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内古閑 伸之  Uchikoga Nobuyuki

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 20397483
その他のID
所属 (現在) 2025年度: 明治大学, 総合数理学部, 特任准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2018年度: 明治大学, 総合数理学部, 助教
2017年度: 東京工業大学, 情報生命博士教育院, 特任助教
2015年度 – 2017年度: 中央大学, 理工学部, 助教
審査区分/研究分野
研究代表者
生命・健康・医療情報学
研究代表者以外
生命・健康・医療情報学
キーワード
研究代表者
相互作用ネットワーク / プロファイル / タンパク質間相互作用 / 生体生命情報学 / 網羅的ドッキング / 相互作用プロファイル / タンパク質間相互作用ネットワーク予測
研究代表者以外
並列計算 / タンパク質間相互作用ネットワーク / タンパク質ドッキング / タンパク質間相互作用
  • 研究課題

    (2件)
  • 研究成果

    (32件)
  • 共同研究者

    (7人)
  •  網羅的ドッキングを用いた熱帯病関連タンパク質間相互作用解析

    • 研究代表者
      松崎 由理
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      東京工業大学
  •  アミノ酸残基レベルの相互作用プロファイルを用いたタンパク質間相互作用予測法の開発研究代表者

    • 研究代表者
      内古閑 伸之
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2017
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      東京工業大学
      中央大学

すべて 2019 2018 2017 2016 2015

すべて 雑誌論文 学会発表

  • [雑誌論文] Specificity of broad protein interaction surfaces for proteins with multiple binding partners2016

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 13 号: 0 ページ: 105-115

    • DOI

      10.2142/biophysico.13.0_105

    • NAID

      130005165366

    • ISSN
      2189-4779
    • 言語
      英語
    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24240044, KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-15K00407, KAKENHI-PROJECT-16K00388, KAKENHI-PROJECT-15K16081
  • [雑誌論文] Rigid-Docking Approaches to Explore Protein-Protein Interaction Space2016

    • 著者名/発表者名
      Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
    • 雑誌名

      Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology

      巻: ー ページ: 1-23

    • DOI

      10.1007/10_2016_41

    • ISBN
      9783319564593, 9783319564609
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24240044, KAKENHI-PROJECT-15K00407, KAKENHI-PROJECT-16K00388, KAKENHI-PROJECT-15K16081, KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-17H01814
  • [学会発表] Pattern of codon usage for chemotaxis related protein genes in E.coli and T.maritima.2019

    • 著者名/発表者名
      Serika Taga, Nobuyuki Uchikoga, Takanori Sasaki
    • 学会等名
      The 22nd International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) 2019
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00388
  • [学会発表] バクテリアが有する走化性関連遺伝子のコドン使用傾向2018

    • 著者名/発表者名
      多賀芹華、内古閑伸之、佐々木貴規
    • 学会等名
      第7回日本生物物理学会関東支部会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] Supercomputing-based exhaustive protein-protein interaction prediction and its open database.2018

    • 著者名/発表者名
      Masahito Ohue, Takanori Hayashi, Hiroki Watanabe, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Yutaka Akiyama
    • 学会等名
      第56回生物物理学会年会(岡山大学)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00388
  • [学会発表] A large decoy dataset for protein-protein docking model quality assessment.2018

    • 著者名/発表者名
      Takanori Hayashi, Masahito Ohue, Juliette Martin, Guillaume Launay, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Yutaka Akiyama
    • 学会等名
      第56回生物物理学会年会(岡山大学)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00388
  • [学会発表] Analysis of amino acid sequences of protein interaction surfaces by rigid-body docking for known and unknown protein complex pairs.2018

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki
    • 学会等名
      第56回生物物理学会年会(岡山大学)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00388
  • [学会発表] Analysis of Protein interaction surfaces using a profile method with rigid-body docking decoys.2017

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
    • 学会等名
      The 25th Conferance of ISMB/ The 16th ECCB
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] A Docking Based Approach to Analyze Interaction Surfaces of Virus-Host Protein-Protein Interactions2017

    • 著者名/発表者名
      Matsuzaki, Y., Simm, J., Uchikoga, N., and Akiyama, Y.
    • 学会等名
      Biophysical Society 61th annual meeting
    • 発表場所
      New Orleans, USA
    • 年月日
      2017-02-11
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] Interaction surfaces of proteins involved in bacterial chemotaxis with rigid-body docking decoys.2017

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
    • 学会等名
      Biophysical Society 61st Annual Meeting
    • 発表場所
      New Orleans, USA
    • 年月日
      2017-02-11
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00388
  • [学会発表] A docking based approach to analyze interaction surfaces of protein-protein Interactions.2017

    • 著者名/発表者名
      Yuri Matsuzaki, Jaak Simm, Nobuyuki Uchikoga
    • 学会等名
      The 25th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2017)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00388
  • [学会発表] Protein interaction surfaces of protein-protein interaction networks in bacterial chemotaxis networks using profile methods.2017

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
    • 学会等名
      The 55th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan (2017)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00388
  • [学会発表] Interaction Surfaces of Proteins Involved in Bacterial Chemotaxis with Rigid-Body Docking Decoys2017

    • 著者名/発表者名
      Uchikoga, N., Matsuzaki, Y., Ohue, M., and Akiyama, Y.
    • 学会等名
      Biophysical Society 61th annual meeting
    • 発表場所
      New Orleans, USA
    • 年月日
      2017-02-11
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] Protein interaction surfaces of protein-protein interaction networks in bacterial chemotaxis networks using profile methods2017

