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福田 育夫  Fukuda Ikuo

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 40643185
その他のID
所属 (現在) 2020年度: 兵庫県立大学, シミュレーション学研究科, 特任教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2018年度 – 2020年度: 兵庫県立大学, シミュレーション学研究科, 特任教授
2017年度: 大阪大学, たんぱく質研究所, 招へい准教授
2013年度 – 2015年度: 大阪大学, たんぱく質研究所, 招へい研究員(准教授)
審査区分/研究分野
研究代表者
計算科学 / 小区分60100:計算科学関連
キーワード
研究代表者
分子動力学 / 相互作用計算 / 運動方程式 / 数値積分 / サンプリング / 力学系 / 数値計算 / 計算科学 / 数値シミュレーション
  • 研究課題

    (3件)
  • 研究成果

    (38件)
  • 共同研究者

    (5人)
  •  深層パラメタ変動ダイナミクスと電荷分布依存ポテンシャル関数を用いた分子動力学法研究代表者継続中

    • 研究代表者
      福田 育夫
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分60100:計算科学関連
    • 研究機関
      兵庫県立大学
  •  一般化カットオフ法と合成系密度力学による多様な分子動力学シミュレーションの実現研究代表者継続中

    • 研究代表者
      福田 育夫
    • 研究期間 (年度)
      2017 – 2020
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      計算科学
    • 研究機関
      兵庫県立大学
      大阪大学
  •  分子動力学計算を速く正確に安定に実行するための基盤技術の開発研究代表者

    • 研究代表者
      福田 育夫
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2015
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      計算科学
    • 研究機関
      大阪大学

すべて 2020 2019 2018 2017 2016 2015 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] 長距離力をいかに精度よく効率的に見積もるか―零多重極子和法による静電相互作用計算―2017

    • 著者名/発表者名
      福田育夫
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      日本物理学会誌
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143
  • [雑誌論文] A Robust, Symmetric Operator-Composition Integrator for the Berendsen Temperature-Control Molecular Dynamics Equation2020

    • 著者名/発表者名
      I. Fukuda, S. Queyroy S, and H. Nakamura
    • 雑誌名

      J. Phys. Soc. Jpn.

      巻: 89 号: 6 ページ: 064004-064004

    • DOI

      10.7566/jpsj.89.064004

    • ISSN
      0031-9015, 1347-4073
    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143
  • [雑誌論文] Symmetric, Explicit Numerical Integrator for Molecular Dynamics Equations of Motion with a Generalized Friction2019

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda
    • 雑誌名

      J. Math. Phys.

      巻: 60 ページ: 042903-042903

    • DOI

      10.1063/1.5012871

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143
  • [雑誌論文] Performance Evaluation of the Zero-Multipole Summation Method in Modern Molecular Dynamics2018

    • 著者名/発表者名
      Shun Sakuraba、Ikuo Fukuda
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 印刷中

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143
  • [雑誌論文] Enhanced Sampling of Molecular Dynamics Simulations of a Polyalanine Octapeptide: Effects of the Periodic Boundary Conditions on Peptide Conformation2018

    • 著者名/発表者名
      Kasahara Kota、Sakuraba Shun、Fukuda Ikuo
    • 雑誌名

      The journal of physical chemistry B

      巻: 122 ページ: 2495-2503

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.7b10830

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143, KAKENHI-PROJECT-16K17778, KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [雑誌論文] A Critical Appraisal of the Zero-Multipole Method: Structural, Thermodynamic, Dielectric, and Dynamical Properties of a Water System2016

    • 著者名/発表者名
      Wang H, Nakamura H, Fukuda I
    • 雑誌名

      The Journal of chemical physics

      巻: 144 ページ: 114503-114503

    • DOI

      10.1063/1.4943956

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセスとしている / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [雑誌論文] Coupled Nose-Hoover Equations of Motion to Implement a Fluctuating Heat-Bath Temperature2016

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 93 ページ: 033306-033306

    • DOI

      10.1103/physreve.93.033306

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18520, KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [雑誌論文] 分子動力学計算における新規非エバルト法の開発と応用2015

    • 著者名/発表者名
      福田育夫
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 55 号: 1 ページ: 037-039

    • DOI

      10.2142/biophys.55.037

    • NAID

      130004794736

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 言語
      日本語
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [雑誌論文] Double Density Dynamics: Realizing a joint distribution of a physical system and a parameter system2015

