山下明史 Yamashita Akifumi

研究者番号	00573180
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2016年度 – 2017年度: 国立感染症研究所, 病原体ゲノム解析研究センター, 主任研究官 2015年度: 国立感染症研究所, その他部局等, 研究員 2013年度: 東北大学, 大学院生命科学研究科, 助教 2011年度: 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 助教
審査区分/研究分野	研究代表者細菌学(含真菌学) 研究代表者以外環境農学
キーワード	研究代表者不和合性タイプ / webアプリ / 薬剤耐性遺伝子 / 不和合性タイピング / 臨床由来株 / バイオインフォマティクス / ネットワーク解析 / 薬剤耐性 / プラスミド研究代表者以外根圏微生物 … もっと見る / 植物マイクロビオーム / 窒素施肥 / メタン酸化 / 植物マークロビオーム / 物質代謝 / メタゲノム解析 / 植物共生微生物隠す

プラスミド・ネットワーク解析による臨床由来薬剤耐性プラスミドの動態解明研究代表者
- 研究代表者
  
  山下明史
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2017
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  細菌学(含真菌学)
- 研究機関
  国立感染症研究所
植物共生微生物のメタゲノム解析による物質循環機能の解明
- 研究代表者
  
  南澤究
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2013
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  環境農学
- 研究機関
  東北大学

すべて 2018 2017 2016 2015 2014 2013 2011 その他

すべて雑誌論文学会発表その他

[雑誌論文] Isolation and Complete Genome Sequencing of Zika Virus Imported from the Dominican Republic to Japan2018
- 著者名/発表者名
  Ozawa H, Tajima S, Nakayama E, Kato K, Yamashita A, Sekizuka T, Kuroda M, Usuku S.
- 雑誌名
  
  Japanese Journal of Infectious Diseases
  
  巻: 71 号: 1 ページ: 72-74
- DOI
  10.7883/yoken.JJID.2017.256
- NAID
  130006317353
- ISSN
  1344-6304, 1884-2836
- 言語
  英語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[雑誌論文] Molecular Evolution of the VP1 Gene in Human Norovirus GII.4 Variants in 1974?20152017
- 著者名/発表者名
  Motoya Takumi、Nagasawa Koo、Matsushima Yuki、Nagata Noriko、Ryo Akihide、Sekizuka Tsuyoshi、Yamashita Akifumi、Kuroda Makoto、Morita Yukio、Suzuki Yoshiyuki、Sasaki Nobuya、Katayama Kazuhiko、Kimura Hirokazu
- 雑誌名
  
  Frontiers in Microbiology
  
  巻: 8
- DOI
  10.3389/fmicb.2017.02399
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[雑誌論文] Elucidation of quantitative structural diversity of remarkable rearrangement regions, shufflons, in IncI2 plasmids2017
- 著者名/発表者名
  Sekizuka Tsuyoshi、Kawanishi Michiko、Ohnishi Mamoru、Shima Ayaka、Kato Kengo、Yamashita Akifumi、Matsui Mari、Suzuki Satowa、Kuroda Makoto
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 7 号: 1
- DOI
  10.1038/s41598-017-01082-y
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[雑誌論文] A summary of the imported cases of Chikungunya fever in Japan from 2006 to June 20162017
- 著者名/発表者名
  Nakayama Eri、Tajima Shigeru、Kotaki Akira、Shibasaki Ken-ichi、Itokawa Kentaro、Kato Kengo、Yamashita Akifumi、Sekizuka Tsuyoshi、Kuroda Makoto、Tomita Takashi、Saijo Masayuki、Takasaki Tomohiko
- 雑誌名
  
  Journal of Travel Medicine
  
  巻: 25 号: 1
- DOI
  10.1093/jtm/tax072
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[雑誌論文] DGV: Dengue Genographic Viewer.2016
- 著者名/発表者名
  Yamashita A, Sakamoto T, Sekizuka T, Kato K, Takasaki T, Kuroda M.
- 雑誌名
  
  Front Microbiol.
  
