宮下尚之 Miyashita Naoyuki

研究者番号	20452162
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 近畿大学, 生物理工学部, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2015年度 – 2023年度: 近畿大学, 生物理工学部, 准教授 2013年度 – 2014年度: 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, 研究員 2012年度: 独立行政法人理化学研究所, 分子機能シミュレーション研究チーム, 研究員
審査区分/研究分野	研究代表者生命・健康・医療情報学 / 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生体生命情報学研究代表者以外小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 小区分54030:感染症内科学関連
キーワード	研究代表者 APP / アルツハイマー病 / 膜タンパク質 / 分子動力学シミュレーション / レプリカ交換分子動力学法 / アミロイド前駆体タンパク質 / 構造予測 / α切断酵素 / β切断酵素 / REMD … もっと見る / コレステロール / 粗視化モデル / ラフト / タンパク質構造モデリング / 立体構造予測 / アルツハイマー病メカニズム / 切断酵素 / 相互作用計算 / 分子シミュレーション / ベータ切断酵素 / 膜貫通部位 / 粗視化モデルシミュレーション / 相互作用 / 生体膜 / PSH / 結合配置予測 / レプリカ交換法 / 結合 / γ切断酵素 / replica-exchange / 混合膜 / シミュレーション / 脂質分子 / MDシミュレーション … もっと見る研究代表者以外 G-quadruplex / TBA / 非天然型DNAアプタマー / DNA・コバレント・アプタマーTBDcA / TBA/thrombin / DNA aptamer / Combinatorial Screening / TBDcA / DNA Covalent Aptamer / DNA Aptamer / 中和活性 / モノクローナル抗体 / ＭＤシミュレーション / Ｘ線結晶構造解析 / 中和抗体 / フラビウイルス隠す

フラビウイルス科の各ウイルスを厳密に区別できるモノクローナル抗体の開発
- 研究代表者
  
  加藤龍一
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分54030:感染症内科学関連
- 研究機関
  大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構
分子シミュレーションを用いたアルツハイマー病におけるAβ産生の起点機構の詳細解明研究代表者
- 研究代表者
  
  宮下尚之
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  近畿大学
血液凝固機能を阻害する非天然型DNAアプタマー薬剤の構造とヌクレアーゼ耐性機構
- 研究代表者
  
  渡辺信一
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  電気通信大学
分子シミュレーションによるアルツハイマー病初期分子機構への生体膜環境の影響解析研究代表者
- 研究代表者
  
  宮下尚之
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  近畿大学
膜タンパク質複合体予測の為の基盤ソフトウエア開発と疾患関連膜タンパク質への応用研究代表者
- 研究代表者
  
  宮下尚之
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2016
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  近畿大学
   独立行政法人理化学研究所
シミュレーションによる混合膜中の膜タンパク質間相互作用機構の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  宮下尚之
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2013
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  独立行政法人理化学研究所

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すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Mutual information analysis of the dynamic correlation between side chains in proteins2021
- 著者名/発表者名
  Miyashita Naoyuki、Yonezawa Yasushige
- 雑誌名
  
  The Journal of Chemical Physics
  
  巻: 155 号: 4 ページ: 044107-044107
- DOI
  10.1063/5.0055662
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K05620, KAKENHI-PROJECT-21K12115
[雑誌論文] On-the-fly analysis of molecular dynamics simulation trajectories of proteins using the Bayesian inference method2017
- 著者名/発表者名
  Miyashita Naoyuki、Yonezawa Yasushige
- 雑誌名
  
  The Journal of Chemical Physics
  
  巻: 147 号: 12 ページ: 124108-124108
- DOI
  10.1063/1.4997099
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421, KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21719, KAKENHI-PLANNED-26105012
[雑誌論文] Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms2016
- 著者名/発表者名
  Takaharu Mori, Naoyuki Miyashita, Wonpil Im, Michael Feig, Yuji Sugita
- 雑誌名
  
  Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes
  
  巻: in Press 号: 7 ページ: 1635-1651
- DOI
  10.1016/j.bbamem.2015.12.032
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330341, KAKENHI-PROJECT-15H05594, KAKENHI-PLANNED-26119006
[雑誌論文] REIN: Replica-Exchange INterface for Simulating Protein Dynamics and Function2015
- 著者名/発表者名
  Naoyuki Miyashita, Suyong Re, Yuji Sugita
- 雑誌名
  
  International Journal of Quantum Chemistry
  
  巻: 115 号: 5 ページ: 325-332
- DOI
  10.1002/qua.24785
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358, KAKENHI-PROJECT-26330341
[雑誌論文] Multidimensional Umbrella Sampling and Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations for Structure Prediction of Transmembrane Helix Dimers2013
- 著者名/発表者名
  Pai-Chi Li, Naoyuki Miyashita, Wonpil Im, Satoshi Ishido, Yuji Sugita
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Chemistry
  
  巻: Vol. 35, Issue 4
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] Molecular Dynamics simulation of the complex of the multiple distinctive structurral regions in the WNV envelope and humanmonoclonal antibody2024
- 著者名/発表者名
  Masahito Yoshikawa, Hideyuki Masaki, Ryuuichi Kato, Tatsuhiko Ozawa, Naoyuki Miyashita
- 学会等名
  21st IUPAB Congress 2024 (IUPAB2024)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H02971
[学会発表] AUTOMATED METHOD FOR PROPOSING MUTANT SEQUENCES IN A SMALL DOMAIN USING A PROTEIN STRUCTURE-BASED DEEP NEURAL NETWORK2024
- 著者名/発表者名
  Naoyuki Miyashita*, and Kazuya Iwano
- 学会等名
  68th Annual Meeting of the Biophysical Society
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[学会発表] Deep Neural NetworkとAlphaFold2及びMDシミュレーションを用いたタンパク質の部分配列デザインプロトコルの開発2023
- 著者名/発表者名
  岩野和哉, 中条貴裕, 塩田優真, 宮下尚之*
- 学会等名
  第37回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[学会発表] Deep Neural Networkを用いたレプリカ温度調整法の開発2023
- 著者名/発表者名
  中条貴裕,斎藤聖奈,松倉里紗,宮下尚之
- 学会等名
  日本物理学会2023年春季大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] PDBデータとDeep Neural Networkを用いたタンパク質の一部分の形状からアミノ酸配列を設計する手法の提案2023
- 著者名/発表者名
  岩野和哉, 塩田優真, 宮下尚之*
- 学会等名
  日本物理学会第78回年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[学会発表] MDシミュレーションを用いたWNVエンベロープ蛋白質部分モデルと中和ヒトモノクロナール抗体との相互作用に関する研究2023
- 著者名/発表者名
  吉川誠仁, 加藤龍一, 小澤龍彦, 正木秀幸, 宮下尚之
- 学会等名
  第29回トガ・フラビ・ペスチウイルス研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H02971
[学会発表] α切断酵素とβ切断酵素の全長構造の構造モデリングとそのダイナミクス2023
- 著者名/発表者名
  藤本凌, 齊藤聖奈,中条貴裕, 宮下尚之
- 学会等名
  日本物理学会第78回年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] MOLECULAR DYNAMICS STUDY OF THE MECHANISM OF THE CLIENT UNFOLDED PROTEIN DELIVERY FROM HSP40 TO HSP702023
- 著者名/発表者名
  Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita
- 学会等名
  Biophysical Society Annual Meeting BPS2023, San Diego (USA), 2/18-22, 2023
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[学会発表] The structure modeling of the whole sequence of α-secretase in the membrane and the dynamics.2023
- 著者名/発表者名
  藤本凌, 齊藤聖奈, 中条貴裕, 柳野賀緒梨, 宮下尚之
- 学会等名
  第２３回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] Simulation Study of the Interaction Between the Transmembrane Domain of Amyloid Precursor Protein and the Transmembrane Domains of alpha-, beta- and gamma- Secretases in the Membrane During the Early Stages of Alzheimer’s Disease.2023
- 著者名/発表者名
  N. Miyashita, K. Yanagino, C. Minami, R. Fujimoto, S. Shimogochi, R. Kiyooka
- 学会等名
  MRM2023 IUMRS-ICA2023, Advanced Material Research Grand Meeting
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] AUTOMATED METHOD FOR PROPOSING MUTANT SEQUENCES IN A SMALL DOMAIN USING A PROTEIN STRUCTURE-BASED DEEP NEURAL NETWORK2023
