八木清 Yagi Kiyoshi

研究者番号	30401128
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 筑波大学, 数理物質系, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2020年度 – 2024年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 専任研究員 2016年度 – 2017年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 専任研究員 2011年度: 山梨大学, 講師 2009年度 – 2010年度: 山梨大学, 燃料電池ナノ材料研究センター, 特任講師 2008年度: 東京大学, 大学院・工学系研究科, 助教
審査区分/研究分野	研究代表者小区分32010:基礎物理化学関連 / 理工系 / 複合領域 / 理工系 / 物理化学
キーワード	研究代表者量子化学計算 / QM/MM計算 / 分子振動 / 分子動力学計算 / 蛍光プローブ / 非調和計算 / 量子動力学 / 光化学反応 / 酵素反応 / 励起状態ダイナミクス … もっと見る / ロドプシン / 光駆動タンパク質 / 非断熱遷移 / 蛍光プローブ分子 / イメージング / 量子化学 / タンパク質・リガンド相互作用 / 蛍光イメージング / ポリペプチド / プロトン化水クラスター / 理論化学 / 希ガス効果 / 高分子材料の水和 / 非調和性 / 分子振動解析 / クラスター / 密度汎関数法 / 過剰電子 / 非調和 / 量子ダイナミクス隠す

高速QM/MM自由エネルギー計算法の開発と新規蛍光プローブの分子設計研究代表者
- 研究代表者
  
  八木清
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2026
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分32010:基礎物理化学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
非断熱QM/MM分子動力学計算による光駆動タンパク質の反応ダイナミクス研究代表者
- 研究代表者
  
  八木清
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2023
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  複合領域
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
QM/MMに基づく分子動力学計算による新規蛍光プローブの分子設計研究代表者
- 研究代表者
  
  八木清
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分32010:基礎物理化学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
生体分子系に対する振動状態理論の開発と応用研究代表者
- 研究代表者
  
  八木清
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2017
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
非調和振動理論の新しい展開-水素結合クラスターへの応用研究代表者
- 研究代表者
  
  八木清
- 研究期間 (年度)
  2010
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  山梨大学
水クラスターアニオンの生成機構に対する理論的研究研究代表者
- 研究代表者
  
  八木清
- 研究期間 (年度)
  2009 – 2010
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  物理化学
- 研究機関
  山梨大学
振動ダイナミクスの新しい理論と水素結合系への応用研究代表者
- 研究代表者
  
  八木清
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2009
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  山梨大学
   東京大学

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すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Similarity scores of vibrational spectra reveal the atomistic structure of pentapeptides in multiple basins2024
- 著者名/発表者名
  Otaki Hiroki、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki、Sugita Yuji、Yagi Kiyoshi
- 雑誌名
  
  Physical Chemistry Chemical Physics
  
  巻: 26 号: 13 ページ: 9906-9914
- DOI
  10.1039/d4cp00064a
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[雑誌論文] Allosteric regulation of ホイ-reaction stage I in tryptophan synthase upon the ホア-ligand binding2023
- 著者名/発表者名
  Shingo Ito, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita
- 雑誌名
  
  J. Chem. Phys.
  
  巻: 158 号: 11 ページ: 115101-115101
- DOI
  10.1063/5.0134117
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20H02701, KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[雑誌論文] General Design Strategy to Precisely Control the Emission of Fluorophores via a Twisted Intramolecular Charge Transfer (TICT) Process2022
- 著者名/発表者名
  Hanaoka Kenjiro、Iwaki Shimpei、Yagi Kiyoshi、Myochin Takuya、Ikeno Takayuki、Ohno Hisashi、Sasaki Eita、Komatsu Toru、Ueno Tasuku、Uchigashima Motokazu、Mikuni Takayasu、Tainaka Kazuki、Tahara Shinya、Takeuchi Satoshi、Tahara Tahei、Uchiyama Masanobu、Nagano Tetsuo、Urano Yasuteru
- 雑誌名
  
