山縣友紀 Yamagata Yuki

研究者番号	00543927
その他のID	https://orcid.org/0000-0002-9673-1283
所属 (現在)	2026年度: 国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソース研究センター, 研究員
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2023年度 – 2024年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 情報統合本部, 研究員 2022年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 研究員
審査区分/研究分野	研究代表者小区分61030:知能情報学関連
キーワード	研究代表者感染機序 / リスク低減 / 知識統合 / 知識表現 / COVID-19 / オントロジー

COVID-19重症化リスク低減のためのオントロジーに基づく知識統合とその応用研究代表者
- 研究代表者
  
  山縣友紀
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分61030:知能情報学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所

すべて 2025 2024 2023 2022

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Survey on large language model annotation of cellular senescence from figures in review articles2024
- 著者名/発表者名
  Yamagata Yuki、Yamada Ryota
- 雑誌名
  
  Genomics & Informatics
  
  巻: 22 号: 1
- DOI
  10.1186/s44342-024-00011-6
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[雑誌論文] BioHackJP 2023 Report R1:Improving phenotype ontology interoperability2024
- 著者名/発表者名
  Dohi Eisuke、Kushida Tatsuya、Yamagata Yuki、Takatsuki Terue、Shin Jaemoon、Masuya Hiroshi、Liener Thomas、Hoehndorf Robert
- 雑誌名
  
  BioHackrXiv
  
  巻: －
- DOI
  10.37044/osf.io/d27fw
- オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[雑誌論文] Homeostasis imbalance process ontology: a study on COVID-19 infectious processes2024
- 著者名/発表者名
  Yamagata Yuki、Kushida Tatsuya、Onami Shuichi、Masuya Hiroshi
- 雑誌名
  
  BMC Medical Informatics and Decision Making
  
  巻: 23 号: S4
- DOI
  10.1186/s12911-024-02516-0
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[雑誌論文] SSBD: an ecosystem for enhanced sharing and reuse of bioimaging data2024
- 著者名/発表者名
  Kyoda Koji、Itoga Hiroya、Yamagata Yuki、Fujisawa Emi、Wang Fangfang、Miranda-Miranda Miguel、Yamamoto Haruna、Nakano Yasue、Tohsato Yukako、Onami Shuichi
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 53 号: D1 ページ: D1716-D1723
- DOI
  10.1093/nar/gkae860
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[雑誌論文] Mention-Agnostic Information Extraction for Ontological Annotation of Biomedical Articles2024
- 著者名/発表者名
  Oumaima El Khettari, Noriki Nishida, Shanshan Liu, Rumana Ferdous Munne, Yuki Yamagata, Solen Quiniou, Samuel Chaffron, Yuji Matsumoto
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 23rd Workshop on Biomedical Natural Language Processing
  
  巻: 1 ページ: 457-473
- DOI
  10.18653/v1/2024.bionlp-1.37
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K17815, KAKENHI-PROJECT-22K17959
[雑誌論文] Prototyping an Ontological Framework for Cellular Senescence Mechanisms: A Homeostasis Imbalance Perspective2024
- 著者名/発表者名
  Yamagata Yuki、Fukuyama Tsubasa、Onami Shuichi、Masuya Hiroshi
- 雑誌名
  
