加藤有己 Kato Yuki

研究者番号	10511280
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 大阪大学, 大学院医学系研究科, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2021年度 – 2024年度: 大阪大学, 大学院医学系研究科, 准教授 2016年度 – 2021年度: 大阪大学, 医学系研究科, 助教 2014年度 – 2015年度: 京都大学, iPS細胞研究所, 特定拠点助教 2010年度 – 2013年度: 奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 助教 2008年度 – 2009年度: 京都大学, 化学研究所, 研究員(科学研究)
審査区分/研究分野	研究代表者小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生体生命情報学 / 生命・健康・医療情報学研究代表者以外小区分46010:神経科学一般関連 / 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 中区分51:ブレインサイエンスおよびその関連分野 / 生体生命情報学
キーワード	研究代表者シングルセル / ゲノムワイド / RNA / 整数計画法 / RNA間相互作用 / RNA-RNA相互作用 / RNA2次構造 / データ統合 / 空間オミクス / 遺伝子発現 … もっと見る / 細胞状態経路 / シングルセル解析 / シングルセルゲノミクス / 疑似時間経路 / 細胞動態予測 / G４重鎖 / トランスクリプトーム / G4重鎖 / ゲノムワイド配列比較 / 比較ゲノム / ノンコーディングRNA / ２次構造 / 遺伝子発見 / RNA構造アラインメント / RNA２次構造 / デンマーク / 国際情報交換 / 無細胞系実験 / 数理計画法 / アクセシビリティ / シュードノット / キッシングヘアピン / 多重文脈自由文法 / RNAタンパク質相互作用 / RNA-タンパク質相互作用 / 動的計画法 / βシート / タンパク質2次構造 / 形式文法 … もっと見る研究代表者以外 RNA修飾 / バイオインフォマティクス / 脳・神経 / 深層学習 / ナノポアシークエンサー / RNA二次構造 / 自然免疫 / エカルディ・グティエール症候群 / RNA編集 / 発生・分化 / 疾患モデルマウス / 神経変性疾患 / 神経細胞 / TU tagging / RNA / 中枢神経 / マウス / RNAラベリング / 遺伝子発現 / RNA２次構造 / 最適化 / 機械学習 / RNA構造アラインメント / RNA間相互作用 / RNA2次構造 / RNA-タンパク質相互作用隠す

細胞集団の時空間アラインメント法の確立研究代表者
- 研究代表者
  
  加藤有己
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  大阪大学
RNA編集不全に起因する自己免疫性脳症発症メカニムズの解明
- 研究代表者
  
  河原行郎
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分46010:神経科学一般関連
- 研究機関
  大阪大学
修飾塩基を含むRNAの二次構造解析技術の確立
- 研究代表者
  
  佐藤健吾
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東京電機大学
細胞動態の解明に向けた時系列細胞集団データ比較法の確立研究代表者
- 研究代表者
  
  加藤有己
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  大阪大学
RNA編集酵素ADAR1の脳特異的機能の解明
- 研究代表者
  
  河原行郎
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分46010:神経科学一般関連
- 研究機関
  大阪大学
マウス中枢神経組織における細胞選択的RNA発現プロファイル解析法の確立
- 研究代表者
  
  河原行郎
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2020
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 審査区分
  
  中区分51:ブレインサイエンスおよびその関連分野
- 研究機関
  大阪大学
ナノポアシークエンサーを用いたRNA二次構造決定法の開発
- 研究代表者
  
  佐藤健吾
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東京電機大学
   慶應義塾大学
種間で保存されたRNAグアニン４重鎖構造のゲノムワイド解析法の確立研究代表者
- 研究代表者
  
  加藤有己
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  大阪大学
構造情報の粗視化による高速ゲノムワイドRNA遺伝子発見研究代表者
- 研究代表者
  
  加藤有己
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2017
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  大阪大学
   京都大学
高次構造を考慮した高速ＲＮＡ間相互作用予測研究代表者
- 研究代表者
  
  加藤有己
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2014
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  京都大学
   奈良先端科学技術大学院大学
機械学習と最適化に基づく RNA タンパク質相互作用予測
- 研究代表者
  
  関浩之
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2012
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  奈良先端科学技術大学院大学
ハイブリッド型最適化によるRNA間相互作用予測研究代表者
- 研究代表者
  
  加藤有己
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2011
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  奈良先端科学技術大学院大学
形式文法に基づくRNAタンパク質相互作用予測研究代表者
- 研究代表者
  
  加藤有己
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2009
- 研究種目
  
  若手研究(スタートアップ)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  京都大学

[図書] ビッグデータの収集、調査、分析と活用事例第７章第２節ヒト細胞からのビッグデータの情報管理と情報解析技術2014
- 著者名/発表者名
  加藤有己, 桜井都衣, 藤渕航
- 総ページ数
  345
- 出版者
  技術情報協会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[図書] 二次構造に基づくRNA配列解析ソフトウェアの進展2011
- 著者名/発表者名
  加藤有己
- 出版者
  実験医学増刊号
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[図書] 実験医学増刊号、使えるデータベース・ウェブツール、第4章第8節「二次構造に基づくRNA配列解析ソフトウェアの進展」2011
- 著者名/発表者名
  加藤有己
- 出版者
  羊土社
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[図書] 実験医学増刊号、使えるデータベース・ウェブツール、第４章第８節「二次構造に基づくRNA配列解析ソフトウェアの進展」2011
- 著者名/発表者名
  加藤有己
- 出版者
  羊土社
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[図書] 二次構造に基づくRNA配列解析ソフトウェアの進展2011
- 著者名/発表者名
  加藤有己
- 出版者
  羊土社
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[雑誌論文] A cancer-associated METTL14 mutation induces aberrant m6A modification, affecting tumor growth2023
- 著者名/発表者名
  Miyake Kotaro、Costa Cruz Pedro Henrique、Nagatomo Izumi、Kato Yuki、Motooka Daisuke、Satoh Shingo、Adachi Yuichi、Takeda Yoshito、Kawahara Yukio、Kumanogoh Atsushi
- 雑誌名
  
