石田貴士 Ishida Takashi

研究者番号	40508355
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 東京科学大学, 情報理工学院, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2024年度: 東京工業大学, 情報理工学院, 准教授 2016年度 – 2020年度: 東京工業大学, 情報理工学院, 准教授 2015年度: 東京工業大学, 情報理工学(系)研究科, 准教授
審査区分/研究分野	研究代表者小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生命・健康・医療情報学研究代表者以外小区分57080:社会系歯学関連
キーワード	研究代表者タンパク質立体構造 / ヴァーチャル・スクリーニング / ３次元畳み込みニューラルネットワーク / グラフニューラルネットワーク / タンパク質ポケット構造 / エンドツーエンド表現学習 / 3次元畳み込みニューラルネットワーク / 薬剤活性予測 / リガンド結合ポケット / ヴァーチャルスクリーニング … もっと見る / 化合物活性予測 / 深層学習 / タンパク質ポケット探索 / ランキング学習 / 創薬標的タンパク質選択 / シャーガス病 / 顧みられない熱帯病 / 創薬標的タンパク質選定 / 適合性フィードバック / タンパク質立体構造予測 / トリパノソーマ寄生原虫症 … もっと見る研究代表者以外 XAI / 画像診断 / 口臭隠す

XAI（説明可能な人工知能）を用いた口臭画像診断システムの開発研究
- 研究代表者
  
  財津崇
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2026
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分57080:社会系歯学関連
- 研究機関
  東京医科歯科大学
３次元畳み込みニューラルネットワークによる構造ベース化合物活性予測研究代表者
- 研究代表者
  
  石田貴士
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東京工業大学
大規模タンパク質構造予測による顧みられない熱帯病創薬標的タンパク質選定の効率化研究代表者
- 研究代表者
  
  石田貴士
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2017
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  東京工業大学

すべて 2021 2020 2019 2018 2017 2016

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Single-Step Retrosynthesis Prediction Based on the Identification of Potential Disconnection Sites Using Molecular Substructure Fingerprints2021
- 著者名/発表者名
  Hasic Haris、Ishida Takashi
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 61 号: 2 ページ: 641-652
- DOI
  10.1021/acs.jcim.0c01100
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11524
[雑誌論文] P3CMQA: Single-Model Quality Assessment Using 3DCNN with Profile-Based Features2021
- 著者名/発表者名
  Takei Yuma、Ishida Takashi
- 雑誌名
  
  Bioengineering
  
  巻: 8 号: 3 ページ: 40-40
- DOI
  10.3390/bioengineering8030040
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11524
[雑誌論文] Sequence alignment generation using intermediate sequence search for homology modeling2020
- 著者名/発表者名
  Makigaki Shuichiro、Ishida Takashi
- 雑誌名
  
  Computational and Structural Biotechnology Journal
  
  巻: 18 ページ: 2043-2050
- DOI
  10.1016/j.csbj.2020.07.012
- NAID
  120007039217
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11524
[雑誌論文] End-to-End Learning Based Compound Activity Prediction Using Binding Pocket Information2019
- 著者名/発表者名
  Tanebe Toshitaka、Ishida Takashi
- 雑誌名
  
  2019 International Conference on Intelligent Computing
  
  巻: 11644 ページ: 226-234
- DOI
  10.1007/978-3-030-26969-2_21
- ISBN
  9783030269685, 9783030269692
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11524
[雑誌論文] Protein model accuracy estimation based on local structure quality assessment using 3D convolutional neural network2019
- 著者名/発表者名
  Sato Rin、Ishida Takashi
- 雑誌名
  
