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佐藤 健吾  SATO KENGO

研究者番号 20365472
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0001-6744-7390
所属 (現在) 2025年度: 東京科学大学, 生命理工学院, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2025年度: 東京科学大学, 生命理工学院, 教授
2021年度 – 2024年度: 東京電機大学, システム デザイン 工学部, 教授
2016年度 – 2021年度: 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 講師
2010年度 – 2015年度: 慶應義塾大学, 理工学部, 講師
2011年度: 慶應義塾大学, 理工学部, 専任講師
2004年度 – 2006年度: 慶應義塾大学, 理工学部, 助手
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 中区分62:応用情報学およびその関連分野 / 生命・健康・医療情報学 / 生体生命情報学
研究代表者以外
生体生命情報学 / 中区分62:応用情報学およびその関連分野 / 理工系 / システムゲノム科学
キーワード
研究代表者
バイオインフォマティクス / RNA二次構造 / 深層学習 / RNA修飾 / ナノポアシークエンサー / RNA配列設計 / 深層強化学習 / 敵対的生成ネットワーク / ゲノム合成 / NGSデータ … もっと見る / 機械学習 / RNA二次構造予測 / マルチプルアラインメント / 整数計画法 / 双対分解 / 期待精度最大化 / 構造アラインメント / 一塩基多型 … もっと見る
研究代表者以外
バイオインフォマティクス / 翻訳効率 / 配列設計 / RNA修飾塩基 / 相互作用 / 化合物フィンガープリント / 人工知能 / バーチャルスクリーニング / マルチオミックス / 深層学習 / ケミカルスペース / EGFR / chromatin immunoprecipitation / promoter sequence / hidden Markov model / transcriptional regulation / transcription biding site / ゲルシフトアッセイ / 転写因子結合部位 / 分子細胞生物学 / レポーターアッセイ / 決定木 / モチーフ変異体 / クラスタリング / 主成分分析 / 血小板由来増殖因子 / クロマチン免疫沈降 / プロモーター / 隠れマルコフモデル / 転写制御 / 転写結合モチーフ / マウス / 腫瘍 / 次世代シークエンサー / 遺伝子発現解析 / 非コードRNA / 発がん / RNA-RNA相互作用 / 確率モデル / マイクロRNA / snoRNA / RNA / 機能性RNA 隠す
  • 研究課題

    (12件)
  • 研究成果

    (110件)
  • 共同研究者

    (17人)
  •  ハイスループット構造データを活用した深層学習による階層型RNA立体構造予測研究代表者

    • 研究代表者
      佐藤 健吾
    • 研究期間 (年度)
      2025 – 2028
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 審査区分
      中区分62:応用情報学およびその関連分野
    • 研究機関
      東京科学大学
  •  化学修飾を含むmRNA配列設計の基盤技術

    • 研究代表者
      浅井 潔
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 審査区分
      中区分62:応用情報学およびその関連分野
    • 研究機関
      東京大学
  •  修飾塩基を含むRNAの二次構造解析技術の確立研究代表者

    • 研究代表者
      佐藤 健吾
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
    • 研究機関
      東京電機大学
  •  GenomeGAN: 敵対的生成ネットワークによるインシリコゲノム合成研究代表者

    • 研究代表者
      佐藤 健吾
    • 研究期間 (年度)
      2019 – 2021
    • 研究種目
      挑戦的研究(萌芽)
    • 審査区分
      中区分62:応用情報学およびその関連分野
    • 研究機関
      慶應義塾大学
  •  ナノポアシークエンサーを用いたRNA二次構造決定法の開発研究代表者

    • 研究代表者
      佐藤 健吾
    • 研究期間 (年度)
      2019 – 2021
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
    • 研究機関
      東京電機大学
      慶應義塾大学
  •  人工知能を用いた化学コミュニケーション空間の多様性と共通性の解明

    • 研究代表者
      榊原 康文
    • 研究期間 (年度)
      2017 – 2021
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      理工系
    • 研究機関
      慶應義塾大学
  •  次世代シークエンシングデータを利用した機械学習によるRNA二次構造予測の高精度化研究代表者

    • 研究代表者
      佐藤 健吾
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2019
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      慶應義塾大学
  •  高次構造を考慮した超高速RNA構造アラインメント研究代表者

    • 研究代表者
      佐藤 健吾
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2016
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      慶應義塾大学
  •  発がんゲノムにおける非コードRNAの網羅的機能解析

    • 研究代表者
      榊原 康文
    • 研究期間 (年度)
      2011 – 2014
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 研究分野
      システムゲノム科学
    • 研究機関
      慶應義塾大学
  •  マイクロRNAおよびsnoRNAとその標的の網羅的予測

    • 研究代表者
      浅井 潔
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2012
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      東京大学
  •  RNA二次構造を考慮したSNP解析研究代表者