  Cell Reports
  
  巻: 42 号: 7 ページ: 112688-112688
- DOI
  10.1016/j.celrep.2023.112688
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12109, KAKENHI-PROJECT-22K08283, KAKENHI-PROJECT-23K27267
[雑誌論文] RNA editing of AZIN1 coding sites is catalyzed by ADAR1 p150 after splicing2023
- 著者名/発表者名
  Xing Yanfang、Nakahama Taisuke、Wu Yuke、Inoue Maal、Kim Jung In、Todo Hiroyuki、Shibuya Toshiharu、Kato Yuki、Kawahara Yukio
- 雑誌名
  
  Journal of Biological Chemistry
  
  巻: 299 号: 7 ページ: 104840-104840
- DOI
  10.1016/j.jbc.2023.104840
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12109, KAKENHI-PROJECT-21K07080, KAKENHI-PROJECT-23K27267
[雑誌論文] Alignment of single-cell trajectory trees with CAPITAL2022
- 著者名/発表者名
  Sugihara Reiichi、Kato Yuki、Mori Tomoya、Kawahara Yukio
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 13 号: 1 ページ: 5972-5972
- DOI
  10.1038/s41467-022-33681-3
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12109, KAKENHI-PROJECT-18K11526
[雑誌論文] An Aicardi-Goutieres Syndrome-Causative Point Mutation in Adar1 Gene Invokes Multiorgan Inflammation and Late-Onset Encephalopathy in Mice2021
- 著者名/発表者名
  Inoue Maal、Nakahama Taisuke、Yamasaki Ryuichiro、Shibuya Toshiharu、Kim Jung In、Todo Hiroyuki、Xing Yanfang、Kato Yuki、Morii Eiichi、Kawahara Yukio
- 雑誌名
  
  The Journal of Immunology
  
  巻: 207 号: 12 ページ: 3016-3027
- DOI
  10.4049/jimmunol.2100526
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03341, KAKENHI-PROJECT-20J11266, KAKENHI-PROJECT-18K11526, KAKENHI-PROJECT-21K07080, KAKENHI-PROJECT-21K12109
[雑誌論文] Mutations in the adenosine deaminase ADAR1 that prevent endogenous Z-RNA binding induce Aicardi-Goutieres-syndrome-like encephalopathy2021
- 著者名/発表者名
  Nakahama Taisuke、Kato Yuki、Shibuya Toshiharu、Inoue Maal、Kim Jung In、Vongpipatana Tuangtong、Todo Hiroyuki、Xing Yanfang、Kawahara Yukio
- 雑誌名
  
  Immunity
  
  巻: 54 号: 9 ページ: 1976-1988
- DOI
  10.1016/j.immuni.2021.08.022
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03341, KAKENHI-PROJECT-20J11266, KAKENHI-PROJECT-18K11526, KAKENHI-PROJECT-21K07080, KAKENHI-PROJECT-21K12109
[雑誌論文] RNA editing at a limited number of sites is sufficient to prevent MDA5 activation in the mouse brain2021
- 著者名/発表者名
  Jung In Kim, Taisuke Nakahama, Ryuichiro Yamasaki, Pedro Henrique Costa Cruz, Tuangtong Vongpipatana, Maal Inoue, Nao Kanou, Yanfang Xing, Hiroyuki Todo, Toshiharu Shibuya, Yuki Kato, Yukio Kawahara
- 雑誌名
  
  PLoS Genetics
  
  巻: in press
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K22580
[雑誌論文] RNA editing at a limited number of sites is sufficient to prevent MDA5 activation in the mouse brain2021
- 著者名/発表者名
  Jung In Kim, Taisuke Nakahama, Ryuichiro Yamasaki, Pedro Henrique Costa Cruz, Tuangtong Vongpipatana, Maal Inoue, Nao Kanou, Yanfang Xing, Hiroyuki Todo, Toshiharu Shibuya, Yuki Kato, Yukio Kawahara
- 雑誌名
  
  PLoS Genetics
  
  巻: in press
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03341
[雑誌論文] Prediction of RNA secondary structure including pseudoknots for long sequences2021
- 著者名/発表者名
  Sato Kengo、Kato Yuki
- 雑誌名
  
  Briefings in Bioinformatics
  
  巻: 23 号: 1
- DOI
  10.1093/bib/bbab395
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K22897, KAKENHI-PLANNED-17H06410, KAKENHI-PROJECT-19H04210
[雑誌論文] RNA editing at a limited number of sites is sufficient to prevent MDA5 activation in the mouse brain2021
- 著者名/発表者名
  Jung In Kim, Taisuke Nakahama, Ryuichiro Yamasaki, Pedro Henrique Costa Cruz, Tuangtong Vongpipatana, Maal Inoue, Nao Kanou, Yanfang Xing, Hiroyuki Todo, Toshiharu Shibuya, Yuki Kato and Yukio Kawahara
- 雑誌名
  
  PLoS Genetics
  
  巻: 17, 号: 5 ページ: e1009516-e1009516
- DOI
  10.1371/journal.pgen.1009516
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526, KAKENHI-PROJECT-21K12109
[雑誌論文] DDAH1 as a novel regulator of oligodendrocyte differentiation in the central nervous system remyelination2021
- 著者名/発表者名
  Akiko Uyeda, Quan Lili, Yuki Kato, Nagaaki Muramatsu, Shogo Tanabe, Kazuhisa Sakai, Noritaka Ichinohe, Yukio Kawahara, Tatsunori Suzuki and Rieko Muramatsu
- 雑誌名
  
