中村遼平 NAKAMURA RYOHEI

研究者番号	30756458
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2025年度: 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 2016年度 – 2023年度: 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 2017年度: 岡山大学, 大学院自然科学研究科, 助教授 2016年度: 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43010:分子生物学関連 / 生物系 / ゲノム生物学研究代表者以外神経生理学・神経科学一般 / 構成的システム生物学
キーワード	研究代表者クロマチン３次元構造 / 初期胚 / メダカ / 初期発生 / リプログラミング / 脊椎動物 / クロマチン / ヒストン修飾 / DNAメチル化 / クロマチンループ … もっと見る / クロマチン3次元構造 / コヒーシン / 発生 / エピゲノム / クロマチン構造 / 受精卵 / オープンクロマチン / リプログラミンング / 転写因子 … もっと見る研究代表者以外神経新生 / 生物学 / 細胞系譜解析 / 神経科学 / メダカ / 硬骨魚類 / 神経幹細胞 / 細胞系譜 / 終脳 / RNA-Seq / ATAC-Seq / パリウム / クローナルユニット / 顔領域 / 細胞系譜単位 / 脳発達隠す

メダカ胚を用いた発生初期におけるクロマチンコンパートメントの確立機構の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  中村遼平
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43010:分子生物学関連
- 研究機関
  東京大学
原腸形成期におけるTAD形成によるクロマチンポテンシャル変化研究代表者
- 研究代表者
  
  中村遼平
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2022
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
脊椎動物におけるglobal DNAメチル化の機能の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  中村遼平
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43010:分子生物学関連
- 研究機関
  東京大学
初期胚におけるクロマチン３次元構造確立メカニズムの解明研究代表者
- 研究代表者
  
  中村遼平
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2021
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分43010:分子生物学関連
- 研究機関
  東京大学
脳発達における外套の機能構築原理とその創発特性の検証
- 研究代表者
  
  竹内秀明
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2018
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  構成的システム生物学
- 研究機関
  岡山大学
発生初期の分化多能性獲得過程における転写因子のクロマチン結合動態の解析研究代表者
- 研究代表者
  
  中村遼平
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2018
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  ゲノム生物学
- 研究機関
  東京大学
細胞系譜単位を介した終脳多様性・保存性の進化機構の解析
- 研究代表者
  
  磯江泰子
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2017
- 研究種目
  
  研究活動スタート支援
- 研究分野
  
  神経生理学・神経科学一般
- 研究機関
  岡山大学

すべて 2023 2022 2021 2019 2018 2017 2016

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Incomplete erasure of histone marks during epigenetic reprogramming in medaka early development2023
- 著者名/発表者名
  Fukushima Hiroto S.、Takeda Hiroyuki、Nakamura Ryohei
- 雑誌名
  
  Genome Research
  
  巻: 33 号: 4 ページ: 572-586
- DOI
  10.1101/gr.277577.122
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06013
[雑誌論文] Targeted Manipulation of Histone Modification in Medaka Embryos2022
- 著者名/発表者名
  Fukushima Hiroto S.、Takeda Hiroyuki、Nakamura Ryohei
- 雑誌名
  
  Epigenomics. Methods in Molecular Biology
  
  巻: 2577 ページ: 279-293
- DOI
  10.1007/978-1-0716-2724-2_20
- ISBN
  9781071627235, 9781071627242
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06013, KAKENHI-PUBLICLY-21H00245
[雑誌論文] CTCF looping is established during gastrulation in medaka embryos2021
- 著者名/発表者名
  Ryohei Nakamura, Yuichi Motai, Masahiko Kumagai, Candice L. Wike, Haruyo Nishiyama, Yoichiro Nakatani, Neva C. Durand, Kaori Kondo, Takashi Kondo, Tatsuya Tsukahara, Atsuko Shimada, Bradley R. Cairns, Erez Lieberman Aiden, Shinichi Morishita, and Hiroyuki Takeda
- 雑誌名
  
  Genome Research
  
  巻: 31
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K14620
[雑誌論文] Methylome inheritance and enhancer dememorization reset an epigenetic gate safeguarding embryonic programs2021
- 著者名/発表者名
  Wu Xiaotong、Zhang Hongmei、Zhang Bingjie、Zhang Yu、Wang Qiuyan、Shen Weimin、Wu Xi、Li Lijia、Xia Weikun、Nakamura Ryohei、Liu Bofeng、Liu Feng、Takeda Hiroyuki、Meng Anming、Xie Wei
- 雑誌名
  
  Science Advances
  
  巻: 7 号: 52
- DOI
  10.1126/sciadv.abl3858
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06013
[雑誌論文] Chromatin architecture transitions from zebrafish sperm through early embryogenesis2021
- 著者名/発表者名
  Candice L Wike, Yixuan Guo, Mengyao Tan, Ryohei Nakamura, Dana Shaw, Noelia Diaz, Aneasha F. Whittaker-Tademy, Neva C. Durand, Erez Lieberman Aiden, Juanma Vaquerizas , David Grunwald, Hiroyuki Takeda, and Bradley R. Cairns
- 雑誌名
  
  Genome Research
  
  巻: 31
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K14620
[雑誌論文] Targeted in vivo epigenome editing of H3K27me32019
- 著者名/発表者名
  Fukushima Hiroto S.、Takeda Hiroyuki、Nakamura Ryohei
- 雑誌名
  
