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小田 隆  Oda Takashi

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 00573164
その他のID
所属 (現在) 2025年度: 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構, J-PARCセンター, 研究職
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2024年度: 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構, J-PARCセンター, 研究職
2023年度: 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構, 原子力科学研究部門 J-PARCセンター, 研究職
2020年度 – 2022年度: 立教大学, 理学部, 助教
2018年度 – 2019年度: 横浜市立大学, 生命医科学研究科, 特任助教
2015年度: 横浜市立大学, 大学院生命医科学研究科, 特任助教
2013年度 – 2015年度: 横浜市立大学, 生命医科学研究科, 特任助教
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分43040:生物物理学関連 / 小区分43020:構造生物化学関連 / 生物系
研究代表者以外
小区分43020:構造生物化学関連 / 大区分B / 生物物理学
キーワード
研究代表者
天然変性 / 古細菌 / 分子動力学計算 / X線小角散乱 / 中性子 / 小角散乱 / 高速原子間力顕微鏡(HS-AFM) / 分子動力学シミュレーション(MD) / 核磁気共鳴分光法(NMR) / X線小角散乱(SAXS) … もっと見る / 高速AFM / NMR / 高速原子間力顕微鏡 / 構造生物学 / SAXS / 天然変性タンパク質 / クロマチン … もっと見る
研究代表者以外
分子動力学計算 / 蛋白質ダイナミクス / 租視化分子動力学計算 / 中性子準弾性散乱 / MD連携解析 / 蛋白質階層間連携ダイナミクス / 蛋白質重水素化 / 階層関連ダイナミクス / ドメイン選択重水素化 / 新世代中性子構造生物学 / 計算機連携解析 / ドメインライゲーション / タンパク質重水素化 / 中性子溶液散乱 / 階層間連携ダイナミクス / 分子動力学シミュレーション / 重水素化 / 生体高分子ダイナミクス / 中性子散乱 / 複合体 / Cタンパク質 / パラミクソウイルス / two hybrid解析 / X線結晶構造解析 / サイトカイン / 自然免疫 / 新規標的因子 / C蛋白質 / センダイウイルス / セグメント重水素化 / 中性子小角散乱 / 天然変性タンパク質 / 粗視化モデル / セントロメア / ヌクレオソーム / クロマチン / 小角散乱 / 溶液散乱 隠す
  • 研究課題

    (7件)
  • 研究成果

    (74件)
  • 共同研究者

    (24人)
  •  超好熱性古細菌由来Hefの天然変性領域の高温下でのコンパクト化研究代表者

    • 研究代表者
      小田 隆
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2026
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43040:生物物理学関連
    • 研究機関
      国立研究開発法人日本原子力研究開発機構
  •  新規標的因子が関わるパラミクソウイルスC蛋白質の機能とその分子基盤, 病原性解明

    • 研究代表者
      小田 康祐
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43020:構造生物化学関連
    • 研究機関
      広島大学
  •  配列が著しく異なる2つの天然変性タンパク質に共通する構造と機能の解明研究代表者

    • 研究代表者
      小田 隆
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2023
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43020:構造生物化学関連
    • 研究機関
      国立研究開発法人日本原子力研究開発機構
      立教大学
  •  セグメント重水素化中性子散乱法による天然変性タンパク質の動的構造解析

    • 研究代表者
      佐藤 衛
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2020
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分43020:構造生物化学関連
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  新世代中性子構造生物学の開拓

    • 研究代表者
      杉山 正明
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(S)
    • 審査区分
      大区分B
    • 研究機関
      京都大学
  •  X線小角散乱を用いた再構成クロマチンの動的構造解析研究代表者

    • 研究代表者
      小田 隆
    • 研究期間 (年度)
      2014 – 2015
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  X線及び中性子溶液散乱法による高次ヌクレオソーム複合体の動態構造解析

    • 研究代表者
      佐藤 衛
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2015
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      横浜市立大学

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すべて 雑誌論文 学会発表

  • [雑誌論文] Dynamic Solution Structures of Whole Human NAP1 Dimer Bound to One and Two Histone H2A-H2B Heterodimers Obtained by Integrative Methods2023

    • 著者名/発表者名
      Ohtomo Hideaki、Yamane Tsutomu、Oda Takashi、Kodera Noriyuki、Kurita Jun-ichi、Tsunaka Yasuo、Amyot Romain、Ikeguchi Mitsunori、Nishimura Yoshifumi
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 435 号: 15 ページ: 168189-168189

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2023.168189

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22KF0153, KAKENHI-PROJECT-20K06527, KAKENHI-PROJECT-20H00327
  • [雑誌論文] Time-resolved study on signaling pathway of photoactivated adenylate cyclase and its nonlinear optical response2023

    • 著者名/発表者名
      Nakasone Yusuke、Murakami Hiroto、Tokonami Shunrou、Oda Takashi、Terazima Masahide
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 299 号: 11 ページ: 105285-105285