  Scientific Data
  
  巻: 11 号: 1
- DOI
  10.1038/s41597-024-03331-y
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] Enhancing Global Knowledge Interoperability for Bioimaging through Ontology Utilization2025
- 著者名/発表者名
  Yuki Yamagata, Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Emi Fujisawa, Shuichi Onami
- 学会等名
  RIKEN Symposia: OLSP Symposium 2025 - Present and Future Perspectives of Open Life Sciences ?
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] Metadata and file formats for global sharing of bioimaging data2025
- 著者名/発表者名
  Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Yuki Yamagata, Emi Fujisawa, Miguel Miranda, Shuichi Onami
- 学会等名
  RIKEN Symposia: OLSP Symposium 2025 - Present and Future Perspectives of Open Life Sciences -
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] SSBD: Global Sharing of Bioimaging Data - Management and Implementation2025
- 著者名/発表者名
  Hiroya Itoga, Koji Kyoda, Yuki Yamagata, Haruna Yamamoto, Miguel Miranda Miranda, Yukako Tohsato, Shuichi Onami
- 学会等名
  BDR-NCBS Joint Meeting
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] SSBD: Global sharing of bioimaging data2025
- 著者名/発表者名
  Hiroya Itoga, Koji Kyoda, Yuki Yamagata, Emi Fujisawa, Haruna Yamamoto, Miguel Miranda Miranda, Yukako Tohsato, Shuichi Onami
- 学会等名
  The 5th Kobe University-RIKEN BDR Joint Symposium/第5回神戸大学‐理研BDR合同シンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] Mapping and gap analysis for metadata harmonization of bioimaging data resources2024
- 著者名/発表者名
  Koji Kyoda, Yuki Yamagata, Hiroya Itoga, Shuichi Onami
- 学会等名
  Global BioImaging Exchange of Experience 2024
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] Metadata and File Formats for Global Sharing of Bioimaging Data2024
- 著者名/発表者名
  Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Yuki Yamagata, Emi Fujisawa, Miguel Miranda-Miranda, Shuichi Onami
- 学会等名
  統合化推進プログラム（DICP）2024年度研究交流会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] SSBD: Global sharing of bioimaging data2024
- 著者名/発表者名
  Hiroya Itoga, Emi Fujisawa, Haruna Yamamoto, Miguel Miranda Miranda, Yuki Yamagata, Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Shuichi Onami
- 学会等名
  Global BioImaging Exchage of Experience 2024
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] グローバルなバイオイメージングデータ共有に向けたメタデータとデータフォーマット2024
- 著者名/発表者名
  京田耕司, 糸賀裕弥, 山縣友紀, 藤澤絵美, ミランダミゲル, 大浪修一
- 学会等名
  トーゴーの日シンポジウム2024
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] Landscape analysis of metadata usage in major bioimage repositories2024
- 著者名/発表者名
  Shuichi Onami, Koji Kyoda, Yuki Yamagata
- 学会等名
  foundingGIDE Community Event 2024
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] Online databases and data integration in the RIKEN BioResource Research Center2024
- 著者名/発表者名
  桝屋啓志, 高田豊行, 臼田大輝, 湯原直美, 栗原恵子, 並木由理, 岩瀬秀, 鈴木健大, 山縣友紀, 粕川雄也, 川路英哉, 沖真弥, 櫛田達矢
- 学会等名
  The Allied Genetics Conference (TAGC)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] オントロジー開発のための大規模言語モデルを用いた生命医学論文図アノテーションの試み2024
- 著者名/発表者名
  山縣友紀, 山田涼太, 大浪修一, 桝屋啓志
- 学会等名
  2024年度人工知能学会全国大会（第38回）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] SSBD: バイオイメージングデータのグローバルな共有2024
- 著者名/発表者名
  京田耕司, 糸賀裕弥, 山縣友紀, ミランダミゲル, 山本春菜, 藤澤絵美, 遠里由佳子, 大浪修一
- 学会等名
  第47回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] 表現型データの類似度に基づく疾患モデル生物推定2024
- 著者名/発表者名
  櫛田達矢, 申在紋, 臼田大輝, 山縣友紀, 高田豊行, 小林紀郎, 藤原豊史, 桝屋啓志
- 学会等名
  2024年度人工知能学会全国大会 (第38回)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] バイオイメージング知識互換と運用性向上のためのオントロジー利活用に向けた取り組み2024
- 著者名/発表者名
  山縣友紀, 京田耕司, 糸賀裕弥, 藤澤絵美, 大浪修一
- 学会等名
  統合化推進プログラム（DICP）2024年度研究交流会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] グローバルなバイオイメージングデータ相互運用性実現に向けたオントロジー分析2024
- 著者名/発表者名
  山縣友紀, 京田耕司, 糸賀裕弥, 藤澤絵美, 大浪修一
- 学会等名
  トーゴーの日シンポジウム2024
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] SSBD:repository/SSBD:database: A global sharing of bioimaging data2023
- 著者名/発表者名
  2.京田耕司, 糸賀裕弥, Wang Fangfang, 山本春菜, ミランダ-ミランダミゲル, 山縣友紀, 遠里由佳子, 大浪修一:
- 学会等名
  The 56th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologist
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] SSBD: バイオイメージングデータのグローバルなデータ共有2023
- 著者名/発表者名
  京田耕司, 糸賀裕弥, 王放放, 山縣友紀, ミランダ-ミランダミゲル, 山本春菜, 遠里由佳子, 大浪修一:
- 学会等名
  第75回日本細胞生物学会大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] 老化制御を目指した細胞老化オントロジーモデリング2023
- 著者名/発表者名
  山縣友紀, 大浪修一，桝屋啓志
- 学会等名
  2023年度人工知能学会全国大会（第37回）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] SSBD:repository/SSBD:database: A global sharing of bioimaging dat2023
- 著者名/発表者名
  3.京田耕司, 糸賀裕弥, Wang Fangfang, 山本春菜, ミランダ-ミランダミゲル, 山縣友紀, 遠里由佳子, 大浪修一
- 学会等名
  The 20th International Microscopy Congress
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] オントロジーに基づく細胞老化プロセスの知識記述モデリング2022
- 著者名/発表者名
  山縣友紀
- 学会等名
  第45回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959
[学会発表] Knowledge Systematization for Cellular Senescence Processes by Homeostasis Imbalance Process Ontology2022
- 著者名/発表者名
  Yuki Yamagata
- 学会等名
  ICBO 2022: International Conference on Biomedical Ontology
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K17959

1. 西田典起

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

山縣 友紀 Yamagata Yuki

研究課題

研究成果

共同研究者

COVID-19重症化リスク低減のためのオントロジーに基づく知識統合とその応用研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] Survey on large language model annotation of cellular senescence from figures in review articles2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] BioHackJP 2023 Report R1:Improving phenotype ontology interoperability2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Homeostasis imbalance process ontology: a study on COVID-19 infectious processes2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] SSBD: an ecosystem for enhanced sharing and reuse of bioimaging data2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Mention-Agnostic Information Extraction for Ontological Annotation of Biomedical Articles2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Prototyping an Ontological Framework for Cellular Senescence Mechanisms: A Homeostasis Imbalance Perspective2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[学会発表] Enhancing Global Knowledge Interoperability for Bioimaging through Ontology Utilization2025

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Metadata and file formats for global sharing of bioimaging data2025

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] SSBD: Global Sharing of Bioimaging Data - Management and Implementation2025

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] SSBD: Global sharing of bioimaging data2025

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Mapping and gap analysis for metadata harmonization of bioimaging data resources2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Metadata and File Formats for Global Sharing of Bioimaging Data2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] SSBD: Global sharing of bioimaging data2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] グローバルなバイオイメージングデータ共有に向けたメタデータとデータフォーマット2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Landscape analysis of metadata usage in major bioimage repositories2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Online databases and data integration in the RIKEN BioResource Research Center2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

山縣友紀 Yamagata Yuki

[学会発表] バイオイメージング知識互換と運用性向上のためのオントロジー利活用に向けた取り組み2024