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甲田 信一  Koda Shin-ichi

研究者番号 10790404
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0003-0993-3678
所属 (現在) 2025年度: 分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2018年度 – 2023年度: 分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 助教
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分32010:基礎物理化学関連
キーワード
研究代表者
反応モデル / 概日リズム / シアノバクテリア / 体内時計 / 最小エネルギー経路 / KaiB / 遷移状態探索 / 反応経路探索 / シミュレーション / 階層性 / ATP加水分解 / 数理モデル / 時計タンパク質
  • 研究課題

    (2件)
  • 研究成果

    (5件)
  • 共同研究者

    (1人)
  •  シアノバクテリア時計タンパク質振動子の出力分子機構の理論的解明研究代表者

    • 研究代表者
      甲田 信一
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2024
    • 研究種目
      若手研究
    • 審査区分
      小区分32010:基礎物理化学関連
    • 研究機関
      分子科学研究所
  •  時計タンパク質における時空間階層運動の協奏が創る機能発現機構の理論的解明研究代表者

    • 研究代表者
      甲田 信一
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2021
    • 研究種目
      若手研究
    • 審査区分
      小区分32010:基礎物理化学関連
    • 研究機関
      分子科学研究所

すべて 2024 2022 2020 2018

すべて 雑誌論文 学会発表

  • [雑誌論文] Locating Transition States by Variational Reaction Path Optimization with an Energy-Derivative-Free Objective Function2024

    • 著者名/発表者名
      Koda Shin-ichi、Saito Shinji
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 20 号: 7 ページ: 2798-2811

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.3c01246

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K17361, KAKENHI-PROJECT-22K14652
  • [雑誌論文] Multimeric structure enables the acceleration of KaiB-KaiC complex formation induced by ADP/ATP exchange inhibition2022

    • 著者名/発表者名
      Shin-ichi Koda, Shinji Saito
    • 雑誌名

      PLOS Computational Biology

      巻: 18 号: 3 ページ: e1009243-e1009243

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1009243

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K14185, KAKENHI-PROJECT-21H04676
  • [雑誌論文] An alternative interpretation of the slow KaiB-KaiC binding of the cyanobacterial clock proteins2020

    • 著者名/発表者名
      Koda Shin-ichi、Saito Shinji
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 10439-10439

    • DOI

      10.1038/s41598-020-67298-7

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K14185, KAKENHI-PROJECT-16H02254
  • [学会発表] 非線形計画問題汎用ソルバを用いた最小エネルギー経路探索2022

    • 著者名/発表者名
      甲田信一,斉藤真司
    • 学会等名
      第24回理論化学討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K14652
  • [学会発表] 時計タンパク質KaiCの一方向的アロステリに関する反応モデル構築に基づく考察2018

    • 著者名/発表者名
      甲田信一、斉藤真司
    • 学会等名
      第21回理論化学討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K14185
  • 1.  齊藤 真司
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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