川路英哉 KAWAJI HIDEYA

研究者番号	20525406
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 公益財団法人東京都医学総合研究所, ゲノム医学研究センター, ゲノム医学研究センター長
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2025年度: 公益財団法人東京都医学総合研究所, ゲノム医学研究センター, ゲノム医学研究センター長 2020年度 – 2023年度: 公益財団法人東京都医学総合研究所, その他部局等, 副参事研究員 2019年度 – 2023年度: 公益財団法人東京都医学総合研究所, ゲノム医学研究センター, 副センター長 2018年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 開発ユニットリーダー 2017年度: 理化学研究所, 予防医療・診断技術開発プログラム予防医療・ゲノミクス応用開発ユニット, 開発ユニットリーダー … もっと見る 2016年度 – 2017年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 情報基盤センター, 開発ユニットリーダー 2011年度: 独立行政法人理化学研究所, 小分子RNA連携ユニット, ユニットリーダー 2010年度: 独立行政法人理化学研究所, LSA情報基盤施設, 研究員隠す
審査区分/研究分野	研究代表者生命・健康・医療情報学 / ゲノム生物学研究代表者以外小区分45010:遺伝学関連 / 小区分48040:医化学関連 / 小区分43050:ゲノム生物学関連 / 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野 / 産婦人科学
キーワード	研究代表者 transcriptome / ゲノミクス / トランスクリプトーム / 転写開始点 / プロモータ / promoter / データーベース / 次世代シーケンサ / エピゲノム / genomics … もっと見る / bioinformatics / database / epigenome / genome / データベース / バイオインフォマティクス / enahncer / nucleosome / epigenetics / enhancer / TSS / エピジェネティクス / 転写開始活性 / エンハンサー / プロモーター / 転写制御 / ncRNA / primary miRN / RNA干渉 / RNA silencing / non-coding RNA / primary miRNA / next generation sequencer / small RNA / transcriptional regulation / primary transcript / miRNA … もっと見る研究代表者以外 CAGE / デグロン / アンチクリスパー / 転写調節ネットワーク / シスエレメント / 迅速CRISPR摂動 / enhancer RNA / UGT1A1 / エンハンサーRNA / PXR / 薬剤応答性エンハンサー / レポーターアッセイ / iPS細胞 / CRISPR-Cas9 / ヒトiPS細胞 / DNAリピート / ゲノム解析 / ゲノム編集 / ゲノム医療 / 自己免疫性疾患 / 全ゲノム関連解析 / エンハンサー / 遺伝多型 / 遺伝子発現 / バイオマーカー / 個別化医療 / リンパ浮腫 / トランスクリプトーム / CAGE法 / リンパ節転移 / 子宮体癌隠す

転写調節シスエレメントが形成する動的ネットワークの解析：迅速CRISPR摂動を用いて
- 研究代表者
  
  夏目豊彰
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分45010:遺伝学関連
- 研究機関
  公益財団法人東京都医学総合研究所
網羅的 eRNA 発現解析による薬剤応答性エンハンサーの同定と機能解析
- 研究代表者
  
  齊藤紗希 (後藤紗希)
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分48040:医化学関連
- 研究機関
  公益財団法人東京都医学総合研究所
Evaluating the role of cis-regulatory tandem DNA repeats in human disease and evolution
- 研究代表者
  
  ウォルツェンクヌート
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分43050:ゲノム生物学関連
- 研究機関
  京都大学
エンハンサーの遺伝的発現制御の解明による免疫疾患解析
- 研究代表者
  
  寺尾知可史
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
ゲノムDNA転写開始活性の数理的構造を用いた制御領域リバースエンジニアリング研究代表者
- 研究代表者
  
  川路英哉
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  公益財団法人東京都医学総合研究所
   国立研究開発法人理化学研究所
多階層ゲノミクスデータ流通におけるアジア拠点の構築研究代表者
- 研究代表者
  
  川路英哉
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2017
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
CAGE法を用いた子宮体癌におけるリンパ節転移予測マーカーの同定
- 研究代表者
  
  寺尾泰久
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2017
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  産婦人科学
- 研究機関
  順天堂大学
マイクロRNAプロモータの網羅的プロファイリング研究代表者
- 研究代表者
  
  川路英哉
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2011
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  ゲノム生物学
- 研究機関
  独立行政法人理化学研究所

