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安田 賢司  Yasuda Satoshi

研究者番号 40792081
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0003-3555-1083
所属 (現在) 2025年度: 千葉大学, 量子生命構造創薬センター, 特任准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2025年度: 千葉大学, 量子生命構造創薬センター, 特任准教授
2022年度 – 2024年度: 千葉大学, 大学院理学研究院, 特任准教授
2017年度 – 2021年度: 千葉大学, 大学院理学研究院, 特任助教
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分43040:生物物理学関連 / 生物物理学
研究代表者以外
小区分48040:医化学関連
キーワード
研究代表者
形態計測学的アプローチ / 溶媒和エントロピー / 自由エネルギー関数 / 水素結合 / 分子動力学シミュレーション / V-ATPase / 水和エネルギー / V1-ATPアーぜ / V1ATPase / 分子モーター … もっと見る / 水和エントロピー / V1-atpase / 水のエントロピー / 形態計測学的手法 / ATP加水分解 / F1-ATPase / V1-ATPase / 回転分子モーター / ATP駆動タンパク質 / ロドプシン / 膜タンパク質 / 熱安定化 / 共溶媒効果 / エントロピー / 積分方程式論 / 統計熱力学 / アミノ酸置換 / 耐熱化 / サーモフィリックロドプシン … もっと見る
研究代表者以外
リガンド開発 / 計算科学 / クライオ電子顕微鏡単粒子解析 / プロテアーゼ活性化受容体 / Gタンパク質共役受容体 隠す
  • 研究課題

    (4件)
  • 研究成果

    (31件)
  • 共同研究者

    (6人)
  •  プロテアーゼ活性化受容体の構造に基づく合理的新規抗凝固薬の探索

    • 研究代表者
      浅田 秀基
    • 研究期間 (年度)
      2025 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分48040:医化学関連
    • 研究機関
      京都大学
  •  統計熱力学計算に基づくナトリウム輸送性V-ATPaseのイオン輸送機構の解明研究代表者

    • 研究代表者
      安田 賢司
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2026
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分43040:生物物理学関連
    • 研究機関
      千葉大学
  •  液体論に根ざしたV1-ATPアーゼ回転メカニズムの描像構築研究代表者

    • 研究代表者
      安田 賢司
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2023
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43040:生物物理学関連
    • 研究機関
      千葉大学
  •  統計熱力学計算に基づくロドプシンの熱安定化アミノ酸置換体の創出研究代表者

    • 研究代表者
      安田 賢司
    • 研究期間 (年度)
      2017 – 2020
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      千葉大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 学会発表

  • [雑誌論文] Cryo-EM structure of P-glycoprotein bound to triple elacridar inhibitor molecules2024

    • 著者名/発表者名
      Hamaguchi-Suzuki Norie、Adachi Naruhiko、Moriya Toshio、Yasuda Satoshi、Kawasaki Masato、Suzuki Kano、Ogasawara Satoshi、Anzai Naohiko、Senda Toshiya、Murata Takeshi
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 709 ページ: 149855-149855

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2024.149855

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06108, KAKENHI-PROJECT-21K19348, KAKENHI-PROJECT-21H03065
  • [雑誌論文] 統計熱力学計算と進化分子工学を用いたGPCR安定化変異体の創出手法2023

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Satoshi
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 63 号: 5 ページ: 252-256

    • DOI

      10.2142/biophys.63.252

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 言語
      日本語
    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06108
  • [雑誌論文] Physical pictures of rotation mechanisms of F1- and V1-ATPases: Leading roles of translational, configurational entropy of water2023

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Satoshi、Hayashi Tomohiko、Murata Takeshi、Kinoshita Masahiro
    • 雑誌名

      Frontiers in Molecular Biosciences

      巻: 10 ページ: 1-23

    • DOI

      10.3389/fmolb.2023.1159603

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K03547, KAKENHI-PROJECT-21K06108, KAKENHI-PROJECT-21H02409
  • [雑誌論文] A methodology for creating mutants of G‐protein coupled receptors stabilized in active state by combining statistical thermodynamics and evolutionary molecular engineering2022

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Taisei、Yasuda Satoshi、Kasai Rinshi S.、Nakano Ryosuke、Hikiri Simon、Sugaya Kanna、Hayashi Tomohiko、Ogasawara Satoshi、Shiroishi Mitsunori、Fujiwara Takahiro K.、Kinoshita Masahiro、Murata Takeshi
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 31 号: 10

    • DOI

      10.1002/pro.4425

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06108, KAKENHI-PROJECT-22K03547, KAKENHI-PLANNED-21H05252, KAKENHI-PROJECT-20H03225, KAKENHI-PLANNED-18H05424, KAKENHI-PLANNED-18H05425
  • [雑誌論文] A methodology for creating thermostabilized mutants of G‐protein coupled receptors by combining statistical thermodynamics and evolutionary molecular engineering2022

