山下恵太郎 Yamashita Keitaro

研究者番号	20721690
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 東京大学, 先端科学技術研究センター, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2023年度: 東京大学, 先端科学技術研究センター, 准教授 2019年度 – 2023年度: 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 客員共同研究員 2019年度: 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 2015年度 – 2016年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 放射光科学総合研究センター, 基礎科学特別研究員
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43020:構造生物化学関連 / 構造生物化学研究代表者以外小区分37010:生体関連化学 / 複合領域 / 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
キーワード	研究代表者結晶構造解析 / 電子回折 / 構造生物学 / X線結晶解析研究代表者以外タンパク質工学 / クリスタルエンジニアリング / 構造解析 / 多角体 / 結晶構造解析 / 細胞内結晶化 … もっと見る / タンパク質集合体 / タンパク質結晶 / チャネルロドプシン / X線結晶構造解析 / フォトクロミックタンパク質 / 構造ダイナミクス / ロドプシン / クライオ電子顕微鏡単粒子解析 / 時分割X線結晶構造解析 / X線自由電子レーザー / 膜タンパク質 / 光遺伝学 / 電子顕微鏡 / 膜孔形成毒素 / デザイン / 膜孔形成タンパク質 / 単粒子解析 / 蛋白質デザイン / 黄色ブドウ球菌 / クライオ電顕単粒子解析 / タンパク質設計 / 膜孔形成たんぱく質 / クライオ電顕 / 膜孔隠す

マイクロ電子回折によるハイスループット構造解析システムの構築研究代表者
- 研究代表者
  
  山下恵太郎
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2025
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分43020:構造生物化学関連
- 研究機関
  東京大学
計算科学と実験の融合によるベータバレル型膜中会合タンパク質の分子デザイン
- 研究代表者
  
  田中良和
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2023
- 研究種目
  
  国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
- 審査区分
  
  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
- 研究機関
  東北大学
光動作タンパク質の時分割構造解析と合理的改変
- 研究代表者
  
  岩田想
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2023
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  複合領域
- 研究機関
  京都大学
機能性タンパク質結晶の細胞内合成
- 研究代表者
  
  上野隆史
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分37010:生体関連化学
- 研究機関
  東京工業大学
多数の微小結晶を用いた結晶構造解析手法および自動化システムの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  山下恵太郎
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2016
- 研究種目
  
  研究活動スタート支援
- 研究分野
  
  構造生物化学
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 2017 2016

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Structure and mechanism of oxalate transporter OxlT in an oxalate-degrading bacterium in the gut microbiota2023
- 著者名/発表者名
  Jaunet-Lahary Titouan、Shimamura Tatsuro、Hayashi Masahiro、Nomura Norimichi、Hirasawa Kouta、Shimizu Tetsuya、Yamashita Masao、Tsutsumi Naotaka、Suehiro Yuta、Kojima Keiichi、Sudo Yuki、Tamura Takashi、Iwanari Hiroko、Hamakubo Takao、Iwata So、Okazaki Kei-ichi、Hirai Teruhisa、Yamashita Atsuko
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 14 号: 1 ページ: 1730-1730
- DOI
  10.1038/s41467-023-36883-5
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03195, KAKENHI-PROJECT-20K21392, KAKENHI-PROJECT-20K21482, KAKENHI-PROJECT-18H02388, KAKENHI-PUBLICLY-21H00404, KAKENHI-PROJECT-23K18239, KAKENHI-PROJECT-22K20632, KAKENHI-PLANNED-19H05777, KAKENHI-PROJECT-19H00923, KAKENHI-PROJECT-21H02414, KAKENHI-PROJECT-21H02446, KAKENHI-PROJECT-23K27415
[雑誌論文] Endogenous ligand recognition and structural transition of a human PTH receptor2022
- 著者名/発表者名
  Kobayashi Kazuhiro、Kawakami Kouki、Kusakizako Tsukasa、Miyauchi Hirotake、Tomita Atsuhiro、Kobayashi Kan、Shihoya Wataru、Yamashita Keitaro、Nishizawa Tomohiro、Kato Hideaki E.、Inoue Asuka、Nureki Osamu
- 雑誌名
  
  Molecular Cell
  
  巻: 82 号: 18 ページ: 3468-3483
- DOI
  10.1016/j.molcel.2022.07.003
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15072, KAKENHI-PLANNED-21H05113, KAKENHI-PROJECT-21H04791, KAKENHI-PROJECT-20J21820, KAKENHI-PROJECT-20K15754, KAKENHI-PROJECT-21H05037, KAKENHI-PLANNED-19H05777
[雑誌論文] Cryo-EM structure of the human MT1-Gi signaling complex.2021
- 著者名/発表者名
  Okamoto, H. H., Miyauchi, H., Inoue, A., Raimondi, F., Tsujimoto, H., Kusakizako, T., Shihoya, W., Yamashita, K., Suno, R., Nomura, N., Kobayashi, T., Iwata, S., Nishizawa, T. and Nureki, O.
- 雑誌名
  
  Nat. Struct. Mol. Biol.
  
