- 雑誌名
  
  J Exp Med
  
  巻: 206 ページ: 2747-2760
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Zc3h12a is an RNase essential for controlling immune responses by regulating mRNA decay2009
- 著者名/発表者名
  Matsushita K, Takeuchi O, Standley DM, Kumagai Y, Kawagoe T, Miyake T, Satoh T, Kato H, Tsujimura T, Nakamura H, Akira S
- 雑誌名
  
  Nature 458
  
  ページ: 1185-1190
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] A single polymorphic amino acid on Toxoplasma gondii kinase ROP16 determines the direct and strain-specific activation of Stat32009
- 著者名/発表者名
  Yamamoto M, Standley DM, Takashima S, Saiga H, Okuyama M, Kayama H, Kubo E, Ito H, Takaura M, Matsuda T, Soldati-Favre D, Takeda K
- 雑誌名
  
  J Exp Med 206
  
  ページ: 2747-2760
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[雑誌論文] Membrane attachment facilitates ligand access to the active site in monoamine oxidase A2009
- 著者名/発表者名
  Apostolov R, Yonezawa Y, Standley DM, Kikugawa GS Takano Y, Nakamura H
- 雑誌名
  
  Biochemistry 48
  
  ページ: 5864-5873
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21118513
[雑誌論文] Membrane attachment facilitates ligand access to the active site in monoamine oxidase A2009
- 著者名/発表者名
  Apostolov R, Yonezawa Y, Standley DM, Kikugawa G, Takano Y, Nakamura H
- 雑誌名
  
  Biochemistry
  
  巻: 48 ページ: 5864-5873
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[学会発表] "Toward high-throughput antibody-antigen modeling"2020
- 著者名/発表者名
  Daron Standley
- 学会等名
  Kobe Univ. (The Basis for Computational Life Science 7)
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02430
[学会発表] Modeling the structure and function of lymphocyte receptors from their sequences2019
- 著者名/発表者名
  Daron Standley
- 学会等名
  Immunogenomics 2019
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02430
[学会発表] High-throughput modeling of lymphocyte receptors and their antigens2018
- 著者名/発表者名
  Daron Standley
- 学会等名
  Hot Spring Harbor International Symposium
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02430
[学会発表] Functional Annotation of Intrinsically Disordered Domains by Their Amino Acid Content Using IDD Navigator2012
- 著者名/発表者名
  Standley DM
- 学会等名
  Pacific Symposium on Biocomputing
- 発表場所
  Hawaii, USA
- 年月日
  2012-01-06
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[学会発表] Function prediction of structured and unstructured proteins2011
- 著者名/発表者名
  Standley DM
- 学会等名
  China 5th China Medical Biotech Forum(CMBF-2011)
- 発表場所
  Beiing
- 年月日
  2011-11-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[学会発表] A structural view of Innate immunity2011
- 著者名/発表者名
  Standley DM
- 学会等名
  Dana-Farber Cancer Institute
- 発表場所
  Cancer Vaccine Center, USA
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[学会発表] Prediction of dinucleotide-specific RNA-binding sites in proteins2011
- 著者名/発表者名
  Standley DM
- 学会等名
  Malaysia
- 発表場所
  Kuala Lumpur
- 年月日
  2011-11-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[学会発表] Restrained docking of protein molecular surfaces2010
- 著者名/発表者名
  Daron M.Standley
- 学会等名
  Department of Chemistry Colloquium
- 発表場所
  Columbia Univ.(U.S.A.)
- 年月日
  2010-11-08
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21118513
[学会発表] Restrained docking of protein molecular surfaces2010
- 著者名/発表者名
  Daron M.Standley
- 学会等名
  Department of Chemistry Colloquium
- 発表場所
  Columbia Univ.
- 年月日
  2010-11-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[学会発表] Restrained docking of protein molecular surfaces2010
- 著者名/発表者名
  Standley DM
- 学会等名
  Department of Chemistry
- 発表場所
  New York, USA : Columbia Univ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[学会発表] Functional Annotation using SeSAW2009
- 著者名/発表者名
  Standley DM
- 学会等名
  MEI Center lecture series
- 発表場所
  Osaka, Japan
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[学会発表] Functional Annotation using SeSAW2009
- 著者名/発表者名
  Daron M.Standley
- 学会等名
  MEI Center lecture series
- 発表場所
  大阪大学中の島センター
- 年月日
  2009-11-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[学会発表] An introduction to protein-protein docking II2009
- 著者名/発表者名
  Daron M.Standley
- 学会等名
  Ochanomizu Univ.Predictive Biology lecture series
- 発表場所
  お茶の水大学
- 年月日
  2009-11-11
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21118513
[学会発表] An introduction to protein-protein docking II2009
- 著者名/発表者名
  Standley DM
- 学会等名
  Predictive Biology lecture series
- 発表場所
  Tokyo, Japan : Ochanomizu Univ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169
[学会発表] Functional Annotation using SeSAW2009
- 著者名/発表者名
  Daron M.Standley
- 学会等名
  MEI Center lecture series
- 発表場所
  大阪大学中の島センター
- 年月日
  2009-11-07
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21118513
[学会発表] An introduction to protein-protein docking II2009
- 著者名/発表者名
  Daron M.Standley
- 学会等名
  Ochanomizu Univ. Predictive Biology lecture series
- 発表場所
  お茶の水大学
- 年月日
  2009-11-11
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570169