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.105285

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06527, KAKENHI-PROJECT-23K21099
  • [雑誌論文] Internal dynamics of multidomain protein as revealed by an optimized neutron spin echo measurement and all-atom molecular dynamics simulation2023

    • 著者名/発表者名
      Inoue Rintaro、Oroguchi Tomotaka、Oda Takashi、Farago Bela、Martel Anne、Porcar Lionel、Sato Mamoru、Sugiyama Masaaki
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 5 号: 4 ページ: 043154-043154

    • DOI

      10.1103/physrevresearch.5.043154

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06527, KAKENHI-PROJECT-21K03489, KAKENHI-PROJECT-19KK0071
  • [雑誌論文] Crystal structure of O‐ureidoserine racemase found in the D‐cycloserine biosynthetic pathway2022

    • 著者名/発表者名
      Oda Kosuke、Sakaguchi Takemasa、Matoba Yasuyuki
    • 雑誌名

      Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

      巻: 90 号: 4 ページ: 912-918

    • DOI

      10.1002/prot.26290

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06507, KAKENHI-PROJECT-20K05715
  • [雑誌論文] Biochemical analysis of the replication initiator protein of staphylococcal plasmid pC1942022

    • 著者名/発表者名
      Maekawa Michinari、Oda Takashi、Hanai Ryo
    • 雑誌名

      Biochimie

      巻: 202 ページ: 85-93

    • DOI

      10.1016/j.biochi.2022.08.011

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H05229
  • [雑誌論文] Catalytic mechanism of DcsB: Arginase framework used for hydrolyzing its inhibitor2022

    • 著者名/発表者名
      Oda Kosuke, Sakaguchi Takemasa, Matoba Yasuyuki
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 31 号: 6

    • DOI

      10.1002/pro.4338

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K05715, KAKENHI-PROJECT-20K06507
  • [雑誌論文] Data Collection for Dilute Protein Solutions via a Neutron Backscattering Spectrometer2022

    • 著者名/発表者名
      Taiki Tominaga, Hiroshi Nakagawa, Masae Sahara, Takashi Oda, Rintaro Inoue and Masaaki Sugiyama
    • 雑誌名

      Life

      巻: 12 号: 5 ページ: 675-675

    • DOI

      10.3390/life12050675

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06527, KAKENHI-PROJECT-19KK0071, KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-20H02944, KAKENHI-PROJECT-20K06579, KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Ethanol susceptibility of SARS-CoV-2 and other enveloped viruses2021

    • 著者名/発表者名
      Nomura Toshihito、Nazmul Tanuza、Yoshimoto Reiko、Higashiura Akifumi、Oda Kosuke、Sakaguchi Takemasa
    • 雑誌名

      Biocontrol Science

      巻: -

    • DOI

      10.21203/rs.3.rs-379468/v1

    • NAID

      130008091354

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06507
  • [雑誌論文] The basicity of an active-site water molecule discriminates between tyrosinase and catechol oxidase activity.2021

    • 著者名/発表者名
      Yasuyuki Matoba, Kosuke Oda, Yoshimi Muraki, Taro Masuda
    • 雑誌名

      International Journal of Biological Macromolecules

      巻: 183 ページ: 1861-1870

    • DOI

      10.1016/j.ijbiomac.2021.05.206

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K06221, KAKENHI-PROJECT-20K05715, KAKENHI-PROJECT-20K06507
  • [雑誌論文] Ethanol Susceptibility of SARS-CoV-2 and Other Enveloped Viruses2021

    • 著者名/発表者名
      NOMURA TOSHIHITO、NAZMUL TANUZA、YOSHIMOTO REIKO、HIGASHIURA AKIFUMI、ODA KOSUKE、SAKAGUCHI TAKEMASA
    • 雑誌名

      Biocontrol Science

      巻: 26 号: 3 ページ: 177-180

    • DOI

      10.4265/bio.26.177

    • NAID

      130008091354

    • ISSN
      1342-4815, 1884-0205
    • 言語
      英語
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06507
  • [雑誌論文] Lectins engineered to favor a glycan-binding conformation have enhanced antiviral activity2021

    • 著者名/発表者名
      Matoba Yasuyuki、Sato Yuichiro、Oda Kosuke、Hatori Yuta、Morimoto Kinjiro
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: - ページ: 100698-100698

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.100698

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K05715, KAKENHI-PROJECT-20K06507
  • [雑誌論文] C9orf72-derived arginine-rich poly-dipeptides impede phase modifiers2021

    • 著者名/発表者名
      Nanaura Hitoki、Aiba Yuichiro、Nakanishi Mari、Shiota Tomo、Hibino Masaki、Kikuchi Sotaro、Nagata Riko、Morikawa Naritaka、Iguchi Naohiko、Kiriyama Takao、Nagamori Shushi、Sugie Kazuma、Saio Tomohide、Yoshizawa Takuya、Mori Eiichiro et al.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 5301-5301

