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河野 信  KAWANO Shin

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 40470075
その他のID
所属 (現在) 2025年度: 北里大学, 未来工学部, 教授
2025年度: 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等), データサイエンス共同利用基盤施設, 客員教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2025年度: 北里大学, 未来工学部, 教授
2022年度: 富山国際大学, 現代社会学部, 教授
2020年度 – 2021年度: 富山国際大学, 現代社会学部, 准教授
2018年度: 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等), データサイエンス共同利用基盤施設, 客員准教授
2017年度: 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等), データサイエンス共同利用基盤施設, 特任准教授
2016年度: 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(新領域融合研究センター及びライフサイエンス統合データベースセンター), データサイエンス共同利用基盤施設, 特任准教授
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分43060:システムゲノム科学関連 / 生命・健康・医療情報学
研究代表者以外
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
キーワード
研究代表者
プロテオーム / de novo sequencing / アミノ酸組成分析 / アミノ酸配列決定 / 質量分析 / タンパク質 / ゲノム / バイオマーカー / プロテオゲノミクス / パーソナルゲノム … もっと見る
研究代表者以外
… もっと見る 大規模言語モデル / 機械学習 / 標準化 / メタデータ / オミクス 隠す
  • 研究課題

    (3件)
  • 研究成果

    (33件)
  • 共同研究者

    (10人)
  •  オミクス研究のための「メタデータ・サイエンス」の基盤構築

    • 研究代表者
      吉沢 明康
    • 研究期間 (年度)
      2025 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
    • 研究機関
      新潟大学
  •  質量分析によるアミノ酸配列de novo決定のための新規手法開発研究代表者

    • 研究代表者
      河野 信
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分43060:システムゲノム科学関連
    • 研究機関
      富山国際大学
  •  パーソナルゲノム時代におけるRNA-seqを活用したプロテオミクス解析手法の確立研究代表者

    • 研究代表者
      河野 信
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等)

すべて 2023 2022 2021 2020 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 学会発表

  • [雑誌論文] Proteomics Standards Initiative at Twenty Years: Current Activities and Future Work2023

    • 著者名/発表者名
      Deutsch EW,Vizcaino JA,Jones AR,Binz PA,Lam H,Klein J,Bittremieux W,Perez-Riverol Y,Tabb DL,Walzer M,Ricard-Blum S,Hermjakob H,Neumann S,Mak TD,Kawano S,Mendoza L,Van Den Bossche T,Gabriels R,Bandeira N,Carver J,Pullman B,Sun Z,Hoffmann N,Shofstahl J,Zhu Y,Licata L,Quaglia F,Tosatto SCE,Orchard SE
    • 雑誌名

      Journal of Proteome Research

      巻: 22 号: 2 ページ: 287-301

    • DOI

      10.1021/acs.jproteome.2c00637

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03245
  • [雑誌論文] Proteomics Standards Initiative’s ProForma 2.0: Unifying the Encoding of Proteoforms and Peptidoforms2022

    • 著者名/発表者名
      LeDuc Richard D.、Deutsch Eric W.、Binz Pierre-Alain、Fellers Ryan T.、Cesnik Anthony J.、Klein Joshua A.、Van Den Bossche Tim、Gabriels Ralf、Yalavarthi Arshika、Perez-Riverol Yasset、Carver Jeremy、Bittremieux Wout、Kawano Shin、Pullman Benjamin、Bandeira Nuno、Kelleher Neil L.、Thomas Paul M.、Vizca?no Juan Antonio
    • 雑誌名

      Journal of Proteome Research

      巻: 21 号: 4 ページ: 1189-1195

    • DOI

      10.1021/acs.jproteome.1c00771

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03245
  • [雑誌論文] The ProteomeXchange consortium at 10 years: 2023 update2022

    • 著者名/発表者名
      Deutsch EW、Bandeira N、Perez-Riverol Y、Sharma V、Carver JJ、Mendoza L、Kundu DJ、Wang S、Bandla C、Kamatchinathan S、Hewapathirana S、Pullman BS、Wertz J、Sun Z、Kawano S、Okuda S、Watanabe Y、MacLean B、MacCoss MJ、Zhu Y、Ishihama Y、Vizcaino JA
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 51 号: D1 ページ: D1539-D1548

