黒田裕 Kuroda Yutaka

研究者番号	10312240
その他のID	https://orcid.org/0000-0002-3221-4295
所属 (現在)	2024年度: 東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2016年度 – 2022年度: 東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 2014年度 – 2016年度: 東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 2011年度 – 2012年度: 東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 2010年度 – 2012年度: 東京農工大学, 大学院・工学研究院, 准教授 2009年度: 東京農工大学, 大学院・共生科学技術研究院, 准教授 … もっと見る 2007年度: 東京農工大学, 大学院・共生科学技術研究院, 准教授 2006年度: 東京農工大学, 大学院共生科学技術研究院, 助教授 2005年度: 東京農工大学, 大学院・共生科学技術研究部, 助教授 2004年度: 国立大学法人東京農工大学, 大学院・共生科学技術研究部, 助教授隠す
審査区分/研究分野	研究代表者生体生命情報学 / 生物物理学 / ゲノム生物学 / 小区分43020:構造生物化学関連 / 生物物理学 / 生物分子化学 / 生物分子科学 / 理工系 / 理工系研究代表者以外小区分27040:バイオ機能応用およびバイオプロセス工学関連
キーワード	研究代表者生物物理 / 溶解性制御タグ / デング / バイオテクノロジー / タンパク質 / タンパク質断片 / 免疫原性 / 組換えタンパク質 / 機械学習 / Strutural domain … もっと見る / 構造予測 / 構造ドメイン / 生物発光 / SEPタグ / 溶解度向上タグ / 蛋白質 / 構造安定性 / 凝集形成の分光計測 / アモルファス凝集 / 可溶性ペプチドタグ / 細胞毒性 / サポートベクターマシン / タンパク質ドメイン / 高速専用計算機 / 分子動力学シミュレーション / β構造 / 全原子 / 膵島アミロイドペプチド / バイオインフォマティクス / 会合性の制御 / 免疫増強 / コロナ / ウイルスタンパク質 / 免疫応答解析 / 生体分子 / 免疫学 / 抗原性 / computer aided / Large scale / Machine learning / Domain linkers / Support Vector Machine(SVM) / Domain boundary prediction / 機会学習 / コンピュータを用いた / 網羅的 / ドメインリンカー / SVM / ドメイン境界予測 / Ensemble learning / Support Vector Machine (SVM) / Neural Network / Protein structure prediction / Domain boundary / 集団学習 / サポートベクターマシン(SVM) / ニューラルネットワーク / 蛋白質構造予測 / ドメイン境界 / 溶菌 / VanX / ランダム変異 / 探索法 / SS結合 / 生物活性物質の探索 / 蛋白質工学 / 溶解度向上ペプチド系タグ / 天然状態 / 逆相HPLC / 可溶化タグ / 折り畳み / SS結合ミスマッチ / 回帰解析 / 蛋白質凝集 / ホスト・ゲスト法 / 単純化タンパク質 / 熱力学 / 溶解度測定 / 会合自由エネルギー / タンパク質凝集 / 変異体解析 / 熱力学解析 / シミュレーション / 蛋白質と水 / 溶解度 / 熱測定 / 蛋白質の折り畳み … もっと見る研究代表者以外メカノバイオロジー / ネスチン / 転写因子 / 転写制御 / ナノニードル / AFM / 中間径フィラメント隠す

中間径フィラメントが媒介するメカニカルな転写モジュレ－ション
- 研究代表者
  
  中村史
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分27040:バイオ機能応用およびバイオプロセス工学関連
- 研究機関
  東京農工大学
溶解性制御タグを用いたタンパク質の凝集性と免疫原性の関係解明及びその制御法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  黒田裕
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分43020:構造生物化学関連
- 研究機関
  東京農工大学
ペプチドタグを用いたタンパク質のアモルファス凝集体の制御及びその細胞毒性の解析研究代表者
- 研究代表者
  
  黒田裕
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2019
- 研究種目
  
  特別研究員奨励費
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  東京農工大学
ペプチド系溶解性制御タグによるタンパク質抗原性の制御及びその分子機構の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  黒田裕
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2017
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  東京農工大学
神経ペプチドの体系的なデータベースの構築と機械学習法を用いたその構造傾向性の予測研究代表者
- 研究代表者
  
  黒田裕
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2016
- 研究種目
  
  特別研究員奨励費
- 研究分野
  
  ゲノム生物学
- 研究機関
  東京農工大学
天然型SS結合を有する分子量1万の最小レポータ蛋白質の大腸菌を用いた改変研究代表者
- 研究代表者
  
  黒田裕
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2015
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  生物分子化学
- 研究機関
  東京農工大学
タグ技術を用いた多数SS結合蛋白質の新規改変法及び優れた最小ルシフェラーゼの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  黒田裕
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2012
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  生物分子科学
- 研究機関
  東京農工大学
少数のアミノ酸置換による蛋白質の主鎖構造の揺らぎの設計法の開発及びその効果の解析研究代表者
- 研究代表者
  
  黒田裕
- 研究期間 (年度)
  2009 – 2010
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  東京農工大学
アミノ酸配列からタンパク質溶解度を計算する高精度計算システムの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  黒田裕
- 研究期間 (年度)
  2009 – 2011
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京農工大学
サポートベクターマシン(SVM)を用いたドメイン境界を同定する予測システムの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  黒田裕
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2007
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京農工大学
アミノ酸配列単純化法を用いた蛋白質のフォールディング・溶解度を定量的に調べる研究研究代表者
- 研究代表者
  
  黒田裕
- 研究期間 (年度)
  2004 – 2005
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  東京農工大学
新規蛋白質のドメイン領域をアミノ酸配列情報から同定するニューラルネットの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  黒田裕
- 研究期間 (年度)
  2004 – 2005
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京農工大学

[図書] タンパク質のアモルファス凝集と溶解性―基礎研究からバイオ産業・創薬研究への応用まで―2019
- 著者名/発表者名
  黒田裕、有坂文雄（監修）
- 総ページ数
  283
- 出版者
  シーエムシー出版
- ISBN
  9784781313979
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[図書] 化学工業「タンパク質表面電荷が溶解性に及ぼす影響の格子モデル解析」2019
- 著者名/発表者名
  小原真、黒田裕
- 出版者
  化学工業社
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[図書] 物理化学で用いられる量・単位・記号要約版2011
- 著者名/発表者名
  朽津耕三、黒田裕、志田忠正
- 総ページ数
  11
- 出版者
  グリーンブック要約版・訳書作成委員会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[図書] 邦訳:「物理化学で用いられる量・単位・記号要約版2010
- 著者名/発表者名
  朽津耕三、黒田裕、志田忠正
- 総ページ数
  11
- 出版者
  日本化学会グリーンブック要約版・訳書作成委員会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[図書] 邦訳:「物理化学で用いられる量・単位・記号要約版2010
- 著者名/発表者名
  朽津耕三、黒田裕、志田忠正
- 総ページ数
  11
- 出版者
  日本化学会グリーンブック要約版・訳書作成委員会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[図書] 生物物理48(3)「タンパク質溶解性向上技術〜SEP-tagについて〜」2008
- 著者名/発表者名
  加藤淳、泉川直重、黒田裕
- 出版者
  生物物理
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[図書] タンパク質溶解性向上技術〜SEP-tagについて〜2008
- 著者名/発表者名
  加藤淳、泉川直重、黒田裕
- 総ページ数
  48
- 出版者
  生物物理
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[図書] タンパク質の人工設計:「生物物理ハンドブック」石渡信一、桂勲、桐野豊、美宅成樹編集2007
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 出版者
  朝倉書店
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[図書] タンパク質の人工設計 : 「生物物理ハンドブック」(石渡信一, 桂勲, 桐野豊, 美宅成樹編集)2007
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 総ページ数
  680
- 出版者
  朝倉書店
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[図書] バイオインフォマティクス事典、(日本バイオインフォマティクス学会<JSBi学会>編集)2006
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 総ページ数
  805
- 出版者
  共立出版
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[図書] 生物物理ハンドブック(石渡信一、桂勲、桐野豊、美宅成樹編)2006
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 出版者
  朝倉書店(出版予定)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16041247
[図書] 生物物理ハンドブック(石渡信一, 桂勲, 桐野豊, 美宅成樹編)2006
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 出版者
  朝倉書店
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[図書] バイオインフォマティクス事典、日本バイオインフォマティクス学2006
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 総ページ数
  834
- 出版者
  共立出版
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[図書] 生物物理ハンドブック(石渡信一、桂勲、桐野豊、美宅成樹編)2006
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 出版者
  朝倉書店(出版予定)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[図書] 計算手法を用いて見るタンパク質立体構造概論東京大学バイオインフォマティクス集中講義(高木利久(監修))2004
- 著者名/発表者名
  黒田裕, 横山茂之
- 総ページ数
  140
- 出版者
  洋土社
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[図書] 計算手法を用いて見るタンパク質立体構造概論「東京大学バイオインフォマティクス集中講義」(高木利久(監修))2004
- 著者名/発表者名
  黒田裕, 横山茂之
- 出版者
  羊土社
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16041247
[図書] 計算手法を用いて見るタンパク質立体構造概論東京大学「バイオインフォマティクス集中講義」(高木利久(監修))2004
- 著者名/発表者名
  黒田裕, 横山茂之
- 総ページ数
  68
- 出版者
  羊土社
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[図書] Bioinformatics Handbook (Edited by Japanese Bioinformatics Society) (Editor Miyuano S. et al.)
- 著者名/発表者名
  Y.Kuroda
- 出版者
  Kyoritsu Shuppan (contribution to)
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[雑誌論文] Stochastic modelling of the effects of human-mobility restriction and viral infection characteristics on the spread of COVID-192021
- 著者名/発表者名
  Ando Shiho、Matsuzawa Yuki、Tsurui Hiromichi、Mizutani Tetsuya、Hall Damien、Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 11(1) 号: 1 ページ: 6856-6856
- DOI
  10.1038/s41598-021-86027-2
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[雑誌論文] Nanometer-Sized Aggregates Generated Using Short Solubility Controlling Peptide Tags Do Increase the In Vivo Immunogenicity of a Nonimmunogenic Protein2020
- 著者名/発表者名
  Rahman Nafsoon、Islam Mohammad Monirul、Unzai Satoru、Miura Shiho、Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Molecular Pharmaceutics
  
  巻: 17(5) 号: 5 ページ: 1629-1637
- DOI
  10.1021/acs.molpharmaceut.0c00071
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[雑誌論文] Thermodynamic Analysis of Point Mutations Inhibiting High-Temperature Reversible Oligomerization of PDZ32020
- 著者名/発表者名
  Saotome Tomonori、Mezaki Taichi、Brindha Subbaian、Unzai Satoru、Martinez Jose C.、Kidokoro Shun-ichi、Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Biophysical Journal
  
  巻: 119(7) 号: 7 ページ: 1391-1401
- DOI
  10.1016/j.bpj.2020.08.023
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[雑誌論文] How A Novel Scientific Concept Was Coined the “Molten Globule State”2020
- 著者名/発表者名
  Kuroda Yutaka、Endo Shigeru、Nakamura Haruki
- 雑誌名
  
  Biomolecules
  
  巻: 10 号: 2 ページ: 269-269
- DOI
  10.3390/biom10020269
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[雑誌論文] Anti-Dengue ED3 Long-Term Immune Response With T-Cell Memory Generated Using Solubility Controlling Peptide Tags2020
- 著者名/発表者名
  Islam Mohammad M.、Miura Shiho、Hasan Mohammad N.、Rahman Nafsoon、Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Frontiers in Immunology
  
  巻: 11 ページ: 333-333
- DOI
  10.3389/fimmu.2020.00333
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[雑誌論文] Reversible oligomerization and reverse hydrophobic effect induced by isoleucine tags attached at the C-terminus of a simplified BPTI variant2020
- 著者名/発表者名
  Shigeyoshi Nakamura, MD. Golam Kibria, Satoru Unzai, Yutaka Kuroda, Shun-ichi Kidokoro
- 雑誌名
  
  Biochemistry
  
  巻: 59 号: 39 ページ: 3660-3668
- DOI
  10.1021/acs.biochem.0c00436
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K02950, KAKENHI-PROJECT-18H02385
[雑誌論文] The immunogenicity of an anti-EGFR single domain antibody (VHH) is enhanced by misfolded amorphous aggregation but not by heat-induced aggregation2020
- 著者名/発表者名
  Kibria Md. Golam、Akazawa-Ogawa Yoko、Rahman Nafsoon、Hagihara Yoshihisa、Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  European Journal of Pharmaceutics and Biopharmaceutics
  
  巻: 152 ページ: 164-174
- DOI
  10.1016/j.ejpb.2020.05.006
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[雑誌論文] A systematic mutational analysis identifies a 5‐residue proline tag that enhances the in vivo immunogenicity of a non‐immunogenic model protein2020
- 著者名/発表者名
  Rahman Nafsoon、Islam Mohammad Monirul、Kibria Md. Golam、Unzai Satoru、Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  FEBS Open Bio
  
  巻: 10(10) 号: 10 ページ: 1947-1956
- DOI
  10.1002/2211-5463.12941
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[雑誌論文] Solution structure of Gaussia Luciferase with five disulfide bonds and identification of a putative coelenterazine binding cavity by heteronuclear NMR.2020
- 著者名/発表者名
  N. Wu, N. Kobayashi, K. Tsuda, S. Unzai, T. Saotome, Y. Kuroda and T. Yamazaki.
- 雑誌名
  
  Sci. Rep.
  