    • DOI

      10.1038/s41467-021-25560-0

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K07978, KAKENHI-PROJECT-19K16060, KAKENHI-PROJECT-20K16583, KAKENHI-PROJECT-18H03984, KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-20H00327, KAKENHI-PROJECT-20H03199, KAKENHI-PROJECT-20K06493, KAKENHI-PROJECT-20K06527, KAKENHI-PROJECT-20K06569, KAKENHI-PROJECT-20K06579, KAKENHI-PROJECT-21K15032, KAKENHI-PROJECT-19KK0071, KAKENHI-PROJECT-22KJ0024, KAKENHI-PLANNED-20H05925, KAKENHI-PROJECT-19H05648
  • [雑誌論文] Structural Insight into the Interaction of Sendai Virus C Protein with Alix To Stimulate Viral Budding2021

    • 著者名/発表者名
      Oda Kosuke、Matoba Yasuyuki、Sugiyama Masanori、Sakaguchi Takemasa
    • 雑誌名

      Journal of Virology

      巻: 95 号: 19

    • DOI

      10.1128/jvi.00815-21

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K05715, KAKENHI-PROJECT-20K06507
  • [雑誌論文] Structural and dynamics analysis of intrinsically disordered proteins by high-speed atomic force microscopy2020

    • 著者名/発表者名
      Kodera Noriyuki、Noshiro Daisuke、Dora Sujit K.、Mori Tetsuya、Habchi Johnny、Blocquel David、Gruet Antoine、Dosnon Marion、Salladini Edoardo、Bignon Christophe、Fujioka Yuko、Oda Takashi、Noda Nobuo N.、Sato Mamoru、Lotti Marina、Mizuguchi Mineyuki、Longhi Sonia、Ando Toshio
    • 雑誌名

      Nature Nanotechnology

      巻: 16 号: 2 ページ: 181-189

    • DOI

      10.1038/s41565-020-00798-9

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06527, KAKENHI-PROJECT-20K06567, KAKENHI-PROJECT-19K16344, KAKENHI-PLANNED-19H05707, KAKENHI-PROJECT-17H06121, KAKENHI-PROJECT-20H00327, KAKENHI-PROJECT-18H02391
  • [雑誌論文] Crystal structure of an Nω-hydroxy-L-arginine hydrolase found in the D-cycloserine biosynthetic pathway2020

    • 著者名/発表者名
      Oda Kosuke、Shimotani Natsuki、Kuroda Teruo、Matoba Yasuyuki
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section D Structural Biology

      巻: 76 号: 6 ページ: 506-514

    • DOI

      10.1107/s2059798320004908

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K05715, KAKENHI-PROJECT-20K06507
  • [雑誌論文] Serine 298 Phosphorylation in Linker 2 of UHRF1 Regulates Ligand-Binding Property of Its Tandem Tudor Domain2020

    • 著者名/発表者名
      Kori Satomi、Jimenji Tomohiro、Ekimoto Toru、Sato Miwa、Kusano Fumie、Oda Takashi、Unoki Motoko、Ikeguchi Mitsunori、Arita Kyohei
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 432 号: 14 ページ: 4061-4075

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2020.05.006

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06527, KAKENHI-ORGANIZER-19H05739, KAKENHI-PLANNED-19H05741, KAKENHI-PROJECT-18H02391, KAKENHI-PROJECT-18H02392, KAKENHI-PROJECT-19J22030
  • [雑誌論文] Dynamics of proteins with different molecular structures under solution condition2020

    • 著者名/発表者名
      Inoue Rintaro、Oda Takashi、Nakagawa Hiroshi、Tominaga Taiki、Saio Tomohide、Kawakita Yukinobu、Shimizu Masahiro、Okuda Aya、Morishima Ken、Sato Nobuhiro、Urade Reiko、Sato Mamoru、Sugiyama Masaaki
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 21678-21678

    • DOI

      10.1038/s41598-020-78311-4

    • NAID

      120007193758

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06527, KAKENHI-PROJECT-20K06579, KAKENHI-PROJECT-19KK0071, KAKENHI-PLANNED-18H05534, KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-18H02391, KAKENHI-PROJECT-20H02944, KAKENHI-PROJECT-19K16088, KAKENHI-PUBLICLY-19H04945
  • [雑誌論文] Catalytic specificity of the Lactobacillus plantarum cystathionine γ-lyase presumed by the crystallographic analysis2020

    • 著者名/発表者名
      Matoba Yasuyuki、Noda Masafumi、Yoshida Tomoki、Oda Kosuke、Ezumi Yuka、Yasutake Chiaki、Izuhara-Kihara Hisae、Danshiitsoodol Narandarai、Kumagai Takanori、Sugiyama Masanori
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 14886-14886

    • DOI

      10.1038/s41598-020-71756-7

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K05715, KAKENHI-PROJECT-20K06507
  • [雑誌論文] 検出技術:天然変性蛋白質の構造生物学2020

    • 著者名/発表者名
      小田 隆、齋尾智英
    • 雑誌名

      生物工学

      巻: 98

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H05229
  • [雑誌論文] Calcium sensing via EF-hand 4 enables thioredoxin activity in the sensor-responder protein calredoxin in the green alga Chlamydomonas reinhardtii2019