    • DOI

      10.1093/nar/gkac1040

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03245
  • [雑誌論文] Proteomics Standards Initiatives ProForma 2.0 Unifying the encoding of Proteoforms and Peptidoforms2021

    • 著者名/発表者名
      Richard D. LeDuc, Eric W. Deutsch, Pierre-Alain Binz, Ryan T. Fellers, Anthony J. Cesnik, Joshua A. Klein, Tim Van Den Bossche, Ralf Gabriels, Arshika Yalavarthi, Yasset Perez-Riverol, Jeremy Carver, Wout Bittremieux, Shin Kawano, Benjamin Pullman, Nuno Bandeira, Neil L. Kelleher, Paul M. Thomas, Juan Antonio Vizcaino
    • 雑誌名

      arXiv

      巻: 2109 ページ: 1-61

    • オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03245
  • [雑誌論文] Universal Spectrum Identifier for mass spectra2021

    • 著者名/発表者名
      Deutsch Eric W.、Perez-Riverol Yasset、Carver Jeremy、Kawano Shin、Mendoza Luis、Van Den Bossche Tim、Gabriels Ralf、Binz Pierre-Alain、Pullman Benjamin、Sun Zhi、Shofstahl Jim、Bittremieux Wout、Mak Tytus D.、Klein Joshua、Zhu Yunping、Lam Henry、Vizca?no Juan Antonio、Bandeira Nuno
    • 雑誌名

      Nature Methods

      巻: 18 号: 7 ページ: 768-770

    • DOI

      10.1038/s41592-021-01184-6

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03245
  • [雑誌論文] Universal Spectrum Identifier for mass spectra2020

    • 著者名/発表者名
      Deutsch Eric W., Perez-Riverol Yasset, Carver Jeremy, Kawano Shin, Mendoza Luis, Van Den Bossche Tim, Gabriels Ralf, Binz Pierre-Alain, Pullman Benjamin, Sun Zhi, Shofstahl Jim, Bittremieux Wout, Mak Tytus D., Klein Joshua, Zhu Yunping, Lam Henry, Vizcaino Juan Antonio, Bandeira Nuno
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: 415539 ページ: 1-4

    • DOI

      10.1101/2020.12.07.415539

    • オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03245
  • [雑誌論文] The jPOST environment: an integrated proteomics data repository and database2018

    • 著者名/発表者名
      Moriya Yuki、Kawano Shin、Okuda Shujiro、Watanabe Yu、Matsumoto Masaki、Takami Tomoyo、Kobayashi Daiki、Yamanouchi Yoshinori、Araki Norie、Yoshizawa Akiyasu C、Tabata Tsuyoshi、Iwasaki Mio、Sugiyama Naoyuki、Tanaka Satoshi、Goto Susumu、Ishihama Yasushi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 47 号: D1 ページ: 1218-1224

    • DOI

      10.1093/nar/gky899

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-17H05534, KAKENHI-PUBLICLY-17H06011, KAKENHI-PROJECT-16H04730, KAKENHI-PROJECT-16K00416, KAKENHI-PROJECT-17K19606, KAKENHI-PROJECT-16H05440, KAKENHI-PROJECT-19H03772
  • [雑誌論文] The ProteomeXchange Consortium in 2017: supporting the cultural change in proteomics public data deposition.2017

    • 著者名/発表者名
      Deutsch, E. W., Csordas, A., Sun, Z., Jarnuczak, A., Perez-Riverol, Y., Ternent, T., Campbell, D. S., Bernal-Llinares, M., Okuda, S., Kawano, S., Moritz, R. L., Carver, J. J., Wang, M., Ishihama, Y., Bandeira, N., Hermjakob, H., Vizcaíno, J. A.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 45 号: D1 ページ: D1100-D1106

    • DOI

      10.1093/nar/gkw936

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26242088, KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [雑誌論文] Proteomics Standards Initiative: Fifteen Years of Progress and Future Work2017

