クリュコフキリル Kryukov Kirill

研究者番号	20806202
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 特命准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2025年度: 国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 特命准教授 2022年度: 国立遺伝学研究所, Biological Networks Laboratory, 特命准教授 2021年度: 国立遺伝学研究所, Department of Informatics, 特命准教授 2020年度: 国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 特命准教授 2017年度 – 2018年度: 東海大学, 医学部, 奨励研究員
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43060:システムゲノム科学関連 / 生命・健康・医療情報学研究代表者以外小区分63040:環境影響評価関連
キーワード	研究代表者 Sequence analysis / DNA compression / Genome database / GenomeSync / NAF / Data compression / 生体生命情報学 / medical metagenomics / metagenomics / NGS … もっと見る / sequence analysis / metagenome / sequence / DNA / diagnostics / classification / NGS sequencing / Metagenome … もっと見る研究代表者以外マイクロバイオーム / 都市環境 / アジア競技大会 / 大阪・関西万博 / マスギャザリング隠す

大阪・関西万博とアジア競技大会における都市環境マイクロバイオームの変動調査
- 研究代表者
  
  鈴木治夫
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2028
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分63040:環境影響評価関連
- 研究機関
  慶應義塾大学
Improving efficiency of sequence databases by applying the NAF format研究代表者
- 研究代表者
  
  クリュコフキリル
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43060:システムゲノム科学関連
- 研究機関
  国立遺伝学研究所
Medical Sequence Classifier - a system for quick and accurate sequence-based diagnostics研究代表者
- 研究代表者
  
  クリュコフキリル
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2018
- 研究種目
  
  研究活動スタート支援
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  東海大学

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Nanopore sequencing data analysis of 16S rRNA genes using GenomeSync-GSTK system2023
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov, Tadashi Imanishi, So Nakagawa
- 雑誌名
  
  Methods in Molecular Biology
  
  巻: 2632 ページ: 215-226
- DOI
  10.1007/978-1-0716-2996-3_15
- ISBN
  9781071629956, 9781071629963
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06612
[雑誌論文] MinION, a portable long-read sequencer, enables rapid vaginal microbiota analysis in a clinical setting2022
- 著者名/発表者名
  Komiya Shinnosuke、Matsuo Yoshiyuki、Nakagawa So、Morimoto Yoshiharu、Kryukov Kirill、Okada Hidetaka、Hirota Kiichi
- 雑誌名
  
  BMC Medical Genomics
  
  巻: 15 号: 1 ページ: 68-68
- DOI
  10.1186/s12920-022-01218-8
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K09339, KAKENHI-PROJECT-20H03776, KAKENHI-PROJECT-20K06612, KAKENHI-PROJECT-20K09419
[雑誌論文] Efficient compression of SARS-CoV-2 genome data using Nucleotide Archival Format (NAF)2022
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov, Lihua Jin, So Nakagawa
- 雑誌名
  
  Patterns
  
  巻: 3 号: 9 ページ: 100562-100562
- DOI
  10.1016/j.patter.2022.100562
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06612
[雑誌論文] Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION? nanopore sequencing confers species-level resolution2021
- 著者名/発表者名
  Matsuo Yoshiyuki、Komiya Shinnosuke、Yasumizu Yoshiaki、Yasuoka Yuki、Mizushima Katsura、Takagi Tomohisa、Kryukov Kirill、Fukuda Aisaku、Morimoto Yoshiharu、Naito Yuji、Okada Hidetaka、Bono Hidemasa、Nakagawa So、Hirota Kiichi
- 雑誌名
  
  BMC Microbiology
  
  巻: 21 号: 1 ページ: 35-35
- DOI
  10.1186/s12866-021-02094-5
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K09339, KAKENHI-PROJECT-20K06612
[雑誌論文] Metagenomic analysis of bacterial 16S rRNA sequences2021
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov, So Nakagawa, Yoshiyuki Matsuo, Kiichi Hirota, Tadashi Imanishi
- 雑誌名
  
  Experimental Medicine
  
  巻: Dec 2021
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06612
[雑誌論文] Diagnosis of pleural empyema/parapneumonic effusion by next-generation sequencing2021
- 著者名/発表者名
  Shiraishi Yoshiki、Kryukov Kirill、Tomomatsu Katsuyoshi、Sakamaki Fumio、Inoue Shigeaki、Nakagawa So、Imanishi Tadashi、Asano Koichiro
- 雑誌名
  
  Infectious Diseases
  
  巻: 53 号: 6 ページ: 450-459
- DOI
  10.1080/23744235.2021.1892178
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K08893, KAKENHI-PROJECT-20K06612
[雑誌論文] Rapid profiling of drug-resistant bacteria using DNA-binding dyes and a nanopore-based DNA sequencer2021
- 著者名/発表者名
  Ayumu Ohno, Kazuo Umezawa, Satomi Asai, Kirill Kryukov, So Nakagawa, Hayato Miyachi, Tadashi Imanishi
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 11 号: 1 ページ: 3436-3436
- DOI
  10.1038/s41598-021-82903-z
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06612, KAKENHI-PROJECT-20K17196
[雑誌論文] Sequence Compression Benchmark (SCB) database - a comprehensive evaluation of reference-free compressors for FASTA-formatted sequences2020
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov, Mahoko Takahashi Ueda, So Nakagawa, Tadashi Imanishi
- 雑誌名
  
