柳澤渓甫 Yanagisawa Keisuke

研究者番号	40866646
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 東京科学大学, 情報理工学院, 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2025年度: 東京科学大学, 情報理工学院, 助教 2020年度 – 2024年度: 東京工業大学, 情報理工学院, 助教
審査区分/研究分野	研究代表者小区分62010:生命、健康および医療情報学関連研究代表者以外小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
キーワード	研究代表者標的タンパク質選抜 / 創薬支援計算 / 分子設計 / 環状ペプチド / 共溶媒分子動力学 / マルチタスク深層学習 / 共溶媒分子動力学法 / 網羅的予測 / 畳み込みニューラルネットワーク / マルチタスク学習 / 深層学習 / 隠された結合部位 / リガンド結合部位予測 … もっと見る研究代表者以外 … もっと見る化合物フラグメント / バーチャルスクリーニング / SBDD / 化合物ライブラリ / 化合物ドッキング / ドッキング / SBVS / 化合物データベース隠す

代表フラグメントに基づく縮約化合物ライブラリを用いたバーチャルスクリーニング手法
- 研究代表者
  
  秋山泰
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2029
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東京科学大学
共溶媒分子動力学計算を用いた薬剤標的タンパク質の選抜と環状ペプチド設計の同時実行研究代表者
- 研究代表者
  
  柳澤渓甫
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2026
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東京工業大学
部分構造の重複を利用した大規模化合物データベース向けバーチャルスクリーニング手法
- 研究代表者
  
  秋山泰
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東京工業大学
マルチタスク深層学習によるタンパク質の隠された薬剤結合部位の網羅的予測研究代表者
- 研究代表者
  
  柳澤渓甫
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東京工業大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2020

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] AAp-MSMD: Amino Acid Preference Mapping on Protein-Protein Interaction Surfaces Using Mixed-Solvent Molecular Dynamics2024
- 著者名/発表者名
  Genki Kudo, Keisuke Yanagisawa, Ryunosuke Yoshino, and Takatsugu Hirokawa
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 63(24) 号: 24 ページ: 7768-7777
- DOI
  10.1021/acs.jcim.3c01677
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939, KAKENHI-PROJECT-23K28185
[雑誌論文] CycPeptMPDB: A Comprehensive Database of Membrane Permeability of Cyclic Peptides2023
- 著者名/発表者名
  Li Jianan、Yanagisawa Keisuke、Sugita Masatake、Fujie Takuya、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 63 号: 7 ページ: 2240-2250
- DOI
  10.1021/acs.jcim.2c01573
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H04280, KAKENHI-PROJECT-20K19917, KAKENHI-PROJECT-23K24939, KAKENHI-PROJECT-23KJ0891
[雑誌論文] Effective Protein-Ligand Docking Strategy via Fragment Reuse and a Proof-of-Concept Implementation2022
- 著者名/発表者名
  Yanagisawa Keisuke、Kubota Rikuto、Yoshikawa Yasushi、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  ACS Omega
  
  巻: 7 号: 34 ページ: 30265-30274
- DOI
  10.1021/acsomega.2c03470
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917, KAKENHI-PROJECT-23K24939
[雑誌論文] Solving Generalized Polyomino Puzzles Using the Ising Model2022
- 著者名/発表者名
  Takabatake Kazuki、Yanagisawa Keisuke、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  Entropy
  