  GLIA
  
  巻: 69 号: 11 ページ: 2591-2604
- DOI
  10.1002/glia.24060
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526, KAKENHI-PROJECT-20K07752, KAKENHI-PROJECT-21K12109
[雑誌論文] Age-dependent decline in remyelination capacity is mediated by apelin-APJ signaling2021
- 著者名/発表者名
  Masumi Ito, Rieko Muramatsu, Yuki Kato, Bikram Sharma, Akiko Uyeda, Shogo Tanabe, Harutoshi Fujimura, Hiroyasu Kidoya, Nobuyuki Takakura, Yukio Kawahara, Masaki Takao, Hideki Mochizuki, Akiyoshi Fukamizu, Toshihide Yamashita
- 雑誌名
  
  Nature Aging
  
  巻: 1 号: 3 ページ: 284-294
- DOI
  10.1038/s43587-021-00041-7
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526, KAKENHI-PROJECT-17H06178, KAKENHI-PROJECT-17H01519, KAKENHI-PROJECT-19H03554, KAKENHI-PROJECT-21H05049
[雑誌論文] A Comparative Analysis of ADAR Mutant Mice Reveals Site-Specific Regulation of RNA Editing2020
- 著者名/発表者名
  Pedro Henrique Costa Cruz, Yuki Kato, Taisuke Nakahama, Toshiharu Shibuya, Yukio Kawahara
- 雑誌名
  
  RNA
  
  巻: 26(4) 号: 4 ページ: 454-469
- DOI
  10.1261/rna.072728.119
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K22580, KAKENHI-PROJECT-18K15186, KAKENHI-PROJECT-18K11526
[雑誌論文] Bivartect: accurate and memory-saving breakpoint detection by direct read comparison2020
- 著者名/発表者名
  Keisuke Shimmura, Yuki Kato and Yukio Kawahara
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 36 号: 9 ページ: 2725-2730
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btaa059
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526
[雑誌論文] ADAR1 Regulates Early T Cell Development via MDA5-Dependent and -Independent Pathways2020
- 著者名/発表者名
  Vongpipatana T, Nakahama T, Shibuya T, Kato Y, Kawahara Y
- 雑誌名
  
  The Jorunal of Immunology
  
  巻: 204(8) 号: 8 ページ: 2156-2168
- DOI
  10.4049/jimmunol.1900929
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K22580, KAKENHI-PROJECT-18K15186, KAKENHI-PROJECT-18J11733, KAKENHI-PROJECT-18K11526
[雑誌論文] A comparative analysis among ADAR mutant mice reveals site-specific regulation of RNA editing2019
- 著者名/発表者名
  Pedro Henrique Costa Cruz, Yuki Kato, Taisuke Nakahama, Toshiharu Shibuya and Yukio Kawahara
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: 822916
- DOI
  10.1101/822916
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526
[雑誌論文] Alignment of time-course single-cell RNA-seq data with CAPITAL2019
- 著者名/発表者名
  Reiichi Sugihara, Yuki Kato, Tomoya Mori and Yukio Kawahara
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: 859751 ページ: 1-11
- DOI
  10.1101/859751
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526, KAKENHI-PROJECT-19K20399
[雑誌論文] Myotube-derived factor promotes oligodendrocyte precursor cell proliferation2018
- 著者名/発表者名
  Akino Nakasone, Rieko Muramatsu, Yuki Kato, Yukio Kawahara and Toshihide Yamashita
- 雑誌名
  
  Biochemical and Biophysical Research Communications
  
  巻: 500 号: 3 ページ: 609-613
- DOI
  10.1016/j.bbrc.2018.04.118
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526, KAKENHI-PROJECT-17H06178, KAKENHI-PROJECT-16H04672
[雑誌論文] ADAR1-mediated RNA editing is required for thymic self-tolerance and prevention of autoimmunity2018
- 著者名/発表者名
  Taisuke Nakahama, Yuki Kato, Jung In Kim, Tuangtong Vongpipatana, Yutaka Suzuki, Carl Walkley and Yukio Kawahara
- 雑誌名
  
  EMBO Reports
  
  巻: 19 号: 12
- DOI
  10.15252/embr.201846303
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526, KAKENHI-PROJECT-18K15186, KAKENHI-PROJECT-16H05320, KAKENHI-PROJECT-18J11733, KAKENHI-PROJECT-17K19352, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] An accessibility-incorporated method for accurate prediction of RNA-RNA interactions from sequence data2017
- 著者名/発表者名
  Y. Kato, T. Mori, K. Sato, S. Maegawa, H. Hosokawa, T. Akutsu
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 33 号: 2 ページ: 202-209
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btw603
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-25330348, KAKENHI-PROJECT-15K00401
[雑誌論文] Alignment-free comparative genomic screen for structured RNAs using coarse-grained secondary structure dot plots2017
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Jan Gorodkin and Jakob Hull Havgaard
- 雑誌名
  
  BMC Genomics
  
  巻: 18 号: 1 ページ: 935-935
- DOI
  10.1186/s12864-017-4309-y
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K00401
[雑誌論文] Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences2016
- 著者名/発表者名
  Hamada Michiaki, Ono Yukiteru, Kiryu Hisanori, Sato Kengo, Kato Yuki, Fukunaga Tsukasa, Mori Ryota, Asai Kiyosh
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 44 号: W1 ページ: W302-W307
- DOI
  10.1093/nar/gkw337
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-13J06668, KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-25240044, KAKENHI-PROJECT-25330348, KAKENHI-PROJECT-25870190, KAKENHI-PROJECT-15K00401, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Using hidden Markov models to investigate G-quadruplex motifs in genomic sequences2014
- 著者名/発表者名
  Masato Yano and Yuki Kato
- 雑誌名
  
  BMC Genomics
  
  巻: 15 号: S9
- DOI
  10.1186/1471-2164-15-s9-s15
- NAID
  120005756257
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[雑誌論文] simultaneous aligning and folding of RNA sequences via dual decomposition2012
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai and Yasubumi Sakakibara
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 28 ページ: 3218-3224
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[雑誌論文] fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2012
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Kiyoshi Asai and Tatsuya Akutsu
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 40
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[雑誌論文] Rtips : fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2012
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res
  