すべて 2023 2022 2020 2019 2018 2017 2016 2011

すべて雑誌論文学会発表産業財産権

[雑誌論文] Prediction of the cell-type-specific transcription of non-coding RNAs from genome sequences via machine learning2022
- 著者名/発表者名
  Koido Masaru、Hon Chung-Chau、Koyama Satoshi、Kawaji Hideya、Murakawa Yasuhiro、Ishigaki Kazuyoshi、Ito Kaoru、Sese Jun、Parrish Nicholas F.、Kamatani Yoichiro、Carninci Piero、Terao Chikashi
- 雑誌名
  
  Nature Biomedical Engineering
  
  巻: Online 号: 6 ページ: 830-844
- DOI
  10.1038/s41551-022-00961-8
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22KF0209, KAKENHI-PROJECT-20K15773, KAKENHI-PROJECT-21K20647, KAKENHI-PROJECT-20H00462, KAKENHI-PROJECT-23K24373
[雑誌論文] FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs2020
- 著者名/発表者名
  Abugessaisa Imad et al.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 49 号: D1 ページ: D892-D898
- DOI
  10.1093/nar/gkaa1054
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06623, KAKENHI-PROJECT-16H02902
[雑誌論文] Cap Analysis of Gene Expression (CAGE): A Quantitative and Genome-Wide Assay of Transcription Start Sites2020
- 著者名/発表者名
  Morioka Masaki Suimye、Kawaji Hideya、Nishiyori-Sueki Hiromi、Murata Mitsuyoshi、Kojima-Ishiyama Miki、Carninci Piero、Itoh Masayoshi
- 雑誌名
  
  Methods Mol Biol
  
  巻: 1 ページ: 277-301
- DOI
  10.1007/978-1-0716-0327-7_20
- ISBN
  9781071603260, 9781071603277
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02902
[雑誌論文] Update of the FANTOM web resource: expansion to provide additional transcriptome atlases2019
- 著者名/発表者名
  Lizio Marina、Abugessaisa Imad、Noguchi Shuhei、Kondo Atsushi、Hasegawa Akira、Hon Chung Chau、de Hoon Michiel、Severin Jessica、Oki Shinya、Hayashizaki Yoshihide、Carninci Piero、Kasukawa Takeya、Kawaji Hideya
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 47 号: D1 ページ: D752-D758
- DOI
  10.1093/nar/gky1099
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02902, KAKENHI-PROJECT-18KT0024
[雑誌論文] refTSS: A Reference Data Set for Human and Mouse Transcription Start Sites2019
- 著者名/発表者名
  Abugessaisa Imad、Noguchi Shuhei、Hasegawa Akira、Kondo Atsushi、Kawaji Hideya、Carninci Piero、Kasukawa Takeya
- 雑誌名
  
  Journal of Molecular Biology
  
  巻: 431 号: 13 ページ: 2407-2422
- DOI
  10.1016/j.jmb.2019.04.045
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02902
[雑誌論文] NET-CAGE characterizes the dynamics and topology of human transcribed cis-regulatory elements2019
- 著者名/発表者名
  Hirabayashi Shigeki、Bhagat Shruti、Matsuki Yu、Takegami Yujiro、Uehata Takuya、Kanemaru Ai、Itoh Masayoshi、Shirakawa Kotaro、Takaori-Kondo Akifumi、Takeuchi Osamu、Carninci Piero、Katayama Shintaro、Hayashizaki Yoshihide、Kere Juha、Kawaji Hideya、Murakawa Yasuhiro
- 雑誌名
  
  Nature Genetics
  
  巻: 51 号: 9 ページ: 1369-1379
- DOI
  10.1038/s41588-019-0485-9
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H05278, KAKENHI-PROJECT-18H03992, KAKENHI-PROJECT-16H02902, KAKENHI-PROJECT-18K15185
[雑誌論文] dirHub: a trackHub configurator with directory structure projection2018
- 著者名/発表者名
  Hideya Kawaji
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: May ページ: 4-4
- DOI
  10.1101/314807
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02902
[雑誌論文] Promoter-level transcriptome in primary lesions of endometrial cancer identified biomarkers associated with lymph node metastasis.2017
- 著者名/発表者名
  Yoshida E, Terao Y, Hayashi N, Mogushi K, Arakawa A, Tanaka Y, Ito Y, Ohmiya H, Hayashizaki Y, Takeda S, Itoh M, Kawaji H.
- 雑誌名
  