- 著者名/発表者名
  Naoyuki Miyashita*, and Kazuya Iwano
- 学会等名
  68th Annual Meeting of the Biophysical Society
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] HPCを用いたアルツハイマー病関連タンパク質γ切断酵素とコレステロールとの相互作用2023
- 著者名/発表者名
  南知香, 宮下尚之
- 学会等名
  超異分野学会東京大会2023
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] 共有結合型ペプチド薬剤とGST二量体との相互作用機構2023
- 著者名/発表者名
  松倉里紗, 瀧真清, 宮下尚之, 渡辺信一, Jay Yang
- 学会等名
  日本物理学会2023年春季大会, オンライン開催, 3/22-25, 2023
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[学会発表] The role of gamma-secretase and cholesterols in the molecular mechanism of A beta peptide production of the early stage of Alzheimer’s disease2023
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  第２３回日本蛋白質科学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] Morphing Method Using the Trajectories of Molecular Dynamics Simulations and Deep Neural Network and the Applications2023
- 著者名/発表者名
  Naoyuki Miyashita
- 学会等名
  The 6th International Conference on Molecular Simulation (ICMS2023)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] HSP40 binding affects the stability of HSP702022
- 著者名/発表者名
  Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会, 函館アリーナ・函館市民会館, 9/28-30, 2022
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[学会発表] Coarse-grained model Simulation study of the docking process of γ-secretase and APP/ Notch2022
- 著者名/発表者名
  Chika Minami, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] ペプチド型共有結合薬剤とGSTタンパク質との結合構造に関する分子動力学シミュレーション2022
- 著者名/発表者名
  松倉里紗, 瀧真清，宮下尚之，渡辺信一
- 学会等名
  日本物理学会2022年秋季大会，東京工業大学，9/12-15, 2022
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[学会発表] アミロイド前駆体タンパク質と Notch 受容体の膜貫通部位とγ-切断酵素との相互作用とコレステロールとの関わり2022
- 著者名/発表者名
  南知香, 松倉里紗, 宮下尚之
- 学会等名
  日本物理学会2022年秋季大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] Application of the Protein Morphing Method and the Semi-automatic Simplified Path Exploration to the Membrane Protein Dimers Dynamics2022
- 著者名/発表者名
  Ryota Kiyooka, Masaki Ottawa, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] γ切断酵素と APP の結合過程におけるコレステロールの役割2022
- 著者名/発表者名
  南知香, 松倉里紗, 宮下尚之
- 学会等名
  第36回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] Deep Neural Networkを用いたタンパク質の構造データからアミノ酸配列を提案するプログラムの開発2022
- 著者名/発表者名
  岩野和哉，清岡亮太，宮下尚之
- 学会等名
  日本物理学会2022年秋季大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] Molecular dynamics study of the interaction between a GST dimer and a novel peptidic covalent aptamer2022
- 著者名/発表者名
  Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita, Masumi Taki, Shinichi Watanabe, Jay Yang
- 学会等名
  CBI学会2022年大会, タワーホール船堀, 10/25-27, 2022
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12123
[学会発表] Deep Neural Network を用いた形からアミノ酸配列提案するプログラムの並列学習器モデルの考察2022
- 著者名/発表者名
  岩野和哉，清岡亮太，宮下尚之
- 学会等名
  第36回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] 生体膜中におけるAPPとα-/β-切断酵素との相互作用機構2021
- 著者名/発表者名
  柳野賀緒梨，大多和克紀，松倉里紗，○宮下尚之
- 学会等名
  日本物理学会第76回年次大会(2021年),
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] Interaction Between Cholesterol and Substrate Binding Sites of gamma-secretase2021
- 著者名/発表者名
  Chika Minami, Naoyuki Miyashita,
- 学会等名
  第59回日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] 粗視化モデル分子動力学シミュレーションを用いたNotchとγ切断酵素の相互作用とその結合機構2021
- 著者名/発表者名
  南知香, 宮下尚之
- 学会等名
  分子生物学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] ラフト環境下におけるγ切断酵素とそれによって切断される膜タンパク質の膜貫通部位と脂質分子の相互作用2021
- 著者名/発表者名
  南知香, 宮下尚之
- 学会等名