  巻: 40 号: W1 ページ: W29-W34
- DOI
  10.1093/nar/gks412
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-23650153, KAKENHI-PROJECT-24700296
[雑誌論文] DAFS: simultaneous aligning and folding of RNA sequences via dual decomposition2012
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai, Yasubumi Sakakibara
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 28 号: 24 ページ: 3218-3224
- DOI
  10.1093/bioinformatics/bts612
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-23241066, KAKENHI-PROJECT-23650153, KAKENHI-PROJECT-24700296, KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] Using binding profiles to predict RNA binding sites of target RNAs2011
- 著者名/発表者名
  U.Poolsap, Y.Kato, K.Sato, T.Akutsu
- 雑誌名
  
  Tournal of Bioinformatics and Computational Biology
  
  巻: 9 号: 06 ページ: 697-713
- DOI
  10.1142/s0219720011005628
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-22700305, KAKENHI-PROJECT-22700313, KAKENHI-PROJECT-23650153
[雑誌論文] Using binding profiles to predict binding sites of target RNAs, Journal of Bioinformatics and Computational Biology2011
- 著者名/発表者名
  Unyanee Poolsap, Yuki Kato
- 雑誌名
  
  Kengo Sato and Tatsuya Akutsu
  
  巻: 9(6) ページ: 697-713
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[雑誌論文] IPknot : fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Michiaki Hamada, Tatsuya Akutsu and Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: vol.27, no.13
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[雑誌論文] Using binding profiles to predict binding sites of target RNAs2011
- 著者名/発表者名
  Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Kengo Sato and Tatsuya Akutsu
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology
  
  巻: vol.9, issue6 ページ: 697-713
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[雑誌論文] fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Michiaki Hamada, Tatsuya Akutsu and Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 27(13)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[雑誌論文] IPknot : fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  K.Sato, Y.Kato, M.Hamada, T.Akutsu, K.Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 27 号: 13 ページ: i85-i93
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btr215
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-22700305, KAKENHI-PROJECT-22700313, KAKENHI-PROJECT-23650153
[雑誌論文] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2010
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 26
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[雑誌論文] Branch-and-bound algorithms for enumerating treelike chemical graphs with given path frequency using detachment-cut2010
- 著者名/発表者名
  Yusuke Ishida, Yuki Kato, Liang Zhao, Hiroshi Nagamochi and Tatsuya Akutsu
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: vol.50, no.5 ページ: 934-946
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[雑誌論文] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2010
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai and Tatsuya Akutsu
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: vol.26, no.18
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[雑誌論文] Dynamic programming algorithms and grammatical modeling for protein beta-sheet prediction2009
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Biology
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[雑誌論文] A grammatical approach to RNA-RNA interaction prediction2009
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 雑誌名
  
  Pattern Recognition 42
  
  ページ: 531-538
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[雑誌論文] Dynamic programming algorithms and grammatical modeling for protein beta-sheet prediction2009
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Hiroyuki Seki
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Biology vol.16,no.7
  
  ページ: 945-957
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[雑誌論文] Dynamic programming algorithms and grammatical modeling for protein beta-sheet prediction2009
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Biology 16
  
  ページ: 945-957
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[雑誌論文] A grammatical approach to RNA-RNA interaction prediction2009
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Hiroyuki Seki
- 雑誌名
  
  Pattern Recognition vol.42,issue4
  
  ページ: 531-538
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[雑誌論文] Prediction of RNA secondary structure with pseudoknots using integer programming2009
- 著者名/発表者名
  Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics vol.10
  