  Sci Rep
  
  巻: 7(1):14160 号: 1 ページ: 1-15
- DOI
  10.1038/s41598-017-14418-5
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K10552, KAKENHI-PROJECT-15K10732, KAKENHI-PROJECT-16K15334
[雑誌論文] Update of the FANTOM web resource: high resolution transcriptome of diverse cell types in mammals.2017
- 著者名/発表者名
  Lizio M et al.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 45 号: D1 ページ: D737-D743
- DOI
  10.1093/nar/gkw995
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02902, KAKENHI-PROJECT-16K12529
[産業財産権] 子宮体がんのリンパ節転移能の評価方法2017
- 発明者名
  寺尾泰久、吉田惠美子、竹田省、林崎良英、伊藤昌可、川路英哉
- 権利者名
  寺尾泰久、吉田惠美子、竹田省、林崎良英、伊藤昌可、川路英哉
- 産業財産権種類
  特許
- 出願年月日
  2017
- 外国
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K10732
[学会発表] ヒト肝癌細胞における薬剤誘導性エンハンサーRNAの機能解析2023
- 著者名/発表者名
  齊藤紗希, 和田涼子, 川路英哉
- 学会等名
  第46回日本分子生物学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K06396
[学会発表] Genome-wide profiling of enhancer RNA initiation events identified novel drug-responsive enhancers in human hepatocytes2023
- 著者名/発表者名
  Saki Gotoh-Saito, Ryoko Wada, Toyoaki Natsume, Hideya Kawaji
- 学会等名
  第23回シトクロムP450国際会議
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K06396
[学会発表] dirHub: a trackHub configurator with directory structure projection2018
- 著者名/発表者名
  Hideya Kawaji
- 学会等名
  Biology of Genome
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02902
[学会発表] 転写開始イベントの高精度・高解像度プロファイルが明らかにするタンパク質非コード領域とその複雑な制御2017
- 著者名/発表者名
  川路英哉
- 学会等名
  京都大学ウイルス・再生医科学研究所第3回生命情報研究会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02902
[学会発表] 国際的ゲノミクスデータ統合のアジア拠点: The Asian Mirror of the UCSC Genome Browser Database2017
- 著者名/発表者名
  川路英哉
- 学会等名
  2017年度生命科学系学会合同年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K12529
[学会発表] 転写開始イベントの高精度・高解像度プロファイルが明らかにするタンパク質非コード領域とその複雑な制御2017
- 著者名/発表者名
  川路英哉
- 学会等名
  京都大学ウイルス・再生医科学研究所第3回生命情報研究会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K12529
[学会発表] 国際的ゲノミクスデータ統合のアジア拠点: The Asian Mirror of the UCSC Genome Browser Database2017
- 著者名/発表者名
  川路英哉
- 学会等名
  トーゴーの日シンポジウム2017
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K12529
[学会発表] Identification of biomarkers to diagnose lymph node metastasis based on gene expression patterns in primary lesion of endometrial carcinoma2017
- 著者名/発表者名
  Yasuhisa Terao, Emiko Yoshida, Yosuke Ito , Kazunari Fujino, Soshi Kusunoki, Tsuyoshi Ota, Masayoshi Itoh , Hideya Kawaji, Satoru Takeda
- 学会等名
  The 20th ESGO International Meeting, 2017/11/04-07 Vienna Austria
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K10732
[学会発表] “dogma (model)” conscious and agnostic data sharing2016
- 著者名/発表者名
  Kawaji H.
- 学会等名
  Biohackathon 2016 Symposium
- 発表場所
  Yamagata, Japan
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02902
[学会発表] Precise annotation of TSS peaks uncovering complexity in state-dependent activation of transcription initiation2016
- 著者名/発表者名
  Kawaji H.
- 学会等名
  Study Sessions on Bioinformatics and Related Topics (at IFReC, Osaka Univ.)
- 発表場所
  Osaka, Japan
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02902
[学会発表] Precise annotation of TSS peaks uncovering complexity in state-dependent activation of transcription initiation2016
- 著者名/発表者名
  Kawaji H.
- 学会等名
  Genome Informatics
- 発表場所
  Cambridge, UK
- 年月日
  2016-09-19
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02902
[学会発表] 国際的ゲノミクスデータ統合のアジア拠点: The Asian Mirror of the UCSC Genome Browser Database2016
- 著者名/発表者名
  川路英哉
- 学会等名
  トーゴーの日2016
- 発表場所
  東京大学弥生講堂 (東京)
- 年月日
  2016-10-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K12529
[学会発表] 国際的ゲノミクスデータ統合のアジア拠点: The Asian Mirror of the UCSC Genome Browser Database2016
- 著者名/発表者名
  川路英哉
- 学会等名
  第39回分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜 (横浜)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K12529
[学会発表] Alternative structures of primary microRNAs revealed with high-throughput sequencing2011
- 著者名/発表者名
  Kawaji H
- 学会等名
  RNA2011
- 発表場所
  京都府京都市
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22710189
[学会発表] Alternative structures of primary miRNAs2011
- 著者名/発表者名
  川路英哉
- 学会等名
  NGS現場の会
- 発表場所
  静岡県熱海市
- 年月日
  2011-05-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22710189
[学会発表] Alternative structures of primary microRNAs revealed with high-throug hput sequencing2011
- 著者名/発表者名
  川路英哉
- 学会等名
  中央大学理工学部物理学科セミナー
- 発表場所
  東京都文京区(招待講演)
- 年月日
  2011-09-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22710189
[学会発表] 網羅的なRNAの同定、定量、ネットワーク解析における計算機解析2011
- 著者名/発表者名
  川路英哉
- 学会等名
  第14回情報論的学習理論ワークショップ
- 発表場所
  奈良県奈良市
- 年月日
  2011-11-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22710189
[学会発表] Alternative structures of primary microRNAs revealed with high-throug hput sequencing2011
- 著者名/発表者名
  川路英哉
- 学会等名
  RNA2011
- 発表場所
  京都府京都市
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22710189
[学会発表] 網羅的なRNAの同定、定量、ネットワーク解析における計算機解析2011
- 著者名/発表者名
  川路英哉
- 学会等名
  第14回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2011)
- 発表場所
  奈良県奈良市(招待講演)
- 年月日
  2011-11-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22710189
[学会発表] Alternative structures of primary microRNAs revealed with high-throughput sequencing2011
- 著者名/発表者名
  川路英哉
- 学会等名
  中央大学理工学部物理学科セミナー
- 発表場所
  東京都文京区
- 年月日
  2011-09-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22710189

