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清水 祐吾  Shimizu Yugo

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 00809006
その他のID
所属 (現在) 2026年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, 研究員
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2023年度 – 2024年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, 研究員
2022年度: 慶應義塾大学, 薬学部(芝共立), 特任助教
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分47010:薬系化学および創薬科学関連
キーワード
研究代表者
計算科学 / 阻害活性評価 / データ均衡化 / 分子ドッキング / PPI阻害 / 構造フィルタリング / 構造発生AI / AI創薬 / データベース / タンパク質間相互作用標的 / 深層学習 / 機械学習 / 合成中分子
  • 研究課題

    (1件)
  • 研究成果

    (23件)
  •  人工知能技術を利用した新規タンパク質間相互作用標的に対する中分子創薬技術の開発研究代表者

    • 研究代表者
      清水 祐吾
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2025
    • 研究種目
      若手研究
    • 審査区分
      小区分47010:薬系化学および創薬科学関連
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
      慶應義塾大学

すべて 2025 2024 2023 2022

すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] 革新的AI創薬 : 医療ビッグデータ、人工知能がもたらす創薬研究の未来像 第2章 第5節 AI創薬における適切な学習データとは?2022

    • 著者名/発表者名
      清水祐吾、米澤朋起、池田和由
    • 総ページ数
      9
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      9784860437886
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [雑誌論文] DLiP-PPI library: An integrated chemical database of small-to-medium-sized molecules targeting protein?protein interactions2023

    • 著者名/発表者名
      Ikeda Kazuyoshi、Maezawa Yuta、Yonezawa Tomoki、Shimizu Yugo、Tashiro Toshiyuki、Kanai Satoru、Sugaya Nobuyoshi、Masuda Yoshiaki、Inoue Naoko、Niimi Tatsuya、Masuya Keiichi、Mizuguchi Kenji、Furuya Toshio、Osawa Masanori
    • 雑誌名

      Frontiers in Chemistry

      巻: 10 ページ: 1-9

    • DOI

      10.3389/fchem.2022.1090643

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258, KAKENHI-PROJECT-21H02618, KAKENHI-PROJECT-23K24323
  • [雑誌論文] Applying deep learning to iterative screening of medium-sized molecules for protein-protein interaction-targeted drug discovery2023

    • 著者名/発表者名
      Yugo Shimizu、Tomoki Yonezawa、Yu Bao、Junichi Sakamoto、Mariko Yokogawa、Toshio Furuya、Masanori Osawa、Kazuyoshi Ikeda
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 59 号: 44 ページ: 6722-6725

    • DOI

      10.1039/d3cc01283b

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258, KAKENHI-PROJECT-21K06494, KAKENHI-PROJECT-21H02618, KAKENHI-PROJECT-23K24323
  • [学会発表] PFK1阻害剤探索を目的としたハイスループットスクリーニングにおけるiterative screeningの検証2025

    • 著者名/発表者名
      佐藤 朋広、松岡 聖二、清水 祐吾、出井 晶子、池田 和由、本間 光貴
    • 学会等名
      日本薬学会第145年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] From Hits to Drugs: AI Applications in Multi-Objective Structure Development2025

    • 著者名/発表者名
      Kazuyoshi Ikeda, Tomoki Yonezawa, Masateru Ohta, Shoichi Ishida, Yugo Shimizu, Kei Terayama, Teruki Honma
    • 学会等名
      The 7th R-CCS International Symposium
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] Discovery of the Middle-sized Compounds Inhibiting the SARS-CoV-2 Viral Entry, Using in Silico Approach and NMR Analysis2024

    • 著者名/発表者名
      Mariko Yokogawa, Shunki Kaneichi, Mahoro Horiuchi, Taiga Otake, Tomoki Yonezawa, Yugo Shimizu, Kazuyoshi Ikeda, Yuichiro Yamamoto, Shota Sakai, Yoshimi Shimizu, Kohji Noguchi, Masayoshi Fukasawa, Mitsuhiko Ikura, Masanori Osawa
    • 学会等名
      The 30th International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] 生成された化学構造に対するフィルタリングの検討2024

    • 著者名/発表者名
      幸瞳、清水祐吾、池田和由、本間光貴
    • 学会等名
      第15回スクリーニング学研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] 創薬に関わる特許情報を利用した構造発生AIの構築2024

    • 著者名/発表者名
      清水祐吾、大田雅照、石田祥一、寺山慧、大澤匡範、本間光貴、池田和由
    • 学会等名
      第15回スクリーニング学研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] 新規Keap1-Nrf2タンパク質間相互作用阻害剤とKeap1結合の構造基盤2024

    • 著者名/発表者名
      小島行人、石田英子、原田彩佳、米澤朋起、清水祐吾、池田和由、横川真梨子、大澤匡範
    • 学会等名
      第21回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] 生成された化学構造に対するフィルタリングの検討2024

