木村周平 Kimura Shuhei

研究者番号	20342777
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 鳥取大学, 工学部, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2017年度 – 2023年度: 鳥取大学, 工学研究科, 教授 2013年度 – 2016年度: 鳥取大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 2011年度 – 2012年度: 鳥取大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 2007年度: 鳥取大学, 工学部, 准教授 2006年度: 鳥取大学, 工学部, 助教授
審査区分/研究分野	研究代表者小区分61040:ソフトコンピューティング関連 / ソフトコンピューティング / 感性情報学・ソフトコンピューティング / 基礎ゲノム科学研究代表者以外中区分50:腫瘍学およびその関連分野
キーワード	研究代表者遺伝子ネットワーク同定 / 遺伝子ネットワーク / 重み付け / 変数重要度 / ランダムフォレスト / 階層構造推定 / 疑似焼きなまし法 / 事前知識 / 階層構造 / GENIE3 … もっと見る / Genetic network / ブートストラップ法 / 階層性 / S-system / 制約付き関数最適化 / 進化的アルゴリズム / Vohradskyモデル / S-systemモデル / 遺伝的アルゴリズム / 正規化ガウス関数ネットワーク / DNAマイクロアレイ … もっと見る研究代表者以外パラメータ推定 / 大規模数理モデル / ネットワーク / 細胞周期 / ゲノムデータ / 予測 / シミュレーション / TNBC / 乳がん / がん / シグナル伝達 / 数理モデル隠す

ランダムフォレストにおける変数重要度の質改善方法の開発とその応用研究代表者
- 研究代表者
  
  木村周平
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分61040:ソフトコンピューティング関連
- 研究機関
  鳥取大学
疾病機序理解のための遺伝子ネットワーク数理モデル基盤の構築
- 研究代表者
  
  岡田眞里子
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分50:腫瘍学およびその関連分野
- 研究機関
  大阪大学
ネットワークの階層性を利用した遺伝子ネットワークの同定精度改善に関する研究研究代表者
- 研究代表者
  
  木村周平
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2018
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  ソフトコンピューティング
- 研究機関
  鳥取大学
等式制約付き多峰性関数最適化のための進化計算手法を用いた遺伝子ネットワーク同定研究代表者
- 研究代表者
  
  木村周平
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2013
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  感性情報学・ソフトコンピューティング
- 研究機関
  鳥取大学
正規化ガウス関数ネットワークモデルを用いた遺伝子ネットワーク同定研究代表者
- 研究代表者
  
  木村周平
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2007
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  基礎ゲノム科学
- 研究機関
  鳥取大学

[図書] Evolutionary Computation in Regulatory Network Research2016
- 著者名/発表者名
  S.Kimura
- 総ページ数
  424
- 出版者
  Wiley
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330275
[雑誌論文] Inference of Genetic Networks from Steady-state and Pseudo Time-series of Single-cell Gene Expression Data using Modified Random Forests2023
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, H.Kitajima, M.Tokuhisa, M.Okada
- 雑誌名
  
  Proc. of the 2023 IEEE Symposium Series on Computational Intelligence
  
  巻: 1 ページ: 1579-1586
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K12193
[雑誌論文] Inference of Genetic Networks using Random Forests: A Quantitative Weighting Method for Gene Expression Data2022
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, K.Sota and M.Tokuhisa
- 雑誌名
  
  Proc. of the 2022 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology
  
  巻: 1 ページ: 123-130
- DOI
  10.1109/cibcb55180.2022.9863035
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K12193
[雑誌論文] Inference of Genetic Networks From Time-Series and Static Gene Expression Data: Combining a Random-Forest-Based Inference Method With Feature Selection Methods2020
- 著者名/発表者名
  Kimura Shuhei、Fukutomi Ryo、Tokuhisa Masato、Okada Mariko
- 雑誌名
  