  Journal of the American Chemical Society
  
  巻: 144 号: 43 ページ: 19778-19790
- DOI
  10.1021/jacs.2c06397
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K19355, KAKENHI-ORGANIZER-20H05914, KAKENHI-PLANNED-20H05918, KAKENHI-ORGANIZER-21H05258, KAKENHI-PLANNED-21H05262, KAKENHI-PLANNED-22H05125, KAKENHI-PUBLICLY-22H05491, KAKENHI-PROJECT-19H05632, KAKENHI-PROJECT-19H00889, KAKENHI-PROJECT-22H00320, KAKENHI-PROJECT-20H02701, KAKENHI-PROJECT-20H03337, KAKENHI-PROJECT-20H03349, KAKENHI-PROJECT-21F21113, KAKENHI-PUBLICLY-21H00188, KAKENHI-PROJECT-23K23484, KAKENHI-PROJECT-23K24198
[雑誌論文] Weight average approaches for predicting dynamical properties of biomolecules2022
- 著者名/発表者名
  Yagi Kiyoshi、Re Suyong、Mori Takaharu、Sugita Yuji
- 雑誌名
  
  Current Opinion in Structural Biology
  
  巻: 72 ページ: 88-94
- DOI
  10.1016/j.sbi.2021.08.008
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06532, KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PLANNED-21H05157, KAKENHI-PROJECT-20H02701, KAKENHI-PROJECT-19H05645
[雑誌論文] Computational analysis on the allostery of tryptophan synthase: relationship between α/β-ligand binding and distal domain closure2022
- 著者名/発表者名
  Shingo Ito, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita
- 雑誌名
  
  J. Phys. Chem. B
  
  巻: 126 号: 17 ページ: 3300-3308
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.2c01556
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20H02701
[雑誌論文] Towards complete assignment of the infrared spectrum of the protonated water cluster H+(H2O)212021
- 著者名/発表者名
  Liu Jinfeng、Yang Jinrong、Zeng Xiao Cheng、Xantheas Sotiris S.、Yagi Kiyoshi、He Xiao
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 12 号: 1 ページ: 6141-6141
- DOI
  10.1038/s41467-021-26284-x
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02701
[雑誌論文] Retinal Vibrations in Bacteriorhodopsin are Mechanically Harmonic but Electrically Anharmonic: Evidence From Overtone and Combination Bands2021
- 著者名/発表者名
  Lorenz-Fonfria Victor A.、Yagi Kiyoshi、Ito Shota、Kandori Hideki
- 雑誌名
  
  Frontiers in Molecular Biosciences
  
  巻: 8 ページ: 749261-749261
- DOI
  10.3389/fmolb.2021.749261
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02701, KAKENHI-PROJECT-21H04969
[雑誌論文] Exploring the Minimum-Energy Pathways and Free-Energy Profiles of Enzymatic Reactions with QM/MM Calculations2021
- 著者名/発表者名
  Yagi Kiyoshi、Ito Shingo、Sugita Yuji
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 125 号: 18 ページ: 4701-4713
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.1c01862
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02701, KAKENHI-PROJECT-19H05645
[雑誌論文] Anharmonic Vibrational Calculations Based on Group-Localized Coordinates: Applications to Internal Water Molecules in Bacteriorhodopsin2021
- 著者名/発表者名
  Yagi Kiyoshi、Sugita Yuji
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 17 号: 8 ページ: 5007-5020
- DOI
  10.1021/acs.jctc.1c00060
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02701, KAKENHI-PROJECT-19H05645
[雑誌論文] Fundamental peak disappears upon binding of noble gas: a case of vibrational spectrum of PtCO in argon matrix2018
- 著者名/発表者名
  Yuriko Ono, Kiyoshi Yagi, Toshiyuki Takayanagi, and Tetsuya Taketsugu
- 雑誌名
  
  Phys. Chem. Chem. Phys.
  
