豊田哲郎 TOYODA Tetsuro

研究者番号	20342818
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2010年度 – 2011年度: 独立行政法人理化学研究所, 生命情報基盤研究部門, 部門長 2008年度: 独立行政法人理化学研究所, 生命情報基盤研究部門, 部門長
審査区分/研究分野	研究代表者以外植物分子生物・生理学 / 実験動物学 / 生体生命情報学
キーワード	研究代表者以外シロイヌナズナ / 非翻訳性RNA / タイリングアレイ解析 / small RNA / 環境ストレス応答 / RNA制御 / RNA-dependent RNA polymerase / アンチセンスRNA / 非翻訳型RNA / 発現制御 … もっと見る / ストレス / ゲノム / 植物 / SOP / 国際標準化 / 生殖工学技術 / マウスクリニック / マウス / 動物飼育管理 / 実験手順 / プロトコル / データベース / 標準化 / 表現型解析 / 変異体スクリーニング / 形態形質 / in silico / トライコーム / 3次元形状計測 / μX線CT / bioluminescence / Luciferase reporter / digital in situ hybridization / time-lapse images / 標準形状モデル / スクリーニング / 変異体 / バイオインフォマティクス隠す

センス鎖遺伝子と共発現するストレス応答性の非翻訳型アンチセンスRNAの解析
- 研究代表者
  
  関原明
- 研究期間 (年度)
  2009 – 2011
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  植物分子生物・生理学
- 研究機関
  独立行政法人理化学研究所
マウス表現型解析基盤情報共有データベースの開発
- 研究代表者
  
  若菜茂晴
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2010
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  実験動物学
- 研究機関
  独立行政法人理化学研究所
変異体スクリーニングのためのシロイヌナズナ野生型3次元標準形状モデルの作成
- 研究代表者
  
  神沼英里
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2008
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  独立行政法人理化学研究所

すべて 2012 2011 2010 2009 2008

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] Arabidopsis tiling array analysis to identify the stress-responsive genes. In "Methods in Molecular Biology-Plant Stress Tolerance(Edited by Dr. Ramanjulu Sunkar)"2010
- 著者名/発表者名
  Matsui, A., Ishida, J., Morosawa, T., Okamoto, M., Kim, J. M., Kurihara, Y., Kawashima, M., Tanaka, M., To, T., Nakaminami, K., Kaminuma, E., Endo, T., Mochizuki, Y., Kawaguchi, S., Kobayashi, N., Toyoda, T., Shinozaki, K. and Seki, M.
- 出版者
  Humana Press
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570056
[雑誌論文] Positional correlation analysis improves reconstruction of full-length transcript and alternative isoform from noisy array signals or short reads2012
- 著者名/発表者名
  Kawaguchi, S., Iida, K., Harada, E., Hanada, K., Matsui, A., Okamoto, M., Shinozaki, K., Seki, M. and Toyoda, T.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 28 ページ: 929-937
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570056
[雑誌論文] Surveillance of 3' non-coding transcripts requires FIERY1 and XRN3 in Arabidopsis2012
- 著者名/発表者名
  Kurihara, Y., Schmitz, R. J., Nery, J. R., Schultz, M. D., Okubo-Kurihara, E., Morosawa, T., Tanaka, M., Toyoda, T., Seki, M. and Ecker, J. R.
- 巻
  G3 2
- ページ
  487-498
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570056
[雑誌論文] ARTADE2DB : Improved Statistical Inferences for Arabidopsis Gene Functions and Structure Predictions by Dynamic-Structure-Based Dynamic Expression(DSDE) Analyses2011
- 著者名/発表者名
  Iida, K., Kawaguchi, S., Kobayashi, N., Yoshida, Y., Ishii, M., Harada, E., Hanada, K., Matsui, A., Okamoto, M., Seki, M. and Toyoda, T.
- 雑誌名
  
  Plant Cell Physiol
  
  巻: 52 ページ: 254-264
- NAID
  10029708540
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570056
[雑誌論文] The RIKEN integrated database of mammals2010
- 著者名/発表者名
  Masuya H., Wakana S., Toyoda T
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research 38(20)
  
  ページ: 1-10
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20300148
[雑誌論文] Quantitative analysis of heterogeneous spatial distribution of Arabidopsis leaf trichomes using micro X-ray computed tomography2008
- 著者名/発表者名
  Kaminuma E, Yoshizumi T, Wada T, Matsui M, Toyoda T.
- 雑誌名
  
