荒木望嗣 ARAKI MITSUGU

研究者番号	10452492
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 京都大学, 医学研究科, 特定准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2018年度 – 2024年度: 京都大学, 医学研究科, 特定准教授
審査区分/研究分野	研究代表者小区分47020:薬系分析および物理化学関連研究代表者以外中区分50:腫瘍学およびその関連分野 / 小区分52020:神経内科学関連
キーワード	研究代表者遺伝子変異 / 分子動力学計算 / 薬剤応答性 / 統計解析 / タンパク質-化合物結合親和性 / 分子動力学シミュレーション / 非小細胞肺がん / 情報科学的解析 / キナーゼ / 薬剤耐性変異 / ALKキナーゼ … もっと見る研究代表者以外 … もっと見る分子標的薬 / 遺伝子変異 / 分子動力学シミュレーション / キナーゼ / シナプス / アミロイドβタンパク質 / アルツハイマー病創薬隠す

シナプスにおけるアミロイドβ蛋白産生機構を標的としたアルツハイマー病治療薬の開発
- 研究代表者
  
  葛谷聡
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分52020:神経内科学関連
- 研究機関
  京都大学
動くタンパク質構造辞典構築を介した疾患関連分子の新規標的部位探索
- 研究代表者
  
  片山量平
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2025
- 研究種目
  
  挑戦的研究(開拓)
- 審査区分
  
  中区分50:腫瘍学およびその関連分野
- 研究機関
  公益財団法人がん研究会
長時間分子動力学計算に基づく、遺伝子変異に起因する薬剤応答性変化の高精度予測研究代表者
- 研究代表者
  
  荒木望嗣
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分47020:薬系分析および物理化学関連
- 研究機関
  京都大学
分子動力学計算と情報科学的解析による、ALK遺伝子変異に伴う薬剤応答性予測研究代表者
- 研究代表者
  
  荒木望嗣
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分47020:薬系分析および物理化学関連
- 研究機関
  京都大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2019 2018 その他

すべて雑誌論文学会発表産業財産権その他

[雑誌論文] A macrocyclic kinase inhibitor overcomes triple resistant mutations in EGFR-positive lung cancer2024
- 著者名/発表者名
  Suzuki Mai、Uchibori Ken、Oh-hara Tomoko、Nomura Yumi、Suzuki Ryusei、Takemoto Ai、Araki Mitsugu、Matsumoto Shigeyuki、Sagae Yukari、Kukimoto-Niino Mutsuko、Kawase Yusuke、Shirouzu Mikako、Okuno Yasushi、Nishio Makoto、Fujita Naoya、Katayama Ryohei
- 雑誌名
  
  npj Precision Oncology
  
  巻: 8 号: 1 ページ: 1-13
- DOI
  10.1038/s41698-024-00542-9
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K16205, KAKENHI-PROJECT-21K06510
[雑誌論文] LTK mutations responsible for resistance to lorlatinib in non-small cell lung cancer harboring CLIP1-LTK fusion2024
- 著者名/発表者名
  Mori S, Izumi H, Araki M, Liu J, Tanaka Y, Kagawa Y, Sagae Y, Ma B, Isaka Y, Sasakura Y, Kumagai S, Sakae Y, Tanaka K, Shibata Y, Udagawa H, Matsumoto S, Yoh K, Okuno Y, Goto K, Kobayashi S
- 雑誌名
  
  Communications Biology
  
  巻: 7(412) 号: 1 ページ: 1-10
- DOI
  10.1038/s42003-024-06116-6
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06510
[雑誌論文] タンパク質の分子動力学シミュレーションに基づく創薬計算技術の開発とゲノム医療分野での応用研究2023
- 著者名/発表者名
  荒木　望嗣
- 雑誌名
  
  SAR News
  
  巻: 45 ページ: 10-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06510
[雑誌論文] Novel Calcium-Binding Ablating Mutations Induce Constitutive RET Activity and Drive Tumorigenesis2022
- 著者名/発表者名
  Tabata J, Nakaoku T, Araki M, Yoshino R, Kohsaka S, Otsuka A, Ikegami M, Ui A, Kanno S, Miyoshi K, Matsumoto S, Sagae Y, Yasui A, Sekijima M, Mano H, Okuno Y, Okamoto A, Kohno T
- 雑誌名
  