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
    • 雑誌名

      Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical

      巻: 48 ページ: 455001-455001

    • DOI

      10.1088/1751-8113/48/45/455001

    • NAID

      120005596269

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [雑誌論文] The zero-multipole summation method for estimating electrostatic interactions in molecular dynamics: Analysis of the accuracy and application to liquid systems2014

    • 著者名/発表者名
      Fukuda I, Kamiya N, Nakamura H
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 140 ページ: 194307-194307

    • DOI

      10.1063/1.4875693

    • NAID

      120005596268

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23370071, KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-25390156, KAKENHI-PROJECT-25440070
  • [雑誌論文] A Novel Approach of Dynamic Cross Correlation Analysis on Molecular Dynamics Simulations and its Application to Ets1 dimer--DNA Complex2014

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Ikuo Fukuda, Haruki Nakamura
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 9 (11)

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0112419

    • NAID

      120005596267

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [雑誌論文] Zero-Multipole Summation Method for Efficiently Estimating Electrostatic Interactions in Molecular System2013

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 139 ページ: 174107-174107

    • DOI

      10.1063/1.4827055

    • NAID

      120005647643

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulations accelerated by GPU for biological macromoleculas with a non-Ewald scheme for electrostatic interactions2013

    • 著者名/発表者名
      Mashimo T, Fukunishi Y, Kamiya N, Takano Y, Fukuda I, Nakamura H
    • 雑誌名

      J. Chem. Theo. Comput.

      巻: 9 ページ: 5599-5609

    • DOI

      10.1021/ct400342e

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23370071, KAKENHI-PROJECT-23657103, KAKENHI-PUBLICLY-25104717, KAKENHI-PROJECT-25390156, KAKENHI-PROJECT-25440070
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of double-stranded DNA in explicit solvent model with the zero-dipole summation method2013

    • 著者名/発表者名
      Arakawa T, Kamiya N, Nakamura H, Fukuda I
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 8

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0076606

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23370071, KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-25390156, KAKENHI-PROJECT-25440070
  • [雑誌論文] Application of Zero-dipole summation method to molecular dynamics simulations of a membrane protein system2013

    • 著者名/発表者名
      Narutoshi Kamiya
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 568-569 ページ: 26-32

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2013.03.014

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22570160, KAKENHI-PROJECT-23370071, KAKENHI-PROJECT-23657103, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-25390156, KAKENHI-ORGANIZER-24118001
  • [学会発表] Coupled Nose-Hoover方程式による温度―エネルギー空間上の高効率サンプリングの実現2020

    • 著者名/発表者名
      福田育夫,森次圭,福西快文
    • 学会等名
      日本物理学会第75回年次大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143
  • [学会発表] 温度制御方程式系の合成とその応用可能性2019

    • 著者名/発表者名
      福田育夫,森次圭,福西快文
    • 学会等名
      日本物理学会第74回年次大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143
  • [学会発表] A nonlinear ordinary differential equation with a fully statistical description for a physical system and an environment system2019

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda, Kei Moritsugu, Yoshifumi Fukunishi
    • 学会等名
      8th International Nonlinear Science Conference 2019
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143
  • [学会発表] 一般的な摩擦項をもつ運動方程式に対する拡張されたベルレ型積分法2019

    • 著者名/発表者名
      福田育夫
    • 学会等名
      日本物理学会2019年秋季大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143
  • [学会発表] myPresto, computer-aided drug development software2019

    • 著者名/発表者名
      Shinji Iida, Ikuo Fukuda, Junichi Higo , Kota Kasahara, Takashi Kurosawa, Tadaaki Mashimo, Kiyotaka Misoo, Yoshinori Wakabayasi, Ryuta Murakami, Chisato Kanai, Yusuke Sugihara, Mitsuhito Wada, Hironori Nakamura, Yoshifumi Fukunishi
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143
  • [学会発表] A coupling of physical system and a temperature system: Coupled Nose-Hoover equations2018

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143
  • [学会発表] 合成系密度力学の開発2018

    • 著者名/発表者名
      福田育夫,森次圭
    • 学会等名
      日本物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143
  • [学会発表] Double density dynamics and coupled Nose-Hoover equations2018

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
    • 学会等名
      The 2nd Global Conference on Applied Physics, Mathematics and Computing
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143
  • [学会発表] Zero-multipole summation method: non-Ewald method for simply and precisely calculating electrostatic interactions in molecular simulations2017