  ページ: 1-1
- NAID
  110006595413
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] グラフ埋め込みと最適輸送を用いた空間的遺伝子発現情報のアラインメント2024
- 著者名/発表者名
  杉原礼一, 加藤有己, 河原行郎
- 学会等名
  第77回情報処理学会バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12109
[学会発表] 1細胞RNA-seqデータを用いた細胞状態遷移経路アラインメント法の開発2022
- 著者名/発表者名
  杉原礼一, 加藤有己, 森智弥, 河原行郎
- 学会等名
  RNA Frontier Meeting 2022
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12109
[学会発表] 1細胞RNA-seqデータを用いた細胞状態遷移経路アラインメント法の開発2022
- 著者名/発表者名
  杉原礼一, 加藤有己, 森智弥, 河原行郎
- 学会等名
  RNA Frontier Meeting 2022
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526
[学会発表] シングルセルデータを用いた細胞動態解析アルゴリズムの開発2022
- 著者名/発表者名
  加藤有己
- 学会等名
  NGS EXPO 2022
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12109
[学会発表] シングルセルデータを用いた細胞動態解析アルゴリズムの開発2022
- 著者名/発表者名
  加藤有己
- 学会等名
  NGS EXPO 2022
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526
[学会発表] Prediction of RNA secondary structure including pseudoknots for long sequences2021
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato and Yuki Kato
- 学会等名
  第68回情報処理学会バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526
[学会発表] Deep learning-based prediction of potential RNA G-quadruplexes with D-Quartet2021
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Jakob Hull Havgaard and Yukio Kawahara
- 学会等名
  29th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 20th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2021)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12109
[学会発表] Prediction of RNA secondary structure including pseudoknots for long sequences2021
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato and Yuki Kato
- 学会等名
  第68回情報処理学会バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12109
[学会発表] Deep learning-based prediction of potential RNA G-quadruplexes with D-Quartet2021
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Jakob Hull Havgaard and Yukio Kawahara
- 学会等名
  29th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 20th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2021)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526
[学会発表] 分岐を考慮した時系列シングルセルデータのアラインメント2020
- 著者名/発表者名
  杉原礼一, 加藤有己, 森智弥, 河原行郎
- 学会等名
  第61回情報処理学会バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526
[学会発表] CAPITALによるシングルセルデータの疑似時系列比較解析2020
- 著者名/発表者名
  加藤有己, 杉原礼一, 森智弥, 河原行郎
- 学会等名
  第43回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526
[学会発表] Alignment of complex single-cell trajectories with CAPITAL2020
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Reiichi Sugihara, Tomoya Mori and Yukio Kawahara
- 学会等名
  28th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2020)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526
[学会発表] 複雑な細胞運命比較のための時系列１細胞RNA-seqデータのアラインメント2019
- 著者名/発表者名
  加藤有己, 杉原礼一, 森智弥, 河原行郎
- 学会等名
  第42回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526
[学会発表] ADAR1 regulates early T cell development via MDA5-dependent and -independent pathways2019
- 著者名/発表者名
  Taisuke Nakahama, Tuangtong Vogpipatana, Toshiharu Shibuya, Yuki Kato and Yukio Kawahara
- 学会等名
  第21回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526
[学会発表] A comparative analysis among ADAR mutant mice reveals site-specific regulation of RNA editing2019
- 著者名/発表者名
  Pedro Henrique Costa Cruz, Yuki Kato, Taisuke Nakahama, Toshiharu Shibuya and Yukio Kawahara
- 学会等名
  第21回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526
[学会発表] 畳み込みニューラルネットワークによるRNAグアニン４重鎖領域予測2019
- 著者名/発表者名
  加藤有己, 佐藤健吾, Jakob Hull Havgaard, 河原行郎
- 学会等名
  第21回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526
[学会発表] 深層学習に基づくRNAグアニン４重鎖構造識別法の検討2018
- 著者名/発表者名
  加藤有己, 佐藤健吾, Jakob Hull Havgaard, 河原行郎
- 学会等名
  第20回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526
[学会発表] 配列リード直接比較による高精度省メモリゲノム構造変異解析2018
- 著者名/発表者名
  加藤有己, 新村啓介, 河原行郎
- 学会等名
  第41回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11526
[学会発表] ビット列のソートに基づくリード直接比較による高速省メモリゲノム構造変異解析2018
- 著者名/発表者名
  新村啓介, 加藤有己, 河原行郎
- 学会等名
  第53回情報処理学会バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K00401
[学会発表] スペクトラルグラフ理論を応用した１細胞RNA-seqデータのトップダウン型クラスタリング2018
- 著者名/発表者名
  蒲原純, 加藤有己, 河原行郎
- 学会等名
  第53回情報処理学会バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K00401
[学会発表] Fast and efficient alignment-free comparative genomic screen for structured RNAs with DotcodeR2017
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Jan Gorodkin and Jakob Hull Havgaard
- 学会等名
  The 25th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 16th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2017)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K00401
[学会発表] A computational method for dissecting single-cell populations based on transcriptomic data2016
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato and Wataru Fujibuchi
- 学会等名
  CiRA/ISSCR 2016 International Symposium
- 発表場所
  京都大学百周年時計台記念館（京都市左京区）
- 年月日
  2016-03-22
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K00401
[学会発表] Accurate prediction of RNA-RNA interactions from sequence data incorporating interaction site accessibility2016
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Tomoya Mori, Kengo Sato, Shingo Maegawa, Hiroshi Hosokawa and Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  The 2016 joint annual meeting of the RNA Society and the RNA Society of Japan (RNA2016)
- 発表場所
  国立京都国際会館（京都市左京区）
- 年月日
  2016-06-28
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K00401
[学会発表] Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences2016
- 著者名/発表者名
  Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori and Kiyoshi Asai
- 学会等名
  The 2016 joint annual meeting of the RNA Society and the RNA Society of Japan (RNA2016)
- 発表場所
  国立京都国際会館（京都市左京区）
- 年月日
  2016-06-28
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K00401
[学会発表] De novo prediction of structured RNAs from genomes using coarse-grained dot plots2015
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  Computational Analysis of RNA Structure and Function
- 発表場所
  ベナスケ（スペイン）
- 年月日
  2015-07-19
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K00401
[学会発表] Development of a pipeline for analysis of meta- and single-cell genomic sequences2015
- 著者名/発表者名
  Kenta Kobayashi, Midori Yuji, Yuki Kato, Takeaki Taniguchi, Toru Maruyama, Michihiro Ito, Susumu Goto, Haruko Takeyama and Wataru Fujibuchi
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会2015年大会
- 発表場所
  京都大学おうばくプラザ（京都府宇治市）
- 年月日
  2015-10-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K00401
[学会発表] Genomic screen for structured RNAs using coarse-grained dot plots2015
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Jakob Hull Havgaard and Jan Gorodkin
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会2015年大会
- 発表場所
  京都大学おうばくプラザ（京都府宇治市）
- 年月日
  2015-10-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K00401
[学会発表] SHOGoiN cell database: a framework for a new repository on single cell assay data and diverse knowledge of human cells2015
- 著者名/発表者名
  Kunie Sakurai, Junko Yamane, Kenta Kobayashi, Koji Yamanegi, Takeaki Taniguchi, Yuki Kato and Wataru Fujibuchi
- 学会等名
  The 18th Takeda Science Foundation Symposium on Bioscience
- 発表場所
  大阪府吹田市　武田薬品研修所
- 年月日
  2015-01-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] Genomic screen for structured RNAs using coarse-grained dot plots2015
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Jakob Hull Havgaard and Jan Gorodkin
- 学会等名
  The First Joint Conference between GIW and InCoB (GIW/InCoB2015)
- 発表場所
  未来館（東京都江東区）
- 年月日
  2015-09-09
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K00401
[学会発表] Stem Cell Informatics Database: 多様なヒト細胞情報の統合化を目指したデータベースの構築2014
- 著者名/発表者名
  桜井都衣, 山根順子, 小林健太, 山根木康嗣, 谷口丈晃, 加藤有己, 藤渕航
- 学会等名
  第39回情報処理学会バイオ情報学研究会
- 発表場所
  大阪府吹田市　大阪大学
- 年月日
  2014-09-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] Rtips: fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2013
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Kiyoshi Asai and Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  第15回日本RNA学会年会
- 発表場所
  愛媛県松山市ひめぎんホール
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] simultaneous aligning and folding of RNA sequences via dual decomposition, International Symposium on Genome Science2013
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai and Yasubumi Sakakibara
- 学会等名
  Expanding Frontiers of Genome Science
- 発表場所
  東京都文京区
- 年月日
  2013-01-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] Evaluating effectiveness of accessibility to infer RNA-RNA interactions2013
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Tomoya Mori, Kengo Sato, Shingo Maegawa, Hiroshi Hosokawa and Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  第15回日本RNA学会年会
- 発表場所
  愛媛県松山市ひめぎんホール
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] Evaluating effectiveness of accessibility to infer RNA-RNA interactions2013
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Tomoya Mori, Kengo Sato, Shingo Maegawa, Hiroshi Hosokawa and Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  日本バイオインフォマティクス学会2013年年会
