富井健太郎 Tomii Kentarou

研究者番号	40357570
その他のID	https://orcid.org/0000-0002-4567-4768
所属 (現在)	2024年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 研究チーム長
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2017年度 – 2023年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 研究チーム長 2016年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, その他部局等, 研究員 2014年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, ゲノム情報研究センター, 研究チーム長 2012年度 – 2013年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究チーム長 2011年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 主任研究員 … もっと見る 2011年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究員 2007年度: 産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究員 2006年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター, 研究員 2002年度: 産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター, 研究員隠す
審査区分/研究分野	研究代表者生体生命情報学研究代表者以外小区分38030:応用生物化学関連 / 植物分子・生理科学 / 進化生物学 / 生体生命情報学 / 生物系
キーワード	研究代表者データベース / タンパク質 / 低分子化合物 / 低分子医薬品 / 機能部位 / 基質結合部位 / 配列情報解析 / 立体構造予測 / 配列プロファイル研究代表者以外偽プロテアーゼ … もっと見る / 分子進化 / フェロプトーシス / 鉄硫黄タンパク質 / Fenton反応 / 二価鉄イオン / c-FLIP / 鉄結合タンパク質 / 擬プロテアーゼ / 細胞死 / シロイヌナズナ / ユビキチンリガーゼ / チロシンキナーゼ / 生化学 / コムギ無細胞タンパク質合成系 / シグナル伝達 / ジベレリン / ユビキチン化 / リン酸化 / 相同性検索 / 立体構造 / SARS-CoV-2 / FFT / ロングリードシーケンサー / 巨大アラインメント / タンパク質立体構造 / ウイルスゲノム / 塩基配列 / タンパク質 / 配列解析 / 計算プログラム / 多重配列アラインメント / タンパク質局在 / mRNA配列解析 / ミトコンドリア / mRNA局在 / 適合性関数 / プロフィール / 立体構造予測 / プロテオーム / 蛋白質 / ゲノム / 生物物理 / 生体生命情報学隠す

鉄硫黄タンパク質へと分子進化したcFLIPの構造解析と新規生理機能の解明
- 研究代表者
  
  酒巻和弘
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分38030:応用生物化学関連
- 研究機関
  京都大学
MAFFT多重アラインメントプログラムの大量配列データへの対応と機能拡張
- 研究代表者
  
  加藤和貴
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  進化生物学
- 研究機関
  大阪大学
植物プロテインチロシンキナーゼによる新規ジベレリンシグナル伝達制御機構の解析
- 研究代表者
  
  根本圭一郎
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2017
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  植物分子・生理科学
- 研究機関
  公益財団法人岩手生物工学研究センター
   愛媛大学
酵母ミトコンドリア蛋白質のｍＲＮＡ局在化シグナル解析
- 研究代表者
  
  HORTON Paul
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2013
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  独立行政法人産業技術総合研究所
基質結合部位予測に向けたタンパク質局所構造の高速比較法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  富井健太郎
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2014
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  独立行政法人産業技術総合研究所
配列情報解析と局所構造パターン分類を融合した新たなタンパク質立体構造予測法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  富井健太郎
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2007
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  独立行政法人産業技術総合研究所
タンパク質の立体構造プロフィールと極値分布を用いた構造認識法の開発
- 研究代表者
  
  太田元規
- 研究期間 (年度)
  2002
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京工業大学

すべて 2022 2018 2017 2016 2015 2013 2012 2011 2008 2007 2006

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Parallelization of MAFFT for large-scale multiple sequence alignments2018
- 著者名/発表者名
  Nakamura Tsukasa、Yamada Kazunori D、Tomii Kentaro、Katoh Kazutaka
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 印刷中号: 14 ページ: 2490-2492
- DOI
  10.1093/bioinformatics/bty121
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07464, KAKENHI-PROJECT-17J06457
[雑誌論文] Tyrosine phosphorylation of the GARU E3 ubiquitin ligase promotes gibberellin signalling by preventing GID1 degradation2017
- 著者名/発表者名
  Nemoto K., Ramadan A., Arimura G., Imai K., Tomii K., Shinozaki K., Sawasaki T.
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 8 号: 1 ページ: 1004-1004
- DOI
  10.1038/s41467-017-01005-5
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07407, KAKENHI-PUBLICLY-16H01471, KAKENHI-PLANNED-16H06579, KAKENHI-PROJECT-16H04729, KAKENHI-PROJECT-16K18570
[雑誌論文] Application of the MAFFT sequence alignment program to large data―reexamination of the usefulness of chained guide trees2016
- 著者名/発表者名
  Yamada KD, Tomii K, Katoh K
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 32 号: 21 ページ: 3246-3251
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btw412
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07464
[雑誌論文] PoSSuM: ポケット類似性情報に基づく合理的薬剤設計支援に向けて2015
- 著者名/発表者名
  池田和由、富井健太郎
- 雑誌名
  
