島田友裕 SHIMADA Tomohiro

研究者番号	10535230
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 明治大学, 農学部, 専任教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2020年度 – 2023年度: 明治大学, 農学部, 専任准教授 2017年度 – 2019年度: 明治大学, 農学部, 専任講師 2016年度: 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 助教 2012年度 – 2014年度: 東京工業大学, 資源化学研究所, 助教 2009年度 – 2010年度: 法政大学, マイクロ・ナノテクノロジー研究センター, 研究員
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43050:ゲノム生物学関連 / ゲノム生物学 / ゲノム生物学 / 基礎ゲノム科学
キーワード	研究代表者大腸菌 / Genomic SELEX / ゲノム転写制御 / RNAポリメラーゼ / Constitutive promoter / プロモーター / 遺伝子発現 / シグマ因子 / 転写因子CRP / YgfI … もっと見る / SrsR / YegW / GgaR / グリコーゲン代謝 / Genomic SELEX法 / 機能未知転写因子 / 転写制御ネットワーク / NtrC / RpoN / gSELEX / 窒素欠乏 / gSELEX法 / Repressive promoter / シグマ因子RpoN / 遺伝子発現調節 / ゲノム生物学 / Genomic SELEX (gSELEX) / Inducible promoter / constitutive promoter / 転写制御 / ゲノム / 代謝制御 / 100Sリボソーム / RMF / アセチル化 / CRP / 転写因子Cra / バイオフィルム / SELEX-chip / サルファ剤耐性遺伝子 / 薬剤耐性 / 転写因子LeuO / 病原性細菌 / 転写 / ゲノム発現制御隠す

大腸菌の全ての機能未知転写因子の制御ネットワークの同定研究代表者
- 研究代表者
  
  島田友裕
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43050:ゲノム生物学関連
- 研究機関
  明治大学
大腸菌全シグマ因子の制御標的全プロモーター同定の完成を目指して研究代表者
- 研究代表者
  
  島田友裕
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43050:ゲノム生物学関連
- 研究機関
  明治大学
大腸菌ゲノム転写制御における全シグマ因子の支配下全プロモーターの決定研究代表者
- 研究代表者
  
  島田友裕
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2018
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  ゲノム生物学
- 研究機関
  明治大学
   東京工業大学
代謝制御ネットワークにおける転写因子ＣＲＰのアセチル化の役割の解析研究代表者
- 研究代表者
  
  島田友裕
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2014
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  ゲノム生物学
- 研究機関
  東京工業大学
病原性遺伝子制御因子LeuOによるゲノム転写包括制御機構の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  島田友裕
- 研究期間 (年度)
  2009 – 2010
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  基礎ゲノム科学
- 研究機関
  法政大学

[図書] Genomic SELEX for the genome-wide search of regulation targets by transcription factors : SELEX-clos and SELEX-chip procedures. In: Micro- and Nano-Mechatronics and Human Science (Fukuda, T. eds.)2009
- 著者名/発表者名
  Shimada, T., et al.
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[雑誌論文] Regulatory Role of GgaR (YegW) for Glycogen Accumulation in Escherichia coli K-122024
- 著者名/発表者名
  Saito Shunsuke、Kobayashi Ikki、Hoshina Motoki、Uenaka Emi、Sakurai Atsushi、Imamura Sousuke、Shimada Tomohiro
- 雑誌名
  
  Microorganisms
  
  巻: 12 号: 1 ページ: 115-115
- DOI
  10.3390/microorganisms12010115
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[雑誌論文] Metal-Responsive Transcription Factors Co-Regulate Anti-Sigma Factor (Rsd) and Ribosome Dimerization Factor Expression2023
- 著者名/発表者名
  Yoshida Hideji、Shimada Tomohiro、Ishihama Akira
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 24 号: 5 ページ: 4717-4717
- DOI
  10.3390/ijms24054717
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[雑誌論文] Overview of the Molecular Mechanism of Bacterial Environmental Adaptation by Comprehensive Analysis2023
- 著者名/発表者名
  Shimada Tomohiro、Yoshida Hideji
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 24 号: 8 ページ: 7602-7602
- DOI
  10.3390/ijms24087602
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[雑誌論文] Expanded roles of lactate-sensing LldR in transcription regulation of the Escherichia coli K-12 genome: lactate utilisation and acid resistance2023
- 著者名/発表者名
  Anzai Takumi、Kijima Kaede、Fujimori Miki、Nakamoto Soma、Ishihama Akira、Shimada Tomohiro
- 雑誌名
  