  巻: 7 ページ: 875-875
- DOI
  10.3389/fmicb.2016.00875
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[雑誌論文] Characterization of the Pathogenicity of Streptococcus intermedius TYG1620 Isolated from a Human Brain Abscess Based on the Complete Genome Sequence with Transcriptome Analysis and Transposon Mutagenesis in a Murine Subcutaneous Abscess Model.2016
- 著者名/発表者名
  Hasegawa N, Sekizuka T, Sugi Y, Kawakami N, Ogasawara Y, Kato K, Yamashita A, Takeuchi F, Kuroda M
- 雑誌名
  
  Infect Immun.
  
  巻: 85 号: 2
- DOI
  10.1128/iai.00886-16
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[雑誌論文] Prevalence of Colistin Resistance Gene mcr-1 and Absence of mcr-2 in Escherichia coli Isolated from Healthy Food-Producing Animals in Japan.2016
- 著者名/発表者名
  Kawanishi M, Abo H, Ozawa M, Uchiyama M, Shirakawa T, Suzuki S, Shima A, Yamashita A, Sekizuka T, Kato K, Kuroda M, Koike R, Kijima M.
- 雑誌名
  
  Antimicrob Agents Chemother.
  
  巻: 61 号: 1
- DOI
  10.1128/aac.02057-16
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[雑誌論文] VirusTAP: Viral Genome-Targeted Assembly Pipeline2016
- 著者名/発表者名
  Akifumi Yamashita, Tsuyoshi Sekizuka, Makoto Kuroda
- 雑誌名
  
  Frontiers in Microbiology
  
  巻: 7 ページ: 32-32
- DOI
  10.3389/fmicb.2016.00032
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[雑誌論文] Distribution and relationships of antimicrobial resistance determinants among extended-spectrum cephalosporin or carbapenem-resistant Escherichia coli isolated from rivers and sewage treatment plants in India.2016
- 著者名/発表者名
  Masato Akiba, Tsuyoshi Sekizuka, Akifumi Yamashita, Makoto Kuroda, Yuki Fujii, Misato Murata, Ken-Ichi Lee, Derrick Ian Joshua, Keshava Balakrishna, Indira Bairy, Kaushik Subramanian, Padma Krishnan, Natesan Munuswamy, Ravindra K Sinha, Taketoshi Iwata, Masahiro Kusumoto, Keerthi S Guruge
- 雑誌名
  
  Antimicrobial agents and chemotherapy
  
  巻: 60 号: 5 ページ: 2972-2980
- DOI
  10.1128/aac.01950-15
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[雑誌論文] Two different dengue virus strains in the Japanese epidemics of 2014.2016
- 著者名/発表者名
  Nakayama E, Kotaki A, Tajima S, Kawada M, Miura K, Gemma A, Adachi T, Sekizuka T, Kato K, Yamashita A, Moi ML, Ikeda M, Yagasaki K, Shibasaki K, Saijo M, Kuroda M, Takasaki T.
- 雑誌名
  
  Virus Genes.
  
  巻: 52 号: 5 ページ: 722-6
- DOI
  10.1007/s11262-016-1356-4
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[雑誌論文] TGS-TB: Total Genotyping Solution for Mycobacterium tuberculosis Using Short-Read Whole-Genome Sequencing.2015
- 著者名/発表者名
  Tsuyoshi Sekizuka, Akifumi Yamashita, Yoshiro Murase, Tomotada Iwamoto, Satoshi Mitarai, Seiya Kato, Makoto Kuroda
- 雑誌名
  
  PloS one
  
  巻: 10 号: 11 ページ: 142951-142951
- DOI
  10.1371/journal.pone.0142951
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[雑誌論文] Characterization of the gut microbiota of Kawasaki disease patients by metagenomic analysis2015
- 著者名/発表者名
  Akiko Kinumaki, Tsuyoshi Sekizuka, Hiromichi Hamada, Kengo Kato, Akifumi Yamashita, Makoto Kuroda
- 雑誌名
  
  Frontiers in Microbiology
  
  巻: 6 ページ: 824-824
- DOI
  10.3389/fmicb.2015.00824
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488, KAKENHI-PROJECT-26460542
[雑誌論文] Low nitrogen fertilization adapts rice root microbiome to low nutrient environment by changing biogeochemical functions2014
- 著者名/発表者名
  Ikeda, S., K. Sasaki, T. Okubo, A. Yamashita, K. Terasawa, Z. Bao, D. Liu, T. Watanabe, J. Murase, S. Asakawa, S. Eda, H. Mitsui, T. Sato, and K. Minamisawa
- 雑誌名
  
  Microbes Environ.
  