    • 研究代表者
      佐藤 健吾
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2011
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      慶應義塾大学
  •  転写制御プログラムのシステム的解析

    • 研究代表者
      榊原 康文
    • 研究期間 (年度)
      2004 – 2006
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      慶應義塾大学

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すべて 雑誌論文 学会発表

  • [雑誌論文] Recent trends in RNA informatics: a review of machine learning and deep learning for RNA secondary structure prediction and RNA drug discovery2023

    • 著者名/発表者名
      Sato Kengo、Hamada Michiaki
    • 雑誌名

      Briefings in Bioinformatics

      巻: 24 号: 4

    • DOI

      10.1093/bib/bbad186

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K24944, KAKENHI-PROJECT-22H04925
  • [雑誌論文] RNA Secondary Structure Prediction Based on Energy Models2023

    • 著者名/発表者名
      Akiyama Manato、Sato Kengo
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2586 ページ: 89-105

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2768-6_6

    • ISBN
      9781071627679, 9781071627686
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K24944
  • [雑誌論文] Direct Inference of Base-Pairing Probabilities with Neural Networks Improves Prediction of RNA Secondary Structures with Pseudoknots2022

    • 著者名/発表者名
      Akiyama Manato、Sakakibara Yasubumi、Sato Kengo
    • 雑誌名

      Genes

      巻: 13 号: 11 ページ: 2155-2155

    • DOI

      10.3390/genes13112155

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H04210, KAKENHI-PROJECT-23K24944
  • [雑誌論文] A Web Server for Designing Molecular Switches Composed of Two Interacting RNAs2021

    • 著者名/発表者名
      Taneda Akito、Sato Kengo
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 22 号: 5 ページ: 2720-2720

    • DOI

      10.3390/ijms22052720

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K11519, KAKENHI-PROJECT-19K22897, KAKENHI-PROJECT-19H04210
  • [雑誌論文] RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration2021

    • 著者名/発表者名
      Sato Kengo、Akiyama Manato、Sakakibara Yasubumi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 941-941

    • DOI

      10.1038/s41467-021-21194-4

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22897, KAKENHI-PROJECT-18J21767, KAKENHI-PROJECT-19H04210
  • [雑誌論文] Machine-Learning-Guided Library Design Cycle for Directed Evolution of Enzymes: The Effects of Training Data Composition on Sequence Space Exploration2021

    • 著者名/発表者名
      Saito Yutaka、Oikawa Misaki、Sato Takumi、Nakazawa Hikaru、Ito Tomoyuki、Kameda Tomoshi、Tsuda Koji、Umetsu Mitsuo
    • 雑誌名

      ACS Catalysis

      巻: 11 号: 23 ページ: 14615-14624

    • DOI

      10.1021/acscatal.1c03753

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20409, KAKENHI-PLANNED-17H06410
  • [雑誌論文] A Max-Margin Model for Predicting Residue-Base Contacts in Protein-RNA Interactions2021

    • 著者名/発表者名
      Kashiwagi Shunya、Sato Kengo、Sakakibara Yasubumi
    • 雑誌名

      Life

      巻: 11 号: 11 ページ: 1135-1135

    • DOI

      10.3390/life11111135

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22897, KAKENHI-PLANNED-17H06410, KAKENHI-PROJECT-19H04210
  • [雑誌論文] Prediction of RNA secondary structure including pseudoknots for long sequences2021

    • 著者名/発表者名
      Sato Kengo、Kato Yuki
    • 雑誌名

      Briefings in Bioinformatics

      巻: 23 号: 1

    • DOI

      10.1093/bib/bbab395

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22897, KAKENHI-PLANNED-17H06410, KAKENHI-PROJECT-19H04210
  • [雑誌論文] An improved de novo genome assembly of the common marmoset genome yields improved contiguity and increased mapping rates of sequence data2020

    • 著者名/発表者名
      Jayakumar Vasanthan、Ishii Hiromi、Seki Misato、Kumita Wakako、Inoue Takashi、Hase Sumitaka、Sato Kengo、Okano Hideyuki、Sasaki Erika、Sakakibara Yasubumi
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 21 号: S3 ページ: 243-243

    • DOI

      10.1186/s12864-020-6657-2

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22897, KAKENHI-PROJECT-16K00404, KAKENHI-PROJECT-19K06462, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PLANNED-17H06410, KAKENHI-PROJECT-18H04127, KAKENHI-PROJECT-19H04210
  • [雑誌論文] Convolutional neural network based on SMILES representation of compounds for detecting chemical motif2018

    • 著者名/発表者名
      Hirohara Maya、Saito Yutaka、Koda Yuki、Sato Kengo、Sakakibara Yasubumi
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 19 号: S19 ページ: 526-526

