古明地勇人 Komeiji Yuto

研究者番号	30357032
その他のID
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2019年度 – 2021年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 2012年度 – 2013年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, ナノシステム研究部門, 主任研究員 2011年度: 産業技術総合研究所, ナノシステム研究部門, 主任研究員 2010年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, ナノシステム研究部門, 主任研究員 2002年度 – 2003年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, 計算科学研究部門, 主任研究員
審査区分/研究分野	研究代表者小区分60100:計算科学関連研究代表者以外物理化学 / 有機化学
キーワード	研究代表者タンパク質 / 周期境界条件 / 分子動力学法 / 富岳 / スパイク / プロテアーゼ / 新型コロナ / MD / Spike / SARS-CoV-2 … もっと見る / CDAM / FMO-MD / 新型コロナウィルス / 溶媒 / 周期境界 / FMO / フラグメント分子軌道法 / 第一原理分子動力学法 … もっと見る研究代表者以外 large scale MO calculations / potassium ion channel / fragment MO method / channel protein / MO calculation of protein / カリウムイオンの透過機構 / 大規模系の電子状態計算 / 大規模電子状態計算 / カリウムイオンの透過 / フラグメント分子軌道法 / チャネルタンパク質 / タンパク質の量子化学計算 / 溶媒効果 / 遷移状態 / シミュレーション / 量子化学 / 有機化学反応隠す

多重極子展開による環境静電ポテンシャルを用いた周期境界条件FMO-MDの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  古明地勇人
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分60100:計算科学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人産業技術総合研究所
有機反応ダイナミクス支配現象の微視的解析
- 研究代表者
  
  山高博
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2013
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  有機化学
- 研究機関
  立教大学
全電子MO計算によるK^+漏洩チャネル蛋白質のイオン選択と透過機構の研究
- 研究代表者
  
  北浦和夫
- 研究期間 (年度)
  2002 – 2003
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  物理化学
- 研究機関
  独立行政法人産業技術総合研究所

すべて 2022 2021 2020 2019 2014 2013 2012 2011 2010 その他

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] フラグメント分子軌道法と分子動力学シミュレーション「レアメタル・希少金属リサイクル技術の最先端」2011
- 著者名/発表者名
  望月祐志, 古明地勇人
- 出版者
  フロンティア出版
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[図書] フラグメント分子軌道法と分子動力学シミュレーションレアメタル・希少金属リサイクル技術の最先端2011
- 著者名/発表者名
  望月祐志, 古明地勇人
- 総ページ数
  313
- 出版者
  フロンティア出版
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[雑誌論文] Dynamic Cooperativity of Ligand?Residue Interactions Evaluated with the Fragment Molecular Orbital Method2021
- 著者名/発表者名
  Tanaka Shigenori、Tokutomi Shusuke、Hatada Ryo、Okuwaki Koji、Akisawa Kazuki、Fukuzawa Kaori、Komeiji Yuto、Okiyama Yoshio、Mochizuki Yuji
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 125 号: 24 ページ: 6501-6512
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.1c03043
- NAID
  120007170803
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010, KAKENHI-PLANNED-17H06353
[雑誌論文] Ca2+-ATPase Molecules as a Calcium-Sensitive Membrane-Endoskeleton of Sarcoplasmic Reticulum2021
- 著者名/発表者名
  Nakamura Jun、Maruyama Yuusuke、Tajima Genichi、Komeiji Yuto、Suwa Makiko、Sato Chikara
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 22 号: 5 ページ: 2624-2624
- DOI
  10.3390/ijms22052624
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010, KAKENHI-PROJECT-19H04209
[雑誌論文] Collective residue interactions in trimer complexes of SARS-CoV-2 spike proteins analyzed by fragment molecular orbital method2021
- 著者名/発表者名
  Okuwaki Koji、Akisawa Kazuki、Hatada Ryo、Mochizuki Yuji、Fukuzawa Kaori、Komeiji Yuto、Tanaka Shigenori
- 雑誌名
  
