依田隆夫 Takao Yoda

研究者番号	50367900
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2021年度 – 2025年度: 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 准教授 2014年度 – 2015年度: 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 准教授 2013年度: 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 講師 2004年度 – 2007年度: 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 講師
審査区分/研究分野	研究代表者理工系 / 小区分43020:構造生物化学関連 / 学術変革領域研究区分(Ⅲ) / 生命・健康・医療情報学研究代表者以外学術変革領域研究区分(Ⅲ)
キーワード	研究代表者分子動力学シミュレーション / 拡張アンサンブル法 / 分子シミュレーション / 抗菌ペプチド / タンパク質 / 抗微生物ペプチド / 長鎖ノンコーディングRNA / Hero蛋白質 / 液液相分離 / 天然変性蛋白質 … もっと見る / シミュレーション / 分子動力学法 / ターン構造 / 折れ畳み / 二次構造 / 2次構造 / フオールデイング / コンピューターシミュレーション / 二次構造形成 / βヘアピン / ペプチド … もっと見る研究代表者以外天然変性領域 / 天然変性タンパク質 / lncRNA / ノンコーディングRNA / 相分離 / ゲノム編集 / 超天然変性タンパク質 / 非ドメイン型RNA / 非ドメイン型タンパク質 / 非ドメイン型バイオポリマー隠す

非ドメイン型バイオポリマー領域の組織運営
- 研究代表者
  
  中川真一
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2025
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅲ)
- 研究機関
  北海道大学
非ドメイン型バイオポリマーの分子動力学計算研究代表者
- 研究代表者
  
  依田隆夫
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2025
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅲ)
- 研究機関
  長浜バイオ大学
抗微生物ペプチドCryptdin-4多量体の膜透過過程と活性機構の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  依田隆夫
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43020:構造生物化学関連
- 研究機関
  長浜バイオ大学
分子シミュレーションによる抗菌ペプチド生理機能の研究研究代表者
- 研究代表者
  
  依田隆夫
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2015
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  長浜バイオ大学
分子シミュレーションによる2次構造形成過程の研究研究代表者
- 研究代表者
  
  依田隆夫
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2007
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  長浜バイオ大学
拡張アンサンブル法による蛋白質部分配列ペプチドの構造空間探索研究代表者
- 研究代表者
  
  依田隆夫
- 研究期間 (年度)
  2004 – 2005
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  長浜バイオ大学

すべて 2023 2022 2021 2015 2014 2007 2006 2005 2004

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] 分子シミュレーションで理解する相分離のメカニズム（「フロントランナー直伝　相分離解析プロトコール（加藤・白木・中川編）」の p.235-2412022
- 著者名/発表者名
  Cheng Tan，新津　藍，依田隆夫，杉田有治
- 総ページ数
  7
- 出版者
  羊土社
- ISBN
  9784758122597
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05282
[雑誌論文] Nondomain biopolymers: Flexible molecular strategies to acquire biological functions2023
- 著者名/発表者名
  Arakawa K, Hirose T, Inada T, Ito T, Kai T, Oyama M, Tomari Y, Yoda T, Nakagawa S.
- 雑誌名
  
  Genes to Cells
  
  巻: 28 号: 8 ページ: 539-552
- DOI
  10.1111/gtc.13050
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K19246, KAKENHI-ORGANIZER-21H05273, KAKENHI-PLANNED-21H05274, KAKENHI-PLANNED-21H05275, KAKENHI-PLANNED-21H05276, KAKENHI-PLANNED-21H05278, KAKENHI-PLANNED-21H05279, KAKENHI-PLANNED-21H05280, KAKENHI-PLANNED-21H05281, KAKENHI-PLANNED-21H05282, KAKENHI-PROJECT-21H02401
[雑誌論文] Intermolecular Interactions between a Membrane Protein and a Glycolipid Essential for Membrane Protein Integration2022
- 著者名/発表者名
  Mori Shoko、Nomura Kaoru、Fujikawa Kohki、Osawa Tsukiho、Shionyu Masafumi、Yoda Takao、Shirai Tsuyoshi、Tsuda Shugo、Yoshizawa-Kumagaye Kumiko、Masuda Shun、Nishio Hideki、Yoshiya Taku、Suzuki Sonomi、Muramoto Maki、Nishiyama Ken-ichi、Shimamoto Keiko
- 雑誌名
  