  巻: 10 号: 1 ページ: 20069-20069
- DOI
  10.1038/s41598-020-76486-4
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152, KAKENHI-PROJECT-18H02385
[雑誌論文] Design and assessment of an active anti-epidermal growth factor receptor (EGFR) single chain variable fragment (ScFv) with improved solubility2019
- 著者名/発表者名
  Nautiyal Kalpana、Kibria Md Golam、Akazawa-Ogawa Yoko、Hagihara Yoshihisa、Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Biochemical and Biophysical Research Communications
  
  巻: 508(4) 号: 4 ページ: 1043-1049
- DOI
  10.1016/j.bbrc.2018.11.170
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[雑誌論文] A novel caged Cookson‐type reagent toward a practical vitamin D derivatization method for mass spectrometric analyses2019
- 著者名/発表者名
  Seki Masahiko、Sato Makoto、Takiwaki Masaki、Takahashi Koji、Kikutani Yoshikuni、Satoh Mamoru、Nomura Fumio、Kuroda Yutaka、Fukuzawa Seketsu
- 雑誌名
  
  Rapid Communications in Mass Spectrometry
  
  巻: 34 号: 7
- DOI
  10.1002/rcm.8648
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385, KAKENHI-PROJECT-17KT0124, KAKENHI-PROJECT-18K07462
[雑誌論文] Hydrophobic surface residues can stabilize a protein through improved water?protein interactions2019
- 著者名/発表者名
  Islam Mohammad M.、Kobayashi Kei、Kidokoro Shun‐Ichi、Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  The FEBS Journal
  
  巻: 286（20）号: 20 ページ: 4122-4134
- DOI
  10.1111/febs.14941
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385, KAKENHI-PROJECT-17K05926
[雑誌論文] Large-scale all-atom molecular dynamics alanine-scanning of IAPP octapeptides provides insights into the molecular determinants of amyloidogenicity2019
- 著者名/発表者名
  Tambi Richa、Morimoto Gentaro、Kosuda Satoshi、Taiji Makoto、Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 9(1) 号: 1 ページ: 2530-2530
- DOI
  10.1038/s41598-018-38401-w
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[雑誌論文] Folding of the Ig-like domain of the envelope protein from dengue virus analyzed by high hydrostatic pressure NMR at a residue-level resolution2019
- 著者名/発表者名
  Saotome Tomonori, Doret Maxime, Kulkarni R Manjiri, Yang Yin-Shan, Barthe Philippe, Kuroda Yutaka, Roumestand Christian
- 雑誌名
  
  Biomolecules
  
  巻: 9（8）号: 8 ページ: 309-309
- DOI
  10.3390/biom9080309
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[雑誌論文] Misfolding of a Single Disulfide Bonded Globular Protein into a Low-Solubility Species Conformationally and Biophysically Distinct from the Native One2019
- 著者名/発表者名
  Saotome Tomonori、Yamazaki Toshio、Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Biomolecules
  
  巻: 9（6）号: 6 ページ: 250-250
- DOI
  10.3390/biom9060250
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385, KAKENHI-PROJECT-17F17392
[雑誌論文] Reversible association of proteins into sub-visible amorphous aggregates using short solubility controlling peptide tags2018
- 著者名/発表者名
  Kabir Md. Golam、Islam Mohammad Monirul、Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics
  
  巻: 1866(2) 号: 2 ページ: 366-372
- DOI
  10.1016/j.bbapap.2017.09.012
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] A SEP tag enhances the expression, solubility and yield of recombinant TEV protease without altering its activity2018
- 著者名/発表者名
  Nautiyal Kalpana、Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  New Biotechnology
  
  巻: 42 ページ: 77-84
- DOI
  10.1016/j.nbt.2018.02.006
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] Biophysical studies of protein solubility and amorphous aggregation by systematic mutational analysis and a helical polymerization model2018
- 著者名/発表者名
  Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Biophysical Reviews
  
  巻: 10(2) 号: 2 ページ: 473-480
- DOI
  10.1007/s12551-017-0342-y
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] A hetero-micro-seeding strategy for readily crystallizing closely related protein variants2017
- 著者名/発表者名
  Islam Mohammad M.、Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Biochemical and Biophysical Research Communications
  
  巻: 493(1) 号: 1 ページ: 504-508
- DOI
  10.1016/j.bbrc.2017.08.161
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] Fast H-DROP: A thirty times accelerated version of H-DROP for interactive SVM-based prediction of helical domain linkers2017
- 著者名/発表者名
  Richa Tambi, Shoichi Ide, Teppei Ebina, Yutaka Kuroda
- 雑誌名
  
  Journal of Computer-Aided Molecular Design
  
  巻: 31（2）号: 2 ページ: 237-244
- DOI
  10.1007/s10822-016-9999-8
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080, KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] Crystal structures of highly simplified BPTIs provide insights into hydration-driven increase of unfolding enthalpy2017
- 著者名/発表者名
  M. M. Islam, M. Yohda, S. I. Kidokoro, Y. Kuroda
- 雑誌名
  
  Sci. Rep.
  
  巻: ７号: 1 ページ: 41205-41205
- DOI
  10.1038/srep41205
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00753, KAKENHI-PROJECT-16H04572, KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] Thermodynamics of the Thermal Denaturation of Acid Molten Globule State of Cytochrome c Indicate a Reversible High-Temperature Oligomerization Process2017
- 著者名/発表者名
  Nakamura Shigeyoshi、Saotome Tomonori、Nakazawa Akiko、Fukuda Masao、Kuroda Yutaka、Kidokoro Shun-ichi
- 雑誌名
  
  Biochemistry
  
  巻: 56(18) 号: 18 ページ: 2372-2378
- DOI
  10.1021/acs.biochem.6b01225
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] All-atom molecular dynamics analysis of multi-peptide systems reproduces peptide solubility in line with experimental observations2016
- 著者名/発表者名
  Yutaka Kuroda, Atsushi Suenaga, Yuji Sato, Satoshi Kosuda, Makoto Taiji
- 雑誌名
  
  Scientific Reports 6
  
  巻: 6 号: 1 ページ: 19479-19479
- DOI
  10.1038/srep19479
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080, KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] Modeling and experimental assessment of a buried Leu-Ile mutation in Dengue envelope protein domain III2016
- 著者名/発表者名
  Kulkarni R Manjiri, Numoto Nobutaka, Ito Nobutoshi, Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Biochemical and Biophysical research Communications
  
  巻: 471(1) 号: 1 ページ: 163-168
- DOI
  10.1016/j.bbrc.2016.01.159
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] A novel screening system based on VanX mediated autolysis - application to Gaussia luciferase2016
- 著者名/発表者名
  Wu Nan, Kamioka Tetsuya, Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Biotechnol Bioeng
  
  巻: 印刷中号: 7 ページ: 1413-1420
- DOI
  10.1002/bit.25910
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432, KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] Unusual Reversible Oligomerization of Unfolded Dengue Envelope Protein Domain 3 at High Temperatures and Its Abolition by a Point Mutation2016
- 著者名/発表者名
  Saotome Tomonori、Nakamura Shigeyoshi、Islam Mohammad M.、Nakazawa Akiko、Dellarole Mariano、Arisaka Fumio、Kidokoro Shun-ichi、Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Biochemistry
  
  巻: 55(32) 号: 32 ページ: 4469-4475
- DOI
  10.1021/acs.biochem.6b00431
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] Amorphous protein aggregation monitored using fluorescence self-quenching2016
- 著者名/発表者名
  Hiroki Jozawa, Golam M Kabir, Tamotsu Zako, Mizuo Maeda, Kazuhiro Chiba, Yutaka Kuroda
- 雑誌名
  
  FEBS Lett.
  
  巻: 590(20) 号: 20 ページ: 3501-3509
- DOI
  10.1002/1873-3468.12439
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080, KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] Plant-PrAS: A database of physicochemical and structural properties, and novel functional regions in plant proteomes2015
- 著者名/発表者名
  Atsushi Kurotani, Yutaka Yamada, Kazuo Shinozaki, Yutaka Kuroda, and Tetsuya Sakurai
- 雑誌名
  
  Plant and Cell Physiology
  
  巻: 56(1) 号: 1 ページ: e11-e11
- DOI
  10.1093/pcp/pcu176
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[雑誌論文] Bacterial expression and re-engineering of Gaussia princeps luciferase and its use as a reporter protein2015
- 著者名/発表者名
  Wu Nan, Rathnayaka Tharangani, Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Biochim Biophys Acta
  
  巻: 1854 号: 10 ページ: 1392-9
- DOI
  10.1016/j.bbapap.2015.05.008
- 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432, KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] 光セルフクエンチを用いたアモルファス凝集形成機構の解析2015
- 著者名/発表者名
  如澤浩樹, 座古保, 前田瑞夫, 千葉一裕, 黒田裕
- 雑誌名
  
  月刊「バイオインダストリー」
  
  巻: 9月号ページ: 36-41
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] 蛍光セルフクエンチを用いたアモルファス凝集形成機構の解析2015
- 著者名/発表者名
  如澤浩樹, 座古保, 前田瑞夫, 千葉一裕, 黒田裕
- 雑誌名
  
  月刊バイオインダストリー(シーエムシー出版)
  
  巻: 9月号ページ: 36-41
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[雑誌論文] Analysis and control of protein crystallization using short peptide tags that change solubility without structure, thermal stability and function2015
- 著者名/発表者名
  Islam M, Nakamura S, Noguchi K, Yohda M, Kidokoro S, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  Crystal Growth Design
  
  巻: 15 号: 6 ページ: 2703-2711
- DOI
  10.1021/acs.cgd.5b00010
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25400426, KAKENHI-PROJECT-26560432, KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] Structural and biophysical analysis of sero-specific immune responses using epitope grafted Dengue ED3 mutants2015
- 著者名/発表者名
  Kulkarni R Manjiri, Islam M Mohammad, Numoto Nobutaka, Elahi Montasir, Mahib R Mamunur, Ito Nobutoshi, Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Biochim Biophys Acta
  
  巻: 1854 号: 10 ページ: 1438-43
- DOI
  10.1016/j.bbapap.2015.07.004
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432, KAKENHI-PROJECT-15H04359
[雑誌論文] Biochemical and biophysical characterization of an unexpected bacteriolysis activity of VanX- a member of the vancomycin-resistance vanA gene cluster-2014
- 著者名/発表者名
  Shihori Sohya, Tetsuya Kamioka, Chisako Fujita, Tei Maki, Yoshihiro Ohta, and Yutaka Kuroda
- 雑誌名
  
  J Biol, Chem
  
  巻: 289(52) 号: 52 ページ: 35686-35694
- DOI
  10.1074/jbc.m114.590265
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[雑誌論文] H-DROP: an SVM based helical domain linker predictor trained with features optimized by combining random forest and stepwise selection2014
- 著者名/発表者名
  Teppei Ebina, Suzuki Ryosuke, Ryotaro Tsuji, Yutaka Kuroda
- 雑誌名
  
  J Comput Aided Mol Des
  
  巻: 28(8) 号: 8 ページ: 831-839
- DOI
  10.1007/s10822-014-9763-x
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[雑誌論文] Correlations between protein disorder and post-translational modifications in plants2014
- 著者名/発表者名
  3. Kurotani A, Tokmakov AA, Kuroda Y, Fukami Y, Shinozaki K, Sakurai T.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: v. 30 号: 8 ページ: 1095-1103
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btt762
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440023, KAKENHI-PROJECT-26560432
[雑誌論文] Probing the physical determinants of thermal expansion of folded proteins2013
- 著者名/発表者名
  Dellarole M, Kobayashi K, Rouget JB, Caro A, Roche J, Islam MM,Garcia-Moreno BE, Kuroda Y, Royer CA
- 雑誌名
  
  J Phys Chem B
  
  巻: (in press)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[雑誌論文] High resolution crystal structure of dengue-3 envelope protein domain III suggests possible molecular mechanisms for serospecific antibody recognition2013
- 著者名/発表者名
  Elahi M, Islam M M, Noguchi K, Yohda M, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  Proteins
  
  巻: 81(6) 号: 6 ページ: 1090-1095
- DOI
  10.1002/prot.24237
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[雑誌論文] Extraction of Recombinant Protein from E.coli by Using a Novel Cell Autolysis Activity of VanX2013
- 著者名/発表者名
  Kamioka T, Sohya S, Wu N, Maki T, Matsuda T, Ikegami T, Nakamura H, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  Analytical Biochemistry
  
  巻: in press
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[雑誌論文] Extraction of recombinantprotein from E.coli by using a novel cell autolysis activity of VanX2013
- 著者名/発表者名
  Kamioka T, Sohya S, Wu N, Maki T, Matsuda T, Ikegami T, Nakamura H, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  Analytical Biochemistry
  
  巻: (in press) 号: 2 ページ: 212-217
- DOI
  10.1016/j.ab.2013.04.007
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213, KAKENHI-PROJECT-25440069
[雑誌論文] Experimental identification and theoretical analysis of a thermallystabilized green fluorescent protein variant2012
- 著者名/発表者名
  Akiyama S, Suenaga A, Kobayashi T, Kamioka T, Taiji M, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  Biochemistry
  
  巻: 51(40) 号: 40 ページ: 7974-7982
- DOI
  10.1021/bi300580j
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[雑誌論文] Analysis of amino acid contributions to protein solubility using short peptide tags fused to a simplified BPTI variant2012
- 著者名/発表者名
  Islam M M, Khan M M A, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  BBA Proteins and Proteomics
  
  巻: 1824(10) 号: 10 ページ: 1144-1150
- DOI
  10.1016/j.bbapap.2012.06.005
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[雑誌論文] VanXの溶菌活性の解明と菌体内生産物の精製工程の簡略化2011
- 著者名/発表者名
  黒田裕、上岡哲矢、惣谷志保里
- 雑誌名
  
  未来材料
  
  巻: 11(7) ページ: 32-36
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[雑誌論文] DROP : an SVM domain linker predictor trained with optimal features selected by random forest2011
- 著者名/発表者名
  Ebina Teppei, Toh Hiroyuki, Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 27(4) ページ: 487-494
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[雑誌論文] Solubilization and folding of a fully active recombinant Gaussia luciferase with native disulfide bonds by using a SEP-tag2011
- 著者名/発表者名
  Rathnayaka T, Tawa M, Nakamura T, SohyaS, Kuwajima K, Yohda M, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  Biochim Biophys Acta. Proteins and Proteomics
  
  巻: 1814(12) 号: 12 ページ: 1775-1778
- DOI
  10.1016/j.bbapap.2011.09.001
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110, KAKENHI-PROJECT-21370067, KAKENHI-PUBLICLY-22020011, KAKENHI-PROJECT-23651213
[雑誌論文] VanXの溶菌活性の解明と菌体内生産物の精製工程の簡略化2011
- 著者名/発表者名
  黒田裕、上岡哲也、惣谷志保里
- 雑誌名
  
  未来材料
  
  巻: 11(7) ページ: 32-36
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] DROP : an SVM domain linker predictor trained with optimal features selected by random forest2011
- 著者名/発表者名
  Ebina T, Toh H, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 27(4) 号: 4 ページ: 487-494
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btq700
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] ジュネーブ・Swiss-Protグループの紹介2010
- 著者名/発表者名
  黒田裕, Lieberherr Damien
- 雑誌名
  
  生物物理
  
  巻: 50(5) ページ: 252-253
- NAID
  10026670731
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[雑誌論文] Mathematical Model for Empirically Optimizing Large Scale Production of Soluble Protein Domains2010
- 著者名/発表者名
  Eisuke Chikayama, Atsushi Kurodani, Takanori Tanaka, Takashi Yabuki, Satoshi Miyazaki, Shigeyuki Yokoyama, Yutaka Kuroda
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 11 ページ: 113-113
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] ジュネーブ・Swiss-Protグループの紹介2010
- 著者名/発表者名
  黒田裕, Lieberherr Damien
- 雑誌名
  
  生物物理
  
  巻: 50(5) ページ: 252-253
- NAID
  10026670731
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] Mathematical Model for Empirically Optimizing Large Scale Production of Soluble Protein Domains2010
- 著者名/発表者名
  Eisuke Chikayama, Atsushi Kurodani, Takanori Tanaka, Takashi Yabuki, Satoshi Miyazaki, Shigeyuki Yokoyama, Yutaka Kuroda
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 11 ページ: 113-113
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[雑誌論文] Prediction of protein motions from amino acid sequence and its application to protein-protein interaction2010
- 著者名/発表者名
  Shuichi Hirose, Kiyonobu Yokota, Yutaka Kuroda, Hiroshi Wako, Shigeru Endo, Satoru Kanai, Tamotsu Noguchi
- 雑誌名
  