    • 著者名/発表者名
      Deutsch Eric W.、Orchard Sandra、Binz Pierre-Alain、Bittremieux Wout、Eisenacher Martin、Hermjakob Henning、Kawano Shin、Lam Henry、Mayer Gerhard、Menschaert Gerben、Perez-Riverol Yasset、Salek Reza M.、Tabb David L.、Tenzer Stefan、Vizca?no Juan Antonio、Walzer Mathias、Jones Andrew R.
    • 雑誌名

      Journal of Proteome Research

      巻: 16 号: 12 ページ: 4288-4298

    • DOI

      10.1021/acs.jproteome.7b00370

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [雑誌論文] jPOSTrepo: an international standard data repository for proteomes.2017

    • 著者名/発表者名
      Okuda S, Watanabe Y, Moriya Y, Kawano S, Yamamoto T, Matsumoto M, Takami T, Kobayashi D, Araki N, Yoshizawa AC, Tabata T, Sugiyama N, Goto S, Ishihama Y.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 45 号: D1 ページ: D1107-D1111

    • DOI

      10.1093/nar/gkw1080

    • NAID

      120006353864

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-15H01407, KAKENHI-PROJECT-26242088, KAKENHI-PROJECT-16H04730, KAKENHI-PROJECT-16K00416, KAKENHI-PROJECT-16K07118, KAKENHI-PROJECT-16K07198, KAKENHI-PROJECT-15K14383, KAKENHI-PROJECT-16H05440
  • [学会発表] プロテオームデータの収集と標準化2023

    • 著者名/発表者名
      河野 信
    • 学会等名
      疾患プロテオミクス研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03245
  • [学会発表] Mass++ ver.4 -MS data viewer meets online databases-2022

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Tanaka, Masaki Murase, Masaki Kato, Hiroyuki Yamamoto, Tsuyoshi Tabata, Maiko Kusano, Shin Kawano, Susumu Goto, Yasushi Ishihama, Akiyasu C. Yoshizawa
    • 学会等名
      The HUPO 2022 Congress
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03245
  • [学会発表] jPOSTrepoメタデータのSDRF化2021

    • 著者名/発表者名
      有馬佳奈美、岡本瑠璃、小林大樹、吉沢明康、河野信
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2021
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03245
  • [学会発表] jPOSTの現状とプロテミクスデータの標準化に向けた国際連携2021

    • 著者名/発表者名
      河野信
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2021年大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03245
  • [学会発表] The HUPO-PSI Universal Spectrum Identifier (USI) for mass spectra2021

    • 著者名/発表者名
      Tim Van Den Bossche, Eric W. Deutsch, Yasset Perez-Riverol, Jeremy Carver, Shin Kawano, Luis Mendoza, Ralf Gabriels, Pierre-Alain Binz, Benjamin Pullman, Zhi Sun, Jim Shofstahl, Wout Bittremieux, Tytus D. Mak, Joshua Klein, Yunping Zhu, Henry Lam, Juan Antonio Vizcaino, and Nuno Bandeira
    • 学会等名
      HUPO reconnect 2021
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03245
  • [学会発表] jPOSTdb: COVID-19データベースの構築2021

    • 著者名/発表者名
      吉沢明康,守屋勇樹,小林大樹,張智翔,奥田修二郎,田畑剛,河野信,幡野敦,高見知代,松本雅記,山ノ内祥訓,荒木令江,岩崎未央,杉山直幸,福島敦史,田中聡,五斗進,石濱 泰
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2021
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03245
  • [学会発表] An extension of Mass++ ver.4, a data viewer, for proteome analysis2020

    • 著者名/発表者名
      Tanaka, S., Murase, M., Kato, M., Tabata, T., Kusano, M., Kawano, S., Goto, S., Ishihama, Y., Yoshizawa, A.C.
    • 学会等名
      ASMS 2020 Reboot
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03245
  • [学会発表] プロテオーム統合データベースの機能深化2018

    • 著者名/発表者名
      守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡邉由、松本雅記、高見知代、小林大樹、山ノ内祥訓、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、岩崎未央、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [学会発表] jPOST: 質量分析生データを最大限に活用するためのメタデータキュレーション2018

    • 著者名/発表者名
      小林大樹、荒木令江、奥田修二郎、渡辺由、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、高見知代、吉沢明康、田畑剛、岩崎未央、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰
    • 学会等名
      Mass Spectrometry and Proteomics 2018
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [学会発表] jPOSTプロジェクトが提供するプロテオミクスデータとその解析ツール2018

