城田松之 SHIROTA Matsuyuki

研究者番号	00549462
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 東北大学, 医学系研究科, 講師
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2018年度 – 2025年度: 東北大学, 医学系研究科, 講師 2016年度 – 2017年度: 東北大学, 医学系研究科, 助教 2016年度: 東北大学, 大学院医学系研究科, 助教 2014年度 – 2015年度: 東北大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教
審査区分/研究分野	研究代表者小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生命・健康・医療情報学 / 複合領域 / 小区分43060:システムゲノム科学関連研究代表者以外小区分50010:腫瘍生物学関連 / 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野 / 医化学一般 / ゲノム生物学 / 分子生物学 / 腫瘍生物学
キーワード	研究代表者蛋白質構造 / 蛋白質立体構造 / ゲノムバリアント / タンパク質立体構造 / RNA-seq / 二次構造 / 水素結合 / データベース / スプライシング / 遺伝子発現 … もっと見る / 制御領域 / タンパク質構造 / 高次機能 / ゲノムワイド関連解析 / 選択的スプライシング / マイクロエクソン / 塩基配列変化 / ゲノム / 機能解析 / 非同義置換 / 蛋白質機能 / ゲノム配列変化 / 機能欠失変異 / 立体構造予測 / 経験的評価関数 / 分子動力学シミュレーション / データベース解析 / リファインメント / シミュレーション / アミノ酸配列 / 構造予測 / データベース開発 / 進化的保存 … もっと見る研究代表者以外がん / 中心体 / ヒストン修飾 / がん関連分子 / がん治療 / ゲノム不安定性 / DNA損傷 / DNA損傷応答 / シグナル伝達経路 / Myc遺伝子 / TGF-β刺激 / 遺伝子増幅 / DRB / H3K36me3 / H3K27me3 / 修飾酵素 / RNAポリメラーゼ / ポリコーム / CRISPR/Cas9 / エンハンサー / 転写 / エピジェネティクス / MLL2 / 転写制御 / エピゲム / Cdt1 / ES細胞 / 細胞周期 / エピゲノム / Geminin / 腫瘍形成能 / 超並列シークエンス解析 / CRISPR/Cas9システム / ゲノム編集 / 癌 / 細胞分裂 / ゲノム安定性維持 / BRCA1 隠す

進化情報と立体構造を統合した深層学習による制御領域バリアントの効果予測研究代表者
- 研究代表者
  
  城田松之
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東北大学
DNA・RNA-タンパク質複合体構造に基づくゲノム制御領域変異の効果予測と検証研究代表者
- 研究代表者
  
  城田松之
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東北大学
中心体異常とDNA損傷によるゲノム不安定性を標的とする新しいがん治療法の開発
- 研究代表者
  
  千葉奈津子
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分50010:腫瘍生物学関連
- 研究機関
  東北大学
マイクロエクソンに注目した脳と個性の発現に関する多階層情報解析研究代表者
- 研究代表者
  
  城田松之
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2020
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  複合領域
- 研究機関
  東北大学
がんの中心体制御異常の統合的理解による新たな中心体標的療法の開発
- 研究代表者
  
  千葉奈津子
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分50010:腫瘍生物学関連
- 研究機関
  東北大学
蛋白質立体構造を用いたゲノム塩基配列変化の機能解析のための情報科学的基盤の構築研究代表者
- 研究代表者
  
  城田松之
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43060:システムゲノム科学関連
- 研究機関
  東北大学
過剰な遺伝子増幅を誘導するシグナル経路を明らかにする
- 研究代表者
  
  中山啓子
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2019
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 審査区分
  
  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
- 研究機関
  東北大学
ヒストンコードによる転写伸長速度制御機構の解明
- 研究代表者
  
  中山啓子
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2019
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  医化学一般
- 研究機関
  東北大学
新規BRCA1結合分子のゲノム安定性維持機構の解明とがん治療法の開発
- 研究代表者
  
  千葉奈津子
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2018
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  腫瘍生物学
- 研究機関
  東北大学
DNA複製による転写とエピゲノム状態の制御の可能性について
- 研究代表者
  