  Microbial Genomics
  
  巻: 9 号: 5
- DOI
  10.1099/mgen.0.001015
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[雑誌論文] Genomic SELEX Reveals Pervasive Role of the Flagella Master Regulator FlhDC in Carbon Metabolism2023
- 著者名/発表者名
  Takada Hiraku、Kijima Kaede、Ishiguro Akira、Ishihama Akira、Shimada Tomohiro
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 24 号: 4 ページ: 3696-3696
- DOI
  10.3390/ijms24043696
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184, KAKENHI-PROJECT-23K05017
[雑誌論文] Cell-growth phase-dependent promoter replacement approach for improved poly(lactate-co-3-hydroxybutyrate) production in Escherichia coli2023
- 著者名/発表者名
  Nagao Yuki、Koh Sangho、Taguchi Seiichi、Shimada Tomohiro
- 雑誌名
  
  Microbial Cell Factories
  
  巻: 22 号: 1 ページ: 131-131
- DOI
  10.1186/s12934-023-02143-w
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K13870, KAKENHI-PROJECT-22K06184
[雑誌論文] Transcription Factor SrsR (YgfI) Is a Novel Regulator for the Stress-Response Genes in Stationary Phase in Escherichia coli K-122022
- 著者名/発表者名
  Kobayashi Ikki、Mochizuki Kenji、Teramoto Jun、Imamura Sousuke、Takaya Kazuhiro、Ishihama Akira、Shimada Tomohiro
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 23 号: 11 ページ: 6055-6055
- DOI
  10.3390/ijms23116055
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[雑誌論文] Whole set of constitutive promoters for RpoN sigma factor and the regulatory role of its enhancer protein NtrC in Escherichia coli K-122021
- 著者名/発表者名
  Shimada Tomohiro、Furuhata Shun、Ishihama Akira
- 雑誌名
  
  Microbial Genomics
  
  巻: 7 号: 11
- DOI
  10.1099/mgen.0.000653
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06618
[雑誌論文] Hierarchy of transcription factor network in <i>Escherichia coli</i> K-12: H-NS-mediated silencing and Anti-silencing by global regulators2021
- 著者名/発表者名
  Ishihama Akira、Shimada Tomohiro
- 雑誌名
  
  FEMS Microbiology Reviews
  
  巻: 45 号: 6
- DOI
  10.1093/femsre/fuab032
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06618
[雑誌論文] Single-Target Regulators Constitute the Minority Group of Transcription Factors in Escherichia coli K-122021
- 著者名/発表者名
  Shimada Tomohiro、Ogasawara Hiroshi、Kobayashi Ikki、Kobayashi Naoki、Ishihama Akira
- 雑誌名
  
  Frontiers in Microbiology
  
  巻: 12
- DOI
  10.3389/fmicb.2021.697803
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06618
[雑誌論文] Expanded roles of pyruvate-sensing PdhR in transcription regulation of the Escherichia coli K-12 genome: fatty acid catabolism and cell motility2020
- 著者名/発表者名
  Anzai Takumi、Imamura Sousuke、Ishihama Akira、Shimada Tomohiro
- 雑誌名
  
  Microbial Genomics
  
  巻: 6 号: 10
- DOI
  10.1099/mgen.0.000442
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06618
[雑誌論文] Regulatory role of CsqR (YihW) in transcription of the genes for catabolism of the anionic sugar sulfoquinovose (SQ) in Escherichia coli K-122019
- 著者名/発表者名
  Shimada Tomohiro、Yamamoto Kaneyoshi、Nakano Masahiro、Watanabe Hiroki、Schleheck David、Ishihama Akira
- 雑誌名
  