  巻: 29 ページ: 50-59
- NAID
  40020028957
- URL
  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24463575
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23248052
[雑誌論文] The type III Secretion System of Bradyrhizobium japonicum USDA122 mediates symbiotic incompatibility with Rj2 soybean plants2013
- 著者名/発表者名
  Tsukui T, Eda S, Kaneko T, Sato S,Okazaki S, Kakizaki-Chiba K, Itakura M,Mitsui H, Yamashita A, Terasawa K,Minamisawa K
- 雑誌名
  
  Appl Environ Microbiol
  
  巻: 79 号: 3 ページ: 1048-1051
- DOI
  10.1128/aem.03297-12
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21310130, KAKENHI-PROJECT-22380048, KAKENHI-PROJECT-23248052, KAKENHI-PROJECT-23658057
[学会発表] DGV: Dengue Genographic Viewer2017
- 著者名/発表者名
  Akifumi Yamashita, Tsuyoshi Sekizuka, Kengo Kato, Tomohiko Takasaki, Makoto Kuroda
- 学会等名
  第52回日本脳炎ウイルス生態学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[学会発表] Prediction Tool for Drug-resistant Genetic Marker Based on Whole Genome Sequence of TB2017
- 著者名/発表者名
  山下明史、加藤健吾、岩本朋忠、関塚剛史、村瀬良朗、瀧井猛将、手洗聡、加藤誠也、黒田誠
- 学会等名
  第90回日本細菌学会総会
- 発表場所
  宮城県仙台市青葉区青葉山　仙台国際センター
- 年月日
  2017-03-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[学会発表] Genetic prediction tool for antimicrobial susceptibility of Mycobacterium tuberculosis using TGS-TBamr.2017
- 著者名/発表者名
  Akifumi Yamashita, Tomotada Iwamoto, Tsuyoshi Sekizuka, Yoshiro Murase, Takemasa Takii, Satoshi Mitarai, Kengo Kato, Seiya Kato, and Makoto Kuroda
- 学会等名
  ICC2017
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[学会発表] Total Genotyping Solution for Mycobacterium tuberculosis (TGS-TB) による結核菌薬剤耐性マーカー検出と感受性予測法の構築2017
- 著者名/発表者名
  山下明史、瀧井猛将、御手洗聡、黒田誠
- 学会等名
  第65回化学療法学会学術集会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[学会発表] プラスミドネットワーク解析ツールiPAT (inter Plasmid Analyzing Tool)2016
- 著者名/発表者名
  山下明史、黒田誠
- 学会等名
  第64回日本化学療法学会総会
- 発表場所
  神戸市中央区港島中町　神戸国際会議場
- 年月日
  2016-06-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[学会発表] DGV: Gengue Genographic Viewer2016
- 著者名/発表者名
  山下明史、関塚剛史、加藤健吾、高崎智彦、黒田誠
- 学会等名
  JOINT INTERNATIONAL TROPICAL MEDICINE MEETING 2016
- 発表場所
  Amari Watergate, Bangkok, Thailand
- 年月日
  2016-12-07
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[学会発表] TGS-TB: Total Genotyping Solution for M. tuberculosis using short-read whole-genome sequencing2016
- 著者名/発表者名
  Tsuyoshi Sekizuka, Akifumi Yamashita, Yoshihiro Murase, Tomotada Iwamoto, Satoshi Mitarai, Seiya Kato, Makoto Kuroda
- 学会等名
  第89回日本細菌学会
- 発表場所
  大阪国際交流センター
- 年月日
  2016-03-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[学会発表] DGV: Gengue Genographic Viewer2016
- 著者名/発表者名
  山下明史、関塚剛史、加藤健吾、高崎智彦、黒田誠
- 学会等名
  The 11th Japan-China International Conference of Virology
- 発表場所
  香川県観音寺市琴弾荘
- 年月日
  2016-07-01
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[学会発表] Virus genome-targeted assembly pipeline: VirusTAP2016
- 著者名/発表者名
  山下明史、関塚剛史、黒田誠
- 学会等名
  第5回生命医薬情報学連合大会
- 発表場所
  東京都江東区青海　東京国際交流プラザ平成
- 年月日
  2016-09-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[学会発表] TGS-TB: Total Genotyping Solution for Mycobacterium tuberculosis using short-read whole-genome sequencing2015
- 著者名/発表者名
  Tsuyoshi Sekizuka, Akifumi Yamashita, Yoshiro Murase, Tomotada Iwamoto, Satoshi Mitarai, Seiya Kato, Makoto Kuroda
- 学会等名
  8th Meeting on Global Microbial Identifier (GMI)
- 発表場所
  Sunworld Dynasty Hotel, 50 Wangfujing Avenue, Beijing, China
- 年月日
  2015-05-11
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[学会発表] Geographical view of dengue genotype distribution2015
- 著者名/発表者名
  Akifumi Yamashita, Tetsuya Sakamoto, Tsuyoshi Sekizuka, and Makoto Kuroda
- 学会等名
  DENGUE SURVEILLANCE: INFORMATION-SHARING AMONG ASIAN COUNTRIES FOR A BETTER PREPARED REGION
- 発表場所
  国立感染症研究所戸山庁舎
- 年月日
  2015-09-30
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[学会発表] TGS-TB: Total Genotyping Solution for Mycobacterium tuberculosis using short-read whole-genome sequencing2015
- 著者名/発表者名
  Tsuyoshi Sekizuka, Akifumi Yamashita, Yoshihiro Murase, Tomotada Iwamoto, Satoshi Mitarai, Seiya Kato, Makoto Kuroda
- 学会等名
  1st ASM Conference on Rapid Next-Generation Sequencing and Bioinformatic Pipelines for Enhanced Molecular Epidemiologic Investigation of Pathogens
- 発表場所
  Omni Shoreham Hotel 2500 Calvert St NW, Washington, DC
- 年月日
  2015-09-24
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08488
[学会発表] メタゲノムデータから目的の配列を効率よく探す方法2011
- 著者名/発表者名
  山下明史
- 学会等名
  ゲノム微生物学会ワークショップ-ゲノムで繋がる微生物研究の新展開-
- 発表場所
  東北大学片平キャンパスさくらホール(仙台)
- 年月日
  2011-08-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23248052
[]