  中山啓子
- 研究期間 (年度)
  2016
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  分子生物学
- 研究機関
  東北大学
大規模シミュレーションとデータベース解析に基づく蛋白質立体構造予測改良法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  城田松之
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2017
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  東北大学
H3K27ヒストン修飾によるエンハンサー制御機構の解析
- 研究代表者
  
  細金正樹
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2016
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  ゲノム生物学
- 研究機関
  東北大学
蛋白質における埋もれた極性残基の機能評価のためのデータベース構築研究代表者
- 研究代表者
  
  城田松之
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2015
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  東北大学

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すべて雑誌論文学会発表その他

[雑誌論文] Aurora A polyubiquitinates the BRCA1-interacting protein OLA1 to promote centrosome maturation2023
- 著者名/発表者名
  Fang Zhenzhou、Li Xingming、Yoshino Yuki、Suzuki Moe、Qi Huicheng、Murooka Hinari、Katakai Riko、Shirota Matsuyuki、Mai Pham Thi Anh、Matsuzawa Ayako、Otsuka Kei、Ishioka Chikashi、Mori Takahiro、Chiba Natsuko
- 雑誌名
  
  Cell Reports
  
  巻: 42 号: 8 ページ: 112850-112850
- DOI
  10.1016/j.celrep.2023.112850
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K14584, KAKENHI-PROJECT-22K12241, KAKENHI-PROJECT-23K24157
[雑誌論文] Neonatal developmental and epileptic encephalopathy with movement disorders and arthrogryposis: A case report with a novel missense variant of SCN1A2023
- 著者名/発表者名
  Okubo Y, Shibuya M, Nakamura H, Kawashima A, Kodama K, Endo W, Inui T, Togashi N, Aihara Y, Shirota M, Funayama R, Niihori T, Fujita A, Nakayama K, Aoki Y, Matsumoto N, Kure S, Kikuchi A, Haginoya K
- 雑誌名
  
  Brain Dev
  
  巻: 45 号: 9 ページ: 505-511
- DOI
  10.1016/j.braindev.2023.06.009
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15901, KAKENHI-PROJECT-22K12241
[雑誌論文] Nuclear pore pathology underlying multisystem proteinopathy type 3‐related inclusion body myopathy2023
- 著者名/発表者名
  Izumi Rumiko、Ikeda Kensuke、Niihori Tetsuya、Suzuki Naoki、Shirota Matsuyuki、Funayama Ryo、Nakayama Keiko、Warita Hitoshi、Tateyama Maki、Aoki Yoko、Aoki Masashi
- 雑誌名
  
  Annals of Clinical and Translational Neurology
  
  巻: 11 号: 3 ページ: 577-592
- DOI
  10.1002/acn3.51977
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18260, KAKENHI-PROJECT-22K12241, KAKENHI-PROJECT-21K07411
[雑誌論文] A novel variant in the transmembrane 4 domain of ANO3 identified in a two-year-old girl with developmental delay and tremor2022
- 著者名/発表者名
  Aihara Yu、Shirota Matsuyuki、Kikuchi Atsuo、Katata Yu、Abe Yu、Niihori Tetsuya、Funayama Ryo、Nakayama Keiko、Aoki Yoko、Kure Shigeo
- 雑誌名
  
  Journal of Human Genetics
  
  巻: 68 号: 1 ページ: 51-54
- DOI
  10.1038/s10038-022-01082-5
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K12241, KAKENHI-PROJECT-21H02458
[雑誌論文] Novel<i>POLE</i>mutations identified in patients with IMAGE-I syndrome cause aberrant subcellular localisation and protein degradation in the nucleus2022
- 著者名/発表者名
  Nakano Tomohiro、Sasahara Yoji、Kikuchi Atsuo、Moriya Kunihiko、Niizuma Hidetaka、Niihori Tetsuya、Shirota Matsuyuki、Funayama Ryo、Nakayama Keiko、Aoki Yoko、Kure Shigeo
- 雑誌名
  
  Journal of Medical Genetics
  
  巻: 59 号: 11 ページ: 1116-1122
- DOI
  10.1136/jmedgenet-2021-108300
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K07791, KAKENHI-PROJECT-22K12241
[雑誌論文] Current status and future perspectives of the evaluation of missense variants by using three-dimensional structures of proteins2022
- 著者名/発表者名
  Shirota Matsuyuki、Kinoshita Kengo
- 雑誌名
  