  Microbiology
  
  巻: 165 号: 1 ページ: 78-89
- DOI
  10.1099/mic.0.000740
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07195
[雑誌論文] Regulatory Role of PlaR (YiaJ) for Plant Utilization in Escherichia coli K-122019
- 著者名/発表者名
  Shimada Tomohiro、Yokoyama Yui、Anzai Takumi、Yamamoto Kaneyoshi、Ishihama Akira
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 9 号: 1 ページ: 20415-20415
- DOI
  10.1038/s41598-019-56886-x
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06618
[雑誌論文] Single-target regulators form a minor group of transcription factors in Escherichia coli K-122018
- 著者名/発表者名
  Shimada Tomohiro、Ogasawara Hiroshi、Ishihama Akira
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 46 号: 8 ページ: 3921-3936
- DOI
  10.1093/nar/gky138
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07195, KAKENHI-PROJECT-15K18670, KAKENHI-PROJECT-18K05388
[雑誌論文] Altered Distribution of RNA Polymerase Lacking the Omega Subunit within the Prophages along the Escherichia coli K-12 Genome2018
- 著者名/発表者名
  Yamamoto Kaneyoshi、Yamanaka Yuki、Shimada Tomohiro、Sarkar Paramita、Yoshida Myu、Bhardwaj Neerupma、Watanabe Hiroki、Taira Yuki、Chatterji Dipankar、Ishihama Akira
- 雑誌名
  
  mSystems
  
  巻: 3 号: 1
- DOI
  10.1128/msystems.00172-17
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07195
[雑誌論文] Coordinated Hibernation of Transcriptional and Translational Apparatus during Growth Transition of Escherichia coli to Stationary Phase2018
- 著者名/発表者名
  Yoshida Hideji、Shimada Tomohiro、Ishihama Akira
- 雑誌名
  
  mSystems
  
  巻: 3 号: 5 ページ: 1-22
- DOI
  10.1128/msystems.00057-18
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07195
[雑誌論文] Genomic SELEX Screening of Regulatory Targets of Escherichia coli Transcription Factors2018
- 著者名/発表者名
  Shimada Tomohiro、Ogasawara Hiroshi、Ishihama Akira
- 雑誌名
  
  Methods in Molecular Biology
  
  巻: 1837 ページ: 49-69
- DOI
  10.1007/978-1-4939-8675-0_4
- ISBN
  9781493986743, 9781493986750
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07195, KAKENHI-PROJECT-18K05388
[雑誌論文] The whole set of the constitutive promoters recognized by four minor sigma subunits of Escherichia coli RNA polymerase2017
- 著者名/発表者名
  Shimada Tomohiro、Tanaka Kan、Ishihama Akira
- 雑誌名
  
  PLOS ONE
  
  巻: 12 号: 6 ページ: e0179181-e0179181
- DOI
  10.1371/journal.pone.0179181
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07195, KAKENHI-PUBLICLY-17H05720
[雑誌論文] Regulatory role of XynR (YagI) in catabolism of xylonate in Escherichia coli K-122017
- 著者名/発表者名
  Shimada Tomohiro、Momiyama Eri、Yamanaka Yuki、Watanabe Hiroki、Yamamoto Kaneyoshi、Ishihama Akira
- 雑誌名
  
  FEMS Microbiology Letters
  
  巻: 364 号: 22
- DOI
  10.1093/femsle/fnx220
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07195
[雑誌論文] Transcription factor DecR (YbaO) controls detoxification of L-cysteine in Escherichia coli.2016
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Shimada, Kan Tanaka, and Akira Ishihama
- 雑誌名
  
  Microbiology
  
  巻: 162 号: 9 ページ: 1698-1707
- DOI
  10.1099/mic.0.000337
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K14539, KAKENHI-PROJECT-16K07195
[雑誌論文] Unprecedented high-resolution view of bacterial operon architecture revealed by RNA sequencing.2014
- 著者名/発表者名
  Conway T, Creecy JP, Maddox SM, Grissom JE, Conkle TL, Shadid TM, Teramoto J, San Miguel P, Shimada T, Ishihama A, Mori H, Wanner BL.
- 雑誌名
  
  MBio
  
  巻: 5 号: 4
- DOI
  10.1128/mbio.01442-14
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24710214, KAKENHI-PROJECT-25250028, KAKENHI-PROJECT-25430173
[雑誌論文] The whole set of constitutive promoters recognized by RNA polymerase RpoD holoenzyme of Escherichia coli2014
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Shimada, Yukiko Yamazaki, Kan Tanaka and Akira Ishihama
- 雑誌名
  