  第35回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] 分子シミュレーションで見るアルツハイマー病初期過程で働く膜タンパク質と脂質分子との相互作用2021
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  蛋白質研究所セミナー『生体膜上の生物化学ー解析法の進展から細胞内オルガネラのバイオロジーまでー』
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] Interaction between Amyloid precursor protein and the transmembrane region of beta-secretase and the dynamics2021
- 著者名/発表者名
  Naoyuki Miyashita, Kaori Yanagino, Lisa Matsukura, Masaki Ottawa
- 学会等名
  Pacifichem 2021
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] 粗視化モデルシミュレーションを用いた脂質分子とγ切断酵素との相互作用研究2021
- 著者名/発表者名
  Chika Minami, Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita
- 学会等名
  第23回理論化学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12115
[学会発表] STRUCTURE PREDICTION OF THE TRANSMEMBRANE REGION OF ALPHA- AND BETA- SECRETASES USING REPLICA-EXCHANGE MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS, AND THE INTERACTION BETWEEN AMYLOID PRECURSOR PROTEIN AND THEM2021
- 著者名/発表者名
  Kaori Yanagino，Naoyuki Miyashita
- 学会等名
  65th Biophysical Society Annual Meeting BPS2021
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] β切断酵素とAPPの膜貫通部位の相互作用インターフェース2020
- 著者名/発表者名
  柳野賀緒梨，宮下尚之
- 学会等名
  日本物理学会2020年秋季大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] α切断酵素の膜貫通部位の構造予測とAPPの膜貫通部位との相互作用2020
- 著者名/発表者名
  柳野賀緒梨，宮下尚之
- 学会等名
  第43回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] Structure Prediction of the transmembrane domain of alpha- and beta-secretases and the structural differences2020
- 著者名/発表者名
  Kaori Yanagino，Naoyuki Miyashita
- 学会等名
  第20回日本蛋白質科学会年会，SORA札幌コンベンションセンター
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] α切断酵素とβ切断酵素の膜貫通部位の構造予測とそのダイナミクス2020
- 著者名/発表者名
  柳野賀緒梨，宮下尚之
- 学会等名
  第34回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] コンピュータシミュレーションを用いたアルツハイマー病の初期分子機構にかかわるβ切断酵素のダイナミクス2020
- 著者名/発表者名
  柳野賀緒梨，宮下尚之
- 学会等名
  第9回超異分野本大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] Interaction Between beta-Secretase and APP in The Biological Membrane, and The Structure Prediction of The TM domain of alpha-Secretase.2020
- 著者名/発表者名
  Kaori Yanagino，Naoyuki Miyashita
- 学会等名
  第58回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] アルツハイマー病初期過程におけるβ切断酵素とAPPの相互作用機構2020
- 著者名/発表者名
  柳野賀緒梨，南知香，宮下尚之*
- 学会等名
  第75回日本物理学会（２０２０年）年次大会, 名古屋大学（名古屋）WEB開催
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] アルツハイマー病初期分子機構に関係するβ切断酵素の膜貫通部位の構造予測トラフトとの相互作用2019
- 著者名/発表者名
  柳野賀緒梨, 古江祐也, 宮下尚之*
- 学会等名
  第33回分子シミュレーション討論会, 名古屋市公会堂
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] α切断酵素とβ切断酵素の膜貫通部位の構造予測とラフト環境との相互作用2019
- 著者名/発表者名
  Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita*
- 学会等名
  第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] アルツハイマー病関連タンパク質であるβ切断酵素の構造予測と生体膜での相互作用2019
- 著者名/発表者名
  柳野賀緒梨, 宮下尚之*
- 学会等名
  近畿大学大学院サイエンスネットワーク2019第9回院生サミット, 近畿大学東大阪キャンパス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] β切断酵素の膜貫通部位の構造予測と生体膜中でのダイナミクス2019
- 著者名/発表者名
  柳野賀緒梨, 高橋良太, 古江祐也, 宮下尚之
- 学会等名
  日本物理学会第７４回年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] Structure Prediction of Transmembrane domain of beta-secretase2019
- 著者名/発表者名
  Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita*
- 学会等名
  第19回日本蛋白質科学会年会, 神戸国際会議場
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] 近畿大学生物理工学部電算機センターHPCとアルツハイマー病初期過程の分子機構2019
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  第４回近畿大学認知症 Core 研究(DoIK)シンポジウムー認知症克服に向けた工学的アプローチー
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] アルツハイマー病関連タンパク質であるβ切断酵素の膜貫通部位とラフトとの相互作用2019
- 著者名/発表者名
  柳野賀緒梨, 宮下尚之*
- 学会等名