  Biophysics and Physicobiology
  
  巻: 19 号: 0 ページ: n/a
- DOI
  10.2142/biophysico.bppb-v19.0023
- ISSN
  2189-4779
- 言語
  英語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K12241
[雑誌論文] BRCA1/ATF1-mediated transactivation is involved in resistance to PARP inhibitors and cisplatin2021
- 著者名/発表者名
  Endo S, Yoshino Y, Shirota M, Watanabe G, and Chiba N
- 雑誌名
  
  Cancer Research Communications
  
  巻: 1(2) 号: 2 ページ: 90-105
- DOI
  10.1158/2767-9764.crc-21-0064
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H03493
[雑誌論文] Metabolic and pathologic profiles of human LSS deficiency recapitulated in mice2020
- 著者名/発表者名
  Wada Yoichi、Kikuchi Atsuo、Kaga Akimune、Shimizu Naoki、Ito Junya、Onuma Ryo、Fujishima Fumiyoshi、Totsune Eriko、Sato Ryo、Niihori Tetsuya、Shirota Matsuyuki、Funayama Ryo、Sato Kota、Nakazawa Toru、Nakayama Keiko、Aoki Yoko、Aiba Setsuya、Nakagawa Kiyotaka、Kure Shigeo
- 雑誌名
  
  PLOS Genetics
  
  巻: 16 号: 2 ページ: e1008628-e1008628
- DOI
  10.1371/journal.pgen.1008628
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-18H04795, KAKENHI-PROJECT-17H04035, KAKENHI-PROJECT-17K10044, KAKENHI-PROJECT-18K19281
[雑誌論文] Biallelic variants/mutations of IL1RAP in patients with steroid-sensitive nephrotic syndrome2019
- 著者名/発表者名
  Niitsuma Sou、Kudo Hiroki、Kikuchi Atsuo、Hayashi Takaya、Kumakura Satoshi、Kobayashi Shuhei、Okuyama Yuko、Kumagai Naonori、Niihori Tetsuya、Aoki Yoko、So Takanori、Funayama Ryo、Nakayama Keiko、Shirota Matsuyuki、Kondo Shuji、Kagami Shoji、Tsukaguchi Hiroyasu、Iijima Kazumoto、Kure Shigeo、Ishii Naoto
- 雑誌名
  
  International Immunology
  
  巻: 32 号: 4 ページ: 283-292
- DOI
  10.1093/intimm/dxz081
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K09719, KAKENHI-PUBLICLY-18H04795, KAKENHI-PROJECT-17H04035, KAKENHI-PROJECT-18H02572, KAKENHI-PROJECT-17K08875, KAKENHI-PROJECT-18K19281, KAKENHI-PROJECT-19H03612, KAKENHI-PROJECT-18KK0244
[雑誌論文] Cancer‐associated fibroblasts secrete Wnt2 to promote cancer progression in colorectal cancer2019
- 著者名/発表者名
  Aizawa Takashi、Karasawa Hideaki、Funayama Ryo、Shirota Matsuyuki、Suzuki Takashi、Maeda Shimpei、Suzuki Hideyuki、Yamamura Akihiro、Naitoh Takeshi、Nakayama Keiko、Unno Michiaki
- 雑誌名
  
  Cancer Medicine
  
  巻: 8 号: 14 ページ: 6370-6382
- DOI
  10.1002/cam4.2523
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K09065, KAKENHI-PROJECT-19K09188, KAKENHI-PUBLICLY-18H04795, KAKENHI-PROJECT-17H04035, KAKENHI-PROJECT-18K19281
[雑誌論文] Recurrent de novo MAPK8IP3 variants cause neurological phenotypes2019
- 著者名/発表者名
  Iwasawa Shinya、Yanagi Kumiko、Kikuchi Atsuo、Kobayashi Yasuko、Haginoya Kazuhiro、Matsumoto Hiroshi、Kurosawa Kenji、Ochiai Masayuki、Sakai Yasunari、Fujita Atsushi、Miyake Noriko、Niihori Tetsuya、ら
- 雑誌名
  