  PLos One
  
  巻: 9 号: 3 ページ: e90447-e90447
- DOI
  10.1371/journal.pone.0090447
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24248061, KAKENHI-PROJECT-24710214, KAKENHI-PROJECT-25430173
[雑誌論文] Roles of cell division control factor SdiA: recognition of quorum sensing signals and modulation of transcription regulation targets2014
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Shimada1,2,3, Kaori Shimada, Makoto Matsui, Yuichi Kitai, Jun Igarashi, Hiroaki Suga, Akira Ishihama
- 雑誌名
  
  Genes to Cells
  
  巻: 19 号: 5 ページ: 405-418
- DOI
  10.1111/gtc.12139
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24710214, KAKENHI-PROJECT-25430173
[雑誌論文] Regulation of the rmf gene encoding ribosome modulation factor in Escherichia coli: Involvement of cAMP receptor protein.2013
- 著者名/発表者名
  Shimada, T., Yhoshida, H. and Ishihama, A.
- 雑誌名
  
  Journal of Bacteriology
  
  巻: 印刷中
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24710214
[雑誌論文] A novel regulator PgrR for switch control of peptideglycan recycling in Escherichia coli.2012
- 著者名/発表者名
  Shimada, T., Yamazaki, K. and Ishihama, A.
- 雑誌名
  
  Genes to Cells
  
  巻: 18 号: 2 ページ: 123-134
- DOI
  10.1111/gtc.12026
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24710214, KAKENHI-PROJECT-25430173
[雑誌論文] Novel Roles of cAMP Receptor Protein (CRP) in Regulation of Transport and Metabolism of Carbon Sources2011
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Shimada
- 雑誌名
  
  PLoS ONE
  
  巻: (掲載確定)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[雑誌論文] Novel Members of the Cra Regulon Involved in Carbon Metabolism in Escherichia coli.2011
- 著者名/発表者名
  Shimada, T., Yamamoto, K., Ishihama, A.
- 雑誌名
  
  Journal of Bacteriology. 193
  
  ページ: 649-59
- URL
  http://jb.asm.org/cgi/content/full/193/3/649?view=long&pmid=21115656
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[雑誌論文] Novel Members of the cAMP Receptor Protein (CRP) Regulon for Transport and Metabolism of Carbon Sources.2011
- 著者名/発表者名
  Shimada, T., Yamamoto, K., Fujita, N., Ishihama, A.
- 雑誌名
  
  PLoS ONE. in press
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[雑誌論文] Novel Members of the Cra Regulon Involved in Carbon Metabolism in Escherichia coli2011
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Shimada
- 雑誌名
  
  Journal of Bacteriology
  
  巻: 193 ページ: 649-659
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[雑誌論文] Involvement of the leucine response transcription factor LeuO in regulation of the genes for sulfa drug efflux.2009
- 著者名/発表者名
  Shimada, T., Yamamoto, K., Ishihama, A.
- 雑誌名
  
  Journal of Bacteriology. 191
  
  ページ: 4562-71
- URL
  http://jb.asm.org/cgi/content/full/191/14/4562?view=long&pmid=19429622
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[雑誌論文] Involvement of the leucine response transcription factor LeuO in regulation of the genes for sulfa drug efflux.2009
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Shimada
- 雑誌名
  