  Applied Physics Express
  
  巻: 15 号: 1 ページ: 017001-017001
- DOI
  10.35848/1882-0786/ac4300
- NAID
  120007181729
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010, KAKENHI-PLANNED-17H06353, KAKENHI-PROJECT-21K06098
[雑誌論文] Acceleration of Environmental Electrostatic Potential Using Cholesky Decomposition with Adaptive Metric (CDAM) for Fragment Molecular Orbital (FMO) Method2021
- 著者名/発表者名
  Okiyama Yoshio、Nakano Tatsuya、Watanabe Chiduru、Fukuzawa Kaori、Komeiji Yuto、Segawa Katsunori、Mochizuki Yuji
- 雑誌名
  
  Bulletin of the Chemical Society of Japan
  
  巻: 94 号: 1 ページ: 91-96
- DOI
  10.1246/bcsj.20200227
- NAID
  130007968771
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[雑誌論文] Statistical interaction analyses between SARS-CoV-2 main protease and inhibitor N3 by combining molecular dynamics simulation and fragment molecular orbital calculation2021
- 著者名/発表者名
  Hatada Ryo、Okuwaki Koji、Akisawa Kazuki、Mochizuki Yuji、Handa Yuma、Fukuzawa Kaori、Komeiji Yuto、Okiyama Yoshio、Tanaka Shigenori
- 雑誌名
  
  Applied Physics Express
  
  巻: 14 号: 2 ページ: 027003-027003
- DOI
  10.35848/1882-0786/abdac6
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010, KAKENHI-PROJECT-18K03825, KAKENHI-PLANNED-17H06353
[雑誌論文] Fragment molecular orbital based interaction analyses on complexes between SARS-CoV-2 RBD variants and ACE22021
- 著者名/発表者名
  Akisawa Kazuki、Hatada Ryo、Okuwaki Koji、Kitahara Shun、Tachino Yusuke、Mochizuki Yuji、Komeiji Yuto、Tanaka Shigenori
- 雑誌名
  
  Japanese Journal of Applied Physics
  
  巻: 60 号: 9 ページ: 090901-090901
- DOI
  10.35848/1347-4065/ac1857
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010, KAKENHI-PLANNED-17H06353
[雑誌論文] Interaction analyses of SARS-CoV-2 spike protein based on fragment molecular orbital calculations2021
- 著者名/発表者名
  Akisawa Kazuki、Hatada Ryo、Okuwaki Koji、Mochizuki Yuji、Fukuzawa Kaori、Komeiji Yuto、Tanaka Shigenori
- 雑誌名
  
  RSC Advances
  
  巻: 11 号: 6 ページ: 3272-3279
- DOI
  10.1039/d0ra09555a
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010, KAKENHI-PROJECT-18K03825, KAKENHI-PLANNED-17H06353
[雑誌論文] FMO Interfaced with Molecular Dynamics Simulation2021
- 著者名/発表者名
  Komeiji Yuto、Ishikawa Takeshi
- 雑誌名
  
  Recent advances of the fragment molecular orbital method
  
  巻: - ページ: 373-389
- DOI
  10.1007/978-981-15-9235-5_19
- ISBN
  9789811592348, 9789811592355
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010, KAKENHI-PROJECT-18K11536
[雑誌論文] Ab Initio Fragment Molecular Orbital-Based Molecular Dynamics (FMO-MD) Simulations of (NH3)32 Cluster: Effects of Electron Correlation2020
- 著者名/発表者名
  Ninomiya Moeko、Doi Hideo、Matsumoto Yoshiteru、Mochizuki Yuji、Komeiji Yuto
- 雑誌名
  