  The Plant Journal 56
  
  ページ: 470-482
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18700296
[学会発表] A survey and analysis of regulated alternative splicing events in Arabidopsis thaliana using genome tiling array and mRNA-seq2011
- 著者名/発表者名
  Iida, K., Kawaguchi, S., Harada, E., Matsui, A., Seki, M. and Toyoda, T.
- 学会等名
  International Plant RNA Workshop 2011
- 発表場所
  Yokohama
- 年月日
  2011-06-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570056
[学会発表] Novel RNA and chromatin regulation in plant abiotic stress responses2011
- 著者名/発表者名
  Matsui, A., Kim, J. M., To, K. T., Nakaminami, K., Ishida, J., Morosawa, T., Tanaka, M., Kobayashi, S., Nishioka, T., Ushifusa, C., Shinozaki, K., Toyoda, T. and Seki, M.
- 学会等名
  Abiotic Stress Workshop, Plant & Animal Genome XIX. The International Conference on the Status of Plant & Animal Genome Research
- 発表場所
  San Diego, USA
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570056
[学会発表] Biogenesis mechanism and function of stress-inducible non-coding antisense RNAs2011
- 著者名/発表者名
  Matsui, A., Ishida, J., Morosawa, T., Tanaka, M., Endo, T. A., Iida, K., Toyoda, T., Shinozaki, K. and Seki, M.
- 学会等名
  International Plant RNA Workshop 2011
- 発表場所
  Yokohama
- 年月日
  2011-06-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570056
[学会発表] Genome-wide analysis of RNA regulation in plant abiotic stress responses2010
- 著者名/発表者名
  Seki, M., Matsui A., Ishida J., Morosawa T., Iida K., Endo T., Okamoto M., Tanaka M., Kawaguchi S., Shinozaki K. and Toyoda T.
- 学会等名
  Society for Experimental Biology Annual Main Meeting 2010
- 発表場所
  Prague Czech Republic
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570056
[学会発表] Novel RNA-and chromatin remodeling-mediated regulatory mechanisms in plant abiotic stress responses2010
- 著者名/発表者名
  Matsui A., Kim J-M., To K. T., Nakaminami K., Ishida J., Morosawa T., Tanaka M., Endo T., Kawaguchi S., Iida K., Shinozaki K., Toyoda T. and Seki, M.
- 学会等名
  The 2010 Cold Spring Harbor Asia Conference on From Plant Biology to Crop Biotechnology
- 発表場所
  Suzhou, China
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570056
[学会発表] ARTADE2.0 : a mathematical integration of tiling array, CAGE and sequeince data to elucidate the transcriptional systems dynamics of Arabidopsis thaliana2009
- 著者名/発表者名
  Kawaguchi S., Hanada K., Iida K., Mochizuki Y., Matsui A., Okamoto M., Seki M., Shinozaki K. and Toyoda T.
- 学会等名
  20th International Conference on Arabidopsis Research
- 発表場所
  Edinburgh, Scotlant UK
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570056
[学会発表] Novel RNA-and chromatin remodeling-mediated regulatory mechanisms in plant abiotic stress resonses2009
- 著者名/発表者名
  Matsui A., Kim J-M., Ishida J., Morosawa T., Endo T., Okamoto M., Kurihara K., Nakaminami K., Tanaka M., To T., Nambara E., Hanada K., Mochizuki Y., Kawaguchi S., Toyoda T., Shinozak K. and Seki M.
- 学会等名
  9th IPMB Congress
- 発表場所
  St. Louis, Missouri, USA
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570056
[学会発表] Novel RNA-and chromatin remodelingmediated regulatory mechanisms in plant abiotic stress resonses2009
- 著者名/発表者名
  Matsui A., Kim J-M., Ishida J., Morosawa T., Okamoto M., Kim T., Nambara E., Mochizuki Y., Kawaguchi S., Toyoda T., Shinozak K. and Seki M.
- 学会等名
  20th International Conference on Arabidopsis Research
- 発表場所
  Edinburgh, Scotlant UK
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570056
[学会発表] Multiple alternative splicing events in individual transcripts ; analyses using full-length cDNAs and tiling arrays2009
- 著者名/発表者名
  Iida K., Kawaguchi S., Nanada K., Fukami-Kobayashi K., Toyoda A., Sakaki Y., Kobayashi M., Seki M., Shinozaki K. and Toyoda T.
- 学会等名
  20th International Conference on Arabidopsis Research
- 発表場所
  Edinburgh, Scotlant UK
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21570056
[学会発表] シロイヌナズナのオミックス総合データベース2009
- 著者名/発表者名
  豊田哲郎, 神沼英里
- 学会等名
  第50回日本植物生理学会年会シンポジウム
- 発表場所
  名古屋
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18700296
[学会発表] シロイヌナズナLucTagラインを用いた遺伝子発現定量解析2008
- 著者名/発表者名
  神沼英里, 吉積毅, 栗山朋子, 越智子, 武藤周, 松井南, 豊田哲郎
- 学会等名
  人工知能学会第36回分子生物情報研究会(SIG-MBI)
- 発表場所
  横浜
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18700296
[学会発表] シロイヌナズナLucTagラインを用いた遺伝子発現定量解析2008
- 著者名/発表者名
  神沼英里, 吉積毅, 栗山朋子, 越智子, 武藤周, 豊田哲郎, 松井南
- 学会等名
  人工知能学会第36回分子生物情報研究会(SIG-MBI)
- 発表場所
  理化学研究所横浜研究所中央研究棟2階
- 年月日
  2008-01-11
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18700296
[学会発表] 植物形状Template modelを用いたLucTagラインの時空間遺伝子発現定量解析2008
- 著者名/発表者名
  神沼英里, 吉積毅, 栗山朋子, 越智子, 武藤周, 松井南, 豊田哲郎
- 学会等名
  第72回日本植物学会大会シンポジウム「バイオイメージングと画像情報処理が拓くもの」
- 発表場所
  高知
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18700296
[学会発表] デジタルwhole mount in situ hybridizationに向けたシロイヌナズナLucTagラインの遺伝子発現時系列画像の定量化2008
- 著者名/発表者名
  神沼英里, 吉積毅, 栗山朋子, 越智子, 武藤周, 豊田哲郎, 松井南
- 学会等名
  植物生理学会第49回年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター
- 年月日
  2008-03-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18700296
[学会発表] デジタルwhole mount in situ hybridizationに向けたシロイヌナズナLucTagラインの遺伝子発現時系列画像の定量化2008
- 著者名/発表者名
  神沼英里, 吉積毅, 栗山朋子, 越智子, 武藤周, 松井南, 豊田哲郎
- 学会等名
  第49回日本植物生理学会年会
- 発表場所
  札幌
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18700296
[学会発表] 植物形状Template Model を用いたLucTag Lineの時空間遺伝子発現定量解析2008
- 著者名/発表者名
  神沼英里, 吉積毅, 栗山朋子, 越智子, 武藤周, 松井南, 豊田哲郎,
- 学会等名
  植物学会第72回大会シンポジウム
- 発表場所
  高知大学
- 年月日
  2008-09-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18700296