  Journal of Bacteriology. 191
  
  ページ: 4562-71
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[産業財産権] 転写調節による多元ポリ乳酸の合成法2022
- 発明者名
  島田友裕、田口精一
- 権利者名
  島田友裕、田口精一
- 産業財産権種類
  特許
- 産業財産権番号
  2022-021439
- 出願年月日
  2022
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌における機能未知転写因子YegWによる新規グリコーゲン代謝制御2024
- 著者名/発表者名
  齋藤駿介、小林一幾、保科元気、島田友裕
- 学会等名
  日本農芸化学会2024年度大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌における遺伝子発現活性の調節による生分解性プラスチックLAHBの生産量向上及び乳酸分率制御の試み2023
- 著者名/発表者名
  長尾優輝、田口精一、島田友裕
- 学会等名
  日本農芸化学会2023年度大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 転写と翻訳を同時に制御するストレス応答転写因子2023
- 著者名/発表者名
  吉田秀司、島田友裕、牧泰史、古池晶、石浜明
- 学会等名
  第１９回２１世紀大腸菌研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌におけるナトリウムイオン応答転写因子NhaRの新規ゲノム転写制御ネットワークおよびその生理的意義2023
- 著者名/発表者名
  出島晴翔、古幡駿、島田友裕
- 学会等名
  日本農芸化学会関東支部2023年度大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] プロモーター置換法による進化型ポリ乳酸の生産性向上2023
- 著者名/発表者名
  長尾優輝、高相昊、田口精一、島田友裕
- 学会等名
  日本農芸化学会関東支部2023年度大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌におけるクエン酸応答二成分制御系CitA/CitBによるcitrate fermentationを用いた嫌気呼吸2023
- 著者名/発表者名
  来島楓、島田友裕
- 学会等名
  日本農芸化学会関東支部2023年度大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌のCurli形成制御に関する包括的解析2023
- 著者名/発表者名
  小笠原寛、大山壮哉、松吉志、堀田修平、佐野晃太郎、石塚俊行、加藤佑輝、島田友裕、石浜明
- 学会等名
  第１９回２１世紀大腸菌研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌における機能未知転写因子YegWによる新規グリコーゲン代謝制御2023
- 著者名/発表者名
  齋藤駿介、小林一幾、保科元気、島田友裕
- 学会等名
  日本農芸化学会関東支部2023年度大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌の機能未知転写因子の転写制御ネットワークの網羅的同定2023
- 著者名/発表者名
  島田友裕
- 学会等名
  第46回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌K-12株におけるRpoN RNAPホロ酵素の”Constitutive promoter”および”Repressive promoter”の同定2023
- 著者名/発表者名
  古幡駿、石浜明、島田友裕
- 学会等名
  第１７回日本ゲノム微生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌における機能未知転写因子YegWの機能解明2023
- 著者名/発表者名
  齋藤駿介、保科元気、小林一幾、石浜明、島田友裕
- 学会等名
  第１７回日本ゲノム微生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌における機能未知転写因子YegWによる新規グリコーゲン代謝制御2023
- 著者名/発表者名
  齋藤駿介、小林一幾、保科元気、島田友裕
- 学会等名
  第46回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌におけるクエン酸応答二成分制御系CitA/CitBを介したクエン酸嫌気呼吸によるエネルギー産生制御2023
- 著者名/発表者名
  来島楓、島田友裕
- 学会等名
  第１７回日本ゲノム微生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌における遺伝子発現活性の調節による生分解性プラスチックLAHBの生産量向上および乳酸分率制御の試み2023
- 著者名/発表者名
  長尾優輝、田口精一、島田　友裕
- 学会等名
  第１７回日本ゲノム微生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌におけるナトリウムイオン応答転写因子NhaRの新規ゲノム転写制御ネットワークおよびその生理的意義2023
- 著者名/発表者名
  出島晴翔、古幡駿、島田友裕
- 学会等名
  第46回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌のアミロイド線維形成制御に関する包括的研究2022
- 著者名/発表者名
  小笠原寛、石塚俊行、堀田修平、山路幸太郎、大山壮哉、前川雄飛、島田友裕、石浜明
- 学会等名
  第４５回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌のゲノム転写制御ネットワークの全体像2022
- 著者名/発表者名
  島田友裕
- 学会等名
  第４５回日本分子生物学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌において様々なストレス下で転写・翻訳を同時制御する転写因子群の解析2022
- 著者名/発表者名
  吉田秀司、島田友裕、牧泰史、古池晶、石浜明
- 学会等名
  第４５回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌における機能未知転写因子YegWの転写制御ネットワークの解明2022
- 著者名/発表者名
  齋藤駿介、小林一幾、保科元気、石浜明、島田友裕
- 学会等名
  第４５回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌K-12株におけるRpoN RNAポリメラーゼホロ酵素の”Constitutive promoter”および”Repressive promoter”の同定2022
- 著者名/発表者名
  古幡駿、石浜明、島田友裕
- 学会等名
  第４５回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌における乳酸応答転写因子LldRによるゲノム転写制御ネットワークの解明2022
- 著者名/発表者名
  来島楓、安西拓実、藤森美希、中元颯馬、石浜明、島田友裕
- 学会等名
  第４５回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06184
[学会発表] 大腸菌K-12株のゲノム転写制御ネットワークにおけるSingle-target regulatorsの機能解析2021
- 著者名/発表者名
  島田友裕、小笠原寛、小林一幾、小林尚貴、石浜明
- 学会等名
  第４４回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06618
[学会発表] 大腸菌K-12株におけるRpoN RNAポリメラーゼホロ酵素の”Constitutive promoter”および”Repressive promoter”2021
