山口敦子 Yamaguchi Atsuko

研究者番号	10346108
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 東京都市大学, デザイン・データ科学部, 教授 2025年度: 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等), データサイエンス共同利用基盤施設, 特任准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2023年度 – 2024年度: 東京都市大学, デザイン・データ科学部, 教授 2021年度 – 2022年度: 東京都市大学, その他部局等, 教授 2017年度 – 2019年度: 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等), データサイエンス共同利用基盤施設, 特任准教授 2004年度: 京都大学, 化学研究所, 客員助手 2003年度: 京都大学, 化学研究所, 助手
審査区分/研究分野	研究代表者小区分62020:ウェブ情報学およびサービス情報学関連 / ウェブ情報学・サービス情報学研究代表者以外生物系 / 小区分90130:医用システム関連 / 小区分52050:胎児医学および小児成育学関連
キーワード	研究代表者生命科学データベース / RDF / SPARQL / セマンティックウェブ / バイオインフォマティクス / 知識グラフ / メタデータ / リンクトオープンデータ / リンクト・オープン・データ / 生命科学データ統合 / 連合検索 … もっと見る研究代表者以外 … もっと見るプロテオーム / 生体生命情報学 / 機械学習 / アルゴリズム / 症例情報共有・統合 / 症例情報統合化技術 / 症例情報国際共有 / Phenopackets / CaseSharing / 希少・遺伝性疾患 / 症例情報管理システム / ロングリードシーケンス / 画像診断 / てんかん / 脳形成異常 / 人工知能隠す

深層学習モデルで解き明かす発達性てんかん性脳症と脳形成異常の遺伝素因と画像診断
- 研究代表者
  
  加藤光広
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2026
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分52050:胎児医学および小児成育学関連
- 研究機関
  昭和大学
国際共有を前提とした症例情報統合化技術の開発
- 研究代表者
  
  藤原豊史
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分90130:医用システム関連
- 研究機関
  大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等)
生命科学分野の大規模知識グラフからの構造獲得とそれに基づく効率的知識取得研究代表者
- 研究代表者
  
  山口敦子
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62020:ウェブ情報学およびサービス情報学関連
- 研究機関
  東京都市大学
生命科学データの分散知識統合基盤に資する安定かつ高速な連合検索研究代表者
- 研究代表者
  
  山口敦子
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2019
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  ウェブ情報学・サービス情報学
- 研究機関
  大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等)
生体内化合物の効率的な比較、探索、発見アルゴリズムの開発
- 研究代表者
  
  馬見塚拓
- 研究期間 (年度)
  2004
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  京都大学
生体高分子と結合する低分子化合物の効率的な比較、探索、発見アルゴリズムの開発
- 研究代表者
  
  馬見塚拓
- 研究期間 (年度)
  2003
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  京都大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017 2004

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] A Comparative Study on Storing and Retrieval of URIs for Life Sciences Databases.2024
- 著者名/発表者名
  Atsuko Yamaguchi, Yasunori Yamamoto
- 雑誌名
  
  CEUR Workshop Proceedings
  
  巻: 3659 ページ: 9-12
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12148
[雑誌論文] Ontology-based expansion of virtual gene panels to improve diagnostic efficiency for rare genetic diseases2023
- 著者名/発表者名
  Jae-Moon Shin, Toyofumi Fujiwara, Atsuko Yamaguchi
- 雑誌名
  
  CEUR Workshop Proceedings
  
  巻: 3415 ページ: 87-91
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12148
[雑誌論文] Advances in the development of PubCaseFinder, including the new application programming interface and matching algorithm2022
- 著者名/発表者名
  Toyofumi Fujiwara, Jae‐Moon Shin, Atsuko Yamaguchi
- 雑誌名
  
  Human Mutation
  
  巻: 43 ページ: 734-742
- DOI
  10.1002/humu.24341
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12148
[雑誌論文] Gene Ranking based on Paths from Phenotypes to Genes on Knowledge Graph2021
- 著者名/発表者名
  Yamaguchi Atsuko、Shin Jae-Moon、Fujiwara Toyofumi
- 雑誌名
  
  The 10th International Joint Conference on Knowledge Graphs
  
  巻: - ページ: 131-134
- DOI
  10.1145/3502223.3502240
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11545, KAKENHI-PROJECT-21K12148
[雑誌論文] Investigating Schema Definitions Using RDFS and OWL 2 for RDF Databases in Life Sciences2020
- 著者名/発表者名
  Yamaguchi Atsuko、Kushida Tatsuya、Yamamoto Yasunori、Kozaki Kouji
- 雑誌名
  
  Communications in Computer and Information Science
  
  巻: 1157 ページ: 137-144
- DOI
  10.1007/978-981-15-3412-6_14
- ISBN
  9789811534119, 9789811534126
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00434
[雑誌論文] Finding the Maximum Common Subgraph of a Partial k-Tree and a Graph with a Polynomially Bounded Number of Spanning Trees2004
- 著者名/発表者名
  Yamaguchi, A. et al.
- 雑誌名
  
