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横山 武司  Yokoyama Takeshi

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 20719447
その他のID
所属 (現在) 2025年度: 東北大学, 生命科学研究科, 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2019年度 – 2025年度: 東北大学, 生命科学研究科, 助教
審査区分/研究分野
研究代表者
複合領域 / 小区分54030:感染症内科学関連 / 小区分43020:構造生物化学関連
研究代表者以外
小区分38030:応用生物化学関連 / 中区分37:生体分子化学およびその関連分野 / 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野 / 小区分43020:構造生物化学関連
キーワード
研究代表者
クライオ電子顕微鏡 / リボソーム / 単粒子解析 / RNA / 薬剤耐性 / 抗菌薬 / 感染性細菌 / 生命金属 / マグネシウム / 無細胞翻訳系 … もっと見る / 超分子複合体 / 合成生物学 / 黄色ブドウ球菌 / 生命金属科学 / 高速原子間力顕微鏡 / 透過型電子顕微鏡 / ヘモリジン / 膜孔形成毒素 / RNAポリメラーゼ / 転写 / 翻訳 … もっと見る
研究代表者以外
リボソーム / クライオ電顕 / 機械学習 / リードスルー / 翻訳停滞 / 蛋白質品質管理 / メゾスケール構造体 / 分泌経路 / セクレトーム解析 / コロナウイルス / 抗ウイルス / 抗ウイルス活性 / 糖結合タンパク質 / タンパク質 / 構造解析 / RNA-タンパク質複合体 / タンパク質複合体 / RNA / 計算物理学 / 構造生物学 / 細胞分裂 / クライオ電子顕微鏡 / 質量分析計 / CryoEM / FtsZ / 分子動力学計算 / 構造プロテオミクス / 透過型電子顕微鏡 / X線結晶構造解析 隠す
  • 研究課題

    (11件)
  • 研究成果

    (29件)
  • 共同研究者

    (16人)
  •  翻訳停滞解消因子YrfHの機能・構造解析

    • 研究代表者
      栗田 大輔
    • 研究期間 (年度)
      2025 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分38030:応用生物化学関連
    • 研究機関
      弘前大学
  •  クライオ電顕と機械学習を利用した終止コドンリードスルーの機構解明

    • 研究代表者
      田中 良和
    • 研究期間 (年度)
      2025 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分38030:応用生物化学関連
    • 研究機関
      東北大学
  •  感染性細菌リボソームを舞台とした抗菌薬誘導耐性メカニズムの分子基盤研究代表者

    • 研究代表者
      横山 武司
    • 研究期間 (年度)
      2025 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分54030:感染症内科学関連
    • 研究機関
      東北大学
  •  分泌経路におけるメゾスケール構造体プロファイリングの開拓

    • 研究代表者
      奥村 正樹
    • 研究期間 (年度)
      2023 – 2025
    • 研究種目
      国際共同研究加速基金(海外連携研究)
    • 審査区分
      中区分37:生体分子化学およびその関連分野
    • 研究機関
      東北大学
  •  マグネシウム結合によるリボソーム活性制御の構造基盤研究代表者

    • 研究代表者
      横山 武司
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2023
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      東北大学
  •  海洋天然物由来の新規糖結合蛋白質の構造解析に基づくコロナ創薬に資する高機能化

    • 研究代表者
      田中 良和
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分38030:応用生物化学関連
    • 研究機関
      東北大学
  •  翻訳システムの合理的改変による人工制御研究代表者

    • 研究代表者
      横山 武司
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2022
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      東北大学
  •  細菌の細胞分裂におけるFtsZ繊維化機構の解明

    • 研究代表者
      松井 崇
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2023
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43020:構造生物化学関連
    • 研究機関
      北里大学
  •  試行錯誤を伴わないRNA-蛋白質複合体のクライオ電子顕微鏡構造解析手法の開発

    • 研究代表者
      田中 良和
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2024
    • 研究種目
      挑戦的研究(萌芽)
    • 審査区分
      中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
    • 研究機関
      東北大学
  •  病原菌の鉄獲得プロセスの最上流で機能する膜孔形成毒素の分子機構の活写研究代表者

    • 研究代表者
      横山 武司
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2021
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      東北大学
  •  クライオ電子顕微鏡による、転写翻訳複合体の構造解析研究代表者

    • 研究代表者
      横山 武司
    • 研究期間 (年度)
      2019 – 2021
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43020:構造生物化学関連
    • 研究機関
      東北大学

すべて 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] クライオ電子顕微鏡ハンドブック、第4章14節、クライオ電子顕微鏡で見る、リボソームの「かたち」と「動き」2023

    • 著者名/発表者名
      伴野 詢太,田中 良和,横山 武司
    • 総ページ数
      460
    • 出版者
      NTS
    • ISBN
      9784860438043
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19201
  • [雑誌論文] Structural insights into the decoding capability of isoleucine tRNAs with lysidine and agmatidine2024