1. 加藤和貴

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 3件
2. 中田匡宣

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
3. 齊藤達哉

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
4. 佐藤荘

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
5. 竹居孝二

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
6. 山田浩司

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
7. 野田岳志

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
8. 山下暁朗

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
9. 安友康二

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
10. 審良静男

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
11. 竹内理

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
12. 野島聡

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
13. 寺口俊介

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

Ｓｔａｎｄｌｅｙ Ｄａｒｏｎ Standley Daron

Standley Daron スタンドレー ダーロン

スタンドレー ダーロン STANDLEY Daron

STANDLEY Daron スタンドレイ ダーロン

DARON Standley ダーロン スタンドレイ

研究課題

研究成果

共同研究者

免疫レパトア解析に基づく機械学習を用いたHTLV-1関連疾患の発症予測法の確立研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

Machine Learning of Disease Biomarkers from B and T cell Receptor Repertoires研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

Identification of epitopes targeted by TCR-MHC pairs研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

水の媒介するATPゲートキーパーのシュミレーション研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

自然免疫蛋白質の機能アノテーション研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] In Vitro Differentiation of T-Cells2019

著者名/発表者名

出版者

データソース

[雑誌論文] Antigen-independent activation enhances the efficacy of 4-1BB-costimulated CD22 CAR T cells2021

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] An infectivity-enhancing site on the SARS-CoV-2 spike protein is targeted by COVID-19 patient antibodies2021

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Noncanonical STAT1 phosphorylation expands its transcriptional activity into promoting LPS-induced IL-6 and IL-12p40 production2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Analysis of Protein Intermolecular Interactions with MAFFT-DASH2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

ISBN

データソース

[雑誌論文] Dysregulated Expression of the Nuclear Exosome Targeting Complex Component Rbm7 in Nonhematopoietic Cells Licenses the Development of Fibrosis2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Methods for sequence and structural analysis of B and T cell receptor repertoires2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] MAFFT-DASH: integrated protein sequence and structural alignment2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Repertoire Builder: High-throughput structural modeling of B and T cell receptors Mol.2019

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

ＳｔａｎｄｌｅｙＤａｒｏｎ Standley Daron

Standley Daron スタンドレーダーロン

スタンドレーダーロン STANDLEY Daron

STANDLEY Daron スタンドレイダーロン

DARON Standley ダーロンスタンドレイ