  Information Processing Letters 92・2
  
  ページ: 57-63
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16014211
[学会発表] A Semantic Design for the Biological Processes Associated with Intrinsically Disordered Proteins2024
- 著者名/発表者名
  Atsuko Yamaguchi, Yumiko Kado, Shigetaka Sakamoto, Satoshi Fukuchi, Motonori Ota
- 学会等名
  SWAT4HCLS 2024
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12148
[学会発表] PubCaseFinder CaseSharing: A management system for case information on rare diseases2023
- 著者名/発表者名
  Toyofumi Fujiwara, Jae-Moon Shin, Atsuko Yamaguchi and Atsuo Kikuchi
- 学会等名
  ESHG Conference
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K11886
[学会発表] PubCaseFinder: 希少・遺伝性疾患に特化した症例情報管理システムの開発2023
- 著者名/発表者名
  藤原豊史、申在紋、山口敦子、菊池敦生
- 学会等名
  第30回日本遺伝子診療学会大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K11886
[学会発表] CaseSharing: A management system for case information on rare diseases2023
- 著者名/発表者名
  Toyofumi Fujiwara, Jae-Moon Shin, Atsuko Yamaguchi and Atsuo Kikuchi
- 学会等名
  ESHG Conference 2023
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12148
[学会発表] Ontology-based expansion of virtual gene panels to improve diagnostic efficiency for rare genetic diseases2023
- 著者名/発表者名
  Jae-Moon Shin, Toyofumi Fujiwara, Atsuko Yamaguchi
- 学会等名
  14th International SWAT4HCLS Conference
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12148
[学会発表] CaseSharing: A case information management system in PubCaseFinder suitable for sharing rare disease cases.2023
- 著者名/発表者名
  Toyofumi Fujiwara, Eisuke Dohi, Jae-Moon Shin, Yuka Tateishi, Yasunori Yamamoto, Atsuko Yamaguchi, Atsuo Kikuchi
- 学会等名
  Human Genetics Asia
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K11886
[学会発表] PubCaseFinder: 希少・遺伝性疾患に特化した症例情報管理システムの開発2023
- 著者名/発表者名
  藤原豊史、申在紋、山口敦子、菊池敦生
- 学会等名
  第30回日本遺伝子診療学会大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12148
[学会発表] PubCaseFinder: A clinical decision support system for better diagnosis of rare genetic diseases2022
- 著者名/発表者名
  Jae-Moon Shin, Toyofumi Fujiwara, Atsuko Yamaguchi
- 学会等名
  The 31st International KOGO Annual Conference
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12148
[学会発表] Propose of the method to design virtual gene panels for the acceleration of clinical genome interpretation2022
- 著者名/発表者名
  Toyofumi Fujiwara, Jae-Moon Shin, Hirotomo Saitsu, Atsuko Yamaguchi
- 学会等名
  日本人類遺伝学会第67回大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12148
[学会発表] PubCaseFinder:　Virtual Gene Panel を活用した WES/WGS 結果解釈補助機能の構築2022
- 著者名/発表者名
  藤原豊史，申在紋，才津浩智，山口敦子
- 学会等名
  第29回日本遺伝子診療学会大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12148
[学会発表] PubCaseFinder: Implementation of the new function designing Mondo-based virtual gene panels to increase diagnostic efficiency for rare genetic diseases2022
- 著者名/発表者名
  Toyofumi Fujiwara, Jae-Moon Shin, Hirotomo Saitsu, Atsuko Yamaguchi
- 学会等名
  American Society of Human Genetics (ASHG) Annual Meeting 2022
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12148
[学会発表] PubCaseFinder: A clinical decision support system for the diagnosis of patients with suspected rare genetic diseases2021
- 著者名/発表者名
  Toyofumi Fujiwara, Shin Jae-Moon, Susumu Goto, Atsuko Yamaguchi
- 学会等名
  GA4GH 9th Plenary Meeting
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12148
[学会発表] Semantic Integration of Intrinsically Disordered Proteins and Existing DBs2019
- 著者名/発表者名
  Atsuko Yamaguchi, Hideki Hatanaka, Satoshi Fukuchi, Motonori Ota
- 学会等名
  12th International SWAT4HCLS Workshop
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00434
[学会発表] Umaka data extension: Towards Realisation of Practical SPARQL Endpoint Discovery Service for Life Sciences2019
- 著者名/発表者名
  Norio Kobayashi, Yasunori Yamamoto, Atsuko Yamaguchi
- 学会等名
  12th International SWAT4HCLS Workshop
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00434
[学会発表] Finding the best RDF data by Umaka Suite2019
- 著者名/発表者名
  Yasunori Yamamoto, Atsuko Yamaguchi
- 学会等名
  12th International SWAT4HCLS Workshop
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00434
[学会発表] Linked Open Dataを利用するアラインメントビューアの開発2018
- 著者名/発表者名
  藤博幸，山口敦子
- 学会等名
  トーゴ―の日シンポジウム2018
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00434
[学会発表] ライフサイエンスのRDFデータベースにおけるスキーマ定義の現状分析2018
- 著者名/発表者名
  山口敦子, 櫛田達矢, 山本泰智, 古崎晃司
- 学会等名
  第47回セマンティックウェブとオントロジー研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00434
[学会発表] LOD Surfer API: クラス間関係を用いたLODからの情報抽出Web API2018
- 著者名/発表者名
  山口敦子, 小林紀郎, 臼田大輝, 桝屋啓志, 山本泰智, 古崎晃司
- 学会等名
  第44回セマンティックウェブとオントロジー研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00434
[学会発表] Implementing LOD Surfer as a Search System for the Annotation of Multiple Protein Sequence Alignment2018
- 著者名/発表者名
  Atsuko Yamaguchi, Hiroyuki Toh
- 学会等名
  The 8th Joint International Semantic Technology Conference (JIST2018)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00434
[学会発表] linked open data を利用するアラインメントビューアの開発2018
- 著者名/発表者名
  藤博幸，山口敦子
- 学会等名
  第18回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00434
[学会発表] LOD Surfer API: クラス間関係に基づく LOD 探索のためのウェブ API2018
- 著者名/発表者名
  山口敦子，小林紀郎，桝屋啓志，山本泰智，古崎晃司
- 学会等名
  2018年度人工知能学会全国大会（第32回）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00434
[学会発表] LOD連合検索の課題と展望ータンパク質関連情報の取得を通じてー2018
- 著者名/発表者名
  山口敦子，藤博幸
- 学会等名
  トーゴ―の日シンポジウム2018
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00434
[学会発表] Annotation of Proteins from LOD for a Viewer of Multiple Protein Sequence Alignment2018
- 著者名/発表者名
  Atsuko Yamaguchi, Hiroyuki Toh
- 学会等名
  The 11th International Conference Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences (SWAT4HCLS 2018)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00434
[学会発表] LOD Surfer API: Web API for LOD Surfing Using Class-Class Relationships in Life Sciences2017
- 著者名/発表者名
  Atsuko Yamaguchi, Kouji Kozaki, Yasunori Yamamoto, Hiroshi Masuya, Norio Kobayashi
- 学会等名
  10th International Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences (SWAT4HCLS 2017)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00434
[学会発表] Semantic Graph Analysis for Federated LOD Surfing in Life Sciences2017
- 著者名/発表者名
  Atsuko Yamaguchi, Kouji Kozaki, Yasunori Yamamoto, Hiroshi Masuya, Norio Kobayashi
- 学会等名
  The 7th Joint International Semantic Technology Conference (JIST 2017)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00434

