寺田智樹 Terada Tomoki

研究者番号	20420367
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 名古屋大学, 工学研究科, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2019年度 – 2025年度: 名古屋大学, 工学研究科, 准教授 2014年度: 名古屋大学, 大学院工学研究科, 准教授 2007年度: 名古屋大学, 大学院・工学研究科, 講師 2006年度: 名古屋大学, 大学院工学研究科, 講師
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43040:生物物理学関連 / 生物物理学研究代表者以外生物物理・化学物理 / 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野 / 遺伝・ゲノム動態 / 理工系
キーワード	研究代表者アロステリック転移 / エネルギーランドスケープ理論 / ランドスケープ描像 / 分子動力学計算 / 粗視化モデル / タンパク質の構造転移 / システム生物学 / 概日リズム / 統計力学 / ナノバイオ / 分子モーター / 蛋白質 / 生物物理 … もっと見る研究代表者以外 … もっと見る国際情報交換アメリカ / 遺伝子ネットワーク / クロマチンドメイン / 相分離 / ゲノム立体構造 / トランジェントアッセイ / レポーターアッセイ / 時計遺伝子 / 生物リズム（概日リズム） / 生物時計（概日時計） / 基部植物 / 概日時計 / 概日リズム / リン酸リレー / 遺伝子破壊 / ヒメツリガネゴケ / 進化 / 生物リズム / 生物時計 / ゲノムMD / 遺伝子制御ネットワーク / 非断熱揺らぎ / クロマチン構造 / 遺伝子制御ネットワーク理論 / 遺伝子スイッチの非断熱揺らぎ / ゲノム分子動力学 / 国際情報交流アメリカ / 揺らぎ / ES細胞 / 統計力学 / 分子モーター / ナノバイオ / 蛋白質 / 生物物理隠す

ゲノム動態の原理とDNA機能
- 研究代表者
  
  笹井理生
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2026
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
- 研究機関
  京都大学
大域的ランドスケープ計算によるタンパク質の構造転移の確率的描像研究代表者
- 研究代表者
  
  寺田智樹
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  名古屋大学
真核細胞の遺伝子スイッチの揺らぎと制御の理論
- 研究代表者
  
  笹井理生
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2014
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  生物物理・化学物理
- 研究機関
  名古屋大学
分子ネットワーク比較に基づく植物生物時計機構の理解
- 研究代表者
  
  青木摂之
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2014
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  遺伝・ゲノム動態
- 研究機関
  名古屋大学
ＥＳ細胞における動的遷移と統計物理
- 研究代表者
  
  笹井理生
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2014
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  生物物理・化学物理
- 研究機関
  名古屋大学
蛋白質の柔らかいダイナミクスの分子論
- 研究代表者
  
  笹井理生
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2007
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  名古屋大学
タンパク質の分子内・分子間コミュニケーションによる構造転移の基礎理論研究代表者
- 研究代表者
  
  寺田智樹
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2007
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  名古屋大学

すべて 2022 2021 2020 2019 2014 2013 2012 2007 その他

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] 生体分子のつくるシステム　｢ゲノム系計算科学（計算科学講座第7巻）｣2013
- 著者名/発表者名
  笹井理生、寺田智樹
- 総ページ数
  27
- 出版者
  共立出版
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23654147
[図書] 生体分子のつくるシステム｢ゲノム系計算科学（計算科学講座第7巻）｣2013
- 著者名/発表者名
  笹井理生、寺田智樹
- 総ページ数
  27
- 出版者
  共立出版
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24244068
[雑誌論文] Landscape-Based View on the Stepping Movement of Myosin VI2022
- 著者名/発表者名
  Terada Tomoki P.、Nie Qing-Miao、Sasai Masaki
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 126 号: 38 ページ: 7262-7270
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.2c03694
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21H00248, KAKENHI-PROJECT-22H00406
[雑誌論文] Folding pathway of a multidomain protein depends on its topology of domain connectivity2014
- 著者名/発表者名
  Takashi Inanami, Tomoki P. Terada, and Masaki Sasai
- 雑誌名
  
  Proc. Natl. Acad. Sci. USA
  
  巻: 111 号: 45 ページ: 15969-15974
- DOI
  10.1073/pnas.1406244111
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23654147, KAKENHI-PROJECT-24244068, KAKENHI-PUBLICLY-26102520
[雑誌論文] Conformational flexibility of loops of myosin enhances global bias in the actin-myosin interaction landscape2014
- 著者名/発表者名
  Qing-Miao Nie, Masaki Sasai, and Tomoki P. Terada
- 雑誌名
  
  Phys. Chem. Chem. Phys.
  
  巻: 16 号: 14 ページ: 6441-6447
- DOI
  10.1039/c3cp54464h
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24244068
[雑誌論文] Coupling of Lever Arm Swing and Biased Brownian Motion in Actomyosin2014
- 著者名/発表者名
  Nie, QM., Togashi, A., Sasaki, TN., Takano, M., Sasai, M., Terada, TP
- 雑誌名
  
  PLoS Comput Biol
  
  巻: 10 号: 4 ページ: e1003552-e1003552
- DOI
  10.1371/journal.pcbi.1003552
- NAID
  120005476003
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21113006, KAKENHI-PUBLICLY-23118716, KAKENHI-PROJECT-23654147, KAKENHI-PROJECT-24244068, KAKENHI-PUBLICLY-26102520
[雑誌論文] Time scales in epigenetic dynamics and phenotypic heterogeneity of embryonic stem cells2013
- 著者名/発表者名
  Masaki Sasai, Yudai Kawabata, Koh Makishi, Kazuhito Itoh, and Tomoki P. Terada
- 雑誌名
  
  PLoS Comp. Biol.
  