  日本物理学会2019年秋季物理学会, 岐阜大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] Interaction between amyloid precursor protein and beta-secretase in the bio-membrane2019
- 著者名/発表者名
  Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita*
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会年会, シーガイアコンベンションセンター
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] イオンの結合によるリボスイッチSPINACHの分子ダイナミクスへの影響2018
- 著者名/発表者名
  大西庸嵩、古江祐也、宮下尚之*、白木琢磨、米澤康滋
- 学会等名
  日本物理学会第７３回年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] 機械学習を用いたテンプレートベースのタンパク質構造モデリング2018
- 著者名/発表者名
  古江祐也、宮下尚之*
- 学会等名
  日本物理学会第７３回年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] アルツハイマー病の初期機構に関わる生体分子の形と動きを分子シミュレーションで見る2018
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  FS-06フォーカストセッション「計算科学と構造生物学による神経変性疾患克服への挑戦」, CBI学会2018年大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] 薬剤の有無によるリボスイッチの構造変化2017
- 著者名/発表者名
  大西庸嵩、古江祐也、白木琢磨、米澤康滋、宮下尚之*
- 学会等名
  第31回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00421
[学会発表] 20aK-PS-52「ペプチドのリンカーによる構造揺らぎの抑制」2017
- 著者名/発表者名
  松井直人, 古江祐也, 宮下尚之, 瀧真清, 渡辺信一
- 学会等名
  日本物理学会第72回年次大会(2017年)
- 発表場所
  大阪大学（大阪府豊中市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[学会発表] アルツハイマー病の初期分子聞こうと分子シミュレーション～治療薬創薬に向けて～2017
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  第2回認知症高齢者の生活の質向上のための学際的シンポジウム
- 発表場所
  近畿大学東大阪キャンパス（大阪府東大阪市）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[学会発表] アルツハイマー病の初期分子機構　～コレステロールとアミロイド前駆体タンパク質の二量体化～2016
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  蛋白研セミナー　構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
- 発表場所
  東京大学　先端科学技術研究センター 3号館南棟　ENEOSホール（東京都目黒区）
- 年月日
  2016-03-01
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[学会発表] 生体分子シミュレーションと疾患機構～アルツハイマー病とコレステロール～2016
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  バイオメクフォーラム２１研究会第８１回研究会
- 発表場所
  大阪大学基礎工学部シグマホール（大阪府豊中市）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[学会発表] コレステロールとアミロイド前駆体タンパク質APPの相互作用(ポスター)2016
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  蛋白研セミナー　構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
- 発表場所
  東京大学　先端科学技術研究センター 3号館南棟　ENEOSホール（東京都目黒区）
- 年月日
  2016-03-01
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[学会発表] アルツハイマー病初期機構における脂質と鍵となる膜タンパク質の相互作用2016
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  蛋白研セミナー「膜タンパク質の構造ダイナミクス」
- 発表場所
  大阪大学蛋白質研究所(大阪府吹田市)
- 年月日
  2016-05-12
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[学会発表] コレステロールのアミロイド前駆体タンパク質（APP）二量体形成機構への影響2016
- 著者名/発表者名
  宮下尚之, 小串典子, 杉田有治
- 学会等名
  日本物理学会　第71回年次大会（2016年）
- 発表場所
  東北学院大学(宮城県仙台市)
- 年月日
  2016-03-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[学会発表] 生体分子シミュレーションによるアルツハイマー病の分子機構へのアプローチ --アルツハイマー病初期過程--2015
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  電気通信大学　第三回生体機能システムコース　化学＆生物学セミナー
- 発表場所
  電気通信大学（東京都調布市）/東4号館802
- 年月日
  2015-05-11
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[学会発表] アルツハイマー病の初期分子機構と分子シミュレーション2015
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  第6 回計算統計物理学研究会（年会）
- 発表場所
  名古屋大学（愛知県名古屋市）
- 年月日
  2015-11-21
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[学会発表] 脂質分子とアミロイド前駆体タンパク質（APP）との相互作用とダイナミクス2015
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  神戸大学先端融合科学シンポジウム『生体分子のダイナミクスを眺める』
- 発表場所
  神戸大学（兵庫県神戸市）/理学研究科Z201・202
- 年月日
  2015-01-19
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[学会発表] ガンやアルツハイマー病に関係する膜タンパク質の二量体構造予測とラフト環境における構造揺らぎ2015
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  ～スパコン「京」がひらく科学と社会～第2回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会