1. 南澤究 (70167667)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
2. 信濃卓郎 (20235542)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 池田成志 (20396609)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
4. 岡崎圭毅 (40414750)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
5. 黒田誠 (80317411)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 23件
6. 南沢究

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
7. 佐藤修正

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
8. 金子貴一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

山下 明史 Yamashita Akifumi

研究課題

研究成果

共同研究者

プラスミド・ネットワーク解析による臨床由来薬剤耐性プラスミドの動態解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

植物共生微生物のメタゲノム解析による物質循環機能の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Isolation and Complete Genome Sequencing of Zika Virus Imported from the Dominican Republic to Japan2018

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

ISSN

言語

データソース

[雑誌論文] Molecular Evolution of the VP1 Gene in Human Norovirus GII.4 Variants in 1974?20152017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Elucidation of quantitative structural diversity of remarkable rearrangement regions, shufflons, in IncI2 plasmids2017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] A summary of the imported cases of Chikungunya fever in Japan from 2006 to June 20162017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] DGV: Dengue Genographic Viewer.2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Characterization of the Pathogenicity of Streptococcus intermedius TYG1620 Isolated from a Human Brain Abscess Based on the Complete Genome Sequence with Transcriptome Analysis and Transposon Mutagenesis in a Murine Subcutaneous Abscess Model.2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Prevalence of Colistin Resistance Gene mcr-1 and Absence of mcr-2 in Escherichia coli Isolated from Healthy Food-Producing Animals in Japan.2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] VirusTAP: Viral Genome-Targeted Assembly Pipeline2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Distribution and relationships of antimicrobial resistance determinants among extended-spectrum cephalosporin or carbapenem-resistant Escherichia coli isolated from rivers and sewage treatment plants in India.2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Two different dengue virus strains in the Japanese epidemics of 2014.2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] TGS-TB: Total Genotyping Solution for Mycobacterium tuberculosis Using Short-Read Whole-Genome Sequencing.2015

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Characterization of the gut microbiota of Kawasaki disease patients by metagenomic analysis2015

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Low nitrogen fertilization adapts rice root microbiome to low nutrient environment by changing biogeochemical functions2014

山下明史 Yamashita Akifumi