    • 著者名/発表者名
      Sugaya Kanna、Yasuda Satoshi、Sato Shingo、Sisi Chen、Yamamoto Taisei、Umeno Daisuke、Matsuura Tomoaki、Hayashi Tomohiko、Ogasawara Satoshi、Kinoshita Masahiro、Murata Takeshi
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 31 号: 9

    • DOI

      10.1002/pro.4404

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06108, KAKENHI-PROJECT-22K03547, KAKENHI-PLANNED-18H05425, KAKENHI-PLANNED-21H05228
  • [雑誌論文] サーモフィリックロドプシンとキサントロドプシンの熱安定性の大きな違いに対する統計熱力学解析2021

    • 著者名/発表者名
      安田賢司、林智彦、村田 武士、木下正弘
    • 雑誌名

      アグリバイオ

      巻: 4 ページ: 61-66

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099
  • [雑誌論文] Theoretical identification of thermostabilizing amino acid mutations for G-protein-coupled receptors2020

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Murata、Satoshi Yasuda、Tomohiko Hayashi、Masahiro Kinoshita
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: - 号: 2 ページ: 323-332

    • DOI

      10.1007/s12551-020-00678-5

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099, KAKENHI-PROJECT-19K14674, KAKENHI-PROJECT-17H03663, KAKENHI-PLANNED-18H05425
  • [雑誌論文] サーモフィリックロドプシンの極めて高い熱安定性に関する統計熱力学的解析2020

    • 著者名/発表者名
      安田賢司、林智彦、村田武士、木下正弘
    • 雑誌名

      月刊「細胞」

      巻: 52 ページ: 37-41

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099
  • [雑誌論文] Methodology for Further Thermostabilization of an Intrinsically Thermostable Membrane Protein Using Amino Acid Mutations with Its Original Function Being Retained2020

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Satoshi、Akiyama Tomoki、Nemoto Sayaka、Hayashi Tomohiko、Ueta Tetsuya、Kojima Keiichi、Tsukamoto Takashi、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei、Sudo Yuki、Kinoshita Masahiro、Murata Takeshi
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 60 号: 3 ページ: 1709-1716

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.0c00063

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099, KAKENHI-PROJECT-19K14674, KAKENHI-PROJECT-19K16090, KAKENHI-PLANNED-18H05425, KAKENHI-PUBLICLY-19H04727, KAKENHI-PUBLICLY-19H05396, KAKENHI-PROJECT-17H03663, KAKENHI-PROJECT-18H02082, KAKENHI-PROJECT-18H02411
  • [雑誌論文] How Does a Microbial Rhodopsin RxR Realize Its Exceptionally High Thermostability with the Proton-Pumping Function Being Retained?2020

    • 著者名/発表者名
      Hayashi Tomohiko、Yasuda Satoshi、Suzuki Kano、Akiyama Tomoki、Kanehara Kanae、Kojima Keiichi、Tanabe Mikio、Kato Ryuichi、Senda Toshiya、Sudo Yuki、Murata Takeshi、Kinoshita Masahiro
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 124 号: 6 ページ: 990-1000

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.9b10700

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099, KAKENHI-PROJECT-19K14674, KAKENHI-PROJECT-19K16090, KAKENHI-PLANNED-18H05425, KAKENHI-PUBLICLY-19H04727, KAKENHI-PUBLICLY-19H05396, KAKENHI-PROJECT-17H03663, KAKENHI-PROJECT-18H02411, KAKENHI-PROJECT-17H06264
  • [雑誌論文] サーモフィリックロドプシンとキサントロドプシンの熱安定性の大きな違いに対する統計熱力学解析2020

    • 著者名/発表者名
      安田賢司、林智彦、村田武士、木下正弘
    • 雑誌名

      アグリバイオ

      巻: 4 ページ: 61-67

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099
  • [雑誌論文] Elucidation of cosolvent effects thermostabilizing water-soluble and membrane proteins2020

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Satoshi、Kazama Kazuki、Akiyama Tomoki、Kinoshita Masahiro、Murata Takeshi
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Liquids

      巻: 301 ページ: 112403-112403

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2019.112403

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099, KAKENHI-PLANNED-18H05425, KAKENHI-PROJECT-17H03663
  • [雑誌論文] Analyses based on statistical thermodynamics for large difference between thermophilic rhodopsin and xanthorhodopsin in terms of thermostability2019

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Satoshi、Hayashi Tomohiko、Kajiwara Yuta、Murata Takeshi、Kinoshita Masahiro
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 150 号: 5 ページ: 055101-055101

    • DOI

      10.1063/1.5082217

    • NAID

      40022492153

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099, KAKENHI-PROJECT-17H03663, KAKENHI-PLANNED-18H05425
  • [学会発表] Physical pictures of rotation mechanisms of F1- and V1-ATPases: Leading roles of translational, configurational entropy of water2023

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Takeshi Murata and Masahiro Kinoshita
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06108
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡構造解析と高速AFM観察から見えてきたABCトランスポーター(P-gp)の構造ダイナミクス2023