  GigaScience
  
  巻: 9 号: 7
- DOI
  10.1093/gigascience/giaa072
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06612, KAKENHI-INTERNATIONAL-16K21723, KAKENHI-PUBLICLY-19H04843, KAKENHI-ORGANIZER-16H06429
[雑誌論文] ナノポアDNAシークエンサーを用いた迅速な細菌同定法2020
- 著者名/発表者名
  大野　歩,　中川　草,　Kirill Kryukov,　今西　規
- 雑誌名
  
  臨床化学
  
  巻: 49 ページ: 265-270
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06612
[雑誌論文] Real-time diagnostic analysis of MinION-based metagenomic sequencing in clinical microbiology evaluation: a case report2019
- 著者名/発表者名
  Hiromasa Tanaka, Yoshiyuki Matsuo, So Nakagawa, Kenichiro Nishi, Akihisa Okamoto, Shinichi Kai, Teppei Iwai, Yoshiteru Tabata, Takeshi Tajima, Yuji Komatsu, Motohiko Satoh, Kirill Kryukov, Tadashi Imanishi, Kiichi Hirota
- 雑誌名
  
  JA Clinical Reports
  
  巻: 5 号: 1 ページ: 24-24
- DOI
  10.1186/s40981-019-0244-z
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H07123, KAKENHI-PROJECT-16K10975, KAKENHI-PROJECT-19K09339, KAKENHI-PROJECT-18K16501
[雑誌論文] Nucleotide Archival Format (NAF) enables efficient lossless reference-free compression of DNA sequences2019
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov, Mahoko Takahashi Ueda, So Nakagawa, Tadashi Imanishi
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: in press 号: 19 ページ: 3826-3828
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btz144
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H07123
[雑誌論文] Rapid bacterial identification by direct PCR amplification of 16S rRNA genes using the MinION nanopore sequencer2019
- 著者名/発表者名
  Shinichi Kai, Yoshiyuki Matsuo, So Nakagawa, Kirill Kryukov, Shino Matsukawa, Hiromasa Tanaka, Teppei Iwai, Tadashi Imanishi, Kiichi Hirota
- 雑誌名
  
  FEBS Open Bio
  
  巻: 9 号: 3 ページ: 548-557
- DOI
  10.1002/2211-5463.12590
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H07123, KAKENHI-PROJECT-16K10975, KAKENHI-PROJECT-19K09339
[雑誌論文] Systematic survey of non-retroviral virus-like elements in eukaryotic genomes.2019
- 著者名/発表者名
  Kryukov K, Ueda MT, Imanishi T, Nakagawa S.
- 雑誌名
  
  Virus Research
  
  巻: 262 ページ: 30-36
- DOI
  10.1016/j.virusres.2018.02.002
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-INTERNATIONAL-16K21723, KAKENHI-ORGANIZER-16H06429, KAKENHI-PUBLICLY-17H05823, KAKENHI-PROJECT-17H07123
[雑誌論文] Detection of pathogenic bacteria in the blood from sepsis patients using 16S rRNA gene amplicon sequencing analysis.2018
- 著者名/発表者名
  Watanabe N, Kryukov K, Nakagawa S, Takeuchi JS, Takeshita M, Kirimura Y, Mitsuhashi S, Ishihara T, Aoki H, Inokuchi S, Imanishi T, Inoue S
- 雑誌名
  