  巻: 24 号: 3 ページ: 354-354
- DOI
  10.3390/e24030354
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917
[雑誌論文] Lipid Composition Is Critical for Accurate Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides by Molecular Dynamics Simulations2022
- 著者名/発表者名
  Sugita Masatake、Fujie Takuya、Yanagisawa Keisuke、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 62 号: 18 ページ: 4549-4560
- DOI
  10.1021/acs.jcim.2c00931
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917, KAKENHI-PROJECT-23K24939
[雑誌論文] Inverse Mixed-Solvent Molecular Dynamics for Visualization of the Residue Interaction Profile of Molecular Probes2022
- 著者名/発表者名
  Yanagisawa Keisuke、Yoshino Ryunosuke、Kudo Genki、Hirokawa Takatsugu
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 23 号: 9 ページ: 4749-4749
- DOI
  10.3390/ijms23094749
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917, KAKENHI-PROJECT-23K24939
[雑誌論文] EXPRORER: Rational Cosolvent Set Construction Method for Cosolvent Molecular Dynamics Using Large-Scale Computation2021
- 著者名/発表者名
  Yanagisawa Keisuke、Moriwaki Yoshitaka、Terada Tohru、Shimizu Kentaro
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 61 号: 6 ページ: 2744-2753
- DOI
  10.1021/acs.jcim.1c00134
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917
[雑誌論文] タンパク質立体構造情報を用いた薬剤バーチャルスクリーニング2021
- 著者名/発表者名
  柳澤渓甫
- 雑誌名
  