  Frontiers in Genetics
  
  巻: 11
- DOI
  10.3389/fgene.2020.595912
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H04031
[雑誌論文] Inference of Genetic Networks using Random Forests: Assigning Different Weights for Gene Expression Data2019
- 著者名/発表者名
  Kimura Shuhei、Tokuhisa Masato、Okada Mariko
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology
  
  巻: 印刷中号: 04 ページ: 1950015-1950015
- DOI
  10.1142/s021972001950015x
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330275
[雑誌論文] [Regular Paper] Inference of Genetic Networks Using Random Forests: Use of Different Weights for Time-Series and Static Gene Expression Data2018
- 著者名/発表者名
  Kimura Shuhei、Tokuhisa Masato、Okada-Hatakeyama Mariko
- 雑誌名
  
  Proc. of the 18th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering
  
  巻: - ページ: 98-103
- DOI
  10.1109/bibe.2018.00026
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-17H06302, KAKENHI-PROJECT-18H04031, KAKENHI-PROJECT-26330275
[雑誌論文] Inference of Genetic Networks from Time-series of Gene Expression Levels Using Random Forests2017
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, M.Tokuhisa and M. Okada-Hatakeyama
- 雑誌名
  
  Proc. of the 2017 Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology
  
  巻: 1 ページ: 22-27
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330275
[雑誌論文] Genetic Network Inference using Hierarchical Structure2016
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, M.Tokuhisa, M.Okada-Hatakeyama
- 雑誌名
  
  Frontiers in Physiology
  
  巻: 7 ページ: 57-57
- DOI
  10.3389/fphys.2016.00057
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330275
[雑誌論文] Simultaneous Execution Method of Gene Clustering and Network Inference2016
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, M.Tokuhisa and M. Okada-Hatakeyama
- 雑誌名
  
  Proc. of the 2016 Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology
  
  巻: - ページ: 1-7
- DOI
  10.1109/cibcb.2016.7758123
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330275
[雑誌論文] 遺伝子ネットワークのreduced S-systemモデルの効率的同定法の提案2015
- 著者名/発表者名
  木村周平, 佐藤昌直,　岡田眞里子
- 雑誌名
  
  情報処理学会研究報告
  
  巻: 2015-BIO-41 ページ: 1-6
- NAID
  110009884013
- 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330275
[雑誌論文] Improvement of Reliabilities of Regulations using a Hierarchical Structure in a Genetic Network2015
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, M.Okada-Hatakeyama
- 雑誌名
  
  Proc. of the 2015 International Joint Conference on Neural Networks
  
  巻: 1 ページ: 485-491
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330275
[雑誌論文] A Fast Parameter Estimation Method for Inferring Reduced S-system Models of Genetic Networks2014
- 著者名/発表者名
  Shuhei Kimura, Munehiro Furuta, Masanao Sato and Mariko Okada-Hatakeyama
- 雑誌名
  
  Proc. of 2014 International Conference on Information Systems and Computing Technology
  
  巻: なしページ: 45-50
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330275
[雑誌論文] An Effective Method for the Inference of Reduced S-system Models of Genetic Networks2014
- 著者名/発表者名
  Shuhei Kimura, Masanao Sato and Mariko Okada-Hatakeyama
- 雑誌名
  
  IPSJ Transactions on Bioinformatics
  
  巻: 7 号: 0 ページ: 30-38
- DOI
  10.2197/ipsjtbio.7.30
- NAID
  130004952388
- ISSN
  1882-6679
- 言語
  英語
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330275
[雑誌論文] Inference of Vohradsky's Models of Genetic Networks by solving Two-dimensional Function Optimization Problems2013
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, M.Sato and M.Okada-Hatakeyama
- 雑誌名
  
  PLoS One
  
  巻: 8
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700266
[雑誌論文] Inference of Vohradsky's Models of Genetic Networks by Solving Two-dimensional Function Optimization Problem2013
- 著者名/発表者名
  Shuhei Kimura, Masanao Sato and Mariko Okada-Hatakeyama
- 雑誌名
  
