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炭竈 享司  Sumikama Takashi

研究者番号 30579412
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0003-3696-5720
所属 (現在) 2025年度: 京都大学, 生命科学研究科, 特定講師
2025年度: 金沢大学, ナノ生命科学研究所, 特任助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2024年度 – 2025年度: 金沢大学, ナノ生命科学研究所, 特任助教
2019年度: 金沢大学, ナノ生命科学研究所, 特任助教
2018年度: 金沢大学, ナノ生命科学研究所, 博士研究員
2017年度: 福井大学, 学術研究院医学系部門, 特命助教
2014年度 – 2016年度: 福井大学, 医学部, 特命助教
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分28040:ナノバイオサイエンス関連 / 生物物理学 / 物理化学
研究代表者以外
中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野 / 小区分47020:薬系分析および物理化学関連 / 生理学一般
キーワード
研究代表者
分子動力学 / シミュレーション / 分子動力学法 / イオンチャネル / 原子間力顕微鏡 / 多量体形成 / チャネル / トキシン / 膜挿入 / 相互作用 … もっと見る / 膜 / タンパク質 / 細胞膜 / モデルチャネル / イオン選択性 / イオン透過 … もっと見る
研究代表者以外
イオンチャネル / 高速原子間力顕微鏡 / 記憶タンパク質 / 一分子計測・操作 / 記憶・学習 / 1分子イメージング・ナノ計測 / 分子動力学計算 / 電気生理 / 構造解析 / イオン選択性 / 原子間力顕微鏡 / 膜蛋白質 / 生理学 / 走査プローブ顕微鏡 / 蛋白質 / ゲーティング / 集合・離散 / 細胞膜 / チャネル / channel gating / clustering / membrane lipid / single-channel current / lipid bilayer 隠す
  • 研究課題

    (6件)
  • 研究成果

    (47件)
  • 共同研究者

    (8人)
  •  高速AFMによる記憶形成のタンパク質基盤解明

    • 研究代表者
      柴田 幹大
    • 研究期間 (年度)
      2025 – 2028
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 審査区分
      中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
    • 研究機関
      金沢大学
  •  原子間力顕微鏡による分子の構造と運動の同時計測法の理論開発と実在の分子への適用研究代表者

    • 研究代表者
      炭竈 享司
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分28040:ナノバイオサイエンス関連
    • 研究機関
      金沢大学
  •  イオンチャネルのイオン分別能を究める

    • 研究代表者
      入江 克雅
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2026
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分47020:薬系分析および物理化学関連
    • 研究機関
      和歌山県立医科大学
  •  イオンチャネルの多量体化の機構の解明とその生理的意義研究代表者

    • 研究代表者
      炭竈 享司
    • 研究期間 (年度)
      2017 – 2019
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      金沢大学
      福井大学
  •  チャネル機能発現における膜上集合・離散動態の新しい機構の解明

    • 研究代表者
      老木 成稔
    • 研究期間 (年度)
      2014 – 2016
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 研究分野
      生理学一般
    • 研究機関
      福井大学
  •  カリウムチャネルにおけるイオン選択性と透過機構を統一的に記述する理論の開発研究代表者

    • 研究代表者
      炭竈 享司
    • 研究期間 (年度)
      2014 – 2015
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      物理化学
    • 研究機関
      福井大学

すべて 2020 2019 2018 2017 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 学会発表

  • [雑誌論文] Computing Atomic Force Microscopy Images of Chromosomes using Polymer Simulation2020

    • 著者名/発表者名
      Sumikama Takashi、Foster Adam S.、Fukuma Takeshi
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 118 号: 3 ページ: 619a-619a

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2019.11.3341

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [雑誌論文] Induced-Fit Pathway Accelerated Binding of Agitoxin-2 to A K+ Channel Imaged by HS-AFM2020

    • 著者名/発表者名
      Sumino Ayumi、Sumikama Takashi、Uchihashi Takayuki、Oiki Shigetoshi
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 118 号: 3 ページ: 236a-236a

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2019.11.1392

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [雑誌論文] Computed Atomic Force Microscopy Images of Chromosomes by Calculating Forces with Oscillating Probes2019