  巻: 20 号: 5 ページ: 3296-3302
- DOI
  10.1039/c7cp06713e
- NAID
  120006552866
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0047, KAKENHI-PUBLICLY-16H00857, KAKENHI-PUBLICLY-16H00932, KAKENHI-PROJECT-17KT0093
[雑誌論文] Infrared Spectra of Protonated Water Clusters, H+(H2O)4, in Eigen and Zundel Forms Studied by Vibrational Quasi-Degenerate Perturbation Theory2017
- 著者名/発表者名
  K. Yagi and B. Thomsen
- 雑誌名
  
  Journal of Physical Chemistry A
  
  巻: 121 号: 12 ページ: 2386-2398
- DOI
  10.1021/acs.jpca.6b11189
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00857
[雑誌論文] Weight-Averaged Anharmonic Vibrational Analysis of Hydration Structures of Polyamide 62017
- 著者名/発表者名
  Thomsen Bo、Kawakami Tomonori、Shigemoto Isamu、Sugita Yuji、Yagi Kiyoshi
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 121 号: 24 ページ: 6050-6063
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.7b00372
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00857
[雑誌論文] Anharmonic Vibrational Analyses of Pentapeptide Conformations Explored with Enhanced Sampling Simulations2016
- 著者名/発表者名
  H. Otaki, K. Yagi, S. Ishiuchi, M. Fujii, and Y. Sugita
- 雑誌名
  
  Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 120 号: 39 ページ: 10199-10213
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.6b06672
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00857, KAKENHI-PLANNED-25104008, KAKENHI-PLANNED-26119006
[雑誌論文] Quantum and classical vibrational relaxation dynamics of N-methylacetamide onab initio potential energy surfaces2009
- 著者名/発表者名
  H. Fujisaki, K. Yagi, J.E. Straub, and G. Stock
- 雑誌名
  
  International Journal of Quantum Chemistry 110
  
  ページ: 2047-2057
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20050006
[雑誌論文] Infrared spectra of water molecule encapsulated inside fullerene studied by inslantaneous vibrational analysis2009
- 著者名/発表者名
  K. Yagi and D. Watanabe
- 雑誌名
  
  International Journal of Quantum Chemistry 110
  
  ページ: 2080-2090
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20050006
[雑誌論文] First-principles quantum calculations on the infrared spectrum and vibrational dynamics of the guanine-cytosine base pair2009
- 著者名/発表者名
  K.Yagi
- 雑誌名
  
  ChemPhysChem 10
  
  ページ: 1442-1444
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21750010
[雑誌論文] First-principles quantum calculations on the infrared spectrum and vibrational dynamics of the guanine-cytosine base pair2009
- 著者名/発表者名
  K.Yagi
- 雑誌名
  
  ChemPhysChem 10
  
  ページ: 1442-1444
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20050006
[雑誌論文] Coupled-cluster and many-body perturbation study of energies, structures, and phonon dispersions of solid hydrogen fluoride2009
- 著者名/発表者名
  O. Sode, M. Keceli, S. Hirata, and K. Yagi
- 雑誌名
  
  International Journal of Quantum Chemistry 109
  
  ページ: 1928-1939
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20050006
[雑誌論文] Water cluster anions studied by the long-range corrected, density functional theory2008
- 著者名/発表者名
  K. Yagi, Y. Okano, T. Sato. Y. Kawashima, T. Tsuneda, and K. Hirao
- 雑誌名
  
  Journal of Physical Chemistry A 112
  
  ページ: 9845-9853
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20050006
[雑誌論文] Vibrational quasi-degenerate perturbation theory : Applications to Fermi resonance in CO_2, H_2CO, and C_6H_62008
- 著者名/発表者名
  K. Yagi, S. Hirata, and K. Hirao
- 雑誌名
  
  Physical Chemistry Chemical Physics 10
  
  ページ: 1781-1788
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20050006
[雑誌論文] Anharmonic vibrational frequencies and vibrationally averaged structures and NMR parameters of FHF-2008
- 著者名/発表者名
  S. Hirata, K. Yagi, S. A. Perera, S. Yamazaki, and K. Hirao
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics 128
  