  BMC Structural Biology
  
  巻: 10 ページ: 20-20
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] Mathematical Model for Empirically Optimizing Large Scale Production of Soluble Protein Domains2010
- 著者名/発表者名
  Chikayama E, Kurotani A, Tanaka T, Yabuki T, Miyazaki S, Yokoyama S, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics 11
  
  ページ: 113-113
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] Prediction of protein motions from amino acid sequence and its application to protein-protein interaction2010
- 著者名/発表者名
  Shuichi Hirose, Kiyonobu Yokota, Yutaka Kuroda, Hiroshi Wako, Shigeru Endo, Satoru Kanai, Tamotsu Noguchi
- 雑誌名
  
  BMC Structural Biology
  
  巻: 10 ページ: 20-20
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[雑誌論文] Biophysical characterization of highly active recombinant Gaussia luciferase expressed in Escherichia coli2010
- 著者名/発表者名
  Rathnayaka Tharangani, Tawa Minako, Sohya Shihori, Yohda Masafumi, Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Biochim Biophys Acta
  
  巻: 1804(9) ページ: 1902-1907
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] Biophysical characteriza-tion of highly active recombinant Gaussia luciferase expressed in Escherichia coli2010
- 著者名/発表者名
  Rathnayaka T, Tawa M, Sohya S, Yohda M, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  Biochim Biophys Acta
  
  巻: 1804(9) ページ: 1902-1907
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] Mathematical Model for Empirically Optimizing Large Scale Production of Soluble Protein Domains2010
- 著者名/発表者名
  Chikayama E, Kurotani A, Tanaka T, Yabuki T, Miyazaki S, Yokoyama S, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 11 号: 1 ページ: 113-113
- DOI
  10.1186/1471-2105-11-113
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] Mathematical Model for Empirically Optimizing Large Scale Production of Soluble Protein Domains2010
- 著者名/発表者名
  Chikayama Eisuke, Kurotani Atsushi, Tanaka Takanori, Yabuki Takashi, Miyazaki Satoshi, Yokoyama Shigeyuki, Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics 11
  
  ページ: 113-113
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[雑誌論文] Prediction of protein motions from amino acid sequence and its application to protein-protein interaction2010
- 著者名/発表者名
  Hirose S, Yokota K, Kuroda Y, Wako H, Endo S, Kanai S, Noguchi T
- 雑誌名
  
  BMC Structural Biology
  
  巻: 10 号: 1 ページ: 20-20
- DOI
  10.1186/1472-6807-10-20
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] Biophysical characterization of highly active recombinant Gaussia luciferase expressed in Escherichia coli2010
- 著者名/発表者名
  Rathnayaka Tharangani, Tawa Minako, Sohya Shihori, Yohda Masafumi, Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Biochim Biophys Acta
  
  巻: 1804(9) ページ: 1902-1907
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[雑誌論文] Loop-length dependent SVM prediction of domain linkers for high-throughput structural proteomics2009
- 著者名/発表者名
  Ebina Teppei, Toh Hiroyuki, Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Biopolymers 92
  
  ページ: 1-8
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[雑誌論文] Improved protein splicing reaction for low solubility protein fragments without insertion of native extein residues(NERs)2009
- 著者名/発表者名
  Kamioka T, Tawa M, Sohya S, Yamazaki T, Kuroda
- 雑誌名
  
  Biopolymers(Peptide Science)
  
  巻: 92(5) 号: 5 ページ: 465-470
- DOI
  10.1002/bip.21261
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] Loop-length dependent SVM prediction of domain linkers for high-throughout structural proteomics2009
- 著者名/発表者名
  Ebina T, Toh H, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  Biopolymers 92
  
  ページ: 1-8
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] 蛋白質の構造形成に必要な最小情報とは-単純化ウシ膵臓トリプシン阻害蛋白質変異体構造と熱力学-2009
- 著者名/発表者名
  加藤淳、モハマド M イスラム、黒田裕
- 雑誌名
  
  蛋白質核酸酵素 54(5)
  
  ページ: 643-648
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] Thermodynamic and structural analysis of highly stabilizing single and double mutations in BPTI variants2009
- 著者名/発表者名
  Islam M Mohammad, Shihori Sohya, Keiichi Noguchi, Shun-Ichi Kidokoro, Masafumi Yohda, Yutaka Kuroda
- 雑誌名
  
  PROTEINS 77
  
  ページ: 962-970
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[雑誌論文] Loop-length dependent SVM prediction of domain linkers for high-throughput structural proteomics2009
- 著者名/発表者名
  Ebina T, Toh H, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  Biopolymers
  
  巻: 92 号: 1 ページ: 1-8
- DOI
  10.1002/bip.21105
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] Improved protein splicing reaction for low solubility protein fragments without insertion of native extein residues(NERs)2009
- 著者名/発表者名
  Kamioka Tetsuya, Tawa Minako, Sohya Shihori, Yamazaki Toshio, Kuroda Yutaka
- 雑誌名
  
  Biopolymers(Peptide Science) 92(5)
  
  ページ: 465-470
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[雑誌論文] Improved protein splicing reaction for low solubility protein fragments without insertion of native extein residues(NERs)2009
- 著者名/発表者名
  Kamioka T, Tawa M, Sohya S, Yamazaki T, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  Biopolymers (Peptide Science) 92(5)
  
  ページ: 465-470
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] Thermodynamic and structural analysis of highly stabilizing single and double mutations in BPTI variants2009
- 著者名/発表者名
  Islam M M, Sohya S, Noguchi K, S Kidokoro S, Yohda M, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  PROTEINS 77
  
  ページ: 962-970
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] 蛋白質の構造形成に必要な最小情報とは―単純化ウシ膵臓トリプシン阻害蛋白質変異体構造と熱力学―2009
- 著者名/発表者名
  加藤淳、イスラムMモハマド、黒田裕
- 雑誌名
  
  蛋白質核酸酵素 54(5)
  
  ページ: 643-648
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[雑誌論文] Thermodynamic and structural analysis of highly stabilizing single and double mutations in BPTI variants2009
- 著者名/発表者名
  Islam M M, Sohya S, Noguchi K, KidokoroS, Yohda M, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  PROTEINS
  
  巻: 77 号: 4 ページ: 962-970
- DOI
  10.1002/prot.22522
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[雑誌論文] Methods for Enhancing Protein Solubility and the Effect of SEP-Tags on Protein Solubility (in Japanese)2008
- 著者名/発表者名
  A., IKato, N., zumikawa, Y., Kuroda
- 雑誌名
  
  SeibutsuButsuri 48 3)
  
  ページ: 185-189
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[雑誌論文] Mutational analysis of protein solubility enhancement using short peptide tags2007
- 著者名/発表者名
  A., Kato, K., Maki, T., Ebina, K., Kuwajima, K., Soda, Y., Kuroda
- 雑誌名
  
  Biopolymers 84(2)
  
  ページ: 12-18
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[雑誌論文] Thermodynamic properties of BPTI variants with highly simplified amino acid sequences2007
- 著者名/発表者名
  Kato, A., Yamada, M., Nakamura, S., Kidokoro. S-I., Kuroda, Y.
- 雑誌名
  
  J. Mol. Biol 372(3)
  
  ページ: 737-746
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[雑誌論文] SEIBUTUBUTSURI-HANDBOOK (Artificial design of protein : Handbook of Biophysics, in Japanese)2007
- 著者名/発表者名
  Y., Kuroda (contribution to)
- 雑誌名
  
  Published by Asakura Shoten, (Editor Ishiwatari, S., et. al.) 680
  
  ページ: 491-492
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[雑誌論文] Thermodynamic properties of BPTI variants with highly simplified amino acid sequences2007
- 著者名/発表者名
  A., Kato, M., Yamada, S., Nakamura, S-I., Kidokoro. Y., Kuroda
- 雑誌名
  
  J. Mol. Biol 372(3)
  
  ページ: 737-746
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[雑誌論文] POODLE-L: A two-level SVM prediction system for reliably predicting long disordered regions2007
- 著者名/発表者名
  Hirose, S., Shimizu, K., Kanai, S., Kuroda, Y., and Noguchi T.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 8
  
  ページ: 2046-2053
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[雑誌論文] Mutational analysis of protein solubility enhancement using short peptide tags2007
- 著者名/発表者名
  Kato A., Maki K., Ebina T., Kuwajima K., Soda K., Kuroda Y.
- 雑誌名
  
  Biopolymers 85
  
  ページ: 12-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[雑誌論文] Mutational analysis of protein solubility enhancement using short peptide tags2007
- 著者名/発表者名
  Kato, A., Maki K., Ebina, T., Kuwajima, K., Soda, K., and Kuroda, Y.
- 雑誌名
  
  Biopolymers 84(2)
  
  ページ: 12-18
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[雑誌論文] POODLE-L : A two-level SVM prediction system for reliably predicting long disordered regions2007
- 著者名/発表者名
  S., Hirose, K., Shimizu, S., Kanai, Y., Kuroda, T., Noguchi
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 8
  
  ページ: 2046-2053
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[雑誌論文] Improvement of domain linker prediction by incorporating loop length-dependent characteristics2006
- 著者名/発表者名
  T.Tanaka, S.Yokoyama, Y.Kuroda
- 雑誌名
  
  Biopolymers(Peptide Science) 82(4)
  
  ページ: 161-168
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[雑誌論文] Identification of putative domain linkers by a neural network-application to a large sequence database-2006
- 著者名/発表者名
  S., Miyazaki, Y., Kuroda, S., Yokoyama
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics 7
  
  ページ: 323-323
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[雑誌論文] Sarbolouki M.N.,Structural and functional characterization of a mutant of Pseudocerastes persicus natriuretic peptide2006
- 著者名/発表者名
  Maryam M.E., Amininasab M., Hondo T., Kikuchi J., Kuroda Y., Naderi-Manesh H.
- 雑誌名
  
  Protein and Reptide Letters 13(3)
  
  ページ: 295-300
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[雑誌論文] Identification of putative domain linkers by a neural network - application to a large sequence database -2006
- 著者名/発表者名
  Miyazaki S., Kuroda Y., Yokoyama S.
- 雑誌名
  
  BMC Bioihformatics 7
  
  ページ: 323-323
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[雑誌論文] Computer-aided NMR assay for detecting natively folded structural domains2006
- 著者名/発表者名
  T.Hondoh, A.Kato, S.Yokoyama, Y.Kuroda
- 雑誌名
  
  Protein Science (in press)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[雑誌論文] Improvement of domain linker prediction by incorporating loop length-dependent characteristics2006
- 著者名/発表者名
  Tanaka T., Yokoyama S., Kuroda Y.
- 雑誌名
  
  Biopolyiners (Peptide Science) 84(2)
  
  ページ: 161-168
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[雑誌論文] Identification of putative domain linkers by a neural network-application to a large sequence database-2006
- 著者名/発表者名
  Miyazaki S., Kuroda Y., Yokoyama S.
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics 7
  
  ページ: 323-323
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[雑誌論文] Improvement of domain linker prediction by incorporating loop length-dependent characteristics2006
- 著者名/発表者名
  T.Tanaka, S.Yokoyama, Y.Kuroda
- 雑誌名
  
  Biopolymers (Peptide Science) 82(4)
  
  ページ: 161-168
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16041247
[雑誌論文] Structural and functional characterization of a mutant of Pseudocerastes persicus natriuretic peptide2006
- 著者名/発表者名
  M.M.Elmi, M.Amininasab, T.Hondoh, J.Kikuchi, Y.Kuroda, H.Naderi-Manesh, M.N.Sarbolouki
- 雑誌名
  
  Protein and Peptide Letters 13(3)
  
  ページ: 295-300
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16041247
[雑誌論文] Improvement of domain linker prediction by incorporating loop length-dependent characteristics2006
- 著者名/発表者名
  T.Tanaka, S.Yokoyama, Y.Kuroda
- 雑誌名
  
  Biopolymers (Peptide Science) 84(2)
  
  ページ: 161-168
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[雑誌論文] Computer-aided NMR assay for detecting natively folded structural domains2006
- 著者名/発表者名
  T.Hondoh, A.Kato, S.Yokoyama, Y.Kuroda
- 雑誌名
  
  Protein Science 15(4)
  
  ページ: 871-883
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[雑誌論文] Structural and functional characterization of a mutant of Pseudocerastes persicus natriuretic peptide2006
- 著者名/発表者名
  M.M.Elmi, M.Amininsab, T.Hondoh, J.Kikuchi, Y.Kuroda, H.Naderi-Manesh, M.N.Sarbolouki
- 雑誌名
  
  Protein and Peptide Letters 13(3)
  
  ページ: 295-300
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[雑誌論文] Computer-aided NMR assay for detecting natively folded structural domains2006
- 著者名/発表者名
  Hondoh T., Kato A., Yokoyama S., Kuroda Y.
- 雑誌名
  
  Protein Science 15(4)
  
  ページ: 871-883
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[雑誌論文] Structural and functional characterization of a mutant of Pseudocerastes persicus natriuretic peptide2006
- 著者名/発表者名
  M.M.Elmi, M.Amininasab, T.Hondoh, J.Kikuchi, Y.Kuroda, H.Naderi-Manesh, M.N.Sarbolouki
- 雑誌名
  
  Protein and Peptide Letters 13(3)
  
  ページ: 295-300
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[雑誌論文] Improvement of domain linker prediction by incorporating loop length-dependent characteristics2006
- 著者名/発表者名
  T.Tanaka, S.Yokoyama, Y.Kuroda
- 雑誌名
  
  Biopolymers (Peptide Science) 82(4)
  
  ページ: 161-168
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[雑誌論文] Computer-aided NMR assay for detecting natively folded structural domains2006
- 著者名/発表者名
  T.Hondoh, A.Kato, S.Yokoyama, Y.Kuroda
- 雑誌名
  
  Protein Science (in press)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16041247
[雑誌論文] Computer-aided NMR assay for detecting natively folded structural domains2006
- 著者名/発表者名
  T.Hondoh, A.Kato, S.Yokoyama, Y.Kuroda
- 雑誌名
  
  Protein Science 15
  
  ページ: 871-883
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[雑誌論文] ProteoMix : an integrated and flexible system for interactively analyzing large numbers of protein sequences2004
- 著者名/発表者名
  E.Chikayama, A.Kurotani, Y.Kuroda, S.Yokoyama
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 20
  
  ページ: 2836-2838
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[雑誌論文] ProteoMix : an integrated and flexible system for interactively analyzing large numbers of protein sequences, Bioinformatic2004
- 著者名/発表者名
  Chikayama E., Kurotani A., Kuroda Y., Yokoyama S.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 20
  
  ページ: 2836-2838
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[雑誌論文] ProteoMix : an integrated and flexible system for interactively analyzing large numbers of protein sequences, Bioinformatic2004
- 著者名/発表者名
  Chikayama E., Kurotani A., Kuroda Y., Yokoyama S.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 20
  