- 著者名/発表者名
  古幡駿、石浜明、島田友裕
- 学会等名
  第４４回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06618
[学会発表] 大腸菌K-12株における新規定常期ストレス応答転写因子YgfIの機能解明2021
- 著者名/発表者名
  小林一幾、石浜明、島田友裕
- 学会等名
  第４４回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06618
[学会発表] アンチシグマ因子(Rsd)とリボソーム二量体化因子(RMF)の発現を同時制御する金属応答転写因子2021
- 著者名/発表者名
  吉田秀司、島田友裕、牧泰史、石浜明
- 学会等名
  第４４回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06618
[学会発表] 大腸菌K-12株における機能未知転写因子YiaUの制御標的遺伝子群の同定と機能解明2021
- 著者名/発表者名
  真島友希、村山里枝、石浜明、島田友裕
- 学会等名
  第４４回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06618
[学会発表] Expanded roles of pyruvate-sensing PdhR in transcription regulation of Escherichia coli K-12 genome2021
- 著者名/発表者名
  安西拓実、今村壮輔、石浜明、島田友裕
- 学会等名
  日本農芸化学会2020年度大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06618
[学会発表] Expanded roles of pyruvate-sensing PdhR in transcription regulation of Escherichia coli K-12 genome: fatty acid catabolism and cell motility2020
- 著者名/発表者名
  安西拓実、今村壮輔、石浜明、島田友裕
- 学会等名
  第４３回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06618
[学会発表] 大腸菌における植物由来化合物を利用するためのグローバルレギュレーターPlaR(YiaJ)のゲノム転写制御ネットワークの解明2020
- 著者名/発表者名
  島田友裕、安西拓実、石浜明
- 学会等名
  第１４回日本ゲノム微生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06618
[学会発表] TetR-family大腸菌転写因子RcdAによるbiofilm master regulator遺伝子csgD発現活性化機構の解明2018
- 著者名/発表者名
  堀田修平、島田友裕、平田章、石浜明、小笠原寛
- 学会等名
  第４１回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07195
[学会発表] Genomic SELEX法を用いた大腸菌転写制御ネットワークの解明2018
- 著者名/発表者名
  島田友裕
- 学会等名
  遺伝研研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07195
[学会発表] 大腸菌K-12株のゲノム転写制御ネットワークにおけるSingle-target regulatorsの機能解析2018
- 著者名/発表者名
  島田友裕、小笠原寛、石浜明
- 学会等名
  第４１回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07195
[学会発表] 100Sリボソームの形成に関与する転写因子2018
- 著者名/発表者名
  吉田秀司、島田友裕、牧泰史、古池晶、上田雅美、和田千恵子、和田明、石浜明
- 学会等名
  第４１回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07195
[学会発表] Genomic SELEX法を用いた大腸菌転写制御ネットワークの解明2018
- 著者名/発表者名
  島田友裕
- 学会等名
  第１７回微生物研究会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07195
[学会発表] 大腸菌におけるメタボリックスイッチ制御機構の解明2015
- 著者名/発表者名
  島田友裕、山梨智也、鮒信学、田中寛
- 学会等名
  日本農芸化学会2015年度大会
- 発表場所
  岡山大学津島キャンパス
- 年月日
  2015-03-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24710214
[学会発表] 大腸菌RNAポリメラーゼRpoDホロ酵素によって認識されるConstitutive promotersの探索と解析2014
- 著者名/発表者名
  島田　友裕, 山崎　由紀子, 田中　寛, 石浜　明
- 学会等名
  ２０１４年日本ゲノム微生物学会
- 発表場所
  東京農業大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24710214
[学会発表] The Whole Set of Constitutive Promoters Recognized by RNA polymerase RpoD Holoenzyme of Escherichia coli2013
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Shimada, Yukiko Yamazaki, Kan Tanaka and Akira Ishihama
- 学会等名
  第３６回日本分子生物学会
- 発表場所
  神戸ポートアイランド
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24710214
[学会発表] 大腸菌炭素源代謝グローバルレギュレーターCRPの新規機能2013
- 著者名/発表者名
  島田　友裕
- 学会等名
  国立遺伝学研究所 2013年度研究集会
- 発表場所
  国立遺伝学研究所
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24710214
[学会発表] 大腸菌ゲノムのサイレンシング機構2012
- 著者名/発表者名
  島田友裕、山崎由紀子、石浜　明
- 学会等名
  第35回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24710214
[学会発表] 大腸菌をモデル生物とした細胞の代謝・増殖制御機構の解明2012
- 著者名/発表者名
  島田友裕、斎藤菜摘、田中　寛
- 学会等名
  第七回メタボロームシンポジウム
- 発表場所
  慶応義塾大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24710214
[学会発表] ふたつの転写因子CRPとCraによる大腸菌炭素源代謝遺伝子群の転写制御の全体像2011
- 著者名/発表者名
  島田友裕
- 学会等名
  日本農芸化学会
- 発表場所
  京都女子大学(京都)
- 年月日
  2011-03-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[学会発表] ふたつの転写因子CRPとCraによる大腸菌炭素源代謝遺伝子群の転写制御の全体像2011
- 著者名/発表者名
  島田友裕, 藤田信之, 山本兼由, 石浜明
- 学会等名
  2011年度日本農芸化学会大会
- 発表場所
  京都女子大学・京都
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[学会発表] 大腸菌炭素源代謝制御のふたつの転写因子CRPとCraによるゲノム転写制御の全体像: Genomic SELEX法を用いた解析2010
- 著者名/発表者名