  巻: 28 号: 8 ページ: 694-701
- DOI
  10.1038/s41594-021-00634-1
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06294, KAKENHI-PLANNED-21H05112, KAKENHI-PROJECT-19H00923, KAKENHI-PROJECT-19H03428, KAKENHI-PROJECT-21K19360, KAKENHI-PROJECT-20K15754, KAKENHI-PROJECT-22KJ0604, KAKENHI-PROJECT-21H05037, KAKENHI-PLANNED-19H05777
[雑誌論文] Design of in‐cell protein crystal for environmentally responsive construction of a supramolecular filament2021
- 著者名/発表者名
  Abe Satoshi、Pham Thuc Toan、Negishi Hashiru、Yamashita Keitaro、Hirata Kunio、Ueno Takafumi
- 雑誌名
  
  Angewandte Chemie International Edition
  
  巻: - 号: 22 ページ: 12341-12345
- DOI
  10.1002/anie.202102039
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-18H05421, KAKENHI-PROJECT-19H02830, KAKENHI-PROJECT-18K05140, KAKENHI-PROJECT-20K21244, KAKENHI-PROJECT-19H02519
[雑誌論文] In-Cell Engineering of Protein Crystals with Nanoporous Structures for Promoting Cascade Reactions2021
- 著者名/発表者名
  Nguyen Tien K.、Abe Satoshi、Kasamatsu Makoto、Maity Basudev、Yamashita Keitaro、Hirata Kunio、Kojima Mariko、Ueno Takafumi
- 雑誌名
  
  ACS Applied Nano Materials
  
  巻: 4 号: 2 ページ: 1672-1681
- DOI
  10.1021/acsanm.0c03129
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-18H05421, KAKENHI-PROJECT-19H02830, KAKENHI-PROJECT-18K05140, KAKENHI-PROJECT-20K21244
[雑誌論文] B/N-Doped p-Arylenevinylene Chromophores: Synthesis, Properties, and Microcrystal Electron Crystallographic Study2020
- 著者名/発表者名
  Hua Lu, Takayuki Nakamuro, Keitaro Yamashita, Haruaki Yanagisawa, Osamu Nureki, Masahide Kikkawa, Han Gao, Jiangwei Tian, Rui Shang, Eiichi Nakamura
- 雑誌名
  
  Journal of the American Chemical Society
  
  巻: 142 号: 44 ページ: 18990-18996
- DOI
  10.1021/jacs.0c10337
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15729, KAKENHI-PROJECT-19K15555, KAKENHI-PROJECT-19H05459
[雑誌論文] Isoprenoid-chained lipid EROCOC17+4: a new matrix for membrane protein crystallization and a crystal delivery medium in serial femtosecond crystallography2020
- 著者名/発表者名
  Ihara Kentaro、Hato Masakatsu、Nakane Takanori、Yamashita Keitaro、Kimura-Someya Tomomi、Hosaka Toshiaki、Ishizuka-Katsura Yoshiko、Tanaka Rie、Tanaka Tomoyuki、Sugahara Michihiro、Hirata Kunio、Yamamoto Masaki、Nureki Osamu、Tono Kensuke、Nango Eriko、Iwata So、Shirouzu Mikako
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 10 号: 1 ページ: 19305-19305
- DOI
  10.1038/s41598-020-76277-x
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-19H05781, KAKENHI-PROJECT-19H00923, KAKENHI-PLANNED-19H05777
[雑誌論文] Structure of the dopamine D2 receptor in complex with the antipsychotic drug spiperone2020
- 著者名/発表者名
  Im Dohyun、Inoue Asuka、Fujiwara Takaaki、Nakane Takanori、Yamanaka Yasuaki、Uemura Tomoko、Mori Chihiro、Shiimura Yuki、Kimura Kanako Terakado、Asada Hidetsugu、Nomura Norimichi、Tanaka Tomoyuki、Yamashita Ayumi、Nango Eriko、Tono Kensuke、Kadji Francois Marie Ngako、Aoki Junken、Iwata So、Shimamura Tatsuro
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 11 号: 1 ページ: 1-11
- DOI
  10.1038/s41467-020-20221-0
- NAID
  120006943309
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21392, KAKENHI-PLANNED-19H05781, KAKENHI-PROJECT-19H00923, KAKENHI-PROJECT-18H02394, KAKENHI-PROJECT-18K05334, KAKENHI-ORGANIZER-19H05776, KAKENHI-PLANNED-19H05777, KAKENHI-PROJECT-18H02388
[雑誌論文] Crystal structure of the endogenous agonist-bound prostanoid receptor EP3.2019
- 著者名/発表者名
  Morimoto K, Suno R, Hotta Y, Yamashita K, Hirata K, Yamamoto M, Narumiya S, Iwata S, Kobayashi T.
- 雑誌名
  
  Nat Chem Biol.
  