  ページ: 2836-2838
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16041247
[雑誌論文] Analysis of amino acid contributions to protein solubility using short peptide tags fused to a simplified BPTI variant
- 著者名/発表者名
  Islam M M, Khan M M A, Kuroda Y
- 雑誌名
  
  BBA(Proteins and Proteomics)
  
  巻: (in press)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[産業財産権] 抗原組成物2017
- 発明者名
  黒田裕、M Islam、三浦史帆、R Nafsoon、上岡哲矢
- 権利者名
  黒田裕、M Islam、三浦史帆、R Nafsoon、上岡哲矢
- 産業財産権種類
  特許
- 出願年月日
  2017
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[産業財産権] 組換ポリペプチドの発現量及び収量の向上方法2017
- 発明者名
  黒田裕、NAUTIYAL Kalpana、上岡哲矢
- 権利者名
  黒田裕、NAUTIYAL Kalpana、上岡哲矢
- 産業財産権種類
  特許
- 出願年月日
  2017
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[産業財産権] 可溶性予測装置および可溶性予測方法2009
- 発明者名
  廣瀬修一、野口保、五島直樹、河村義史、黒田裕
- 権利者名
  産業技術総合研究所、バイオ産業情報化コンソーシアム、東京農工大学
- 産業財産権番号
  2009-290519
- 出願年月日
  2009-12-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[産業財産権] 発現予測装置および発現予測方法2009
- 発明者名
  廣瀬修一、野口保、五島直樹、河村義史、黒田裕
- 権利者名
  産業技術総合研究所、バイオ産業情報化コンソーシアム、東京農工大学
- 産業財産権番号
  2009-290490
- 出願年月日
  2009-12-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[産業財産権] 国立大学法人東京農工大学2005
- 発明者名
  加藤淳, 黒田裕
- 権利者名
  東京農工大学
- 出願年月日
  2005-12-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16041247
[産業財産権] 国立大学法人東京農工大学2005
- 発明者名
  加藤淳, 黒田裕
- 権利者名
  東京農工大学
- 出願年月日
  2005-12-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[産業財産権] 国立大学法人東京農工大学2005
- 発明者名
  加藤淳, 黒田裕
- 権利者名
  東京農工大学
- 出願年月日
  2005-12-12
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16500189
[産業財産権] 国立大学法人東京農工大学2004
- 発明者名
  加藤淳, 黒田裕
- 権利者名
  東京農工大学
- 出願年月日
  2004-12-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16041247
[学会発表] 格子モデルを用いたCOVID-19等伝染性ウイルスの感染拡大シミュレーション2020
- 著者名/発表者名
  安東　紫帆、松沢　佑紀、黒田　裕
- 学会等名
  第10回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] 溶解性制御タグ（SCPタグ）を用いたタンパク質凝集体の形成速度の解析及びその制御法の開発2020
- 著者名/発表者名
  Onchaiya Sawaros、Velmurugan Punitha、黒田裕
- 学会等名
  第9回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] 静電相互作用により会合したデングED3タンパク質凝集体の物性と免疫原性の評価2020
- 著者名/発表者名
  大川真実、Rahman Nafsoon、三浦史帆、黒田裕
- 学会等名
  第9回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] デング・エンベロープ蛋白質第3ドメインのミスフォールディングと凝集2020
- 著者名/発表者名
  黒田　裕、早乙女　友規
- 学会等名
  第58回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] 溶解性制御タグ（SCPタグ）を用いたタンパク質凝集体の形成速度の解析及びその制御法の開発2020
- 著者名/発表者名
  Onchaiya Sawaros、Velmurugan Punitha、黒田裕
- 学会等名
  第9回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17F17392
[学会発表] ラテックス凝集法を用いた抗デング3 型ウイルス由来エンベロープタンパク質第3 ドメイン抗体の検出2020
- 著者名/発表者名
  井上　絢惠、福谷　星、黒田　裕
- 学会等名
  第10回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] PSD95-PDZ3 の熱変性過程で可逆的に形成された高温での可逆的なオリゴマーのリバースエンジニアリング2020
- 著者名/発表者名
  Onchaiya Sawaros、早乙女　友規、城所　俊一、黒田　裕
- 学会等名
  第10回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Amorphous aggregates of dengue variants induce irreversible depolarization of mitochondria and the release of cytochrome c. online2020
- 著者名/発表者名
  Aklima Jannatul, Velmurugan Punitha, Kuroda Yutaka, Ohta Yoshihiro
- 学会等名
  第93回日本生成化学大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17F17392
[学会発表] 新型コロナウイルスの変異体予測モデルの開発2020
- 著者名/発表者名
  Cheng ZhiRui、黒谷篤之、黒田裕
- 学会等名
  第10回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] デング熱ウィルスED3における高頻出アミノ酸変異箇所の効率的な予測手法の開発2020
- 著者名/発表者名
  Xian Jingwen、黒谷　篤之、黒田　裕
- 学会等名
  第10回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Pictet-Spengler 反応を用いた抗EGFR-VHHのN末端特異的蛍光標識2020
- 著者名/発表者名
  福谷星、福沢世傑、黒田裕
- 学会等名
  第9回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Nanometer scale sub-visible aggregates can enhance a protein's immunogenicity2019
- 著者名/発表者名
  Rahman Nafsoon, Islam M Mohammad, Unzai Satoru, Kuroda Yutaka
- 学会等名
  第19回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] 液液相分離の粗粒化モデル作成2019
- 著者名/発表者名
  小原真、河村直樹、黒田裕
- 学会等名
  第8回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Biophysical studies of protein misfolding, solubility,and aggregation2019
- 著者名/発表者名
  Yutaka Kuroda, Tomonori Saotome
- 学会等名
  The 19th KIAS（Korea Institute for Advanced Study） Conference on Protein Structure and Function
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] SCPタグを付加したBPTIの溶解傾向性におけるアミノ酸の寄与の探究2019
- 著者名/発表者名
  髙木開生、黒田裕
- 学会等名
  第8回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Investigation on the relationship between cytotoxicity and amorphous oligomers2019
- 著者名/発表者名
  Velmurugan Punitha, Aklima Jannatul, Ohta Yoshihiro, Kuroda Yutaka
- 学会等名
  第5回国立精神神経医療センター・東京農工大学合同シンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17F17392
[学会発表] DEN4ED3におけるプロ配列（pro region）付加によるジスルフィド結合の形成に関する解析2019
- 著者名/発表者名
  山本裕子、早乙女友規、黒田裕
- 学会等名
  第8回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] 疎水性の短いペプチドタグを付加したデングウイルス由来エンベロープタンパク質第3ドメインの免疫原性及び物性の解析2019
- 著者名/発表者名
  塩飽祐佳里、三浦史帆、黒田裕
- 学会等名
  第8回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] BPTIをモデルタンパク質に用いた疎水性ペプチドタグの付加によるアモルファス会合体の細胞毒性2019
- 著者名/発表者名
  前田　華子、Velmurugan Punitha, Aklima Jannatul, 太田善浩、黒田裕
- 学会等名
  第8回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Biophysical and immunological study of natively folded and low soluble precipitate species of anti-EGFR single domain antibody (VHH)2019
- 著者名/発表者名
  Kibria Md Golam, Akazawa-Ogawab Yoko, Hagihara Yoshihisa, Kuroda Yutaka
- 学会等名
  第19回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Biophysical analysis of protein solubility and aggregation2019
- 著者名/発表者名
  Kuroda Yutaka
- 学会等名
  International Powder and Nanotechnology Forum(IPNF) 2019
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Investigation on the relationship between cytotoxicity and amorphous oligomers2019
- 著者名/発表者名
  Velmurugan Punitha, Aklima Jannatul, Ohta Yoshihiro, Kuroda Yutaka
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Investigation on the relationship between cytotoxicity and amorphous oligomers2019
- 著者名/発表者名
  Velmurugan Punitha, Aklima Jannatul, Ohta Yoshihiro, Kuroda Yutaka
- 学会等名
  第5回国立精神神経医療センター・東京農工大学合同シンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Investigation on the relationship between cytotoxicity and amorphous oligomers2019
- 著者名/発表者名
  Velmurugan Punitha, Aklima Jannatul, Ohta Yoshihiro, Kuroda Yutaka
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17F17392
[学会発表] Biophysical studies of a protein’s amorphous aggregation and its effect on immune response2019
- 著者名/発表者名
  Kuroda Yutaka
- 学会等名
  BSBMB (Bangladesh Society for Biochemistry and Molecular Biology) Conference 2019 “Life Sciences in Achieving Sustainable Development Goals”
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] 深層学習によるドメインリンカー予測の改良2019
- 著者名/発表者名
  松沢佑紀、黒田裕
- 学会等名
  第19回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] 蛋白質立体構造解析のフロンティア2018
- 著者名/発表者名
  黒田裕(オーガナイザー：城所俊一)
- 学会等名
  第18回日本蛋白質科学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] 深層学習を用いたドメインリンカー予測2018
- 著者名/発表者名
  松沢佑紀、河村直樹、黒田裕
- 学会等名
  第41回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Nanometer scale sub-visible aggregates can enhance a protein’s immunogenicity2018
- 著者名/発表者名
  Rahman Nafsoon, Islam M Mohammad, Kuroda Yutaka
- 学会等名
  第41回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] 機械学習(SVM)を用いたドメインリンカー予測2018
- 著者名/発表者名
  松沢佑紀、河村直樹、黒田裕
- 学会等名
  第7回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 格子モデルを用いたタンパク質凝集のシミュレーション2018
- 著者名/発表者名
  小原真、河村直樹、黒田裕
- 学会等名
  第41回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Enhancing Solubility of Anti-EGFR Single chain Antibody Fragment (ScFV) via Solubility Enhancing Peptides (SEP) Tags2018
- 著者名/発表者名
  Nautiyal Kalpana, Kibria Md.Golam, Akazawa-Ogawa Yoko, Hagihara Yoshihisa, Kuroda Yutaka
- 学会等名
  第18回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Biophysical characterization of an insoluble species formed by a chemically intact single disulfide bonded BPTI2018
- 著者名/発表者名
  Velmurugan Punitha, Kuroda Yutaka
- 学会等名
  第18回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] 蛋白質のアモルファス凝集の生物物理学的研究2018
- 著者名/発表者名
  黒田　裕
- 学会等名
  第18回日本蛋白質科学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] 生物情報科学的手法を用いた蛋白質の構造・物性解析とその実験的検証2018
- 著者名/発表者名
  黒田裕 (座長：渡辺元)
- 学会等名
  第161回日本獣医学会学術集会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Control and Characterization of Sub-Visible Amorphous Protein Aggregates Using Short Solubility Controlling Peptide Tags2018
- 著者名/発表者名
  Md. Golam Kabir, Mohammad Monirul Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  Fourth National Conference of Bangladesh Crystallographic Association
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 格子モデルシミュレーションによるタンパク質凝集体形成の分析2018
- 著者名/発表者名
  小原真、河村直樹、黒田裕
- 学会等名
  第7回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 蛋白質・ペプチドの凝集と膜のないオルガネラ2018
- 著者名/発表者名
  黒田裕(オーガナイザー：永井義隆)
- 学会等名
  第18回日本蛋白質科学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] 分子シミュレーション及び実験によるAnti-EGFR scfvの溶解性予測と評価2018
- 著者名/発表者名
  廣瀬克彦、Kalpana Nautiyal、Md. Golam Kibria、黒田裕
- 学会等名
  第7回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 短いペプチドタグを付加したデングウイルス由来エンベロープ蛋白質ドメイン3における会合状態および免疫原性の評価2018
- 著者名/発表者名
  三浦史帆、Islam M Mohammad、黒田裕
- 学会等名
  第18回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Biophysical characterization of an insoluble species formed by a chemically intact single disulfide bonded BPTI2018
- 著者名/発表者名
  Punitha Velmurugan, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第18回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17F17392
[学会発表] A hetero-micro-seeding strategy for readily crystallizing closely related protein variants2018
- 著者名/発表者名
  Mohammad M. Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  Fourth National Conference of Bangladesh Crystallographic Association
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] Design and development of a soludle single-chain variable fragment (ScFc biological activity)2018
- 著者名/発表者名
  Kibria Md Golam, Nautiyal Kalpana, Akazawa-Ogawa Yoko, Hagihara Yoshihisa, Kuroda Yutaka
- 学会等名
  第41回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] デングウイルス由来ED3におけるPro331のシストランス異性化がフォールディングとミスフォールディングに与える影響の探求2018
- 著者名/発表者名
  山本裕子、早乙女友規、沼本修孝、伊倉貞吉、伊藤暢聡、黒田裕
- 学会等名
  第7回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] K4型デングウイルス由来エンベロープ第3ドメインの封入体の巻き戻しから生じる構造の異なる二種類のコンホマーに関する考察2018
- 著者名/発表者名
  早乙女友規、山崎俊夫、黒田裕
- 学会等名
  第18回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] 短いペプチドタグを付加したデングウイルス由来エンベロープタンパク質第3ドメインにおける会合状態および免疫原性の評価2018
- 著者名/発表者名
  三浦史帆、Islam M Mohammad、黒田裕
- 学会等名
  第41回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02385
[学会発表] Crystal structures of dengue virus protein revealed ED3 sero-specificity2017
- 著者名/発表者名
  Manjiri R. Kulkarni, Mohammad M. Islam, Nobutaka Numoto, Montasir M. Elahi, Nobutoshi Ito, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  24th Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography (IUCr)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] ブラウン動力学シミュレーションを用いた蛋白質の溶解性の予測2017
- 著者名/発表者名
  リムザン万凜、Kalpana Nautiyal, 黒田裕
- 学会等名
  第6回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 短いペプチドタグを付加したD3ED3の会合状態の評価2017
- 著者名/発表者名
  三浦史帆、上岡哲矢、黒田裕
- 学会等名
  第6回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 計算機シミュレーションを用いた蛋白質・ペプチドの凝集性・溶解性の研究計算機シミュレーションを用いた蛋白質・ペプチドの凝集性・溶解性の研究2017
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 学会等名
  蛋白研セミナー「産業応用を志向するタンパク質溶液研究」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 複数変異導入デングウィルス由来ED3に対するモデリングと熱安定性評価2017
- 著者名/発表者名
  萩原くるみ、沼本修孝、伊藤暢聡、黒田裕
- 学会等名
  第6回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] All-atoms molecular dynamics analysis of the basic amyloidogenic fragment of IAPP2017
- 著者名/発表者名
  Richa Tambi, Gentaro Morimoto, Makoto Taiji, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第6回日本生物物理学会関東支部会
- 発表場所
  早稲田大学先端生命医科学センター（東京都新宿区）
- 年月日
  2017-03-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080
[学会発表] Crystal structures of highly simplified BPTIs provide insights into hydration driven increase of unfolding enthalpy2017
- 著者名/発表者名
  Mohammad M. Islam、Masafumi Yohda、Shun-Ichi Kidokoro、Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第17回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] SEP tags enhance the solubility and yield of recombinant TEV protease without altering its activity2017
- 著者名/発表者名
  Nautiyal Kalpana, Nafsoon Rahman, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第6回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] Short peptide tags in academic research and biotechnological applications of proteins2017
- 著者名/発表者名
  Mohammad M. Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  National Conference on Natural Science and Technology at Asian University for Women
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 高温条件下で変性したDEN4 ED3の可逆的なオリゴマー形成の残基置換による阻害2017
- 著者名/発表者名
  早乙女友規、中村成芳、モハマド　イスラム、　中澤晶子、マリアノ　デラロール、有坂文雄、城所俊一、黒田裕
- 学会等名
  第6回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 溶解性制御ペプチドタグ（SCP）タグを用いた蛋白質の可溶で不定形な凝集体形成の制御2017
- 著者名/発表者名
  Golam M. Kabir、Mohammad M. Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第17回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] SEP tags enhance the solubility and yield of recombinant TEV protease without altering its activity2017
- 著者名/発表者名
  Kalpana Nautiyal、Nafsoon Rahman、Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第17回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] Crystallographic studies of sero-specific Dengue ED3 immune response2017
- 著者名/発表者名
  Manjiri R. Kulkarni、Mohammad M. Islam、Nobutaka Numoto、Montasir M. Elahi、Nobutoshi Ito、Yutaka Kuroda
- 学会等名
  American Crystallographic Association annual meeting
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] Control and characterization of soluble amorphous protein oligomers using short solubility controlling peptide tags2017
- 著者名/発表者名
  Md. Golam kabir, Mohammad M. Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第6回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] ペプチド溶解性の分子動力学シミュレーション2016
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 学会等名
  第5回日本生物物理学会関東支部会
- 発表場所
  （財）桐生地域地場産業振興センター（群馬県桐生市）
- 年月日
  2016-03-10
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] Modeling and experimental assessment of buried Leu-Ile mutation in DEN4 ED32016
- 著者名/発表者名
  Kulkarni Manjiri Ravindra, Nobutaka Numoto, Nobutoshi Ito, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  大阪大学蛋白室研究所セミナー「構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題」
- 発表場所
  東京大学先端科学技術研究センター（東京都目黒区）
- 年月日
  2016-03-01
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] Molecular dynamics simulations of the basic amyloidogenic unit of IAPP2016
- 著者名/発表者名
  Richa Tambi, Satoshi Kosuda, Gentaro Morimoto, Makoto Taiji, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080
[学会発表] 高温条件下で変性したDEN4 ED3 の可逆的なオリゴマー形成の一残基置換による阻害2016
- 著者名/発表者名
  早乙女友規、中村成芳、イスラムモハマド、中澤明子、城所俊一、黒田裕
- 学会等名
  第16回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] Analysis and control of protein crystallization using short peptide tags without affecting structure, thermal stability and function2016
- 著者名/発表者名
  Mohammad M. Islam, Shigeyoshi Nakamura, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Sun-Ichi Kidokoro, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 機械学習法SVMを用いたヘリカルリンカー予測機H-DROP2016
- 著者名/発表者名
  井出　宗一郎, Tambi Richa, 鈴木　涼祐, 蝦名　鉄平, 黒田　裕
- 学会等名
  大阪大学蛋白室研究所セミナー「構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題」
- 発表場所
  東京大学先端科学技術研究センター（東京都目黒区）
- 年月日
  2016-03-01
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] Plant-PrAS: a database of physicochemical and structural properties and the comparative analysis in plant proteomes2016
- 著者名/発表者名
  Atsushi Kurotani, Alexander Tokmakov, Yutaka Kuroda, Kazuo Shinozaki, Tetsuya Sakurai
- 学会等名
  第57回植物生理学会年会
- 発表場所
  岩手大学上田キャンパス（岩手県盛岡市）
- 年月日
  2016-03-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] 蛋白質工学を用いた会合と溶解性の最新の研究2016
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] タンパク質の溶解性の物理化学的解析及びその制御2016
- 著者名/発表者名
  黒田　裕
- 学会等名
  第16回日本蛋白質科学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] ペプチド溶解性の全原子分子動力学シミュレーション及びその実験的検証2016
- 著者名/発表者名
  黒田　裕
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いたタンパク質・ペプチドの溶解性解析2016
- 著者名/発表者名
  黒田　裕
- 学会等名
  大阪大学蛋白室研究所セミナー「構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題」
- 発表場所
  東京大学先端科学技術研究センター（東京都目黒区）
- 年月日