  Bulletin of the Chemical Society of Japan
  
  巻: 93 号: 4 ページ: 553-560
- DOI
  10.1246/bcsj.20190320
- NAID
  130007831644
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05029, KAKENHI-PROJECT-19K12010
[雑誌論文] Fragment Molecular Orbital Based Interaction Analyses on COVID-19 Main Protease ? Inhibitor N3 Complex (PDB ID: 6LU7)2020
- 著者名/発表者名
  Hatada Ryo、Okuwaki Koji、Mochizuki Yuji、Handa Yuma、Fukuzawa Kaori、Komeiji Yuto、Okiyama Yoshio、Tanaka Shigenori
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 60 号: 7 ページ: 3593-3602
- DOI
  10.1021/acs.jcim.0c00283
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010, KAKENHI-PROJECT-18K03825, KAKENHI-PLANNED-17H06353
[雑誌論文] Accuracy of the Fragment Molecular Orbital (FMO) Calculations for DNA: Total Energy, Molecular Orbital, and Inter-Fragment Interaction Energy2014
- 著者名/発表者名
  K. Fukuzawa, C. Watanabe, I. Kurisaki, N. Taguchi, Y. Mochizuki, T. Nakano, S. Tanaka, Y. Komeiji
- 雑誌名
  
  Computational and Theoretical Chemistry
  
  巻: 1034 ページ: 7-16
- DOI
  10.1016/j.comptc.2014.02.002
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023, KAKENHI-PROJECT-23540451, KAKENHI-PROJECT-26460035
[雑誌論文] Electron- Correlated Fragment-Molecular-Orbital Calculations for Biomolecular and Nano Systems2014
- 著者名/発表者名
  S. Tanaka, Y. Mochizuki, Y. Komeiji, Y. Okiyama, K. Fukuzawa
- 雑誌名
  
  Phys. Chem. Chem. Phys
  
  巻: 16 号: 22 ページ: 10310-10344
- DOI
  10.1039/c4cp00316k
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023, KAKENHI-PROJECT-23540451, KAKENHI-PROJECT-26460035
[雑誌論文] フラグメント分子軌道法を用いた分子シミュレーション2013
- 著者名/発表者名
  古明地勇人
- 雑誌名
  
  日本化学会情報化学部会誌
  
  巻: 31 号: 3 ページ: 76
- DOI
  10.11546/cicsj.31.76
- NAID
  130003382482
- ISSN
  0913-3747, 1347-2283
- 言語
  日本語
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[雑誌論文] ポリペプチドの<i>ab initio</i> FMO-MDシミュレーションのためのDynamic fragmentation with static fragments (DF/SF)アルゴリズム2013
- 著者名/発表者名
  Y. Komeiji, T. Fujiwara, Y. Okiyama, Y. Mochizuki
- 雑誌名
  
  ＣＢＩジャーナル
  
  巻: 13 号: 0 ページ: 45-57
- DOI
  10.1273/cbij.13.45
- NAID
  130004138128
- ISSN
  1347-0442, 1347-6297
- 言語
  英語
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[雑誌論文] FMO-MD Simulations on Hydration of Formaldehyde in Water Solution with Constraint Dynamics2012
- 著者名/発表者名
  M. Sato, H. Yamataka, Y. Komeiji, Y. Mochizuki
- 雑誌名
  
  Chem. Eur. J
  
  巻: 18 号: 31 ページ: 9714-9721
- DOI
  10.1002/chem.201200874
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[雑誌論文] Fragment molecular orbital-based molecular dynamics (FMO-MD) method with MP2 gradient.2011
- 著者名/発表者名
  Y.Mochizuki, T.Nakano, Y.Komeiji, K.Yamashita, Y.Okiyama, H.Yoshikawa, H.Yamataka
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters
  
  巻: 504 ページ: 95-99
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[雑誌論文] Fragment Molecular Orbital-Based Molecular Dynamics (FMO-MD) Method with MP2 Gradient2011
- 著者名/発表者名
  Y.Mochizuki, T.Nakano, K.Komeiji, K.Yamashita, Y.Okiyama, H.Yoshikawa, H.Yamataka
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters
  
  巻: 504 号: 1-3 ページ: 95-99
- DOI
  10.1016/j.cplett.2011.01.039
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[雑誌論文] Does Amination of Formaldehyde Proceeds through Zwitterionic Intermediate in Water? FMO-MD Simulations by Using Constraint Dynamics2010
- 著者名/発表者名
  M.Sato, H.Yamataka, Y.Komeiji, Y.Mochizuki, T.Nakano
- 雑誌名
  