  Cancer Research,
  
  巻: 82(20) ページ: 3751-3762
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06510
[雑誌論文] Exploring ligand binding pathways on proteins using hypersound-accelerated molecular dynamics2021
- 著者名/発表者名
  Araki Mitsugu、Matsumoto Shigeyuki、Bekker Gert-Jan、Isaka Yuta、Sagae Yukari、Kamiya Narutoshi、Okuno Yasushi
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 12 号: 1 ページ: 1-10
- DOI
  10.1038/s41467-021-23157-1
- NAID
  120007041708
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594, KAKENHI-PROJECT-20H03229, KAKENHI-PROJECT-21K06510
[雑誌論文] Microsecond-timescale MD simulation of EGFR minor mutation predicts the structural flexibility of EGFR kinase core that reflects EGFR inhibitor sensitivity2021
- 著者名/発表者名
  Yoshizawa Takahiro、Uchibori Ken、Araki Mitsugu、Matsumoto Shigeyuki、Ma Biao、Kanada Ryo、Seto Yosuke、Oh-hara Tomoko、Koike Sumie、Ariyasu Ryo、Kitazono Satoru、Ninomiya Hironori、Takeuchi Kengo、Yanagitani Noriko、Takagi Satoshi、Kishi Kazuma、Fujita Naoya、Okuno Yasushi、Nishio Makoto、Katayama Ryohei
- 雑誌名
  
  npj Precision Oncology
  
  巻: 5 号: 1 ページ: 32-32
- DOI
  10.1038/s41698-021-00170-7
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K22572, KAKENHI-PROJECT-18K15936, KAKENHI-PROJECT-18K06594, KAKENHI-PROJECT-20K21554, KAKENHI-PROJECT-20K16370, KAKENHI-PLANNED-17H06327, KAKENHI-PROJECT-19H03524
[雑誌論文] Gilteritinib overcomes lorlatinib resistance in ALK-rearranged cancer2021
- 著者名/発表者名
  Mizuta Hayato、Okada Koutaroh、Araki Mitsugu、Adachi Jun、Takemoto Ai、Kutkowska Justyna、Maruyama Kohei、Friboulet Luc、Katayama Kazuhiro、Ma Biao、Sasakura Yoko、Sagae Yukari、Kukimoto-Niino Mutsuko、Shirouzu Mikako、Takagi Satoshi、Simizu Siro、Nishio Makoto、Okuno Yasushi、Fujita Naoya、Katayama Ryohei, et al
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 12 号: 1 ページ: 1261-1261
- DOI
  10.1038/s41467-021-21396-w
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21554, KAKENHI-PLANNED-17H06327, KAKENHI-PROJECT-19H03524, KAKENHI-PROJECT-18K06137, KAKENHI-PROJECT-19K22572, KAKENHI-PROJECT-18K06594, KAKENHI-ORGANIZER-17H06324
[雑誌論文] Improvement in predicting drug sensitivity changes associated with protein mutations using a molecular dynamics based alchemical mutation method2020
- 著者名/発表者名
  Fumie Ono, Shuntaro Chiba, Yuta Isaka, Shigeyuki Matsumoto, Biao Ma, Ryohei Katayama, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 10(1) ページ: 1-10
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[雑誌論文] E487K-Induced Disorder in Functionally Relevant Dynamics of Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase 2.2020
- 著者名/発表者名
  Matsumoto S, Araki M, Isaka Y, Ono F, Hirohashi K, Ohashi S, Muto M, Okuno Y.
- 雑誌名
  
  Biophysical Journal
  
  巻: 119(3) ページ: 628-637
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[雑誌論文] Landscape and function of multiple mutations within individual oncogene2020
- 著者名/発表者名
  Yuki Saito, Junji Koya, Mitsugu Araki, Yasunori Kogure, Sumito Shingaki, Mariko Tabata, Marni B. McClure, Kota Yoshifuji, Shigeyuki Matsumoto, Yuta Isaka, Hiroko Tanaka, Takanori Kanai, Satoru Miyano, Yuichi Shiraishi, Yasushi Okuno, Keisuke Kataoka
- 雑誌名
  
  Nature
  
  巻: 582 ページ: 95-99
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[雑誌論文] Structural modification of indomethacin toward selective inhibition of COX-2 with a significant increase in van der Waals contributions2019
- 著者名/発表者名
  Ikeda A, Funakoshi E, Araki M, Ma B, Karuo Y, Tarui A, Sato K, Okuno Y, Kawai K, Omote M.
- 雑誌名
  