- 発表場所
  日本未来館（東京都江東区）
- 年月日
  2015-10-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[学会発表] 疾患プロセスの詳細を生体分子シミュレーションで理解する～アルツハイマー病の初期過程～2015
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  『地域・産学連携のためのライフイノベーション拠点形成』第一回成果評価会
- 発表場所
  近畿大学生物理工学部（和歌山県紀の川市）/2号館2階会議室
- 年月日
  2015-02-27
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330341
[学会発表] SIMULATION STUDY OF THE INTERACTION BETWEEN THE TRANSMEMBRANE REGION OF AMYLOID PRECURSOR PROTEIN AND LIPIDS2014
- 著者名/発表者名
  宮下尚之、小串典子、杉田有治
- 学会等名
  新学術領域研究「動的秩序と機能」第2回国際シンポジウム（国際シンポジウム）
- 発表場所
  京都　キャンパスプラザ京都
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] Simulation study of the interaction between between the transmembrane region of Amyloid precursor protein and Lipids2014
- 著者名/発表者名
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- 学会等名
  新学術領域研究「動的秩序と機能」第2回国際シンポジウム
- 発表場所
  京都キャンパスプラザ京都
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] The Simulation Study of the Interaction between Transmembrane Region of Amyloid Precursor Proteinj and Cholesterols2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之、小串典子、杉田有治
- 学会等名
  第4回AICS国際シンポジウ (国際シンポジウム)
- 発表場所
  神戸　計算科学研究機構
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] レプリカ交換分子動力学インターフェースプログラム2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之,李秀栄,杉田有治
- 学会等名
  「グランドチャレンジ・アプリケーションの研究開発」公開シンポジウム
- 発表場所
  東京大学山上会館
- 年月日
  2013-03-11
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] 混合脂質(ラフト)の膜タンパク質の構造・ダイナミクスへの影響2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- 学会等名
  平成25年度「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題中間報告会
- 発表場所
  東京タイム24ビル
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] 混合脂質膜(ラフト)の膜タンパク質の構造・ダイナミクスへの影響2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  平成24年度「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題中間報告会
- 発表場所
  東京イイノカンファレンスセンター
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] The Structure of Amyloid Precursor Protein in The Membrane and The Development of Replica-exchange Interface Program (REIN)2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之、小串典子、杉田有治
- 学会等名
  Membrane Protein Folding (Biophysical Society)
- 発表場所
  Seoul, South Korea
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] 混合脂質膜（ラフト）の膜タンパク質の構造・ダイナミクスへの影響2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  平成２４年度「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題中間報告会
- 発表場所
  東京　イイノカンフアレンスセンター
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] The Interaction Between Transmembrane Region of Amyloid Precursor Protein (APP) and Cholesterols2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之、小串典子、杉田有治
- 学会等名
  ICMS2013 (3rd International Conference on Molecular Simulation)　（国際会議）
- 発表場所
  神戸国際会議場
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] アミロイド前駆体タンパク質(APP)の膜貫通領域とコレステロールとの相互作用2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- 学会等名
  日本物理学会2013年秋季大会
- 発表場所
  徳島大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] Replica-exchange interface program: REIN2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  文部科学省委託事業「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」
- 発表場所
  東京大学武田ホール
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] The Interaction Between Transmembrane Region of Amyloid Precursor Protein (APP) and Cholesterols2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- 学会等名
  ICMS2013 (3^<rd> International Confrence on Molecular Simulation)
- 発表場所
  神戸国際会議場