  JSBi Bioinformatics Review
  
  巻: 2 号: 1 ページ: 76-86
- DOI
  10.11234/jsbibr.2021.9
- NAID
  130008101626
- ISSN
  2435-7022
- 言語
  日本語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917
[雑誌論文] Plasma protein binding prediction focusing on residue-level features and circularity of cyclic peptides by deep learning2021
- 著者名/発表者名
  Li Jianan、Yanagisawa Keisuke、Yoshikawa Yasushi、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 38 号: 4 ページ: 1110-1117
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btab726
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917
[雑誌論文] Large-Scale Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides Crossing a Lipid Bilayer Based on Enhanced Sampling Molecular Dynamics Simulations2021
- 著者名/発表者名
  Sugita Masatake、Sugiyama Satoshi、Fujie Takuya、Yoshikawa Yasushi、Yanagisawa Keisuke、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 61 号: 7 ページ: 3681-3695
- DOI
  10.1021/acs.jcim.1c00380
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917
[学会発表] フラグメントに基づくバーチャルスクリーニングへの利用などを目指したフラグメント集合の選定2024
- 著者名/発表者名
  布部絢子, 柳澤渓甫, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第77回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K28185
[学会発表] 分子動力学シミュレーション軌跡データから抽出した位置依存特徴量を活用した環状ペプチドの膜透過性予測2024
- 著者名/発表者名
  能祖雄大, 柳澤渓甫, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第77回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K28185
[学会発表] CycPeptMP：マルチレベルの分子特徴とデータ拡張による環状ペプチドの膜透過性予測手法の開発2024
- 著者名/発表者名
  李佳男, 柳澤渓甫, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第77回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K28185
[学会発表] CycPeptMP：マルチレベルの分子特徴とデータ拡張による環状ペプチドの膜透過性予測手法の開発2024
- 著者名/発表者名
  李佳男, 柳澤渓甫, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第77回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] フラグメントに基づくバーチャルスクリーニングへの利用などを目指したフラグメント集合の選定2024
- 著者名/発表者名
  布部絢子, 柳澤渓甫, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第77回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] 分子動力学シミュレーション軌跡データから抽出した位置依存特徴量を活用した環状ペプチドの膜透過性予測2024
- 著者名/発表者名
  能祖雄大, 柳澤渓甫, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第77回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] CycPeptMPDB：包括的な環状ペプチド膜透過率データベースの開発2023
- 著者名/発表者名
  李佳男, 柳澤渓甫, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第74回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K28185
[学会発表] CycPeptMPDB：包括的な環状ペプチド膜透過率データベースの開発2023
- 著者名/発表者名
  李佳男, 柳澤渓甫, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第74回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] Development of a Protocol for Predicting Membrane Permeability of Cyclic Peptides Based on Molecular Dynamics Simulations2023
- 著者名/発表者名
  Masatake Sugita, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] Quantitative Evaluation of Protein-Chemical Substructure Interaction with Inverse Mixed-Solvent Molecular Dynamics Simulation2023
- 著者名/発表者名
  Keisuke Yanagisawa, Ryunosuke Yoshino, Genki Kudo, Takatsugu Hirokawa
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K28185
[学会発表] Development of a Protocol for Predicting Membrane Permeability of Cyclic Peptides Based on Molecular Dynamics Simulations2023
- 著者名/発表者名
  Masatake Sugita, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K28185
[学会発表] Quantitative Estimation of Protein-Chemical Substructure Interaction with Inverse Mixed-Solvent Molecular Dynamics Simulation2023
- 著者名/発表者名
  Keisuke Yanagisawa, Ryunosuke Yoshino, Genki Kudo, Takatsugu Hirokawa
- 学会等名
  CBI学会2023年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K28185
[学会発表] 薬剤設計のためにはAlphaFoldはまだまだ足りない2023
- 著者名/発表者名
  柳澤渓甫
- 学会等名
  第12回生命医薬情報学連合大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] Quantitative Evaluation of Protein-Chemical Substructure Interaction with Inverse Mixed-Solvent Molecular Dynamics Simulation2023
- 著者名/発表者名
  Keisuke Yanagisawa, Ryunosuke Yoshino, Genki Kudo, Takatsugu Hirokawa
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] Quantitative Estimation of Protein-Chemical Substructure Interaction with Inverse Mixed-Solvent Molecular Dynamics Simulation2023
- 著者名/発表者名
  Keisuke Yanagisawa, Ryunosuke Yoshino, Genki Kudo, Takatsugu Hirokawa
- 学会等名
  CBI学会2023年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] フラグメント対の相対位置から検索可能な化合物立体配座データベースの構築2023
- 著者名/発表者名
  齋藤那哉, 柳澤渓甫, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第74回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K28185
[学会発表] フラグメント対の相対位置から検索可能な化合物立体配座データベースの構築2023
- 著者名/発表者名
  齋藤那哉, 柳澤渓甫, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第74回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] 薬剤設計のためにはAlphaFoldはまだまだ足りない2023
- 著者名/発表者名
  柳澤渓甫
- 学会等名
  第12回生命医薬情報学連合大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K28185
[学会発表] 分子動力学シミュレーション軌跡データからの環状ペプチドの膜透過性と相関が高い特徴量の抽出2022
- 著者名/発表者名
  能祖雄大, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917
[学会発表] REstretto: An efficient protein-ligand docking tool based on a fragment reuse strategy2022
- 著者名/発表者名
  Keisuke Yanagisawa, Rikuto Kubota, Yasushi Yoshikawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  CBI学会2022年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917
[学会発表] Lipid composition is critical for accurate membrane permeability prediction of cyclic peptides by molecular dynamics simulations2022
- 著者名/発表者名
  Masatake Sugita, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  CBI学会2022年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] Lipid composition is critical for accurate membrane permeability prediction of cyclic peptides by molecular dynamics simulations2022
- 著者名/発表者名
  Masatake Sugita, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  CBI学会2022年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917
[学会発表] インバース共溶媒分子動力学法による分子プローブ周辺アミノ酸残基環境の可視化2022
- 著者名/発表者名
  柳澤渓甫, 吉野龍ノ介, 工藤玄己, 広川貴次
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917
[学会発表] インバース共溶媒分子動力学法による分子プローブ周辺残基環境の可視化2022
- 著者名/発表者名
  柳澤渓甫, 吉野龍ノ介, 工藤玄己, 広川貴次
- 学会等名
  第22回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917
[学会発表] インバース共溶媒分子動力学法による分子プローブ周辺アミノ酸残基環境の可視化2022
- 著者名/発表者名
  柳澤渓甫, 吉野龍ノ介, 工藤玄己, 広川貴次
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] インバース共溶媒分子動力学法による分子プローブ周辺残基環境の可視化2022
- 著者名/発表者名
  柳澤渓甫, 吉野龍ノ介, 工藤玄己, 広川貴次
- 学会等名
  第22回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] 分子動力学シミュレーション軌跡データからの環状ペプチドの膜透過性と相関が高い特徴量の抽出2022
- 著者名/発表者名
  能祖雄大, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] Amino Acid Preference Mapping on Protein-Protein Interaction Surface using Mixed-Solvent Molecular Dynamics2022
- 著者名/発表者名
  Genki Kudo, Keisuke Yanagisawa, Ryunosuke Yoshino, Takatsugu Hirokawa
- 学会等名
  CBI学会2022年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] REstretto: An efficient protein-ligand docking tool based on a fragment reuse strategy2022
- 著者名/発表者名
  Keisuke Yanagisawa, Rikuto Kubota, Yasushi Yoshikawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  CBI学会2022年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] Large-scale membrane permeability prediction of cyclic peptides crossing a lipid bilayer based on enhanced sampling molecular dynamics simulations2021
- 著者名/発表者名
  asatake Sugita, Satoshi Sugiyama, Takuya Fujie, Yasushi Yoshikawa, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  CBI学会2021年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917
[学会発表] 分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過率の大規模予測2021
- 著者名/発表者名
  杉田昌岳, 杉山聡, 藤江拓哉, 吉川寧, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  第58回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917
[学会発表] タンパク質表面との結合親和性を考慮した長距離フラグメントリンキング手法の開発2021
- 著者名/発表者名
  津嶋佑旗, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  第67回情報処理学会バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917
[学会発表] フラグメント化された化合物立体構造データベースの構築2021
- 著者名/発表者名
  稲垣雅也, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  第69回情報処理学会バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917
[学会発表] 新たなデータセットによる長距離フラグメントリンキング手法の再評価2021
- 著者名/発表者名
  津嶋佑旗, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  第69回情報処理学会バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917
[学会発表] 共溶媒分子動力学シミュレーションにおける創薬向け共溶媒セットの構築2020
- 著者名/発表者名
  柳澤渓甫
- 学会等名
  第43回日本分子生物学会年会 (MBSJ2020)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917