  2016-03-01
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] Unusual reversible oligomerization of unfolded Dengue envelope protein domain 3 at high temperature and its abolition by a point mutation2016
- 著者名/発表者名
  Tomonori Saotome, Shigeyoshi Nakamura, Mohammad M. Islam, Akiko Nakazawa, Mariano Dellarole, Fumio Arisaka, Shun-ichi Kidokoro, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] ペプチド溶解性の分子動力学シミュレーション2016
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 学会等名
  第5回日本生物物理学会関東支部会
- 発表場所
  (財)桐生地域地場産業振興センター（群馬県桐生市）
- 年月日
  2016-03-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] ペプチド溶解性の分子動力学シミュレーション2016
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 学会等名
  第5回日本生物物理学会関東支部会
- 発表場所
  (財)桐生地域地場産業振興センター（群馬県桐生市）
- 年月日
  2016-03-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080
[学会発表] 格子モデルを用いたタンパク質凝集のシミュレーション2016
- 著者名/発表者名
  河村直樹, 鈴木涼祐, 黒田裕
- 学会等名
  大阪大学　蛋白質研究所セミナー：構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
- 発表場所
  東京大学先端科学技術研究センター（東京都目黒区）
- 年月日
  2016-03-01
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] Plant-PrAS: a database of physicochemical and structural properties and the comparative analysis in plant proteomes2016
- 著者名/発表者名
  Atsushi Kurotani, Alexander Tokmakov, Yutaka Kuroda, Kazuo Shinozaki, Tetsuya Sakurai
- 学会等名
  第57回植物生理学会年会
- 発表場所
  岩手大学上田キャンパス（岩手県盛岡市）
- 年月日
  2016-03-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] Control and biophysical characterization of soluble protein oligomers using short peptide tags2016
- 著者名/発表者名
  Md. Golam Kabir, Mohammad M. Islam, Tomonori Saotome, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 蛋白質工学を用いた会合と溶解性の最新の研究2016
- 著者名/発表者名
  赤沼哲史、黒田裕
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080
[学会発表] 格子モデルを用いたタンパク質凝集のシミュレーション2016
- 著者名/発表者名
  河村　直樹, 鈴木　涼祐, 黒田　裕
- 学会等名
  大阪大学蛋白室研究所セミナー「構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題」
- 発表場所
  東京大学先端科学技術研究センター（東京都目黒区）
- 年月日
  2016-03-01
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] 格子モデルを用いたタンパク質凝集のシミュレーション2016
- 著者名/発表者名
  河村直樹, 鈴木涼祐, 黒田裕
- 学会等名
  大阪大学　蛋白質研究所セミナー：構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
- 発表場所
  東京大学先端科学技術研究センター（東京都目黒区）
- 年月日
  2016-03-01
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080
[学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いたタンパク質・ペプチドの溶解性解析2016
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 学会等名
  大阪大学　蛋白質研究所セミナー：構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
- 発表場所
  東京大学先端科学技術研究センター（東京都目黒区）
- 年月日
  2016-03-01
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] ペプチド溶解性の全原子分子動力学シミュレーション及びその実験的検証2016
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080
[学会発表] Plant-PrAS: a database of physicochemical and structural properties and the comparative analysis in plant proteomes2016
- 著者名/発表者名
  Atsushi Kurotani, Alexander Tokmakov, Yutaka Kuroda, Kazuo Shinozaki, Tetsuya Sakurai
- 学会等名
  第57回植物生理学会年会
- 発表場所
  岩手大学上田キャンパス（岩手県盛岡市）
- 年月日
  2016-03-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080
[学会発表] Large scale all-atom molecular dynamics analysis of multi-peptide systems reproduces peptide aggregation propensity in line with experimental observations2016
- 著者名/発表者名
  Yutaka Kuroda
- 学会等名
  PEGS-Europe 2016
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] Enhancing Solubility of Antibody Fragments via Solubility Enhancing Peptides (SEP) Tags2016
- 著者名/発表者名
  Kalpana Nautiyal、Hiromitsu Sakurai、Satoshi Kosuda、Soichiro Ide、Yoko Ogawa、Yoshihisa Hagihara、Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第16回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いたタンパク質・ペプチドの溶解性解析2016
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 学会等名
  大阪大学　蛋白質研究所セミナー：構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
- 発表場所
  東京大学先端科学技術研究センター（東京都目黒区）
- 年月日
  2016-03-01
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080
[学会発表] Standalone definition of putatively independent structural domain: IS-Dom2016
- 著者名/発表者名
  Soichiro Ide, Teppei Ebina, Richa Tambi, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080
[学会発表] 機械学習法SVMを用いたヘリカルリンカー予測機H-DROP2016
- 著者名/発表者名
  井出宗一郎, Tambi Richa, 鈴木涼祐, 蝦名鉄平, 黒田裕
- 学会等名
  大阪大学　蛋白質研究所セミナー：構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
- 発表場所
  東京大学先端科学技術研究センター（東京都目黒区）
- 年月日
  2016-03-01
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 機械学習法SVMを用いたヘリカルリンカー予測機H-DROP2016
- 著者名/発表者名
  井出宗一郎, Tambi Richa, 鈴木涼祐, 蝦名鉄平, 黒田裕
- 学会等名
  大阪大学　蛋白質研究所セミナー：構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
- 発表場所
  東京大学先端科学技術研究センター（東京都目黒区）
- 年月日
  2016-03-01
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080
[学会発表] Modeling and experimental assessment of buried Leu-Ile mutation in DEN4 ED32016
- 著者名/発表者名
  Kulkarni Ravindra Manjiri, Nobutaka Numoto, Nobutoshi Ito, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  大阪大学　蛋白質研究所セミナー：構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
- 発表場所
  東京大学先端科学技術研究センター（東京都目黒区）
- 年月日
  2016-03-01
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] Peptides solubility estimated by all-atom molecular dynamics simulation of multipeptide systems concur with experimental values2015
- 著者名/発表者名
  Yutaka Kuroda
- 学会等名
  IUPAC 45th World Chemistry Congress
- 発表場所
  釜山（韓国）
- 年月日
  2015-08-07
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] Control of protein aggregation and oligomerization using short SEP (Solubility Enhancing Peptide) tags2015
- 著者名/発表者名
  Kabir Md. Golam, Islam Mohammmad Monirul, 黒田裕
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（石川県金沢市）
- 年月日
  2015-09-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 全原子 MD シミュレーションによるアラニンスキャニング変異を導入したアミロイド形成ペプチドの凝集解析2015
- 著者名/発表者名
  小須田慧司, 末永敦, 森本元太郎, 泰地真弘人, 黒田裕
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（石川県金沢市）
- 年月日
  2015-09-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] Accelerated H-DROP: An SVM based Helical Domain linker pRedictor trained with OPtimized features2015
- 著者名/発表者名
  Tambi Richa, Ide Soichiro, Suzuki Ryosuke, Ebina Teppei, Kuroda Yutaka
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（石川県金沢市）
- 年月日
  2015-09-13
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] Peptides solubility estimated by all-atom molecular dynamics simulation of multipeptide systems concur with experimental values2015
- 著者名/発表者名
  Yutaka Kuroda
- 学会等名
  IUPAC 45th World Chemistry Congress
- 発表場所
  釜山（韓国）
- 年月日
  2015-08-07
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080
[学会発表] 多数ペプチドから成る系の全原子分子動力学シミュレーションによるペプチド溶解性2015
- 著者名/発表者名
  黒田裕, 佐藤雄士, 末永敦, 泰地真弘人
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（石川県金沢市）
- 年月日
  2015-09-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] Accelerated H-DROP: An SVM based Helical Domain linker pRedictor trained with OPtimized features2015
- 著者名/発表者名
  Tambi Richa, Ide Soichiro, Suzuki Ryosuke, Ebina Teppei, Kuroda Yutaka
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（石川県金沢市）
- 年月日
  2015-09-13
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] Peptides solubility estimated by all-atom molecular dynamics simulation of multipeptide systems concur with experimental values2015
- 著者名/発表者名
  Yutaka Kuroda
- 学会等名
  IUPAC 45th World Chemistry Congress
- 発表場所
  釜山（韓国）
- 年月日
  2015-08-07
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04359
[学会発表] 全原子 MD シミュレーションによるアラニンスキャニング変異を導入したアミロイド形成ペプチドの凝集解析2015
- 著者名/発表者名
  小須田慧司, 末永敦, 森本元太郎, 泰地真弘人, 黒田裕
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（石川県金沢市）
- 年月日
  2015-09-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080
[学会発表] 全原子 MD シミュレーションによるアラニンスキャニング変異を導入したアミロイド形成ペプチドの凝集解析2015
- 著者名/発表者名
  小須田慧司, 末永敦, 森本元太郎, 泰地真弘人, 黒田裕
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（石川県金沢市）
- 年月日
  2015-09-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] Accelerated H-DROP: An SVM based Helical Domain linker pRedictor trained with OPtimized features2015
- 著者名/発表者名
  Tambi Richa, Ide Soichiro, Suzuki Ryosuke, Ebina Teppei, Kuroda Yutaka
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（石川県金沢市）
- 年月日
  2015-09-13
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080
[学会発表] 多数ペプチドから成る系の全原子分子動力学シミュレーションによるペプチド溶解性2015
- 著者名/発表者名
  黒田裕, 佐藤雄士, 末永敦, 泰地真弘人
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（石川県金沢市）
- 年月日
  2015-09-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15F15080
[学会発表] Control of protein aggregation and oligomerization using short SEP (Solubility Enhancing Peptide) tags2015
- 著者名/発表者名
  Kabir Md. Golam, Islam Mohammmad Monirul, 黒田裕
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（石川県金沢市）
- 年月日
  2015-09-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] 多数ペプチドから成る系の全原子分子動力学シミュレーションによるペプチド溶解性2015
- 著者名/発表者名
  黒田裕, 佐藤雄士, 末永敦, 泰地真弘人
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（石川県金沢市）
- 年月日
  2015-09-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] Epitope grafted mutants provide molecular insights into sero-speci_c interactions of Dengue's ED3 with it`s monoclonal antibody(Best Poster Award;ベストポスター賞受賞)2014
- 著者名/発表者名
  Manjiri R. Kulkarni, Montasir Elahi, Monirul M. Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  2nd UTISA Symposium-2014
- 発表場所
  在日本インド大使館(東京都・千代田区)
- 年月日
  2014-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] サポートベクターマシン(SVM)を用いたヘリカルリンカー領域の予測2013
- 著者名/発表者名
  鈴木涼祐,蝦名鉄平,黒田裕
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会
- 発表場所
  東京農工大学工学部(東京都)
- 年月日
  2013-03-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] システインを含むタグ配列と溶解性向上タグ配列の挿入によるGLucリフォールディングへの影響2013
- 著者名/発表者名
  鈴木郁也、今井清博、黒田裕
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会（第2回生物物理関東支部研究会)
- 発表場所
  東京農工大学工学部(東京都)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] サポートベクターマシン(SVM) を用いたヘリカルリンカー領域の予測2013
- 著者名/発表者名
  鈴木涼祐、蝦名鉄平、黒田裕
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会（第2回生物物理関東支部研究会)
- 発表場所
  東京農工大学工学部(東京都)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] システインを含むタグ配列と溶解性向上タグ配列の挿入によるGLucリフォールディングへの影響2013
- 著者名/発表者名
  鈴木郁也,今井清博,黒田裕
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会
- 発表場所
  東京農工大学工学部(東京都)
- 年月日
  2013-03-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] ガウシアルシフェラーゼのスクリーニングによる改変2013
- 著者名/発表者名
  Wu Nan,上岡哲矢,黒田裕
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会
- 発表場所
  東京農工大学工学部(東京都)
- 年月日
  2013-03-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] ガウシアルシフェラーゼのスクリーニングによる改変2013
- 著者名/発表者名
  Wu Nan、上岡哲矢、黒田　裕
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会（第2回生物物理関東支部研究会)
- 発表場所
  東京農工大学工学部(東京都)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] 多数ペプチド系の全原子分子動力学シミュレーションを用いた凝集の解析2013
- 著者名/発表者名
  佐藤雄士、末永敦、秋山沙織、黒田裕
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会（第2回生物物理関東支部研究会)
- 発表場所
  東京農工大学工学部(東京都)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Host Guest Analysis of Amino Acids contribution to Protein Solubility Using Short SET-Tags Fused to a Simplified BPTI2012
- 著者名/発表者名
  Mohammad M. Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  揺らぎが機能を決める生命分子の科学第5回公開シンポジウム(招待講演)
- 発表場所
  東大寺文化センター(奈良県)
- 年月日
  2012-01-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] 単純化BPTI タンパク質に融合した短いペプチド系タグを用いたアミノ酸溶解性の解析2012
- 著者名/発表者名
  黒田裕、カン A モンスル、イスラム M モハマド
- 学会等名
  第12回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  名古屋国際会議場（愛知県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] 構造ドメインデータベースの作成およびそのWeb提供2012
- 著者名/発表者名
  梅澤祐貴、蝦名鉄平、黒田裕
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会
- 発表場所
  東京農工大学（東京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] 構造ドメインデータベースの作成およびそのWeb提供2012
- 著者名/発表者名
  梅澤祐貴,蝦名鉄平,黒田裕
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会
- 発表場所
  東京農工大学工学部(東京都)
- 年月日
  2012-03-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] VanX の溶菌活性を用いたルシフェラーゼのスクリーニングの簡略化2012
- 著者名/発表者名
  Wu N, Kamioka T, Sohya S, Matsuda T, Ikegami T, Nakamura H, Kuroda Y
- 学会等名
  第50回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  名古屋大学・東山キャンパス(愛知県)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] VanXの大腸菌溶菌活性を利用した新規スクリーニング技術の開発2012
- 著者名/発表者名
  Wu Nan、上岡哲矢、黒田裕
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会
- 発表場所
  東京農工大学(東京都)
- 年月日
  2012-03-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Biophysical Analysis of Protein Aggregation Kinetics Based on a Monomer-Oligomer Model2012
- 著者名/発表者名
  Yutaka Kuroda, Alam M. Khan, Monirul M Islam
- 学会等名
  新学術領域研究「揺らぎと生体機能」第6回公開シンポジウム
- 発表場所
  京都テルサ(京都府)
- 年月日
  2012-12-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Contribution of individual amino acids to proteinsolubility using amino acid tag2012
- 著者名/発表者名
  Mohammed M. A. Khan, Mohammad M. Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会
- 発表場所
  東京農工大学工学部(東京都)
- 年月日
  2012-03-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Host Guest Analysis of Amino Acids contribution to Protein Solubility Using Short SET-Tags Fused to aSimplified BPTI2012
- 著者名/発表者名
  Mohammad M. Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  揺らぎが機能を決める生命分子の科学第5回公開シンポジウム
- 発表場所
  東大寺文化センター(奈良県)(招待講演)
- 年月日
  2012-01-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] High resolution Crystal structure of Dengue 3 envelope protein domain III (ED3)2012
- 著者名/発表者名
  Montasir Elahi, Mohammad M Islam, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会
- 発表場所
  東京農工大学（東京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] VanXの大腸菌溶菌活性を利用した新規スクリーニング技術の開発2012
- 著者名/発表者名
  Wu Nan,上岡哲矢,黒田裕
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会
- 発表場所
  東京農工大学工学部(東京都)
- 年月日
  2012-03-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] VanXの溶菌活性を用いたルシフェラーゼのスクリーニングの簡略化2012
- 著者名/発表者名
  Wu Nan, Tetsuya Kamioka, Shihori Sohya, Tomoki Matsuda, Takahisa Ikegami, Haruki Nakamura, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第50回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  名古屋大学・東山キャンパス(愛知県)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] 単純化BPTIとペプチド系タグを用いたアミノ酸溶解性の時間的変化・揺らぎの解析2012
- 著者名/発表者名
  黒田裕、カンＡモンスル、イスラム M モニール
- 学会等名
  新学術領域「揺らぎと生体機能」「水和とATP」合同公開シンポジウム
- 発表場所
  大阪ガーデンパレス（大阪府)
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] 単純化BPTI に融合したペプチド系タグ配列を用いたアミノ酸溶解性の測定2012
- 著者名/発表者名
  Kuroda Y, Khan M A, Islam M M
- 学会等名
  第50回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  名古屋大学・東山キャンパス(愛知県)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Two serotypes of dengue viruses show specifi c local structural difference in their crystal　structures of envelope protein domain III（ED3）2012
- 著者名/発表者名
  Elahi M, Islam M M, Noguchi K, Yohda M, Kuroda Y
- 学会等名
  第12回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  名古屋国際会議場（愛知県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Effects of short solubility controlling peptide tags on protein's solubility, thermodynamics, structure and function2012
- 著者名/発表者名
  Mohammad M Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  Conference of the Bangladesh Society for Biochemistry and Molecular Biology
- 発表場所
  University of Rajshahi (Rajshahi, Bangladesh)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Contribution of individual amino acids to protein solubility using amino acid tag2012
- 著者名/発表者名
  Mohammed M A Khan, Mohammad M Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会
- 発表場所
  東京農工大学(東京都)
- 年月日
  2012-03-06
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] 構造ドメインデータペースの作成およびそのWeb提供2012
- 著者名/発表者名
  梅澤祐貴、蝦名鉄平、黒田裕
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会
- 発表場所
  東京農工大学(東京都)
- 年月日
  2012-03-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] High resolution Crystal structure of Dengue 3 envelope prote in domain III (ED3)2012
- 著者名/発表者名
  Montasir Elahi, Mohammad M Islam, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会
- 発表場所
  東京農工大学(東京都)
- 年月日
  2012-03-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Host Guest Analysis of Ami no Acids contribution to Protein Solubility Using Short SET-Tags Fused to a Simplified BPTI2012
- 著者名/発表者名
  Mohammad M. Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  揺らぎが機能を決める生命分子の科学第5回公開シンポジウム
- 発表場所
  東大寺文化センター(奈良県)(招待講演)
- 年月日
  2012-01-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] 独立してフォールドする構造ドメインデータベースの構築2012
- 著者名/発表者名