  Annals of Neurology
  
  巻: －号: 6 ページ: 927-933
- DOI
  10.1002/ana.25481
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K10045, KAKENHI-PROJECT-18K07863, KAKENHI-PROJECT-18K19281, KAKENHI-PUBLICLY-18H04795, KAKENHI-PROJECT-17H04035, KAKENHI-PROJECT-19K08281, KAKENHI-PROJECT-19K08289, KAKENHI-PROJECT-17H01539
[雑誌論文] Detection of NRAS mutation in cell-free DNA biological fluids from patients with kaposiform lymphangiomatosis2019
- 著者名/発表者名
  Ozeki Michio、Aoki Yoko、Nozawa Akifumi、Yasue Shiho、Endo Saori、Hori Yumiko、Matsuoka Kentaro、Niihori Tetsuya、Funayama Ryo、Shirota Matsuyuki、Nakayama Keiko、Fukao Toshiyuki
- 雑誌名
  
  Orphanet Journal of Rare Diseases
  
  巻: 14 号: 1 ページ: 215-215
- DOI
  10.1186/s13023-019-1191-5
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-18H04795, KAKENHI-PROJECT-17H04035, KAKENHI-PROJECT-18K19281, KAKENHI-PROJECT-18K15704
[雑誌論文] Germline-Activating RRAS2 Mutations Cause Noonan Syndrome2019
- 著者名/発表者名
  Niihori Tetsuya、Nagai Koki、Fujita Atsushi、Ohashi Hirofumi、Okamoto Nobuhiko、Okada Satoshi、Harada Atsuko、Kihara Hirotaka、Arbogast Thomas、Funayama Ryo、Shirota Matsuyuki、Nakayama Keiko、Abe Taiki、Inoue Shin-ichi、Tsai I-Chun、Matsumoto Naomichi、Davis Erica E.、Katsanis Nicholas、Aoki Yoko
- 雑誌名
  
  The American Journal of Human Genetics
  
  巻: 104 号: 6 ページ: 1233-1240
- DOI
  10.1016/j.ajhg.2019.04.014
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18KK0228, KAKENHI-PUBLICLY-18H04795, KAKENHI-PROJECT-17H01539, KAKENHI-PROJECT-17H04035, KAKENHI-PROJECT-19H03620, KAKENHI-PROJECT-17K10045, KAKENHI-PROJECT-18K19281, KAKENHI-PROJECT-18K15657, KAKENHI-PROJECT-17H04223
[雑誌論文] Rett-like features and cortical visual impairment in a Japanese patient with HECW2 mutation2018
- 著者名/発表者名
  Nakamura Haruhiko、Uematsu Mitsugu、Numata-Uematsu Yurika、Abe Yu、Endo Wakaba、Kikuchi Atsuo、Takezawa Yusuke、Funayama Ryo、Shirota Matsuyuki、Nakayama Keiko、Niihori Tetsuya、Aoki Yoko、Haginoya Kazuhiro、Kure Shigeo
- 雑誌名
  
  Brain Dev
  
  巻: 40 号: 5 ページ: 410-414
- DOI
  10.1016/j.braindev.2017.12.015
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04035
[雑誌論文] BRCA1-interacting protein OLA1 requires interaction with BARD1 to regulate centrosome number.2018
- 著者名/発表者名
  Yoshino Y, Qi H, Fujita H, Shirota M, Abe S, Komiyama Y, Shindo K, Nakayama M, Matsuzawa A, Kobayashi A, Ogoh H, Watanabe T, Ishioka C and Chiba N.
- 雑誌名
  
  Molecular Cancer Research
  
  巻: 6(10) 号: 10 ページ: 1499-1511
- DOI
  10.1158/1541-7786.mcr-18-0269
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04690, KAKENHI-PROJECT-16K07296
[雑誌論文] Bone marrow PDGFRa+Sca-1+ enriched mesenchymal stem cells support survival of and antibody production by plasma cells in vitro through IL-6.2018
- 著者名/発表者名
  Atsuko Kayaba, Ari Itoh-Nakadai, Kunimichi Niibe, Matsuyuki Shirota, Ryo Funayama, Akiko Sugahara-Tobinai, Yi Li Wong, Masanori Inui, Keiko Nakayama, and Toshiyuki Takai.
- 雑誌名
  