  巻: 15(1) 号: 1 ページ: 8-10
- DOI
  10.1038/s41589-018-0171-8
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01531, KAKENHI-PROJECT-19H00923, KAKENHI-PLANNED-19H05777
[雑誌論文] Crystal Engineering of Self-Assembled Porous Protein Materials in Living Cells2017
- 著者名/発表者名
  S. Abe, H. Tabe, H. Ijiri, K. Yamashita, K. Hirata, K. Atsumi, T. Shimoi, M. Akai, H. Mori, S. Kitagawa and T. Ueno
- 雑誌名
  
  ACS Nano
  
  巻: 11 号: 3 ページ: 2410-2419
- DOI
  10.1021/acsnano.6b06099
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H00805, KAKENHI-PUBLICLY-16H00755, KAKENHI-PUBLICLY-16H00827, KAKENHI-PROJECT-16H04177, KAKENHI-PROJECT-15H06862, KAKENHI-PROJECT-16K13095, KAKENHI-PROJECT-15K07794
[学会発表] Servalcat による回折強度データを用いた結晶構造精密化2023
- 著者名/発表者名
  山下恵太郎, Garib N Murshudov
- 学会等名
  令和5年(2023年)度日本結晶学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15729
[学会発表] PXビームラインにおける回折データ自動処理・構造決定システムの開発2017
- 著者名/発表者名
  山下恵太郎，平田邦生，河野能顕，上野剛，長谷川和也，熊坂崇，山本雅貴
- 学会等名
  第30回放射光学会年会
- 発表場所
  神戸芸術センター（兵庫県神戸市）
- 年月日
  2017-01-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H06862
[学会発表] 回折データ自動収集・処理システムZooによる微小結晶を用いた高難度タンパク質構造解析の効率化2016
- 著者名/発表者名
  山下恵太郎，平田邦生，河野能顕，上野剛，長谷川和也，熊坂崇，山本雅貴
- 学会等名
  第16回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場（福岡県福岡市）
- 年月日
  2016-06-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H06862
[学会発表] 微小結晶のための回折データ自動処理システムの開発2016
- 著者名/発表者名
  山下恵太郎，平田邦生，河野能顕，上野剛，長谷川和也，熊坂崇，山本雅貴
- 学会等名
  第29回放射光学会年会
- 発表場所
  東京大学
- 年月日
  2016-01-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H06862

1. 田中良和 (20374225)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
2. 岩田想 (60452330)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 上野隆史 (70332179)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 3件
4. 松浦友亮 (50362653)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 喜多俊介 (10702003)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 野村紀通 (10314246)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 近藤美欧 (20619168)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 志甫谷渉 (30809421)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 草木迫司 (80815316)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
10. 古田忠臣 (10431834)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 山下敦子

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
12. 島村達郎

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
13. 南後恵理子

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
14. 濡木理

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
15. 成宮周

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

山下 恵太郎 Yamashita Keitaro

研究課題

研究成果

共同研究者

マイクロ電子回折によるハイスループット構造解析システムの構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

計算科学と実験の融合によるベータバレル型膜中会合タンパク質の分子デザイン

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

光動作タンパク質の時分割構造解析と合理的改変

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

機能性タンパク質結晶の細胞内合成

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

多数の微小結晶を用いた結晶構造解析手法および自動化システムの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Structure and mechanism of oxalate transporter OxlT in an oxalate-degrading bacterium in the gut microbiota2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Endogenous ligand recognition and structural transition of a human PTH receptor2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Cryo-EM structure of the human MT1-Gi signaling complex.2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Design of in‐cell protein crystal for environmentally responsive construction of a supramolecular filament2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] In-Cell Engineering of Protein Crystals with Nanoporous Structures for Promoting Cascade Reactions2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] B/N-Doped p-Arylenevinylene Chromophores: Synthesis, Properties, and Microcrystal Electron Crystallographic Study2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Isoprenoid-chained lipid EROCOC17+4: a new matrix for membrane protein crystallization and a crystal delivery medium in serial femtosecond crystallography2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Structure of the dopamine D2 receptor in complex with the antipsychotic drug spiperone2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Crystal structure of the endogenous agonist-bound prostanoid receptor EP3.2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

山下恵太郎 Yamashita Keitaro