  ページ: 214305-214305
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20050006
[学会発表] Similarity scoreによる振動スペクトルの一致度評価とピーク帰属2024
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  日本化学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] QM/MM法の開発と酵素反応・光化学反応への応用2023
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  タンパク質科学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] Acceleration of QM/MM-MD and Free-Energy Calculations of Enzymatic Reactions2023
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Yagi
- 学会等名
  Multi-scale Molecular Dynamics Simulation and Machine Learning of Biomolecular Systems
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] Anharmonic vibrational calculations of biomolecules and polymers based on local coordinates2023
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Yagi
- 学会等名
  The 5th Conference of Theory and Applications of Computational Chemistry
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] 高速QM/MM計算の開発と蛍光プローブ設計への応用2023
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  新学術領域「高速分子動画」第2回若手シンポジウム
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] Anharmonic vibrational calculations of complex systems: Applications to biomolecules and polymer materials2023
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Yagi
- 学会等名
  Einladung zum Mini-Symposium, Current developments in vibrational structure theory
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] Development of non-adiabatic QM/MM molecular dynamics method and applications to light-driven proteins2023
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Yagi
- 学会等名
  生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] 非断熱QM/MM分子動力学計算による光駆動タンパク質の反応ダイナミクス2022
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  第20回「高速分子動画」オンラインセミナー
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02701
[学会発表] Searching for the Structure of a Capped Pentapeptide, SIVSF, Using a Similarity Score of Infrared Spectra2022
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Yagi
- 学会等名
  3rd International Symposium of JSPS Core-to-Core Program on Molecular Recognition Mechanism between Flexible Molecules
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] 非調和性を考慮した振動スペクトル計算手法の開発と応用2022
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  日本分光学会年次講演会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] Searching for the Structure of a Capped Pentapeptide, SIVSF, Using a Similarity Score of Infrared Spectra2022
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Yagi
- 学会等名
  3rd International Symposium of JSPS Core-to-Core Program on “Molecular Recognition Mechanism between Flexible Molecules”
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02701
[学会発表] Anharmonic Vibrational Analyses of Bacteriorhodopsin by QM/MM Calculations2022
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Yagi
- 学会等名
  19th International Conference on Retinal Protein
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] Development of QM/MM methods and applications to chemical reactions of biomolecules2022
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  開拓研究本部化学・工学合同ワークショップ
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] 量子化学と分子動力学の融合によるアニオン交換膜の理論解析2022
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  第1回有機イオニクスワークショップ
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] QM/MM法の開発と生体分子の振動解析と化学反応への応用2022
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  物性研短期研究会「理論タンパク質物性科学の最前線：理論と実験との密な協働」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] 高速QM/MM計算の開発と生体分子ダイナミクスへの応用2022
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  第35回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02701
[学会発表] Development of QM/MM methods and applications to chemical reactions of biomolecules2022
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Yagi
- 学会等名
  Tokyo Metropolitan University, Mini workshop
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02701
[学会発表] 非断熱QM/MM分子動力学計算による光駆動タンパク質の反応ダイナミクス2022
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  第20回「高速分子動画」オンラインセミナー
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] Development of QM/MM methods and applications to chemical reactions of biomolecules2022
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Yagi
- 学会等名
  Tokyo Metropolitan University, Mini workshop
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] 分子動力学計算によるトリプトファン合成酵素におけるアロステリック機構の解明2022
- 著者名/発表者名
  伊東真吾,八木清,杉田有治
- 学会等名
  第22回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] QM/MM法の開発と生体分子の振動解析と化学反応への応用2022
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  物性研短期研究会「理論タンパク質物性科学の最前線：理論と実験との密な協働」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02701
[学会発表] Reaction dynamics of light-driven protein studied by non-adiabatic QM/MM molecular dynamics simulations2022
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Yagi
- 学会等名
  Molecular Movies International Symposium 2022
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
[学会発表] Anharmonic vibrational calculations of hydrogen bond network in protein using vibrational quasi-degenerate perturbation theory with localized coordinates2021
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Yagi
- 学会等名
  Pacifichem 2020, Advances in Hydrogen Bond Research
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02701
[学会発表] QM/MM法の開発と生体分子の化学反応解析2021
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2021」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02701
[学会発表] 量子化学と分子動力学の融合が拓く高分子の分子機能解析2021
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  第1回溶液化学夏季講演会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02701
[学会発表] Finding the reaction path of metalloenzyme using QM/MM in GENESIS2021
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Yagi
- 学会等名
  Pacifichem 2020, X-ray Free Electron Laser & Multidisciplinary Approaches: New Challenges in Metals in Structural Biology
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02701
[学会発表] 計算化学と振動分光の融合による高分子内分子動態解析法の開発と応用2020