  Yuki Umezawa, Teppei Ebina, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第50回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  名古屋大学・東山キャンパス(愛知県)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] 単純化BPTI に融合したペプチド系タグ配列を用いたアミノ酸溶解性の測定2012
- 著者名/発表者名
  Yutaka Kuroda, Alam, M. Khan, Mohammad, M. Islam
- 学会等名
  第50回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  名古屋大学・東山キャンパス(愛知県)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] カンMモハメド,イスラムMモハマド,単純化BPTIタンパク質に融合した短いペプチド系タグを用いたアミノ酸溶解性の解析2012
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 学会等名
  第12回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  名古屋国際会議場(愛知県)
- 年月日
  2012-06-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Biophysical Analysis of Protein Aggregation Kinetics Based on a Monomer-Oligomer Model2012
- 著者名/発表者名
  Kuroda　Y, Khan M A, Islam M M
- 学会等名
  新学術領域研究「揺らぎと生体機能」第6回公開シンポジウム
- 発表場所
  京都テルサ(京都府)
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Host Guest Analysis of Amino Acids contribution to Protein Solubility Using Short SET-Tags Fused to a Simplified BPTI2012
- 著者名/発表者名
  Mohammad M. Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  揺らぎが機能を決める生命分子の科学(招待講演)
- 発表場所
  東大寺文化センター（奈良県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Effects of short solubility controlling peptide tags on protein’s solubility, thermodynamics, structure and function2012
- 著者名/発表者名
  Mohammad M Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  Conference of the Bangladesh Society for Biochemistry and Molecular Biology
- 発表場所
  University of Rajshahi（Bangladesh）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Effects of short solubility controlling peptide tags on protein's solubility, thermodynamics, structure and function2012
- 著者名/発表者名
  Mohammad M Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  Conference of the Bangladesh Society for Biochemistry and Molecular Biology
- 発表場所
  University of Rajshahi(Rajshahi, Bangladesh)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] カン・A・モンシュール,イスラム・M・モニール,単純化BPTIとペプチド系タグを用いたアミノ酸溶解性の時間的変化・揺らぎの解析2012
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 学会等名
  新学術領域「揺らぎと生体機能」「水和とATP」合同公開シンポジウム
- 発表場所
  大阪ガーデンパレス(大阪府)(招待講演)
- 年月日
  2012-09-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Effects of short solubility controlling peptide tags on protein's solubility, thermodynamics, structure and function2012
- 著者名/発表者名
  Mohammad M Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  Conference of the Bangladesh Society for Biochemistry and Molecular Biology
- 発表場所
  University of Rajshahi
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Two serotypes of dengue viruses show specific local structural difference in their crystal structures of envelope protein domain III(ED3)2012
- 著者名/発表者名
  Montasir Elahi, M. Monirul Islam, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda,Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第12回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  名古屋国際会議場(愛知県)
- 年月日
  2012-06-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] VanXの大腸菌溶菌活性を利用した新規スクリーニング技術の開発2012
- 著者名/発表者名
  KurodaWu Nan、上岡哲矢、黒田裕
- 学会等名
  生物物理関東地区研究会
- 発表場所
  東京農工大学（東京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] ヘリックスを含むドメイン境界配列の解析及びその予測2011
- 著者名/発表者名
  辻良太郎、蝦名鉄平、黒田裕
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ホテル阪急エキスポパーク（大阪府）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Catherine A. Royer, Understanding protein native expansivity by mutants affecting cavities, surface and order2011
- 著者名/発表者名
  Jean-Baptiste Rouget, Mariano Dellarole, Kei Kobayashi, Julien Roche, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  6^th International Meeting on Biomolecules under Pressure (IMBP2011)
- 発表場所
  大津市市民会館(滋賀県)
- 年月日
  2011-12-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] ヘリックスを含むドメイン境界配列の解析及びその予測2011
- 著者名/発表者名
  辻良太郎、蝦名鉄平、黒田裕
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  阪急エキスポパーク(大阪府)
- 年月日
  2011-06-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] ヘリックスを含むドメイン境界配列の解析及びその予測2011
- 著者名/発表者名
  辻良太郎,蝦名鉄平,黒田裕
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  阪急エキスポパーク(大阪府)
- 年月日
  2011-06-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] 難結晶化タンパク質変異体に対するヘテロシーディング法2011
- 著者名/発表者名
  小林慶、Mohammad M Islam、野口恵一、養王田正文、黒田裕
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  阪急エキスポパーク(大阪府)
- 年月日
  2011-06-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Understanding protein native expansivity by mutants affecting cavities, surface and order2011
- 著者名/発表者名
  Jean-Baptiste Rouget, Mariano Dellarole, Kei Kobayashi, Julien Roche, Yutaka Kuroda, Catherine A.Royer
- 学会等名
  6^<th> International Meeting on Biomolecules under Pressure (IMBP2011)
- 発表場所
  大津市市民会館(滋賀県)
- 年月日
  2011-12-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Effects of short solubility controlling peptide tags on protein solubility, thermodynamics, structure and function2011
- 著者名/発表者名
  Mohammad M Islam, Atsushi Kato, Shihori Sohya, Mohammed Khan,Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Shun-ichi Kidokoro, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ホテル阪急エキスポパーク（大阪府）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] 蛋白質異常凝集の原理と制御(ディスカッション)2011
- 著者名/発表者名
  黒田裕、八木寿梓、長谷川一浩、青島貞人、佐崎元
- 学会等名
  大阪大学蛋白質研究所セミナー「蛋白質異常凝集の原理と制御」
- 発表場所
  大阪大学(大阪府)(招待講演)
- 年月日
  2011-04-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Contribution of individual amino acid to protein solubility using anio acid tag2011
- 著者名/発表者名
  Mohammed Monsur Alam Khan，Mohammad Monirul Islam，Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第34回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜（神奈川県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] 蛋白質異常凝集の原理と制御（ディスカッション）2011
- 著者名/発表者名
  黒田裕、八木寿梓、長谷川一浩、青島貞人、佐崎元
- 学会等名
  大阪大学蛋白質研究所セミナー「蛋白質異常凝集の原理と制御」(招待講演)
- 発表場所
  大阪大学吹田キャンパス（大阪府）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] 蛋白質異常凝集の原理と制御2011
- 著者名/発表者名
  黒田裕,八木寿梓,長谷川一浩,青島貞人,佐崎元
- 学会等名
  大阪大学蛋白質研究所セミナー
- 発表場所
  阪大吹田キャンパス(大阪府)(招待講演)
- 年月日
  2011-04-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Amino Acids Contribution to Polypeptides Solubility Analyzed Using Short Poly-Amino Acid Tags2011
- 著者名/発表者名
  黒田裕,加藤淳, Mohammad Islam
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  阪急エキスポパーク(大阪府)
- 年月日
  2011-06-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Crystal structure of Dengue 3 envelope protein domain III2011
- 著者名/発表者名
  Montasir Elahi，Mohammad Monirul Islam，Keiichi Noguchi，Masafumi Yohda，Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第34回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜（神奈川県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Understanding protein native expansivity by mutants affecting cavities, surface and order2011
- 著者名/発表者名
  Jean-Baptiste Rouget, Mariano Dellarole, Kei Kobayashi, Julien Roche, Yutaka Kuroda, Catherine A. Royer
- 学会等名
  6th International Meeting on Biomolecules under Pressure（IMBP2011）
- 発表場所
  大津市市民会館（滋賀県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] 難結晶化タンパク質変異体に対するヘテロシーディング法2011
- 著者名/発表者名
  小林慶、Mohammad Islam、野口恵一、養王田正文、黒田裕
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ホテル阪急エキスポパーク（大阪府）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] 難結晶化タンパク質変異体に対するヘテロシーディング法2011
- 著者名/発表者名
  小林慶,Mohammad Islam,野口恵一,養王田正文,黒田裕
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  阪急エキスポパーク(大阪府)
- 年月日
  2011-06-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Amino Acids Contribution to Polypeptides Solubility Analyzed Using Short Poly-Amino Acid Tags2011
- 著者名/発表者名
  黒田裕、加藤淳、Mohammad Islam
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ホテル阪急エキスポパーク（大阪府）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Crystal structure of Dengue 3 envelope protein domain III2011
- 著者名/発表者名
  Montasir Elahi,Mohammad Monirul Islam, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda , Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第34回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(神奈川県)
- 年月日
  2011-12-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Contribution of individual amino acidto protein solubility using amino acid tag2011
- 著者名/発表者名
  Mohammed Monsur Alam Khan , Mohammad Monirul Islam , Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第34回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(神奈川県)
- 年月日
  2011-12-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] VanXの大腸菌溶菌機構を利用した新規スクリーニング法の開発2011
- 著者名/発表者名
  Nan Wu、上岡哲矢、惣谷志保里、黒田裕
- 学会等名
  第34回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(神奈川県)
- 年月日
  2011-12-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Contribution of individual amino acid to protein solubility using amino acid tag2011
- 著者名/発表者名
  Mohammed Monsur Alam Khan, Mohammad Monirul Islam, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第34回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(神奈川県)
- 年月日
  2011-12-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Understanding protein native expansivity by mutants affecting cavities, surface and order2011
- 著者名/発表者名
  Jean-Baptiste Rouget, Mariano Dellarole, Kei Kobayashi, Julien Roche, Yutaka Kuroda, Catherine A. Royer
- 学会等名
  6^<th> International Meeting on Biomolecules under Pressure
- 発表場所
  大津市市民会館(滋賀県)
- 年月日
  2011-12-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Effects of short solubility controlling peptide tags on protein solubility, thermodynamics, structure and function2011
- 著者名/発表者名
  Mohammad M Islam, Atsushi Kato, Shihori Sohya, Mohammed Khan, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Shun-ichi Kidokoro, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  阪急エキスポパーク(大阪府)
- 年月日
  2011-06-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Effects of short solubility controlling peptide tags on protein solubility, thermodynamics, structure and function2011
- 著者名/発表者名
  Mohammad M Islam, Atsushi Kato, Shihori Sohya, Mohammed Khan,Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Shun-ichi Kidokoro, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  阪急エキスポパーク(大阪府)
- 年月日
  2011-06-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] VanXの大腸菌溶菌機構を利用した新規スクリーニング法の開発2011
- 著者名/発表者名
  Wu Nan,上岡哲矢,惣谷志保里,黒田裕
- 学会等名
  第34回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(神奈川県)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Crystal structure of Dengue 3 envelope protein domain III2011
- 著者名/発表者名
  Montasir Elahi, Mohammad Monirul Islam, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第34回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(神奈川県)
- 年月日
  2011-12-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] VanX の大腸菌溶菌機構を利用した新規スクリーニング法の開発2011
- 著者名/発表者名
  Nan Wu、上岡哲矢、惣谷志保里、黒田裕
- 学会等名
  第34回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜（神奈川県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Amino Acids Contribution to Polypeptides Solubility Analyzed Using Short Poly-Amino Acid Tags2011
- 著者名/発表者名
  Yutaka Kuroda, Atsushi Kato, Mohammad Islam
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  阪急エキスポパーク(大阪府)
- 年月日
  2011-06-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23651213
[学会発表] Effect of short tags on protein solubility, function and structure2010
- 著者名/発表者名
  Mohammad Monirul Islam, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  The Role of Biochemists in Health and Environment, Graduate Biochemists Association
- 発表場所
  University of Dhaka (Dhaka, Bangladesh)
- 年月日
  2010-05-21
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] Analysis of Three-Residue Fragment's Conformational Space2010
- 著者名/発表者名
  木村俊太、蝦名鉄平、町田恵久海、黒田裕
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大学(宮城県)
- 年月日
  2010-09-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Thermally Stabilized Green Fluorescent Protein : Experimental and Theoretical Analyses2010
- 著者名/発表者名
  秋山沙織、末永敦、小林貴幸、上岡哲矢、泰地真弘人、黒田裕
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大学(宮城県)
- 年月日
  2010-09-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Effect of Short Peptide Tags On Protein Solubility, Function, Structure Studied in the context of BPTI2010
- 著者名/発表者名
  Mohammad Monirul Islam, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第10回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター(北海道)
- 年月日
  2010-06-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Thermally Stabilized Green Fluorescent Protein : Experimental and Theoretical Analyses2010
- 著者名/発表者名
  秋山沙織、末永敦、小林貴幸、上岡哲矢、泰地真弘人、黒田裕
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大学(宮城県)
- 年月日
  2010-09-22
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] Stabilization of BPTI-[5,55] through decrease of Iocal backbone fluctuations and development of hetero-microseeding for crystallizing low-stability proteins2010
- 著者名/発表者名
  Yutaka Kuroda, Mohamed M Islam, Kei Kobayashi
- 学会等名
  揺らぎが機能を決める生命分子の科学第4回公開シンポジウム
- 発表場所
  滋賀県立県民交流センターピアザ淡海(滋賀県)
- 年月日
  2010-11-30
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] Effect of short tags on protein solubility, function and structure2010
- 著者名/発表者名
  Mohammad Monirul Islam, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  The Role of Biochemists in Health and Environment, Graduate Biochemists Association
- 発表場所
  University of Dhaka (Dhaka, Bangladesh)
- 年月日
  2010-05-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] 1及び2残基置換によって熱安定化したBPTI変異体の実験的解析2010
- 著者名/発表者名
  小林慶、イスラムモニルモハマド、野口恵一、城所俊一、養王田正文、黒田裕
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大学(宮城県)
- 年月日
  2010-09-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Analysis of Three-Residue Fragment's Conformational Space2010
- 著者名/発表者名
  Shunta Kimura, Teippei Ebina Yutaka Kuroda
- 学会等名
  Computational Biology Research Center Workshop 2010
- 発表場所
  産業技術総合研究所(東京都)
- 年月日
  2010-07-28
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] ドメインリンカーの構造と配列が構造ドメイン形成に及ぼす影響2010
- 著者名/発表者名
  蝦名鉄平、岩崎駿、黒田裕
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大学(宮城県)
- 年月日
  2010-09-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] An SVM-Domain Linker Prediction Trained with Optimized Features Selected Random Forest and Stepwise Selection2010
- 著者名/発表者名
  Ebina T, Toh H, Kuroda Y
- 学会等名
  First Asia-Europe Physics Summit
- 発表場所
  エポカルつくば(茨城県)
- 年月日
  2010-03-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Biophysical Characterization of highly active recombinant Gaussia luciferase expressed in Escherichia coli2010
- 著者名/発表者名
  Tharangani Rathnayaka, Minako Tawa, Shihori Sohya, Masafumi Yohda, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大学(宮城県)
- 年月日
  2010-09-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] 短いペプチドの新しい溶解度測定法の開発2010
- 著者名/発表者名
  島田広海、モハマドモニルイスラム、モンスルアラムカーン、辻良太郎、黒田裕
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大学(宮城県)
- 年月日
  2010-09-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Stabilization of BPTI-[5,55] through decrease of local backbone fluctuations and development of hetero-microseeding for crystallizing low-stability proteins2010
- 著者名/発表者名
  Yutaka Kuroda, Mohamed M Islam, Kei Kobayashi
- 学会等名
  揺らぎが機能を決める生命分子の科学第4回公開シンポジウム
- 発表場所
  滋賀県立県民交流センターピアザ淡海(滋賀県)
- 年月日
  2010-11-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Analysis of Three-Residue Fragment's Conformational Space2010
- 著者名/発表者名
  Shunta Kimura, Teippei Ebina, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  Computational Biology Research Center Workshop 2010
- 発表場所
  産業技術総合研究所(東京都)
- 年月日
  2010-07-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Effect of Short Peptide Tags On Protein Solubility, Function, Structure Studied in the context of BPTI2010
- 著者名/発表者名
  Mohammad Monirul Islam, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第10回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター(北海道)
- 年月日
  2010-06-16
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] 1及び2残基置換によって熱安定化したBPTI変異体の実験的解析2010
- 著者名/発表者名
  小林慶、イスラムモニルモハマド、野口恵一、城所俊一、養王田正文、黒田裕
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大学(宮城県)
- 年月日
  2010-09-22
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] X-Ray Crystal Structures of Extensively Simplified BPTI Variants Determined Using the KEK Photon Factory Facility2010
- 著者名/発表者名
  イスラムMモハマド、惣谷志保里、野口恵一、養王田正文、黒田裕