  Int Immu
  
  巻: in press 号: 6 ページ: 241-253
- DOI
  10.1093/intimm/dxy018
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K19539, KAKENHI-PROJECT-17K15714, KAKENHI-PROJECT-17H04035, KAKENHI-PROJECT-15KK0328, KAKENHI-PROJECT-17K08874, KAKENHI-PROJECT-16K20480
[雑誌論文] Efficacy and safety of gemcitabine plus docetaxel in Japanese patients with unresectable or recurrent bone and soft tissue sarcoma: Results from a single-institutional analysis.2017
- 著者名/発表者名
  Takahashi M, Komine K, Imai H, Okada Y, Saijo K, Takahashi M, Shirota H, Ohori H, Takahashi S, Chiba N, Mori T, Shimodaira H, Ishioka C.
- 雑誌名
  
  PLoS One.
  
  巻: 12(5) 号: 5 ページ: e0176972-e0176972
- DOI
  10.1371/journal.pone.0176972
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07106, KAKENHI-PROJECT-16H04690, KAKENHI-PROJECT-15K08962, KAKENHI-PROJECT-16K10488
[雑誌論文] Lack of Transcription Triggers H3K27me3 Accumulation in the Gene Body.2016
- 著者名/発表者名
  Hosogane, M., Funayama, R., Shirota, M., Nakayama, K.
- 雑誌名
  
  Cell Rep.
  
  巻: 16 号: 3 ページ: 696-706
- DOI
  10.1016/j.celrep.2016.06.034
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26293059, KAKENHI-PROJECT-15K18453
[学会発表] Current status of the availability of three-dimensional structures for interpretation of missense variants in human genome2022
- 著者名/発表者名
  Matsuyuki Shirota
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K12241
[学会発表] Comprehensive and Up-to-date Annotation of Nonsynonymous Single Nucleotide Variants of Human Genome with Protein Structure Information2020
- 著者名/発表者名
  Matsuyuki Shirota
- 学会等名
  第20回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06194
[学会発表] マイクロエクソンの発現と調節に関する情報解析2019
- 著者名/発表者名
  城田松之
- 学会等名
  次世代脳冬のシンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H04891
[学会発表] RNA-seqデータを用いた選択的マイクロエクソンの構造・機能解析2019
- 著者名/発表者名
  城田松之
- 学会等名
  日本分子生物学会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H04891
[学会発表] Analysis on nonsynonymous variations with possible structural and functional impact on loss-of-function intolerant proteins2019
- 著者名/発表者名
  Matsuyuki Shirota
- 学会等名
  ISMB 2019
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06194
[学会発表] Development of a genome annotation system based on protein three-dimensional structures2018
- 著者名/発表者名
  Matsuyuki Shirota
- 学会等名
  ISMB2018
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06194
[学会発表] 蛋白質立体構造と機能に影響しうるゲノムバリアントの選択と解析2018
- 著者名/発表者名
  城田松之
- 学会等名
  日本生物物理学会第56回年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06194
[学会発表] 蛋白質立体構造を用いたゲノムバリアントのアノテーション法の開発と日本人集団バリアントへの応用2018
- 著者名/発表者名
  城田松之
- 学会等名
  第41回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06194
[学会発表] Development of genome variant annotation system with protein 3D structures and applications to variants in Japanese population2018
- 著者名/発表者名
  Matsuyuki Shirota
- 学会等名
  第 7 回生命医薬情報学連合大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06194
[学会発表] Regulation and structure-function relationship of alternative microexons in proteins2017
- 著者名/発表者名
  Matsuyuki Shirota
- 学会等名
  第17回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16142
[学会発表] Structural and functional analysis of alternative microexons of proteins observed in RNA-seq studies.2017
- 著者名/発表者名
  Matsuyuki Shirota
- 学会等名
  ISMB/ECCB2017
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16142
[学会発表] Population genomics and structural bioinformatics: an analysis of missense variants in a Japanese cohort based on protein structures2017
- 著者名/発表者名
  Matsuyuki Shirota
- 学会等名
  2nd Karolinska-Tohoku Joint Symposium on Medical Sciences
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16142
[学会発表] NGSで見つかる選択的マイクロエクソンとタンパク質構造・機能への影響2017
- 著者名/発表者名
  城田松之
- 学会等名
  NGS現場の回第五回研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16142
[学会発表] Annotation of missense genomic variations based on various protein 3D structures2017
- 著者名/発表者名
  Matsuyuki Shirota
- 学会等名
  日本生物物理学会第55回年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16142
[学会発表] Cold adaptation of organisms and the evolution of protein sequences2016
- 著者名/発表者名
  城田松之
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会
- 発表場所
  つくば国際会議場（つくば市）
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16142
[学会発表] Discrepancies between human reference genome, mRNA and protein sequences and their relation to single nucleotide variants2016
- 著者名/発表者名
  Matsuyuki Shirota and Kengo Kinoshita
- 学会等名
  第５回生命医薬情報学連合大会
- 発表場所
  東京国際交流館プラザ平成（江東区）
- 年月日
  2016-09-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16142
[学会発表] pdbBAM: a comprehensive mapping of Protein Data Bank proteins on the human genome.2015
- 著者名/発表者名
  Matsuyuki Shirota
- 学会等名
  ISMB/ECCB2015
- 発表場所
  Dublin, Ireland
- 年月日
  2015-07-14
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26730148
[学会発表] 埋もれた極性残基の進化的保存．2015
- 著者名/発表者名
  城田松之
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会
- 発表場所
  金沢市，金沢大学角間キャンパス
- 年月日
  2015-09-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26730148
[学会発表] 蛋白質における埋もれた極性残基の進化的保存2015
- 著者名/発表者名
  城田松之
- 学会等名
  CPS研究会2015
- 発表場所
  雄琴市，湯の宿木もれび
- 年月日
  2015-09-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26730148
[学会発表] 蛋白質における埋もれた極性残基の構造と置換パターンの網羅的解析2014
- 著者名/発表者名
  Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita
- 学会等名
  第52回日本生物物理学会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター（札幌市）
- 年月日
  2014-09-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26730148
[]

