酒井義文 SAKAI Yoshifumi

研究者番号	10277361
その他のID
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所属 (現在)	2025年度: 東北大学, 農学研究科, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2023年度: 東北大学, 農学研究科, 准教授 2016年度 – 2020年度: 東北大学, 農学研究科, 准教授 2012年度 – 2016年度: 東北大学, (連合)農学研究科(研究院), 准教授 2015年度: 東北大学, 大学院農学研究, 准教授 2010年度 – 2012年度: 東北大学, 大学院・農学研究科, 准教授 … もっと見る 2007年度: 東北大学, 大学院・農学研究科, 准教授 2006年度: 東北大学, 大学院農学研究科, 助教授 2004年度 – 2005年度: 東北大学, 大学院・農学研究科, 助教授隠す
審査区分/研究分野	研究代表者小区分60010:情報学基礎論関連 / 情報学基礎研究代表者以外水圏生命科学 / 水圏生産科学 / 理工系
キーワード	研究代表者アルゴリズム / 共通部分列 / 最大和断片 / 数値列 / 極大共通部分列 / 文字列 / 列挙 / 文字列比較 / アルゴリズム理論研究代表者以外水産学 … もっと見る / 発生・分化 / 左右非対称性形成 / 変態 / 水産増養殖 / 発生 / 異体類 / トランスクリプトーム解析 / 発現制御 / 骨異常 / 体色異常 / 時計遺伝子 / 概日リズム / 分子制御機構 / 左右差形成 / 色素前駆細胞 / カレイ類 / バイオテクノロジー / シグナル伝達 / 遺伝子 / RNA-Seq / レチノイン酸 / 色素胞分化 / 左右非対称 / 性格 / トラフグ / 多型 / 脳機能 / 繰り返し配列 / 魚類 / メダカ / ゲノム情報 / 多型性 / 逃避行動 / 遺伝子発現 / 高温耐性 / 福島県 / クローンギンブナ / 発現遺伝子 / サケ / ギンブナ / DNA / 放射線 / 淡水魚 / ヤマメ / 雌性発生二倍体 / Cyt b　領域 / D-loop領域 / 福島第一原発事故 / 雌性発生 / クローン / メラノマクロファージ / ミトコンドリアDNA / 突然変異 / 血液性状 / 放射性セシウム / しきい値回路 / 計算量 / 計算学習理論 / ブースティング / 下界 / 回路計算量 / 検索エンジン / 最長共通部分列問題 / ランダムプロジェクション / 否定数限定複雑さ / 多階層関係追加モデル / 最長共通増加部分列問題 / 読捨てコンテンツ更新問題 / オンラインオークション / オンライン予測 / 描画列挙 / フーリエ解析 / エネルギー複雑度 / 閾値回路 / 最長共通部分配列問題 / 表現の複雑さ / オンラインアルゴリズム隠す

多重文字列の極大共通部分列列挙に関する研究研究代表者
- 研究代表者
  
  酒井義文
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分60010:情報学基礎論関連
- 研究機関
  東北大学
変態発生制御のシグナル回路と形態異常感受性に関する研究
- 研究代表者
  
  鈴木徹
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  水圏生命科学
- 研究機関
  東北大学
次世代技術を活用した異体類体色の左右差形成の分子ネットワークへのアプローチ
- 研究代表者
  
  鈴木徹
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2016
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  水圏生命科学
- 研究機関
  東北大学
長期間の低線量放射線被曝が魚類に及ぼす遺伝的影響に関する研究
- 研究代表者
  
  中嶋正道
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2016
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  水圏生産科学
- 研究機関
  東北大学
ゲノミクス情報を活用して性格の個体差を生みだす魚類の性質制御遺伝子を同定する試み
- 研究代表者
  
  鈴木徹
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2015
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  水圏生産科学
- 研究機関
  東北大学
配列アラインメントを高速に求めるための前処理に関する研究研究代表者
- 研究代表者
  
  酒井義文
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2012
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  情報学基礎
- 研究機関
  東北大学
オンライン予測の手法を用いた意思決定モデルに関する研究
- 研究代表者
  
  瀧本英二
- 研究期間 (年度)
  2004 – 2007
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  東北大学

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すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Transcriptome analysis of vertebral bone in the flounder, Paralichthys olivaceus (Teleostei, Pleuronectiformes), using Illumina sequencing.2015
- 著者名/発表者名
  Ibaraki H, Wu X, Uji S, Yokoi H, Sakai Y and Suzuki T
- 雑誌名
  
  Mar Genomics
  
  巻: 24 ページ: 269-276
- DOI
  10.1016/j.margen.2015.09.009
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K07571, KAKENHI-PROJECT-26292110
[雑誌論文] Computing the longest common subsequence of two run-length encoded strings2012
- 著者名/発表者名
  Yoshifumi Sakai
- 雑誌名
  
  Lecture Notes in Computer Science, Algorithms and Computation
  
  巻: 7676 ページ: 197-206
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[雑誌論文] A Fast On-Line Algorithm for the Longest Common Subsequence Problem with Constant Alphabet2012
- 著者名/発表者名
  Yoshifumi Sakai
- 雑誌名
  
  IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences
  
  巻: E95-A 号: 1 ページ: 354-361
- DOI
  10.1587/transfun.E95.A.354
- NAID
  10030535198
- ISSN
  0916-8508, 1745-1337
- 言語
  英語
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[雑誌論文] Computing the longest common subsequences of two run-length encoded strings3L.-M. Chao, T.-s. Hsu, and D.-T. Lee (Eds.)2012
- 著者名/発表者名
  Yoshifumi Sakai
- 雑誌名
  
  ISAAC 2012, LNCS
  
  巻: 7676 ページ: 197-206
- DOI
  10.1007/978-3-642-35261-4_23
- ISBN
  9783642352607, 9783642352614
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[雑誌論文] An almost quadratic time algorithm for sparse spliced alignment2011
- 著者名/発表者名
  Yoshifumi Sakai
- 雑誌名
  
  Theory of Computing Systems
  
  巻: 48 ページ: 189-210
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[雑誌論文] A first algorithm for multiplying min-sum permutation2011
- 著者名/発表者名
  Yoshifumi Sakai
- 雑誌名
  
  Discrete Applied Mathematics
  
  巻: 159 号: 17 ページ: 2175-2183
- DOI
  10.1016/j.dam.2011.06.022
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[雑誌論文] A new algorithm for the characteristic string problem under loose similarity criteria2011
- 著者名/発表者名
  Yoshifumi Sakai
- 雑誌名
  
  Lecture Notes in Computer Science
  
  巻: 7074 ページ: 663-672
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[雑誌論文] A new algorithm for the characteristic string problem under loose similarity criteria, T. Asano et al. (Eds.)2011
- 著者名/発表者名
  Yoshifumi Sakai
- 雑誌名
  
  ISAAC 2011, LNCS
  
  巻: 7074 ページ: 663-672
- DOI
  10.1007/978-3-642-25591-5_68
- ISBN
  9783642255908, 9783642255915
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[雑誌論文] Flexible computation of the longest common subsequence of run-length encoded strings2010
- 著者名/発表者名
  Yoshifumi Sakai
- 雑誌名
  
  The 13^<th> Japan-Korea Joint Workshop on Algorithms and Computation
  
  ページ: 72-79
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[雑誌論文] 読捨てコンテンツをいつ更新するべきか2006
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 雑誌名
  
  電子情報通信学会論文誌D-I J89-D・9
  
  ページ: 1913-1922
- NAID
  110007380536
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16092201
[雑誌論文] A linear space algorithm for computing a longest common increasing subsequence2006
- 著者名/発表者名
  Yoshifumi Sakai
- 雑誌名
  
  Information Processing Letters 99・5
  
  ページ: 203-207
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16092201
[雑誌論文] 弱制約最長共通部分配列問題2005
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 雑誌名
  
