小井土大 Koido Masaru

研究者番号	40787561
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2022年度 – 2023年度: 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教 2020年度 – 2021年度: 東京大学, 医科学研究所, 特任助教
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43050:ゲノム生物学関連研究代表者以外中区分48:生体の構造と機能およびその関連分野 / 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
キーワード	研究代表者機械学習 / ゲノム解析 / エピスタシス / 遺伝子発現制御 / ディープラーニング / リバース・エンジニアリング / 遺伝子発現 / 非翻訳RNA 研究代表者以外核－細胞質間物質輸送 / 不妊症 … もっと見る / Importin / 配偶子形成 / クロマチン / インポーティン / 核輸送 / 卵 / 女性不妊症 / 精子細胞形成 / ゲノム医療 / 自己免疫性疾患 / 全ゲノム関連解析 / エンハンサー / 遺伝多型 / 遺伝子発現隠す

DNA配列機械学習モデルの予測根拠に基づく非翻訳RNAの発現特異性の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  小井土大
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分43050:ゲノム生物学関連
- 研究機関
  東京大学
雌雄配偶子形成における核輸送分子の新機能探索と不妊症発症機序解明
- 研究代表者
  
  宮本洋一
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
- 審査区分
  
  中区分48:生体の構造と機能およびその関連分野
- 研究機関
  国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
エンハンサーの遺伝的発現制御の解明による免疫疾患解析
- 研究代表者
  
  寺尾知可史
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
多因子疾患のエピスタシス効果を同定するためのゲノム配列の深層学習戦略研究代表者
- 研究代表者
  
  小井土大
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分43050:ゲノム生物学関連
- 研究機関
  東京大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2020

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Decoding triancestral origins, archaic introgression, and natural selection in the Japanese population by whole-genome sequencing.2024
- 著者名/発表者名
  1.Xiaoxi Liu, Satoshi Koyama, Kohei Tomizuka, Sadaaki Takata Yuki Ishikawa, Shuji Ito, Shunichi Kosugi, Kunihiko Suzuki, Keiko Hikino, Masaru Koido, Yoshinao Koike, Momoko Horikoshi, Takashi Gakuhari, Shiro Ikegawa, Kochi Matsuda, Yukihide Momozawa, Kaoru Ito, Yoichiro Kamatani, and Chikashi Terao
- 雑誌名
  
  Science Advances
  
  巻: 10 号: 16
- DOI
  10.1126/sciadv.adi8419
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06130, KAKENHI-PROJECT-20H00462
[雑誌論文] MENTR：DNA配列から非翻訳RNAの発現を予測する機械学習法2023
- 著者名/発表者名
  小井土大 , 寺尾知可史
- 巻
  41
- ページ
  971
- DOI
  10.18958/7223-00005-0000413-00
- 言語
  日本語
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15773
[雑誌論文] A novel CCDC91 isoform associated with ossification of the posterior longitudinal ligament of the spine works as a non-coding RNA to regulate osteogenic genes2023
- 著者名/発表者名
  Nakajima Masahiro、Koido Masaru、Guo Long、Terao Chikashi、Ikegawa Shiro
- 雑誌名
  
  The American Journal of Human Genetics
  
  巻: 110 号: 4 ページ: 638-647
- DOI
  10.1016/j.ajhg.2023.03.004
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03811, KAKENHI-PROJECT-20K15773, KAKENHI-PROJECT-20H00462, KAKENHI-PROJECT-23K24466
[雑誌論文] Prediction of the cell-type-specific transcription of non-coding RNAs from genome sequences via machine learning2022
- 著者名/発表者名
  Koido Masaru、Hon Chung-Chau、Koyama Satoshi、Kawaji Hideya、Murakawa Yasuhiro、Ishigaki Kazuyoshi、Ito Kaoru、Sese Jun、Parrish Nicholas F.、Kamatani Yoichiro、Carninci Piero、Terao Chikashi
- 雑誌名
  
  Nature Biomedical Engineering
  
  巻: Online 号: 6 ページ: 830-844
- DOI
  10.1038/s41551-022-00961-8
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22KF0209, KAKENHI-PROJECT-20K15773, KAKENHI-PROJECT-21K20647, KAKENHI-PROJECT-20H00462, KAKENHI-PROJECT-23K24373
[雑誌論文] Stroke genetics informs drug discovery and risk prediction across ancestries2022
- 著者名/発表者名
  Debette Stephanie、Mishra Aniket、Malik Rainer、Hachiya Tsuyoshi、Jurgenson Tuuli、Namba Shinichi、Koido Masaru、et al.
- 雑誌名
  
  Research Square
  
  巻: -
- DOI
  10.21203/rs.3.rs-1175817/v1
- オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15773
[雑誌論文] Stroke genetics informs drug discovery and risk prediction across ancestries2022
- 著者名/発表者名
  Mishra Aniket、Malik Rainer、Hachiya Tsuyoshi、Jurgenson Tuuli、Namba Shinichi、Posner Daniel C.、Kamanu Frederick K.、Koido Masaru、et al.
- 雑誌名
  