  Chemistry, A European Journal
  
  巻: 16 ページ: 6430-6433
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[雑誌論文] Three-body expansion and generalized dynamic fragmentation improve the Fragment Molecular Orbital-based Molecular Dynamics (FMO-MD)2010
- 著者名/発表者名
  Y.Komeiji, Y.Mochizuki, T.Nakano
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters
  
  巻: 484 ページ: 380-386
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[学会発表] スパイクタンパク質の残基間相互作用エネルギーのテンソル分解による解析2022
- 著者名/発表者名
  奥脇弘次秋澤和輝畑田陵藤田駿明望月祐志福澤薫古明地勇人田中成典
- 学会等名
  応用物理学会春季学術講演会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[学会発表] テンソル分解を用いたタンパク-リガンド間相互作用の時系列解析2021
- 著者名/発表者名
  畑田陵, 藤田駿明、奥脇弘次, 福澤薫,古明地勇人, 田中成典、望月祐志
- 学会等名
  第68回応用物理学会春季学術講演会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[学会発表] FMO計算による変異 RBDと ACE2複合体の相互作用解析2021
- 著者名/発表者名
  半田佑磨, 川嶋裕介, 畑田陵, 奥脇弘次, 望月祐志, 古石誉之, 米持悦生, 本間光貴, 古明地勇人, 田中成典, 福澤薫
- 学会等名
  日本薬学会構造活性相関部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[学会発表] ERリガンド類のFMO相互作用エネルギーテンソルに関するTucker分解2021
- 著者名/発表者名
  畑田陵藤田駿明奥脇弘次望月祐志古明地勇人福澤薫田中成典
- 学会等名
  日本コンピューター化学会春季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[学会発表] FMO動的相互作用解析によるSARS-CoV-2 メインプロテアーゼと既存薬のポーズ推定と結合性予測2021
- 著者名/発表者名
  半田佑磨奥脇弘次畑田陵望月祐志古明地勇人田中成典古石誉之米持悦生川嶋裕介本間光貴福澤薫
- 学会等名
  日本コンピュータ化学会春季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[学会発表] フラグメント分子軌道計算を用いたSARS-CoV-2スパイクタンパク質内部の相互作用解析2021
- 著者名/発表者名
  秋澤和輝,畑田陵,奥脇弘次,望月祐志,古明地勇人
- 学会等名
  第68回応用物理学会春季学術講演会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[学会発表] 新型コロナウイルスのスパイクタンパク質に関するFMO相互作用解析2021
- 著者名/発表者名
  秋澤和輝畑田陵奥脇弘次北原駿太刀野雄介望月祐志古明地勇人田中成典
- 学会等名
  分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[学会発表] FMO計算による変異 RBDと ACE2複合体の相互作用解析2021
- 著者名/発表者名
  秋澤和輝畑田陵奥脇弘次北原駿太刀野雄介望月祐志古明地勇人田中成典
- 学会等名
  応用物理学会秋季学術講演会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[学会発表] スーパーコンピュータを用いた新型コロナウィルスの関連タンパク質の大規模FMO計算2021
- 著者名/発表者名
  望月祐志奥脇弘次畑田陵秋澤和輝福澤薫半田佑磨川嶋裕介古明地勇人坂倉耕太渡邊啓正田中成典
- 学会等名
  理論化学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[学会発表] フラグメント分子軌道法を用いたSARS-CoV-2スパイクタンパク質の相互作用解析2020
- 著者名/発表者名
  秋澤和輝,畑田陵,奥脇弘次,八幡研一郎,望月祐志,古明地勇人,福澤薫,田中成典
- 学会等名
  第81回応用物理学会秋季学術講演会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[学会発表] フラグメント分子軌道法によるSARS-CoV-2 Mproと阻害剤の相互作用解析2020
- 著者名/発表者名
  川嶋裕介、半田佑磨,奥脇弘次,望月祐志,古明地勇人,田中成典、渡邉千鶴、本間光貴、福澤薫
- 学会等名
  第48回構造活性相関シンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[学会発表] タンパク質のアミノ酸残基間のIFIEに関する機械学習2020
- 著者名/発表者名
  畑田陵,八幡研一郎、藤本真悠、奥脇弘次,田中成典、福澤薫,古明地勇人,望月祐志
- 学会等名
  第48回構造活性相関シンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[学会発表] Prediction Binding of Existing Drugs to SARS-CoV-2 Main Protease Using Molecular Dynamics and Fragment Molecular Orbital Calculations2020
- 著者名/発表者名
  半田佑磨,川嶋裕介、畑田陵,畑田陵,奥脇弘次,秋澤和輝、望月祐志,古明地勇人,,田中成典、古石誉之、福澤薫,米持悦生
- 学会等名
  CBI学会2020年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[学会発表] 新型コロナウイルスのスパイクタンパク質に関するFMO相互作用解析2020
- 著者名/発表者名
  秋澤和輝,畑田陵,奥脇弘次,望月祐志,福澤薫,古明地勇人,田中成典
- 学会等名
  日本コンピュータ化学会秋季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[学会発表] フラグメント分子軌道法(FMO法)による一本鎖DNAと結合タンパク質の相互作用解析2019
- 著者名/発表者名
  古明地勇人、沖山佳生、望月祐志、福澤薫
- 学会等名
  極限環境生物学会第20回年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12010
[学会発表] Explicit Solvation Modulates Intra- and Inter-Molecular Interactions Within DNA : Electronic Aspects Revealed by the Ab Initio Fragment Molecular Orbital (FMO) Method2014
- 著者名/発表者名