    • 著者名/発表者名
      Charoenwattanasatien Ratana、Zinzius Karen、Scholz Martin、Wicke Susann、Tanaka Hideaki、Brandenburg Johann S.、Marchetti Giulia M.、Ikegami Takahisa、Matsumoto Takashi、Oda Takashi、Sato Mamoru、Hippler Michael、Kurisu Genji
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 295 号: 1 ページ: 170-180

    • DOI

      10.1074/jbc.ra119.008735

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-16H06560, KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-16K14683
  • [雑誌論文] Structure of the UHRF1 Tandem Tudor Domain Bound to a Methylated Non-histone Protein, LIG1, Reveals Rules for Binding and Regulation2019

    • 著者名/発表者名
      Kori, S. Ferry, L. Matano, S. Jimenji, T. Kodera, N. Tsusaka, T. Matsumura, R. Oda, T. Sato, M. Dohmae, N. Ando, T. Shinkai, Y. Defossez, P. A. Arita, K.
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 27 号: 3 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1016/j.str.2018.11.012

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K19345, KAKENHI-PLANNED-18H05530, KAKENHI-PLANNED-26119003, KAKENHI-PROJECT-18H02391, KAKENHI-PROJECT-18H02392, KAKENHI-PROJECT-18H03991
  • [雑誌論文] Cooperative DNA Binding of the Plasmid Partitioning Protein TubR from the Bacillus cereus pXO1 Plasmid2018

    • 著者名/発表者名
      I. Hayashi, T. Oda, M. Sato, S. Fuchigami
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol.

      巻: 430 号: 24 ページ: 5015-5028

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2018.11.001

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H02391
  • [雑誌論文] Extended string-like binding of the phosphorylated HP1α N-terminal tail to the lysine 9-methylated histone H3 tail.2016

    • 著者名/発表者名
      Shimojo H, Kawaguchi A, Oda T, Hashiguchi N, Omori S, Moritsugu K, Kidera A, Hiragami-Hamada K, Nakayama J, Sato M, Nishimura Y.
    • 雑誌名

      Sci Rep.

      巻: 6 号: 1 ページ: 22527-22527

    • DOI

      10.1038/srep22527

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-23114001, KAKENHI-PLANNED-23114005, KAKENHI-PUBLICLY-26116519, KAKENHI-PROJECT-25291037
  • [雑誌論文] A novel 3' splice site recognition by the two zinc fingers in the U2AF small subunit.2015

    • 著者名/発表者名
      Yoshida H, Park S-Y, Oda T, Akiyoshi T, Sato M, Shirouzu M, Tsuda K, Kuwasako K, Unzai S, Muto Y, Urano T, Obayashi E.
    • 雑誌名

      Genes Dev.

      巻: 29 号: 15 ページ: 1649-1660

    • DOI

      10.1101/gad.267104.115

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K06980, KAKENHI-PROJECT-15K06982, KAKENHI-PROJECT-15K18499, KAKENHI-PUBLICLY-26116519, KAKENHI-PROJECT-25291016, KAKENHI-PROJECT-25291037
  • [雑誌論文] Molecular basis for SMC rod formation and its dissolution upon DNA binding2015

    • 著者名/発表者名
      Y. Soh, F. Bürmann, H. Shin, T. Oda, K. S. Jin, C. P. Toseland, C. Kim, H. Lee, S. J. Kim, M. Kong, M. Durand-Diebold, Y. Kim, H. M. Kim, N. K. Lee, M. Sato, B. Oh, S. Gruber
    • 雑誌名

      Mol. Cell

      巻: 57 号: 2 ページ: 290-303

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2014.11.023

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291037, KAKENHI-PUBLICLY-26116519
  • [雑誌論文] 小角散乱と結晶構造の複合構造解析2014

    • 著者名/発表者名
      小田隆、橋本博
    • 雑誌名

      日本結晶学会誌

      巻: 56 ページ: 247-252

    • NAID

      130004688357

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-26116519
  • [雑誌論文] Distinct features of the histone core structure in nucleosomes containing the histone H2A.B variant.2014

    • 著者名/発表者名
      Sugiyama M, Arimura Y, Shirayama K, Fujita R, Oba Y, Sato N, Inoue R, Oda T, Sato M, Heenan RK, Kurumizaka H.
    • 雑誌名

      Biophys J.