    • 著者名/発表者名
      Sumikama Takashi、Foster Adam. S.、Fukuma Takeshi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry C

      巻: 124 号: 3 ページ: 2213-2218

    • DOI

      10.1021/acs.jpcc.9b10263

    • NAID

      120006780310

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H02111, KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [雑誌論文] Queueing arrival and release mechanism for K+ permeation through a potassium channel2019

    • 著者名/発表者名
      Takashi Sumikama, Shigetoshi Oiki
    • 雑誌名

      The Journal of Physiological Sciences

      巻: 69 ページ: 919-930

    • NAID

      120006715810

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [雑誌論文] High-speed AFM reveals accelerated binding of agitoxin-2 to a K+ channel by induced fit2019

    • 著者名/発表者名
      A. Sumino,T. Sumikama,T. Uchihashi,S. Oiki
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 5 号: 7 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1126/sciadv.aax0495

    • NAID

      120006649788

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K19422, KAKENHI-PROJECT-19K22382, KAKENHI-PUBLICLY-19H05389, KAKENHI-PROJECT-17H04017, KAKENHI-PROJECT-17K17768, KAKENHI-PROJECT-17H05058
  • [雑誌論文] Origins of Heat Evolution in Mixing Water and Dimethyl Sulfoxide2018

    • 著者名/発表者名
      Mizuno Kazuko、Sumikama Takashi、Tarnai Yoshinori、Tani Masahiko
    • 雑誌名

      International Conference on Infrared, Millimeter, and Terahertz Waves (IRMMW-THz2018)

      巻: - ページ: 1-2

    • DOI

      10.1109/irmmw-thz.2018.8509894

    • NAID

      120006602138

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [雑誌論文] Structure and dynamics of solvent molecules inside the polytheonamide B channel in different environments: a molecular dynamics study2018

    • 著者名/発表者名
      Kalathingal Mahroof、Sumikama Takashi、Mori Toshifumi、Oiki Shigetoshi、Saito Shinji
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 20 号: 5 ページ: 3334-3348

    • DOI

      10.1039/c7cp06299k

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768, KAKENHI-PUBLICLY-16H00759, KAKENHI-PUBLICLY-16H00856, KAKENHI-PROJECT-16H02254, KAKENHI-PROJECT-17H04017, KAKENHI-PROJECT-16K15179, KAKENHI-PROJECT-15K17813
  • [雑誌論文] チャネルの入口がイオンの透過速度を決める2018

    • 著者名/発表者名
      炭竈 享司、老木 成稔
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 58 号: 1 ページ: 012-016

    • DOI

      10.2142/biophys.58.012

    • NAID

      130006322043

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 言語
      日本語
    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768, KAKENHI-PUBLICLY-16H00759, KAKENHI-PROJECT-17H04017, KAKENHI-PROJECT-16K15179
  • [雑誌論文] Capturing the Freeze-Drying Dynamics of NaCl Nanoparticles Using THz Spectroscopy2018

    • 著者名/発表者名
      Ajito Katsuhiro、Ueno Yuko、Kim Jae-Young、Sumikama Takashi
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 140 号: 42 ページ: 13793-13797

    • DOI

      10.1021/jacs.8b07828

    • NAID

      120006602137

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [雑誌論文] Origin of the shape of Current-Voltage Curve through Nanopores: A Molecular Dynamics Study2016

    • 著者名/発表者名
      Takashi Sumikama
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 6 号: 1 ページ: 25750-25750

    • DOI

      10.1038/srep25750

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26870232
  • [雑誌論文] Visualization of fluctuating motions of the selectivity filter in the potassium channel: A computational study2015

    • 著者名/発表者名
      Takashi Sumikama and Shigetoshi Oiki
    • 雑誌名

      The Journal of Physiological Sciences

      巻: 65

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26870232
  • [雑誌論文] 膜内KcsAカリウムチャネルの原子間力顕微鏡による構造と動態解析2015

    • 著者名/発表者名
      角野歩、山本大輔、炭竃享司、岩本真幸、出羽毅久、老木成稔
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 55 号: 1 ページ: 005-010