    • 著者名/発表者名
      Naho Akiyama, Kensuke Ishiguro, Takeshi Yokoyama, Kenjyo Miyauchi, Asuteka Nagao, Mikako Shirouzu, Tsutomu Suzuki
    • 雑誌名

      Nature Structural & Molecular Biology

      巻: - 号: 5 ページ: 817-825

    • DOI

      10.1038/s41594-024-01238-1

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23KJ0409, KAKENHI-PROJECT-23KK0105, KAKENHI-PROJECT-18H05272
  • [雑誌論文] Boric acid intercepts 80S ribosome migration from AUG-stop by stabilizing eRF12024

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Mayuki、Yokoyama Takeshi、Saito Hironori、Nishimoto Madoka、Tsuda Kengo、Sotta Naoyuki、Shigematsu Hideki、Shirouzu Mikako、Iwasaki Shintaro、Ito Takuhiro、Fujiwara Toru
    • 雑誌名

      Nature Chemical Biology

      巻: in press 号: 5 ページ: 0-0

    • DOI

      10.1038/s41589-023-01513-0

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23KK0105, KAKENHI-PLANNED-18H05490, KAKENHI-PROJECT-19H05637, KAKENHI-PUBLICLY-22H04795, KAKENHI-PLANNED-21H05281, KAKENHI-PROJECT-22H04922
  • [雑誌論文] Direct visualization of ribosomes in the cell-free system revealed the functional evolution of aminoglycoside2024

    • 著者名/発表者名
      Tomono Junta、Asano Kosuke、Chiashi Takuma、Suzuki Masato、Igarashi Masayuki、Takahashi Yoshiaki、Tanaka Yoshikazu、Yokoyama Takeshi
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: in press 号: 6 ページ: 587-598

    • DOI

      10.1093/jb/mvae002

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19201, KAKENHI-PROJECT-23KK0105, KAKENHI-PROJECT-23K06556, KAKENHI-PROJECT-19KK0178, KAKENHI-PUBLICLY-22H04795, KAKENHI-PLANNED-21H05260
  • [雑誌論文] Synthesis of epitope-targeting nanobody based on native protein-protein interactions for FtsZ filamentation suppressor.2023

    • 著者名/発表者名
      Hikaru Nakazawa, Taiji Katsuki, Takashi Matsui, Atsushi Tsugita, Takeshi Yokoyama, Tomoyuki Ito, Sakiya Kawada, Yoshikazu Tanaka, Mitsuo Umetsu
    • 雑誌名

      Biotechnology journal

      巻: 18 号: 11 ページ: 2300039-2300039

    • DOI

      10.1002/biot.202300039

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K18911, KAKENHI-PROJECT-21K06036, KAKENHI-PLANNED-21H05260, KAKENHI-PROJECT-23K26463
  • [雑誌論文] Dose-response relationship for the resistance of human insulin to degradation by insulin-degrading enzyme2023

    • 著者名/発表者名
      Okumura Masaki、Kuramochi Tsubura、Lin Yuxi、Furukawa Ran、Mizutani Kenji、Yokoyama Takeshi、Kim Mingeun、Lim Mi Hee、Yi Hyon-Seung、Arai Kenta、Yamaguchi Hiroshi、Hojo Hironobu、Iwaoka Michio、Tanaka Yoshikazu、Park Sam-Yong、Inaba Kenji、Kanemura Shingo、Lee Young-Ho
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: 2023.04.08. ページ: 536135-536135

    • DOI

      10.1101/2023.04.08.536135

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23KK0105, KAKENHI-PLANNED-21H05095, KAKENHI-PROJECT-23K23464
  • [雑誌論文] Glycosylated queuosines in tRNAs optimize translational rate and post-embryonic growth2023

    • 著者名/発表者名
      Zhao Xuewei、Ma Ding、Ishiguro Kensuke、Saito Hironori、Akichika Shinichiro、Matsuzawa Ikuya、Mito Mari、Irie Toru、Ishibashi Kota、Wakabayashi Kimi、Sakaguchi Yuriko、Yokoyama Takeshi、Mishima Yuichiro、Shirouzu Mikako、Iwasaki Shintaro、Suzuki Takeo、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Cell

      巻: 186 号: 25 ページ: 5517-5535.e24

    • DOI

      10.1016/j.cell.2023.10.026

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23KK0105, KAKENHI-PROJECT-18H05272, KAKENHI-PLANNED-21H05280, KAKENHI-PROJECT-22H04922, KAKENHI-PROJECT-23K23475
  • [雑誌論文] A marine sponge-derived lectin reveals hidden pathway for thrombopoietin receptor activation2022