    • 著者名/発表者名
      濱口紀江、安達成彦、野中雄仁、喜多俊介、今野翔、金岡優依、守屋俊夫、川崎政人、安田賢司、安西尚彦、林良雄、前仲勝実、千田俊哉、小笠原諭、内橋貴之、村田武士
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06108
  • [学会発表] Structural analysis of the multidrug efflux transporter P-glycoprotein bound by an inhibitor2023

    • 著者名/発表者名
      濱口紀江、安達成彦、守屋俊夫、川崎政人、安田賢司、安西尚彦、千田俊哉、小笠原諭、村田武士
    • 学会等名
      Federation of the Asian and Oceanian Physiological Societies Congress
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06108
  • [学会発表] Creation of ATP synthase with multiple torque generating units2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ueno, Riku Marui, Naruhiko Adachi, Norie Hamaguchi, Toshio Moriya, Masato Kawasaki, Akihito Ikeda, Satomi Inaba, Satoshi Yasuda, Toshiya Senda, Takeshi Murata, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06108
  • [学会発表] アミノ酸変異による最も耐熱性の高い外向きプロトンポンプ型ロドプシンの構築2023

    • 著者名/発表者名
      安田 賢司、秋山 友希、木下 正弘、村田 武士
    • 学会等名
      量子生命科学会 第5回大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06108
  • [学会発表] 統計熱力学計算と進化分子工学を融合した GPCR 耐熱化置換体の構築手法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      安田 賢司、菅谷 幹奈、佐藤 愼吾、藤木 祐美、陳 思思、林 智彦、小笠原 諭、木下 正弘、村田 武士
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06108
  • [学会発表] 理論計算と進化分子工学の融合によるリガンド結合非依存的に活性型へシフトする GPCR 変異体 のスクリーニング2022

    • 著者名/発表者名
      山本 大生、笠井 倫志、肥喜里 志門、藤原 敬宏、中野 僚介、菅谷 幹奈、安田 賢司、小笠原 諭、白石 充典、木下 正弘、 村田 武士
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06108
  • [学会発表] Further Thermo-Stabilization of Thermophilic Rhodopsin through Engineering in Intramembrane and Extramembrane Regions2019

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Akiyama, Naoki Kunishima, Masako Hirose, Sayaka Nemoto, Satoshi Yasuda, Yuki Sudo, Takeshi Murata
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099
  • [学会発表] Theoretical Prediction of Thermostabilizing Mutations for GPCR: Identification of Hot-Spot Residues to be Mutated Common in Class A GPCRs2019

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yasuda, Yuta Kajiwara, Yuki Takamuku, Nanao Suzuki, Yosuke Toyoda, Kazushi Morimoto, Ryoji Suno, So Iwata, Takuya Kobayashi, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099
  • [学会発表] The influence of cosolvent on thermal stability of membrane proteins2019

    • 著者名/発表者名
      Kazuki Kazama, Satoshi Yasuda, Tomoki Akiyama, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata
    • 学会等名
      CBI学会2019年大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099
  • [学会発表] Analyses based on statistical thermodynamics for large difference between thermophilic rhodopsin and xanthorhodopsin in terms of thermostability2019

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Yuta Kajiwara, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
    • 学会等名
      CBI学会2019年大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099
  • [学会発表] Theoretical Identification of Hot-Spot Residues to be Mutated Common in G Protein-Coupled Receptors of Class A2018

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yasuda
    • 学会等名
      Biophysical Society 62nd Annual Meeting
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099
  • [学会発表] Physical origin of exceptionally high thermostability of thermophilic rhodopsin2018

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Yuta Kajiwara, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099
  • [学会発表] Statistical thermodynamics on the large difference between thermophilic rhodopsin and xanthorhodopsin in terms of thermostability2018

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Yuta Kajiwara, Takeshi Murata, and Masahiro Kinoshita
    • 学会等名
      The 79th Okazaki Conference
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099
  • [学会発表] Statistical thermodynamics for remarkably high thermal stability of thermophilic rhodopsin2018

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yasuda
    • 学会等名
      The Second Symposium of Chiral Molecular Science and Technology in Chiba University -Advanced Materials Science, Biology & Nanophotonics in Chiba-
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099
  • [学会発表] 置換により多くのClass AのGタンパク質共役型を安定化するアミノ酸残基の理論的決定2017

    • 著者名/発表者名
      安田賢司
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099
  • [学会発表] サーモフィリックロドプシンの極めて高い熱安定性に対する統計熱力学的解析2017

    • 著者名/発表者名
      安田賢司
    • 学会等名
      日本生体エネルギー研究会第43回討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099
  • [学会発表] 統計熱力学に基づいたG蛋白質共役型受容体耐熱化アミノ酸変異体の理論的予測2017

    • 著者名/発表者名
      安田賢司
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K15099
  • 1.  井上 雅郎 (80993633)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 2.  浅田 秀基 (20399041)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 3.  堂浦 智裕 (00745226)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  足立 誠 (30335244)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 5.  Im Dohyun (50721883)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 6.  林 智彦
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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