網崎孝志 AMISAKI Takashi

研究者番号	20231996
その他のID
外部サイト
所属 (現在)	2025年度: 鳥取大学, 医学部, プロジェクト研究員
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2025年度: 鳥取大学, 医学部, プロジェクト研究員 2019年度 – 2023年度: 鳥取大学, 医学部, 教授 2015年度 – 2017年度: 鳥取大学, 医学部, 教授 2010年度 – 2012年度: 鳥取大学, 医学部, 教授 2005年度 – 2008年度: 鳥取大学, 医学部, 教授 … もっと見る 2004年度: 国立大学法人鳥取大学, 医学部, 教授 2001年度 – 2003年度: 鳥取大学, 医学部, 教授 1996年度 – 1999年度: 島根大学, 総合理工学部, 助教授隠す
審査区分/研究分野	研究代表者理工系 / 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生体生命情報学 / 生物物理学 / 生命・健康・医療情報学 / 応用薬理学・医療系薬学
キーワード	研究代表者高速多重極法 / 分子動力学計算 / 専用計算機 / 構造重ね合わせ / 分子動力学 / 変量効果モデル / fast multipole method / molecular dynamics / 周期境界条件 / 薬物動態 … もっと見る / クラスタ計算 / 計算グリッド / MD-Engine / GRID / 構造多様性 / 確率的主成分分析 / クラスタリング / 混合効果モデル / 分散共分散行列 / 頑健性 / 欠損値・欠測値 / 重ね合わせ / 立体構造 / 作業用共分散 / 占有率 / 共分散 / periodic boundary conditions / membrane proteins / molecular dynamics calculation / 薬物動態学 / 擬二次元周期性 / 膜タンパク質 / computation accuracy / cluster computing / parallel computing / special-purpose machine / fast multipole methods / proteins / 専用ハードウェア / SHAKE / 計算精度 / クラスタ / 並列計算 / タンパク質 / parallel processing / accuracy / computation system / Ewald method / algorithm / hardware / メッセージ通信 / バルク同期並列 / 並列処理 / 精度 / 計算システム / Ewald法 / アルゴリズム / ハードウェア / least squares / relative entropy / parameter estimation / pharmacokinetics / 最小二乗法 / 相対エントロピー / パラメータ推定 / 生体生命情報学 / 蛋白質 / 生体分子 / 統計数学 / 反作用場法 / 生体超分子系 / コンピュータシミュレーション / 並列分散計算 / 並列分散処理 / 並列分散隠す

異分散性重ね合わせ法に基づくタンパク質ダイナミクス解析のための確率的生成モデル研究代表者
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  鳥取大学
タンパク質構造ダイナミクスの解析のための階層線形モデルの枠組みでの共分散推定研究代表者
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  鳥取大学
異質性混合効果をベースとした機械学習によるタンパク質ダイナミクス解析法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  鳥取大学
タンパク質ダイナミクス解明のためのロバストなトラジェクトリ解析法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2017
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  鳥取大学
分子種間変動を扱う階層モデルとその正則化による蛋白質立体構造の比較解析研究代表者
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2012
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  鳥取大学
生体超分子系の精密シミュレーションに向けての高速多重極・反作用場計算の開発と評価研究代表者
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2008
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  鳥取大学
タンパク質の構造と機能の予測のための計算資源提供型広域計算研究代表者
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2004 – 2005
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  鳥取大学
膜タンパク質の精密分子動力学計算のための高速計算法の開発と評価研究代表者
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2004 – 2005
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  鳥取大学
タンパク質の構造と機能の予測のための計算資源提供型広域計算研究代表者
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2003
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  鳥取大学
タンパク質の構造と機能の予測のための計算資源提供型広域計算研究代表者
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2002
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  鳥取大学
タンパク質の構造と機能の予測のための計算資源提供型広域計算研究代表者
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2001
- 研究種目
  
  特定領域研究(C)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  鳥取大学
高速アルゴリズム/計算ボード併用による分子動力学計算の高速化とその有用性の検証研究代表者
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  2001 – 2002
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  鳥取大学
高精度高速分子動力学計算システムの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  1998 – 1999
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  島根大学
薬物動態解析における最小相対エントロピー法の有用性の検証研究代表者
- 研究代表者
  
  網崎孝志
- 研究期間 (年度)
  1996 – 1997
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  応用薬理学・医療系薬学
- 研究機関
  島根大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2019 2017 2013 2011 2008 2007 2006 2004

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Multilevel superposition for deciphering the conformational variability of protein ensembles2024
- 著者名/発表者名
  Takashi Amisaki
- 雑誌名
  
  Briefings in Bioinformatics
  
  巻: 25 号: 3
- DOI
  10.1093/bib/bbae137
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K12264
[雑誌論文] Fatty acid binding to serum albumin: Molecular simulation approaches2013
- 著者名/発表者名
  S. Fujiwara and T. Amisaki
- 雑誌名
  
  Biochim. Biophys. Acta
- NAID
  120006724720
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500275
[雑誌論文] Steric and allosteric effects of fatty acids on the binding of warfarin to human serum albumin revealed by molecular dynamics and free energy calculations2011
- 著者名/発表者名
  S. Fujiwara and T. Amisaki
- 雑誌名
  
  Chem. Pharm. Bull.
  