    • DOI

      10.2142/biophys.55.005

    • NAID

      130004794734

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 言語
      日本語
    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-26102516, KAKENHI-PROJECT-26870232, KAKENHI-PROJECT-26870233, KAKENHI-PROJECT-26253014
  • [雑誌論文] Channel Function Reconstitution and Re-animation: A Single-channel Strategy in the Post-crystal Age.2015

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S.
    • 雑誌名

      J. Physiol.

      巻: 593 号: 12 ページ: 2553-2573

    • DOI

      10.1113/jp270025

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-26102516, KAKENHI-PROJECT-26253014
  • [学会発表] Computing Atomic Force Microscopy Images of Chromosomes Using Polymer Simulation2020

    • 著者名/発表者名
      Takashi Sumikama, Adam. S. Foster, Takeshi Fukuma
    • 学会等名
      Biophysical Society 64th Annual Meeting
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] Toward elucidating a relation between computed atomic force microscopy image and actual structure using machine learning2020

    • 著者名/発表者名
      Takashi Sumikama, Niko Oinonen, Fedor Urtev, Adam. S. Foster, Takeshi Fukuma
    • 学会等名
      The 1st International Conference on Big Data and Machine Learning in Microscopy
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] KcsA K+チャネルでのイオン選択性の分子機構2020

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、三田建一郎、老木成
    • 学会等名
      日本生理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] 3D-AFM像の理論予測とHS-AFMの動画解析2019

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司
    • 学会等名
      第2回CREST会議(研究課題名:高速原子間力顕微鏡1分子計測のデータ同化による生体分子4次元構造解析法の開発)
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] 分子シミュレーションで見る毒の作用機序:海綿由来毒ポリセオナミドの細胞膜への挿入2019

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、Mahroof Kalathingal、老木成稔、斉藤真司
    • 学会等名
      トキシンシンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] 間期と分裂期の染色体の3D-AFM像の理論的予測2019

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、宮澤佳甫、Adam S. Foster、福間剛士
    • 学会等名
      日本分子生物学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] 染色体の3D-AFM像の理論予測2019

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、福間剛士
    • 学会等名
      生物物理学会中部支部会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] 染色体の3D-AFM像と実像の関係の理論的解明2019

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、宮澤佳甫、Adam S. Foster、福間剛士
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] Computational prediction of 3D-AFM images of chromosomes2019

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司
    • 学会等名
      Joint UBI-NanoLSI workshop "Trends in Molecular Biophysics of Living Cells"
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] KcsAチャネルでのK+とNa+の選択的透過のMDシミュレーションによる再現2018

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司
    • 学会等名
      第3回イオンチャネル研究会チャネルフェニックス
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] Na+イオンはKcsA K+チャネルを遅いが透過する2018

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、三田建一郎、老木成稔
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] K+チャネルでのイオンの透過と選択性の誤謬:どこで何を間違えたか?2018

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司
    • 学会等名
      蛋白研研究会「構造情報に基づいた膜イオン輸送タンパク質の生理機能の解明に向けて 」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] Computational modeling of chromosomes and carbon nanotubes as a probe of atomic force microscopy2018

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、宮澤佳甫、日笠山拓、中山響介、原田昌征、福間剛士
    • 学会等名
      Biophysical Society Thematic Meeting on the Genome Biophysics: Integrating Genomics and Biophysics to Understand Structural and Functional Aspects of Genomes
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] Towards elucidating the physical origin of force in AFM measurements and a method analyzing dynamics observed by HS-AFM2018

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司
    • 学会等名
      WPI-NanoLSI workshop "Trends in Computational Molecular Biophysics"
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] 分布関数の時間発展で生体内現象を解析する:K+チャネルにおけるイオン透過を例に2017

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司
    • 学会等名
      第16回計算分子化学コロキウム
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] An alternative permeation mechanism through the K+ channel2017

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、老木成稔
    • 学会等名
      日本生理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] K+チャネルでのイオン透過におけるイオンと水分子の相互作用の重要性2017

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司
    • 学会等名
      第2回イオンチャネル研究会チャネル七夕
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] Knock-on is not a canonical mechanism for K+ permeation through potassium channels2017