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
    • 学会等名
      The 55th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] A docking based approach to analyze interactin surfaces of virus-host protein-protein interactions.2017

    • 著者名/発表者名
      Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Jaak Simm, Yutaka Akiyama
    • 学会等名
      Biophysical Society 61st Annual Meeting
    • 発表場所
      New Orleans, USA
    • 年月日
      2017-02-11
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00388
  • [学会発表] A Docking Based Approach to Analyze Interaction Surfaces of Protein-protein Interactions2017

    • 著者名/発表者名
      Yuri Matsuzaki, Jaak Simm, Nobuyuki Uchikoga
    • 学会等名
      The 25th Conferance of ISMB/ The 16th ECCB
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] Re-Docking by Analyzing the Profile of Protein-Protein Interaction2017

    • 著者名/発表者名
      Amano, Y., Nemoto. W., and Uchikoga, N.
    • 学会等名
      Biophysical Society 61th annual meeting
    • 発表場所
      New Orleans, USA
    • 年月日
      2017-02-11
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] Analysis for protein-protein interaction surfaces : exploring docking space and biological protein networks.2017

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Uchikoga
    • 学会等名
      4th IIT Madras - Tokyo Tech Joint Symposium on Frontiers in Bioinformatics
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] Analysis of protein interaction surfaces using a profile method with rigid-body docking decoys.2017

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
    • 学会等名
      The 25th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2017)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00388
  • [学会発表] Re-docking by analyzing the profile of protein-protein interaction2016

    • 著者名/発表者名
      Amano, Y., Nemoto, W., and Uchikoga, N.
    • 学会等名
      CBI学会2016年大会
    • 発表場所
      東京(タワーポート船堀)
    • 年月日
      2016-10-25
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] Biophysical views of protein interaction surfaces2016

    • 著者名/発表者名
      Uchikoga N
    • 学会等名
      Recent advancements in chemoinformatics & structural informatics
    • 発表場所
      埼玉(東京電機大学 鳩山キャンパス)
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] MEGADOCK 4.0: an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers2016

    • 著者名/発表者名
      Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
    • 学会等名
      Biophysical Society 60th Annual Meeting
    • 発表場所
      ロサンゼルスコンベンションセンター,カリフォルニア州,アメリカ
    • 年月日
      2016-03-01
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] Protein-protein interaction network prediction by using rigid-body docking.2016

    • 著者名/発表者名
      Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Jaak Simm
    • 学会等名
      17th International Conference on Systems Biology (ICSB2016)
    • 発表場所
      Bercelona, Spain
    • 年月日
      2016-09-16
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00388
  • [学会発表] Profile analysis of protien interaction surface with rigid-body docking decoys2016

    • 著者名/発表者名
      Uchikoga N
    • 学会等名
      The 54th annual meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      茨城(つくば国際会議場)
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] Profile analysis of protein interaction surface with rigid-body docking decoys.2016

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Uchikoga
    • 学会等名
      The 54th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan (Symposium 2SEA: Applications of protein structure data for understanding biological phenomenon)
    • 発表場所
      茨城県
    • 年月日
      2016-11-25
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00388
  • [学会発表] Analysis of Physico-Chemical Properties of Protein Docking Decoys Generated by Rigid-Body Docking2016

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
    • 学会等名
      Biophysical Society 60th Annual Meeting
    • 発表場所
      ロサンゼルスコンベンションセンター,カリフォルニア州,アメリカ
    • 年月日
      2016-03-01
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] MEGADOCK: A high-performance protein-protein interaction prediction software for petascale super-computing environments.2015

    • 著者名/発表者名
      Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
    • 学会等名
      Supercomputational Life Science 2015 (SCLS2015)
    • 発表場所
      東京大学,文京区,東京都
    • 年月日
      2015-10-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] タンパク質間相互作用残基の物理化学的性質による単純化プロファイルを用いたポストドッキング解析2015

    • 著者名/発表者名
      大上雅史,内古閑伸之,松崎由理,秋山泰
    • 学会等名
      第15回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      あわぎんホール,徳島市,徳島県
    • 年月日
      2015-06-24
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] アミノ酸プロファイルによるタンパク質ペプチド複合体のポストドッキング解析2015

    • 著者名/発表者名
      大上雅史, 内古閑伸之,松崎由理,秋山泰
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学,金沢市,石川県
    • 年月日
      2015-09-14
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] 剛体アンサンブルドッキングによって得られた候補構造群における相互作用残基ペアの特徴の解析2015

    • 著者名/発表者名
      内古閑伸之,松崎由理,大上雅史, 秋山泰
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学,金沢市,石川県
    • 年月日
      2015-09-14
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] MEGADOCK: A high-performance protein-protein interaction prediction software for petascale supercomputing environments2015

    • 著者名/発表者名
      Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
    • 学会等名
      3rd IIT Madras - Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics
    • 発表場所
      インド工科大学マドラス校,チェンナイ,インド
    • 年月日
      2015-11-05
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • [学会発表] Analysis of protein docking decoys in terms of physicochemical properties of protein surfaces using rigid-body docking process2015

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
    • 学会等名
      3rd IIT Madras - Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics
    • 発表場所
      インド工科大学マドラス校,チェンナイ,インド
    • 年月日
      2015-11-05
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00407
  • 1.  松崎 由理 (30572888)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 22件
  • 2.  大上 雅史 (50743209)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 11件
  • 3.  黒川 裕美子 (10381633)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  Simm Jaak
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 5.  Martin Juliette
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 6.  Launey Guillaume
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 7.  秋山 泰
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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