  電子情報通信学会論文誌 J88-D-I・8
  
  ページ: 1261-1263
- NAID
  10016797203
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16092201
[学会発表] オフセット付き最大和断片問題のためのデータ構造2024
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 学会等名
  2023年度冬のLAシンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K10975
[学会発表] ２本の文字列の極大共通部分列を列挙するための効率的なアルゴリズム2023
- 著者名/発表者名
  廣田弥祐二、酒井義文
- 学会等名
  2023年度夏のLAシンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K10975
[学会発表] ヤマメの遺伝子発現における影響2017
- 著者名/発表者名
  酒井義文、田口将、川田暁、冨谷敦、渡邊昌人、中嶋正道
- 学会等名
  日本水産学会春季大会シンポジウム　福島の淡水域における放射能汚染と魚類に及ぼす影響-これまでとこれから-
- 発表場所
  東京海洋大学(東京都品川区)
- 年月日
  2017-03-26
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25252035
[学会発表] 給餌条件により生じるヒラメ体色異常の遺伝子発現プロファイリング解析2017
- 著者名/発表者名
  國政実里・横井勇人・酒井義文・青海忠久・鈴木徹
- 学会等名
  平成29年度日本水産学会春季大会
- 発表場所
  東京海洋大学（東京都港区）
- 年月日
  2017-03-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26292110
[学会発表] ブラジル産とユタ産アルテミアを与えたヒラメ変態期仔魚で発現量の異なる遺伝子のRNA-Seqによるスクリーニング2016
- 著者名/発表者名
  國政実里・青海忠久・横井勇人・酒井義文・鈴木徹
- 学会等名
  平成28年度日本水産学会秋季大会
- 発表場所
  近畿大学（奈良県奈良市）
- 年月日
  2016-09-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26292110
[学会発表] Transcriptome analysis of flounder metamorphosis2016
- 著者名/発表者名
  Hayato Yokoi, Minori Kunimasa, Yoshifumi Sakai and Tohru Suzuki
- 学会等名
  The 22nd Japanese medaka and zebrafish meeting
- 発表場所
  National Institute for Basic Biology（愛知県岡崎市）
- 年月日
  2016-08-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26292110
[学会発表] 部分文字列最大密度索引2013
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 学会等名
  2012年度冬のLAシンポジウム
- 発表場所
  京都市・京都大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[学会発表] 部分文字列最大密度索引2013
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 学会等名
  2012年度冬のLAシンポジウム
- 発表場所
  京都府京都市京都大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[学会発表] run長符号化文字列の最長共通部分列計算2012
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 学会等名
  2012年度夏のLAシンポジウム
- 発表場所
  京都府宮津市宮津ロイヤルホテル
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[学会発表] 海藻全単射の漸減構築2012
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 学会等名
  2011年度冬のLAシンポジウム
- 発表場所
  京都
- 年月日
  2012-01-31
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[学会発表] run長符号化文字列の最強共通部分列計算2012
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 学会等名
  2012年度夏のLAシンポジウム
- 発表場所
  宮津市・宮津ロイヤルホテル
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[学会発表] 海藻全単射の漸減構築2012
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 学会等名
  2011年度冬のLAシンポジウム
- 発表場所
  京都市・京都大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[学会発表] 緩い類似性判定基準のもとでの特徴文字列問題アルゴリズム2011
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 学会等名
  2011年度夏のLAシンポジウム
- 発表場所
  湖西
- 年月日
  2011-07-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[学会発表] 最長共通部分配列計算におけるrun長の対数時間寄与2011
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 学会等名
  2010年冬のLAシンポジウム
- 発表場所
  京都
- 年月日
  2011-02-02
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[学会発表] 最長共通部分も配列計算におけるrun長の対数時間寄与2011
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 学会等名
  2010年度冬のLAシンポジウム
- 発表場所
  京都市・京都大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[学会発表] 緩い類似税判定基準のもとでの特徴文字列問題アルゴリズム2011
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 学会等名
  2011年度夏のLAシンポジウム
- 発表場所
  湖西市・ザヴィラ浜名湖
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[学会発表] 可能な最長部分パターンの文字列照合問題2010
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 学会等名
  2010年度夏のLAシンポジウム
- 発表場所
  氷見市・九殿浜温泉ひみのはな
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[学会発表] 可能な最長部分パターンの文字列照合問題2010
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 学会等名
  2010年夏のLaシンポジウム
- 発表場所
  氷見
- 年月日
  2010-07-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[学会発表] Flexible computation of the longest common subsequence of run-length encoded strings2010
- 著者名/発表者名
  Yoshifumi Sakai
- 学会等名
  The 13th Japan-Korea Joint Workshop on Algorithms and Computation
- 発表場所
  金沢市・金沢市文化ホール
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[学会発表] 記号毎に全順序付けられた有向非循環グラフのトポロジカルソート配列と配列の最長共通部分配列アルゴリズム2007
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 学会等名
  夏のLAシンポジウム
- 発表場所
  休暇村能登千里浜
- 年月日
  2007-07-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16092201
[学会発表] 部分文字列の最長共通部分列長計算のためのデータ集合
- 著者名/発表者名
  酒井義文
- 学会等名
  2014年度夏のLAシンポジウム
- 発表場所
  半月庵、岩国
- 年月日
  2014-07-17 – 2014-07-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26292110

1. 横井勇人 (40569729)

共同の研究課題数: 4件

共同の研究成果数: 4件
2. 鈴木徹 (70344330)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 3件
3. 中嶋正道 (20192221)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
4. 瀧本英二 (50236395)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 天野一幸 (30282031)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 田中憲司 (00309634)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 平井俊朗 (30238331)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 柴田安司 (80446260)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 田川正朋 (20226947)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件

酒井 義文 SAKAI Yoshifumi

研究課題

研究成果

共同研究者

多重文字列の極大共通部分列列挙に関する研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

変態発生制御のシグナル回路と形態異常感受性に関する研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

次世代技術を活用した異体類体色の左右差形成の分子ネットワークへのアプローチ

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

長期間の低線量放射線被曝が魚類に及ぼす遺伝的影響に関する研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ゲノミクス情報を活用して性格の個体差を生みだす魚類の性質制御遺伝子を同定する試み

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

配列アラインメントを高速に求めるための前処理に関する研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

オンライン予測の手法を用いた意思決定モデルに関する研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] Transcriptome analysis of vertebral bone in the flounder, Paralichthys olivaceus (Teleostei, Pleuronectiformes), using Illumina sequencing.2015

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Computing the longest common subsequence of two run-length encoded strings2012

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] A Fast On-Line Algorithm for the Longest Common Subsequence Problem with Constant Alphabet2012

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

ISSN

言語

データソース

[雑誌論文] Computing the longest common subsequences of two run-length encoded strings3L.-M. Chao, T.-s. Hsu, and D.-T. Lee (Eds.)2012

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

ISBN

データソース

[雑誌論文] An almost quadratic time algorithm for sparse spliced alignment2011

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] A first algorithm for multiplying min-sum permutation2011

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] A new algorithm for the characteristic string problem under loose similarity criteria2011

著者名/発表者名

酒井義文 SAKAI Yoshifumi