    • 著者名/発表者名
      五斗進、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡邉由、松本雅記、高見知代、小林大樹、山ノ内祥訓、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、岩崎未央、杉山直幸、田中聡、石濱泰
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [学会発表] 機械学習に基づくペプチド由来イオンピークの新規検出手法2018

    • 著者名/発表者名
      守屋勇樹、田畑剛、岩崎未央、河野信、五斗進、石濱泰、瀧川一学、吉沢明康
    • 学会等名
      第21回情報論的学習理論ワークショップ
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [学会発表] OmicsDI RDF2017

    • 著者名/発表者名
      Shin Kawano, Yasset Perez Riverol, Tobias Ternent, Yuki Moriya, Eric Deutsch, Michel Dumontier, Juan Antonio Vizcaino, Henning Hermjakob, and Susumu Goto
    • 学会等名
      16th Human Proteome Organization World Congress
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [学会発表] プロテオームデータの標準化とデータベースの世界動向2017

    • 著者名/発表者名
      河野信
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2017年大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [学会発表] jPOST 再解析プロトコル:偽陽性と偽陰性の同時減少を目指す2017

    • 著者名/発表者名
      吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2017年大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [学会発表] jPOST: プロテオーム統合データベースの開発2017

    • 著者名/発表者名
      守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2017年大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [学会発表] Controlling false discovery rate in accumulated public proteome dataset2017

    • 著者名/発表者名
      Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Yuki Moriya, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Naoyuki Sugiyama, Satoshi Tanaka, Susumu Goto, and Yasushi Ishihama
    • 学会等名
      65th Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [学会発表] Controlling false discovery rates on large-scale proteome datasets in jPOST2017

    • 著者名/発表者名
      Yasuhi Ishihama, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Yuki Moriya, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Naoyuki Sugiyama, Satoshi Tanaka, and Susumu Goto
    • 学会等名
      16th Human Proteome Organization World Congress
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [学会発表] プロテオーム統合データベース jPOST:再解析プロトコルの開発2016

    • 著者名/発表者名
      吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡邉由、山本格、松本雅記、高見知世、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、五斗進、石濱泰
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2016年大会
    • 発表場所
      北里大学(東京都・港区)
    • 年月日
      2016-07-28
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [学会発表] 質量スペクトルはデータベース検索“グレーゾーン”を明瞭化するか2016

    • 著者名/発表者名
      吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、五斗進、石濱泰
    • 学会等名
      日本質量分析学会 第64回質量分析総合討論会
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク(大阪府・吹田市)
    • 年月日
      2016-05-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [学会発表] プロテオームデータベース jPOST の開発2016

    • 著者名/発表者名
      五斗進、奥田修二郎、渡邉由、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2016年大会
    • 発表場所
      北里大学(東京都・港区)
    • 年月日
      2016-07-28
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [学会発表] 生命システムを俯瞰するための質量分析情報解析技術とデータベースの活用2016

    • 著者名/発表者名
      河野信
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • 年月日
      2016-11-30
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [学会発表] Implementation of flexible search for proteomics metadata2016

    • 著者名/発表者名
      Shin Kawano, Yuki Moriya, Tobias Ternent, Juan Antonio Vizcaino, Eric Deutsch
    • 学会等名
      15th Human Proteome Organization World Congress
    • 発表場所
      Taipei International Convention Center(台湾・台北)
    • 年月日
      2016-09-18
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • [学会発表] プロテオームインフォマティクス&システムズバイオロジー研究への招待2016

    • 著者名/発表者名
      河野信、荒木令江
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2016年大会
    • 発表場所
      北里大学(東京都・港区)
    • 年月日
      2016-07-28
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00416
  • 1.  吉沢 明康 (70551159)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 4件
  • 2.  岩崎 未央 (10722811)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 3.  小林 大樹 (20448517)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 4.  山田 一作 (50370185)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 5.  津川 裕司 (30647235)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 6.  加藤 雅樹 (40991922)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 7.  高橋 悠志 (50719713)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 8.  河野 剛士
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 9.  奥田 修二郎
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 10.  松本 雅記
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件

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