  SAR News
  
  巻: No.28 ページ: 14-20
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[雑誌論文] PoSSuM v.2.0: data update and a new function for investigating ligand analogs and target proteins of small-molecule drugs2015
- 著者名/発表者名
  J. Ito, K. Ikeda, K. Yamada, K. Mizuguchi, K. Tomii
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 43 号: D1 ページ: D392-D398
- DOI
  10.1093/nar/gku1144
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[雑誌論文] PDB-scale Analysis of Known and Putative Ligand-binding Sites with Structural Sketches2012
- 著者名/発表者名
  J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K. Tomii and K. Tsuda
- 雑誌名
  
  Proteins
  
  巻: 80 号: 3 ページ: 747-763
- DOI
  10.1002/prot.23232
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21680025, KAKENHI-PROJECT-23500374
[雑誌論文] PoSSuM: a Database of Similar Protein-Ligand Binding and Putative Pockets2012
- 著者名/発表者名
  J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K. Tsuda and K. Tomii
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 40 号: D1 ページ: D541-D548
- DOI
  10.1093/nar/gkr1130
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21680025, KAKENHI-PROJECT-23500374
[雑誌論文] Statistical Features of the Residue Environment in Proteins2007
- 著者名/発表者名
  Kentrao Tomii
- 雑誌名
  
  RECOMB2007 Poster Abstracts
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18700297
[雑誌論文] Tertiary structure prediction of CASP7 targets using exhaustive modeling and evaluation2006
- 著者名/発表者名
  Kentaro Tomii
- 雑誌名
  
  Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (venth Meetin)
  
  ページ: 14-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18700297
[学会発表] A functional analysis of a pseudoenzyme protein, cFLIP2022
- 著者名/発表者名
  Rhea Sarah DSouza, Yusuke Nakasone, Naoyuki Iwabe, Jin Sakamoto, Kentaro Tomii, Kazuhiro Sakamaki
- 学会等名
  第45回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K05380
[学会発表] Tyrosine phosphorylation of the GARU E3 ubiquitin ligase promotes gibberellin signalling by preventing GID1 degradation2017
- 著者名/発表者名
  Nemoto, K., Ramadan, A., Arimura, GI., Imai, K., Tomii, K., Shinozaki, K., Sawasaki, T.
- 学会等名
  第59回日本植物生理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18570
[学会発表] Discovery of novel ABA agonists by a wheat cell-free based high-throughput screening system2016
- 著者名/発表者名
  Nemoto, K., Kagawa, M., Hayashi, M., Tomii, K., Imai, K., Shinozaki, K., Sawasaki, T.
- 学会等名
  Gordon Research Conference: Salt & Water Stress in Plants
- 発表場所
  Les Diablerets Conference Center (スイス)
- 年月日
  2016-05-29
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18570
[学会発表] PoSSuM updates and Integration with ChEMBL for application of drug reuse2013
- 著者名/発表者名
  K. Ikeda, J. Ito, K. Mizuguchi, K. Tomii
- 学会等名
  Chem-Bio Informatics Society(CBI) Annual Meeting 2013
- 発表場所
  タワーホール船堀(東京)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] ChEMBLdbを利用したタンパク質の低分子医薬品結合部位の類似性比較2013
- 著者名/発表者名
  富井健太郎
- 学会等名
  バイオインフォマティクスとゲノム医療
- 発表場所
  産業技術総合研究所臨海副都心センター(東京都)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] FORTE, PoSSuM and beyond2013
- 著者名/発表者名
  富井健太郎
- 学会等名
  「タンパク質立体構造予測の最前線」ワークショップ
- 発表場所
  お茶の水女子大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] PoSSuM: a database for predicting protein-ligand Interactions2012
- 著者名/発表者名
  K. Tomii, J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K. Tsuda
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会(2012年日本バイオインフォマティクス学会年会情報計算化学生物学会（CBI学会）年次大会オミックス医療研究会年会)
- 発表場所
  タワーホール船堀(東京都)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] PoSSuM: a database for searching similar pairs of known and potential ligand-binding sites in proteins2012
- 著者名/発表者名
  J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K. Tsuda, K. Tomii
- 学会等名
  第50回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  名古屋大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] PoSSuM: a database of known and potential ligand-binding sites in proteins2012
- 著者名/発表者名
  J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K. Tsuda, K. Tomii
- 学会等名
  Bioinformatics 2012, SocBiN
- 発表場所
  Stockholm, Sweden
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] 機能解析のためのタンパク質基質結合可能部位の網羅的比較解析2012
- 著者名/発表者名
  富井健太郎
- 学会等名
  BiWO2012
- 発表場所
  産業技術総合研究所臨海副都心センター(東京都)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] Mitochondrial targeting signal is major determinant of mitochondrial localizing mRNA2011
- 著者名/発表者名
  崎山則征, 今井賢一郎, 富井健太郎
- 学会等名
  第34回日本分子生物学会 2011年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜
- 年月日
  2011-12-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300112
[学会発表] Pdb-wide discovery of similar ligand binding sites Using structural sketches2011
- 著者名/発表者名
  J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K.Tomii, K. Tsuda
- 学会等名
  3DSIG 2011: The 7th Structural Bioinformatics and Computational Biophysics
- 発表場所
  Austria Center Vienna (Austria)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] Structural Sketchを用いたタンパク質リガンド類似結合部位の高速列挙とそのデータベース構築2011
- 著者名/発表者名
  伊東純一、田部井靖生、清水佳奈、富井健太郎、津田宏治
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ホテル阪急エキスポパーク (大阪府)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] A novel ultra-fast comparison method for known and potential ligand-binding sites of proteins2011
- 著者名/発表者名
  K.Tomii, J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K. Tsuda
- 学会等名
  19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 10th European Conference on Computational Biology
- 発表場所
  Austria Center Vienna (Austria)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] Correlation between amino acid preferences and patterns of residue packing in globular proteins2008
- 著者名/発表者名
  Kentaro Tomii
- 学会等名
  The 22nd Annual Symposiiun of The Protein Society
- 発表場所
  San Diego, U.S.A.
- 年月日
  2008-07-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18700297
[学会発表] 水溶性球状タンパク質中の残基環境の統計解析2007
- 著者名/発表者名
  富井健太郎
- 学会等名
  第7回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  仙台
- 年月日
  2007-05-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18700297