  ACS Chemical Biology
  
  巻: 17 号: 3 ページ: 609-618
- DOI
  10.1021/acschembio.1c00882
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12211, KAKENHI-PROJECT-19H02843, KAKENHI-PROJECT-20K05738, KAKENHI-PROJECT-21K06037, KAKENHI-PROJECT-22K19262, KAKENHI-PUBLICLY-22H05392, KAKENHI-PROJECT-23K21721, KAKENHI-PROJECT-23K23831, KAKENHI-PROJECT-23K23850
[雑誌論文] Deciphering Supramolecular Structures with Protein-Protein Interaction Network Modeling2015
- 著者名/発表者名
  Toshiyuki Tsuji, Takao Yoda, and Tsuyoshi Shirai
- 雑誌名
  
  Sci. Rep.
  
  巻: 5 号: 1 ページ: 16341-16341
- DOI
  10.1038/srep16341
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330355, KAKENHI-PROJECT-24370046, KAKENHI-PROJECT-25280109
[雑誌論文] GENESIS: A hybrid-parallel and multi-scale molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms for biomolecular and cellular simulations2015
- 著者名/発表者名
  Jung, J., Mori, T., Kobayashi, C., Matsunaga, Y., Yoda, T., Feig, M., Sugita, Y.
- 雑誌名
  
  WIREs; Comput. Mol. Sci.
  
  巻: -
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330355
[雑誌論文] Salt effects on hydrophobic-core formation in folding of a helical miniprotein studied by molecular dynamics simulations2014
- 著者名/発表者名
  T. Yoda, Y. Sugita, and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics
  
  巻: 82 号: 6 ページ: 933-943
- DOI
  10.1002/prot.24467
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071, KAKENHI-PROJECT-25330355
[雑誌論文] Cooperative folding mechanism of a β-hairpin peptide studied by a multicanonical replica-exchange molecular dynamics simulation2007
- 著者名/発表者名
  Yoda, T., Sugita, Y., Okamoto, Y.
- 雑誌名
  
  Proteins : Structure, Function, and Bioinformatics 66・4
  
  ページ: 846-859
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18031037
[雑誌論文] Replica-exchange molecular dynamics simulation of diffracted X-ray tracking2007
- 著者名/発表者名
  Y. Kawashima, Y.C. Sasaki, Y. Sugita, T. Yoda, Y. Okamoto,
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation 33
  
  ページ: 97-102
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18031037
[雑誌論文] Structural changes in the cytoplasmic domain of phospholamban by phosphorylation at Ser16 : A molecular dynamics study2006
- 著者名/発表者名
  Sugita, Y., Miyashita, N., Yoda, T., Ikeguchi, M., Toyoshima, C
- 雑誌名
  
  Biochemistry 45・39
  
  ページ: 11752-11761
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18031037
[雑誌論文] Effects of the fixed end in single-molecule imaging techniques : A replica-exchange molecular dynamics simulation study2005
- 著者名/発表者名
  Y.Kawashima, Y.Sugita, T.Yoda, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Chem.Phys.Lett. 414
  
  ページ: 449-455
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16041241
[雑誌論文] Structures of a peptide fragment of b2-microglobulin studied by replica-exchange molecular dynamics simulations - Towards the understanding of the mechanism of amyloid formation2005
- 著者名/発表者名
  M.Nishino, Y.Sugita, Y.Yoda, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  FEBS lett., 579
  
  ページ: 5425-5429
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16041241
[雑誌論文] Secondary-structure preferences of force fields for proteins evaluated by generalized-ensemble simulations2004
- 著者名/発表者名
  Yoda, T., Sugita, Y., Okanmoto, Y.
- 雑誌名
  