    • DOI

      10.1186/s12859-018-2523-5

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00404, KAKENHI-PLANNED-17H06410
  • [雑誌論文] A max-margin training of RNA secondary structure prediction integrated with the thermodynamic model2018

    • 著者名/発表者名
      Akiyama Manato、Sato Kengo、Sakakibara Yasubumi
    • 雑誌名

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: 16 号: 06 ページ: 1840025-1840025

    • DOI

      10.1142/s0219720018400255

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00404, KAKENHI-PLANNED-17H06410, KAKENHI-PROJECT-18H04127, KAKENHI-PROJECT-18J21767
  • [雑誌論文] 医師国家試験自動解答プログラムの処方薬問題への拡張2018

    • 著者名/発表者名
      Mizuguchi Tatsuya、Ito Shino、Sato Kengo、Sakakibara Yasubumi
    • 雑誌名

      人工知能学会論文誌

      巻: 33 号: 6 ページ: E-I58_1-10

    • DOI

      10.1527/tjsai.E-I58

    • ISSN
      1346-0714, 1346-8030
    • 年月日
      2018-11-01
    • 言語
      日本語
    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00404
  • [雑誌論文] DEclust: A statistical approach for obtaining differential expression profiles of multiple conditions.2017

    • 著者名/発表者名
      Aoto Y, Hachiya T, Okumura K, Hase S, Sato K, Wakabayashi Y, and Sakakibara Y.
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 12 (11) 号: 11 ページ: e0188285-e0188285

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0188285

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K06817, KAKENHI-PROJECT-15K08438, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PLANNED-17H06410
  • [雑誌論文] An accessibility-incorporated method for accurate prediction of RNA-RNA interactions from sequence data2017

    • 著者名/発表者名
      Y. Kato, T. Mori, K. Sato, S. Maegawa, H. Hosokawa, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 33 号: 2 ページ: 202-209

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btw603

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-25330348, KAKENHI-PROJECT-15K00401
  • [雑誌論文] SHARAKU: An algorithm for aligning and clustering read mapping profiles of deep sequencing in non-coding RNA processing2016

    • 著者名/発表者名
      Tsuchiya, M., Amano, K., Abe, M., Seki, M., Hase, S., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 32

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330348
  • [雑誌論文] Prediction of Gene Structures from RNA-seq Data Using Dual Decomposition2016

    • 著者名/発表者名
      Inatsuki, T, Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics

      巻: 9 号: 0 ページ: 1-6

    • DOI

      10.2197/ipsjtbio.9.1

    • NAID

      130005139841

    • ISSN
      1882-6679
    • 言語
      英語
    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330348
  • [雑誌論文] Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences2016

    • 著者名/発表者名
      Hamada Michiaki, Ono Yukiteru, Kiryu Hisanori, Sato Kengo, Kato Yuki, Fukunaga Tsukasa, Mori Ryota, Asai Kiyosh
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 44 号: W1 ページ: W302-W307

    • DOI

      10.1093/nar/gkw337

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13J06668, KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-25240044, KAKENHI-PROJECT-25330348, KAKENHI-PROJECT-25870190, KAKENHI-PROJECT-15K00401, KAKENHI-PROJECT-16H06279
  • [雑誌論文] A machine learning based approach to de novo sequencing of glycans from tandem mass spectrometry spectrum2015

    • 著者名/発表者名
      Kumozaki, S., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform

      巻: 印刷中

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23241066
  • [雑誌論文] Whole-genome sequencing and comparative genome analysis of Bacillus subtilis strains isolated from non-salted fermented soybean foods2015

    • 著者名/発表者名
      Kamada, M., Hase, S., Fujii, K., Miyake, M., Sato, K., Kimura, K., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 10 号: 10 ページ: e0141369-e0141369

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0141369

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330348
  • [雑誌論文] MetaVelvet-SL: An extension of the Velvet assembler to a de novo metagenomic assembler utilizing supervised learning2015

    • 著者名/発表者名
      Afiahayati, Sato, K., and Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      DNA Research

      巻: 22 号: 1 ページ: 69-77

    • DOI

      10.1093/dnares/dsu041

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23241066, KAKENHI-PROJECT-25330348, KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] A machine learning based approach to de novo sequencing of glycans from tandem mass spectrometry spectrum2015

    • 著者名/発表者名
      Kumozaki, S., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computatinal Biology and Bioinformatics

      巻: 12

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330348
  • [雑誌論文] Resequencing of the common marmoset genome improves genome assemblies and gene-coding sequence analysis2015

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Kuroki, Y., Kumita, W., Fujiyama, A., Toyoda, A., Kawai, J., Iriki, A., Sasaki, E., Okano, H., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 5 号: 1 ページ: 16894-16894