- 発表場所
  東京都江戸川区タワーホール船堀
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] Modeling DNA G-quadruplexes by hidden Markov models2013
- 著者名/発表者名
  Masato Yano and Yuki Kato
- 学会等名
  日本バイオインフォマティクス学会2013年年会
- 発表場所
  東京都江戸川区タワーホール船堀
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] RNA間相互作用推定におけるアクセシビリティの有効性について2013
- 著者名/発表者名
  加藤有己
- 学会等名
  RNAアルゴリズム研究会2013
- 発表場所
  東京都江東区生命情報工学研究センター
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] Fast RNA structural comparison using coarse-grained base-pairing probabilities2013
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Jakob Hull Havgaard and Jan Gorodkin
- 学会等名
  The 24th International Conference on Genome Informatics (GIW2013)
- 発表場所
  シンガポールシンガポール大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] Evaluating effectiveness of accessibility to infer RNA-RNA interactions2013
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Tomoya Mori, Kengo Sato, Shingo Maegawa, Hiroshi Hosokawa and Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  第35回情報処理学会バイオ情報学研究会
- 発表場所
  北海道札幌市北海道大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] RNA structural alignment using dual decomposition2012
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  Herbstseminar der Bioinformatik (2012)
- 発表場所
  チェコドウビツェ
- 年月日
  2012-10-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] Fast and accurate prediction of RNA pseudoknotted structures using Yuki Kato integer programming2012
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  nternational Workshop on RNA (Benasque2012)
- 発表場所
  スペインベナスケ
- 年月日
  2012-07-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] 双対分解によるRNA構造アラインメント2012
- 著者名/発表者名
  佐藤健吾,加藤有己, 阿久津達也, 浅井潔, 榊原康文
- 学会等名
  第28回情報処理学会バイオ情報学研究会
- 発表場所
  仙台市
- 年月日
  2012-03-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] Fast and accurate prediction of RNA-RNA interactions using integer programming2012
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  International Workshop on RNA (Benasque2012)
- 発表場所
  スペインベナスケ
- 年月日
  2012-07-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] 双対分解によるRNA構造アラインメント2012
- 著者名/発表者名
  佐藤健吾, 加藤有己, 阿久津達也, 浅井潔, 榊原康文
- 学会等名
  第28回情報処理学会バイオ情報学研究会
- 発表場所
  宮城県仙台市
- 年月日
  2012-03-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Kiyoshi Asai and Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  CBI/JSBi2011 合同大会
- 発表場所
  神戸市
- 年月日
  2011-11-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] RactIP: fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011)
- 発表場所
  京都府京都市
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai and Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society(RNA2011)
- 発表場所
  京都府京都市
- 年月日
  2011-06-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] 複雑なRNA２次構造予測のための高速計算ソフトウェアの開発と今後の展開2011
- 著者名/発表者名
  加藤有己
- 学会等名
  次世代バイオインフォマティクス研究会(招待講演)
- 発表場所
  北海道札幌市
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] 複雑なRNA2次構造予測のための高速計算ソフトウェアの開発と今後の展開2011
- 著者名/発表者名
  加藤有己
- 学会等名
  次世代バイオインフォマティクス研究会
- 発表場所
  北海道札幌市
- 年月日
  2011-08-02
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Michiaki Hamada, Tatsuya Akutsu and Kiyoshi Asai
- 学会等名
  19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 10th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2011)
- 発表場所
  オーストリアウィーン
- 年月日
  2011-07-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] IPknot : fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Michiaki Hamada, Tatsuya Akutsu and Kiyoshi Asai
- 学会等名
  Society(RNA2011)
- 発表場所
  京都府京都市
- 年月日
  2011-06-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] Rtips: fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  ICR Symposium to Celebrate the Bioinformatics Center's 10 Year Anniversary and New Restructuring
- 発表場所
  京都府宇治市
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu and Kiyoshi Asai
- 学会等名
  第34回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  横浜市
- 年月日
  2011-12-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011)
- 発表場所
  京都府京都市
- 年月日
  2011-06-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] Simultaneous aligning and folding of RNA sequences by dual decomposition2011
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai and Yasubumi Sakakibara
- 学会等名
  CBI/JSBi2011合同大会
- 発表場所
  神戸市
- 年月日
  2011-11-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Kiyoshi Asai and Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  ICR Symposium to Celebrate the Bioinformatics Center's 10 Year Anniversary and New Restructuring
- 発表場所
  京都府宇治市
- 年月日
  2011-08-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] A grammar-based approach to RNA pseudoknotted structure prediction for aligned sequences2011
- 著者名/発表者名
  Nobuyoshi Mizoguchi, Yuki Kato and Hiroyuki Seki
- 学会等名
  1st IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences(ICCABS2011)
- 発表場所
  アメリカ合衆国オーランド
- 年月日
  2011-02-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] Rtips : fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu and Kiyoshi Asai
- 学会等名
  第34回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  神奈川県横浜市
- 年月日
  2011-12-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] Rtips : fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Kiyoshi Asai and Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  ICR Symposium to Celebrate the Bioinformatics Center's 10 Year Anniversary and New Restructuring
- 発表場所
  京都府宇治市
- 年月日
  2011-08-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] 複雑なRNA2次構造予測のための高速計算ソフトウェアの開発と今後の展開2011
- 著者名/発表者名
  加藤有己
- 学会等名
  次世代バイオインフォマティクス研究会
- 発表場所
  北海道札幌市(招待講演)
- 年月日
  2011-08-02
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] 複雑なRNA2次構造予測のための高速計算ソフトウェアの開発と今後の展開2011
- 著者名/発表者名
  加藤有己
- 学会等名
  次世代バイオインフォマティクス研究会
- 発表場所
  札幌市(招待講演)
- 年月日
  2011-08-02
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Michiaki Hamada, Tatsuya Akutsu and Kiyoshi Asai
- 学会等名
  Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011)
- 発表場所
  京都市
- 年月日
  2011-06-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] IPknot : fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Michiaki Hamada, Tatsuya Akutsu and Kiyoshi Asai
- 学会等名
  19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 10th European Conference on Computational Biology(ISMB/ECCB2011)
- 発表場所
  オーストリアウィーン
- 年月日
  2011-07-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] Rtips: fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  CBI/JSBi2011合同大会
- 発表場所
  兵庫県神戸市
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] Simultaneous aligning and folding of RNA sequences by dual decomposition2011
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai and Yasubumi Sakakibara
- 学会等名
  CBI/JSBi2011合同大会
- 発表場所
  兵庫県神戸市
- 年月日
  2011-11-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai and Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011)
- 発表場所
  京都市
- 年月日
  2011-06-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] Rtips : fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Kiyoshi Asai and Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  CBI/JSBi2011合同大会
- 発表場所
  兵庫県神戸市
- 年月日
  2011-11-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] 期待精度最大化に基づくRNAシュードノット予測2010
- 著者名/発表者名
  佐藤健吾, 加藤有己, 阿久津達也, 浅井潔
- 学会等名
  第22回情報処理学会バイオ情報学研究会
- 発表場所
  東京都江東区
- 年月日
  2010-07-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2010
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai and Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  18th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology(ISMB2010)
- 発表場所
  アメリカ合衆国ボストン
- 年月日
  2010-07-11
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2010
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  9th European Conference on Computational Biology (ECCB2010)
- 発表場所
  ベルギー(ゲント)
- 年月日
  2010-09-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] Dynamic programming algorithms for RNA structure prediction with binding sites2010
- 著者名/発表者名
  Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  The Fifteenth Pacific Symposium on Biocomputing (PSB2010)
- 発表場所
  ハワイ
- 年月日
  2010-01-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] RNA-RNA interaction prediction using integer programming with threshold cut2010
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会
- 発表場所
  沖縄(琉球大学)
- 年月日
  2010-06-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2010
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai and Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  Computational Biology Research Center Workshop 2010(CBRC2010)
- 発表場所
  東京都江東区
- 年月日
  2010-07-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2010
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  18th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2010)
- 発表場所
  アメリカ(ボストン)
- 年月日
  2010-07-11
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2010
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai and Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  第21回情報処理学会バイオ情報学研究会