- 学会等名
  First Asia-Europe Physics Summit
- 発表場所
  エポカルつくば(茨城県)
- 年月日
  2010-03-24
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] An SVM-Domain Linker Prediction Trained with Optimized Features Selected Random Forest and Stepwise Selection2010
- 著者名/発表者名
  Ebina Teppei, Toh Hiroyuki, Kuroda Yutaka
- 学会等名
  First Asia-Europe Physics Summit
- 発表場所
  エポカルつくば(茨城県)
- 年月日
  2010-03-24
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] 短いペプチドの新しい溶解度測定法の開発2010
- 著者名/発表者名
  島田広海、モハマドモニルイスラム、モンスルアラムカーン、辻良太郎、黒田裕
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大学(宮城県)
- 年月日
  2010-09-20
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] 1及び2残基をG,A及びVに置換したBPTI変異体の主鎖構造の局所的な「揺らぎ」と熱安定性2010
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 学会等名
  揺らぎが機能を決める生命分子の科学:平成22年度合同班会議
- 発表場所
  加賀観光ホテル(石川県)(招待講演)
- 年月日
  2010-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] ドメインリンカーの構造と配列が構造ドメイン形成に及ぼす影響2010
- 著者名/発表者名
  蝦名鉄平、岩崎駿、黒田裕
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大学(宮城県)
- 年月日
  2010-09-20
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] Analysis of Three-Residue Fragment's Conformational Space2010
- 著者名/発表者名
  木村俊太、蝦名鉄平、町田惠久海、黒田裕
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大学(宮城県)
- 年月日
  2010-09-21
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] X-Ray Crystal Structures of Extensively Simplified BPTI Variants Determined Using the KEK Photon Factory Facility2010
- 著者名/発表者名
  Mohammad M Islam, Shihori Sohya, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  First Asia-Europe Physics Summit
- 発表場所
  エポカルつくば(茨城県)
- 年月日
  2010-03-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Biophysical Characterization of highly active recombinant Gaussia luciferase expressed in Escherichia coli2010
- 著者名/発表者名
  Tharangani Rathnayaka, Minako Tawa, Shihori Sohya, Masafumi Yohda, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大学(宮城県)
- 年月日
  2010-09-20
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] Purification of Recombinant Protein using Cell Wall Breakage by co-Expression of VanX2010
- 著者名/発表者名
  上岡哲矢、惣谷志保里、黒田裕
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大学(宮城県)
- 年月日
  2010-09-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Purification of Recombinant Protein using Cell Wall Breakage by co-Expression of VanX2010
- 著者名/発表者名
  上岡哲矢、惣谷志保里、黒田裕
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大学(宮城県)
- 年月日
  2010-09-20
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] 超単純化BPTIに於ける揺らぎ～X線結晶構造解析を用いた分子レベルでの解明～(Molecular Fluctuations in Extensively Simplified BPTI Variants Examfined by X-ray Crystallography)2009
- 著者名/発表者名
  黒田裕、イスラム M モニール
- 学会等名
  新学術領域研究「揺らぎと生体機能」第3回公開シンポジウム
- 発表場所
  名古屋大学(愛知県)
- 年月日
  2009-12-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Further Simplification of the BPTI Sequence : Minimum Information for Specifying a Native Protein Structure2009
- 著者名/発表者名
  黒田裕, イスラムMモハマド, 惣谷志保里, 野口恵一, 養王田正文、
- 学会等名
  第2回日韓生体分子科学セミナー「実験とシミュレーション」
- 発表場所
  名古屋大学(愛知県)
- 年月日
  2009-12-22
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] BPTI変異体の熱安定性とタンパク質間相互作用の共進化的視点からの解析シンポジウムタンパク質間相互作用研究の手法としての共進化解析2009
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 学会等名
  第47回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  アクティとくしま(徳島県)
- 年月日
  2009-10-30
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] E.coli expression of soluble and active Gaussia luciferase2009
- 著者名/発表者名
  Tharangani Rathnayaka, Makino Erika, Sohya Shihori, Yohda Masafumi, Kuroda Yutaka
- 学会等名
  第32回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(神奈川県)
- 年月日
  2009-12-10
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] 点変異によって13度熱安定化したBPTI変異体の構造及び熱安定性の解析2009
- 著者名/発表者名
  イスラムMモハマド、惣谷志保里、野口恵一、城所俊一、養王田正文、黒田裕
- 学会等名
  第47回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  アクティとくしま(徳島県)
- 年月日
  2009-11-01
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] E.coli expression of soluble and active Gaussia luciferase2009
- 著者名/発表者名
  harangani R, Makino E, Sohya S, Yohda M, Kuroda Y
- 学会等名
  第32回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(神奈川県)
- 年月日
  2009-12-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] アミノ酸配列単純化法を用いたBPTI蛋白質の構造形成及び熱安定性の解析シンポジウム2009
- 著者名/発表者名
  黒田裕, モハマド, M イスラム
- 学会等名
  第82回日本生化学会年会
- 発表場所
  神戸ポートアイランド(兵庫県)
- 年月日
  2009-10-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] アミノ酸配列単純化法を用いたBPTI蛋白質の構造形成及び熱安定性の解析2009
- 著者名/発表者名
  黒田裕、イスラムMモハマド
- 学会等名
  第82回日本生化学会年会
- 発表場所
  神戸ポートアイランド(兵庫県)
- 年月日
  2009-10-24
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] MOBILITY OF WATER MOLECULES INTO GFP INTERIOR AND THEIR EFFECTS ON THE THERMAL STABILITY2009
- 著者名/発表者名
  秋山沙織, 小林貴幸, 上岡哲矢, 末永敦, 泰地真弘人, 黒田裕
- 学会等名
  第32回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(神奈川県)
- 年月日
  2009-12-12
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] BPTI変異体の熱安定性とタンパク質間相互作用の共進化的視点からの解析シンポジウムタンパク質間相互作用研究の手法としての共進化解析2009
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 学会等名
  第47回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  アクティとくしま(徳島県)
- 年月日
  2009-10-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] MOBILITY OF WATER MOLECULES INTO GFP INTERIOR AND THEIR EFFECTS ON THE THERMAL STABILITY2009
- 著者名/発表者名
  秋山沙織, 小林貴幸, 上岡哲矢, 末永敦, 泰地真弘人, 黒田裕
- 学会等名
  第32回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(神奈川県)
- 年月日
  2009-12-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] 点変異によって13度熱安定化したBPTI変異体の構造及び熱安定性の解析2009
- 著者名/発表者名
  モハマド M イスラム、惣谷志保里、野口恵一、城所俊一、養王田正文、黒田裕
- 学会等名
  第47回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  アクティとくしま(徳島県)
- 年月日
  2009-11-01
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] 超単純化BPTIに於ける揺らぎ～X線結晶構造解析を用いた分子レベルでの解明～(Molecular Fluctuations in Extensively Simplified BPTI Variants Examined by X-ray Crystallography)2009
- 著者名/発表者名
  黒田裕、イスラムMモハマド
- 学会等名
  新学術領域研究「揺らぎと生体機能」第3回公開シンポジウム
- 発表場所
  名古屋大学(愛知県)
- 年月日
  2009-12-20
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] 最適化された記述子群を用いたドメインリンカー予測法の開発2009
- 著者名/発表者名
  蝦名鉄平、藤博幸、黒田裕
- 学会等名
  第47回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  アクティとくしま(徳島県)
- 年月日
  2009-10-31
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] 短い溶解度向上ペプチドタグ(SEPタグ)による新規封入体形成抑制法の開発2009
- 著者名/発表者名
  石原謙一郎, 惣谷志保里, 黒田裕
- 学会等名
  第32回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(神奈川県)
- 年月日
  2009-12-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] 最適化された記述子群を用いたドメインリンカー予測法の開発2009
- 著者名/発表者名
  蝦名鉄平、藤博幸、黒田裕
- 学会等名
  第47回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  アクティとくしま(徳島県)
- 年月日
  2009-10-31
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] Further Simplification of the BPTI Sequence : Minimum Information for Specifying a Native Protein Structure2009
- 著者名/発表者名
  Kuroda Y, Islam M M, Sohya S, Ncguchi K, Yohda M
- 学会等名
  第2回日韓生体分子科学セミナー「実験とシミュレーション」
- 発表場所
  名古屋大学(愛知県)
- 年月日
  2009-12-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] 短い溶解度向上ペプチドタグ(SEPタグ)による新規封入体形成抑制法の開発2009
- 著者名/発表者名
  石原謙一郎, 惣谷志保里, 黒田裕
- 学会等名
  第32回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(神奈川県)
- 年月日
  2009-12-10
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21107505
[学会発表] 熱力学に基づいたタンパク質溶解度計算法の開発及びその細胞内凝集形成の防止法への応用ワークショップ2009
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 学会等名
  第9回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  熊本全日空ホテルニユースカイ(熊本県)
- 年月日
  2009-05-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21300110
[学会発表] Accurate domain linker prediction by Support Vector Machine2008
- 著者名/発表者名
  T., Ebina, H., Toh, Y., Kuroda
- 学会等名
  Joint 4th Asian Oceania Human Proteome Organization and Pacific Rim International Conference on Protein Science
- 発表場所
  Cairns (Australia)
- 年月日
  2008-06-23
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] Accurate domain linker prediction by Support Vector Machine2008
- 著者名/発表者名
  Ebina, T., Toh, H., and Kuroda, Y.
- 学会等名
  Joint 4th AOHUPO(Asian Oceania Human Proteome Organization)and PRICPS(Pacific Rim International Conference on Protein Science)
- 発表場所
  ケアンズ(オーストラリア)
- 年月日
  2008-06-23
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] 蛋白質構造比較パラメータの開発とその評価2007
- 著者名/発表者名
  矢島龍, 黒田裕
- 学会等名
  第7回蛋白質科学会
- 発表場所
  仙台国際センター
- 年月日
  2007-05-26
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] MDシミュレーションによるGFP変異体のトラジェクトリ解析2007
- 著者名/発表者名
  小林貴幸、上岡哲矢、朱田梨恵、養王田正文、黒田裕
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜
- 年月日
  2007-12-22
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] 短い溶解度向上ペプチドによる新規封入体抑制法の開発2007
- 著者名/発表者名
  泉川直重、細岡亜沙美、惣谷志保里、黒田裕
- 学会等名
  第30回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜
- 年月日
  2007-12-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] Analysis of disorder regions for functional domain2007
- 著者名/発表者名
  S., Hirose, Y., Kuroda, S., Kanai, T., Noguchi
- 学会等名
  The 7Th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan
- 発表場所
  Sendai
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] Development and evaluation of parameters for protein structural comparison2007
- 著者名/発表者名
  R., Yajima, Y., Kuroda
- 学会等名
  The 7Th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan
- 発表場所
  Sendai
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] 蛋白質構造アライメントのための構造指標の統計的評価法2007
- 著者名/発表者名
  矢島龍、黒田裕
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜
- 年月日
  2007-12-21
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] Loop legth dependent SVM prediction of domain linkers2007
- 著者名/発表者名
  T., Ebina, H., Toh, Y., Kuroda
- 学会等名
  The 45Th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
- 発表場所
  Yokohama
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] Trajectory analysis of GFP mutant by Molecular Dynamics Simulation2007
- 著者名/発表者名
  T., Kobayashi, Y., Miyata, M., Yohda, Y.,Kuroda
- 学会等名
  The 7Th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan
- 発表場所
  Sendai
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] MDシュミレーションによるGFP変異体のトラジェクトリ解析2007
- 著者名/発表者名
  小林貴幸、上岡哲矢、朱田梨恵、養王田正文、黒田裕
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜
- 年月日
  2007-12-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] Analysis of internal and external motion in protein structure2007
- 著者名/発表者名
  S., Hirose K., Yokota Y., Kuroda H., Wako S., Kanai T., Noguchi
- 学会等名
  The 2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics
- 発表場所
  Tokyo
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] Analysis of internal and external motion in protein structure2007
- 著者名/発表者名
  Hirose S, Yokota K, Kuroda Y, Wako H, Kanai S, and Noguchi T.
- 学会等名
  JSBi2007日本バイオインフォマティクス学会年会
- 発表場所
  日本科学未来館(台場)
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] アミノ酸配列から蛋白質の構造的揺らぎ領域の予測2007
- 著者名/発表者名
  廣瀬修一、横田恭宜、黒田裕、輪湖博、金井理、野口保
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜
- 年月日
  2007-12-21
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] Statistical analysis structural descriptors for efficient structural alignment2007
- 著者名/発表者名
  R., Yajima, Y., Kuroda
- 学会等名
  The 45Th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
- 発表場所
  Yokohama
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] MDシミュレーションを用いたGFP変異体のトラジェクトリ解析2007
- 著者名/発表者名
  小林貴幸, 宮田裕介, 養王田正文, 黒田裕
- 学会等名
  第7回蛋白質科学会
- 発表場所
  仙台国際センター
- 年月日
  2007-05-24
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] Prediction of protein structural flexibility from an amino acid sequence2007
- 著者名/発表者名
  S., Hirose, K., Yokota, Y., Kuroda, H., Wako, S., Kanai, T., Noguchi
- 学会等名
  The 45Th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
- 発表場所
  Yokohama
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] ループ長依存性を利用したSVMによるドメインリンカー予測法の開発2007
- 著者名/発表者名
  蛯名鉄平、藤博幸、黒田裕
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜
- 年月日
  2007-12-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] タンパク質機能ドメインに対するdisorder領域の解析2007
- 著者名/発表者名
  廣瀬修一、黒田裕、金井理、野口保
- 学会等名
  第7回蛋白質科学会
- 発表場所
  仙台国際センター
- 年月日
  2007-05-26
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] Gaussiaルシフェェラーゼの発現系の構築2007
- 著者名/発表者名
  田輪みな子、惣谷志保里、泉川直重、養王田正文、黒田裕
- 学会等名
  第30回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜
- 年月日
  2007-12-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] ループ長依存性を利用したSVWによるドメインリンカー予測法の開発2007
- 著者名/発表者名
  蛯名鉄平、藤博幸、黒田裕
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜
- 年月日
  2007-12-21
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] Trajectory analysis of GFP mutant by Molecular Dynamics Simulation2007
- 著者名/発表者名
  T., Kobayashi, T., Kamioka, R., Akada, M., Yohda, Y., Kuroda
- 学会等名
  The 45Th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
- 発表場所
  Yokohama
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] DOMAIN LINKER PREDICTION USING A SUPPORT VECTOR MACHINE(SVM)2006
- 著者名/発表者名
  Teppei Ebina, Takao Arai, Hiroyuki Toh, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第5回東アジア生物物理シンポジウム・日本生物物理学会第44回年会合同会議
- 発表場所
  沖縄コンベンションセンター
- 年月日
  2006-11-12
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] Domain linker prediction using a support vector machine (SVM)2006
- 著者名/発表者名
  T., Ebina, T., Arai, H., Toh, Y., Kuroda
- 学会等名
  Fifth East Asian Biophysics Symposium & Forty-Fourth Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
- 発表場所
  Okinawa
- 年月日
  2006-11-26
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500225
[学会発表] Analysis of Protein Aggregation by using Dynamic Light Scattering and Static Light Scattering Techniques
- 著者名/発表者名
  Md. Golam Kabir、Tamotsu Zako、Mizuo Maeda、Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第14回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア(神奈川県・横浜市)
- 年月日
  2014-06-25 – 2014-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] 疎水性・親水性モデルを用いらないタンパク質溶解性の解析
- 著者名/発表者名
  黒田裕
- 学会等名
  第14回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア(神奈川県・横浜市)
- 年月日
  2014-06-25 – 2014-06-27
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] VanXの溶菌活性を用いた新規スクリーニング法の開発
- 著者名/発表者名
  呉楠、上岡哲矢、黒田裕
- 学会等名
  第14回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア(神奈川県・横浜市)
- 年月日
  2014-06-25 – 2014-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] Biophysical analysis of protein aggregation kinetics using Solubility Controlling Peptide（ SCP） tags
- 著者名/発表者名
  Mohammad M Islam、Alam M Khan、黒田裕
- 学会等名
  第14回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア(神奈川県・横浜市)
- 年月日
  2014-06-25 – 2014-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] Analysis and control of amorphous protein aggregation using short peptide tags
- 著者名/発表者名
  Yutaka Kuroda
- 学会等名
  JSPS Japan Hungary Joint Seminar
- 発表場所
  蛋白質研究所（大阪大学）（大阪府・吹田市）
- 年月日
  2014-11-18 – 2014-11-20
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] Structural and thermodynamic study of extensively simplified BPTIs reveals a novel enthalpy stabilization mechanism through multiple alanine substitution
- 著者名/発表者名
  Mohammad Monirul Islam, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Shun-ichi Kidokoro, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第37回日本分子生物学会
- 発表場所
  パシフィコ横浜（神奈川県・横浜市）
- 年月日
  2014-11-25 – 2014-11-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] Analysis of protein crystallization using short Solubility Controlling Peptide tags
- 著者名/発表者名
  黒田裕、Mohammad M Islam
- 学会等名
  第52回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  北海道札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
- 年月日
  2014-09-25 – 2014-09-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] 全原子MDシミュレーションによるアラニンスキャニング変異を導入したアミロイド形成ペプチドの凝集解析
- 著者名/発表者名
  小須田慧司, 末永敦, 佐藤雄士, 泰地真弘人, 黒田裕
- 学会等名
  第37回日本分子生物学会
- 発表場所
  パシフィコ横浜（神奈川県・横浜市）
- 年月日
  2014-11-25 – 2014-11-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] X-ray crystallography and ELISA interaction studies reveal the sero-specificity in dengue virus
- 著者名/発表者名
  Manjiri Ravindra Kulkarni, Monirul M. Islam, Montasir Elahi, Nobutaka Numoto, Nobutoshi Ito, Yutaka Kuroda
- 学会等名
  第37回日本分子生物学会
- 発表場所
  パシフィコ横浜（神奈川県・横浜市）
- 年月日
  2014-11-25 – 2014-11-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432
[学会発表] 複数ペプチドの全原子分子動力学シミュレーションを用いたアミロイド形成機構の解析
- 著者名/発表者名
  小須田慧司, 末永敦, 泰地真弘人, 黒田裕
- 学会等名
  第４回日本生物物理学会関東支部会
- 発表場所
  日本大学文理学部(東京都・世田谷区）
- 年月日
  2015-03-09 – 2015-03-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26560432