  PLoS One
  
  巻: 13 号: 8 ページ: e0202049-e0202049
- DOI
  10.1371/journal.pone.0202049
- NAID
  120006826803
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K08868, KAKENHI-PROJECT-17H07123, KAKENHI-PROJECT-16J40232, KAKENHI-PROJECT-17K15708
[雑誌論文] A portable system for rapid bacterial composition analysis using a nanopore-based sequencer and laptop computer2017
- 著者名/発表者名
  Satomi Mitsuhashi, Kirill Kryukov, So Nakagawa, Junko S. Takeuchi, Yoshiki Shiraishi, Koichiro Asano, Tadashi Imanishi
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 7 号: 1 ページ: 5657-5657
- DOI
  10.1038/s41598-017-05772-5
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H07123, KAKENHI-PROJECT-16J40232, KAKENHI-PROJECT-17K15708
[学会発表] Sequence Data Compression. History, methods, best practices, perspectives.2021
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov
- 学会等名
  EvoGen Reading Club
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06612
[学会発表] GenomeSync and GSTK: Toolkit for precision analysis of medical metagenome sequence data2021
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov
- 学会等名
  Genome Analysis for Precision Medicine of Infectious Diseases, 2021
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06612
[学会発表] GenomeSync: streamlining access to current genome data2021
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov
- 学会等名
  Genome Concept Centennial Conference
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06612
[学会発表] NAF - data compression for next generation of genome databases2019
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov, Mahoko Takahashi Ueda, So Nakagawa, Tadashi Imanishi
- 学会等名
  Society of Genome Microbiology, Japan
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H07123
[学会発表] GenomeSync - an automatically synchronizing local database of genome sequences2018
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov, Tadashi Imanishi
- 学会等名
  Molecular Biology Soeicty of Japan
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H07123
[学会発表] Classifying metagenomic reads using GenomeSync and Genome Search Toolkit2018
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov, Tadashi Imanishi
- 学会等名
  The 91st Annual Meeting of Japanese Society for Bacteriology
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H07123
[学会発表] Non-retroviral virus-like elements in eukaryotic genomes2018
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov, Mahoko Takahashi Ueda, Tadashi Imanishi, So Nakagawa
- 学会等名
  SMBE2018
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H07123
[学会発表] Phylogenetic trees explain mysteries of complete genomes2018
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov
- 学会等名
  Neighbor-Joining Symposium in National Institute of Genetics, Mishima
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H07123
[学会発表] GenomeSync - an automatically synchronizing local database of genome sequences2017
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov, Tadashi Imanishi
- 学会等名
  NGS Field Meeting
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H07123
[学会発表] Methods and databases for analyzing medical metagenomes2017
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov
- 学会等名
  AMED-JGRID Symposium
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H07123
[学会発表] GenomeSync - a comprehensive auto-updating genome database and its applications2017
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov
- 学会等名
  NIG Biological Symposium
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H07123
[学会発表] A portable system for rapid bacterial composition analysis using MinION and laptop computer2017
- 著者名/発表者名
  Satomi Mitsuhashi, So Nakagawa, Kirill Kryukov, Tadashi Imanishi
- 学会等名
  London Calling 2017
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H07123
[学会発表] A portable system for rapid bacterial composition analysis using MinION and laptop computer2017
- 著者名/発表者名
  Satomi Mitsuhashi, Nana Asami, So Nakagawa, Kirill Kryukov, Tadashi Imanishi
- 学会等名
  Second Technology Seminar on the MinION sequencing
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H07123
[学会発表] Detecting human contamination in genome assemblies2017
- 著者名/発表者名
  Kirill Kryukov, Tadashi Imanishi
- 学会等名
  12th International Workshop on Advanced Genomics
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H07123

1. 鈴木治夫 (40638772)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
2. 志波優 (00647753)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 本多了 (40422456)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 鈴木留美子 (70599092)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 阿部貴志 (30390628)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 岩埼裕貴 (50722336)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 渡邊伸央

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
8. 井上茂亮

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
9. 廣田喜一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
10. 松尾禎之

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
11. 浅野浩一郎

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

クリュコフ キリル Kryukov Kirill

研究課題

研究成果

共同研究者

大阪・関西万博とアジア競技大会における都市環境マイクロバイオームの変動調査

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

Improving efficiency of sequence databases by applying the NAF format研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

Medical Sequence Classifier - a system for quick and accurate sequence-based diagnostics研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Nanopore sequencing data analysis of 16S rRNA genes using GenomeSync-GSTK system2023

著者名/発表者名

雑誌名

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データソース

[雑誌論文] MinION, a portable long-read sequencer, enables rapid vaginal microbiota analysis in a clinical setting2022

著者名/発表者名

雑誌名

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[雑誌論文] Efficient compression of SARS-CoV-2 genome data using Nucleotide Archival Format (NAF)2022

著者名/発表者名

雑誌名

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[雑誌論文] Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION? nanopore sequencing confers species-level resolution2021

著者名/発表者名

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データソース

[雑誌論文] Metagenomic analysis of bacterial 16S rRNA sequences2021

著者名/発表者名

雑誌名

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[雑誌論文] Diagnosis of pleural empyema/parapneumonic effusion by next-generation sequencing2021

著者名/発表者名

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[雑誌論文] Rapid profiling of drug-resistant bacteria using DNA-binding dyes and a nanopore-based DNA sequencer2021

著者名/発表者名

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[雑誌論文] Sequence Compression Benchmark (SCB) database - a comprehensive evaluation of reference-free compressors for FASTA-formatted sequences2020

著者名/発表者名

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[雑誌論文] ナノポアDNAシークエンサーを用いた 迅速な細菌同定法2020

著者名/発表者名

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データソース

[雑誌論文] Real-time diagnostic analysis of MinION-based metagenomic sequencing in clinical microbiology evaluation: a case report2019

著者名/発表者名

雑誌名

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データソース

[雑誌論文] Nucleotide Archival Format (NAF) enables efficient lossless reference-free compression of DNA sequences2019

著者名/発表者名

雑誌名

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[雑誌論文] Rapid bacterial identification by direct PCR amplification of 16S rRNA genes using the MinION nanopore sequencer2019

著者名/発表者名

雑誌名

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クリュコフキリル Kryukov Kirill

[雑誌論文] ナノポアDNAシークエンサーを用いた迅速な細菌同定法2020