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  第69回高分子討論会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02701
[学会発表] 大規模QM/MM計算が拓く生命科学のフロンティア2020
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  第1回ピコバイオロジー研究会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02701
[学会発表] GENESISへのQM/MM法の実装と酵素反応の反応経路探索2017
- 著者名/発表者名
  八木清、杉田有治
- 学会等名
  第11回分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00857
[学会発表] Hydrogen-bond structure of biological molecular recognition systems studied by gas-phase infrared spectroscopy and anharmonic vibrational calculations2017
- 著者名/発表者名
  八木清、藤井正明
- 学会等名
  日本化学会春季年会
- 発表場所
  慶応大学日吉キャンパス（神奈川県横浜市）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00857
[学会発表] QM/MM法に基づく非調和振動解析法の開発と生体分子への応用2017
- 著者名/発表者名
  八木清、杉田有治
- 学会等名
  第17回日本タンパク質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00857
[学会発表] A mixed quantum/classical approach for predicting amide vibrational bands of sphingomyelin bilayer2017
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Yagi
- 学会等名
  University of Strasbourg - RIKEN Workshop on Membrane Lipidology
- 発表場所
  ストラスブルグ、フランス
- 年月日
  2017-03-09
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00857
[学会発表] Development of vibrational structure theory for biomolecules2017
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Yagi
- 学会等名
  International Symposium on "Studying the Function of Soft Molecular Systems"
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00857
[学会発表] GENESISを用いたQM/MM計算生体分子の振動解析と反応経路探索2017
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  北大理論化学研究会：実践理論化学の最前線
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00857
[学会発表] レプリカ交換分子動力学計算と非調和振動状態計算によるポリペプチドの構造決定2016
- 著者名/発表者名
  八木清、大滝大樹
- 学会等名
  HPCI第3回成果報告会
- 発表場所
  コクヨホール（東京都港区）
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00857
[学会発表] 生体分子系に対する振動状態理論の開発と応用2016
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  新学術領域「柔らかな分子系」第5回全体合宿
- 発表場所
  ホテルベルナティオ（新潟県十日町）
- 年月日
  2016-05-30
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00857
[学会発表] QM/MM法による生体分子の振動スペクトル計算法の開発と応用2016
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  「分子システム研究」第5回春合宿
- 発表場所
  かんぽの宿熱海（静岡県熱海市）
- 年月日
  2016-05-13
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00857
[学会発表] Anharmonic Vibrational Structure Calculations of Protonated Water Clusters, H+(H2O)4, in Eigen and Zundel Forms2016
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Yagi
- 学会等名
  WRHI International Workshop on Advanced Laser Spectroscopy for Soft Molecular Systems
- 発表場所
  東工大すずかけ台キャンパス（神奈川県横浜市）
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00857
[学会発表] 非調和性を考慮した第1原理分子振動状態理論の開発と応用2016
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  第10回分子科学討論会
- 発表場所
  神戸ファッションマート（兵庫県神戸市）
- 年月日
  2016-09-13
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00857
[学会発表] 生体分子系に対する振動状態理論の開発と応用2016
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  新学術領域「柔らかな分子系」第4回公開シンポジウム
- 発表場所
  名古屋工業大学（愛知県名古屋市）
- 年月日
  2016-10-27
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00857
[学会発表] 非調和振動理論と生体分子への応用2011
- 著者名/発表者名
  K.Yagi
- 学会等名
  日本化学会第91会春季年会
- 発表場所
  神奈川
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22018008
[学会発表] 分子科学の将来と理論の役割-5年,10年,20年と50年後2010
- 著者名/発表者名
  K.Yagi
- 学会等名
  特定領域研究-高次系分子科学第11回ミニ公開シンポジウム(若手の会)
- 発表場所
  秋保・宮城
- 年月日
  2010-11-27
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22018008
[学会発表] Vibrational theory for polyatomic molecules, cluster, and beyond2010
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  The 69th Okazaki Conference on "New Frontier in Quantum Chemical Dynamics"
- 発表場所
  愛知県岡崎市
- 年月日
  2010-02-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20050006
[学会発表] 非調和振動理論の新しい展開-水素結合クラスターへの応用2010
- 著者名/発表者名
  K.Yagi
- 学会等名
  特定領域研究(高次系分子科学)第4回公開シンポジウム
- 発表場所
  仙台・宮城
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22018008
[学会発表] Vibrational quasi-degenerate perturbation theory : Applications to nucleic acids2010
- 著者名/発表者名
  K.Yagi
- 学会等名
  The 10th mini-symposium on "Molecular Science for Supra-Functional Systems
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2010-09-04
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22018008
[学会発表] Vibrational Quasi-Degenerate Perturbation Theory2010
- 著者名/発表者名
  K.Yagi
- 学会等名
  PacifiChem 2010 "Computational Quantum Chemistry : Theory and Interactions with Experiment"
- 発表場所
  Hawaii, Waikiki
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22018008
[学会発表] Ab initio molecular dynamics simulations on the formation of the water cluster anion2010
- 著者名/発表者名
  K.Yagi
- 学会等名
  Molecular & Ionic Clusters Conference
- 発表場所
  新潟・十日町
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21750010
[学会発表] Novel dynamical theory for molecular vibrations and applications to hydrogen-bonded systems2009
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  The 3rd International Symposium on Molecular Science for Supra-Functional Systems
- 発表場所
  東京都
- 年月日
  2009-07-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20050006
[学会発表] Vibrational quasi-degenerate perturbation theory : Applications to nucleic acid base pairs2009
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  7th International Conference of Computational Methods in Science and Engineering
- 発表場所
  ギリシャロードス島
- 年月日
  2009-09-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21750010
[学会発表] Vibrational quasi-degenerate perturbation theory : Applications to nucleicacid base pairs2009
- 著者名/発表者名
  八木清
- 学会等名
  7th International Conference of Computational Methods in Science and Engineering
- 発表場所
  ギリシャロードス島
- 年月日
  2009-09-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20050006
[学会発表] 非調和性を考慮した瞬間振動状態解析法の開発2008
- 著者名/発表者名
  八木清, 平尾公彦
- 学会等名
  第2回分子科学討論会
- 発表場所
  福岡
- 年月日
  2008-09-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20050006
[学会発表] Ab initio MD法による水クラスターアニオン生成機構の理論的研究2008
- 著者名/発表者名
  渡邊裕一朗, 八木清, 川島雪生, 平尾公彦
- 学会等名
  第2回分子科学討論会
- 発表場所
  福岡
- 年月日
  2008-09-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20050006