  島田友裕, 藤田信之, 山本兼由, 石浜明
- 学会等名
  生化・分子生物学会合同大会
- 発表場所
  神戸ポートアイランド・兵庫
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[学会発表] 大腸菌炭素源代謝制御のふたつの転写因子CRPとCraによるゲノム転写制御の全体像:Genomic SELEX法を用いた解析2010
- 著者名/発表者名
  島田友裕
- 学会等名
  生化・分子生物学合同大会
- 発表場所
  神戸ポートアイランド(兵庫)
- 年月日
  2010-12-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[学会発表] 大腸菌転写因子CRPのゲノム上結合部位の全体像:Genomic SELEX法を用いた解析2010
- 著者名/発表者名
  島田友裕
- 学会等名
  第4回日本ゲノム微生物学会年会
- 発表場所
  九州大学(福岡)
- 年月日
  2010-03-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[学会発表] Genome-wide Genomic-SELEX Search of Regulation Targets by Transcription Factors.2010
- 著者名/発表者名
  Shimada, T., et al.
- 学会等名
  Jacques Monod Commemorative Minisymposium.
- 発表場所
  Paris. France.
- 年月日
  2010-05-31
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[学会発表] Genome-wide Genomic-SELEX Search of Regulation Targets by Transcription Factors2010
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Shimada
- 学会等名
  Jacques Monod Commemorative Mini symposium
- 発表場所
  パリ(フランス)
- 年月日
  2010-05-31
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[学会発表] 大腸菌転写因子CRPのゲノム上結合部位の全体像: Genomic SELEX法を用いた解析2010
- 著者名/発表者名
  島田友裕, 藤田信之, 山本兼由, 石浜明
- 学会等名
  第四回日本ゲノム微生物学会年会
- 発表場所
  九州大学・福岡県
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[学会発表] Involvement of the Leucine Response Transcription Factor LeuO in Regulation of the Genes for Sulfa Drug Efflux2009
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Shimada
- 学会等名
  第32回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(神奈川)
- 年月日
  2009-12-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[学会発表] Genomic SELEXを用いた大腸菌転写因子LeuOの転写制御機構解析2009
- 著者名/発表者名
  島田友裕, 山本兼由, 石浜明
- 学会等名
  第6回21世紀大腸菌研究会
- 発表場所
  KKRホテル熱海・静岡
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[学会発表] Growth phase-dependent regulation of csgD, the master regulator of biofilm formation : Interplay between multiple transcription factors.2009
- 著者名/発表者名
  Ishihama, A., Ogasawara, H., Shimada, T., Teramoto, J., Kori,A., Yamada, K., Yamamoto, K.
- 学会等名
  3^<rd> Internatl. Conf. Environmental, Industrial and Applied Microbiology (BioMicroWorld 2009)
- 発表場所
  Lisbon, Portugal.
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[学会発表] Genomic SELEX for the Genome-wide Search of Regulation Targets by Transcription Factors : SELEX-clos and SELEX-chip Procedures2009
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Shimada
- 学会等名
  2009 International Symposium on Micro-NanoMechatronics and Human Science
- 発表場所
  名古屋大学(愛知)
- 年月日
  2009-11-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[学会発表] Involvement of the Leucine Response Transcription Factor LeuO in Regulation of the Genes for Sulfa Drug Efflux2009
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Shimada, Kaneyoshi Yamamoto, Akira Ishihama
- 学会等名
  第32回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜・神奈川
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[学会発表] Comprehensive analysis for the recognition sequences of DNA-binding transcription factors within the E.coli genome using the newly developed promoter chip.2009
- 著者名/発表者名
  Yamamoto, K., Shimada, T., Ishihama, A.
- 学会等名
  21^<st> RNA Polymerase Workshop
- 発表場所
  Bristol, UK
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198
[学会発表] Novel technologies for the genome-wide search of regulation targets by transcription factors : genomic SELEX and SELEX-chip. Micro- and Nano-Mechatronics and Human Science2009
- 著者名/発表者名
  Shimada, T., et al.
- 学会等名
  2009 IEEE International Symposium on IEEE Robotics and Automation Society, USA.
- 発表場所
  Nagoya. Japan.
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710198