    • 著者名/発表者名
      Watari Hiromi、Kageyama Hiromu、Masubuchi Nami、Nakajima Hiroya、Onodera Kako、Focia Pamela J.、Oshiro Takumi、Matsui Takashi、Kodera Yoshio、Ogawa Tomohisa、Yokoyama Takeshi、Hirayama Makoto、Hori Kanji、Freymann Douglas M.、Imai Misa、Komatsu Norio、Araki Marito、Tanaka Yoshikazu、Sakai Ryuichi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 7262-7262

    • DOI

      10.1038/s41467-022-34921-2

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06036, KAKENHI-PROJECT-21K08405, KAKENHI-PROJECT-21K18321, KAKENHI-PROJECT-21K19201, KAKENHI-PROJECT-22K20589, KAKENHI-PROJECT-19KK0178, KAKENHI-PUBLICLY-21H05712, KAKENHI-PROJECT-19H00918, KAKENHI-PROJECT-23K23695, KAKENHI-PROJECT-23K24176
  • [雑誌論文] The carbohydrate tail of landomycin A is responsible for its interaction with the repressor protein LanK2022

    • 著者名/発表者名
      Tsugita Atsushi、Uehara Shiro、Matsui Takashi、Yokoyama Takeshi、Ostash Iryna、Deneka Maksym、Yalamanchili Subbarao、Bennett Clay S.、Tanaka Yoshikazu、Ostash Bohdan
    • 雑誌名

      The FEBS Journal

      巻: - 号: 19 ページ: 6038-6057

    • DOI

      10.1111/febs.16460

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06036, KAKENHI-PROJECT-21K19201, KAKENHI-PROJECT-19KK0178, KAKENHI-PUBLICLY-21H05712
  • [雑誌論文] Chimeric mutants of staphylococcal hemolysin, which act as both one‐component and two‐component hemolysin, created by grafting the stem domain2022

    • 著者名/発表者名
      Ghanem Nouran、Kanagami Natsuki、Matsui Takashi、Takeda Kein、Kaneko Jun、Shiraishi Yasuyuki、Choe Christian A.、Uchikubo‐Kamo Tomomi、Shirouzu Mikako、Hashimoto Tsubasa、Ogawa Tomohisa、Matsuura Tomoaki、Huang Po‐Ssu、Yokoyama Takeshi、Tanaka Yoshikazu
    • 雑誌名

      The FEBS Journal

      巻: 11 号: 12 ページ: 11-20

    • DOI

      10.1111/febs.16354

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17H00888, KAKENHI-PUBLICLY-20H05492, KAKENHI-PROJECT-19H02519, KAKENHI-PROJECT-21K06036, KAKENHI-PROJECT-21K19201, KAKENHI-PROJECT-19KK0178, KAKENHI-PLANNED-21H05228
  • [学会発表] 小胞体ストレスセンサーIRE1の多量体形成ポテンシャルとストレス感知2023

    • 著者名/発表者名
      松崎元紀、横山武司、次田篤史、金村進吾、田尻道子、明石知子、野井健太郎、齋尾智英、稲葉謙次、奥村正樹
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23KK0105
  • [学会発表] 小胞体ストレスセンサーIRE1 によるストレス感知と越膜シグナル変換の分子機構2023

    • 著者名/発表者名
      松崎元紀、横山武司、次田篤史、金村進吾、田尻道子、明石知子、野井健太郎、齋尾智英、稲葉謙次、奥村正樹
    • 学会等名
      第96回日本生化学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23KK0105
  • [学会発表] 高濃度PEG含有タンパク質結晶からのLC-MSによるアミノ酸配列解析2022

    • 著者名/発表者名
      大城拓未, 影山大夢, 小野寺かこ, 辺浩美, 中島寛也, 小川智久, 横山武司, 田中良和, 酒井隆一, 松井崇, 小寺義男
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06036
  • [学会発表] Controlling a supra-assembly dedicated to protein synthesis: optogenetic control of ribosomes in cell2022

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Yokoyama
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21H00380
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡単粒子解析を用いた、非結核性抗酸菌の薬剤耐性因子によるリボソーム解離機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      千足啄馬、高田希美、橋本翼、深野華子、山本健太郎、鈴木仁人、星野仁彦、横山武司、田中良和
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19201
  • [学会発表] Crystal structure analysis of LanK complexed with landomycinA, a potent antitumor antibiotic2022