- 発表場所
  沖縄県中頭郡西原町
- 年月日
  2010-06-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] IPknot : fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming2010
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu and Kiyoshi Asai
- 学会等名
  9th European Conference on Computational Biology(ECCB2010)
- 発表場所
  ベルギーゲント
- 年月日
  2010-09-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2010
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  Computational Biology Research Center Workshop 2010 (CBRC2010)
- 発表場所
  東京(港区)
- 年月日
  2010-07-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2010
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai and Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  9th European Conference on Computational Biology(ECCB2010)
- 発表場所
  ベルギーゲント
- 年月日
  2010-09-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700313
[学会発表] Pairwise RNA pseudoknotted structure prediction based on stochastic grammar2009
- 著者名/発表者名
  Nobuyoshi Mizoguchi, Yuki Kato, Hiroyuki Seki
- 学会等名
  The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009)
- 発表場所
  神奈川
- 年月日
  2009-12-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] ペア確率多重文脈自由文法によるシュードノットつきRNA2次構造予測2009
- 著者名/発表者名
  田中翔, 加藤有己, 関浩之
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2009-03-06
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] Prediction of interacting RNA secondary structures including binding sites2009
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  International Workshop on Computational methods for RNA analysis
- 発表場所
  スペイン
- 年月日
  2009-08-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] Dynamic programming algorithms for RNA structure prediction with binding sites2009
- 著者名/発表者名
  Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009)
- 発表場所
  神奈川
- 年月日
  2009-12-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] Prediction of RNA secondary structure with pseudoknots using integer programming2009
- 著者名/発表者名
  Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  The Seventh Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2009)
- 発表場所
  中国
- 年月日
  2009-01-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] RNA pseudoknot prediction based on integer programming2009
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  International Workshop on Computational methods for RNA analysis
- 発表場所
  スペイン
- 年月日
  2009-07-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] Prediction of RNA secondary structures with binding sites using dynamic programming algorithm2009
- 著者名/発表者名
  Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会
- 発表場所
  沖縄
- 年月日
  2009-05-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] Prediction of protein beta-sheets: dynamic programming versus grammatical approach2008
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Hiroyuki Seki
- 学会等名
  Third IAPR Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB2008)
- 発表場所
  オーストラリア
- 年月日
  2008-10-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] Prediction of protein beta-sheets : dynamic programming versus grammatical approach2008
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  Third IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB2008)
- 発表場所
  オーストラリア
- 年月日
  2008-10-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] Prediction of protein beta-sheets: dynamic programming versus grammatical approach2008
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Hiroyuki Seki
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会
- 発表場所
  沖縄
- 年月日
  2008-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] Dynamic programming versus grammatical approach for protein beta-sheet prediction2008
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Hiroyuki Seki
- 学会等名
  The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
- 発表場所
  大阪
- 年月日
  2008-12-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] Prediction of protein beta-sheets : dynamic programming versus grammatical approach2008
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会
- 発表場所
  沖縄
- 年月日
  2008-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] Prediction of RNA secondary structure with pseudoknots using integer programming2008
- 著者名/発表者名
  Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  The 8th International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB2008)
- 発表場所
  ドイツ
- 年月日
  2008-06-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] An integer programming-based method of predicting RNA secondary structure with pseudoknots and its relation to simple linear tree adjoining grammar2008
- 著者名/発表者名
  Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  The 1st Thailand-Japan International Academic Conference 2008 (TJIA2008)
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2008-11-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20800023
[学会発表] Fast and accurate prediction of RNA-RNA interactions using integer programming
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  International Workshop on RNA (Benasque2012)
- 発表場所
  スペイン　ベナスケ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] RNA structural alignment using dual decomposition
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  Herbstseminar der Bioinformatik (2012)
- 発表場所
  チェコ　ドウビツェ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] Using coarse-grained dot plots to screen for structurally similar RNAs in genomic sequences
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Jakob Hull Havgaard and Jan Gorodkin
- 学会等名
  The Thirteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2015)
- 発表場所
  台湾　新竹
- 年月日
  2015-01-21 – 2015-01-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] Fast RNA structural comparison using coarse-grained base-pairing probabilities
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Jakob Hull Havgaard and Jan Gorodkin
- 学会等名
  第16回日本RNA学会年会
- 発表場所
  愛知県名古屋市　ウィンクあいち
- 年月日
  2014-07-23 – 2014-07-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] Stem Cell Informatics Database: a framework for a new repository on single cell assay data and diverse knowledge of human cells
- 著者名/発表者名
  Kunie Sakurai, Junko Yamane, Kenta Kobayashi, Koji Yamanegi, Takeaki Taniguchi, Yuki Kato and Wataru Fujibuchi
- 学会等名
  The 25th International Conference on Genome Informatics (GIW/ISCB-Asia 2014)
- 発表場所
  東京都江東区　東京国際交流館プラザ平成
- 年月日
  2014-12-15 – 2014-12-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] Fast and accurate prediction of RNA-RNA interactions using integer programming
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  International Workshop on RNA (Benasque2012)
- 発表場所
  スペイン　ベナスケ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] Fast and accurate prediction of RNA pseudoknotted structures using integer programming
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  International Workshop on RNA (Benasque2012)
- 発表場所
  スペイン　ベナスケ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] RNA structural alignment using dual decomposition
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  Herbstseminar der Bioinformatik (2012)
- 発表場所
  チェコ　ドウビツェ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] DAFS: simultaneous aligning and folding of RNA sequences via dual decomposition
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai and Yasubumi Sakakibara
- 学会等名
  International Symposium on Genome Science "Expanding Frontiers of Genome Science"
- 発表場所
  東京都文京区
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] ゲノムワイドRNA配列比較に向けて
- 著者名/発表者名
  加藤有己
- 学会等名
  2014年度RNAインフォマティクス道場
- 発表場所
  北海道札幌市　産業技術総合研究所北海道センター
- 年月日
  2014-08-26 – 2014-08-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] DAFS: simultaneous aligning and folding of RNA sequences via dual decomposition
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai and Yasubumi Sakakibara
- 学会等名
  International Symposium on Genome Science "Expanding Frontiers of Genome Science"
- 発表場所
  東京都文京区
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] Fast and accurate prediction of RNA pseudoknotted structures using integer programming
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato
- 学会等名
  International Workshop on RNA (Benasque2012)
- 発表場所
  スペイン　ベナスケ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650153
[学会発表] Development of a pipeline for analysis of meta- and single cell genomic sequences
- 著者名/発表者名
  Takeaki Taniguchi, Yuki Kato, Susumu Goto and Wataru Fujibuchi
- 学会等名
  The 25th International Conference on Genome Informatics (GIW/ISCB-Asia 2014)
- 発表場所
  東京都江東区　東京国際交流館プラザ平成
- 年月日
  2014-12-15 – 2014-12-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296
[学会発表] Using hidden Markov models to investigate G-quadruplex motifs in genomic sequences
- 著者名/発表者名
  Masato Yano and Yuki Kato
- 学会等名
  13th International Conference on Bioinformatics (InCoB2014)
- 発表場所
  オーストラリア　シドニー
- 年月日
  2014-07-31 – 2014-08-02
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700296