  K. Fukuzawa, I. Kurisaki, C. Watanabe, Y. Okiyama, Y. Mochizuki, S. Tanaka, Y. Komeiji
- 学会等名
  58th Annual Meeting of Biophysical Society
- 発表場所
  San Francisco, USA
- 年月日
  2014-02-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[学会発表] FMO-MDを用いた水溶液中におけるt-BuClの加水分解反応シミュレーション2012
- 著者名/発表者名
  佐藤真、山高博、古明地勇人、望月祐志、中野達也
- 学会等名
  第92日本化学会春季年会
- 発表場所
  神奈川
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[学会発表] Ab Initio Fragment Molecular Orbital-Molecular Dynamics (FMO-MD) Simulation on Hydrolysis of Anticancer Platinum Complexes2011
- 著者名/発表者名
  H.Mori, N.Hirayama, Y.Komeiji, Y.Mochizuki
- 学会等名
  The World Association of Theoretical and Computational Chemists 2011
- 発表場所
  Santiago de Compostela, Spain
- 年月日
  2011-07-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[学会発表] FMO-MD Simulations for Hydrated Trivalent Lanthanide Ions2011
- 著者名/発表者名
  T.Fujiwara, Y.Mochizuki, H.Mori, Y.Komeiji, T.Nakano, Y.Okiyama, E.Miyoshi
- 学会等名
  The World Association of Theoretical and Computational Chemists 2011
- 発表場所
  Santiago de Compostela, Spain
- 年月日
  2011-07-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[学会発表] Ab Initio Fragment Molecular Orbital-Molecular Dynamics (FMO-MD) Study of Solvation Differences Between Cis- and Trans-Platins in Water2011
- 著者名/発表者名
  H.Mori, N.Hirayama, Y.Komeiji, Y., Mochizuki
- 学会等名
  7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
- 発表場所
  Tokyo
- 年月日
  2011-09-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[学会発表] FMO-MD Simulations for Hydrated Trivalent Lanthanide Ions using 4f-In-Core Model Core Potentials2011
- 著者名/発表者名
  T.Fujiwara, Y.Mochizuki, H.Mori, Y.Komeiji, T.Nakano, Y.Okiyama, E.Miyoshi
- 学会等名
  7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
- 発表場所
  Tokyo
- 年月日
  2011-09-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[学会発表] Hydrolysis of Anticancer Platinum Complexes : a Relativistic FMO-MD Study2011
- 著者名/発表者名
  N.Hirayama, H.Mori, Y.Komeiji, Y.Mochizuki
- 学会等名
  The World Association of Theoretical and Computational Chemists 2011
- 発表場所
  Santiago de Compostela, Spain
- 年月日
  2011-07-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[学会発表] The Differences in Hydration Structures of Cis/Trans-Platin : An Ab Initio Molecular Dynamics Study in the Activation Processes of Their Anticancer Function2011
- 著者名/発表者名
  H.Mori, N.Hirayama, Y.Komeiji, Y.Mochizuki
- 学会等名
  The World Association of Theoretical and Computational Chemists 2011
- 発表場所
  Santiago de Compostela, Spain
- 年月日
  2011-07-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[学会発表] MDを利用した水溶液中におけるt-BuClの加水分解反応シミュレーション2010
- 著者名/発表者名
  佐藤真、山高博、古明地勇人、望月祐志、中野達也
- 学会等名
  第21回基礎有機化学討論会
- 発表場所
  名古屋
- 年月日
  2010-09-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[学会発表] Explicit solvation modulates intra- and inter-molecular interactions within DNA: electronic aspects revealed by the ab initio Fragment Molecular Orbital (FMO) method
- 著者名/発表者名
  K. Fukuzawa, I. Kurisaki, C. Watanabe, Y. Okiyama, Y. Mochizuki, S. Tanaka, Y. Komeiji
- 学会等名
  58th Annual Meeting of Biophysical Society
- 発表場所
  San Francisco, USA
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023
[学会発表] ABINIT-MPによる京でのフラグメント分子軌道計算
- 著者名/発表者名
  沖山佳生, 渡邉千鶴, 望月祐志, 坂倉耕太, 山本純一, 野口孝明, 小久保達信, 新宮哲, 古明地勇人, 福澤薫, 中野達也, 田中成典
- 学会等名
  日本化学会2014春季年会
- 発表場所
  名古屋
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22350023