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] Replica-exchange interface program : REIN2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  文部科学省委託事業「次世代生命体統合シミュレーションソフトウエア研究開発」
- 発表場所
  東京大学武田ホール
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] Replica-exchange Interface program : REIN2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之,李秀栄,杉田有治
- 学会等名
  3^<rd> AICS International Symposium-Computer and Computational Science for exascale
- 発表場所
  神戸AICS
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] Replica-exchange interface program: REIN2013
- 著者名/発表者名
  Naoyuki Miyashita, Suyong Re, Yuji Sugita
- 学会等名
  3rd AICS International Symposium -Computer and Computational Sciences for Exascale
- 発表場所
  神戸 AICS
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] アミロイド前駆体タンパク質とコレステロールとの相互作用2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- 学会等名
  日本生物物理学会第51回年会
- 発表場所
  京都国際会館
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] The Simulation Study of the Interaction between Transmembrane Region of Amyloid Precursor Protein and Choleserols2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- 学会等名
  第4回AICS国際シンポジウム
- 発表場所
  神戸計算科学研究機構(AICS)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] The Structure of Amyloid Precursor Protein In The Membrane and The Development of Replica-exchange Interface Program (REIN)2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- 学会等名
  Membrane Protein Folding (Biophysical Society)
- 発表場所
  Seoul, South Korea
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] コレステロールとAmyloid Precursor Protein (APP)の膜貫通部位との相互作用のシミュレーション研究2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之,小串典子,杉田有治
- 学会等名
  第36回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  神戸国際会議場
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] コレステロールとAmyloid Precursor Protein (APP) の膜貫通部位との相互作用のシミュレーション研究2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之、小串典子、杉田有治
- 学会等名
  第36回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  神戸国際会議場
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] 混合脂質膜（ラフト）の膜タンパク質の構造・ダイナミクスへの影響2013
- 著者名/発表者名
  宮下尚之、小串典子、杉田有治
- 学会等名
  平成25年度「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題中間報告会
- 発表場所
  東京　タイム２４ビル
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] レプリカ交換インターフェース (REIN)2012
- 著者名/発表者名
  宮下尚之, 李秀栄, 杉田有治
- 学会等名
  第26回分子シミュレーション討論会
- 発表場所
  九州大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] Replica-exchange INterface program2012
- 著者名/発表者名
  宮下尚之, 李秀栄, 杉田有治
- 学会等名
  日本物理学会 2012年秋季大会
- 発表場所
  横浜国立大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] Replica-exchange Interface Program2012
- 著者名/発表者名
  宮下尚之,李秀栄,杉田有治
- 学会等名
  日本物理学会2012年秋季大会
- 発表場所
  横浜国立大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] レプリカ交換インターフェース(REIN)2012
- 著者名/発表者名
  宮下尚之,李秀栄,杉田有治
- 学会等名
  第26回分子シミュレーション討論会
- 発表場所
  九州大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] Replica-exchange interface program (REIN)2012
- 著者名/発表者名
  宮下尚之,李秀栄,杉田有治
- 学会等名
  第50回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  名古屋大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] Replica-exchange interface program (REIN)2012
- 著者名/発表者名
  宮下尚之, 李秀栄, 杉田有治
- 学会等名
  第50 回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  名古屋大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24700299
[学会発表] APPの二量化とコレステロール
- 著者名/発表者名
  宮下尚之
- 学会等名
  バイオスーパーコンピューティング研究会冬の学校
- 発表場所
  休暇村伊良湖（愛知県田原市）/会議室
- 年月日
  2015-01-30 – 2015-01-31
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330341