1. 秋山泰 (30243091)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 9件
2. 吉野龍ノ介 (50817575)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
3. 和久井直樹 (80786038)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 大上雅史

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

柳澤 渓甫 Yanagisawa Keisuke

研究課題

研究成果

共同研究者

代表フラグメントに基づく縮約化合物ライブラリを用いたバーチャルスクリーニング手法

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

共溶媒分子動力学計算を用いた薬剤標的タンパク質の選抜と環状ペプチド設計の同時実行研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

部分構造の重複を利用した大規模化合物データベース向けバーチャルスクリーニング手法

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

マルチタスク深層学習によるタンパク質の隠された薬剤結合部位の網羅的予測研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] AAp-MSMD: Amino Acid Preference Mapping on Protein-Protein Interaction Surfaces Using Mixed-Solvent Molecular Dynamics2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] CycPeptMPDB: A Comprehensive Database of Membrane Permeability of Cyclic Peptides2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Effective Protein-Ligand Docking Strategy via Fragment Reuse and a Proof-of-Concept Implementation2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Solving Generalized Polyomino Puzzles Using the Ising Model2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Lipid Composition Is Critical for Accurate Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides by Molecular Dynamics Simulations2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Inverse Mixed-Solvent Molecular Dynamics for Visualization of the Residue Interaction Profile of Molecular Probes2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] EXPRORER: Rational Cosolvent Set Construction Method for Cosolvent Molecular Dynamics Using Large-Scale Computation2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] タンパク質立体構造情報を用いた薬剤バーチャルスクリーニング2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

ISSN

言語

データソース

[雑誌論文] Plasma protein binding prediction focusing on residue-level features and circularity of cyclic peptides by deep learning2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Large-Scale Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides Crossing a Lipid Bilayer Based on Enhanced Sampling Molecular Dynamics Simulations2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

柳澤渓甫 Yanagisawa Keisuke