1. 今井賢一郎 (80442573)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 3件
2. HORTON Paul (00371071)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 光山統泰 (20415673)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. フリスマーティン (40462832)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 津田宏治 (90357517)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 8件
6. 清水佳奈 (60367050)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 6件
7. 加藤和貴 (70378868)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
8. 根本圭一郎 (60566727)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 3件
9. 澤崎達也 (50314969)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 3件
10. 有村源一郎 (60505329)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
11. 酒巻和弘 (20271017)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
12. 太田元規 (40290895)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 山田和範 (20756217)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
14. 伊東純一

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 8件

富井 健太郎 Tomii Kentarou

研究課題

研究成果

共同研究者

鉄硫黄タンパク質へと分子進化したcFLIPの構造解析と新規生理機能の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

MAFFT多重アラインメントプログラムの大量配列データへの対応と機能拡張

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

植物プロテインチロシンキナーゼによる新規ジベレリンシグナル伝達制御機構の解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

酵母ミトコンドリア蛋白質のｍＲＮＡ局在化シグナル解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

基質結合部位予測に向けたタンパク質局所構造の高速比較法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

配列情報解析と局所構造パターン分類を融合した新たなタンパク質立体構造予測法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タンパク質の立体構造プロフィールと極値分布を用いた構造認識法の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] Parallelization of MAFFT for large-scale multiple sequence alignments2018

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Tyrosine phosphorylation of the GARU E3 ubiquitin ligase promotes gibberellin signalling by preventing GID1 degradation2017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Application of the MAFFT sequence alignment program to large data―reexamination of the usefulness of chained guide trees2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] PoSSuM: ポケット類似性情報に基づく合理的薬剤設計支援に向けて2015

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] PoSSuM v.2.0: data update and a new function for investigating ligand analogs and target proteins of small-molecule drugs2015

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] PDB-scale Analysis of Known and Putative Ligand-binding Sites with Structural Sketches2012

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] PoSSuM: a Database of Similar Protein-Ligand Binding and Putative Pockets2012

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

富井健太郎 Tomii Kentarou