  Bioorganic & Medicinal Chemistry
  
  巻: 27(9) ページ: 1789-1794
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[雑誌論文] Dynamic Docking of a Medium Sized Molecule to its Receptor by Multicanonical MD Simulations2019
- 著者名/発表者名
  Bekker, G; Araki, M; Oshima, K; Okuno, Y; Kamiya, N
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 123(11) ページ: 2479-2490
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[雑誌論文] Prediction of ALK mutations mediating ALK-TKIs resistance and drug re-purposing to overcome the resistance2019
- 著者名/発表者名
  Okada K, Araki M, Sakashita T, Ma B, Kanada R, Yanagitani N, Horiike A, Koike S, Oh-hara T, Watanabe K, Tamai K, Maemondo M, Nishio M, Ishikawa T, Okuno Y, Fujita N, Katayama R
- 雑誌名
  
  EBioMedicine
  
  巻: 41 ページ: 105-119
- NAID
  120006892063
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[雑誌論文] 非小細胞肺がん（NSCLC）における薬剤耐性獲得メカニズムの予測.2018
- 著者名/発表者名
  荒木望嗣, 奥野恭史
- 雑誌名
  
  がん分子標的治療
  
  巻: 16 ページ: 53-58
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[雑誌論文] Improving the Accuracy of Protein-Ligand Binding Mode Prediction Using a Molecular Dynamics-Based Pocket Generation Approach2018
- 著者名/発表者名
  Araki Mitsugu、Iwata Hiroaki、Ma Biao、Fujita Atsuto、Terayama Kei、Sagae Yukari、Ono Fumie、Tsuda Koji、Kamiya Narutoshi、Okuno Yasushi
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Chemistry
  
  巻: 39 号: 32 ページ: 2679-2689
- DOI
  10.1002/jcc.25715
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[産業財産権] 長時間分子動力学シミュレーションよる変異型タンパク質にに対する治療薬探索法2021
- 発明者名
  奥野恭史、荒木望嗣、片山量平
- 権利者名
  奥野恭史、荒木望嗣、片山量平
- 産業財産権種類
  特許
- 産業財産権番号
  2021-066780
- 出願年月日
  2021
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06510
[学会発表] A multiscale molecular simulation approach for assessing the effects of mutation on protein activity and drug sensitivity of oncogenic kinases.2024
- 著者名/発表者名
  Mitsugu Araki and Yasushi Okuno
- 学会等名
  Biophysical Society 68th annual meeting
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06510
[学会発表] Structural origins of site-specific inhibitor binding to Dihydrofolate Reductase unveiled by molecular dynamics simulations combined with Markov state modeling2024
- 著者名/発表者名
  Mitsugu Araki and Yasushi Okuno
- 学会等名
  Spring 2024 ACS National Meeting
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06510
[学会発表] A multiscale molecular simulation approach to assess the effects of mutations on functional activity and drug sensitivity in kinases2022
- 著者名/発表者名
  Mitsugu Araki and Yasushi Okuno
- 学会等名
  Spring 2022 ACS National Meeting
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[学会発表] スパコンを用いたタンパク質-医薬品結合親和性・結合解離パスウェイの高精度予測2022
- 著者名/発表者名
  荒木望嗣
- 学会等名
  第429回CBI学会研究講演会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06510
[学会発表] プレシジョンメディスンを加速する創薬ビッグデータ統合システムの推進2022
- 著者名/発表者名
  荒木望嗣, 奥野恭史
- 学会等名
  富岳成果創出加速プログラム　研究交流会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[学会発表] Hypersound-perturbed molecular dynamics to accelerate slow protein-ligand binding processes.2022
- 著者名/発表者名
  Mitsugu Araki and Yasushi Okuno
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06510
[学会発表] Hypersound-perturbed molecular dynamics for accelerating slow biomolecular interaction processes2022
- 著者名/発表者名
  Mitsugu Araki and Yasushi Okuno
- 学会等名
  Biophysical Society 67th annual meeting
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06510
[学会発表] プレシジョンメディスンを加速する創薬ビッグデータ統合システムの推進2022
- 著者名/発表者名
  荒木望嗣, 奥野恭史
- 学会等名
  富岳成果創出加速プログラム　研究交流会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06510
[学会発表] A multiscale molecular simulation approach to assess the effects of mutations on functional activity and drug sensitivity in kinases2022
- 著者名/発表者名
  Mitsugu Araki and Yasushi Okuno
- 学会等名
  Spring 2022 ACS National Meeting
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06510
[学会発表] スパコンを用いたタンパク質-医薬品結合親和性・結合解離パスウェイの高精度予測2022
- 著者名/発表者名
  荒木望嗣
- 学会等名
  第429回CBI学会研究講演会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[学会発表] Hypersound-perturbed molecular dynamics to accelerate slow biomolecular interaction processes2022
- 著者名/発表者名
  Mitsugu Araki and Yasushi Okuno
- 学会等名
  Biophysics at the Dawn of Exascale Computers
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06510
[学会発表] Protein-drug binding mode prediction from the apo-protein structure using a molecular dynamics-based pocket generation approach2020
- 著者名/発表者名
  Mitsugu Araki and Yasushi Okuno
- 学会等名
  Biophysical Society 64th annual meeting
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[学会発表] スパコンを用いたタンパク質-化合物結合親和性の高精度予測と医療・創薬への応用2020
- 著者名/発表者名
  荒木望嗣, 奥野恭史
- 学会等名
  第48回構造活性相関シンポジウム
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[学会発表] Effect of conformational flexibility of protein-ligand binding free energy computation and its significance in predicting mutation-induced drug sensitivity changes in oncogenic kinases2020
- 著者名/発表者名
  Mitsugu Araki and Yasushi Okuno
- 学会等名
  ACS Fall 2020 Virtual Meeting & Expo
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[学会発表] DRUG RESISTANCE INDUCED BY LOCAL AND ALLOSTERIC CONFORMATIONAL CHANGES IN ONCOGENIC TYROSINE KINASES.2019
- 著者名/発表者名
  Mitsugu Araki and Yasushi Okuno
- 学会等名
  Biophysical Society 63rd annual meeting
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[学会発表] Protein-ligand binding mode prediction from the apo-protein structure using a molecular dynamics-based pocket generation approach2019
- 著者名/発表者名
  Mitsugu Araki and Yasushi Okuno
- 学会等名
  Fall 2019 ACS National Meeting
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[学会発表] Drug resistance acquired by local and allosteric conformational changes in oncogenic tyrosine kinases2019
- 著者名/発表者名
  Mitsugu Araki and Yasushi Okuno
- 学会等名
  Spring 2019 ACS National Meeting
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594
[]