1. 花岡健二郎 (70451854)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
2. 加藤幸一郎 (30888889)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 優乙石

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
4. 伊藤隆

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
5. 杉田有治

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
6. 武次徹也

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
7. 三國貴康

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
8. 森貴治

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

八木 清 Yagi Kiyoshi

研究課題

研究成果

共同研究者

高速QM/MM自由エネルギー計算法の開発と新規蛍光プローブの分子設計研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

非断熱QM/MM分子動力学計算による光駆動タンパク質の反応ダイナミクス研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

QM/MMに基づく分子動力学計算による新規蛍光プローブの分子設計研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

生体分子系に対する振動状態理論の開発と応用研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

非調和振動理論の新しい展開-水素結合クラスターへの応用研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

水クラスターアニオンの生成機構に対する理論的研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

振動ダイナミクスの新しい理論と水素結合系への応用研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] Similarity scores of vibrational spectra reveal the atomistic structure of pentapeptides in multiple basins2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Allosteric regulation of ホイ-reaction stage I in tryptophan synthase upon the ホア-ligand binding2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] General Design Strategy to Precisely Control the Emission of Fluorophores via a Twisted Intramolecular Charge Transfer (TICT) Process2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Weight average approaches for predicting dynamical properties of biomolecules2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Computational analysis on the allostery of tryptophan synthase: relationship between α/β-ligand binding and distal domain closure2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Towards complete assignment of the infrared spectrum of the protonated water cluster H+(H2O)212021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Retinal Vibrations in Bacteriorhodopsin are Mechanically Harmonic but Electrically Anharmonic: Evidence From Overtone and Combination Bands2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

八木清 Yagi Kiyoshi