    • DOI

      10.1038/srep16894

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330348, KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] Whole genome complete resequencing of Bacillus subtilis natto by combining long reads with high-quality short reads2014

    • 著者名/発表者名
      Kamada, M., Hase, S., Sato, K., Toyoda, A., Fujiyama, A., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 9 号: 10 ページ: e109999-e109999

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0109999

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23241066, KAKENHI-PROJECT-25330348, KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] An extended genovo metagenomic assembler by incorporating paired-end information2013

    • 著者名/発表者名
      Afiahayati, Sato K., Sakakibara Y.
    • 雑誌名

      PeerJ

      巻: 1 ページ: e196-e196

    • DOI

      10.7717/peerj.196

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23241066, KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] Independent genetic control of early and late stages of chemically induced skin tumors in a cross of a Japanese wild derived inbred mouse strain, MSM/Ms2012

    • 著者名/発表者名
      Okumura K, Sato M, Ikuo M, Wakana S, Mao JH, Miyasaka Y, Kominami R, and Wakabayashi Y.
    • 雑誌名

      Carcinogenesis

      巻: 33 号: 11 ページ: 2260-2268

    • DOI

      10.1093/carcin/bgs250

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23241066, KAKENHI-PROJECT-23310036, KAKENHI-PROJECT-23590454, KAKENHI-PROJECT-23790435
  • [雑誌論文] Rtips : fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2012

    • 著者名/発表者名
      Yuki Kato, Kengo Sato, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 40 号: W1 ページ: W29-W34

    • DOI

      10.1093/nar/gks412

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-23650153, KAKENHI-PROJECT-24700296
  • [雑誌論文] An efficient algorithm for de novo predictions of biochemical pathways between chemical compounds2012

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, M., Hachiya, T., Saito, Y., Sato, K., and Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 13 号: S17

    • DOI

      10.1186/1471-2105-13-s17-s8

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23241066, KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] COPICAT : A software system for predicting interactions between proteins and chemical compounds2012

    • 著者名/発表者名
      Sakakibara, Y., Hachiya, T., Uchida, M., Nagamine, N., Sugawara, Y., Yokota, M., Nakamura, M., Poperdorf, K., Komori, T., Sato, K.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: vol.28, no.5 ページ: 745-756

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] Rtips : fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2012

    • 著者名/発表者名
      Kato, Y., Sato, K., Asai, K., Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: (in press)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] DAFS: simultaneous aligning and folding of RNA sequences via dual decomposition2012

    • 著者名/発表者名
      Kengo Sato, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai, Yasubumi Sakakibara
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 28 号: 24 ページ: 3218-3224

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/bts612

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-23241066, KAKENHI-PROJECT-23650153, KAKENHI-PROJECT-24700296, KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] Improved measurements of RNA structure conservation with generalized centroid estimators2011

    • 著者名/発表者名
      Okada, Y., Saito, Y., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      Front. Gene

      巻: 2 ページ: 54-54

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] Adaptive seeds tame genomic sequence comparison2011

    • 著者名/発表者名
      Kielbasa, SM., Wan, R., Sato, K., Horton, P., Frith, MC
    • 雑誌名

      Genome Res

      巻: vol.21, no.3 ページ: 487-493

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] CentroidHomfold-LAST : accurateprediction of RNA secondary structure using automatically collected homologous sequences2011

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada, Koichiro Yamada, Kengo Sato, Martin C Frith, Kiyoshi Asai
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 39

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240031
  • [雑誌論文] Improved measurements of RNA structure conservation with generalized centroid estimators2011

    • 著者名/発表者名
      Yohei Okada
    • 雑誌名

      Frontiers in Genetics

      巻: 2 ページ: 54-54

    • DOI

      10.3389/fgene.2011.00054

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305, KAKENHI-PROJECT-23241066
  • [雑誌論文] CentroidHomfold-LAST : accurate prediction of RNA secondary structure using automatically collected homologous sequences2011

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada, Koichiro Yamada, Kengo Sato, Martin C Frith, Kiyoshi Asai
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 39 号: suppl_2 ページ: W100-W106

    • DOI

      10.1093/nar/gkr290

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] Fast and accurate clustering of noncoding RNAs using ensembles of sequence alignments and secondary structures2011

    • 著者名/発表者名
      Saito, Y., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 12(Suppl 1)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] CentroidHomfold-LAST : Accurate prediction of RNA secondary structure using automatically collected homologous sequences2011

    • 著者名/発表者名
      Hamada, M., Yamada, K., Sato, K., Frith, MC., Asai, K.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: vol.39

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] Using binding profiles to predict binding sites of target RNAs2011

    • 著者名/発表者名
      Poolsap, U., Kato, Y., Sato, K., Akutsu, T.
    • 雑誌名

      J. Bioinform. Comput. Biol

      巻: vol.9, no.6 ページ: 697-713

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] Improving the accuracy of predicting secondary structure for aligned RNA sequences2011