1. 寺尾泰久 (00348997)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
2. 伊藤昌可 (90344027)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
3. 寺尾知可史 (60610459)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. ウォルツェンクヌート (50589489)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 向後泰司 (20462682)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 河合純 (30391923)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 鎌谷洋一郎 (00720880)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 小井土大 (40787561)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 村川泰裕 (50765469)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
10. 依馬正次 (60359578)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 井上詞貴 (60525369)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 齊藤紗希 (60756609)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 夏目豊彰 (10435513)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
14. 竹田省

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
15. 林崎良英

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
16. 茂櫛薫

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
17. 竹内理

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
18. 植畑拓也

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
19. 後藤紗希

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件

川路 英哉 KAWAJI HIDEYA

研究課題

研究成果

共同研究者

転写調節シスエレメントが形成する動的ネットワークの解析：迅速CRISPR摂動を用いて

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

網羅的 eRNA 発現解析による薬剤応答性エンハンサーの同定と機能解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

Evaluating the role of cis-regulatory tandem DNA repeats in human disease and evolution

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

エンハンサーの遺伝的発現制御の解明による免疫疾患解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ゲノムDNA転写開始活性の数理的構造を用いた制御領域リバースエンジニアリング研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

多階層ゲノミクスデータ流通におけるアジア拠点の構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

CAGE法を用いた子宮体癌におけるリンパ節転移予測マーカーの同定

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

マイクロRNAプロモータの網羅的プロファイリング研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Prediction of the cell-type-specific transcription of non-coding RNAs from genome sequences via machine learning2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Cap Analysis of Gene Expression (CAGE): A Quantitative and Genome-Wide Assay of Transcription Start Sites2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

ISBN

データソース

[雑誌論文] Update of the FANTOM web resource: expansion to provide additional transcriptome atlases2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] refTSS: A Reference Data Set for Human and Mouse Transcription Start Sites2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] NET-CAGE characterizes the dynamics and topology of human transcribed cis-regulatory elements2019

著者名/発表者名

川路英哉 KAWAJI HIDEYA

[学会発表] 転写開始イベントの高精度・高解像度プロファイルが明らかにするタンパク質非コード領域とその複雑な制御2017

[学会発表] 転写開始イベントの高精度・高解像度プロファイルが明らかにするタンパク質非コード領域とその複雑な制御2017