  Chemical Physics 307
  
  ページ: 269-283
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16041241
[学会発表] Conformations and distributions of Cryptdin-4, lipids, and water observed in membrane self-assembly molecular dynamics simulations2021
- 著者名/発表者名
  依田隆夫
- 学会等名
  日本生物物理学会第59回年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06037
[学会発表] Simulation Study on Conformations of Antimicrobial Peptide Cryptdin 4 and its Mutants2015
- 著者名/発表者名
  Takao Yoda
- 学会等名
  2nd International Symposium on Computational Materials and Biological Sciences
- 発表場所
  名古屋大学
- 年月日
  2015-09-01
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330355
[学会発表] Salt effects on folding of a helical mini protein villin headpiece subdomain HP36 studied by generalized-ensemble simulations2014
- 著者名/発表者名
  Takao Yoda, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto
- 学会等名
  Biophysical Society 58th Annual Meeting
- 発表場所
  Moscone Center, San Francisco CA.
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330355
[学会発表] 抗菌ペプチド Cryptdin-4 ジスルフィド結合変異体の分子動力学シミュレーション2014
- 著者名/発表者名
  依田隆夫，辻敏之，杉田有治
- 学会等名
  第14回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ワークピア横浜／横浜産貿ホールマリネリア
- 年月日
  2014-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330355
[学会発表] Simulation Study on Conformations of Small Peptides.2014
- 著者名/発表者名
  Takao Yoda
- 学会等名
  Dushanbe Symposium on Computational Materials and Biological Sciences 2014
- 発表場所
  S.U. Umarov Physical-Technical Institute of the Academy of Sciences of the Republic of Tajikistan
- 年月日
  2014-09-24
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330355

1. 中川真一 (50324679)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
2. 荒川和晴 (40453550)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 廣瀬哲郎 (30273220)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 尾山大明 (30422398)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 稲田利文 (40242812)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 甲斐歳恵 (40579786)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 伊藤拓宏 (70401164)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 泊幸秀 (90447368)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
9. 鄭載運 (10554701)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 譚丞 (20865886)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
11. 塩生真史

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
12. 岡本祐幸

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

依田 隆夫 Takao Yoda

研究課題

研究成果

共同研究者

非ドメイン型バイオポリマー領域の組織運営

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

非ドメイン型バイオポリマーの分子動力学計算研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

抗微生物ペプチドCryptdin-4多量体の膜透過過程と活性機構の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

分子シミュレーションによる抗菌ペプチド生理機能の研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

分子シミュレーションによる2次構造形成過程の研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

拡張アンサンブル法による蛋白質部分配列ペプチドの構造空間探索研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[図書] 分子シミュレーションで理解する相分離のメカニズム（「フロントランナー直伝 相分離解析プロトコール（加藤・白木・中川 編）」の p.235-2412022

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

ISBN

データソース

[雑誌論文] Nondomain biopolymers: Flexible molecular strategies to acquire biological functions2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Intermolecular Interactions between a Membrane Protein and a Glycolipid Essential for Membrane Protein Integration2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Deciphering Supramolecular Structures with Protein-Protein Interaction Network Modeling2015

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] GENESIS: A hybrid-parallel and multi-scale molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms for biomolecular and cellular simulations2015

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Salt effects on hydrophobic-core formation in folding of a helical miniprotein studied by molecular dynamics simulations2014

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Cooperative folding mechanism of a β-hairpin peptide studied by a multicanonical replica-exchange molecular dynamics simulation2007

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Replica-exchange molecular dynamics simulation of diffracted X-ray tracking2007

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Structural changes in the cytoplasmic domain of phospholamban by phosphorylation at Ser16 : A molecular dynamics study2006

著者名/発表者名

依田隆夫 Takao Yoda

[図書] 分子シミュレーションで理解する相分離のメカニズム（「フロントランナー直伝　相分離解析プロトコール（加藤・白木・中川編）」の p.235-2412022