    • 著者名/発表者名
      Hamada, M., Sato, K., Asai, K.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: vol.39, no.2 ページ: 393-402

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] IPknot : fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming2011

    • 著者名/発表者名
      K.Sato, Y.Kato, M.Hamada, T.Akutsu, K.Asai
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 27 号: 13 ページ: i85-i93

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btr215

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-22700305, KAKENHI-PROJECT-22700313, KAKENHI-PROJECT-23650153
  • [雑誌論文] IPknot : fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming2011

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Kato, Y., Hamada, M., Akutsu, T., Asai, K.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: vol.27, no.13

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] Improving the accuracy of predicting secondary structure for aligned RNA sequences2011

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada, Kengo Sato, Kiyoshi Asai
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 39 号: 2 ページ: 393-402

    • DOI

      10.1093/nar/gkq792

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240031
  • [雑誌論文] Robust and accurate prediction of noncoding RNAs from aligned sequences2010

    • 著者名/発表者名
      Saito, Y., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 11(Suppl 7)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] A non-parametric Bayesian approach for predicting RNA secondary structures2010

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Hamada, M., Mituyama, T., Asai, K., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      J. Bioinform. Comput. Biol

      巻: vol.8, no.4 ページ: 727-742

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] Prediction of RNA secondary structure by maximizing pseudo-expected accuracy2010

    • 著者名/発表者名
      Hamada, M., Sato, K., Asai, K.
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 11 ページ: 586-586

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] A non-parametric Bayesian approach for predicting RNA secondary structures2010

    • 著者名/発表者名
      Kengo Sato
    • 雑誌名

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: 8 ページ: 727-742

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] Prediction of RNA secondary structure by maximizing pseudo-expected accuracy2010

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada, Kengo Sato, Kiyoshi Asai
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 11 号: 1 ページ: 586-586

    • DOI

      10.1186/1471-2105-11-586

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240031
  • [雑誌論文] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2010

    • 著者名/発表者名
      Yuki Kato, Kengo Sato
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 26

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] A non-parametric Bayesian approach for predicting RNA secondary structures2010

    • 著者名/発表者名
      Kengo Sato, Michiaki Hamada, Toutai Mituyama, Kiyoshi Asai, Yasufumi Sakakibara
    • 雑誌名

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: 8 号: 04 ページ: 727-742

    • DOI

      10.1142/s0219720010004926

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240031
  • [雑誌論文] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2010

    • 著者名/発表者名
      Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 26 号: 18 ページ: i460-i466

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btq372

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240031
  • [雑誌論文] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2010

    • 著者名/発表者名
      Kato, Y., Sato, K., Hamada, M., Watanabe, Y., Asai, K., Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: vol.26, no.18

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [雑誌論文] Stem Kernels for RNA Sequence Analyses2007

    • 著者名/発表者名
      Sakakibara, Y., Asai, K., Sato, K.
    • 雑誌名

      Proc. 1st International Conference on Bioinformatics Research and Development

      ページ: 278-291

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300095
  • [雑誌論文] Stem Kernels for RNA Sequence Analyze2007

    • 著者名/発表者名
      Sakakibara, Y., Asai, K., Sato, K.
    • 雑誌名

      Proc. 1st International Conference on Bioinformatics Research And Development

      ページ: 278-291

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300095
  • [雑誌論文] RNA secondary structural alignment with conditional random fields2005

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21(2)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300095
  • [雑誌論文] RNA secondary structural alignment with conditional random fields2005

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21・2

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300095
  • [雑誌論文] Pair Stochastic Tree Adjoining Grammars for Aligning and Predicting Pseudoknot RNA Structures2004

    • 著者名/発表者名
      H.Matsui, K.Sato, Y.Sakakibara
    • 雑誌名

      Proceedings of 3rd Computational Systems Bioinformatics Conference (CSB2004)

      ページ: 290-299

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300095
  • [学会発表] 拡散モデルによるRNAアプタマー配列の設計2024

    • 著者名/発表者名
      松本英倫、佐藤健吾
    • 学会等名
      情報処理学会第77回バイオ情報学研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K24944
  • [学会発表] 深層学習によるRNA二次構造予測法MXfold2の精度改善2023

    • 著者名/発表者名
      佐藤健吾
    • 学会等名
      情報処理学会第75回バイオ情報学研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K24944
  • [学会発表] MXfold2: 深層学習を用いたRNA二次構造予測2021

    • 著者名/発表者名
      佐藤健吾,秋山真那斗,榊原康文
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22897
  • [学会発表] Prediction of RNA secondary structure including pseudoknots for long sequences2021