  Epigenetics & Chromatin
  
  巻: 12 号: 1
- DOI
  10.1186/s13072-019-0263-z
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K14620, KAKENHI-PROJECT-18J21761, KAKENHI-PROJECT-16K20975
[雑誌論文] A Nearly Complete Genome of Ciona intestinalis Type A (C.?robusta) Reveals the Contribution of Inversion to Chromosomal Evolution in the Genus Ciona2019
- 著者名/発表者名
  Satou Yutaka、Nakamura Ryohei、Yu Deli、Yoshida Reiko、Hamada Mayuko、Fujie Manabu、Hisata Kanako、Takeda Hiroyuki、Satoh Noriyuki
- 雑誌名
  
  Genome Biology and Evolution
  
  巻: 11 号: 11 ページ: 3144-3157
- DOI
  10.1093/gbe/evz228
- NAID
  120006770371
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K14620
[雑誌論文] Hypomethylated domain-enriched DNA motifs prepattern the accessible nucleosome organization in teleosts2017
- 著者名/発表者名
  Nakamura Ryohei、Uno Ayako、Kumagai Masahiko、Morishita Shinichi、Takeda Hiroyuki
- 雑誌名
  
  Epigenetics & Chromatin
  
  巻: 10 号: 1 ページ: 44-44
- DOI
  10.1186/s13072-017-0152-2
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K20975, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Comparative analysis of genome and epigenome in the closely related medaka species identifies conserved sequence preferences for DNA hypomethylated domains2016
- 著者名/発表者名
  Ayako Uno, Ryohei Nakamura, Tatsuya Tsukahara, Wei Qu, Sumio Sugano, Yutaka Suzuki, Shinichi Morishita & Takeda, H.
- 雑誌名
  
  Zoological Science
  
  巻: 33 号: 4 ページ: 358-365
- DOI
  10.2108/zs160030
- NAID
  210000185148
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25291048, KAKENHI-PROJECT-16K20975
[学会発表] Regulation and functional role of 3D chromatin structure during medaka embryogenesis2023
- 著者名/発表者名
  中村遼平
- 学会等名
  第29回小型魚類研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06013
[学会発表] Establishment of the three-dimensional genome structure during medaka fish development2019
- 著者名/発表者名
  Ryohei Nakamura
- 学会等名
  Keystone Symposia, 3D Genome: Gene Regulation and Disease
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K14620
[学会発表] Establishment of the three-dimensional genome structure during medaka fish development2019
- 著者名/発表者名
  Ryohei Nakamura
- 学会等名
  Keystone Symposia, 3D Genome: Gene Regulation and Disease
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K20975
[学会発表] Establishment of the three-dimensional genome structure in medaka fish embryos2018
- 著者名/発表者名
  Ryohei Nakamura
- 学会等名
  Keystone Symposia Chromatin Architecture and Chromosome Organization
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K20975
[学会発表] 生後の神経新生を介したメダカ終脳構築機構の解析から探る、硬骨魚類の終脳進化機構2016
- 著者名/発表者名
  磯江泰子,中村遼平, 亀井保博, 野中茂紀, 奥山輝大, 清水厚志, 久保健雄, 武田洋幸, 竹内秀明
- 学会等名
  日本進化学会第18回年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06987
[学会発表] Analysis of construction mechanism of medaka telencephalon by post-hatch neurogenesis.2016
- 著者名/発表者名
  Yasuko Isoe, Ryohei Nakamura,　Yasuhiro Kamei,　Shigenori Nonaka,　Teruhiro Okuyama, Atsushi Shimizu,　Takeo Kubo,　Hiroyuki Takeda,　Hideaki Takeuchi
- 学会等名
  Society for Neuroscience
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06987
[学会発表] メダカの成長過程における社会性の発達と終脳の発達2016
- 著者名/発表者名
  磯江泰子,中村遼平, 亀井保博, 野中茂紀, 奥山輝大, 清水厚志, 久保健雄, 武田洋幸, 竹内秀明
- 学会等名
  行動遺伝学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06987
[学会発表] Analysis of construction mechanism of medaka telencephalon by post-hatch neurogenesis.2016
- 著者名/発表者名
  Yasuko Isoe, Ryohei Nakamura,　Yasuhiro Kamei,　Shigenori Nonaka,　Teruhiro Okuyama, Atsushi Shimizu,　Takeo Kubo,　Hiroyuki Takeda,　Hideaki Takeuchi
- 学会等名
  Symposium of Wiring and Functional Principles of Neural Circuits
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06987

1. 竹内秀明 (00376534)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 4件
2. 磯江泰子 (60786119)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 4件
3. 亀井保博

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 野中茂紀

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 武田洋幸

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

中村 遼平 NAKAMURA RYOHEI

研究課題

研究成果

共同研究者

メダカ胚を用いた発生初期におけるクロマチンコンパートメントの確立機構の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

原腸形成期におけるTAD形成によるクロマチンポテンシャル変化研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

脊椎動物におけるglobal DNAメチル化の機能の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

初期胚におけるクロマチン３次元構造確立メカニズムの解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

脳発達における外套の機能構築原理とその創発特性の検証

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

発生初期の分化多能性獲得過程における転写因子のクロマチン結合動態の解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

細胞系譜単位を介した終脳多様性・保存性の進化機構の解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Incomplete erasure of histone marks during epigenetic reprogramming in medaka early development2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Targeted Manipulation of Histone Modification in Medaka Embryos2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

ISBN

データソース

[雑誌論文] CTCF looping is established during gastrulation in medaka embryos2021

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Methylome inheritance and enhancer dememorization reset an epigenetic gate safeguarding embryonic programs2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Chromatin architecture transitions from zebrafish sperm through early embryogenesis2021

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Targeted in vivo epigenome editing of H3K27me32019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] A Nearly Complete Genome of Ciona intestinalis Type A (C.?robusta) Reveals the Contribution of Inversion to Chromosomal Evolution in the Genus Ciona2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

中村遼平 NAKAMURA RYOHEI