  Nature
  
  巻: 611 号: 7934 ページ: 115-123
- DOI
  10.1038/s41586-022-05165-3
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15773, KAKENHI-PROJECT-23K21506
[雑誌論文] Susceptibility loci and polygenic architecture highlight population specific and common genetic features in inguinal hernias2021
- 著者名/発表者名
  Hikino Keiko、Koido Masaru、Tomizuka Kohei、Liu Xiaoxi、Momozawa Yukihide、Morisaki Takayuki、Murakami Yoshinori、The Biobank Japan Project、Mushiroda Taisei、Terao Chikashi
- 雑誌名
  
  EBioMedicine
  
  巻: 70 ページ: 103532-103532
- DOI
  10.1016/j.ebiom.2021.103532
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15773
[雑誌論文] Eight novel susceptibility loci and putative causal variants in atopic dermatitis2021
- 著者名/発表者名
  Tanaka Nao、Koido Masaru、Suzuki Akari、Otomo Nao、Suetsugu Hiroyuki、Kochi Yuta、Tomizuka Kouhei、Momozawa Yukihide、Kamatani Yoichiro、Ikegawa Shiro、Yamamoto Kazuhiko、Terao Chikashi
- 雑誌名
  
  Journal of Allergy and Clinical Immunology
  
  巻: 148 号: 5 ページ: 1293-1306
- DOI
  10.1016/j.jaci.2021.04.019
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15773
[雑誌論文] Predicting cell-type-specific non-coding RNA transcription from genome sequence2020
- 著者名/発表者名
  Koido Masaru、Hon Chung-Chau、Koyama Satoshi、Kawaji Hideya、Murakawa Yasuhiro、Ishigaki Kazuyoshi、Ito Kaoru、Sese Jun、Kamatani Yoichiro、Carninci Piero、Terao Chikashi
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: 2020.03.29.011205
- DOI
  10.1101/2020.03.29.011205
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15773
[学会発表] 遺伝的リスクを生物学的に解釈するゲノム・オミックス・ヒト細胞モデルの統合解析2022
- 著者名/発表者名
  小井土大
- 学会等名
  第49回日本毒性学会学術年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15773
[学会発表] 元WET研究者によるオミクス統合解析手法の開発2022
- 著者名/発表者名
  小井土大
- 学会等名
  第45回日本分子生物学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15773
[学会発表] Learn genomics from AI for interpreting the roles of non-coding RNAs in complex traits2020
- 著者名/発表者名
  Masaru Koido
- 学会等名
  2nd ASHBi Mathematical Biology Workshop
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15773
[学会発表] Challenges and opportunities in utilizing machine learning for genomics research2020
- 著者名/発表者名
  Masaru Koido
- 学会等名
  The 7th RIKEN-Karolinska Institutet/SciLifeLab Joint Symposium: Biomedical Data for Artificial Intelligence - The role of AI in the future direction of Life Science research -
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15773

1. 寺尾知可史 (60610459)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
2. 鎌谷洋一郎 (00720880)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 川路英哉 (20525406)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 村川泰裕 (50765469)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
5. 宮本洋一 (10379084)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 岡田由紀 (60546430)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 原聡史 (80739582)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 小杉俊一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
9. 中島正宏

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

小井土 大 Koido Masaru

研究課題

研究成果

共同研究者

DNA配列機械学習モデルの予測根拠に基づく非翻訳RNAの発現特異性の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

雌雄配偶子形成における核輸送分子の新機能探索と不妊症発症機序解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

エンハンサーの遺伝的発現制御の解明による免疫疾患解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

多因子疾患のエピスタシス効果を同定するためのゲノム配列の深層学習戦略研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] Decoding triancestral origins, archaic introgression, and natural selection in the Japanese population by whole-genome sequencing.2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] MENTR：DNA配列から非翻訳RNAの発現を予測する機械学習法2023

著者名/発表者名

巻

ページ

DOI

言語

データソース

[雑誌論文] A novel CCDC91 isoform associated with ossification of the posterior longitudinal ligament of the spine works as a non-coding RNA to regulate osteogenic genes2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Prediction of the cell-type-specific transcription of non-coding RNAs from genome sequences via machine learning2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Stroke genetics informs drug discovery and risk prediction across ancestries2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Stroke genetics informs drug discovery and risk prediction across ancestries2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Susceptibility loci and polygenic architecture highlight population specific and common genetic features in inguinal hernias2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Eight novel susceptibility loci and putative causal variants in atopic dermatitis2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Predicting cell-type-specific non-coding RNA transcription from genome sequence2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[学会発表] 遺伝的リスクを生物学的に解釈するゲノム・オミックス・ヒト細胞モデルの統合解析2022

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] 元WET研究者によるオミクス統合解析手法の開発2022

小井土大 Koido Masaru