      巻: 106 号: 10 ページ: 2206-2213

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2014.04.007

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13J03931, KAKENHI-ORGANIZER-21113001, KAKENHI-PLANNED-25116002, KAKENHI-PROJECT-25291037, KAKENHI-PUBLICLY-26116509, KAKENHI-PUBLICLY-26116519
  • [雑誌論文] A structure-based model of substrate discrimination by a non-canonical PDZ tandem in the intramembrane-cleaving protease RseP.2014

    • 著者名/発表者名
      檜作 洋平, 小田 隆, 田畑 早苗, 川上-田村 恵子, 大井 里香, 佐藤 衛, 高木 淳一, 秋山 芳展, 禾 晃和
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 22 号: 2 ページ: 326-336

    • DOI

      10.1016/j.str.2013.12.003

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-12J05188, KAKENHI-PLANNED-21113002, KAKENHI-ORGANIZER-24111001, KAKENHI-PLANNED-24111006, KAKENHI-PROJECT-24370054, KAKENHI-PROJECT-25291037
  • [雑誌論文] Structural basis of a nucleosome containing histone H2A. B/H2A. Bbd that transiently associates with reorganized chromatin.2013

    • 著者名/発表者名
      Arimura Y., Kimura H., Oda T., Sato K., Osakabe A., Tachiwana H., Sato Y., Kinugasa Y., Ikura T., Sugiyama M., Sato M., Kurumizaka H.
    • 雑誌名

      Sci Rep.

      巻: 3 号: 1 ページ: 3510-3510

    • DOI

      10.1038/srep03510

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13J03931, KAKENHI-ORGANIZER-21113001, KAKENHI-PLANNED-21113002, KAKENHI-PLANNED-22131004, KAKENHI-PROJECT-23510061, KAKENHI-PLANNED-25116002, KAKENHI-PLANNED-25116005, KAKENHI-PUBLICLY-25118714, KAKENHI-PUBLICLY-25131720, KAKENHI-PROJECT-25291037, KAKENHI-PROJECT-25650009
  • [学会発表] X線/中性子散乱によるマルチドメインタンパク質Hefの構造/ダイナミクス研究2024

    • 著者名/発表者名
      小田 隆, 井上 倫太郎, 守島 健, 會澤 直樹, 富永 大輝, 中川 洋1, 大井 里香, 石野 園子, 石野 良純, 奥 隆之, 佐藤 衛, 杉山 正明
    • 学会等名
      2023年度量子ビームサイエンスフェスタ,第15回 MLFシンポジウム, 第41回PFシンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06527
  • [学会発表] 区分重水素化タンパク質を用いた中性子小角散乱解析2023

    • 著者名/発表者名
      小田 隆, 井上 倫太郎, 守島 健, 會澤 直樹, 大井 里香, 石野 良純, 奥 隆之, 佐藤 衛, 杉山 正明.
    • 学会等名
      日本中性子科学会第23回年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06527
  • [学会発表] Analysis of flexible structure of multi-domain protein by SANS using segment deuteration technique.2023

    • 著者名/発表者名
      Takashi Oda, Rintaro Inoue, Ken Morishima, Rika Oi, Yoshizumi Ishino, Mamoru Sato, Masaaki Sugiyama.
    • 学会等名
      Twenty-Sixth Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography.
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06527
  • [学会発表] X線小角散乱と計算科学を用いた統合的解析による天然変性タンパク質の動的構造と機能の理解2022

    • 著者名/発表者名
      小田 隆, 大井里香, 古寺哲幸, 安藤敏夫, 小沼 剛, 菅瀬謙治, 苙口友隆, 井上倫太郎, 杉山正明, 石野園子, 石野良純, 佐藤 衛
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度京都大会(JSBBA2022)
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H05229
  • [学会発表] Catalytic Mechanism of DcsB: Arginase Framework Used for Hydrolyzing Its Inhibitor.2022

    • 著者名/発表者名
      Oda, K., Matoba, Y.
    • 学会等名
      International Union of Microbiological Societies (IUMS 2022)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06507
  • [学会発表] 好熱性古細菌由来天然変性タンパク質の生理的温度における動的構造とダイナミクス2022

    • 著者名/発表者名
      小田 隆、井上 倫太郎、富永 大輝、中川 洋、守島 健、岩瀬 裕希、石野 良純、佐藤 衛、杉山 正明
    • 学会等名
      日本中性子科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06527
  • [学会発表] X線小角散乱と計算科学を用いた統合的解析による天然変性タンパク質の動的構造と機能の理解2022

    • 著者名/発表者名
      小田隆, 大井里香, 古寺哲幸, 安藤敏夫, 小沼剛, 菅瀬謙治, 苙口友隆, 井上倫太郎, 杉山正明, 石野園子, 石野良純, 佐藤衛
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度京都大会(JSBBA2022)
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06527
  • [学会発表] Similar but different catalytic mechanism of N-hydroxy-L-arginine hydrolase: arginase framework used for hydrolyzing its inhibitor2022

    • 著者名/発表者名
      Oda, K., Matoba, Y.
    • 学会等名
      36th Annual Symposium of the Protein-Society
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06507
  • [学会発表] Dynamics and Structure of Intrinsically Disordered Region of Hef as Studied by Solution Scattering2022

    • 著者名/発表者名
      R. Inoue, T. Oda, H. Nakagwa, T. Tominaga, Y. Kawakita, M. Sato, M. Sugiyama
    • 学会等名
      XVIII International Small Angle Scattering Conference - SAS2022
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H05229
  • [学会発表] Internal Dynamics of Intrinsically Disordered Protein as Studied by Neutron Scattering2022