1. 加藤龍一 (50240833)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
2. 渡辺信一 (60210902)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 3件
3. 小澤龍彦 (10432105)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
4. 正木秀幸 (90247982)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
5. 瀧真清 (70362952)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 3件
6. 山越智健 (30801245)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 高地達也

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 米澤康滋

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
9. 杉田有治

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
10. 李秀栄

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

宮下 尚之 Miyashita Naoyuki

研究課題

研究成果

共同研究者

フラビウイルス科の各ウイルスを厳密に区別できるモノクローナル抗体の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

分子シミュレーションを用いたアルツハイマー病におけるAβ産生の起点機構の詳細解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

血液凝固機能を阻害する非天然型DNAアプタマー薬剤の構造とヌクレアーゼ耐性機構

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

分子シミュレーションによるアルツハイマー病初期分子機構への生体膜環境の影響解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

膜タンパク質複合体予測の為の基盤ソフトウエア開発と疾患関連膜タンパク質への応用研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

シミュレーションによる混合膜中の膜タンパク質間相互作用機構の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Mutual information analysis of the dynamic correlation between side chains in proteins2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] On-the-fly analysis of molecular dynamics simulation trajectories of proteins using the Bayesian inference method2017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] REIN: Replica-Exchange INterface for Simulating Protein Dynamics and Function2015

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Multidimensional Umbrella Sampling and Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations for Structure Prediction of Transmembrane Helix Dimers2013

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[学会発表] Molecular Dynamics simulation of the complex of the multiple distinctive structurral regions in the WNV envelope and humanmonoclonal antibody2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] AUTOMATED METHOD FOR PROPOSING MUTANT SEQUENCES IN A SMALL DOMAIN USING A PROTEIN STRUCTURE-BASED DEEP NEURAL NETWORK2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Deep Neural NetworkとAlphaFold2及びMDシミュレーションを用いたタンパク質の部分配列デザインプロトコルの開発2023

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Deep Neural Networkを用いたレプリカ温度調整法の開発2023

著者名/発表者名

学会等名

データソース

宮下尚之 Miyashita Naoyuki