  PLoS One
  
  巻: 8 号: 12 ページ: e83308-e83308
- DOI
  10.1371/journal.pone.0083308
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700266
[雑誌論文] Development of an Efficient Parameter Estimation Method for the Inference of Vohradsky's Neural Network Models of Genetic Networks2013
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, M.Sato and M.Okada-Hatakeyama
- 雑誌名
  
  Proc. of the 2013 International Joint Conference on Neural Networks
  
  ページ: 2676-2681
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700266
[雑誌論文] Development of an Efficient Parameter Estimation Method for the Inference of Vohradsky's Neural Network Models of Genetic Networks2013
- 著者名/発表者名
  Shuhei Kimura, Masanao Sato and Mariko Okada-Hatakeyama
- 雑誌名
  
  Proceedings of 2013 International Conference on Neural Networks
  
  巻: なしページ: 2676-2681
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700266
[雑誌論文] Inference of S-system Models of Genetic Networks by Solving One-dimensional Function Optimization Problems2012
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, D.Araki, K.Matsumura and M.Okada-Hatakeyama
- 雑誌名
  
  Mathematical Biosciences
  
  巻: Vol.235 ページ: 161-170
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700266
[雑誌論文] Inference of S-system Models of Genetic Networks by Solving Linear Programming Problems and Sets of Linear Algebraic Equations2012
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, K.Matsumura and M.Okada-Hatakeyama
- 雑誌名
  
  Proc. of the 2012 International Joint Conference on Neural Networks
  
  ページ: 2000-2007
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700266
[雑誌論文] Inference of S-system Models of Genetic Networks by Solving Linear Programming Problems and Sets of Linear Algebraic Equations2012
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, K.Matsumura, M.Okada-Hatakeyama
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 2012 International Joint Conference on Neural Networks
  
  巻: なしページ: 2000-2007
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700266
[雑誌論文] nference of S-system models of genetic networks by solving one-dimensional function optimization problems.2012
- 著者名/発表者名
  Kimura S., Araki D., Matsumura K., and Okada-Hatakeyama M.
- 雑誌名
  
  Math. Biosci
  
  巻: 235 号: 2 ページ: 161-170
- DOI
  10.1016/j.mbs.2011.11.008
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23650154, KAKENHI-PROJECT-23700266
[雑誌論文] Constrained Multimodal Function Optimization using a Simple Evolutionary Algorithm2011
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, K.Matsumura
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 2011 Congress on Evolutionary Computation
  
  巻: なしページ: 447-454
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700266
[雑誌論文] Constrained Multimodal Function Optimization using a Simple Evolutionary Algorithm2011
- 著者名/発表者名
  S.Kimura and K.Matsumura
- 雑誌名
  
  Proc. of the 2011 Congress on Evolutionary Computation
  
  ページ: 447-454
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700266
[雑誌論文] Function approximation approach to the inference of reduced NGnet models of genetic networks2008
- 著者名/発表者名
  Shuhei Kimura
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics 9
  
  ページ: 13-13
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18710166
[雑誌論文] Inference of Genetic Networks using a Reduced NGnet Model2007
- 著者名/発表者名
  Shuhei Kimura
- 雑誌名
  
  Proc. of the 2007 International Joint Conference on Neural Networks
  
  ページ: 6-6
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18710166
[雑誌論文] Function Approximation Approach to the Inference of Normalized Gaussian Network Models of Genetic Networks2006
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, K.Sonoda, S.Yamane, K.Matsumura, M.Hatakeyama
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 2006 International Joint Conference on Neural Networks
  