1. 葛谷聡 (30422950)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
2. 金田大太 (40564795)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 片山量平 (60435542)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
4. 内堀健

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
5. 高木聡

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

荒木 望嗣 ARAKI MITSUGU

研究課題

研究成果

共同研究者

シナプスにおけるアミロイドβ蛋白産生機構を標的としたアルツハイマー病治療薬の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

動くタンパク質構造辞典構築を介した疾患関連分子の新規標的部位探索

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

長時間分子動力学計算に基づく、遺伝子変異に起因する薬剤応答性変化の高精度予測研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

分子動力学計算と情報科学的解析による、ALK遺伝子変異に伴う薬剤応答性予測研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] A macrocyclic kinase inhibitor overcomes triple resistant mutations in EGFR-positive lung cancer2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] LTK mutations responsible for resistance to lorlatinib in non-small cell lung cancer harboring CLIP1-LTK fusion2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] タンパク質の分子動力学シミュレーションに基づく創薬計算技術の開発とゲノム医療分野での応用研究2023

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Novel Calcium-Binding Ablating Mutations Induce Constitutive RET Activity and Drive Tumorigenesis2022

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Exploring ligand binding pathways on proteins using hypersound-accelerated molecular dynamics2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Microsecond-timescale MD simulation of EGFR minor mutation predicts the structural flexibility of EGFR kinase core that reflects EGFR inhibitor sensitivity2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Gilteritinib overcomes lorlatinib resistance in ALK-rearranged cancer2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Improvement in predicting drug sensitivity changes associated with protein mutations using a molecular dynamics based alchemical mutation method2020

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] E487K-Induced Disorder in Functionally Relevant Dynamics of Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase 2.2020

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Landscape and function of multiple mutations within individual oncogene2020

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Structural modification of indomethacin toward selective inhibition of COX-2 with a significant increase in van der Waals contributions2019

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Dynamic Docking of a Medium Sized Molecule to its Receptor by Multicanonical MD Simulations2019

著者名/発表者名

荒木望嗣 ARAKI MITSUGU