    • 著者名/発表者名
      井上 倫太郎、小田 隆、中川 洋、富永 大輝、川北 至信、佐藤 衛、杉山 正明
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06527
  • [学会発表] アルギナーゼ阻害剤を加水分解するためアルギナーゼのフレームワークを用いたDcsBの触媒機構2022

    • 著者名/発表者名
      小田康祐, 的場康幸:
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06507
  • [学会発表] Structural insight into the interaction of the Sendai virus C protein with Alix stimulating the ESCRT-dependent viral budding.2021

    • 著者名/発表者名
      Kosuke Oda, Yasuyuki Matoba, Masanori Sugiyama, Takemasa Sakaguchi
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06507
  • [学会発表] 中性子散乱実験に向けた区分重水素化タンパク質の調製2021

    • 著者名/発表者名
      小田 隆, 井上倫太郎, 中川 洋, 富永大輝, 大井里香, 石野良純, 杉山正明, 佐藤 衛
    • 学会等名
      日本中性子科学会第21回年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H05229
  • [学会発表] Integrated approach using X-ray/Neutron scattering and MD simulation for understanding dynamic structure and function of IDP2021

    • 著者名/発表者名
      小田隆
    • 学会等名
      第59回 日本生物物理学会年会(BSJ2021)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06527
  • [学会発表] 中性子散乱実験に向けた区分重水素化タンパク質の調製2021

    • 著者名/発表者名
      小田隆, 井上倫太郎, 中川洋, 富永大輝, 大井里香, 石野良純, 杉山正明, 佐藤衛
    • 学会等名
      第21回日本中性子科学会年会(JSNS2021)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06527
  • [学会発表] ESCRT依存的出芽に重要なセンダイウイルスC蛋白質とAlix間の結合とその分子基盤2021

    • 著者名/発表者名
      小田康祐, 的場康幸, 杉山政則, 坂口剛正
    • 学会等名
      日本薬学会第141年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06507
  • [学会発表] Significance of the association of the C protein with Alix for the budding of Sendai virus on the basis of the crystal structure2020

    • 著者名/発表者名
      Kosuke Oda, Yasuyuki Matoba, Masanori Sugiyama, Takemasa Sakaguchi.
    • 学会等名
      IUMS 2020
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06507
  • [学会発表] 蛋白質の階層構造ダイナミクスの解明2020

    • 著者名/発表者名
      中川洋、井上倫太郎、小田隆、矢木-内海真穂、斉尾智英、苙口友隆、長田裕也、杉山正明、佐藤衛、川北至信、岩瀬裕希、富永大輝、高田慎一
    • 学会等名
      量子ビームサイエンスフェスタ
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H05229
  • [学会発表] SARS-COV-2構造蛋白質の立体構造解析を目指した発現系構築の取り組み2020

    • 著者名/発表者名
      東浦彰史, 桝本耀太, 狭間美沙, 今井天晴, 上岡史生子, 小田康祐, 坂口剛正.
    • 学会等名
      第35回中国四国ウイルス研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06507
  • [学会発表] The structure and function of intrinsically disordered region of Hef that is associated with a DNA repair2019

    • 著者名/発表者名
      T. Oda, A. Sekino, A. Murakami, R. Oi, M. Yoneyama, N. Kodera, T. Ando, T. Konuma, K. Sugase, T. Oroguchi, S. Ishino, Y. Ishino, and M. Sato
    • 学会等名
      第57回 日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H05229
  • [学会発表] Protein deuteration for small angle neutron scattering2019

    • 著者名/発表者名
      小田 隆、関野絢子、米山真紀、村上綾香、苙口友隆、浴本 亨、池口満徳、杉山正明、石野良純、佐藤 衛
    • 学会等名
      J-PARC Workshop2018(Deuterium Labeling Study for Neutron Science)
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H02391
  • [学会発表] DNA修復にかかわるHefの天然変性領域の揺らいだ構造と機能2019

    • 著者名/発表者名
      小田 隆、関野絢子、村上綾香、大井里香、米山真紀、古寺哲幸、安藤敏夫、小沼 剛、菅瀬謙治、苙口友隆、井上倫太郎、杉山正明、石野園子、石野良純、佐藤 衛
    • 学会等名
      第4回LLPS研究会・ASUKA若手交流会2019
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H02391
  • [学会発表] DNA修復にかかわるHefの天然変性領域の揺らいだ構造と機能2019

    • 著者名/発表者名
      小田 隆, 関野 絢子, 村上 綾香, 大井 里香, 米山 真紀, 古寺 哲幸, 安藤 敏夫, 小沼 剛, 菅瀬 謙治, 苙口 友隆, 井上 倫太郎, 杉山 正明, 石野 園子, 石野 良純, 佐藤 衛
    • 学会等名
      第4回LLPS研究会・ASUKA若手交流会2019
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H05229
  • [学会発表] The dynamic structure and function of intrinsically disordered region of Hef that is associated with a DNA repair2019