  巻: 59 ページ: 860-867
- NAID
  130000748020
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22500275
[雑誌論文] Identification of high affinity fatty acid binding sites on human serum albumin by MM-PBSA method2008
- 著者名/発表者名
  S. Fujiwara and T. Amisaki
- 雑誌名
  
  Biophys. J. 94
  
  ページ: 95-103
- NAID
  120006724722
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[雑誌論文] Molecular dynamics study of conformational changes in human serum albumin by binding of fatty acids2006
- 著者名/発表者名
  S. Fujiwara and T. Amisaki
- 雑誌名
  
  Proteins 64
  
  ページ: 730-739
- NAID
  120006724724
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[雑誌論文] Implementation and Evaluation of Multiple GridRPC Services for Molecular Dynamics Simulations of Proteins2006
- 著者名/発表者名
  T. Amisaki and S. Fujiwara
- 雑誌名
  
  IPSJ Transactions on Advanced Computing Systems 47
  
  ページ: 182-192
- NAID
  130000058309
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[雑誌論文] Implementation and evaluation of multiple GridRPC services for molecular dynamics simulations of proteins2006
- 著者名/発表者名
  Amisaki, T.
- 雑誌名
  
  IPSJ Transactions of Advanced Computing Systems 47・12
  
  ページ: 182-192
- NAID
  130000058309
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[雑誌論文] 分子動力学専用計算クラスタの開発とそれを利用した計算資源提供型グリッドの試み2004
- 著者名/発表者名
  網崎孝志
- 雑誌名
  
  情報処理学会論文誌:コンピューティングシステム 45・SIG06
  
  ページ: 244-253
- NAID
  110002712383
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16016265
[学会発表] Using Inter/Intra-Ensemble Variability for Exploring Dynamics and Heterogeneity of Protein Conformations2023
- 著者名/発表者名
  Takashi Amisaki
- 学会等名
  CBI学会2023年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K12264
[学会発表] 蛋白質立体構造の集団の集まりからの共分散行列の推定2022
- 著者名/発表者名
  Takashi Amisaki
- 学会等名
  2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K12264
[学会発表] 蛋白質立体構造の集団の集まりからの共分散行列の推定2022
- 著者名/発表者名
  Takashi Amisaki
- 学会等名
  2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12203
[学会発表] Variance Estimation for Conformational Variability Using Random Effect Models2021
- 著者名/発表者名
  Takashi Amisaki
- 学会等名
  2021年日本バイオインフォマティクス学会年会（IIBMP2021）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12203
[学会発表] A Method for Comparing Structural Ensembles: Applications to Molecular Dynamics Trajectory Data2019
- 著者名/発表者名
  Takashi Amisaki
- 学会等名
  CBI学会2019年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12203
[学会発表] Regression method for comparison of multiple protein conformations2017
- 著者名/発表者名
  網崎孝志、藤原伸一
- 学会等名
  日本生物物理学会第55回年会（熊本大学）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K00404
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによるhMTH1-8-oxo-dGMP 間相互作用の解析2008
- 著者名/発表者名
  藤原伸一、石飛文規、片倉和哉、網崎孝志、山縣ゆり子
- 学会等名
  日本薬学会第128年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜会議センター
- 年月日
  2008-03-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[学会発表] MM-PBSA 法によるヒト血清アルブミンの脂肪酸強結合部位の同定2007
- 著者名/発表者名
  藤原伸一、網崎孝志
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜会議センター
- 年月日
  2007-12-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[学会発表] MM-PBSA 法によるヒト血清アルブミンの脂肪酸強結合部位の同定2007
- 著者名/発表者名
  藤原伸一、網崎孝志
- 学会等名
  日本薬学会第127 年会
- 発表場所
  富山
- 年月日
  2007-03-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226
[学会発表] 酸化ヌクレオチド分解酵素ヒトMTH1の分子動力学シミュレーションによるダイナミクス解析2006
- 著者名/発表者名
  石飛文規、片倉和哉、藤原伸一、網崎孝志、山縣ゆり子
- 学会等名
  第20回分子シミュレーション討論
- 発表場所
  仙台国際センター
- 年月日
  2006-11-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18500226

1. 藤原伸一 (00362880)

共同の研究課題数: 5件

共同の研究成果数: 10件

網崎 孝志 AMISAKI Takashi

研究課題

研究成果

共同研究者

異分散性重ね合わせ法に基づくタンパク質ダイナミクス解析のための確率的生成モデル研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質構造ダイナミクスの解析のための階層線形モデルの枠組みでの共分散推定研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

異質性混合効果をベースとした機械学習によるタンパク質ダイナミクス解析法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質ダイナミクス解明のためのロバストなトラジェクトリ解析法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

分子種間変動を扱う階層モデルとその正則化による蛋白質立体構造の比較解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

生体超分子系の精密シミュレーションに向けての高速多重極・反作用場計算の開発と評価研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タンパク質の構造と機能の予測のための計算資源提供型広域計算研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

膜タンパク質の精密分子動力学計算のための高速計算法の開発と評価研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タンパク質の構造と機能の予測のための計算資源提供型広域計算研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質の構造と機能の予測のための計算資源提供型広域計算研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質の構造と機能の予測のための計算資源提供型広域計算研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

高速アルゴリズム/計算ボード併用による分子動力学計算の高速化とその有用性の検証研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

高精度高速分子動力学計算システムの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

網崎孝志 AMISAKI Takashi