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Tsugita, Shiro Uehara, Takashi Matsui, Takeshi Yokoyama, Iryna Ostash, Maksym Deneka, Subbarao Yalamanchili, Clay S. Bennett, Bohdan Ostash, and YoshikazuTanaka
    • 学会等名
      e-Asia Joint Symposium on “Marine Biodiversity as a Source of New Chemotypes
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19201
  • [学会発表] 非結核性抗酸菌Mycobacterium abscessusリボソームにおけるマクロライド耐性機構の解明を目指したクライオ電子顕微鏡構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      橋本翼、高田希美、千足啄馬、深野華子、山本健太郎、鈴木仁人、星野仁彦、横山武司、田中良和
    • 学会等名
      2021年度生物物理学会、北海道支部・東北支部合同例会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19201
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡単粒子解析による、リボソームを標的とするアミノ配糖体抗菌薬の微細構造差が生み出す阻害活性増強機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      浅野航佑、伴野詢太、鈴木仁人、横山武司、田中良和
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19201
  • [学会発表] 高濃度PEG含有タンパク質結晶からのLC-MSによるアミノ酸解析2022

    • 著者名/発表者名
      大城拓未, 影山大夢, 小野寺かこ, 辺浩美, 中島寛也, 小川智久, 横山武司, 田中良和, 酒井隆一, 松井崇, 小寺義男
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2022年大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06036
  • [学会発表] ストップコドンリードスルーにおける誤翻訳アミノ酸の同定2022

    • 著者名/発表者名
      須藤愛莉咲, 浅野航佑, 原口大輝, 小川智久, 横山武司, 田中良和, 松井崇, 小寺義男
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2022年大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06036
  • [学会発表] Elucidation of the binding mode of a macrolide antibiotic to NTM ribosome for understanding drug resistance mechanism by using cryo-EM2021

    • 著者名/発表者名
      Tsubasa Hashimoto, Nozomi Takada, Takuma Chiashi, Hanako Fukano, Kentaro Yamamoto, Masato Suzuki, Yoshihiko Hoshino, Takeshi Yokoyama, Yoshikazu Tanaka
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19201
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡単粒子解析法によるウサギ赤血球ライセートに内在する80Sリボソーム構造解析の検討2021

    • 著者名/発表者名
      千足啄馬、横山武司、田中良和
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19201
  • [学会発表] Elucidation of new action mechanism of aminoglycoside antibiotics on ribosomes using single particle cryo-electron microscopy2021

    • 著者名/発表者名
      Junta Tomono,Kosuke Asano,Masato Suzuki, Takeshi Yokoyama,Yoshikazu Tanaka
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19201
  • [学会発表] 黄色ブドウ球菌膜孔形成毒素ステムドメインの改変による膜孔形成能の考察2021

    • 著者名/発表者名
      横山 武司、ガネム ノーラン、金上 奈津希、松井 崇、橋本 翼、小川 智久、田中 良和
    • 学会等名
      第94回日本細菌学会総会、シンポジウム「生命金属の新潮流」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-20H05492
  • [学会発表] 新規レクチン様タンパク質の構造と機能の解析2021

    • 著者名/発表者名
      影山大夢, 小野寺かこ, 松井崇, 小川智久, 横山武司, 田中良和
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06036
  • [学会発表] 海洋天然物由来の新規生理活性タンパク質の構造機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      田中良和, 影山大夢, 辺ひろみ, 増渕菜弥, 中島寛也, 小野寺かこ, 大城拓未, 松井崇, 小寺義男, 小川智久, 横山武司, 小松則夫, 荒木真理人, 酒井隆一
    • 学会等名
      第94回日本生化学会大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06036
  • [学会発表] Cryo-EM visualizes ribosomes in mammalian cell free translation system2021

    • 著者名/発表者名
      Takuma Chiashi, Takeshi Yokoyama, Yoshikazu Tanaka
    • 学会等名
      日本・ウクライナ・タイ二国間交流事業合同シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19201
  • [学会発表] 薬剤耐性獲得機構の解明に向けた、クライオ電子顕微鏡単粒子解析による非結核性抗酸菌Mycobacterium abscessusリボソームへのマクロライド結合様式の解明2021

    • 著者名/発表者名
      橋本翼、高田希美、千足啄馬、深野華子、山本健太郎、鈴木仁人、星野仁彦、横山武司、田中良和
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19201
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡単粒子解析によるリボソームを標的としたアミノ配糖体抗菌薬の新規作用機序の解明2021

    • 著者名/発表者名
      伴野詢太、浅野航佑、鈴木仁人、横山武司、田中良和
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19201
  • 1.  松井 崇 (30463582)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 7件
  • 2.  田中 良和 (20374225)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 12件
  • 3.  渡辺 豪 (80547076)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  長尾 翌手可 (30588017)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 5.  高田 礼人 (10292062)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 6.  酒井 隆一 (20265721)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 7.  奥村 正樹 (50635810)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 8.  村岡 貴博 (70509132)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 9.  松崎 元紀 (90817040)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 10.  栗田 大輔 (60552651)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 11.  葛西 秋宅 (20609664)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 12.  梅津 光央 (70333846)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 13.  眞壁 幸樹 (20508072)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 14.  星野 仁彦 (20569694)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 15.  中澤 光
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 16.  松浦 友亮
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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