1. 馬見塚拓 (00346107)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
2. 小林紀郎 (20415160)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 5件
3. 加藤光広 (10292434)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 宮冬樹 (50415311)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 藤原豊史 (80815176)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 4件
6. 土肥栄祐 (00719213)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
7. 山本泰智 (50470076)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
8. 申在紋 (70854199)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 3件

山口 敦子 Yamaguchi Atsuko

研究課題

研究成果

共同研究者

深層学習モデルで解き明かす発達性てんかん性脳症と脳形成異常の遺伝素因と画像診断

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

国際共有を前提とした症例情報統合化技術の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

生命科学分野の大規模知識グラフからの構造獲得とそれに基づく効率的知識取得研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

生命科学データの分散知識統合基盤に資する安定かつ高速な連合検索研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

生体内化合物の効率的な比較、探索、発見アルゴリズムの開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

生体高分子と結合する低分子化合物の効率的な比較、探索、発見アルゴリズムの開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] A Comparative Study on Storing and Retrieval of URIs for Life Sciences Databases.2024

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Ontology-based expansion of virtual gene panels to improve diagnostic efficiency for rare genetic diseases2023

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Advances in the development of PubCaseFinder, including the new application programming interface and matching algorithm2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Gene Ranking based on Paths from Phenotypes to Genes on Knowledge Graph2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Investigating Schema Definitions Using RDFS and OWL 2 for RDF Databases in Life Sciences2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

ISBN

データソース

[雑誌論文] Finding the Maximum Common Subgraph of a Partial k-Tree and a Graph with a Polynomially Bounded Number of Spanning Trees2004

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[学会発表] A Semantic Design for the Biological Processes Associated with Intrinsically Disordered Proteins2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] PubCaseFinder CaseSharing: A management system for case information on rare diseases2023

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] PubCaseFinder: 希少・遺伝性疾患に特化した症例情報管理システムの開発2023

著者名/発表者名

学会等名

データソース

山口敦子 Yamaguchi Atsuko

[学会発表] PubCaseFinder:　Virtual Gene Panel を活用した WES/WGS 結果解釈補助機能の構築2022