    • 著者名/発表者名
      T. Oda, A. Sekino, A. Murakami1, R. Oi, M. Yoneyama, N. Kodera, T. Ando, T. Konuma, K. Sugase, T. Oroguchi, R. Inoue, M. Sugiyama, S. Ishino, Y. Ishino, and M. Sato
    • 学会等名
      The 3rd Asia-Oceania Conference on Neutron Scattering 2019 (AOCNS 2019)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H02391
  • [学会発表] The structure and function of intrinsically disordered region of Hef that is associated with a DNA repair(DNA修復にかかわるHefの天然変性領域の構造と機能)2019

    • 著者名/発表者名
      T. Oda, A. Sekino, A. Murakami, R. Oi, M. Yoneyama, N. Kodera, T. Ando, T. Konuma, K. Sugase, T. Oroguchi, S. Ishino, Y. Ishino, M. Sato
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H02391
  • [学会発表] SEX-SAXSによるLDLRファミリーのpH依存的な構造変化の検証2019

    • 著者名/発表者名
      塩澤亜紀、飯田麻生、小田 隆、佐藤 衛、禾 晃和
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H02391
  • [学会発表] QENS of protein solutions measured by the TOF near Backscattering Spectrometer DNA2019

    • 著者名/発表者名
      H. Nakagawa, T. Saio, T. Oda, M. Sato, R. Inoue, M. Sugiyama, T. Tominaga, Y. Kawakita
    • 学会等名
      J-PARC Symposium 2019
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H05229
  • [学会発表] The dynamic structure and function of intrinsically disordered region of Hef that is associated with a DNA repair2019

    • 著者名/発表者名
      T. Oda, A. Sekino, A. Murakami, R. Oi, M. Yoneyama, N. Kodera, T. Ando, T. Konuma, K. Sugase, T. Oroguchi, R. Inoue, M. Sugiyama, S. Ishino, Y. Ishino, M. Sato
    • 学会等名
      3rd Asia-Oceania Conference on Neutron Scattering (AOCNS 2019)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H05229
  • [学会発表] 溶液散乱と計算科学で明らかにする天然変性タンパク質の構造と機能2018

    • 著者名/発表者名
      小田 隆、関野絢子、米山真紀、村上綾香、苙口友隆、浴本 亨、池口満徳、杉山正明、石野良純、佐藤 衛
    • 学会等名
      PF研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H02391
  • [学会発表] 中性子溶液散乱を基軸とした蛋白質の構造・ダイナミクス解析への挑戦2018

    • 著者名/発表者名
      杉山正明、中川 洋、斉尾智英、矢木真穂、苙口友隆、小田 隆、井上倫太郎、佐藤信浩、守島 健、日野正裕、川北至信、高田愼一、富永大輝、佐藤 衛
    • 学会等名
      日本中性子科学会第18回年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H02391
  • [学会発表] SANSと計算科学による天然変性タンパク質の動的構造と機能の解明2018

    • 著者名/発表者名
      小田 隆、関野絢子、米山真紀、浴本 亨、池口満徳、苙口友隆、杉山正明、石野良純、佐藤 衛
    • 学会等名
      日本中性子科学会第18回年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H02391
  • [学会発表] Coarse-Grained MD-SAXS method and application to nucleosomes2015

    • 著者名/発表者名
      Y. Kokabu, T. Oda, M. Sugiyama, H. Kurumizaka, M. Sato, M. Ikeguchi
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学
    • 年月日
      2015-09-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291037
  • [学会発表] Structural analysis of tri-nucleosome containing centromere specific histone variant2015

    • 著者名/発表者名
      Takashi Oda, Hiroaki Tachiwana, Yusuke Takagi, Yasuhiro Arimura, Shoji Takada, Hitoshi Kurumizaka, and Mamoru Sato
    • 学会等名
      International Symposium on Chromatin Structure, Dynamics, and Function
    • 発表場所
      兵庫県淡路市
    • 年月日
      2015-08-23
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-26116519
  • [学会発表] 大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePの基質認識におけるPDZドメインの役割2013

    • 著者名/発表者名
      檜作 洋平, 禾 晃和, 小田 隆, 田畑 早苗, 川上-田村 恵子, 佐藤 衛, 高木 淳一, 秋山 芳展
    • 学会等名
      第86回日本生化学会大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291037
  • [学会発表] Structural study on REV7, the adaptor protein coordinating REV1 and REV3 polymerase in ttanslesion DNA synthesis2013

    • 著者名/発表者名
      Sotaro Kikuchi, Kodai Hara, Toshiyuki Shimizu, Mamoru Sato, Hiroshi Hashimoto
    • 学会等名
      International Conference on Structural Genomics-Structural Life Science-(ICSG2013-SLS)
    • 発表場所
      Keio Plaza Hotel Sapporo in Sapporo
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291037
  • [学会発表] 表層ストレス応答を制御する腸内切断プロテアーゼRsePのタンデムPDZドメインによる基質選別機構2013

    • 著者名/発表者名
      Yohei Hizukuri, Takashi Oda, Sanae Tabata, Tamura-Kawakami Keiko, Mamoru Sato, Junichi Takagi, Terukazu Nogi, Yoshimori Akiyama
    • 学会等名
      日本生物物理学会第51回年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291037
  • [学会発表] Structural analysis of the PDZ tandem fragment of the bacterial intramembrane-cleaving protease RseP2013