    • 著者名/発表者名
      幸瞳、清水祐吾、池田和由、本間光貴
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] Generative AI for molecule generation in drug discovery using open patent data2024

    • 著者名/発表者名
      Yugo Shimizu, Masateru Ohta, Shoichi Ishida, Kei Terayama, Masanori Osawa, Teruki Honma, Kazuyoshi Ikeda
    • 学会等名
      The 6th R-CCS International Symposium
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] 医薬品特許情報を活用したAIによる分子構造発生手法の開発2024

    • 著者名/発表者名
      清水祐吾、大田雅照、石田祥一、寺山慧、大澤匡範、本間光貴、池田和由
    • 学会等名
      第52回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] hACE2に結合してSARS-CoV-2の侵入を阻害する化合物の創製2023

    • 著者名/発表者名
      横川真梨子、堀内まほろ、金一駿希、大竹帝河、米澤朋起、清水祐吾、池田和由、山本雄一朗、酒井祥太、野口耕司、深澤征義、大澤匡範
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] HBV PreS1/NTCP相互作用に対する阻害剤簡易スクリーニング系の構築2023

    • 著者名/発表者名
      堀渕慶太、入間田早瑛、山本雄一朗、横川真梨子、清水祐吾、米澤朋起、池田和由、浅見仁太、清水敏之、大戸梅治、深澤征義、大澤匡範、野口耕司
    • 学会等名
      第67回日本薬学会関東支部大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] COVID-19の原因となるタンパク質-タンパク質相互作用を標的とする合成中分子阻害剤のインシリコスクリーニング2023

    • 著者名/発表者名
      米澤朋起、清水祐吾、池田和由、山本雄一朗、野口耕司、酒井祥太、深澤征義、横川真梨子、大澤匡範
    • 学会等名
      日本薬学会第143年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] Establishment of a simple screening system targeting hepatitis B preS1 and NTCP interaction2023

    • 著者名/発表者名
      Yuichiro Yamamoto、Keita Horibuchi、Sae Irimata、Masayoshi Fukasawa、Mariko Yokogawa、Yugo Shimizu、Tomoki Yonezawa、Kazuyoshi Ikeda、Jinta Asami、Toshiyuki Shimizu、Umeharu Ohto、Masanori Osawa、Kohji Noguchi
    • 学会等名
      第82回日本癌学会学術総会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] NMR解析により得られたKeap1-Nrf2のPPI阻害化合物のKeap1結合の構造基盤2023

    • 著者名/発表者名
      小島行人、石田英子、原田彩佳、米澤朋起、清水祐吾、池田和由、横川真梨子、大澤匡範
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] タンパク質-タンパク質相互作用をターゲットとした感染阻害大環状物質の探索と構造活性相関解析2023

    • 著者名/発表者名
      米澤朋起、清水祐吾、池田和由、山本雄一朗、野口耕司、酒井祥太、深澤征義、横川真梨子、大澤匡範
    • 学会等名
      第51回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] Discovery of the middle-sized compounds inhibiting the SARS-CoV-2 viral entry, using in silico approach and NMR analysis2023

    • 著者名/発表者名
      Mariko Yokogawa、Mahoro Horiuchi、Shunki Kaneichi、Taiga Otake、Tomoki Yonezawa、Yugo Shimizu、Kazuyoshi Ikeda、Yuichiro Yamamoto、Shota Sakai、Kohji Noguchi、Masayoshi Fukasawa、Masanori Osawa
    • 学会等名
      CBI学会2023年大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] NMRを活用したSARS-CoV-2スパイクタンパク質とhACE2の相互作用を標的とするSARS-CoV-2侵入阻害化合物の分子設計2023

    • 著者名/発表者名
      横川真梨子、堀内まほろ、金一駿希、大竹帝河、米澤朋起、清水祐吾、池田和由、山本雄一朗、酒井祥太、野口耕司、深澤征義、大澤匡範
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] SARS-CoV-2スパイクタンパク質に結合してSARS-CoV-2の侵入を阻害する化合物の創製2023

    • 著者名/発表者名
      金一駿希、横川真梨子、堀内まほろ、大竹帝河、米澤朋起、清水祐吾、池田和由、山本雄一朗、酒井祥太、野口耕司、深澤征義、大澤匡範
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] Structural basis of the inhibition of the Keap1-Nrf2 interaction by novel PPI inhibitors discovered by machine learning2023

    • 著者名/発表者名
      Koujin Kojima、Hanako Ishida、Ayaka Harada、Tomoki Yonezawa、Yugo Shimizu、Kazuyoshi Ikeda、Mariko Yokogawa、Masanori Osawa
    • 学会等名
      CBI学会2023年大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [学会発表] 公共データを用いたAIモデルの中分子創薬への応用2022

    • 著者名/発表者名
      清水祐吾
    • 学会等名
      CBI学会2022年大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K15258

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