1. 石浜明

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 10件
2. 田中寛

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
3. 高相昊

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

島田 友裕 SHIMADA Tomohiro

研究課題

研究成果

共同研究者

大腸菌の全ての機能未知転写因子の制御ネットワークの同定研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

大腸菌全シグマ因子の制御標的全プロモーター同定の完成を目指して研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

大腸菌ゲノム転写制御における全シグマ因子の支配下全プロモーターの決定研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

代謝制御ネットワークにおける転写因子ＣＲＰのアセチル化の役割の解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

病原性遺伝子制御因子LeuOによるゲノム転写包括制御機構の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] Genomic SELEX for the genome-wide search of regulation targets by transcription factors : SELEX-clos and SELEX-chip procedures. In: Micro- and Nano-Mechatronics and Human Science (Fukuda, T. eds.)2009

著者名/発表者名

データソース

[雑誌論文] Regulatory Role of GgaR (YegW) for Glycogen Accumulation in Escherichia coli K-122024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Metal-Responsive Transcription Factors Co-Regulate Anti-Sigma Factor (Rsd) and Ribosome Dimerization Factor Expression2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Overview of the Molecular Mechanism of Bacterial Environmental Adaptation by Comprehensive Analysis2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Expanded roles of lactate-sensing LldR in transcription regulation of the Escherichia coli K-12 genome: lactate utilisation and acid resistance2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Genomic SELEX Reveals Pervasive Role of the Flagella Master Regulator FlhDC in Carbon Metabolism2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Cell-growth phase-dependent promoter replacement approach for improved poly(lactate-co-3-hydroxybutyrate) production in Escherichia coli2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Transcription Factor SrsR (YgfI) Is a Novel Regulator for the Stress-Response Genes in Stationary Phase in Escherichia coli K-122022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Whole set of constitutive promoters for RpoN sigma factor and the regulatory role of its enhancer protein NtrC in Escherichia coli K-122021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Hierarchy of transcription factor network in <i>Escherichia coli</i> K-12: H-NS-mediated silencing and Anti-silencing by global regulators2021

著者名/発表者名

雑誌名

島田友裕 SHIMADA Tomohiro