    • 著者名/発表者名
      Terukazu Nogi, Yohei Hizukuri, Takashi Oda, Sanae Tabata, Keiko Tamura-Kawakami, Mamoru Sato, Junichi Takagi, Yoshinori Akiyama
    • 学会等名
      International Conference on Structural Genomics-Structural Life Science-(ICSG2013-SLS)
    • 発表場所
      Keio Plaza Hotel Sapporo in Sapporo
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291037
  • [学会発表] N-terminal phosphorylated tail of HP1α behaves like an extended hard acidic string to promote the binding to methylated histone H3K9 tail2013

    • 著者名/発表者名
      Mayumi Kawaguchi, Hideaki Shimojo, Kyoko Hamada, Jun-ichi Nakayama, Takashi Oda, Mamoru Sato, Yoshifumi Nishimura
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291037
  • [学会発表] ヒトヒストンバリアントH2A.Bの解析2013

    • 著者名/発表者名
      有村泰宏、小田 隆、佐藤浩一、藤田理紗、松本亮平、田口裕之、堀越直樹、越阪部晃永、立和名博昭、杉山正明、佐藤 衛、木村 宏、胡桃坂仁志
    • 学会等名
      第86回日本生化学会大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291037
  • [学会発表] X線小角散乱によるタンパク質の揺らいだ構造の解析

    • 著者名/発表者名
      小田隆
    • 学会等名
      第2回タンパク質X線溶液散乱講習会
    • 発表場所
      つくば市
    • 年月日
      2014-06-03 – 2014-06-04
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-26116519
  • [学会発表] Structural dynamics of tri-nucleosome studied by combination of coarse grained molecular simulation and SAXS

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Takagi, Yuichi Kokabu, Takashi Oda, Hiroaki Tachiwana, Hiroo Kenzaki, Hitoshi Kurumizaka, Mamoru Sato, Mitsunori Ikeguchi, Shoji Takada
    • 学会等名
      日本生物物理学会第52回年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291037
  • [学会発表] Structural and mutational analysis of a PDZ tandem of intramembrane cleaving protease RseP

    • 著者名/発表者名
      Terukazu Nogi, Yohei Hizukuri, Sanae Tabata, Keiko Tamura-Kawakami, Takashi Oda, Mamoru Sato, Junichi Takagi, Yoshinori Akiyama
    • 学会等名
      XXIII Congress of the International Union of Crystallography
    • 発表場所
      Palais des congress de Montreal, Quebec, Canada
    • 年月日
      2014-08-05 – 2014-08-12
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291037
  • [学会発表] DNA架橋損傷修復に関わる天然変性タンパク質Hefの構造研究

    • 著者名/発表者名
      小田 隆、小林裕也、舘岡太郎、宮城泰城、石黒あかり、有田恭平、禾 晃和、石野良純、杉山正明、佐藤 衛
    • 学会等名
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      ワークピア横浜(横浜)
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291037
  • [学会発表] DNA架橋損傷修復に関わる天然変性タンパク質Hefの構造研究

    • 著者名/発表者名
      小田隆, 小林裕也, 舘岡太郎, 宮城泰城, 石黒あかり, 有田恭平, 禾晃和, 石野良純, 杉山正明, 佐藤衛
    • 学会等名
      第14会日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      横浜市
    • 年月日
      2014-06-24 – 2014-06-27
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-26116519
  • [学会発表] 細胞表層ストレス応答制御に関わる膜内切断プロテアーゼRsePのタンデムPDZドメインによる切断基質選別機構の解析

    • 著者名/発表者名
      檜作 洋平, 小田 隆, 田畑 早苗, 川上-田村 恵子, 大井里香, 佐藤 衛, 高木 淳一, 禾 晃和, 秋山 芳展
    • 学会等名
      第87回日本生化学会大会
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • 年月日
      2014-10-15 – 2014-10-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291037
  • 1.  佐藤 衛 (60170784)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 29件
  • 2.  井上 倫太郎 (80563840)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 7件
  • 3.  胡桃坂 仁志 (80300870)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 4.  小田 康祐 (60571255)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 9件
  • 5.  杉山 正明 (10253395)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 7件
  • 6.  中川 洋 (20379598)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 7.  矢木 真穂 (40608999)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 8.  富永 大輝 (50513694)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 4件
  • 9.  齋尾 智英 (80740802)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 10.  苙口 友隆 (90589821)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 5件
  • 11.  古寺 哲幸
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 12.  増田 太郎
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 13.  AMYOT ROMAIN
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 14.  朴 三用
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 15.  雲財 悟
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 16.  栗栖 源嗣
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 17.  的場 康幸
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 5件
  • 18.  中山 潤一
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 19.  杉江 和馬
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 20.  七浦 仁紀
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 21.  桐山 敬生
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 22.  塩田 智
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 23.  井口 直彦
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 24.  檜作 洋平
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件

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