    • 著者名/発表者名
      Kengo Sato, Yuki Kato
    • 学会等名
      情報処理学会第68回バイオ研究発表会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22897
  • [学会発表] RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration2021

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Akiyama, M., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      RNA meeting 2021
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22897
  • [学会発表] RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration2021

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Akiyama, M., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      Noncoding RNAs: Biology and Applications, Keystone Symposia
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22897
  • [学会発表] RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration,2021

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Akiyama, M., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      第10回生命医薬情報学連合大会,日本バイオインフォマティクス学会2021年年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22897
  • [学会発表] プライバシー保護技術を用いた遺伝子発現差異解析2021

    • 著者名/発表者名
      Kawaguchi, K., Sakakibara, Y., Sato, K.
    • 学会等名
      第10回生命医薬情報学連合大会,日本バイオインフォマティクス学会2021年年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22897
  • [学会発表] RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration2021

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Akiyama, M., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      The 29th Intelligent Systems for Molecular Biology and the 20th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2021)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22897
  • [学会発表] Deep learning-based prediction of potential RNA G-quadruplexes with D-Quartet2021

    • 著者名/発表者名
      Kato, Y., Sato, K., Havgaard, JH., Kawahara, Y.
    • 学会等名
      The 29th Intelligent Systems for Molecular Biology and the 20th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2021)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22897
  • [学会発表] 深層強化学習を用いた二次構造に基づくRNA配列の設計2020

    • 著者名/発表者名
      Yuki Hotta, Yasubumi Sakakibara and Kengo Sato
    • 学会等名
      第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H04210
  • [学会発表] A max-margin training of RNA secondary structure prediction integrated with the thermodynamic model2020

    • 著者名/発表者名
      Akiyama, M., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      Noncoding RNAs: Mechanism,Function and Therapies, Keystone Symposia
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H04210
  • [学会発表] A max-margin training of RNA secondary structure prediction integrated with the thermodynamic model2020

    • 著者名/発表者名
      Akiyama, M., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      Noncoding RNAs: Mechanism,Function and Therapies, Keystone Symposia
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00404
  • [学会発表] A max-margin training of RNA secondary structure prediction integrated with the thermodynamic model2020

    • 著者名/発表者名
      Akiyama, M., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      Noncoding RNAs: Mechanism,Function and Therapies, Keystone Symposia
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22897
  • [学会発表] 深層強化学習を用いた二次構造に基づくRNA配列の設計2020

    • 著者名/発表者名
      Yuki Hotta, Yasubumi Sakakibara and Kengo Sato
    • 学会等名
      第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22897
  • [学会発表] A max-margin training of RNA secondary structure prediction integrated with the thermodynamic model2019

    • 著者名/発表者名
      Akiyama, M., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      RNA Informatics
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22897
  • [学会発表] A max-margin training of RNA secondary structure prediction integrated with the thermodynamic model2019

    • 著者名/発表者名
      Akiyama, M., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      RNA Informatics
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00404
  • [学会発表] A max-margin training of RNA secondary structure prediction integrated with the thermodynamic model2019

    • 著者名/発表者名
      Akiyama, M., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      RNA Informatics
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H04210
  • [学会発表] 深層学習に基づくRNAグアニン4重鎖構造識別法の検討2018

    • 著者名/発表者名
      加藤有己,佐藤健吾,Jakob Hull Havgaard,河原行郎
    • 学会等名
      第20回日本RNA学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00404
  • [学会発表] 機械学習を用いたRNA二次構造予測2018

    • 著者名/発表者名
      佐藤健吾
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会九州地域部会セミナー
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00404
  • [学会発表] Convolutional neural network based on SMILES representation of compounds for detecting chemical motif2018

    • 著者名/発表者名
      Maya Hirohara, Yutaka Saito, Yuki Koda, Kengo Sato, Yasubumi Sakakibara
    • 学会等名
      The 29th International Conference on Genome Informatics (GIW 2018)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06410
  • [学会発表] 機械学習を用いたRNA二次構造予測2018

    • 著者名/発表者名
      佐藤健吾
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会九州地域部会セミナー
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06410
  • [学会発表] がん細胞株における derived RNA のプロファイル解析2017

    • 著者名/発表者名
      青木言太,土谷麻里子,小坂威雄,長谷純崇,佐藤健吾,水野隆一,大家基嗣,榊原康文
    • 学会等名
      第19回日本RNA学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00404
  • [学会発表] RNA secondary structure prediction using deep learning2017

    • 著者名/発表者名
      Akiyama, M., Sakakibara, Y., Sato, K.
    • 学会等名
      第6回生命医薬情報学連合大会,日本バイオインフォマティクス学会2017年年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00404
  • [学会発表] 深層学習によるRNA二次構造予測2017