  巻: 9 号: 12 ページ: e1003380-e1003380
- DOI
  10.1371/journal.pcbi.1003380
- NAID
  120005476001
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23654147, KAKENHI-PROJECT-24244068
[雑誌論文] Entropic mechanism of allosteric communication in conformational transitions of dihydrofolate reductase2013
- 著者名/発表者名
  Tomoki P. Terada, Toru Kimura, and Masaki Sasai
- 雑誌名
  
  J. Phys. Chem. B
  
  巻: 117 号: 42 ページ: 12864-12877
- DOI
  10.1021/jp402071m
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24244068
[雑誌論文] Dynamical modeling of 3D genome organization in interphase budding yeast2012
- 著者名/発表者名
  N. Tokuda, T. P. Terada, and M. Sasai
- 雑誌名
  
  Biophys. J.
  
  巻: Vol.102, No.2 号: 2 ページ: 296-304
- DOI
  10.1016/j.bpj.2011.12.005
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20244068, KAKENHI-PROJECT-23654147
[学会発表] Free energy landscape analysis of conformational transition of NtrC by chameleon model2021
- 著者名/発表者名
  永田大晴, 笹井理生, 寺田智樹
- 学会等名
  第59回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06597
[学会発表] カメレオンモデルによるアデニル酸キナーゼの構造転移の研究2021
- 著者名/発表者名
  吉田樹生, 笹井理生, 寺田智樹
- 学会等名
  第59回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06597
[学会発表] Conformational transition of NtrC elucidated by the improvement of dihedral angle potential in chameleon model2020
- 著者名/発表者名
  Taisei Nagata, Masaki Sasai, Tomoki P. Terada
- 学会等名
  第５８回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06597
[学会発表] Conformational transition of adenylate kinase studied with the improved chameleon model2019
- 著者名/発表者名
  Ryota Mori, Masaki Sasai, Tomoki P. Terada
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06597
[学会発表] A chameleon Go model study of the allosteric communication in adenylate kinase2007
- 著者名/発表者名
  山下貴弘, 笹井理生, 寺田智樹
- 学会等名
  第45回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18031017
[学会発表] ミオシン滑り運動とカメレオンGoモデル2007
- 著者名/発表者名
  寺田智樹
- 学会等名
  次世代生命体統合・分子スケール秋のミニ集会
- 発表場所
  旅荘茶谷(京都市左京区大原)
- 年月日
  2007-11-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18770128
[学会発表] アクチンフィラメント上のミオシン頭部のバイアス運動への疎水および静電相互作用の寄与2007
- 著者名/発表者名
  寺田智樹, 笹井理生
- 学会等名
  第45回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18031017
[学会発表] ミオシン滑り運動とカメレオンGoモデル2007
- 著者名/発表者名
  寺田智樹
- 学会等名
  次世代生命体統合, 分子スケール秋のミニ集会
- 発表場所
  京都市左京区大原
- 年月日
  2007-11-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18031017
[学会発表] アデニル酸キナーゼにおけるアロステリックコミュニケーションのカメレオンGoモデルによる研究2007
- 著者名/発表者名
  山下貴弘, 笹井理生, 寺田智樹
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(横浜市西区みなとみらい)
- 年月日
  2007-12-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18770128
[学会発表] Dynamical energy landscape view of actomyosin motors
- 著者名/発表者名
  Masaki Sasai, Qing-Miao Nie, and Tomoki P. Terada
- 学会等名
  The 7th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences
- 発表場所
  Seoul
- 年月日
  2014-11-26 – 2014-11-28
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24244068
[学会発表] Dynamical energy landscape view of actomyosin motors
- 著者名/発表者名
  Masaki Sasai, Qing-Miao Nie, and Tomoki P. Terada
- 学会等名
  The 7th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences
- 発表場所
  Seoul
- 年月日
  2014-11-26 – 2014-11-28
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23654147

1. 笹井理生 (30178628)

共同の研究課題数: 4件

共同の研究成果数: 12件
2. 千見寺浄慈 (10420366)

共同の研究課題数: 4件

共同の研究成果数: 0件
3. WANG Jin

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
4. 青木摂之 (30283469)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 山篠貴史 (00314005)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 北山陽子 (20444367)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 高野光則

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

寺田 智樹 Terada Tomoki

研究課題

研究成果

共同研究者

ゲノム動態の原理とDNA機能

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

大域的ランドスケープ計算によるタンパク質の構造転移の確率的描像研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

真核細胞の遺伝子スイッチの揺らぎと制御の理論

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

分子ネットワーク比較に基づく植物生物時計機構の理解

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ＥＳ細胞における動的遷移と統計物理

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

蛋白質の柔らかいダイナミクスの分子論

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質の分子内・分子間コミュニケーションによる構造転移の基礎理論研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] 生体分子のつくるシステム ｢ゲノム系計算科学（計算科学講座第7巻）｣2013

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[図書] 生体分子のつくるシステム ｢ゲノム系計算科学（計算科学講座第7巻）｣2013

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[雑誌論文] Landscape-Based View on the Stepping Movement of Myosin VI2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Folding pathway of a multidomain protein depends on its topology of domain connectivity2014

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Conformational flexibility of loops of myosin enhances global bias in the actin-myosin interaction landscape2014

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Coupling of Lever Arm Swing and Biased Brownian Motion in Actomyosin2014

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Time scales in epigenetic dynamics and phenotypic heterogeneity of embryonic stem cells2013

著者名/発表者名

雑誌名

寺田智樹 Terada Tomoki

[図書] 生体分子のつくるシステム　｢ゲノム系計算科学（計算科学講座第7巻）｣2013

[図書] 生体分子のつくるシステム｢ゲノム系計算科学（計算科学講座第7巻）｣2013