1. 中山啓子 (60294972)

共同の研究課題数: 4件

共同の研究成果数: 4件
2. 舟山亮 (20452295)

共同の研究課題数: 4件

共同の研究成果数: 2件
3. 千葉奈津子 (50361192)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 2件
4. 吉野優樹 (60755700)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 2件
5. 細金正樹 (30734347)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 1件
6. 渡部剛 (70451573)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 1件
7. 渡邊利雄 (60201208)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 中川直 (30707013)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 大塚慧 (20772437)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 方震宙 (40963806)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
11. 鈴木直輝

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
12. 新堀哲也

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
13. 岡田賢

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
14. 塚口裕康

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
15. 鈴木貴

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
16. 城田英和

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
17. 藤田京志

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
18. 渡辺利雄

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
19. 森谷邦彦

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
20. 青木正志

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
21. 割田仁

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
22. 高井俊行

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

城田 松之 SHIROTA Matsuyuki

研究課題

研究成果

共同研究者

進化情報と立体構造を統合した深層学習による制御領域バリアントの効果予測研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

DNA・RNA-タンパク質複合体構造に基づくゲノム制御領域変異の効果予測と検証研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

中心体異常とDNA損傷によるゲノム不安定性を標的とする新しいがん治療法の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

マイクロエクソンに注目した脳と個性の発現に関する多階層情報解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

がんの中心体制御異常の統合的理解による新たな中心体標的療法の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

蛋白質立体構造を用いたゲノム塩基配列変化の機能解析のための情報科学的基盤の構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

過剰な遺伝子増幅を誘導するシグナル経路を明らかにする

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ヒストンコードによる転写伸長速度制御機構の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

新規BRCA1結合分子のゲノム安定性維持機構の解明とがん治療法の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

DNA複製による転写とエピゲノム状態の制御の可能性について

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

大規模シミュレーションとデータベース解析に基づく蛋白質立体構造予測改良法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

H3K27ヒストン修飾によるエンハンサー制御機構の解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

蛋白質における埋もれた極性残基の機能評価のためのデータベース構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

城田松之 SHIROTA Matsuyuki