    • 著者名/発表者名
      秋山真那斗,榊原康文,佐藤健吾
    • 学会等名
      第19回日本RNA学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00404
  • [学会発表] Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences2016

    • 著者名/発表者名
      Hamada, M., Ono, Y., Kiryu, H., Sato, K., Kato, Y., Fukunaga, T., Mori, R., Asai, K.
    • 学会等名
      The 21st Annual meeting of the RNA Society (RNA2016)
    • 発表場所
      京都国際会館(京都府・京都市)
    • 年月日
      2016-06-28
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330348
  • [学会発表] Accurate prediction of RNA-RNA interactions from sequence data incorporating interaction site accessibility2016

    • 著者名/発表者名
      Kato, Y., Mori, T., Sato, K., Maegawa, S., Hosokawa, H., Akutsu, T.
    • 学会等名
      The 21st Annual meeting of the RNA Society (RNA2016)
    • 発表場所
      京都国際会館(京都府・京都市)
    • 年月日
      2016-06-28
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330348
  • [学会発表] Inverse folding of two interacting RNA molecules2016

    • 著者名/発表者名
      Taneda, A., Sato, K.
    • 学会等名
      第5回生命医薬情報学連合大会,日本バイオインフォ マティクス学会2016年年会
    • 発表場所
      東京国際交流館プラザ平成(東京都・江東区)
    • 年月日
      2016-09-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00404
  • [学会発表] Improving RNA secondary structure prediction with weak label learning from NGS data2016

    • 著者名/発表者名
      Akiyama, M., Sakakibara, Y., Sato, K.
    • 学会等名
      第5回生命医薬情報学連合大会,日本バイオインフォ マティクス学会2016年年会
    • 発表場所
      東京国際交流館プラザ平成(東京都・江東区)
    • 年月日
      2016-09-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00404
  • [学会発表] 統計的検定結果に基づく高精度クラスタリングアルゴリズムの開発2015

    • 著者名/発表者名
      青戸良賢,八谷剛史,奥村和弘, 長谷純崇,佐藤健吾,若林雄一,榊原康文
    • 学会等名
      情報処理学会第43回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      慶應義塾大学(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2015-09-12
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330348
  • [学会発表] 双対分解によるマルチプルアラインメント2015

    • 著者名/発表者名
      穴水拓郎,榊原康文,佐藤健吾
    • 学会等名
      情報処理学会第43回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      慶應義塾大学(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2015-09-12
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330348
  • [学会発表] Prediction of gene structures from RNA-seq data using dual decomposition2015

    • 著者名/発表者名
      Inatsuki, T, Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      情報処理学会第42回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      沖縄先端科学技術大学院大学(沖縄県恩納村)
    • 年月日
      2015-06-02
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330348
  • [学会発表] A max-margin model for predicting residue-base contacts in protein-RNA interactions2015

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Kashiwagi, S., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      GIW/InCoB 2015
    • 発表場所
      科学未来館(東京都江東区)
    • 年月日
      2015-09-09
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330348
  • [学会発表] 機械学習を用いたタンパク質とRNAのコンタクト予測2014

    • 著者名/発表者名
      佐藤健吾,柏木駿也,榊原康文
    • 学会等名
      第3回生命医薬情報学連合大会,日本バイオインフォマティクス学会2014年年会
    • 発表場所
      仙台国際センター(宮城県・仙台市)
    • 年月日
      2014-10-03
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23241066
  • [学会発表] デジタルクラスタリングを用いた発がん過程の経時的トランスクリプトーム解析2013

    • 著者名/発表者名
      6) 青戸良賢,八谷剛史,奥村和弘,長谷純崇,佐藤健吾,若林雄一,榊原康文
    • 学会等名
      情報処理学会第33回バイオ情報学研究発表会
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23241066
  • [学会発表] 双対分解によるRNA構造アラインメント2012

    • 著者名/発表者名
      佐藤健吾, 加藤有己, 浅井潔, 阿久津達也, 榊原康文
    • 学会等名
      第28回情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2012-03-28
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] 双対分解によるRNA構造アラインメント2012

    • 著者名/発表者名
      佐藤健吾
    • 学会等名
      第28回情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      東北大学
    • 年月日
      2012-03-28
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] Rtips : an integrated web server for RNA structure prediction using IP scheme2011

    • 著者名/発表者名
      佐藤健吾
    • 学会等名
      新しいRNA/RNPを見つける会2011
    • 発表場所
      フェストーネ(沖縄)
    • 年月日
      2011-09-16
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] Comprehensive analysis of small non-coding RNAs in medaka transcriptome by deep RNA-seq approach2011

    • 著者名/発表者名
      9) Abe, M., Hase, S., Ogawa, M., Okada, Y., Sato, K., Saito, Y., and Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      RNA 2011 Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society,
    • 発表場所
      Kyoto, Japan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23241066
  • [学会発表] Simultaneous aligning and folding RNA sequences by dual decomposition2011