  ページ: 4525-4532
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18710166
[学会発表] Inference of Genetic Networks Using Random Forests: Use of Different Weights for Time-series and Static Gene Expression Data2018
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, M.Tokuhisa and M. Okada-Hatakeyama
- 学会等名
  The 18th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330275
[学会発表] Simultaneous Execution Method of Gene Clustering and Network Inference2016
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, M.Tokuhisa and M. Okada-Hatakeyama
- 学会等名
  the 2016 Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology
- 発表場所
  チェンマイ，タイ
- 年月日
  2016-10-05
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330275
[学会発表] Improvement of Reliabilities of Regulations using a Hierarchical Structure in a Genetic Network2015
- 著者名/発表者名
  S.Kimura, M.Okada-Hatakeyama
- 学会等名
  the 2015 International Joint Conference on Neural Networks
- 発表場所
  キラーニー，アイルランド
- 年月日
  2015-07-12
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330275
[学会発表] 階層構造を利用した遺伝子ネットワーク同定2015
- 著者名/発表者名
  木村周平
- 学会等名
  第１回　理化学研究所・産業技術総合研究所　共同シンポジウム
- 発表場所
  台場，東京
- 年月日
  2015-06-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330275
[学会発表] 遺伝子ネットワークのreduced S-systemモデルの効率的同定法の提案2015
- 著者名/発表者名
  木村周平, 佐藤昌直,　岡田眞里子
- 学会等名
  情報処理学会　第41回BIO研究発表会
- 発表場所
  北海道大学
- 年月日
  2015-03-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330275
[学会発表] 遺伝子ネットワークのS-system モデル高速同定法2011
- 著者名/発表者名
  木村周平
- 学会等名
  平成23年電気学会電子・情報・システム部門大会
- 発表場所
  富山大学(富山県)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700266
[学会発表] 遺伝子ネットワークのS-systemモデル高速同定法2011
- 著者名/発表者名
  木村周平
- 学会等名
  平成23年電気学会電子・情報・システム部門大会
- 発表場所
  富山大学(富山県)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700266
[学会発表] A Fast Parameter Estimation Method for Inferring Reduced S-system Models of Genetic Networks
- 著者名/発表者名
  Shuhei Kimura, Munehiro Furuta, Masanao Sato and Mariko Okada-Hatakeyama
- 学会等名
  2014 International Conference on Information Systems and Computing Technology
- 発表場所
  鳥取大学
- 年月日
  2014-10-04 – 2014-10-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330275

1. 岡田眞里子 (10342833)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 15件

木村 周平 Kimura Shuhei

研究課題

研究成果

共同研究者

ランダムフォレストにおける変数重要度の質改善方法の開発とその応用研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

疾病機序理解のための遺伝子ネットワーク数理モデル基盤の構築

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ネットワークの階層性を利用した遺伝子ネットワークの同定精度改善に関する研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

等式制約付き多峰性関数最適化のための進化計算手法を用いた遺伝子ネットワーク同定研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

正規化ガウス関数ネットワークモデルを用いた遺伝子ネットワーク同定研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] Evolutionary Computation in Regulatory Network Research2016

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[雑誌論文] Inference of Genetic Networks from Steady-state and Pseudo Time-series of Single-cell Gene Expression Data using Modified Random Forests2023

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Inference of Genetic Networks using Random Forests: A Quantitative Weighting Method for Gene Expression Data2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Inference of Genetic Networks From Time-Series and Static Gene Expression Data: Combining a Random-Forest-Based Inference Method With Feature Selection Methods2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Inference of Genetic Networks using Random Forests: Assigning Different Weights for Gene Expression Data2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] [Regular Paper] Inference of Genetic Networks Using Random Forests: Use of Different Weights for Time-Series and Static Gene Expression Data2018

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Inference of Genetic Networks from Time-series of Gene Expression Levels Using Random Forests2017

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Genetic Network Inference using Hierarchical Structure2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Simultaneous Execution Method of Gene Clustering and Network Inference2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] 遺伝子ネットワークのreduced S-systemモデルの効率的同定法の提案2015

著者名/発表者名

雑誌名

木村周平 Kimura Shuhei