  PLOS ONE
  
  巻: 14 号: 9 ページ: 221347-221347
- DOI
  10.1371/journal.pone.0221347
- NAID
  120006889233
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11524
[雑誌論文] Sequence alignment using machine learning for accurate template-based protein structure prediction2019
- 著者名/発表者名
  Makigaki Shuichiro、Ishida Takashi
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 36 号: 1 ページ: 104-111
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btz483
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11524
[雑誌論文] Spresso: An ultrafast compound pre-screening method based on compound decomposition2017
- 著者名/発表者名
  Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 印刷中号: 23 ページ: 3836-3843
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btx178
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044, KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-15K16081, KAKENHI-PROJECT-15K16082, KAKENHI-PROJECT-17H01814, KAKENHI-PROJECT-17J06897
[雑誌論文] In silico, in vitro, X-ray crystallography, and integrated strategies for discovering spermidine synthase inhibitors for Chagas disease2017
- 著者名/発表者名
  Yoshino Ryunosuke、Yasuo Nobuaki、Hagiwara Yohsuke、Ishida Takashi、Inaoka Daniel Ken、Amano Yasushi、Tateishi Yukihiro、Ohno Kazuki、Namatame Ichiji、Niimi Tatsuya、Orita Masaya、Kita Kiyoshi、Akiyama Yutaka、Sekijima Masakazu
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 7 号: 1 ページ: 1-9
- DOI
  10.1038/s41598-017-06411-9
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-17H01814, KAKENHI-PROJECT-16J09021, KAKENHI-PROJECT-15K16082, KAKENHI-PROJECT-16K19114
[学会発表] GCMQA: Graph convolutional neural network for model quality assessment2019
- 著者名/発表者名
  Rin Sato and Takashi Ishida
- 学会等名
  第八回生命医薬情報学連合会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11524
[学会発表] ポケット構造情報を考慮したエンドツーエンド表現学習によるリガンド結合予測2019
- 著者名/発表者名
  種部俊孝、石田貴士
- 学会等名
  情報処理学会第57回BIO研究発表会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11524
[学会発表] タンパク質配列情報と薬剤結合部位構造情報を用いた新規タンパク質に対する深層学習リガンド結合予測2019
- 著者名/発表者名
  松村真里, 石田貴士
- 学会等名
  第八回生命医薬情報学連合会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11524
[学会発表] グラフ畳み込みを用いたタンパク質予測立体構造の評価手法の開発2019
- 著者名/発表者名
  佐藤倫、石田貴士
- 学会等名
  情報処理学会第57回BIO研究発表会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11524
[学会発表] 深層学習を用いたタンパク質予測立体構造モデルの評価2018
- 著者名/発表者名
  佐藤倫、石田貴士
- 学会等名
  情報処理学会第54回BIO研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11524
[学会発表] 3次元畳み込みニューラルネットワークを用いたタンパク質予測立体構造の評価手法の開発2018
- 著者名/発表者名
  佐藤倫、石田貴士
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会2018年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11524
[学会発表] タンパク質ポケット構造情報を考慮した機会学習によるリガンド結合予測2018
- 著者名/発表者名
  種部俊孝、石田貴士
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会2018年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11524
[学会発表] 薬剤標的タンパク質選定支援に向けた立体構造上での株間変異情報表示システムの開発2017
- 著者名/発表者名
  大石智博，石田貴士
- 学会等名
  情報処理学会第50回バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K16082
[学会発表] 適合性フィードバックを用いたトリパノソーマ原虫症薬剤標的タンパク質選定の改良2017
- 著者名/発表者名
  曽我光瑛，石田貴士
- 学会等名
  情報処理学会　第53回バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K16082
[学会発表] ランク学習を用いたNTDs薬剤標的タンパク質候補選択の改良2016
- 著者名/発表者名
  曽我光瑛, 石田貴士
- 学会等名
  情報処理学会第46回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  沖縄
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K16082
[学会発表] Improvement of NTDs drug target protein selection by learning to rank2016
- 著者名/発表者名
  Mitsuaki Soga, Takashi Ishida
- 学会等名
  Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016)
- 発表場所
  Tokyo
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K16082
[学会発表] Prediction of Protein-Ligand Binding Sites Using 3D Convolutional Neural Networks2016
- 著者名/発表者名
  Naoto Kakami, Takashi Ishida
- 学会等名
  Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016)
- 発表場所
  Tokyo
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K16082
[学会発表] 3次元畳み込みニューラルネットワークを用いたタンパク質リガンド結合ポケットの予測2016
- 著者名/発表者名
  各務直人, 石田貴士
- 学会等名
  情報処理学会第46回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  沖縄
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K16082

1. 財津崇 (80611508)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
2. 秋山泰

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
3. 関嶋政和

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
4. 北潔

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

石田 貴士 Ishida Takashi

研究課題

研究成果

共同研究者

XAI（説明可能な人工知能）を用いた口臭画像診断システムの開発研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

３次元畳み込みニューラルネットワークによる構造ベース化合物活性予測研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

大規模タンパク質構造予測による顧みられない熱帯病創薬標的タンパク質選定の効率化研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Single-Step Retrosynthesis Prediction Based on the Identification of Potential Disconnection Sites Using Molecular Substructure Fingerprints2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] P3CMQA: Single-Model Quality Assessment Using 3DCNN with Profile-Based Features2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Sequence alignment generation using intermediate sequence search for homology modeling2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] End-to-End Learning Based Compound Activity Prediction Using Binding Pocket Information2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

ISBN

データソース

[雑誌論文] Protein model accuracy estimation based on local structure quality assessment using 3D convolutional neural network2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Sequence alignment using machine learning for accurate template-based protein structure prediction2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Spresso: An ultrafast compound pre-screening method based on compound decomposition2017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] In silico, in vitro, X-ray crystallography, and integrated strategies for discovering spermidine synthase inhibitors for Chagas disease2017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[学会発表] GCMQA: Graph convolutional neural network for model quality assessment2019

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] ポケット構造情報を考慮したエンドツーエンド表現学習によるリガンド結合予測2019

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] タンパク質配列情報と薬剤結合部位構造情報を用いた新規タンパク質に対する深層学習リガンド結合予測2019

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] グラフ畳み込みを用いたタンパク質予測立体構造の評価手法の開発2019

著者名/発表者名

学会等名

石田貴士 Ishida Takashi