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Kato, Y., Akutsu, T., Asai, K., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      CBI/JSBi 2011合同大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2011-11-10
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] Comprehensive analysis of small non-coding RNAs in medaka transcriptome by deep RNA-seq approach2011

    • 著者名/発表者名
      Abe, M., Hase, S., Ogawa, M., Okada, Y., Sato, K., Saito, Y., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      The 16th Annual Meeting of the RNA society
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2011-06-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] Fast and accurate clustering of noncoding RNAs using ensembles of sequence alignments and secondary structures2011

    • 著者名/発表者名
      Saito, Y., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      The 9th Asia Pacific Bioinformatics Conference(APBC 2011)
    • 発表場所
      インチョン
    • 年月日
      2011-01-14
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] Rtips : fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2011

    • 著者名/発表者名
      佐藤健吾
    • 学会等名
      第34回分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2011-12-14
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] Simultaneous aligning and folding RNA sequences by dual decomposition2011

    • 著者名/発表者名
      Kengo Sato
    • 学会等名
      CBI/JSBi 2011合同大会
    • 発表場所
      神戸国際会議場
    • 年月日
      2011-11-10
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] Rtips : fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2011

    • 著者名/発表者名
      佐藤健吾, 加藤有己, 浅井潔, 阿久津達也
    • 学会等名
      第34回分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2011-12-14
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] IPknot : fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming2011

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Kato, Y., Hamada, M., Akutsu, T., Asai, K.
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2011
    • 発表場所
      ウィーン
    • 年月日
      2011-07-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] 期待精度最大化に基づくRNAシュードノット予測2010

    • 著者名/発表者名
      佐藤健吾, 加藤有己, 阿久津達也, 浅井潔
    • 学会等名
      第22回情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2010-07-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2010

    • 著者名/発表者名
      Kato, Y., Sato, K., Hamada, M., Watanabe, Y., Asai, K., Akutsu, T.
    • 学会等名
      The 9th European Conference on Computational Biology(ECCB 2010)
    • 発表場所
      ゲント
    • 年月日
      2010-09-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] Improved prediction of transcription binding sites from chromatin modification data2010

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Whitington, T., Bailey, T., Horton, P.
    • 学会等名
      The 2010 IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology(CIBCB 2010)
    • 発表場所
      モントリオール
    • 年月日
      2010-05-05
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] RNA-RNA interaction prediction using integer programming with threshold cut2010

    • 著者名/発表者名
      加藤有己, 佐藤健吾, 浜田道昭, 浅井潔, 阿久津達也
    • 学会等名
      第21回情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      那覇
    • 年月日
      2010-06-19
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] Robust and accurate prediction of noncoding RNAs from aligned sequences2010

    • 著者名/発表者名
      Saito, Y., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      The International Conference on Bioinformatics(InCoB 2010)
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2010-09-26
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] Fast and accurate RNA structure prediction tools : RactIP for RNA-RNA interaction and IPknot for RNA pseudoknot structure prediction2010

    • 著者名/発表者名
      佐藤健吾
    • 学会等名
      新しいRNA/RNPを見つける会2010
    • 発表場所
      弘前大学
    • 年月日
      2010-09-06
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700305
  • [学会発表] 機械学習を用いたタンパク質とRNAのコンタクト予測

    • 著者名/発表者名
      佐藤健吾,柏木駿也,榊原康文
    • 学会等名
      第3回生命医薬情報学連合大会,日本バイオインフォマティクス学会2014年年会
    • 発表場所
      仙台国際センター(宮城県・仙台市)
    • 年月日
      2014-10-02 – 2014-10-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330348
  • [学会発表] 機械学習を用いたタンパク質とRNAのコンタクト予測

    • 著者名/発表者名
      佐藤健吾,柏木駿也,榊原康文
    • 学会等名
      第16回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      ウィンクあいち(愛知県・名古屋市)
    • 年月日
      2014-07-23 – 2014-07-25
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330348
  • 1.  榊原 康文 (10287427)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 15件
  • 2.  浅井 潔 (30356357)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 7件
  • 3.  加藤 有己 (10511280)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  河原 行郎 (80542563)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 5.  木立 尚孝 (80415778)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 6.  廣瀬 哲郎 (30273220)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 7.  若林 雄一 (40303119)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 8.  井本 正哉 (60213253)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 9.  柚木 克之 (70433745)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 10.  齋藤 裕 (60721496)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 11.  上田 宏生 (70821916)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 12.  阿部 洋 (80415067)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 13.  奥村 和弘
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 14.  細川 浩
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 15.  前川 真吾
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 16.  種田 晃人
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 17.  阿久津 達也
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 3件

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