1. 神沼英里 (90314559)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
2. 松井南 (80190396)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 7件
3. 吉積毅 (80342872)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 7件
4. 若菜茂晴 (90192434)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
5. 桝屋啓志 (40321814)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
6. 小倉淳郎 (20194524)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 宮川剛 (10301780)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 中潟直己 (30159058)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 古瀬民生 (60392106)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 金田秀貴 (00214479)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 小出剛 (20221955)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 関原明 (80281624)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 13件
13. 松井章浩 (90443027)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 11件
14. 山本英里

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 8件

豊田 哲郎 TOYODA Tetsuro

研究課題

研究成果

共同研究者

センス鎖遺伝子と共発現するストレス応答性の非翻訳型アンチセンスRNAの解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

マウス表現型解析基盤情報共有データベースの開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

変異体スクリーニングのためのシロイヌナズナ野生型3次元標準形状モデルの作成

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] Arabidopsis tiling array analysis to identify the stress-responsive genes. In "Methods in Molecular Biology-Plant Stress Tolerance(Edited by Dr. Ramanjulu Sunkar)"2010

著者名/発表者名

出版者

データソース

[雑誌論文] Positional correlation analysis improves reconstruction of full-length transcript and alternative isoform from noisy array signals or short reads2012

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Surveillance of 3' non-coding transcripts requires FIERY1 and XRN3 in Arabidopsis2012

著者名/発表者名

巻

ページ

データソース

[雑誌論文] ARTADE2DB : Improved Statistical Inferences for Arabidopsis Gene Functions and Structure Predictions by Dynamic-Structure-Based Dynamic Expression(DSDE) Analyses2011

著者名/発表者名

雑誌名

NAID

データソース

[雑誌論文] The RIKEN integrated database of mammals2010

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Quantitative analysis of heterogeneous spatial distribution of Arabidopsis leaf trichomes using micro X-ray computed tomography2008

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[学会発表] A survey and analysis of regulated alternative splicing events in Arabidopsis thaliana using genome tiling array and mRNA-seq2011

著者名/発表者名

学会等名

発表場所

年月日

データソース

[学会発表] Novel RNA and chromatin regulation in plant abiotic stress responses2011

著者名/発表者名

学会等名

発表場所

データソース

[学会発表] Biogenesis mechanism and function of stress-inducible non-coding antisense RNAs2011

著者名/発表者名

学会等名

発表場所

年月日

データソース

[学会発表] Genome-wide analysis of RNA regulation in plant abiotic stress responses2010

著者名/発表者名

学会等名

発表場所

データソース

[学会発表] Novel RNA-and chromatin remodeling-mediated regulatory mechanisms in plant abiotic stress responses2010

著者名/発表者名

学会等名

発表場所

データソース

[学会発表] ARTADE2.0 : a mathematical integration of tiling array, CAGE and sequeince data to elucidate the transcriptional systems dynamics of Arabidopsis thaliana2009

著者名/発表者名

学会等名

発表場所

データソース

豊田哲郎 TOYODA Tetsuro