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、老木成稔
    • 学会等名
      アメリカ生物物理学会
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] イオンチャネルを通るイオン透過における水分子の役割:モデルチャネルとK+チャネルを例に2017

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司
    • 学会等名
      福井大学遠赤外領域開発研究センターセミナー
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] K+チャネルを通る電流のMichaelis-Menten様の飽和の分子論的説明2017

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、老木成稔
    • 学会等名
      分子シミュレーション討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] Water orientation in nanocavity of the Kv1.2 channel and its role in ion permeation: A molecular dynamics study2017

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司
    • 学会等名
      Workshop on Reaction and Structural Dynamics in Condensed Phases
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] イオンチャネルにおけるノックオン機構は本当に重要か?ーその2ー2017

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、老木成稔
    • 学会等名
      生物物理学会中部支部会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] イオンチャネルでのイオン透過を分布関数の時間発展で捉える2017

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、老木成稔
    • 学会等名
      理論化学討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] 何がK+チャネルでのイオンの透過速度を決めるか?:分子動力学シミュレーションによる研究2017

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司
    • 学会等名
      ナノ計測勉強会2017
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] 計算科学は膜イオン輸送の実験をどこまで再現できるか?:K+チャネルでのイオン透過2017

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司
    • 学会等名
      蛋白研研究会「膜イオン輸送の学際研究:計算科学から医学まで」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] Spontaneous exits of ions from the KcsA channel2017

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、老木成稔
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] Is Knock-on the Canonical Mechanism for the Ion Permeation through a Potassium Channel?2017

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、老木成稔
    • 学会等名
      新学術領域研究「動的秩序と機能」第6回国際シンポジウム
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17768
  • [学会発表] Bridging ion permeation and ion selectivity through K+ channel2016

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、三田建一郎、老木成稔
    • 学会等名
      日本生理学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2016-03-22
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26870232
  • [学会発表] Visualization of fluctuating motions of the selectivity filter in the potassium channel: A computational study2015

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司, 老木成稔
    • 学会等名
      日本生理学会
    • 発表場所
      神戸国際会議場
    • 年月日
      2015-03-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26870232
  • [学会発表] Difference in ion permeation mechanism through the Kv1.2 and KcsA channels: A molecular dynamics study2015

    • 著者名/発表者名
      Takashi Sumikama and Shigetoshi Oiki
    • 学会等名
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • 発表場所
      Hawaii Convention Center
    • 年月日
      2015-12-17
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26870232
  • [学会発表] A kinetic model describing punch-through of Na+ through KcsA potassium channel; イオン透過と選択性を記述する速度論モデル2015

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司、三田建一郎、老木成稔
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス
    • 年月日
      2015-09-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26870232
  • [学会発表] Kv1.2でのイオン透過における透過パターンの解析2014

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司, 斉藤真司, 老木成稔
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2014-09-26
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26870232
  • [学会発表] Fluctuation of carbonyl backbone of the selectivity filter of the Kv1.2 channel during K+ permeation2014

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司, 老木成稔
    • 学会等名
      The 45th NIPS Internaional Symposium, co-sponsored by The Journal of Physiology "Cutting-edge approaches towards the functioning mechanisms of membrane proteins"
    • 発表場所
      岡崎コンファレンスセンター
    • 年月日
      2014-11-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26870232
  • [学会発表] The Ratio of Flux of Water Molecules over that of Ions through Ion Channel Reflects Interactions between Channel and Ions2014

    • 著者名/発表者名
      炭竈享司
    • 学会等名
      OIST Workshops "Single Protein Dynamics in Cellulo 2014: Spatio-Temporal, Structural and Quantitative Analyses"
    • 発表場所
      OIST, 沖縄
    • 年月日
      2014-04-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26870232
  • 1.  老木 成稔 (10185176)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 2.  岩本 真幸 (40452122)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 3.  角野 歩 (80717140)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 4.  宮澤 佳甫 (40845525)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 5.  入江 克雅 (20415087)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 6.  柴田 幹大 (80631027)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 7.  古寺 哲幸 (30584635)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 8.  福間 剛士
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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