1. 山高博 (60029907)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 6件
2. 望月祐志 (00434209)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 20件
3. 佐藤真 (10634347)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 4件
4. 北浦和夫 (30132723)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 上林正巳 (70356559)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 松本剛昭

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

古明地 勇人 Komeiji Yuto

研究課題

研究成果

共同研究者

多重極子展開による環境静電ポテンシャルを用いた周期境界条件FMO-MDの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

有機反応ダイナミクス支配現象の微視的解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

全電子MO計算によるK^+漏洩チャネル蛋白質のイオン選択と透過機構の研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] フラグメント分子軌道法と分子動力学シミュレーション「レアメタル・希少金属リサイクル技術の最先端」2011

著者名/発表者名

出版者

データソース

[図書] フラグメント分子軌道法と分子動力学シミュレーション レアメタル・希少金属リサイクル技術の最先端2011

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[雑誌論文] Dynamic Cooperativity of Ligand?Residue Interactions Evaluated with the Fragment Molecular Orbital Method2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Ca2+-ATPase Molecules as a Calcium-Sensitive Membrane-Endoskeleton of Sarcoplasmic Reticulum2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Collective residue interactions in trimer complexes of SARS-CoV-2 spike proteins analyzed by fragment molecular orbital method2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Acceleration of Environmental Electrostatic Potential Using Cholesky Decomposition with Adaptive Metric (CDAM) for Fragment Molecular Orbital (FMO) Method2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Statistical interaction analyses between SARS-CoV-2 main protease and inhibitor N3 by combining molecular dynamics simulation and fragment molecular orbital calculation2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Fragment molecular orbital based interaction analyses on complexes between SARS-CoV-2 RBD variants and ACE22021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Interaction analyses of SARS-CoV-2 spike protein based on fragment molecular orbital calculations2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] FMO Interfaced with Molecular Dynamics Simulation2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

ISBN

データソース

[雑誌論文] Ab Initio Fragment Molecular Orbital-Based Molecular Dynamics (FMO-MD) Simulations of (NH3)32 Cluster: Effects of Electron Correlation2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

古明地勇人 Komeiji Yuto

[図書] フラグメント分子軌道法と分子動力学シミュレーションレアメタル・希少金属リサイクル技術の最先端2011

[学会発表] FMO計算による変異 RBDと ACE2複合体の相互作用解析2021