1. 河原行郎 (80542563)

共同の研究課題数: 5件

共同の研究成果数: 6件
2. 佐藤健吾 (20365472)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 2件
3. 関浩之 (80196948)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 村松里衣子 (90536880)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 細川浩

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
6. 前川真吾

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
7. 浅井潔

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
8. 阿久津達也

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 4件

加藤 有己 Kato Yuki

研究課題

研究成果

共同研究者

細胞集団の時空間アラインメント法の確立研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

RNA編集不全に起因する自己免疫性脳症発症メカニムズの解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

修飾塩基を含むRNAの二次構造解析技術の確立

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

細胞動態の解明に向けた時系列細胞集団データ比較法の確立研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

RNA編集酵素ADAR1の脳特異的機能の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

マウス中枢神経組織における細胞選択的RNA発現プロファイル解析法の確立

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ナノポアシークエンサーを用いたRNA二次構造決定法の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

種間で保存されたRNAグアニン４重鎖構造のゲノムワイド解析法の確立研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

構造情報の粗視化による高速ゲノムワイドRNA遺伝子発見研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

高次構造を考慮した高速ＲＮＡ間相互作用予測研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

機械学習と最適化に基づく RNA タンパク質相互作用予測

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ハイブリッド型最適化によるRNA間相互作用予測研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

形式文法に基づくRNAタンパク質相互作用予測研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

加藤有己 Kato Yuki

[図書] ビッグデータの収集、調査、分析と活用事例第７章第２節ヒト細胞からのビッグデータの情報管理と情報解析技術2014