1. 藤博幸 (70192656)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 16件
2. 中村史 (40357661)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 山岸彩奈 (00778293)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 長崎晃 (30392640)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 竹下大二郎 (80613265)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. TAMBI RICHA

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 12件
7. VELMURUGAN PUNITHA

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 15件
8. 中村成芳

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
9. TOKMAKOV A・A

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
10. 城戸俊一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
11. 養王田正文

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
12. 小林直宏

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

黒田 裕 Kuroda Yutaka

研究課題

研究成果

共同研究者

中間径フィラメントが媒介するメカニカルな転写モジュレ－ション

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

溶解性制御タグを用いたタンパク質の凝集性と免疫原性の関係解明及びその制御法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ペプチドタグを用いたタンパク質のアモルファス凝集体の制御及びその細胞毒性の解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ペプチド系溶解性制御タグによるタンパク質抗原性の制御及びその分子機構の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

神経ペプチドの体系的なデータベースの構築と機械学習法を用いたその構造傾向性の予測研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

天然型SS結合を有する分子量1万の最小レポータ蛋白質の大腸菌を用いた改変研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タグ技術を用いた多数SS結合蛋白質の新規改変法及び優れた最小ルシフェラーゼの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

少数のアミノ酸置換による蛋白質の主鎖構造の揺らぎの設計法の開発及びその効果の解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

アミノ酸配列からタンパク質溶解度を計算する高精度計算システムの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

サポートベクターマシン(SVM)を用いたドメイン境界を同定する予測システムの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

アミノ酸配列単純化法を用いた蛋白質のフォールディング・溶解度を定量的に調べる研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

新規蛋白質のドメイン領域をアミノ酸配列情報から同定するニューラルネットの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] タンパク質のアモルファス凝集と溶解性―基礎研究からバイオ産業・創薬研究への応用まで―2019

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

黒田裕 Kuroda Yutaka

[図書] タンパク質の人工設計:「生物物理ハンドブック」石渡信一、桂勲、桐野豊、美宅成樹編集2007

[図書] タンパク質の人工設計 : 「生物物理ハンドブック」(石渡信一, 桂勲, 桐野豊, 美宅成樹編集)2007

[図書] 生物物理ハンドブック(石渡信一、桂勲、桐野豊、美宅成樹編)2006

[図書] 生物物理ハンドブック(石渡信一, 桂勲, 桐野豊, 美宅成樹編)2006

[図書] 計算手法を用いて見るタンパク質立体構造概論東京大学バイオインフォマティクス集中講義(高木利久(監修))2004