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda
    • 学会等名
      Seminar at Science for Life Laboratory, Stockholm University
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143
  • [学会発表] Non-Ewald method for accurately and efficiently calculating electrostatic interactions in molecular simulations2017

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Kota Kasahara, Han Wang, Shun Sakuraba, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      “Conformational Ensembles from Experimental Data and Computer Simulations” meeting sponsored by the Biophysical Society
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143
  • [学会発表] Non-Ewald methods for simply and precisely calculating electrostatic interactions in molecular simulations2017

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda
    • 学会等名
      JCUP VIII
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143
  • [学会発表] 零多重極子和法による静電相互作用計算: 理論と実際2016

    • 著者名/発表者名
      福田育夫,神谷成敏,笠原浩太,寺田透,Han Wang,桜庭俊,中村春木
    • 学会等名
      日本物理学会第71回年次大会
    • 発表場所
      東北学院大学
    • 年月日
      2016-03-19
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [学会発表] Development of a simple and accurate non-Ewald method for calculating electrostatic interactions in molecular simulations2015

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda
    • 学会等名
      Seminar at Institut de Chimie, Radicalaire, Universite d'Aix-Marseille
    • 発表場所
      UMR7273-CNRS Universite d'Aix-Marseille, France
    • 年月日
      2015-07-30
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [学会発表] Novel non-Ewald methods for calculating electrostatic interactions in molecular simulations2015

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Han Wang, Kota Kasahara, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      ,金沢大学
    • 年月日
      2015-09-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [学会発表] Molecular Mechanism of Inhibition of Transcription Factor Ets1-DNA Binding, Induced by Phosphorylation on a Disordered Region2015

    • 著者名/発表者名
      Kasahara Kota, Higo Junichi, Shiina Masaaki, Fukuda Ikuo, Ogata Kazuhiro, Nakamura Haruki
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学
    • 年月日
      2015-09-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [学会発表] Development and application of novel non-Ewald methods for calculating electrostatic interactions in molecular simulations2015

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Han Wang, Kota Kasahara, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      29th Annual Symposium of The Protein Society
    • 発表場所
      Barcelona, Spain
    • 年月日
      2015-07-22
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [学会発表] Non-Ewald scheme for calculating electrostatic interactions of a charged particle system via a neutralization concept2014

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda
    • 学会等名
      Seminar at Institut fuer Mathematik, Freie Universitaet Berlin
    • 発表場所
      Berlin, Germany
    • 年月日
      2014-04-07
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [学会発表] Zero-multipole summation法による効率的静電相互作用計算2014

    • 著者名/発表者名
      福田 育夫, 神谷成敏,中村春木
    • 学会等名
      日本物理学会第69回年次大会
    • 発表場所
      東海大学 湘南キャンパス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [学会発表] The zero-dipole summation method and its application to molecular simulation with homogenous and inhomogeneous systems2013

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Kota Kasahara, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      APPC12 The 12th Asia Pacific Physics Conference of AAPPS, ASEPS3 The third Asia-Europe Physics Summit
    • 発表場所
      International Conference Halls, Makuhari Messe Chiba, Japan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [学会発表] Zero-dipole summation method for evaluating electrostatic interaction in molecular simulation of biomolecular system2013

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      京都国際会館
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [学会発表] 分子シミュレーションにおける新しい静電相互作用計算法の開発と応用

    • 著者名/発表者名
      福田育夫, Han Wang,中村春木
    • 学会等名
      日本物理学会第70回年次大会
    • 発表場所
      早稲田大学
    • 年月日
      2015-03-21 – 2015-03-24
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーション解析のためのMulti-modal Dynamic Cross Correlation法の開発と応用

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太, 福田育夫, 中村春木
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      仙台国際センター
    • 年月日
      2014-10-02 – 2014-10-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [学会発表] Molecular dynamics study on enhancer recognitions by cooperative binding of Ets1 and partner transcription factors

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Ikuo Fukuda, and Haruki Nakamura
    • 学会等名
      The 4th Asia Pacific Protein Association Conference
    • 発表場所
      Jeju, Korea
    • 年月日
      2014-05-17 – 2014-05-20
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25390156
  • 1.  森次 圭 (80599506)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 8件
  • 2.  中村 春木 (80134485)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 16件
  • 3.  神谷 成敏
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 4件
  • 4.  鷹野 優
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 5.  笠原 浩太
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件

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